ĆWICZENIE X Wykaz zagadnień na ćwiczenia z przedmiotu

ĆWICZENIE X
Wykaz zagadnień na ćwiczenia z przedmiotu
Biologia molekularna z elementami diagnostyki
molekularnej
dla studentów II roku kierunku:
biotechnologia medyczna
15.05-19.05.2017
TEMAT: Sekwencjonowanie DNA i RNA w poszukiwaniu mutacji i
polimorfizmów DNA oraz w diagnostyce genów i transkryptów fuzyjnych
Cel: Zapoznanie studentów z różnymi metodami sekwencjonowania DNA oraz
opanowanie umiejętności analizy i umiejętności interpretacji elektroforegramów
sekwencyjnych
1. Sekwencjonowanie pierwszej generacji
a) Metoda chemicznej degradacji DNA (metoda Maxama i Gilberta – 1977)
b) Klasyczna metoda terminacji syntezy łańcucha DNA - metoda Sangera
2. Sekwencjonowanie drugiej generacji  Nowe generacje sekwencjonowania NGS (ang. next generation sequencing): np.
takie w których nie używa się ddNTP
 Pirosekwencjonowanie
 Metoda chemicznej degradacji DNA
 Sekwencjonowanie za pomocą ligazy
 Sekwencjonowanie metodą SOLiD.
 metoda sekwencjonowania SMRT (ang. Single-Molecule Real-Time)
 metoda sekwencjonowania - Solexa (Genome Analyzer)
3. Sekwencjonowanie III generacji - nanoporowe sekwencjonowanie
Piśmiennictwo:
1.
2.
3.
4.
Gola J, Mazurek U, Raczek E. Analiza DNA w medycynie sądowej, wydanie I. Katowice 2012, str 61-63.
Przybecki Z., Pawełkowicz ME., Wojcicki R.
Sekwencjonowanie genomów i rozwój biotechnologii.
Biotechnologia 4 (91) 9–23 2010
Magdalena Kotowska1, Jolanta Zakrzewska-Czerwiñska. Kurs szybkiego czytania DNA – nowoczesne techniki
sekwencjonowania Biotechnologia Biotechnologia 2010 4 (91) 24–38
Krystian Bączkowski, Paweł Mackiewicz, Maria Kowalczuk, Joanna Banaszak, Stanisław Cebrat. Od sekwencji do
funkcji – poszukiwanie genów i ich adnotacje Biotechnologia 3 (70) 22–44 2005