Porównanie struktur trzeciorzędowych białek
advertisement
Porównanie struktur trzeciorzędowych białek 1. W bazie danych NCBI wyszukaj sekwencję białka Bncl. 2. Na podstawie pobranej sekwencji uzyskaj teoretyczny model struktury dla białka Bncl (można wykorzystać BLAST w celu uzyskania listy spokrewnionych sekwencji) za pomocą dowolnego, wybranego narzędzia do predykcji struktury trzeciorzędowej białek (np. Modeller, Swiss-Model, 3D-JIGSAW etc.). Opisz krótko wybrane narzędzie i proces uzyskiwania za jego pomocą modelu teoretycznego białka. 3. Pobierz z bazy danych PDB rozwiązaną strukturę białka Bncl w formacie PDB (kod PDBid np. 2ODH). 4. Za pomocą 3 wybranych miar (np. globalne RMSD, GDT, LGA, TM-score, DALI etc.) porównaj rozwiązaną strukturę z uzyskanymi modelami i wskaż najlepszy model. Opisz uzyskane modele (dołącz również w sprawozdaniu obrazki oraz dodatkowo prześlij wraz ze sprawozdaniem pliki modeli w formacie PDB) oraz proces ich porównywania. Opisz krótko zastosowane miary, co daje która miara, która jest lepsza do czego, kiedy którą miarę stosować i dlaczego. W sprawozdaniu należy umieścić wyniki porównania (np. rysunki, wykresy, wartości podobieństwa – to co daje dana metoda w wyniku).
