Załącznik nr 1 do SIWZ OPIS PRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA

Załącznik nr 1 do SIWZ
OPIS PRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA - Usługa sekwencjonowania DNA
Przedmiotem postępowania jest usługa sekwencjonowania DNA plazmidowego lub liniowych
fragmentów DNA (produktów reakcji PCR). Matrycowe cząsteczki DNA będą tworzone przez
Zamawiającego. Całkowita wartość usługi jest określona na podstawie planowanych 3000 reakcji
sekwencjonowania w różnych wariantach przesyłania matryc i primerów, a także na podstawie
kosztów przesyłania próbek.
1. Wykonawca musi zapewnić sekwencjonowanie przesyłanych do niego cząsteczek DNA w
reakcji typu Sangera. Efektem sekwencjonowania muszą być pliki elektroniczne zawierające
bezpośredni wynik sekwencjonowania (wykres zależności fluorescencji próby w czterech
kanałach od czasu, tzw. „chromatogram”) oraz sekwencję DNA w postaci tekstowej.
2. Próbki DNA do sekwencjonowania będą dostarczane przez Zamawiającego do Wykonawcy w
probówkach typu eppendorf. Wykonawca musi zapewnić (w cenie oferty): opakowania do
bezpiecznej przesyłki 20 probówek oraz nalepki na probówki oznaczone unikalnymi kodami
kreskowymi do automatycznego rozpoznawania próbki w laboratorium wykonawcy.
W przypadku sekwencjonowania wysokoprzepustowego (pozycja nr 4 w Arkuszu
Asortymentowo-Cenowym – Załącznik nr 1a do SIWZ) wykonawca musi zapewnić w cenie
oferty opakowanie do bezpiecznej przesyłki 96 próbek, z twardą pokrywą, zawierające
wewnątrz gotowe probówki w ministatywie, oznaczone unikalnymi kodami 2D
(kreskowymi) i 3D (oba rodzaje kodów muszą być obecne na tej samej probówce) do
automatycznego rozpoznawania próbki w laboratorium wykonawcy.
3. Zamawiający dostarcza do Wykonawcy próbki przygotowane w sposób zgodny
z dostarczonym przez Wykonawcę na początku okresu obowiązywania umowy (w ciągu 5 dni
od podpisania umowy) szczegółowym dokumentem opisującym odnośne procedury.
4. Wykonawca musi zapewnić możliwość przesyłania próbek DNA z laboratorium
Zamawiającego do laboratorium Wykonawcy, przesyłką kurierską o masie poniżej 0.5 kg,
wysyłka w uzgodnionych terminach odbioru, co najmniej 2 razy w tygodniu o określonej
godzinie z dostępem Zamawiającego do informacji o terminie (dacie i godzinie) dostarczenia
przesyłki do Wykonawcy. Szczegółowe zasady zamawiania i odwoływania przesyłek
kurierskich zawarte zostaną w szczegółowym dokumencie opisującym odnośne procedury,
dostarczonym na początku okresu obowiązywania umowy.
5. Cenę za dostawę próbek do sekwencjonowania do laboratorium Wykonawcy, Wykonawca
zobowiązany jest uwzględnić w cenie poszczególnych poz. 1-4 arkusza asortymentowo cenowego.
6. Przesyłanie próbek z laboratorium Zamawiającego do laboratorium Wykonawcy, przesyłką
kurierską o masie poniżej 0.5 kg, wysyłka w uzgodnionych terminach odbioru co najmniej
2 razy w tygodniu, z dostępem Zamawiającego do informacji o terminie (dacie i godzinie)
dostarczenia przesyłki do Wykonawcy. Szczegółowe zasady zamawiania i odwoływania
przesyłek kurierskich zawarte zostaną w szczegółowym dokumencie opisującym odnośne
procedury, dostarczonym na początku okresu obowiązywania umowy.
7. Zamówienia na sekwencjonowanie konkretnych próbek DNA będą składane przez
Zamawiającego w obrębie udostępnionego przez Wykonawcę środowiska elektronicznego
dostępnego przez internet, z indywidualnym kontem klienta stworzonym dla Zamawiającego.
Wyniki sekwencjonowania muszą być udostępniane w tym samym systemie.
Zasady działania środowiska elektronicznego opisane zostaną
przez Wykonawcę
w dokumencie, który to Wykonawca zobowiązany jest dołączyć do oferty (zgodnie
z wymogami opisanymi w SIWZ) jako potwierdzenie, że oferowane usługi odpowiadają
wymaganiom określonym przez zamawiającego. Szczegółowo opisane zasady działania
środowiska elektronicznego stanowić będą załącznik do umowy.
8. Wykonawca musi zapewnić odczyt w reakcji sekwencjonowania prawidłowo przygotowanych
próbek z jakością co najmniej odpowiadającą Q20 według Phred i dokładnością co najmniej
99% na przestrzeni co najmniej 800 par zasad. Reakcje nie spełniające tej jakości mogą być
poddane procedurze reklamacji, rozpatrywanej w ciągu maksymalnie 5 dni roboczych. W
ramach procedury reklamacji Zamawiający może zlecić ponowny odczyt tej samej próbki. W
przypadku uznania reklamacji (winy Wykonawcy za niską jakość pierwszego odczytu)
ponowny odczyt jest dla Zamawiającego bezpłatny.
9. Wykonawca musi zagwarantować czas sekwencjonowania próbki (od dostarczenia przesyłki
kurierskiej do Wykonawcy do udostępnienia wyników w systemie elektronicznym konta
klienta) nie dłuższy niż 48 godzin. Wykonawca musi udostępnić Zamawiającemu możliwość
potwierdzenia przez firmę kurierską terminu (daty i godziny) dostarczenia przesyłki do
Wykonawcy.
10. Wykonawca musi zapewnić następujące formy (warianty) reakcji sekwencjonowania:
a) sekwencjonowanie z użyciem primerów dostarczonych przez Zamawiającego we wspólnej
przesyłce z DNA matrycowym, w oddzielnych probówkach typu eppendorf oznaczonych
nalepkami z kodami kreskowymi;
b) sekwencjonowanie z użyciem standardowych primerów (co najmniej z następującej listy:
CMVfor, CMVmin, Gal4 AD, Gal4 BD, M13 (-96), M13 rev (-29), M13 rev (-49), M13 uni (-21),
M13 uni (-43), pcDNA3_for, pcDNA3_rev, pEGFPC1for, pEGFPC1rev, pEGFPN1for,
pEGFPN1rev, pGL for, pGL rev, pGL3 for, pJET1.2for, pJET1.2rev, pJET1_fwd, pJET1_rev, SP 6,
T3, T7) dostarczanych przez Wykonawcę;
c) sekwencjonowanie z użyciem niestandardowych primerów dostarczanych przez
Wykonawcę na podstawie sekwencji wprowadzonej w elektronicznym systemie zamawiania
przez Zamawiającego;
d) sekwencjonowanie wysokoprzepustowe 96 próbek wysyłanych jednocześnie przez
Zamawiającego w postaci uprzednio przygotowanej w dedykowanych probówkach
mieszaniny DNA matrycowego i primerów. Cena każdego z tych rodzajów usługi musi być
podana w ofercie.
11. Dla primerów standardowych (wariant b) i primerów syntetyzowanych przez Wykonawcę
(wariant c) Wykonawca musi zapewnić primery syntetyzowane w dedykowanej do
sekwencjonowania procedurze (innej niż procedura produkcji primerów do reakcji typu PCR),
zapewniającej co najmniej 90% czystość weryfikowaną chromatografią cieczową (wynik do
wglądu dla Zamawiającego).
12. Wykonawca musi zapewnić przechowywanie primerów (syntetyzowanych na podstawie
przesłanej przez niego sekwencji) w swoim laboratorium przez okres co najmniej 3 miesięcy
do wykorzystania w kolejnych reakcjach sekwencjonowania. Wykonawca musi zapewnić
przechowywanie wyników sekwencjonowania w obrębie elektronicznego systemu konta
klienta przez okres co najmniej 12 miesięcy.
13. W przypadku zaistnienia okoliczności niemożliwych do wcześniejszego przewidzenia,
niezależnych od Wykonawcy, np. awarii aparatury, Zamawiający dopuszcza wydłużenie
terminu realizacji usługi do 7 dni roboczych. W wypadku zaistnienia takich okoliczności
Wykonawca jest zobowiązany do natychmiastowego powiadomienia Zamawiającego.