Porównanie struktur trzeciorzędowych białek

Porównanie struktur trzeciorzędowych białek
1.
W bazie danych NCBI wyszukaj sekwencję białka Bncl.
2.
Na podstawie pobranej sekwencji uzyskaj teoretyczny model struktury dla białka Bncl
(można wykorzystać BLAST w celu uzyskania listy spokrewnionych sekwencji) za
pomocą dowolnego, wybranego narzędzia do predykcji struktury trzeciorzędowej białek
(np. Modeller, Swiss-Model, 3D-JIGSAW etc.). Opisz krótko wybrane narzędzie i proces
uzyskiwania za jego pomocą modelu teoretycznego białka.
3.
Pobierz z bazy danych PDB rozwiązaną strukturę białka Bncl w formacie PDB (kod PDBid
np. 2ODH).
4.
Za pomocą 3 wybranych miar (np. globalne RMSD, GDT, LGA, TM-score, DALI etc.)
porównaj rozwiązaną strukturę z uzyskanymi modelami i wskaż najlepszy model. Opisz
uzyskane modele (dołącz również w sprawozdaniu obrazki oraz dodatkowo prześlij wraz
ze sprawozdaniem pliki modeli w formacie PDB) oraz proces ich porównywania.
Opisz krótko zastosowane miary, co daje która miara, która jest lepsza do czego, kiedy
którą miarę stosować i dlaczego.
W sprawozdaniu należy umieścić wyniki porównania (np. rysunki, wykresy, wartości
podobieństwa – to co daje dana metoda w wyniku).