Szczegółowy program zajęć z mikrobiologii 2012/2013

Szczegółowy program zajęć z mikrobiologii 2012/2013
kierunek: analityka medyczna
Zalecane podręczniki: (najnowsze wydania)
Mikrobiologia lekarska – F. Kayser, K. Bienz, J. Eckert, R. Zinkernagel - obowiązkowy
Mikrobiologia lekarska – M. Zaremba, J. Borowski
Mikrobiologia i choroby zakaźne – G. Virella
Mikrobiologia kliniczna – M. Gladwin, B. Trattler
Diagnostyka bakteriologiczna – E. Szewczyk
Antybiotykoterapia praktyczna – D. Dzierżanowska
Zakażenia szpitalne – D. Dzierżanowska, J. Jeljaszewicz
Antybiotyki w profilaktyce i leczeniu zakażeń (W. Hryniewicz, J. Meszaros)
Wirusologia lekarska – M. Kańtoch
Wirusologia – L. Collie, J. Oxford
Choroby przenoszone drogą płciową – T. Mroczkowski
1a. Podstawy różnicowania bakterii i grzybów.
Historia mikrobiologii. Ogólna systematyka drobnoustrojów.
Morfologia bakterii i grzybów: kształt, wymiary, budowa komórki bakteryjnej, struktury powierzchniowe (fimbrie, rzęski, slime,
otoczki) i wewnątrzkomórkowe (nukleoid, rybosomy, mezosomy, plazmidy, transpozony, przetrwalniki, ziarnistości). Podział
bakterii na Gram-dodatnie i Gram-ujemne, różnice w budowie ich ściany komórkowej. Drobnoustroje z defektywną ścianą
komórkową: mykoplazmy, protoplasty, sferoplasty, formy L. Podstawowe cechy różnicujące komórkę Procaryota i Eucaryota.
Metody badania morfologii drobnoustrojów – badania mikroskopowe: preparaty przyżyciowe i barwione. Zastosowanie różnych
typów mikroskopów w mikrobiologii. Metody barwienia – podziały, zastosowanie praktyczne (metoda Grama, Ziehl-Neelsena,
Neissera, Giemsy, Lőfflera, metoda pozytywna, negatywna, pozytywno-negatywna).
Ogólna systematyka drobnoustrojów: królestwo, typ, klasa, rząd, rodzina, rodzaj, gatunek; szczep, biotyp, serotyp, serowar,
serogrupa. Podstawowe grupy bakterii Gram-dodatnich: ziarniaki: Staphylococcus, Streptococcus, Enterococcus,
Peptostreptococcus; laseczki: Bacillus, Clostridium; pałeczki: Corynebacterium, Listeria, Lactobacillus, Propionibacterium;
prątki: Mycobacterium; promieniowce: Actinomyces, Nocardia, Streptomyces.
Podstawowe grupy bakterii Gram-ujemnych: – ziarniaki: Neisseria spp., Veilonella spp.; różne grupy pałeczek: z rodziny
Enterobacteriaceae (E coli, Klebsiella, Salmonella...), niefermentujace: Pseudomonas, Acinetobacter; inne: Vibrio, Campylobacter,
Helicobacter, Haemophilus, Bordetella, Gardnerella, Legionella..., beztlenowe: Bacteroides, Fusobacterium...; krętki –
Treponema, Borrelia; riketsje; chlamydie; mykoplazmy.
Część praktyczna:
Omówienie zasad BHP w pracowni mikrobiologicznej. Mycie rąk.
Omówienie zasad wykonywania i barwienia preparatów.
Wykonanie i oglądanie preparatów przyżyciowych – kropla wisząca.
Wykonanie preparatów barwionych z hodowli płynnej i stałej metodą Grama, Ziehl-Neelsena, Lőfflera, Neissera, metodą
pozytywno-negatywną. Oglądanie preparatów bezpośrednich z różnych materiałów klinicznych: ropa z czyraka, plwocina, krew,
pochwa.
Badanie ruchu bakterii – posiew na podłoża półpłynne i stałe.
1b. Podstawy różnicowania bakterii i grzybów.
Część praktyczna:
Wejściówka.
Technika mikroskopii immersyjnej. Ocena mikroskopowa wykonanych preparatów. Ocena wielkości i morfologii drobnoustrojów
oraz różnicowanie poszczególnych grup drobnoustrojów na podstawie preparatów własnych i pokazowych.
Odczytanie zdolności ruchu bakterii.
2a. Metody hodowli bakterii i grzybów.
Fizjologia drobnoustrojów – wymagania odżywcze (skład chemiczny komórki bakteryjnej, różne zapotrzebowanie na składniki
pokarmowe); metabolizm – zapotrzebowanie na źródło węgla i źródło energii (autotrofy, heterotrofy, chemolitotrofy,
chemoorganotrofy); zapotrzebowanie na tlen (bezwzględne tlenowce, względne beztlenowce, beztlenowce, mikroaerofile); wpływ
temperatury (psychrofile, mezofile, termofile), pH, ciśnienia, potencjału oksydoredukcyjnego na wzrost bakterii. Różnice w
zapotrzebowaniu wzrostowym różnych grup drobnoustrojów (większość bakterii – podłoża sztuczne; riketsje, chlamydie –
namnażanie w żywych komórkach).
Podłoża do hodowli bakterii i grzybów – podziały, przykłady (płynne stałe, półpłynne; proste wzbogacone, wybiórczo-różnicujące,
wybiórczo-namnażające, specjalne, podłoża chromogenne); Wykorzystanie metabolizmu i różnych podłoży do różnicowania
drobnoustrojów. Metody hodowli bakterii beztlenowych i wymagających zwiększonej atmosfery CO 2 – proste testy, szeregi
biochemiczne, podłoża selektywne, chromogenne
Wzrost i rozmnażanie bakterii i grzybów – cykle rozwojowe, fazy namnażania, szybkość wzrostu poszczególnych drobnoustrojów
na podłożach sztucznych. Różnicowanie drobnoustrojów na podstawie rodzaju wzrostu na podłożach płynnych (zmętnienie) i
stałych (kolonie).
Zmienność bakterii – genotyp, fenotyp, mutacja, rekombinacja (koniugacja, transdukcja, transformacja). Znaczenie praktyczne
różnych zmian w genotypie (zmiana cech morfologicznych, biochemicznych, chorobotwórczości, wrażliwości na antybiotyki).
Część praktyczna:
Wejściówka.
Film. API.
Wizyta w pożywkarni i pracowni bakteriologicznej – przygotowanie szkła i pożywek, wykorzystanie podłoży w rutynowej
diagnostyce mikrobiologicznej.
Oglądanie różnych podłoży do hodowli drobnoustrojów przed i po posiewie.
Ocena wzrostu bakterii i grzybów na podłożach stałych i płynnych – charakterystyka morfologiczna i „biochemiczna” kolonii.
Metody hodowli bakterii beztlenowych i wymagających zwiększonej atmosfery CO 2.
Zasady przygotowywania podłoży sztucznych (szkło, odczynniki, podłoża gotowe) i wykonywania posiewów. Techniki posiewów
mikrobiologicznych. Wykonanie posiewów z różnych materiałów na podłoża stałe i płynne.
Wykonanie testu na rozkład indolu i malonianu.
Wykonanie testu API.
2b. Podstawowe metody identyfikacji bakterii i grzybów.
Część praktyczna:
Wykonanie prostych testów biochemicznych: KOH, katalaza, oksydaza.
Identyfikacja drobnoustrojów na podłożach chromogennych.
Odczytanie testu na rozkład indolu i malonianu.
Odczytanie testu API metodą manualną i komputerową (ATB). Odczyt testów: VITEK 2 Compact, Mycoplasma Duo, Candifast.
3a. Podstawy wirusologii.
Podstawowe cechy wirusów różniące je od innych drobnoustrojów. Budowa i wymiary wirusów. Właściwości i udział
poszczególnych struktur wirusów w patomechanizmie zakażenia, w diagnostyce, do produkcji szczepionek. Fazy replikacji
wirusów, wpływ typu replikacji na przebieg zakażenia wirusowego. Priony.
Metody namnażania wirusów (hodowle komórkowe, zarodki ptasie, wrażliwe zwierzęta).
Metody wykrywania namnożonych wirusów: efekt cytopatyczny, metoda łysinkowa, odczyn hemaglutynacji, odczyn hemadsorpcji,
odczyn neutralizacji, metody mikroskopowe.
Bakteriofagi, mykofagi i ich zastosowanie w medycynie. Liza i lizogenia.
Podstawowe taksony wirusów:
dsDNA: Herpesviridae (Human herpesvirus - HHV-1, HHV-2, HHV-3 (VZV), HHV-4 (EBV), HHV-5 (CMV), HHV-6, HHV-7,
HHV-8; Adenoviridae (Human adenovirus -HAdV-A, -B, -C, -D, -E, -F); Polyomaviridae (BK polyomavirus - BKPyV, JCPyV);
Papillomaviridae (Human papillomavirus - HPV); Poxviridae: (Vaccinia virus - VACV, Variola Variola virus (VARV),
ssDNA: Parvoviridae (B19 virus - B19V)
używające odwrotnej transkryptazy: Hepadnaviridae (Hepatitis B virus HBV); Retroviridae (Human immunodificiency virus HIV-1, HIV-2, Primate T-lymphotropic virus - PTLV-1, PTLV-2 (HTLV)
dsRNA: Reoviridae (Rotavirus A – RV-A, Rotavirus B – RV-B, Colorado thick fever virus- (CTFV)
ssRNA(-): Orthomyxoviridae (Influenza A- FLUAV, Influenza B - FLUBV, Influenza C - FLUCV);
Paramyxoviridae (Human parainfluenza virus - HPIV-1, HPIV-3, Measles virus – MEV, Mumps
virus – MuV, Human respiratory syncytial virus – HRSV); Rabdoviridae (Vesicular stomatitis New Jersey virus
– VSNJV, Rabies virus – RABV); Bornaviridae (Borna disease virus – BDV); Filoviridae (Za Seoul virus –
SEO; Zaire Ebola Virus, Marburg virus); Bunyaviridae (Hantaan virus – HTNV, Dobrava-Belgrad virus –
DOBV, Puumala virus – PUUV, Sin Nombre virus – SNV, Rift Valley fever virus – RVFV); Arenaviridae
(Lassa virus - LASV, Junin virus – JUNV, Machupo virus – MACV, Guanarito virus – GTOV, Sabia virus –
SABV), Hepatitis delta virus - HDV; Picornaviridae (enterowirusy: Coxackie, Echo Polio; rinowirusy: Human
rhinovirus - HRV-A, HRV-B; Hepatitis A virus – HAV, Foot-and-mouth disease virus – FMD); Calciviridae
(Norovirus – (Norwalk virus) - NV, Sapporo virus – SV); Astroviridae Human astrovirus – HastV);
ssRNA(+): Coronaviridae (Coronavirus, SARS, Torovirus); Togaviridae (Rubella virus - RUBV); Flaviviridae
(Tick-borne encephalitis virus –TBEV, Yellow fever virus - YFV, Dengue virus - DENV, West Nile virus- WNV,
Hepatitis C virus – HCV); Hepeviridae: Hepatitis E virus;
Część praktyczna:
Wejściówka.
Filmy. HPV – od patogenezy do immunoprofilaktyki raka szyjki macicy. Skuteczna inaktywacja wirusów powodujących zapalenie
wątroby typu „B”.
Omówienie zasad hodowli wirusów w hodowlach komórkowych, na zarodkach kurzych i wrażliwych zwierzętach.
Demonstracja hodowli komórkowych: efekt cytopatyczny, hemadsorpcja.
Oglądanie dodatniego odczynu IF w kierunku wirusa wścieklizny (tkanka mózgowej chorego zwierzęcia).
Wykrywanie wirusów metodą hemaglutynacji - odczyn szkiełkowy (jakościowy) i probówkowy (ustalenie miana wirusa).
Wykrywanie DNA wirusa HPV metodą PCR + hybrydyzacja in situ.
Pobieranie wymazów z nosa, gardła, ucha, skóry, wykonanie posiewów redukcyjnych.
3.b Związki wzajemne między drobnoustrojami a człowiekiem.
Formy współżycia między drobnoustrojami: synergizm, antagonizm, obojętność – przykłady.
Współżycie drobnoustrojów z organizmem: symbioza, komensalizm, saprofityzm, oportunizm, pasożytnictwo, nosicielstwo,
antybioza.
Fzjologiczna Mikrobiota (flora) człowieka - skóra, układ oddechowy, pokarmowy, moczowo-płciowy. Rola i uwarunkowania
najczęściej występujących drobnoustrojów.
Chorobotwórczość (zjadliwość) drobnoustrojów – zakaźność, inwazyjność, toksyczność.
Czynniki warunkujące chorobotwórczość: struktury powierzchniowe – (fimbrie, otoczki, substancje śluzowe, białka adhezyjne),
toksyny (egzotoksyny, endotoksyny, enterotoksyny, mechanizmy działania toksyn), enzymy (np. koagulaza, hialuronidaza….).
Terminy związane z zakażeniem, zapaleniem i epidemiologią chorób infekcyjnych: adhezja, kolonizacja, kontaminacja, inwazja,
ewazja, zakażenie (ostre, przewlekłe, oportunistyczne, miejscowe, układowe, uogólnione, bezobjawowe, objawowe, latentne,
mieszane, pierwotne, reinfekcja, superinfekcja, szpitalne, pozaszpitalne, endogenne, egzogenne, wrodzone, nabyte, antroponoza,
antropozoonoza, zoonoza, sapronoza, bakteriemia, posocznica, intoksykacja, zarażenie, rezerwuar zarazka, źródło zakażenia, wrota
zakażenia, okres wylegania, epidemia, endemia, pandemia, współczynnik zachorowalności, wskaźniki: zapadalność, chorobowość,
umieralność, śmiertelność.
Część praktyczna:
Wejściówka.
Film. Higieniczne odkażanie rąk.
Odczytanie posiewów wykonanych z różnych miejsc występowania drobnoustrojów w organizmie.
Wstępna identyfikacja wyhodowanych drobnoustrojów – ocena morfologii kolonii, preparaty z hodowli, proste testy identyfikujące
(katalaza, CF). Interpretacja wyniku.
Przykłady współżycia drobnoustrojów – bakterie tlenowe i beztlenowe, posiew z mamką.
4a. Podstawy wykrywania zakażeń.
Cel i znaczenie badania mikrobiologicznego.
Zasady pobierania materiału do badań mikrobiologicznych: okres pobierania, rodzaje materiałów, sposoby pobierania,
przechowywania i transportu, skierowanie do pracowni mikrobiologicznej.
Opracowanie materiału w pracowni bakteriologicznej – wykonanie i znaczenie praktyczne poszczególnych etapów:
- badanie mikroskopowe - preparat bezpośredni barwiony metodą Grama lub inną ewentualnie wykazanie antygenu bezpośrednio w
materiale metodami serologicznymi lub genetycznymi;
- posiewy na odpowiednie podłoża bakteriologiczne;
- identyfikacja wyhodowanych drobnoustrojów - preparat z hodowli, ocena morfologii kolonii, badanie cech biochemicznych,
badanie serologiczne, typowanie fagowe, sondy molekularne;
- oznaczenie wrażliwości na antybiotyki;
- badanie zjadliwości drobnoustrojów (metody in vivo i in vitro);
Wiarygodność wyniku - błędy przedlaboratoryjne, błędy laboratoryjne, kliniczna interpretacja wyniku badania bakteriologicznego.
Oznaczanie miana przeciwciał w surowicy – różne odczyny serologiczne.
Część praktyczna:
Wejściówka.
Oglądanie różnych typów wymazów i naczyń do pobierania materiału oraz podłoży transportowych.
Omówienie i wypełnienie skierowania na badanie bakteriologiczne.
Przeprowadzenie i omówienie badania bakteriologicznego na przykładzie badania ropy – preparat bezpośredni, posiew na podłoża:
agar z krwią, McConkeya, Chapmana, tioglikolanowe; różnicowanie wyrosłych kolonii (gronkowce – koagulaza, E coli – szereg
biochemiczny), antybiogram.
Oglądanie preparatów bezpośrednich z różnych materiałów.
Oglądanie hodowli z różnych materiałów w pracowni bakteriologicznej.
Oglądanie surowic wzorcowych do różnicowania bakterii.
Pobranie materiałów z powierzchni nieożywionych, posiewów odciskowych palców przed i po umyciu i dezynfekcji, część wstępna
badania czystości powietrza.
4b. Metody niszczenia drobnoustrojów poza organizmem ludzkim.
Sanityzacja, dezynfekcja, sterylizacja – definicja, praktyczne zastosowanie.
Dezynfekcja:
* fizyczna: termiczna (pasteryzacja, tyndalizacja, dekoktacja -gotowanie), promieniowanie UV;
*chemiczna: kwasy, zasady, alkohole, aldehydy, związki zawierające aktywny chlor i jod, pochodne fenolowe, detergenty i mydła,
związki utleniające, związki metali ciężkich, barwniki, inne, zasady doboru preparatów dezynfekcyjnych,
Sterylizacja:
* wysokotemperaturowa (suche gorące powietrze – odpowiednie piece, para wodna w nadciśnieniu– sterylizator parowy /autoklaw/,
spalanie - spalarnie, wyżarzanie – eza),
* niskotemperaturowa (gazowa tlenkiem etylenu lub formaldehydem, fumigacja);
* promieniowanie przenikliwe;
* chemiczna: środki odkażające – aldehydy, chlorowce, nadboran potasowy;
* mechaniczna: filtry;
* plazmowa;
Kontrola procesu sterylizacji: wskaźniki fizyczne, chemiczne, biologiczne.
Metody badania bakteryjnego zanieczyszczenia powietrza i powierzchni, sprzętu: metoda opadowa samoistna i z wymuszonym
obiegiem, wymazy – przydatność w praktyce (wady i zalety).
Część praktyczna:
Wejściówka.
Film. Zwalczanie zakażeń szpitalnych. Higiena w szpitalu.
Oglądanie wskaźników chemicznych kontrolujących proces sterylizacji.
Oglądanie i interpretacja posiewów odciskowych palców i wymazów z powierzchni.
Omówienie zasad dezynfekcji i sterylizacji w laboratorium mikrobiologicznym.
Najczęściej stosowane chemiczne środki dezynfekujące i sterylizujące - prospekty.
Demonstracja różnego typu aparatury do wyjaławiania, w tym stosowanej w laboratorium mikrobiologicznym.
Analiza posiewów odciskowych palców i wymazów z powierzchni nieożywionych.
Pobranie próbek z powierzchni metodą odciskową płytkami agarowymi z meniskiem wypukłym – podłoża typu Count-Tact ocena jakościowa i ilościowa stopnia zanieczyszczenia powierzchni.
Odczytanie badania zanieczyszczenia powietrza metodą opadową.
Odczytanie posiewów sporotestów A i S.
Wstępna identyfikacja wyhodowanych drobnoustrojów.
Oglądanie płytki z przykładem działania promieniowania UV i środków dezynfekcyjnych.
5a. Chemioterapia zakażeń bakteryjnych.
Ogólna charakterystyka i podział substancji działających na drobnoustroje - chemioterapeutyki, antybiotyki: beta-laktamowe
(penicyliny, cefalosporyny, monobaktamy, karbapenemy, inhibitory beta-laktamaz), aminoglikozydy, chinolony, tetracykliny,
makrolidy, linkozamidy, glikopeptydy, inne.
Sposób działania (bakteriobójczy, bakteriostatyczny), zakres działania (wąskie, szerokie spektrum), mechanizm działania
poszczególnych grup antybiotyków (hamowanie syntezy ściany komórkowej, uszkodzenie błony cytoplazmatycznej, blokowanie
syntezy białek, blokowanie syntezy DNA, konkurencyjne wnikanie w łańcuch metaboliczny). Uboczne działanie antybiotyków –
alergiczne, toksyczne, biologiczne, efekt poantybiotykowy.
Metody badania wrażliwości bakterii na antybiotyki in vitro - antybiogramy: metoda dyfuzyjno-krążkowa, metody kolejnych
rozcieńczeń w podłożu stałym i płynnym, E-testy. Znaczenie kliniczne MIC i MBC. Aktualne rekomendacje określania wrażliwości
bakterii na antybiotyki.
Część praktyczna:
Wejściówka.
Omówienie zasad wykonywania antybiogramów. Wykonanie antybiogramu metodą dyfuzjno-krążkową wg wytycznych CLSI przygotowanie odpowiedniego inoculum, posiew na odpowiednie podłoże, dobór właściwych krążków. Formularz antybiogramu.
Zasady odczytywania i interpretacja wyników antybiogramów wykonanych metodą dyfuzyjno-krążkową (wrażliwy, średniowrażliwy, oporny) oraz kolejnych rozcieńczeń (ustalenie MIC) dla różnych rodzajów/grup drobnoustrojów.
5b. Chemioterapia zakażeń bakteryjnych.
Część praktyczna:
Odczytanie i interpretacja wyników antybiogramów pochodzących z rutynowej diagnostyki oraz własnych.
Odczytanie wartości MIC na podstawie E-testu. Obliczenie wskaźnika MBQ dla antybiotyków beta-laktamowych oraz omówienie
jego znaczenia w praktyce klinicznej.
Odczytanie lekowrażliwości prątków – metoda dodawania leku do podłoża.
Odczytanie lekowrażliwości bakterii atypowych Mycoplasma/Ureaplasma – test Mycoplasma DUO.
Odczytanie wrażliwości wybranych bakterii beztlenowych za pomocą E-test (oznaczenie MIC)
6a. Chemioterapia zakażeń bakteryjnych.
Leki stosowane w zakażeniach wywołanych przez prątki gruźlicy, beztlenowce, bakterie atypowe.
Wskazania i zasady racjonalnej terapii: terapia empiryczna, terapia celowana, terapia deeskalacyjna.
Aktualne problemy antybiotykoterapii – narastanie oporności, zmienność czynników etiologicznych zakażeń.
Mechanizmy powstawania oporności bakterii na antybiotyki - oporność naturalna, oporność nabyta: związana z chromosomem –
mutacje, związana z plazmidami i transpozonami – koniugacja, transdukcja, transformacja, selekcja szczepów opornych.
Ekspresja fenotypowa oporności na antybiotyki - synteza enzymu degradującego, modyfikacja miejsca docelowego działania,
zaburzenie barier przepuszczalności, ominięcie ogniwa zablokowanego przez enzym, wypływ antybiotyku.
Mechanizmy oporności na poszczególne grupy antybiotyków i chemioterapeutyków (β-laktamy, glikopeptydy, aminoglikozydy,
makrolidy, linkozaminy, streptograminy, fluorochinolony).
Mechanizmy oporności występujące u klinicznie ważnych patogenów: Staphylococcus, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus
pyogenes, Enterococcus, Haemophilus influenzae, E. coli, Klebsiella, Proteus, Pseudomonas, Acinetobacter.
Część praktyczna:
Wejściówka.
Film: Oznaczanie MRSA.
Wykonanie antybiogramów mających na celu wykrycie różnych mechanizmów oporności: (ESBL i AmpC, KPC, MBL, MLSB,
MRSA, VISA, HLAR, VRE) na przygotowanych szczepach.
6b. Chemioterapia zakażeń bakteryjnych.
Część praktyczna:
Odczyt i interpretacja kliniczna mechanizmów oporności występujących u szczepów izolowanych z bieżącej diagnostyki:
betaklaktamazy ESBL i AmpC, KPC, MBL, mechanizm MLSB, szczepy MRSA, VISA, HLAR, VRE.
Odczytanie własnych antybiogramów.
7a. Zakażenia grzybicze. Chemioterapia zakażeń grzybiczych.
Przypomnienie morfologii grzybów – budowa, rozmnażanie.
Praktyczna klasyfikacja grzybów – dermatofity, drożdżaki i grzyby drożdżopodobne, pleśnie, grzyby dimorficzne – przykłady.
Występowanie grzybów w środowisku i normalnej mikroflorze człowieka.
Zakażenia wywoływane przez Candida, Cryptococcus, Pityrosporum, Trichosporon, Geotrichum, Aspergillus, dermatofity.
Czynniki wpływające na rozwój grzybic. Kliniczne postacie grzybic. Odporność w zakażeniach grzybiczych.
Ogólny schemat badania mykologicznego: preparat bezpośredni (formy inwazyjne),hodowle, różnicowanie cech morfologicznych i
biochemicznych, diagnostyka serologiczna, testy skórne, próba biologiczna.
Mykotoksyny.
Część praktyczna:
Wejściówka.
Ocena morfologii kolonii grzybów na podłożu Sabourauda oraz Dermasel (ocena wzrostu dermatofitów)
Oglądanie preparatów bezpośrednich w laktofenolu – ocena obecności strzępek grzybni w materiale pobranym od pacjenta.
Wykonanie i ocena preparatów bezpośrednich z plwociny.
Ocena morfologii komórek w hodowli szkiełkowej.
Ocena morfologii grzybów w preparacie z KOH.
Odczytanie testu filamentacji.
Wykonanie mykogramu. Odczytanie testu biochemicznego Candifast
Odczytanie „antymykogramu” – metody półilościowe Candifast, system R14 Micronaut (stosowanym w ciężkich grzybicach
układowych) , E – testy.
Wykrywanie antygenów rozpuszczalnych Aspergillus i Candida w surowicy pacjenta metodą ELISA – przykłady wyników badań,
omówienie zastosowania i znaczenia klinicznego.
Oznaczanie DNA Aspergillus i Pneumocystis jirovecii metodą Real-Time PCR w BAL-u, plwocinie, popłuczynach oskrzelowych –
zastosowanie metody w praktyce klinicznej, przykładowe wyniki.
Odczytanie testu biochemicznego (asymilacja, fermentacja) API.
Omówienie zasad wykonywania lekowrażliwości grzybów.
Odczytanie lekowrażliwości grzybów za pomocą różnych testów: Fungitest, Candifast, ATB-fungus, R14 Micronaut system AM
MHK, E-test na agarze RPMI.
Odczytanie mykogramu.
Wykrywanie antygenów grzybiczych.
7b. Zakażenia wirusowe. Chemioterapia zakażeń wirusowych.
Przypomnienie budowy i sposobów namnażania wirusów oraz mechanizmów odporności w zakażeniach wirusowych. Ogólne
wskazania i zasady diagnostyki wirusologicznej – izolacja wirusa:
- rodzaj, okres pobierania, przechowywanie, transport materiałów;
- opracowanie materiału w pracowni wirusologicznej – namnażanie na wrażliwych żywych komórkach, identyfikacja wirusa w
mikroskopie lub odczynami serologicznymi;
Zastosowanie odczynów serologicznych w diagnostyce schorzeń wirusowych (odczyny wiązania dopełniacza, neutralizacji,
zahamowania hemaglutynacji lub hemadsorpcji, immunofluorescencji, immnuenzymatyczne, radioimmunologiczne, lateksowe):
do rozpoznania namnożonego wirusa
do określenia miana przeciwciał w surowicy
- do wykrycia antygenu wirusowego w surowicy
Zastosowanie biologii molekularnej w diagnostyce wirusologicznej.
Epidemiologia i diagnostyka zakażeń WZW, HIV, grypy, wścieklizny.
Zakażenia wywoływane przez priony.
Część praktyczna:
Wejściówka.
Film: Zakażenia HIV.
Oglądanie ciałek wtrętowych w zakażeniu wirusem wścieklizny w mikroskopie świetlnym oraz metodą IF.
Wykrycie swoistych przeciwciał w odczynie zahamowania hemaglutynacji (grypa, świnka, odra).
Wykrycie antygenu HBS metodą Elisa.
Możliwości diagnostyki różnych zakażeń wirusowych – prospekty.
RT-PCR: wirus BK, CMV.
Wykrywanie zakażenia wirusem Epsteina-Barr.
Oznaczanie genotypu wirusa HPV.