PRACOWNIA BADAŃ TRANSLACYJNYCH

PRACOWNIA BADAŃ TRANSLACYJNYCH TEMATYKA BADAWCZA:
Charakteryzowany jest profil ekspresji mikroRNA w mięsakach macicy celem określenia roli mikroRNA
w etiopatogenezie oraz identyfikacji nowych markerów diagnostycznych.
Obecnie wdrażana jest molekularna ocena choroby resztkowej (ang. minimal residual disease, MRD) w oparciu o metodę
ilościowego PCR w czasie rzeczywistym (qPCR) w celu monitorowania skuteczności leczenia chorych na chłoniaki płaszcza,
jak również zbadanie, czy wyniki leczenia chorych na chłoniaka z komórek płaszcza zależą od poziomu i dynamiki
minimalnej choroby resztkowej.
Analizowany jest status genów: KRAS, NRAS, EGFR, BRAF, PIK3CA, cKIT, HER2, GNA11, GNAQ w celu opracowania
molekularnych metod przesiewowych mających zastosowanie w kwalifikacji pacjentów do tzw. terapii celowanych.
Leczenie celowane (leczenie ukierunkowane molekularne) opiera się na zastosowaniu leków (przeciwciał monoklonalnych
lub inhibitorów drobnocząsteczkowych), których punktem uchwytu są białka prawidłowe lub zmienione w wyniku
onkogenezy — związane z powstaniem i progresją nowotworów złośliwych. Aby chory mógł odnieść korzyść z takiego
leczenia konieczna jest diagnostyka molekularna określająca uwarunkowania biologiczne działania danego leku
celowanego.
Określenie statusu genu KRAS w przerzutującym raku jelita grubego pozwala na wyselekcjonowanie pacjentów
mogących odnieść korzyści z terapii celowanej przeciwciałami monoklonalnymi panitumumabem i cetuksymabem
skierowanymi przeciw receptorowi naskórkowego czynnika wzrostu (EGFR). W przypadku niedrobnokomórkowego raka
płuc (NDRP), konieczne jest określenie statusu genu EGFR przed zastosowaniem terapii z użyciem inhibitorów
drobnocząsteczkowych gefitinibu i erlotinibu, natomiast u pacjentów chorych na czerniaka wymagana jest ocena statusu
genu BRAF przed zastosowaniem inhibitora kinazy BRAF – vemurafenibu.
Celem badań prowadzonych w Zakładzie jest również identyfikacja nowych molekularnych czynników
prognostycznych, predykcyjnych i celów terapeutycznych w wybranych typach histologicznych mięsaków tkanek miękkich
i kości. Uzyskane wyniki potwierdziły znaczenie prognostyczne oceny stopnia rearanżacji genomu metodą aCGH (ang. array
comparative genomic hybridization) oraz poziomu ekspresji genów związanych z kontrolą przebiegu mitozy i stabilnością
chromosomów z wykorzystaniem mikromacierzy ekspresyjnych u pacjentów z maziówczakiem złośliwym. Rezultatem
badań nad maziówczakiem złośliwym było także scharakteryzowanie trzech nowych wariantów transkryptów fuzyjnych
SS18-SSX1/2. Badania dotyczące obecności i profilu ekspresji genów w krążących komórkach nowotworowych u chorych na
mięsaka Ewinga wskazują na potencjalną przydatność prognostyczną oznaczania poziomu ekspresji genu CDH2 kodującego
N-kadherynę oraz genu CDT2 we krwi obwodowej chorych na ten nowotwór.
W ramach projektu "Molekularna charakterystyka wybranych markerów statusu mutacyjnego czerniaka
w III stopniu zaawansowania" charakteryzujemy grupę przerzutów czerniaka do węzłów chłonnych pod kątem zmian
molekularnych warunkujących heterogenność czerniaka oraz ich powiązanie z cechami kliniczno-patologicznymi. Badana
jest obecność mutacji w genach ze ścieżek sygnałowych zaangażowanych w rozwój czerniaka, a także delecji i amplifikacji
fragmentów genomu oraz zmian na poziomie ekspresji białek.
Pracownia zajmuje się oceną znaczenia zmian ekspresji i metylacji DNA regionów regulatorowych genów
kodujących białka połączeń międzykomórkowych w progresji nowotworów jelita grubego. W badaniu porównywany jest
poziom ekspresji mRNA kadheryn E, N, P oraz kadheryny 17 oraz innych wybranych genów kodujących cząsteczki
powierzchniowe w tkankach: prawidłowej, gruczolaka oraz raka jelita grubego. Ekspresja wybranych białek oceniana jest
również przy wykorzystaniu barwienia immunohistochemicznego. Zaburzenie poziomu ekspresji genów w tkance
nowotworowej powiązane mogą być ze zmianami genetycznymi lub epigenetycznymi. W badaniu oceniane są zmiany
poziomu metylacji DNA regionów promotorowych genów metodą pirosekwencjonowania oraz zmiany liczby kopii
badanych genów.
Badane jest także znaczenie zaburzeń metylacji DNA w patogenezie i progresji oponiaków. Badanie obejmuje
ocenę zmian ogólnego poziomu metylacji, zaburzeń metylacji niekodujących sekwencji powtórzonych, a także analizę
metylacji szerokiego panelu regionów promotorowych genów związanych z nowotworzeniem. Ponadto badany jest wpływ
metylacji promotora genu na jego ekspresję i stan funkcjonalny chromatyny.
PRACOWNIA BADAŃ TRANSLACYJNYCH W ubiegłych latach w pracowni opracowano wielomarkerowy test (MART 1, tyrozynaza i uMAGE) oparty
o dwustopniową reakcję RT-PCR, pozwalający na wykrycie komórek czerniaka krążących we krwi i obecnych w płynie
limfatycznym, przydatny do przewidywania przebiegu choroby.
Badano wartość predykcyjną i rokowniczą oznaczeń krążących komórek nowotworowych jako potencjalnych
komórek przerzutujących w raku odbytnicy po leczeniu chirurgicznym z zastosowaniem gąbki gentamycynowej.
Na podstawie analizy profili ekspresji genów w węzłach chłonnych wyłoniono potencjalne markery
przerzutowania raka sromu. Geny te mogą stanowić użyteczne markery prognostyczne, bowiem zaobserwowano
znamienną korelację pomiędzy poziomem ich ekspresji a czasem do wznowy węzłowej u chorych na raka sromu.