Załącznik nr 1 OPIS PRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA

DZ-2501/48/15
Synteza oligonukleotydów niemodyfikowanych oraz modyfikowanych, sekwencjonowanie DNA i produktów PCR
Załącznik nr 1
OPIS PRZEDMIOTU ZAMÓWIENIA
CPV: 73111000-3 – laboratoryjne usługi badawcze
Oligonukleotydy niezmodyfikowane
Opis uslugi:
- oligonukleotydy DNA standardowe, bez modyfikacji
- oczyszczanie standardowe lub HPLC (szczegóły w formularzu cenowym poniŜej)
- dostarczane w formie liofilizowanej,
- skala syntezy podana w formularzu cenowym,
- sekwencja oraz skala syntezy będą kaŜdorazowo podawane w zamówieniu przesyłanym za pomocą
formularza Wykonawcy na stronie www
- przekazanie produktu syntezy wraz z opisem – max 3 dni roboczych od momentu złoŜenia
zamówienia dla oligonukleotydów oczyszczanych standardowo oraz max 6 dni roboczych dla
oligonukleotydów oczyszczanych przez HPLC
- dodatkowe wymaganie – archiwizowanie danych na temat syntezy i udostępniania ich
Zamawiającemu online przez okres co najmniej 3 m-cy od terminu przeprowadzenia syntezy,
- w przypadku gdy wyniki przeprowadzonych badań (syntez) będą budziły uzasadnione wątpliwości
Zamawiającego co do ich prawidłowości, Wykonawca zobowiązany będzie do powtórzenia badania,
w ramach danego zlecenia bez dodatkowego wynagrodzenia,
- koszt przesyłki wliczony w cenę
- zamawiający przewiduje sukcesywne zlecanie uzaleŜnione od własnych potrzeb związanych z jego
bieŜąca pracą,
- składanie zamówień poprzez stronę internetową wykonawcy (składanie zamówień odbywać się
będzie przez pracowników zamawiającego, którzy posiadać będą konto załoŜone na stronie
Wykonawcy),
- faktura za wykonana usługę będzie dostarczana raz w miesiącu wraz z protokołem, z którego
wynikać będą w szczególności następujące dane: imię i nazwisko zamawiającego, data i numer
zamówienia, ilość nukleotydów, skala syntezy). Faktura i protokół będą dotyczyć usług
zrealizowanych w danym okresie rozliczeniowym.
Oligonukleotydy modyfikowane – sondy
Opis usługi:
- oligonukleotydy DNA modyfikowane (tzw. TaqmanProbe podwójnie znakowane)
- oczyszczanie HPLC (szczegóły w formularzu cenowym poniŜej)
- dostarczane w formie liofilizowanej
- skala syntezy 5-30 umol (szczegóły w formularzu cenowym poniŜej)
- sekwencja, skala syntezy, informacja nt znakowania będą kaŜdorazowo podawane w zamówieniu
przesyłanym za pomocą formularza Wykonawcy na stronie www
- przekazanie produktu syntezy wraz z opisem – max 8 dni roboczych od momentu złoŜenia
zamówienia
- dodatkowe wymaganie – archiwizowanie danych na temat syntezy i udostępniania ich
Zamawiającemu online przez okres co najmniej 3 m-cy od terminu przeprowadzenia syntezy,
- w przypadku gdy wyniki przeprowadzonych badań (syntez) będą budziły uzasadnione wątpliwości
Zamawiającego co do ich prawidłowości, Wykonawca zobowiązany będzie do powtórzenia badania,
w ramach danego zlecenia bez dodatkowego wynagrodzenia,
- koszt przesyłki wliczony w cenę
- zamawiający przewiduje sukcesywne zlecanie uzaleŜnione od własnych potrzeb związanych z jego
bieŜąca pracą.
- składanie zamówień poprzez stronę internetową wykonawcy (składanie zamówień odbywać się
będzie przez pracowników zamawiającego, którzy posiadać będą konto załoŜone na stronie
Wykonawcy),
DZ-2501/48/15
Synteza oligonukleotydów niemodyfikowanych oraz modyfikowanych, sekwencjonowanie DNA i produktów PCR
- faktura za wykonana usługę będzie dostarczana raz w miesiącu wraz z protokołem, z którego
wynikać będą w szczególności następujące dane: imię i nazwisko zamawiającego, data i numer
zamówienia, ilość nukleotydów, skala syntezy). Faktura i protokół będą dotyczyć usług
zrealizowanych w danym okresie rozliczeniowym.
Sekwencjonowanie DNA/produktów PCR
Opis usługi
- Zamawiający będzie dostarczał do Wykonawcy próbki przygotowane w sposób zgodny z
dostarczonym na początku okresu obowiązywania umowy szczegółowym dokumentem opisującym tę
procedurę,
- Zamawiający dostarczy próbkę z opisem i starterami przesyłką kurierską standardową na koszt
Wykonawcy,
- Wykonawca zapewni moŜliwość uŜycia starterów uniwersalnych Wykonawcy wliczonych w cenę
usługi,
- w ramach świadczonej usługi moŜliwość wyboru kilku opcji: sekwencjonowania podstawowego,
sekwencjonowania trudnych matryc i długich sekwencji min. 1000 nukleotydów, sekwencjonowania
DNA na płytkach 96 dołkowych, usługi oczyszczania gotowej reakcji sekwencjonowania,
oczyszczania matrycy, złoŜenie konsensusu (w zaleŜności od zamówienia klienta)
- sekwencjonowanie podstawowe – obejmuje przygotowanie reakcji z uŜyciem starterów
dostarczonych przez Zamawiającego lub starterów uniwersalnych dostarczanych bezpłatnie przez
Wykonawcę oraz dostarczenie wyników w sposób opisany poniŜej.
- sekwencjonowanie trudnych matryc – obejmuje sekwencjonowanie matryc wymagających
specjalnych protokołów lub specjalnych zastawów odczynników,
- sekwencjonowanie długich sekwencji – obejmuje zakres toŜsamy z sekwencjonowaniem
podstawowym, lecz reakcje odczytywane są na dłuŜszych kapilarach,
- oczyszczanie matrycy – obejmuje oczyszczanie produktu PCR z nadmiaru starterów lub dNTPów
pozostałych po reakcji PCR za pomocą odpowiedniego zestawu,
- moŜliwość składania zamówienia za pośrednictwem strony internetowej Wykonawcy (składanie
zamówień odbywać się będzie przez pracowników zamawiającego, którzy posiadać będą konto
załoŜone na stronie Wykonawcy),
- wyniki sekwencjonowania – max 2-3 dni roboczych
- wyniki sekwencjonowania przedstawiane w formie dokumentu tekstowego zawierającego sekwencję
oraz fluorogramu w formacie .pdf i .abi lub .ab1 (otwieranych przez programy FinchTV lub Chromas)
- dostęp do wyników poprzez stronę internetową Wykonawcy
- dodatkowe wymaganie – archiwizowanie wyników sekwencjonowania online przez okres co
najmniej 3 miesięcy od daty przeprowadzenia reakcji.
- 1 powtórzenie sekwencjonowania próbki gratis w przypadku gdy za pierwszym razem nie otrzymano
wyniku
- faktura za wykonana usługę będzie dostarczana raz w miesiącu wraz z protokołem, z którego
wynikać będą w szczególności następujące dane: imię i nazwisko zamawiającego, data i numer
zamówienia, rodzaj usługi, ilość reakcji). Faktura i protokół będą dotyczyć usług zrealizowanych w
danym okresie rozliczeniowym.
Dodatkowe informacje dot. usługi sekwencjonowania:
Wielkość genomów z których będą wykonywane i sekwencjonowane biblioteki - 4000 pz do
30 000 pz; 12-15 kb
Materiał do sekwencjonowania będzie pochodził z wirusa DNA/RNA namnoŜonego na
pierwotnych/ciągłych liniach komórkowych; z wirusa zapalenia tętnic koni (EAV)
Organizm posiada sekwencję referencyjną.
Dostarczany materiał będzie wyizolowany materiał genetyczny (DNA/RNA),
DZ-2501/48/15
Synteza oligonukleotydów niemodyfikowanych oraz modyfikowanych, sekwencjonowanie DNA i produktów PCR
Wyizolowane DNA/RNA.
Zamawiającego interesuje sekwencja genomowa.
pokrycie/próbkę (coverage) oczekiwane przez Zamawiającego powyŜej 50 lub 50-200 razy
Wydanie wyników w ciagu 30 dni roboczych od dostarczenia materiału do
sekwencjonowania genomowego.
Czy usługa sekwencjonowania genomowego ma równieŜ obejmować złoŜenie kontigu.
Zamawiający nie jest w stanie określić z jaka częstotliwością będzie wysyłał materiał do
badań.