Załącznik nr 1 do SIWZ po zmianach treści SIWZ z dn. 15.07.2011r
advertisement
Załącznik nr 1 do SIWZ po zmianach treści SIWZ z dn. 15.07.2011r. OPIS PRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA - Usługa sekwencjonowania DNA Przedmiotem postępowania jest usługa sekwencjonowania DNA plazmidowego lub liniowych fragmentów DNA (produktów reakcji PCR). Matrycowe cząsteczki DNA będą tworzone przez Zamawiającego. Całkowita wartość usługi jest określona na podstawie planowanych 2000 reakcji sekwencjonowania z dostarczonymi przez Zamawiającego primerami. 1. Wykonawca musi zapewnić sekwencjonowanie przesyłanych do niego cząsteczek DNA w reakcji typu Sangera. Efektem sekwencjonowania muszą być pliki elektroniczne zawierające bezpośredni wynik sekwencjonowania (wykres zależności fluorescencji próby w czterech kanałach od czasu, tzw. „chromatogram”) oraz sekwencję DNA w postaci tekstowej. 2. Próbki DNA do sekwencjonowania będą dostarczane przez Zamawiającego do Wykonawcy w probówkach typu eppendorf. Wykonawca musi zapewnić (w cenie oferty): opakowania do bezpiecznej przesyłki 20 probówek oraz nalepki na probówki oznaczone unikalnymi kodami kreskowymi do automatycznego rozpoznawania próbki w laboratorium wykonawcy. 3. Zamawiający dostarcza do Wykonawcy próbki przygotowane w sposób zgodny z dostarczonym na początku okresu obowiązywania umowy szczegółowym dokumentem opisującym odnośne procedury. 4. Wykonawca musi zapewnić możliwość przesyłania próbek DNA przez Zamawiającego do laboratorium Wykonawcy przesyłką kurierską co najmniej 2 razy w tygodniu o określonej godzinie. Cena pojedynczej przesyłki musi być podana w ofercie i będzie przedmiotem oceny. Szczegółowe zasady zamawiania i odwoływania przesyłek kurierskich zawarte zostaną w szczegółowym dokumencie opisującym odnośne procedury, dostarczonym na początku okresu obowiązywania umowy. 5. Zamówienia na sekwencjonowanie konkretnych próbek DNA będą składane przez Zamawiającego w obrębie udostępnionego przez Wykonawcę środowiska elektronicznego dostępnego przez internet, z indywidualnym kontem klienta stworzonym dla Zamawiającego. Wyniki sekwencjonowania muszą być udostępniane w tym samym systemie. Zasady działania środowiska elektronicznego opisane zostaną w szczegółowym dokumencie, dostarczonym na początku okresu obowiązywania umowy. 6. Wykonawca musi zapewnić odczyt w reakcji sekwencjonowania prawidłowo przygotowanych próbek z jakością co najmniej odpowiadającą Q20 według Phred i dokładnością co najmniej 99% na przestrzeni co najmniej 800 par zasad. Reakcje nie spełniające tej jakości mogą być poddane procedurze reklamacji, rozpatrywanej w ciągu maksymalnie 5 dni roboczych. W ramach procedury reklamacji Zamawiający może zlecić ponowny odczyt tej samej próbki. W przypadku uznania reklamacji (winy Wykonawcy za niską jakość pierwszego odczytu) ponowny odczyt jest dla Zamawiającego bezpłatny. 7. Wykonawca musi zagwarantować czas sekwencjonowania próbki (od dostarczenia przesyłki kurierskiej do Wykonawcy do udostępnienia wyników w systemie elektronicznym konta klienta) nie dłuższy niż 48 godzin w przypadku dostarczenia przesyłki kurierskiej do godziny 14. Zamawiający dopuszcza wydłużenie czasu sekwencjonowania próbki o dalsze 24 godziny w przypadku dostarczenia przesyłki kurierskiej po godzinie 14. Dla niestandardowych primerów dostarczanych przez Wykonawcę na podstawie sekwencji wprowadzonej w elektronicznym systemie zamawiania przez Zamawiającego, czas wykonania usługi będzie liczony od momentu zsyntetyzowania niestandardowych primerów. Wykonawca musi udostępnić Zamawiającemu możliwość potwierdzenia przez firmę kurierską terminu (daty i godziny) dostarczenia przesyłki do Wykonawcy. Wykonawca musi zapewnić następujące formy reakcji sekwencjonowania: a) sekwencjonowanie z użyciem primerów dostarczonych przez Zamawiającego we wspólnej przesyłce z DNA matrycowym, w oddzielnych probówkach typu eppendorf oznaczonych nalepkami z kodami kreskowymi; b) sekwencjonowanie z użyciem standardowych primerów (co najmniej z następującej listy: CMVfor, M13, M13rev, pcDNA3_for, pcDNA3_rev, SP6, T3, T7) dostarczanych przez Wykonawcę; c) sekwencjonowanie z użyciem niestandardowych primerów dostarczanych przez Wykonawcę na podstawie sekwencji wprowadzonej w elektronicznym systemie zamawiania przez Zamawiającego. Cena każdego z tych rodzajów usługi musi być podana w ofercie. 8. Wykonawca musi zapewnić przechowywanie primerów (przesłanych przez Zamawiającego lub syntetyzowanych na podstawie przesłanej przez niego sekwencji) w swoim laboratorium przez okres co najmniej 3 miesięcy do wykorzystania w kolejnych reakcjach sekwencjonowania. Wykonawca musi zapewnić przechowywanie wyników sekwencjonowania w obrębie elektronicznego systemu konta klienta przez okres co najmniej 12 miesięcy. 9. W przypadku zaistnienia okoliczności niemożliwych do wcześniejszego przewidzenia, niezależnych od Wykonawcy, np. awarii aparatury, Zamawiający dopuszcza wydłużenie terminu realizacji usługi do 7 dni roboczych. W wypadku zaistnienia takich okoliczności Wykonawca jest zobowiązany do natychmiastowego powiadomienia Zamawiającego.
