Prezentacja bloku licencjackiego genetycznego 2017/2018

BLOK LICENCJACKI
GENETYCZNY
Blok licencjacki genetyczny
pozwala na uzyskanie rzetelnej i szczegółowej
wiedzy z zakresu genetyki na poziomie
komórkowym i molekularnym
Jeśli chcesz wiedzieć:
• w jaki sposób geny decydują o rozwoju
i funkcjonowaniu organizmów
• na czym polegają mutacje
• co leży u podłoża chorób genetycznych
• jakie metody badawcze są wykorzystywane w genetyce
molekularnej, cytogenetyce
• co to są uszkodzenia DNA i jak sobie z nimi radzić
• jak wykorzystać dane z zakresu genetyki w biologii,
mikrobiologii, biochemii
wybierz blok genetyczny
Gdzie można realizować prace
licencjackie?
•
•
•
•
Katedra Genetyki Molekularnej (Instytut Biochemii)
Katedra Cytobiochemii (Instytut Biochemii)
Pracownia Cytogenetyki (Instytut Biologii Eksperymentalnej)
Zakład Genetyki Drobnoustrojów
(Instytut Mikrobiologii, Biotechnologii i Immunologii)
Do kogo należy się zgłaszać
w związku z realizacją pracy
licencjackiej?
• prof. dr hab. Wanda Małgorzata Krajewska
Katedra Cytobiochemii
• prof. dr hab. Katarzyna Woźniak
Katedra Genetyki Molekularnej
• dr hab. Renata Kontek, prof. nadzw. UŁ
Pracownia Cytogenetyki
• dr hab. Paweł Stączek, prof. nadzw. UŁ
Zakład Genetyki Drobnoustrojów
Krótki „przewodnik” po bloku
genetycznym
czyli:
czym zajmują się poszczególne
jednostki naukowe i jakie proponują
tematy prac licencjackich w roku
akademickim 2017/2018
Katedra Genetyki Molekularnej
Tematyka prac badawczych realizowanych
w Katedrze Genetyki Molekularnej
 Rola białka RUNX2 w reakcji na uszkodzenia DNA w komórkach różnicujących.
 Relacje pomiędzy autofagią, starzeniem i reakcją komórki na uszkodzenia DNA
w nabłonku barwnikowym siatkówki.
 Stres oksydacyjny w patogenezie zespołu suchego oka.
 Znaczenie modyfikacji epigenetycznych w reakcji komórki na uszkodzenia DNA.
 Ekspresja genów szlaku BER w chorobie Alzheimera.
 Zmienność genów naprawy DNA w chorobach depresyjnych.
 Białka naprawy dwuniciowych pęknięć DNA jako cele dla spersonalizowanej terapii
przeciwnowotworowej opartej na syntetycznej letalności.
 Genetyczne uwarunkowania chorób nowotworowych.
 Identyfikacja mechanizmu uwrażliwiania komórek nowotworowych na leki
przeciwnowotworowe za pomocą inhibitorów naprawy DNA.
Proponowane tematy prac licencjackich
 Edytowanie genomów
– narzędzie biologii molekularnej i medycyny.
 Reakcja łańcuchowa polimerazy – nowe oblicza standardowej techniki
badawczej.
 Sekwencjonowanie DNA – historia i nowoczesność.
 Sekwencje mikrosatelitarne i ich wykorzystanie w medycynie
i sądownictwie.
Proponowane tematy prac licencjackich
 Klonowanie macierzystych
komórek embrionalnych – problemy techniczne
i etyczne.
 Proces naprawy DNA – Nobel w dziedzinie chemii w 2015 roku.
 Co kształtuje inteligencję – geny czy środowisko?
 Znaczenie sumoilacji białek dla naprawy DNA.
Źródła grafiki: materiały Katedry Genetyki Molekularnej UŁ
Katedra Cytobiochemii
Katedra Cytobiochemii
prof. dr hab. Wanda M. Krajewska – Kierownik Katedry
prof. dr hab. Magdalena Bryś
dr hab. Anna Krześlak, prof. nadzw. UŁ
dr hab. Małgorzata Rogalińska, prof. nadzw. UŁ
Tematyka badawcza
 Poszukiwanie potencjalnych markerów nowotworów piersi, prostaty, endometrium,
pęcherza moczowego, jelita grubego i przewlekłej białaczki limfocytowej B-komórkowej
 Zaburzenia transmisji sygnałów komórkowych w transformacji nowotworowej i stanach
zapalnych
 Personalizacja terapii przewlekłej białaczki limfocytowej
 Modyfikacje epigenetyczne w chorobach nowotworowych
 Glikozylacja białek w regulacji metabolizmu komórek nowotworowych
Katedra Cytobiochemii
Przykładowe tematy prac licencjackich
•
•
•
•
•
•
•
•
•
•
Dieta a modyfikacje epigenetyczne DNA
Nutrigenomika- wpływ diety na ekspresję genów
Analiza DNA w genetyce sądowej
Sekwencje mikrosatelitarne w diagnostyce medycznej
Genetyczne czynniki długowieczności
Genetyczne podłoże zespołów przedwczesnego starzenia
Molekularny budzik - regulacja rytmu okołodobowego
Mechanizmy epigenetyczne a transformacja nowotworowa
Indukcja apoptozy w terapii przeciwnowotworowej
Nowe związki w terapiach przeciwnowotworowych
Pracownia Cytogenetyki
Pracownia Cytogenetyki
Instytut Biologii Eksperymentalnej
dr hab. Renata
Kontek prof. nadzw. UŁ ([email protected];) – kierownik Pracowni
dr hab. Alina Błaszczyk prof. nadzw. UŁ ([email protected])
dr Beata Marciniak adiunkt ([email protected])






Tematyka badawcza:
cytotoksyczność związków pochodzenia naturalnego (potencjalnych biofarmaceutyków)
oraz nowo syntetyzowanych związków chemicznych o charakterze przeciwnowotworowym
indukcja apoptozy i nekrozy
stopień proliferacji komórek (indeks mitotyczny, cykl komórkowy)
genotoksyczność związków o potencjalnej aktywności przeciwnowotworowej
poziom stresu oksydacyjnego
Materiał badawczy:
prawidłowe i nowotworowe komórki człowieka
Metody:
hodowle komórkowe, test MTT, test komety (analiza uszkodzeń i naprawy DNA), cytometria
przepływowa (badanie apoptozy i cyklu komórkowego), podwójne barwienia fluorochromami,,
metody fluorescencyjne pozwalające na analizę struktur komórkowych (np. mikrotubul i wrzeciona
podziałowego), badanie poziomu stresu oksydacyjnego w komórkach, mikroskopia świetlna
i fluorescencyjna
Pracownia Cytogenetyki
Instytut Biologii Eksperymentalnej
Tematyka planowanych prac licencjackich w roku 2017/2018:
•
•
•
•
•
•
Od chromosomu do genu
Różne oblicza mutacji genowych
Rokitnik zwyczajny – bioaktywny ananas
Aberracje chromosomowe w chorobach nowotworowych
Kariotypowanie – wskazania, stosowane techniki
i inne w zależności od zainteresowań genetycznych studenta
Zakład Genetyki Drobnoustrojów
Zakład Genetyki Drobnoustrojów
dr Anita Ciesielska, dr Aleksandra Strzelczyk, dr Paulina Jęcz, dr hab. Paweł Stączek,
prof. nadzw. UŁ - kierownik Zakładu
• Oznaczanie aktywności biologicznej nowosyntetyzowanych pochodnych
tiosemikarbazydów jako potencjalnych leków antybakteryjnych (poznanie
właściwości przeciwbakteryjnych, mutagennych, genotoksycznych,
cytotoksycznych)
- Małocząsteczkowe związki (masa <400)
- Syntetyzowane w wyniku reakcji hydrazydu
kwasu heterokarboksylowego z odpowiednim
izotiocyjanianem
- Siarkoorganiczne odpowiedniki semikarbazydów –
hydrazydów kwasu karbaminowego (aminomocznika)
Ogólny wzór tiosemikarbazydu
W zależności od rodzaju podstawników wykazują właściwości:
antybakteryjne, przeciwgrzybicze, przeciwwirusowe, owadobójcze,
przeciwnowotworowe, przeciwpasożytnicze, przeciwzapalne,
antydepresyjne i chwastobójcze.
Zakład Genetyki Drobnoustrojów
• Analiza ekspresji genów patogenności chorobotwórczych grzybów
skórnych (dermatofitów) w odpowiedzi na czynniki środowiskowe
charakterystyczne dla fazy zakażenia
• komputerowe analizy genomów
dermatofitów
• pomiar ekspresji wybranych
Trichophyton genów, w tym transporterów leków
z rodziny białek ABC, przy
zastosowaniu technik
qPCR oraz RNAseq
• porównawcza analiza proteomu
Microsporum dermatofitów hodowanych w
obecności zmiennych parametrów
środowiskowych, naśladujących
fazę zakażenia.
Proteomic analysis
Transcriptomic analysis
Sample preparation
RNA libraries preparation
1-D, 2-D SDS-PAGE
sequencing (total reads)
LC-MS/MS, MALDI TOF/TOF
Data processing (clean reads)
Protein identification using bioinformatic software
(eg. Mascot)
gene assembly
Analysis of changes in protein profile
Epidermophyton
PCA- principal component
analysis
analysis of changes in
gene expression
analysis of contigs, transcript
annotation, etc.
newly discovered
genes
Zakład Genetyki Drobnoustrojów
Przykładowe tematy prac licencjackich:
 Molekularne podstawy zmienności fazowej u bakterii
 Quorum sensing – komunikowanie się bakterii w obrębie populacji
 Wykorzystanie komórek macierzystych w terapii genowej
 Chromosomy, chromidy, plazmidy – organizacja genomów bakteryjnych
 Rola subinhibitorowych stężeń antybiotyków w indukcji systemu SOS u
bakterii
 Stres oksydacyjny jako przykład ogólnego działania antybiotyków na
drobnoustroje
Studentów pragnących poszerzyć
swoje zainteresowania genetyczne
zapraszamy do:
Sekcji Genetycznej
Studenckiego Koła Naukowego Biologów
(opiekun dr Ewelina Synowiec)
Sekcji Cytogenetycznej
Studenckiego Koła Naukowego Biologów
(opiekun dr hab. Alina Błaszczyk, prof. nadzw. UŁ)
Zapraszamy