ppt do pobrania - Zakład Biologii Komórki

Praktikum z biologii komórki (BT2-106)
http://www.uj.edu.pl/web/zbk/dydaktyka/kursy/bt2-106
Charakterystyka kursu:
• 60 godzin laboratoryjnych
Koordynator: dr Marta Michalik (p. C118)
Prowadzący:
nauczyciele akademiccy ZBK
Zasady zaliczenia:
• uczestniczenie w zajęciach
(dopuszczana 1 nieobecność usprawiedliwiona)
• przygotowywanie się na ćwiczenia
(sprawdzanie wiadomości – kolokwium cząstkowe przed ćwiczeniami – na ocenę;
ocen niedostatecznych nie poprawia się)
• przygotowanie i wygłoszenie referatu (obligatoryjne)
• kolokwium zaliczeniowe
Ocena z kursu jest średnią ważoną:
• ocen cząstkowych otrzymanych przez studenta w trakcie ćwiczeń praktycznych
(oceny od każdego prowadzącego zajęcia) wraz z oceną z referatu (50%)
• oceny z kolokwium zaliczeniowego (50%)
Praktikum z biologii komórki
ĆWICZENIA ORGANIZACYJNE
• Zasady zaliczenia kursu
• Podstawowe zasady przestrzegania przepisów BHP:
- zasady pracy w laboratorium o poziomie zagrożenia biologicznego BL- 1
- zasady BHP w pracowni chemicznej
• Plan wszystkich zajęć laboratoryjnych
ZAKŁADANIE HODOWLI PIERWOTNYCH
FIBROBLASTÓW ZARODKA KURCZĘCIA
Ćwiczenie ma na celu
zapoznanie się z podstawowymi technikami bezpośredniej izolacji komórek z tkanek i ich
przygotowania do hodowli w układach in vitro
7-dzień
Etapy procedury:
1.
Pozyskanie tkanki z organizmu
2.
Dysocjacja tkanki
3.
Oczyszczanie uzyskanej populacji
z niepożądanych typów komórek
Zagadnienia do przygotowania:
1.
Hodowle komórkowe in vitro
Zalecana literatura:
Instrukcje do ćwiczeń
1.
D. F. Huelser „Mammalian Cell Culture Methods”
20-dzień
TRÓJWYMIAROWE HODOWLE KOMÓREK
MIĘŚNIA SERCOWEGO
Celem ćwiczenia jest zapoznanie się
z techniką zakładania hodowli agregatów
komórek serca zarodka kurczęcia.
Omówione zostaną zagadnienia dotyczące
badań nad macierzystymi komórkami serca.
Tematy referatów:
1. Mechanizm skurczu mięśni poprzecznie
prążkowanych i mięśni gładkich
2. Porównanie morfologii i funkcji komórek mięśni
poprzecznie prążkowanych, mięśni gładkich i
komórek mięśnia serca
Materiał obowiązujący do ćwiczeń:
Budowa serca – mechanizm skurczu
ZASTOSOWANIE CYFROWYCH, CHŁODZONYCHCH
KAMER CCD
W MIKROSKOPII FLUORESCENCYJNEJ
Jednym ze sposobów zapisu obrazu z mikroskopii fluorescencyjnej jest
zastosowanie cyfrowych kamer CCD. Celem ćwiczeń jest poznanie
podstawowych zasad użycia tego rodzaju sprzętu
współdziałającego
ze zautomatyzowanym mikroskopem fluorescencyjnym
Ćwiczenie ma na celu:
1. Praktyczne poznanie podstawowych zasad działania cyfrowych kamer
CCD.
2. Poznanie zasad obsługi automatycznego mikroskopu fluorescencyjnego.
Zagadnienia do przygotowania:
1. Zasada działania mikroskopu fluorescencyjnego
2. Podstawowe pojęcia dotyczące komputerowej analizy obrazu
3. Zasada działania kamer CCD
Zalecana literatura:
1. Podstawy biologii komórki, Wprowadzenie do biologii molekularnej pod
redakcją B. Alberts`a.
2. http://www.microscopyu.com/articles/digitalimaging/index.html
ZASTOSOWANIE ZAUTOMATYZOWANYCH SYSTEMÓW
MIKROSKOPOWYCH DO POKLATKOWEJ REJESTRACJI
PROCESÓW BIOLOGICZNYCH
Ćwiczenie ma na celu:
1. Poznanie zasad obsługi automatycznego mikroskopu fluorescencyjnego
2. Przeprowadzenie doświadczenia polegającego na wykorzystaniu
systemu mikroskopowego do rejestracji migracji komórek w zadanym
okresie czasu, przy określonym kroku czasowym oraz wybraniu kilku
różnych miejsc analizowanego preparatu
Tematy referatów:
1. Mechanizmy ruchów komórkowych
2. Dictyostelium discoideum jako organizm modelowy w badaniach
migracji komórek
Zagadnienia do przygotowania:
1. Zasada działania mikroskopu
fluorescencyjnego
2. Podstawowe pojęcia dotyczące
komputerowej analizy obrazu
3. Zasada działania kamer CCD
4. Metody określania aktywności
ruchowej komórek
Zalecana literatura:
1. Podstawy biologii komórki, Wprowadzenie do
biologii molekularnej pod redakcją
B. Alberts`a.
2.http://www.microscopyu.com/articles/digitalima
ging/index.html
3. Z. Madeja. Wpływ homo- i heterotypowych
oddziaływań komórka-komórka na
aktywność ruchową komórek
nowotworowych. Seria Wydawnicza
Instytutu Biologii Molekularnej
i Biotechnologii UJ. Kraków 2002. str. 20-26
REJESTRACJA I ANALIZA MIGRACJI KOMÓREK
ZWIERZĘCYCH.
ROLA KINAZY BIAŁKOWEJ C W REGULACJI AKTYWNOŚCI
RUCHOWEJ KOMÓREK
KONTROLA
Ruch komórek towarzyszy wielu procesom zachodzącym w żywych
organizmach, takim jak embriogeneza, regeneracja i gojenie się ran czy
reakcje obronne układu odpornościowego
Ćwiczenie ma na celu:
1. Zapoznanie się z wybranymi mechanizmami regulacji ruchu komórek
zwierzęcych
2. Zapoznanie się z metodami rejestracji i analizy ruchów komórek
TPA
Temat referatu:
Rola kinazy białkowej C w regulacji ruchów komórek
Zagadnienia do przygotowania:
1. Aktywność ruchowa komórek niemięśniowych
2. Udział kinazy białkowej C w przekazywaniu sygnału w komórce
3. Wpływ estrów forbolu na aktywność ruchową komórek
Zalecana literatura:
1. Podstawy biologii komórki, Wprowadzenie do biologii molekularnej pod redakcją B. Alberts`a.
2. Klein A. (2002) Molekularne podstawy regulacji hormonalnej. Sygnalizacja międzykomórkowa i wewnątrzkomórkowa.
(str 103-109)
3. Sroka J.(2009) Wpływ organicznych pochodnych cyny i ołowiu na migrację komórek zwierzęcych oraz
międzykomórkową komunikację za pośrednictwem złącz szczelinowych (str. 14-20)
4. Wiadomości z ćwiczeń z biologii komórki dotyczące mechanizmów ruchów komórkowych
METODY IMMUNOCYTOCHEMICZNE
BARWIENIA FLUORESCENCYJNE KOMÓREK
PRAWIDŁOWYCH I NOWOTWOROWYCH
Ćwiczenie ma na celu
wykazanie obecności i kolokalizacji
rożnych struktur w komórkach
zwierzęcych poprzez równoczesne
wybarwienie ich kilkoma barwnikami
fluorescencyjnymi
(cytoimmunofluorescencja pośrednia)
Temat referatu:
Metody immunocytochemiczne w badaniach biologii komórki
Zagadnienia do przygotowania:
1. Organizacja, funkcje i metody badania
cytoszkieletu w komórkach zwierzęcych.
2. Metody immunocytochemiczne i ich
znaczenie w badaniach biologii komórki.
3. Zastosowanie barwników fluorescencyjnych
w badaniach struktury i funkcji komórek.
Zalecana literatura:
B. Alberts i inni – Podstawy Biologii Komórki, PWN 2005;
rozdz.17.
Red. J. Kawiak i M. Zabel – Seminaria z cytofizjologii, WMed
2002, rozdz.7 i 14
Red. M. Zabel – Immunocytochemia, PWN 1999, rozdz.1, 2 i 4
Kursy: „Podstawy biologii komórki” i „Biologia komórki” –
Budowa i funkcje cytoszkieletu
ZASTOSOWANIE METOD
IMMUNOCYTOCHEMICZNYCH
W DIAGNOSTYCE NOWOTWORÓW
Cel ćwiczenia:
wykorzystanie metody
immunocytofluorescencji pośredniej do
identyfikacji komórek prawidłowych i
nowotworowych w hodowlach in vitro
Temat referatu:
Wykorzystanie metod
immunocytochemicznych w diagnostyce
medycznej
Zagadnienia do przygotowania:
1. Organizacja, funkcje i metody badania
cytoszkieletu w komórkach zwierzęcych
(prawidłowych i nowotworowych).
2. Metody immunocytochemiczne i ich
znaczenie w badaniach biologii komórki.
3. Zastosowanie barwników
fluorescencyjnych w badaniach struktury i
funkcji komórek.
Zalecana literatura:
B. Alberts i inni. – Podstawy Biologii Komórki, PWN 2005; rozdz.21.
Red. M. Zabel – Immunocytochemia, PWN 1999, rozdz.13-17 (tylko
„markery nowotworowe”)
Red. I. Kątnik Prastowska – Immunochemia w biologii medycznej,
PWN 2009, rozdz. 1, 2.1
WIZUALIZACJA I ANALIZA PROCESÓW BIOLOGICZNYCH
Z WYKORZYSTANIEM ZAUTOMATYZOWANEGO
MIKROSKOPU FLUORESCENCYJNEGO LEICA DMI 6000B
Ćwiczenie ma na celu:
1. Zapoznanie się z metodą
całkowitego odbicia wewnętrznego
fluorescencji (TIRF)
2. Wizualizację białek cytoszkieletu
komórek
Zagadnienia do przygotowania:
1. Mikroskopia fluorescencyjna
2. TIRF
Zalecana literatura:
1.http://www.microscopyu.com/articles/fluor
escence/tirf/tirfintro.html
Zakład Biologii Komórki, WBBiB UJ
„The Faculty of Biochemistry, Biophysics and Biotechnology of the Jagiellonian University is a beneficient of the structural funds from
the European Union (grant No: POIG.02.01.00-12-064/08 — “Molecular biotechnology for health”)
KOMUNIKACJA MIĘDZYKOMÓRKOWA
Złącza szczelinowe zbudowane są z kompleksów białkowych
tworzących międzykomórkowe kanały, które łączą przedziały
cytoplazmatyczne sąsiednich komórek. Kanały złącz
zbudowane są z dwóch koneksonów, heksamerów białek z
rodziny koneksyn
Funkcja złącz szczelinowych…
NH3+
1
E1
- tworzenie kanałów łączących przedziały
cytoplazmatyczne sąsiednich komórek
2
- międzykomórkowa bierna wymiana
dobnocząsteczkowych metabolitów o
3
E2
4
COO
Ćwiczenie ma na celu
zapoznanie się z ilościową techniką wizualizacji komunikacji
międzykomórkowej za pośrednictwem złącz szczelinowych.
_
masie poniżej 1.5 kDa
Temat referatu:
Budowa i funkcje koneksyn.
Zagadnienia do przygotowania:
1.
Zasada działania mikroskopu fluorescencyjnego
2.
Analizy
intensywności
międzykomórkowego
transferu
metabolitów techniką scrape-loading
3. Test żywotności komórek z wykorzystaniem dwuoctanu
fluoresceiny
4.
Podstawy cytometrii przepływowej
Zalecana literatura:
1.
Instrukcje do ćwiczeń
Podstawy biologii komórki, Wprowadzenie do biologii molekularnej pod redakcją B.
Alberts`a.
3.
Anna Skotny i Joanna Pucińska WSPÓŁCZESNA CYTOMETRIA PRZEPŁYWOWA
Acta Bio-Optica et Informatica Medica Inżynieria Biomedyczna, vol. 19, nr 1, 2013
2.
Konekson
(Eckert &Huelser, zmienione)
189
Kanały łączące przedziały cytoplazmatyczne sąsiednich komórek
KOLOKWIUM ZALICZENIOWE
TEST: