Szczegółowy program zajęć z mikrobiologii 2014/2015,

Szczegółowy program zajęć z mikrobiologii 2014/2015,
kierunek: analityka medyczna
Zalecane podręczniki: (najnowsze wydania)
- Murray P. R., Rosenthal K.S., Pfaller M.A. Mikrobiologia. wyd. I polskie, red. A.Przondo-Mordarska, G.Martirosian,
A. Szkaradkiewicz
- Diagnostyka bakteriologiczna – E. Szewczyk
- Antybiotykoterapia praktyczna – D. Dzierżanowska
- Zakażenia szpitalne – D. Dzierżanowska, J. Jeljaszewicz
- Wirusologia – L. Collie, J. Oxford
- Choroby przenoszone drogą płciową – T. Mroczkowski
1a. Podstawy różnicowania bakterii i grzybów.
Historia mikrobiologii. Ogólna systematyka drobnoustrojów.
Morfologia bakterii i grzybów: kształt, wymiary, budowa komórki bakteryjnej, struktury powierzchniowe (fimbrie, rzęski, slime,
otoczki) i wewnątrzkomórkowe (nukleoid, rybosomy, mezosomy, plazmidy, transpozony, przetrwalniki, ziarnistości). Podział bakterii
na Gram-dodatnie i Gram-ujemne, różnice w budowie ich ściany komórkowej. Drobnoustroje z defektywną ścianą komórkową:
mykoplazmy, protoplasty, sferoplasty, formy L. Podstawowe cechy różnicujące komórkę Procaryota i Eucaryota.
Metody badania morfologii drobnoustrojów – badania mikroskopowe: preparaty przyżyciowe i barwione. Zastosowanie różnych typów
mikroskopów w mikrobiologii. Metody barwienia – podziały, zastosowanie praktyczne (metoda Grama, Ziehl-Neelsena, Neissera,
Giemsy, Lőfflera, metoda pozytywna, negatywna, pozytywno-negatywna).
Ogólna systematyka drobnoustrojów: królestwo, typ, klasa, rząd, rodzina, rodzaj, gatunek; szczep, biotyp, serotyp, serowar, serogrupa.
Podstawowe grupy bakterii Gram-dodatnich: ziarniaki: Staphylococcus, Streptococcus, Enterococcus, Peptostreptococcus; laseczki:
Bacillus, Clostridium; pałeczki: Corynebacterium, Listeria, Lactobacillus, Propionibacterium; prątki: Mycobacterium; promieniowce:
Actinomyces, Nocardia, Streptomyces.
Podstawowe grupy bakterii Gram-ujemnych: – ziarniaki: Neisseria spp., Veilonella spp.; różne grupy pałeczek: z rodziny
Enterobacteriaceae (E coli, Klebsiella, Salmonella...), niefermentujace: Pseudomonas, Acinetobacter; inne: Vibrio, Campylobacter,
Helicobacter, Haemophilus, Bordetella, Gardnerella, Legionella..., beztlenowe: Bacteroides, Fusobacterium...; krętki – Treponema,
Borrelia; riketsje; chlamydie; mykoplazmy.
Część praktyczna:
Omówienie zasad BHP w pracowni mikrobiologicznej. Mycie rąk.
Omówienie zasad wykonywania i barwienia preparatów.
Wykonanie i oglądanie preparatów przyżyciowych – kropla wisząca.
Wykonanie preparatów barwionych z hodowli płynnej i stałej metodą Grama, Ziehl-Neelsena, Lőfflera, Neissera, metodą pozytywnonegatywną. Oglądanie preparatów bezpośrednich z różnych materiałów klinicznych: ropa z czyraka, plwocina, krew, pochwa.
Badanie ruchu bakterii – posiew na podłoża półpłynne i stałe.
1b. Podstawy różnicowania bakterii i grzybów.
Część praktyczna:
Wejściówka.
Technika mikroskopii immersyjnej. Ocena mikroskopowa wykonanych preparatów. Ocena wielkości i morfologii drobnoustrojów oraz
różnicowanie poszczególnych grup drobnoustrojów na podstawie preparatów własnych i pokazowych.
Odczytanie zdolności ruchu bakterii.
2a. Metody hodowli bakterii i grzybów.
Fizjologia drobnoustrojów – wymagania odżywcze (skład chemiczny komórki bakteryjnej, różne zapotrzebowanie na składniki
pokarmowe); metabolizm – zapotrzebowanie na źródło węgla i źródło energii (autotrofy, heterotrofy, chemolitotrofy,
chemoorganotrofy); zapotrzebowanie na tlen (bezwzględne tlenowce, względne beztlenowce, beztlenowce, mikroaerofile); wpływ
temperatury (psychrofile, mezofile, termofile), pH, ciśnienia, potencjału oksydoredukcyjnego na wzrost bakterii. Różnice w
zapotrzebowaniu wzrostowym różnych grup drobnoustrojów (większość bakterii – podłoża sztuczne; riketsje, chlamydie – namnażanie
w żywych komórkach).
Podłoża do hodowli bakterii i grzybów – podziały, przykłady (płynne stałe, półpłynne; proste wzbogacone, wybiórczo-różnicujące,
wybiórczo-namnażające, specjalne, podłoża chromogenne); Wykorzystanie metabolizmu i różnych podłoży do różnicowania
drobnoustrojów. Metody hodowli bakterii beztlenowych i wymagających zwiększonej atmosfery CO2 – proste testy, szeregi
biochemiczne, podłoża selektywne, chromogenne
Wzrost i rozmnażanie bakterii i grzybów – cykle rozwojowe, fazy namnażania, szybkość wzrostu poszczególnych drobnoustrojów na
podłożach sztucznych. Różnicowanie drobnoustrojów na podstawie rodzaju wzrostu na podłożach płynnych (zmętnienie) i stałych
(kolonie).
Zmienność bakterii – genotyp, fenotyp, mutacja, rekombinacja (koniugacja, transdukcja, transformacja). Znaczenie praktyczne różnych
zmian w genotypie (zmiana cech morfologicznych, biochemicznych, chorobotwórczości, wrażliwości na antybiotyki).
1
Część praktyczna:
Wejściówka.
Film. API.
Wizyta w pożywkarni i pracowni bakteriologicznej – przygotowanie szkła i pożywek, wykorzystanie podłoży w rutynowej diagnostyce
mikrobiologicznej.
Oglądanie różnych podłoży do hodowli drobnoustrojów przed i po posiewie.
Ocena wzrostu bakterii i grzybów na podłożach stałych i płynnych – charakterystyka morfologiczna i „biochemiczna” kolonii.
Metody hodowli bakterii beztlenowych i wymagających zwiększonej atmosfery CO2.
Zasady przygotowywania podłoży sztucznych (szkło, odczynniki, podłoża gotowe) i wykonywania posiewów. Techniki posiewów
mikrobiologicznych. Wykonanie posiewów z różnych materiałów na podłoża stałe i płynne.
Wykonanie testu na rozkład indolu i malonianu.
Wykonanie testu API.
2b. Podstawowe metody identyfikacji bakterii i grzybów.
Część praktyczna:
Wykonanie prostych testów biochemicznych: KOH, katalaza, oksydaza.
Identyfikacja drobnoustrojów na podłożach chromogennych.
Odczytanie testu na rozkład indolu i malonianu.
Odczytanie testu API metodą manualną i komputerową (ATB). Odczyt testów: VITEK 2 Compact, Mycoplasma Duo, Candifast.
3a. Podstawy wirusologii.
Podstawowe cechy wirusów różniące je od innych drobnoustrojów. Budowa i wymiary wirusów. Właściwości i udział poszczególnych
struktur wirusów w patomechanizmie zakażenia, w diagnostyce, do produkcji szczepionek. Fazy replikacji wirusów, wpływ typu
replikacji na przebieg zakażenia wirusowego. Priony.
Metody namnażania wirusów (hodowle komórkowe, zarodki ptasie, wrażliwe zwierzęta).
Metody wykrywania namnożonych wirusów: efekt cytopatyczny, metoda łysinkowa, odczyn hemaglutynacji, odczyn hemadsorpcji,
odczyn neutralizacji, metody mikroskopowe.
Bakteriofagi, mykofagi i ich zastosowanie w medycynie. Liza i lizogenia.
Podstawowe taksony wirusów:
dsDNA: Herpesviridae (Human herpesvirus - HHV-1, HHV-2, HHV-3 (VZV), HHV-4 (EBV), HHV-5 (CMV), HHV-6, HHV-7,
HHV-8; Adenoviridae (Human adenovirus -HAdV-A, -B, -C, -D, -E, -F); Polyomaviridae (BK polyomavirus - BKPyV, JCPyV);
Papillomaviridae (Human papillomavirus - HPV); Poxviridae: (Vaccinia virus - VACV, Variola Variola virus -VARV, wirus mięczaka
zakaźnego - Molluscum contagiosum virus (MOCV),),
ssDNA: Parvoviridae (B19 virus - B19V)
używające odwrotnej transkryptazy: Hepadnaviridae (Hepatitis B virus HBV); Retroviridae (Human immunodificiency virus - HIV-1,
HIV-2, Primate T-lymphotropic virus - PTLV-1, PTLV-2 (HTLV)
dsRNA: Reoviridae (Rotavirus A – RV-A, Rotavirus B – RV-B, Colorado thick fever virus- (CTFV)
ssRNA(-): Orthomyxoviridae (Influenza A- FLUAV, Influenza B - FLUBV, Influenza C - FLUCV);
Paramyxoviridae (Human parainfluenza virus - HPIV-1, HPIV-3, Measles virus – MEV, Mumps
virus – MuV, Human respiratory syncytial virus – HRSV); Rabdoviridae (Vesicular stomatitis New Jersey virus
– VSNJV, Rabies virus – RABV); Bornaviridae (Borna disease virus – BDV); Filoviridae (Za Seoul virus –
SEO; Zaire Ebola Virus, Marburg virus); Bunyaviridae (Hantaan virus – HTNV, Dobrava-Belgrad virus –
DOBV, Puumala virus – PUUV, Sin Nombre virus – SNV, Rift Valley fever virus – RVFV); Arenaviridae
(Lassa virus - LASV, Junin virus – JUNV, Machupo virus – MACV, Guanarito virus – GTOV, Sabia virus –
SABV), Hepatitis delta virus - HDV; Picornaviridae (enterowirusy: Coxackie, Echo Polio; rinowirusy: Human
rhinovirus - HRV-A, HRV-B; Hepatitis A virus – HAV, Foot-and-mouth disease virus – FMD); Calciviridae
(Norovirus – (Norwalk virus) - NV, Sapporo virus – SV); Astroviridae Human astrovirus – HastV);
ssRNA(+): Coronaviridae (Coronavirus, SARS, Torovirus); Togaviridae (Rubella virus - RUBV); Flaviviridae
(Tick-borne encephalitis virus –TBEV, Yellow fever virus - YFV, Dengue virus - DENV, West Nile virus- WNV,
Hepatitis C virus – HCV); Hepeviridae: Hepatitis E virus;
Część praktyczna:
Wejściówka.
Filmy. HPV – od patogenezy do immunoprofilaktyki raka szyjki macicy. Skuteczna inaktywacja wirusów powodujących zapalenie
wątroby typu „B”.
Omówienie zasad hodowli wirusów w hodowlach komórkowych, na zarodkach kurzych i wrażliwych zwierzętach.
Demonstracja hodowli komórkowych: efekt cytopatyczny, hemadsorpcja.
Oglądanie dodatniego odczynu IF w kierunku wirusa wścieklizny (tkanka mózgowej chorego zwierzęcia).
Wykrywanie wirusów metodą hemaglutynacji - odczyn szkiełkowy (jakościowy) i probówkowy (ustalenie miana wirusa).
Wykrywanie DNA wirusa HPV metodą PCR + hybrydyzacja in situ.
Pobieranie wymazów z nosa, gardła, ucha, skóry, wykonanie posiewów redukcyjnych.
2
3.b Związki wzajemne między drobnoustrojami a człowiekiem.
Formy współżycia między drobnoustrojami: synergizm, antagonizm, obojętność – przykłady.
Współżycie drobnoustrojów z organizmem: symbioza, komensalizm, saprofityzm, oportunizm, pasożytnictwo, nosicielstwo, antybioza.
Fzjologiczna Mikrobiota (flora) człowieka - skóra, układ oddechowy, pokarmowy, moczowo-płciowy. Rola i uwarunkowania
najczęściej występujących drobnoustrojów.
Chorobotwórczość (zjadliwość) drobnoustrojów – zakaźność, inwazyjność, toksyczność.
Czynniki warunkujące chorobotwórczość: struktury powierzchniowe – (fimbrie, otoczki, substancje śluzowe, białka adhezyjne),
toksyny (egzotoksyny, endotoksyny, enterotoksyny, mechanizmy działania toksyn), enzymy (np. koagulaza, hialuronidaza….).
Terminy związane z zakażeniem, zapaleniem i epidemiologią chorób infekcyjnych: adhezja, kolonizacja, kontaminacja, inwazja,
ewazja, zakażenie (ostre, przewlekłe, oportunistyczne, miejscowe, układowe, uogólnione, bezobjawowe, objawowe, latentne, mieszane,
pierwotne, reinfekcja, superinfekcja, szpitalne, pozaszpitalne, endogenne, egzogenne, wrodzone, nabyte, antroponoza, antropozoonoza,
zoonoza, sapronoza, bakteriemia, posocznica, intoksykacja, zarażenie, rezerwuar zarazka, źródło zakażenia, wrota zakażenia, okres
wylegania, epidemia, endemia, pandemia, współczynnik zachorowalności, wskaźniki: zapadalność, chorobowość, umieralność,
śmiertelność.
Część praktyczna:
Wejściówka.
Film. Higieniczne odkażanie rąk.
Odczytanie posiewów wykonanych z różnych miejsc występowania drobnoustrojów w organizmie.
Wstępna identyfikacja wychowywanych drobnoustrojów – ocena morfologii kolonii, preparaty z hodowli, proste testy identyfikujące
(katalaza, CF). Interpretacja wyniku.
Przykłady współżycia drobnoustrojów – bakterie tlenowe i beztlenowe, posiew z mamką.
4a. Podstawy wykrywania zakażeń.
Cel i znaczenie badania mikrobiologicznego.
Zasady pobierania materiału do badań mikrobiologicznych: okres pobierania, rodzaje materiałów, sposoby pobierania,
przechowywania i transportu, skierowanie do pracowni mikrobiologicznej.
Opracowanie materiału w pracowni bakteriologicznej – wykonanie i znaczenie praktyczne poszczególnych etapów:
- badanie mikroskopowe - preparat bezpośredni barwiony metodą Grama lub inną ewentualnie wykazanie antygenu bezpośrednio w
materiale metodami serologicznymi lub genetycznymi;
- posiewy na odpowiednie podłoża bakteriologiczne;
- identyfikacja wyhodowanych drobnoustrojów - preparat z hodowli, ocena morfologii kolonii, badanie cech biochemicznych, badanie
serologiczne, typowanie fagowe, sondy molekularne;
- oznaczenie wrażliwości na antybiotyki;
- badanie zjadliwości drobnoustrojów (metody in vivo i in vitro);
Wiarygodność wyniku - błędy przedlaboratoryjne, błędy laboratoryjne, kliniczna interpretacja wyniku badania bakteriologicznego.
Oznaczanie miana przeciwciał w surowicy – różne odczyny serologiczne.
Część praktyczna:
Wejściówka.
Oglądanie różnych typów wymazów i naczyń do pobierania materiału oraz podłoży transportowych.
Omówienie i wypełnienie skierowania na badanie bakteriologiczne.
Przeprowadzenie i omówienie badania bakteriologicznego na przykładzie badania ropy – preparat bezpośredni, posiew na podłoża:
agar z krwią, McConkeya, Chapmana, tioglikolanowe; różnicowanie wyrosłych kolonii (gronkowce – koagulaza, E coli – szereg
biochemiczny), antybiogram.
Oglądanie preparatów bezpośrednich z różnych materiałów.
Oglądanie hodowli z różnych materiałów w pracowni bakteriologicznej.
Oglądanie surowic wzorcowych do różnicowania bakterii.
Pobranie materiałów z powierzchni nieożywionych, posiewów odciskowych palców przed i po umyciu i dezynfekcji, część wstępna
badania czystości powietrza.
Pobranie próbek z powierzchni metodą odciskową płytkami agarowymi z meniskiem wypukłym – podłoża typu Count-Tact.
Wysianie Sporalu.
4b. Metody niszczenia drobnoustrojów poza organizmem ludzkim.
Sanityzacja, dezynfekcja, sterylizacja – definicja, praktyczne zastosowanie.
Dezynfekcja:
* fizyczna: termiczna (pasteryzacja, tyndalizacja, dekoktacja -gotowanie), promieniowanie UV;
*chemiczna: kwasy, zasady, alkohole, aldehydy, związki zawierające aktywny chlor i jod, pochodne fenolowe, detergenty i mydła,
związki utleniające, związki metali ciężkich, barwniki, inne, zasady doboru preparatów dezynfekcyjnych,
3
Sterylizacja:
* wysokotemperaturowa (suche gorące powietrze – odpowiednie piece, para wodna w nadciśnieniu– sterylizator parowy /autoklaw/,
spalanie - spalarnie, wyżarzanie – eza),
* niskotemperaturowa (gazowa tlenkiem etylenu lub formaldehydem, fumigacja);
* promieniowanie przenikliwe;
* chemiczna: środki odkażające – aldehydy, chlorowce, nadboran potasowy;
* mechaniczna: filtry;
* plazmowa;
Kontrola procesu sterylizacji: wskaźniki fizyczne, chemiczne, biologiczne.
Metody badania bakteryjnego zanieczyszczenia powietrza i powierzchni, sprzętu: metoda opadowa samoistna i z wymuszonym
obiegiem, wymazy – przydatność w praktyce (wady i zalety).
Część praktyczna:
Wejściówka.
Film. Zwalczanie zakażeń szpitalnych. Higiena w szpitalu.
Oglądanie wskaźników chemicznych kontrolujących proces sterylizacji.
Oglądanie i interpretacja posiewów odciskowych palców i wymazów z powierzchni.
Omówienie zasad dezynfekcji i sterylizacji w laboratorium mikrobiologicznym.
Najczęściej stosowane chemiczne środki dezynfekujące i sterylizujące - prospekty.
Demonstracja różnego typu aparatury do wyjaławiania, w tym stosowanej w laboratorium mikrobiologicznym.
Analiza posiewów odciskowych palców i wymazów z powierzchni nieożywionych.
Ocena jakościowa i ilościowa stopnia zanieczyszczenia powierzchni.
Odczytanie badania zanieczyszczenia powietrza metodą opadową.
Odczytanie posiewów sporotestów A i S.
Wstępna identyfikacja wyhodowanych drobnoustrojów.
Oglądanie płytki z przykładem działania promieniowania UV i środków dezynfekcyjnych.
5a. Chemioterapia zakażeń bakteryjnych.
Ogólna charakterystyka i podział substancji działających na drobnoustroje - chemioterapeutyki, antybiotyki: beta-laktamowe
(penicyliny, cefalosporyny, monobaktamy, karbapenemy, inhibitory beta-laktamaz), aminoglikozydy, chinolony, tetracykliny,
makrolidy, linkozamidy, glikopeptydy, inne.
Sposób działania (bakteriobójczy, bakteriostatyczny), zakres działania (wąskie, szerokie spektrum), mechanizm działania
poszczególnych grup antybiotyków (hamowanie syntezy ściany komórkowej, uszkodzenie błony cytoplazmatycznej, blokowanie
syntezy białek, blokowanie syntezy DNA, konkurencyjne wnikanie w łańcuch metaboliczny). Uboczne działanie antybiotyków –
alergiczne, toksyczne, biologiczne, efekt poantybiotykowy.
Metody badania wrażliwości bakterii na antybiotyki in vitro - antybiogramy: metoda dyfuzyjno-krążkowa, metody kolejnych
rozcieńczeń w podłożu stałym i płynnym, E-testy. Znaczenie kliniczne MIC i MBC. Aktualne rekomendacje określania wrażliwości
bakterii na antybiotyki.
Część praktyczna:
Wejściówka.
Omówienie zasad wykonywania antybiogramów. Wykonanie antybiogramu metodą dyfuzjno-krążkową wg wytycznych EUCAST przygotowanie odpowiedniego inoculum, posiew na odpowiednie podłoże, dobór właściwych krążków. Formularz antybiogramu.
Zasady odczytywania i interpretacja wyników antybiogramów wykonanych metodą dyfuzyjno-krążkową (wrażliwy, średnio-wrażliwy,
oporny) oraz kolejnych rozcieńczeń (ustalenie MIC) dla różnych rodzajów/grup drobnoustrojów.
5b. Chemioterapia zakażeń bakteryjnych.
Odczytanie i interpretacja wyników antybiogramów pochodzących z rutynowej diagnostyki.
Odczytanie wartości MIC na podstawie E-testu. Obliczenie wskaźnika MBQ dla antybiotyków beta-laktamowych oraz omówienie jego
znaczenia w praktyce klinicznej.
6a. Chemioterapia zakażeń bakteryjnych.
Leki stosowane w zakażeniach wywołanych przez prątki gruźlicy, beztlenowce, bakterie atypowe.
Wskazania i zasady racjonalnej terapii: terapia empiryczna, terapia celowana, terapia deeskalacyjna.
Aktualne problemy antybiotykoterapii – narastanie oporności, zmienność czynników etiologicznych zakażeń.
Mechanizmy powstawania oporności bakterii na antybiotyki - oporność naturalna, oporność nabyta: związana z chromosomem –
mutacje, związana z plazmidami i transpozonami – koniugacja, transdukcja, transformacja, selekcja szczepów opornych.
Ekspresja fenotypowa oporności na antybiotyki - synteza enzymu degradującego, modyfikacja miejsca docelowego działania,
zaburzenie barier przepuszczalności, ominięcie ogniwa zablokowanego przez enzym, wypływ antybiotyku.
Mechanizmy oporności na poszczególne grupy antybiotyków i chemioterapeutyków (β-laktamy, glikopeptydy, aminoglikozydy,
makrolidy, linkozaminy, streptograminy, fluorochinolony).
4
Mechanizmy oporności występujące u klinicznie ważnych patogenów: Staphylococcus, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus
pyogenes, Enterococcus, Haemophilus influenzae, E. coli, Klebsiella, Proteus, Pseudomonas, Acinetobacter.
Część praktyczna:
Wejściówka.
Film: Oznaczanie MRSA.
Odczyt i interpretacja kliniczna mechanizmów oporności występujących u szczepów izolowanych z bieżącej diagnostyki:
betaklaktamazy ESBL i AmpC, KPC, MBL, mechanizm MLSB, szczepy MRSA, VISA, HLAR, VRE.
Odczytanie lekowrażliwości prątków – metoda dodawania leku do podłoża.
Odczytanie lekowrażliwości bakterii atypowych Mycoplasma/Ureaplasma – test Mycoplasma DUO.
Odczytanie wrażliwości wybranych bakterii beztlenowych za pomocą E-test (oznaczenie MIC).
Odczyt i interpretacja kliniczna mechanizmów oporności występujących u szczepów izolowanych z bieżącej diagnostyki:
betaklaktamazy ESBL i AmpC, KPC, MBL, mechanizm MLSB, szczepy MRSA, VISA, HLAR, VRE.
6b. Zakażenia wirusowe. Chemioterapia zakażeń wirusowych.
Przypomnienie budowy i sposobów namnażania wirusów oraz mechanizmów odporności w zakażeniach wirusowych. Ogólne
wskazania i zasady diagnostyki wirusologicznej – izolacja wirusa:
- rodzaj, okres pobierania, przechowywanie, transport materiałów;
- opracowanie materiału w pracowni wirusologicznej – namnażanie na wrażliwych żywych komórkach, identyfikacja wirusa w
mikroskopie lub odczynami serologicznymi;
Zastosowanie odczynów serologicznych w diagnostyce schorzeń wirusowych (odczyny wiązania dopełniacza, neutralizacji,
zahamowania hemaglutynacji lub hemadsorpcji, immunofluorescencji, immnuenzymatyczne, radioimmunologiczne, lateksowe):
do rozpoznania namnożonego wirusa
do określenia miana przeciwciał w surowicy
- do wykrycia antygenu wirusowego w surowicy
Zastosowanie biologii molekularnej w diagnostyce wirusologicznej.
Epidemiologia i diagnostyka zakażeń WZW, HIV, grypy, wścieklizny.
Zakażenia wywoływane przez priony.
Część praktyczna:
Wejściówka.
Film: Zakażenia HIV.
Wykrycie swoistych przeciwciał w odczynie zahamowania hemaglutynacji (grypa, świnka, odra).
Wykrycie antygenu HBS metodą Elisa.
Możliwości diagnostyki różnych zakażeń wirusowych – prospekty.
RT-PCR: wirus BK, CMV.
Wykrywanie zakażenia wirusem Epsteina-Barr.
Oznaczanie genotypu wirusa HPV.
7a. Zakażenia grzybicze. Chemioterapia zakażeń grzybiczych.
Przypomnienie morfologii grzybów – budowa, rozmnażanie.
Praktyczna klasyfikacja grzybów – dermatofity, drożdżaki i grzyby drożdżopodobne, pleśnie, grzyby dimorficzne – przykłady.
Występowanie grzybów w środowisku i normalnej mikroflorze człowieka.
Zakażenia wywoływane przez Candida, Cryptococcus, Pityrosporum, Trichosporon, Geotrichum, Aspergillus, dermatofity. Czynniki
wpływające na rozwój grzybic. Kliniczne postacie grzybic. Odporność w zakażeniach grzybiczych.
Ogólny schemat badania mykologicznego: preparat bezpośredni (formy inwazyjne),hodowle, różnicowanie cech morfologicznych i
biochemicznych, diagnostyka serologiczna, testy skórne, próba biologiczna. Mykotoksyny.
Część praktyczna:
Wejściówka.
Ocena morfologii kolonii grzybów na podłożu Sabourauda oraz Dermasel (ocena wzrostu dermatofitów)
Oglądanie preparatów bezpośrednich w laktofenolu – ocena obecności strzępek grzybni w materiale pobranym od pacjenta.
Wykonanie i ocena preparatów bezpośrednich z plwociny.
Ocena morfologii grzybów w hodowli szkiełkowej.
Ocena morfologii grzybów w preparacie z KOH.
Odczytanie testu filamentacji.
Wykonanie testu biochemicznego (asymilacja, fermentacja).
Wykonanie mykogramu. Odczytanie testu biochemicznego Candifast
7a. Zakażenia grzybicze. Chemioterapia zakażeń grzybiczych.
Odczytanie „antymykogramu” – metody półilościowe Candifast, system R14 Micronaut (stosowanym w ciężkich grzybicach
układowych) , E – testy.
Wykrywanie antygenów rozpuszczalnych Aspergillus i Candida w surowicy pacjenta metodą ELISA – przykłady wyników badań,
omówienie zastosowania i znaczenia klinicznego.
Oznaczanie DNA Aspergillus i Pneumocystis jirovecii metodą Real-Time PCR w BAL-u, plwocinie, popłuczynach oskrzelowych –
zastosowanie metody w praktyce klinicznej, przykładowe wyniki.
5
Odczytanie testu biochemicznego (asymilacja, fermentacja) API.
Omówienie zasad wykonywania lekowrażliwości grzybów.
Wykrywanie antygenów grzybiczych.
8a. Ziarniaki Gram-dodatnie i Gram-ujemne tlenowe/ względnie beztlenowe
Wejściówka
Ziarniaki Gram-dodatnie, katalazo-dodatnie: Micrococcus, Staphylococcus, Stomatococcus
Ziarniaki Gram-dodatnie, katalazo-ujemne: Streptococcus, Enterococcus, Aerococcus, Gemella
Ziarniaki Gram-ujemne: Neisseria, Moraxella
Występowanie, cechy charakterystyczne, czynniki warunkujące chorobotwórczość, najczęstsze postacie kliniczne zakażeń.
Diagnostyka zakażeń wywołanych przez Staphylococcus (S. aureus, S. epidermidis, inne CNS), S. saprophyticus). Cechy
charakterystyczne bakterii należących do rodziny Micrococcaecae, odróżnienie od gronkowców chorobotwórczych. Podział
gronkowców na koagulazo(+) i koagulazo (-). Odróżnienie S. saprophyticus od S. epidermidis (test z nowobiocyną). Mechanizmy
oporności gronkowców na antybiotyki
β-laktamowe oraz na glikopeptydy. Leczenie zakażeń wywołanych przez Staphylococcus (S. aureus, S. epidermidis, inne CNS).
Występowanie, cechy charakterystyczne, czynniki warunkujące chorobotwórczość, najczęstsze postacie kliniczne zakażeń. Struktura
antygenowa S. pyogenes. Diagnostyka zakażeń wywołanych przez Streptococcus (grupy serologiczne: A – S. pyogenes, B – S.
agalactiae, C – S. equisimilis, G – różne szczepy, S. pneumoniae, „ grupa viridans”), Enterococcus (E. faecalis, E. faecium), Neisseria
(N. meningitidis, komensalne gatunki występujące fizjologicznie w jamie ustnej), Moraxella catarrhalis. Mechanizmy wrodzonej i
nabytej oporności na antybiotyki i chemioterapeutyki wśród szczepów należących do rodziny Streptococcus i Enterococcus. Leczenie
zakażeń o etiologii Streptococcus (grupy serologiczne: A – S. pyogenes, B – S. agalactiae, C – S. equisimilis, G – różne szczepy, S.
pneumoniae, „ grupa viridans”), Enterococcus (E. faecalis, E. faecium), Neisseria (N. meningitidis, komensalne gatunki występujące
fizjologicznie w jamie ustnej), Moraxella catarrhalis.
Część praktyczna:
Omówienie algorytmów postępowania identyfikującego ziarniaki Gram-dodatnie i Gram-ujemne.
Ocena morfologii różnych kolonii gronkowców na agarze zwykłym, agarze z krwią i podłożu Chapmana. Wykonanie testu na obecność
katalazy.
Różnicowanie gronkowców: wykonanie testu sprawdzającego wytwarzanie czynnika zlepnego (clumping factor, CF) oraz testu
probówkowego na wytwarzania koagulazy, ocena wytwarzania DNA-zy. Ocena antybiogramów z gronkowcami: PSSA (wrażliwe na
penicylinę), MSSA (wytwarzają penicylinazę), MRSA (oporne na metycylinę – gen mecA), wypisanie wyniku.
Różnicowanie paciorkowców: ocena morfologii kolonii i typu hemolizy paciorkowców hemolizujących, zieleniących i
niehemolizujących, test na katalazę, oglądanie zestawu do różnicowania serologicznego paciorkowców hemolizujących (Streptokit),
ocena testu na optochinę do różnicowania pneumokoków od paciorkowców zieleniących. Demonstracja badania poziomu ASO, testu
CAMP.
Ocena antybiogramów z paciorkowcami hemolizującymi i pneumokokami, wypisanie wyniku.
Różnicowanie enterokoków: wzrost na agarze zwykłym, agarze z krwią i D-Coccosel, wykonanie testu PYR. Ocena antybiogramu z
enterokoków i HLAR, wypisanie wyniku.
Oglądanie preparatów bezpośrednich z zakażenia dwoinkami zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych. Oglądanie zestawu do określenia
grupy serologicznej Neisseria meningitidis
Próba odróżnienia Moraxella catarrhalis od Neisseria za pomocą krążka z glukozą.
Odczytanie testu probówkowego na wytwarzanie koagulazy przez gronkowce.
Wstępna identyfikacja przygotowanych szczepów i wykonanie antybiogramów.
Oglądanie zestawów do różnicowania biochemicznego w/w drobnoustrojów.
Oglądanie preparatów bezpośrednich z czyraka – zakażenie gronkowcowe.
8b. Ziarniaki Gram-dodatnie i Gram-ujemne tlenowe/względnie beztlenowe
Część praktyczna:
Kontynuacja ćwiczenia 8a. Odczytanie nastawionych poprzedniego dnia testów różnicujących i antybiogramów.
9a. Pałeczki Gram-ujemne i Gram-dodatnie tlenowe/ względnie beztlenowe
Pałeczki Gram-ujemne jelitowe (duże) względnie beztlenowe z rodziny Enterobacteriaceae: Escherichia coli, Salmonella, Shigella,
Klebsiella, Enterobacter, Citrobacter, Serratia, Proteus, Morganella, Providencia, Yersinia).
Pałeczki oksydazo-dodatnie, fermentujące: Vibrio, Aeromonas, Plesiomonas, Campylobacter, Helicobacter..
Pałeczki Gram-ujemne niefermentujące niewybredne tlenowe: Pseudomonas, Stenotrophomonas, Burkholderia, Acinetobacter,
Alcaligenes, Moraxella, Flavobacterium.
Kokopałeczki Gram-ujemne (małe): Francisella, Pasteurella, Brucella, Bordetella, Gardnerella, Haemophilus, Legionella
Występowanie, czynniki warunkujące chorobotwórczość, najczęstsze postacie kliniczne zakażeń, zasady diagnostyki zakażeń
wywołanych przez Escherichia coli (szczepy ETEC, EPEC, EIEC, EHEC), Shigella (S. dysenteriae, S. flexneri, S. boydii. S. sonnei),
Salmonella (serotypy S. typhi (D) – dur brzuszny, S. paratyphi (A, B, C) – dury rzekome, salmonelozy - serotypy: S. enteritidis, S.
agona, S. typhimurium, S. heidelberg..., Klebsiella (K. pneumoniae, K. oxytoca, K. rhinoscleromatis, K. ozenae), Vibrio cholerae,
Campylobacter jejuni, Helicobacter pylori, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii, Haemophilus influenzae.
Podział bakterii Gram-dodatnich: Firmicutes, Actinobacteria
6
Pałeczki Gram-dodatnie przetrwalnikujące: Bacillus (B. anthracis, B. cereus)
Pałeczki Gram-dodatnie nieprzetrwalnikujące: Corynebacterium - maczugowce, Mycobacterium - prątki, Erysipelothrix, Listeria.
Rozgałęzione pałeczki – promieniowce: Nocardia, Streptomyces, Rhodococcus, Actinomadura.
Zakażenia wywoływane przez prątki kwasooporne – Mycobacterium: podział, morfologia i fizjologia prątków, postacie kliniczne,
diagnostyka w gruźlicy (opracowanie materiału, homogenizacja, preparaty bezpośrednie, hodowle, próba biologiczna, system Bactec –
460, sondy molekularne, lekooporność. Odporność (szczepienia, próba tuberkulinowa) i epidemiologia w gruźlicy.
Zakażenia wywoływane przez Nocardia asteroides, diagnostyka, leczenie.
Zakażenia wywoływane przez Corynebacterium diphtheriae – diagnostyka, leczenie, profilaktyka, odporność.
Część praktyczna:
Wejściówka
Wykonanie preparatów z hodowli różnych pałeczek Gram-ujemnych.
Ocena wyglądu kolonii różnych pałeczek Gram-ujemnych na podłożu Mc Conkeya – kolonie laktozo-dodatnie (E coli), laktozo-ujemne
(Salmonella, Shigella, Proteus, Yersinia), śluzowe (Klebsiella).
Ocena wyglądu kolonii Salmonella na podłożu SS.
Ocena wyglądu kolonii Pseudomonas oraz Acinetobacter na różnych podłożach (agar zwykły, agar z krwią, Pyocyanosel)
Wykonanie testu na wytwarzanie oksydazy u szczepów Pseudomonas aeruginosa i Acinetobacter baumannii.
Ocena wyglądu kolonii Helicobacter pylori i Campylobacter jejuni – wykonanie testu ureazowego.
Ocena wyglądu kolonii Haemophilus na agarze czekoladowym – wykonanie testów różnicujących.
Różnicowanie pałeczek Gram-ujemnych na podstawie cech biochemicznych – wykonanie prostych testów oraz testów API.
Oglądanie hodowli maczugowców rzekomobłoniczych na agarze z krwią oraz podłożu Löfflera.
Wykonanie preparatów barwionych metodą Grama i Neissera z maczugowców błonicy i rzekomobłoniczych.
Wykonanie preparatów barwionych metodą Grama oraz hodowli na agarze zwykłym (mikrokolonie) promieniowców Nocardia.
Wstępna identyfikacja przygotowanych szczepów i wykonanie antybiogramów.
Barwienie prątków gruźlicy w preparatach bezpośrednich metodą Ziehl-Neelsena i fluorescencyjnych.
Oglądanie hodowli prątków na podłożu Lövensteina-Jensena i lekooporności.
Test niacynowy.
Wykrywanie prątków metodą RT-PCR.
9b. Pałeczki Gram-ujemne i Gram-dodatnie tlenowe/ względnie beztlenowe
Część praktyczna:
Film: Trąd
Odczytanie prostych testów biochemicznych oraz API i antybiogramów wykonanych dla różnych pałeczek.
Wykonanie typowania serologicznego E. coli EPEC.
Omówienie zestawów do typowania serologicznego Salmonella, Shigella.
Odczytanie odczynu Widala.
Oglądanie typowania fagowego bakterii.
Odczytanie antybiogramów wykonanych dla różnych pałeczek, wypisanie wyniku.
Oznaczanie przeciwciał przeciwko Bordetella pertussis.
Wykonanie posiewów z płytki nazębnej, kału, skóry twarzy w kierunku bezwzględnych beztlenowców.
10a. Zakażenia odzwierzęce – antropozoonozy. Prezentacje własne studentów.
Czynniki etiologiczne chorób odzwierzęcych: bakterie, wirusy, inne.
Choroby wywołane przez pałeczki Gram-ujemne: bruceloza (Brucella abortus, B. melitensis), tularemia (Francisella tularensis),
dżuma (Yersinia pestis), jersiniozy (Yersinia enterocolitica i Y. pseudotuberculosis), Pastereuella multocida.
Choroby wywołane przez pałeczki Gram-dodatnie nieprzetrwalnikujace: listerioza (Listeria monocytogenes), różyca (Erisipelothrix
rhusiopathiae.)
Choroby wywołane przez bakterie spiralne: leptospirozy (Leptospira interrogans – serotypy: L. icterohaemorrhagiae – choroba Weila,
L grippotyphosa – gorączka błotna, ), borelioza z Lyme (Borrelia burgdorferi), dur powrotny ( Borrelia recurrentis), choroba kociego
pazura (Bartonella henselae), goraczka Q (Coxiella burnetii), riketsjozy - dur plamisty (Rickettsia prowazeki) oraz inne gorączki,
erlichioza (Ehrlichia), papuzica (Chlamydia psittaci).
Choroby wywołane przez pałeczki Gram-dodatnie, przetrwalnikujace laseczki):
wąglik (Bacillus anthracis).
Czynniki warunkujące chorobotwórczość w/w drobnoustrojów, postacie kliniczne, specyfika diagnostyki w poszczególnych
schorzeniach (preparat bezpośredni, hodowle na odpowiednich podłożach, identyfikacja, badania serologiczne, próby skórnoalergiczne), epidemiologia i profilaktyka.
Część praktyczna:
Wykrywanie Borrelia burgdorferi metodą IF, Elisa i westernblot.
10b. Bakterie beztlenowe
Ziarniaki Gram-dodatnie: Peptostreptococcus, Micromonas, Anaerococcus, Peptoniphilus, Finegoldia, Sarcina.
Ziarniaki Gram-ujemne: Veilonella;
Pałeczki Gram-ujemne nieprzetrwalnikujące: Bacteroides, Porphyromonas, Prevotella, Fusobacterium, Leptotrichia;
7
Pałeczki Gram-dodatnie nieprzetrwalnikujące: Actinomyces, Propionibacterium, Eubacterium, Lactobacillus, Bifidobacterium,
Mobiluncus;
Pałeczki Gram-dodatnie przetrwalnikujące (laseczki): Clostridium.
Występowanie bakterii beztlenowych we florze fizjologicznej człowieka.
Uwarunkowania zakażeń wywołanych przez bakterie beztlenowe, czynniki sprzyjające, czynniki warunkujące chorobotwórczość,
postacie kliniczne zakażeń beztlenowcami, wskazania, rodzaje materiałów i transport na badania w kierunku beztlenowców.
Zasady badania bakteriologicznego w kierunku beztlenowców: pobieranie materiału, transport (odpowiednie podłoże transportowe),
ocena preparatu bezpośredniego barwionego metodą Grama, posiewy na odpowiednie podłoża w warunkach beztlenowych, kontrola
wzrostu w warunkach beztlenowych (równoległy przesiew na podłoża tlenowe i beztlenowe), identyfikacja biochemiczna, ocena
wrażliwości beztlenowców na antybiotyki.
Zakażenia wywoływane przez beztlenowe promieniowce Actinomyces israeli (promienica) oraz przez laseczki z rodzaju Clostridium
(C. tetani, C. difficile, C. botulinum, C. perfringens i inne) – chorobotwórczość, diagnostyka, epidemiologia, leczenie.
Mechanizmy odpornościowe w zakażeniach wywołanych przez beztlenowce.
Część praktyczna:
Film: Podstawowe metody hodowli beztlenowców.
Wejściówka
Hodowle beztlenowców – pokaz w pracowni diagnostycznej.
Wykonanie i oglądanie preparatów bezpośrednich barwionych metodą Grama z beztlenowcami (z płytki nazębnej, kieszonki
dziąsłowej, kału).
Wykonanie przesiewów (w celu wyizolowania bakterii beztlenowych) i/lub preparatów z hodowli oraz API z wykonanych tydzień
wcześniej posiewów.
Oglądanie hodowli z bakteriami beztlenowymi (charakterystyczna woń).
Wykonanie preparatów z hodowli Actinomyces i laseczek Clostridium.
Wykonanie preparatów z hodowli Propionibacterium acnes ze zmiany trądzikowej.
Różnicowanie biochemiczne przygotowanych szczepów bakterii beztlenowych (API, VITEK 2 Compact).
Odczyt antybiogramu z bakterii beztlenowych, wypisanie wyniku.
11a. Bakterie beztlenowe
Ocena własnych hodowli z bakteriami beztlenowymi
Wykonanie preparatów z hodowli
Różnicowanie biochemiczne (API) bakterii beztlenowych oraz patogenów przewodu pokarmowego.
11b. Zakażenia układu pokarmowego. Zatrucia pokarmowe
Przypomnienie flory fizjologicznej przewodu pokarmowego i miejscowych mechanizmów
obronnych.
Czynniki etiologiczne (bakterie, wirusy, pasożyty), postacie kliniczne, epidemiologia, leczenie zakażeń przewodu pokarmowego i
zatruć pokarmowych.
Zasady badań mikrobiologicznych w chorobach przewodu pokarmowego:
- badanie kału i wymazów z odbytu na podłożach wybiórczo-różnicujących, badanie biochemiczne, typowanie serologiczne,
typowanie fagowe;
- posiew krwi, moczu, żółci, kału, odczyny serologiczne (dur i paradury);
- wykrycie toksyn (Clostridium botulinum, Clostridium difficile, S aureus);
- wykrycie antygenu w kale (Rotavirus);
Profilaktyka zakażeń jelitowych: badanie nosicielstwa Salmonella, Shigella, badanie stopnia zanieczyszczenia wody – miano coli.
Część praktyczna:
Wejściówka
Wykonanie preparatów i posiewu własnych wymazów z odbytu lub kału na podłoża bakteriologiczne.
Oglądanie preparatów i dodatnich posiewów w kierunku patogenów układu pokarmowego.
Odczytanie odczynu Widala.
Ocena stopnia zanieczyszczenia wody (demonstracja).
Izolacja Clostridium difficile, potwierdzenie toksynotwórczości.
Oglądanie dodatnich posiewów w kierunku Campylobacter.
Wykrywanie antygenu Helicobacter pylori w kale testem ImmunoCard STAT! HpSA.
Prezentacja i omówienie wyników badań oznaczania przeciwciał IgG przeciwko Helicobacter pylori metodą IF oraz przeciwciał
przeciwko specyficznym antygenom testem Westernblot.
Ocena wykonanych testów biochemicznych dla patogenów układu pokarmowego.
Wykonanie badania serologicznego celem wykrycia patogennych E coli.Ustalenie serotypu Salmonella, Shigella.Wykrycie antygenów
rota-, adenowirusów, Helicobacter pylori. Wykrywanie przeciwciał przeciwko Helicobacter pylori.
12a. Zakażenia dróg oddechowych i oka
Przypomnienie flory fizjologicznej układu oddechowego oraz mechanizmów obrony przed zakażeniem.
Najczęstsze postaci kliniczne zakażeń górnych (URTI) i dolnych (LRTI) dróg oddechowych, czynniki etiologiczne (wirusy, grzyby,
bakterie: gronkowce, paciorkowce, pałeczki Gram-ujemne, inne, drobnoustroje wywołujące atypowe zapalenia płuc: Mycoplasma,
Chlamydia, Legionella, Coxiella), zakażenia pozaszpitalne i szpitalne.
Zasady diagnostyki (posiewy, badania serologiczne, wykrycie antygenu) i leczenia zakażeń układu oddechowego.
8
Chorobotwórczość, diagnostyka, epidemiologia zakażeń wywołanych przez Haemophilus influenzae, Mycoplasma pneumoniae,
Legionella pneumophila, Bordetella pertussis.
Zakażenia oka – zakażenia wirusowe, grzybicze, bakteryjne, postaci kliniczne, zasady diagnostyki i leczenia.
Część praktyczna:
Wejściówka
Wykonanie preparatów bezpośrednich i posiewów materiałów z górnych dróg oddechowych.
Opracowanie plwociny.
Oglądanie i ocena preparatów bezpośrednich z plwociny (leukocyty, bakterie, grzyby).
Oglądanie hodowli różnych materiałów z dróg oddechowych z udziałem: Staphylococcus aureus, Streptococcus pyogenes,
Streptococcus pneumoniae, Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa. Przypomnienie zasad różnicowania w/w
drobnoustrojów.
Różnicowanie gatunków H influenzae (krążki X, V, XV) oraz Moraxella catarrhalis.
Wykrycie antygenu Legionella pneumophila w moczu testem BinaxNOW – demonstracja wyniku dodatniego i ujemnego ,
wykorzystanie testu w praktyce klinicznej.
Wykrycie antygenu Streptococcus pneumoniae w moczu testem BinaxNOW – demonstracja wyniku dodatniego i ujemnego,
wykorzystanie testu w praktyce klinicznej.
Wykrycie antygenu Streptococcus pyogenes w materiale od pacjenta (wymaz z gardła, migdałków , rany, zmian skórnych itp.) test
QUIKVUE+Strep A – omówienie wykonania testu i korzyści dla lekarza i pacjenta wynikających z szybkiego wykrycia obecności
paciorkowców beta-hemolizujących gr. A w materiale badanym. Pokaz testu dodatniego i ujemnego.
Oznaczanie mRNA wirusa RS metodą RT-PCR w BAL-u, surowicy pacjenta – zastosowanie testu, przykłady wyników.
12b. Zakażenia dróg oddechowych i oka.
Odczyt testów biochemicznych.
Wykrywanie antygenów Legionella pneumophila met. immunofluorescencji i ELISA.
Ocena antybiogramów wykonanych z w/w drobnoustrojów, wypisanie i interpretacja wyniku.
Wykrywanie chlamydii i mykoplazm.
13a. Zakażenia układu moczowo-płciowego
Przypomnienie flory fizjologicznej układu moczowo-płciowego
Czynniki sprzyjające zakażeniom dróg moczowo-płciowych, postacie kliniczne.
Czynniki etiologiczne zakażeń dróg moczowych.
Badanie bakteriologiczne moczu – zasady i sposoby pobierania moczu, posiewy ilościowe i jakościowe, antybiogram. Flora
fizjologiczna, stopnie czystości pochwy.
Najczęściej występujące stany zapalne pochwy: drożdżyca, rzęsistkowica, bakteryjna waginoza (Gardnerella vaginalis), chlamydioza
(Chlamydia trachomatis), opryszczka (Herpes simplex typ 2). Zasady diagnostyki i leczenia.
Zakażenia wewnątrzpłodowe i okołoporodowe (Toxoplasma gondii, Rubella virus, CMV, HSV - TORCH; Treponema pallidum,
Streptococcus agalactiae).
Część praktyczna:
Wejściówka
Wykonanie posiewu moczu ezą kalibrowaną.
Ocena biocenozy pochwy.
Oglądanie posiewów wymazów z pochwy.
Oglądanie hodowli Lactobacillus, Gardnerella vaginalis, Streptococcus agalactiae.
Zastosowanie podłoży chromogennych w diagnostyce moczu oraz identyfikacji S. agalactiae (Granada)– przykładowe posiewy
Przykład szybkiej diagnostyki – wykrywanie obecności Streptococcus agalactiae metodą Real-Time PCR w wymazach – demonstracja
aparatu i omówienie testu.
Oznaczanie DNA Chlamydia trachomatis w wymazach z szyjki macicy, pochwy, BAL-u noworodka – zastosowanie testu, przykłady
wyników.
Ocena jakościowych i ilościowych posiewów moczu.
Ocena antybiogramów z dróg moczowych, wypisanie i interpretacja wyniku.
13 b. Choroby przenoszone drogą płciową STD
Czynniki etiologiczne aktualnie związane z chorobami przenoszonymi drogą płciową:
1.wirusowe: 1.a: HSV, HPV, MCV (wywołują lokalne zmiany w obrębie i okolicy narządów rodnych); 1.b.
HIV, HBV, HDV, HCV, HGV, HTLV, HHV 8 (komórka docelowa poza układem płciowym);
2. bakteryjne: Treponema pallidum, Neisseria gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Haemophilus ducreyi, Gardnerella vaginalis;
3. inne: Trichomonas vaginalis, drożdżaki;
Kiła – morfologia i fizjologia krętka bladego – Treponema pallidum, inne krętki wystepujące fizjologicznie i chorobotwórcze,
diagnostyka kiły w zależności od okresu choroby (preparat bezpośredni, odczyny serologiczne klasyczne (VDRL, USR) i nowoczesne
(FTA, FTA-ABS, immobilizacyjny), profilaktyka kiły, zakażenia poza kontaktem płciowym.
Rzeżączka – morfologia i fizjologia dwoinek rzeżączki – Neisseria gonorrhoeae, diagnostyka ostrej i przewlekłej rzeżączki (preparat
bezpośredni, hodowle, identyfikacja), zakażenia poza kontaktem płciowym.
Nierzeżączkowe zapalenia cewki moczowej (NGU) – chlamydie, mykoplazmy, diagnostyka.
Chemioterapia STD.
9
Część praktyczna:
Wejściówka
Filmy: Rzeżączka. Kiła wczesna objawowa. HPV.
Oglądanie preparatów bezpośrednich z zakażenia dwoinkami rzeżączki.
Oglądanie hodowli dwoinek rzeżączki, wykonanie testu na wytwarzanie oksydazy.
Oglądanie odczynu FTA-ABS.
Oglądanie zestawu do diagnostyki Ureaplasma.
Wykrycie Chlamydia trachomatis w preparatach bezpośrednich metodą IF.
Oznaczanie genotypu wirusa HPV metodą PCR/hybrydyzacji w wymazach z kanału szyjki macicy, zeskrobin ze zmian chorobowych
- przykłady wyników badań, omówienie zastosowania testu.
14a. Neuroinfekcje, zakażenia krwi, wsierdzia, skóry, kości i stawów.
Czynniki predysponujące do zakażeń CUN, drogi zakażenia.
Zasady pobierania płynu mózgowo-rdzeniowego do badania bakteriologicznego i wirusologicznego.
Czynniki etiologiczne zapaleń opon mózgowo-rdzeniowych i mózgu - bakteryjne ropne: Neisseria meningitidis, Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae, Staphylococus, Streptococcus
agalactiae, pałeczki Gram-ujemne;
- bakteryjne nieropne: Mycobacterium tuberculosis, Listeria monocytogenes, Borrelia burgdorferi, Treponema pallidum;
- grzybicze: Cryptococcus neoformans, Candida
- pasożytnicze: Toxoplasma gondii;
- wirusowe (limfocytarne): wirusy neurotropowe – enterowirusy: Polio, Coxackie, Echo, arbowirusy, wścieklizny; wirusy nie
neurotropowe, mogące dać powikłania mózgowe – odry, świnki, różyczki, herpes, adenowirusy, schorzenia latentne CUN;
Diagnostyka neuroinfekcji: badanie płynu mózgowo-rdzeniowego (preparaty bezpośrednie,
hodowle, wykazanie swoistych antygenów), posiewy innych materiałów, badania serologiczne (wykrycie przeciwciał).
Posocznica, bakteriemia, zapalenie wsierdzia – uwarunkowania kliniczne, czynniki etiologiczne, diagnostyka bakteriologiczna: zasady
pobierania krwi na posiew ( czas, objętość, podłoża, liczba próbek itp.), metody hodowli krwi, ocena posiewów, interpretacja wyniku
posiewu krwi.
Zapalenia skóry, stawów, kości, szpiku – czynniki etiologiczne, diagnostyka.
Zasady chemioterapii zakażeń CUN i krwi.
Część praktyczna:
Wejściówka
Demonstracja zestawów i podłoży do pobierania płynu mózgowo-rdzeniowego i krwi .
Oglądanie preparatów z zakażeń płynu mózgowo-rdzeniowego i krwi.
Hodowle i identyfikacja najczęstszych patogenów CUN i krwi.
Opracowanie dodatniej hodowli krwi w systemie monitorowanym.
Zestaw do identyfikacji antygenów H. influenzae, E. coli K1, S .agalactiae, N. meningitidis, Cryptococcus bezpośrednio z płynu
mózgowo-rdzeniowego- zastosowanie w praktyce klinicznej
Ocena posiewów krwi.
Ocena antybiogramów, wypisanie i interpretacja wyniku.
14b. Zakażenia szpitalne
Definicja zakażenia szpitalnego, przepisy. Źródła i drogi szerzenia się zakażeń szpitalnych. Nosicielstwo, kolonizacja, zakażenie.
Kliniczne postacie zakażeń szpitalnych.
Czynniki etiologiczne – bakteryjne, wirusowe, grzybicze, pasożytnicze. Charakterystyka drobnoustrojów szpitalnych - zmienność,
oporność na antybiotyki. Zakażenia u chorych z niedoborami odporności (transplantacja, choroby nowotworowe, AIDS, dializa, inne)
Nadzór, kontrola, zapobieganie zakażeniom szpitalnym – rejestracja bierna, czynna.
Zasady chemioterapii zakażeń szpitalnych.
Część praktyczna:
Wejściówka
Film: Zakażenia szpitalne.
Oglądanie i odczytanie antybiogramów z zakażeń szpitalnych. Zasady dochodzenia epidemiologicznego w zakażeniach szpitalnych:
typowanie fenotypowe i genotypowe szczepów szpitalnych (MRSA, pałeczki Gram-ujemne).
Wykrywanie MRSA w materiale bezpośrednim (np. wymaz z nosa) metodą Real-Time PCR w aparacie Gene-Expert – demonstracja i
zastosowanie testu w codziennej pracy klinicznej.
Zapoznanie z aktami prawnymi aktualnie obowiązującymi dotyczącymi zakażeń szpitalnych .
Zasady współpracy lekarza z pracownią mikrobiologiczną.
15. a. Odrabianie praktyczne i teoretyczne zajęć.
15 b. Egzamin praktyczny Termin?
Egzamin teoretyczny: 26. 06. 2015 godz. 10.00, Stara Sala
10