Genetyka drobnoustrojów

Nazwa przedmiotu: PODSTAWY BIOINFORMATYKI
Forma zaliczenia: zaliczenie
Osoba odpowiedzialna za treści kształcenia: dr Marek Kwinkowski
Wymagania wstępne (nazwy przedmiotów, których uprzednie zaliczenia
wymagane jest dla rozpoczęcia danego przedmiotu): brak
Cele kształcenia:
Zapoznanie studentów z podstawami bioinformatyki, a w szczególności z korzystaniem z
internetowych baz danych sekwencji oraz struktur biopolimerów, i metodami ich analizy
Treści kształcenia:
Wykłady:
1. Internetowe bazy danych biologicznych: bazy sekwencji, struktur biopolimerów,
genomów, oraz specjalistyczne bazy danych.
2. Serwery NCBI oraz EMBL i ich możliwości
3. Podstawowe narzędzia analizy i modyfikacji sekwencji DNA i białek. Projektowanie
starterów PCR
4. Analiza porównawcza sekwencji DNA i białek. Analiza filogenetyczna sekwencji.
5. Wizualizacja struktur przestrzennych białek i ich podstawowa analiza
Ćwiczenia:
1. Przegląd podstawowych baz danych: Genbank, EMBL, Pedant, PDB, Glyco i.in.
Praktyczne korzystanie z podstawowych możliwości tych baz.
2. Praca z serwerami NCBI oraz EMBL. Korzystanie z programu BLAST.
3. Korzystanie z programów BioEdit i GeneDoc. Praktyczne zaprojektowanie pary
starterów PCR.
4. Analiza porównawcza sekwencji DNA i białek programem ClustalW. Analiza
filogenetyczna sekwencji w programie MEGA.
5. Wizualizacja i analiza struktur przestrzennych białek za pomocą Cn3D oraz Swiss
PDB Viewer
Literatura:
1. Higgs P.G., Attwood T.K. „Bioinformatyka i ewolucja molekularna” PWN 2008
2. Baxevanis A.D., Ouellette B.F. (red.) „Bioinformatyka. Podręcznik do analizy
genów i białek” PWN 2005