Prezentacja przygotowana dla studentów I roku kierunku

Prezentacja przygotowana
dla studentów I roku
kierunku
GENETYKA
Studia stacjonarne II stopnia
Rok akademicki 2016/2017
Po pierwszym semestrze nauki,
Student wybiera katedrę, zakład lub pracownię,
w której planuje przygotować pracę magisterską
Aby ułatwić Państwu ten wybór,
na kolejnych slajdach
przedstawiono poszczególne jednostki,
wraz z przygotowanymi specjalnie dla Państwa
propozycjami tematów prac magisterskich,
planowanych do realizacji
na kierunku Genetyka
w roku akademickim 2016/2017
Zachęcamy do zapoznania się z propozycjami
oraz do wizyt w poszczególnych jednostkach,
zwłaszcza w tych, których oferty nie mieli Państwo okazji
poznać podczas zajęć w tym semestrze.
KATEDRA CYTOBIOCHEMII
Katedra Cytobiochemii
pracownicy samodzielni:
prof. dr hab. Wanda Małgorzata Krajewska (kierownik Katedry)
prof. dr hab. Magdalena Bryś, dr hab. Anna Krześlak, prof. nadzw. UŁ,
dr hab. Małgorzata Rogalińska
TEMATY BADAWCZE
• Sygnalizacja estrogenowa w patofizjologii jelit
•
•
•
•
Ekspresja receptorów związanych z białkami G w raku endometrium
Zmienność genów naprawy DNA w raku prostaty
Epigenetyczna regulacja receptora androgenów w raku piersi
Czynniki genetyczne wpływające na niepłodność mężczyzn
Katedra Cytobiochemii
•
•
•
•
TEMATY BADAWCZE
Rola białek Polycomb w regulacji ekspresji genów związanych
z transformacją nowotworową
Białka TET i O-GlcNAc transferaza w progresji raka piersi
i endometrium
Udział mitochondrialnej izoformy O-GlcNAc transferazy
w metabolizmie komórek nowotworowych
Poszukiwanie nowych, naturalnych związków anty-nowotworowych
indukujących apoptozę komórek białaczkowych; personalizacja
terapii przewlekłej białaczki limfocytowej
Katedra Cytobiochemii
MATERIAŁ
Nowotwory endometrium, jelita grubego, piersi, prostaty, tarczycy,
białaczka limfocytowa B-komórkowa, choroby zapalne jelit
METODY
•
Hodowle komórkowe, modele zwierzęce
•
Real-Time PCR
•
Western blotting
•
ChiP (chromatin immunoprecipitation)
•
interferencja RNA
•
wektory plazmidowe do wyciszania lub nadekspresji genów
•
obrazowanie immunofluorescencyjne
•
sekwencjonowanie DNA
•
testy oceniające przeżywalność, proliferację i zdolność komórek do migracji
KATEDRA GENETYKI
MOLEKULARNEJ
Proponowane tematy prac magisterskich:
•
Autofagia jako cel terapii chorób oczu
•
Apoptoza, autofagia, starzenie i senscencja, a zdolność proliferacyjna
komórek rogówki
•
Epigenetyczna regulacja reakcji na uszkodzenia DNA w migrenie
•
Udział RUNX2 w reakcji komórki na uszkodzenia DNA i różnicowaniu
osteoblastów
•
Wzajemna zależność autofagii i stanu zapalnego w tętniakach
wewnątrzczaszkowych
Proponowane tematy prac magisterskich:
•
Efektywność naprawy jedno i dwuniciowych pęknięć DNA
w raku endometrium
•
Naprawa DNA w warunkach hipoksji
•
Znaczenie sumoilacji białek w naprawie DNA
•
Analiza cytotoksycznych i antyproliferacyjnych
właściwości związków modulujących homeostazę redoks
w komórkach nowotworowych i prawidłowych
•
Badanie mechanizmu uwrażliwiania komórek
nowotworowych na chemioterapię za pomocą nowych
inhibitorów naprawy DNA
Źródła grafiki: materiały Katedry Genetyki Molekularnej UŁ
Proponowane tematy prac magisterskich:
•
Aspekty genetyczne i epigenetyczne szlaku syntezy katabolitów tryptofanu
w zaburzeniach depresyjnych
•
Aspekty genetyczne i epigenetyczne stresu oksydacyjnego i nitryzacyjnego
w zaburzeniach depresyjnych
•
Ekstrakty z korzeni transformowanych, jako potencjalne stymulatory apoptozy komórek
guzów litych
•
Białka naprawy pęknięć dwuniciowych DNA jako cele dla spersonalizowanej terapii
przeciwnowotworowej opartej na syntetycznej letalności
Źródła grafiki: materiały Katedry Genetyki Molekularnej UŁ
PRACOWNIA CYTOGENETYKI
Pracownia Cytogenetyki
Renata Kontek prof. nadzw. UŁ ([email protected]; pok. A307)
dr hab. Alina Błaszczyk prof. nadzw. UŁ ([email protected]; pok. A308)
dr Beata Marciniak adiunkt ([email protected]; pok. A333)
dr hab.
•
•
•
•
•
Tematyka badawcza:
badania właściwości biologicznych związków pochodzenia naturalnego (potencjalnych
biofarmaceutyków) oraz nowozsyntetyzowanych związków chemicznych o charakterze
przeciwnowotoworowym:
–
–
cytotoksyczność
stres oksydacyjny
–
–
badania indukcji uszkodzeń DNA i ich naprawy w warunkach in vitro
badanie indukcji aberracji chromosomowych i mikrojąder oraz zaburzeń w przebiegu mitozy)
indukcja apoptozy i nekrozy
stopień proliferacji komórek (indeks mitotyczny, cykl komórkowy)
genotoksyczność związków o potencjalnej aktywności przeciwnowotworowej:
Materiał badawczy:
prawidłowe (limfocyty) i nowotworowe komórki człowieka
Metody:
hodowle komórkowe, test MTT, test komety (analiza uszkodzeń i naprawy DNA),
cytometria przepływowa, podwójne barwienia fluorochromami, mikroskopia świetlna
i fluorescencyjna, metoda TUNEL, metody immunofluorescencyjne pozwalające na
analizę struktur komórkowych (np. mikrotubul i wrzeciona podziałowego), badanie
poziomu stresu oksydacyjnego w komórkach
Pracownia Cytogenetyki
Instytut Biologii eksperymentalnej
Tematyka planowanych prac magisterskich:
•
•
•
Badanie stopnia cytotoksyczności naturalnych substancji bioaktywnych
występujących w rokitniku zwyczajnym
Indukcja apoptozy i nekrozy po działaniu pochodnych furylowych
aminofosfonianów na wybrane typy komórek nowotworowych człowieka
Badanie biologicznych właściwości nowych pochodnych
kwasu rycynolowego – związków o potencjalnych właściwościach
przeciwnowotworowych
Obraz „komety”
(metoda elektroforezy
pojedynczych komórek
w żelu agarozowym)
Metoda podwójnych barwień
fluorochromami (rozróżnianie
komórek żywych, apoptotycznych
i nekrotycznych)
Test MTT (ocena
cytotoksyczności
związków
chemicznych)
KATEDRA CYTOFIZJOLOGII
CH
N
O
CH N = N = N
HN
S
NH
HN
O
ZAKŁAD GENETYKI
DROBNOUSTROJÓW
Zakład Genetyki Drobnoustrojów
dr hab. Paweł Stączek, prof. nadzw. UŁ - kierownik zakładu, dr Anita Ciesielska, dr
Aleksandra Strzelczyk, dr Paulina Jęcz
• Oznaczanie aktywności biologicznej nowosyntetyzowanych pochodnych
tiosemikarbazydów jako potencjalnych leków antybakteryjnych
- Małocząsteczkowe związki (masa <400)
- Syntetyzowane w wyniku reakcji hydrazydu
kwasu heterokarboksylowego z odpowiednim
izotiocyjanianem
- Siarkoorganiczne odpowiedniki
semikarbazydów – hydrazydów kwasu
karbaminowego (aminomocznika)
ogólny wzór tiosemikarbazydu
Wykazują właściwości: antybakteryjne, przeciwgrzybicze,
przeciwwirusowe, przeciwpasożytnicze, owadobójcze i chwastobójcze,
przeciwnowotworowe, przeciwzapalne, antydepresyjne
Zakład Genetyki Drobnoustrojów
• Analiza ekspresji genów patogenności chorobotwórczych
grzybów skórnych (dermatofitów) w odpowiedzi na czynniki
środowiskowe charakterystyczne dla fazy zakażenia.
• komputerowe analizy genomów
dermatofitów
• pomiar ekspresji wybranych
Trichophyton genów, w tym transporterów leków
z rodziny białek ABC, przy
zastosowaniu technik
qPCR oraz RNAseq
• porównawcza analiza proteomu
Microsporum dermatofitów hodowanych w
obecności zmiennych parametrów
środowiskowych
Proteomic analysis
Transcriptomic analysis
Sample preparation
RNA libraries preparation
1-D, 2-D SDS-PAGE
sequencing (total reads)
LC-MS/MS, MALDI TOF/TOF
Data processing (clean reads)
Protein identification using bioinformatic software
(eg. Mascot)
gene assembly
Analysis of changes in protein profile
Epidermophyton
PCA- principal component
analysis
analysis of changes in
gene expression
analysis of contigs, transcript
annotation, etc.
newly discovered
genes
KATEDRA ANTROPOLOGII
KATEDRA ZOOLOGII
BEZKRĘGOWCÓW I
HYDROBIOLOGII
http://invertebrates.uni.lodz.pl
dr hab. Michał Grabowski, prof. UŁ ([email protected])
dr hab. Karolina Bącela-Spychalska ([email protected])
dr Tomasz Mamos ([email protected])
Ocena różnorodności biologicznej
wykrywanie gatunków kryptycznych
DNA barcoding (markery mitochondrialne)
Filogeografia
ocena dróg i dynamiki
rozprzestrzeniania się gatunków inwazyjnych
przy pomocy markerów molekularnych
Filogeneza molekularna
pochodzenie
i różnicowanie się fauny
bezkręgowej Europy
źródła grafiki: rgbstock, Senckenberg World of Biodiversity, birdtree.org, StudyBlue, Wikipedia, own works
Wykrywanie
i molekularna
identyfikacja
pasożytów
zwierząt
bezkręgowych
http://invertebrates.uni.lodz.pl
Proponowane tematy prac magisterskich:
Filogeneza molekularna wybranych grup skorupiaków
wód europejskich rekonstruowana na podstawie markerów
mitochondrialnych i jądrowych
DNA barkoding skorupiaków w wodach Europy
- użyteczność różnych markerów mitochondrialnych
w identyfikacji i rozgraniczaniu gatunków
źródła grafiki: rgbstock, Senckenberg World of Biodiversity, birdtree.org, StudyBlue, Wikipedia, own works
http://invertebrates.uni.lodz.pl
Proponowane tematy prac magisterskich:
Polimorfizm markerów mitochondrialnych i jądrowych
jako wyznacznik struktury genetycznej inwazyjnych skorupiaków
Diagnostyka molekularna pasożytów wewnątrzkomórkowych
(mikrosporidioz) inwazyjnych gatunków w Europie
źródła grafiki: rgbstock, Senckenberg World of Biodiversity, birdtree.org, StudyBlue, Wikipedia, own works
Kierownicy Katedr i Zakładów, do których można
zgłaszać się w związku z realizacją pracy magisterskie
•
Prof. dr hab. Wanda Małgorzata Krajewska – Katedra Cytobiochemii
•
Prof. dr hab. Katarzyna Woźniak – Katedra Genetyki Molekularnej
•
Prof. dr hab. Janusz Błasiak – Zakład Genetyki Molekularnej w Katedrze
Genetyki Molekularnej
•
dr hab. Renata Kontek, prof. nadzw. UŁ – Pracownia Cytogenetyki w
Katedrze Genetyki Ogólnej, Biologii Molekularnej i Biotechnologii Roślin
•
Prof. dr hab. Janusz Maszewski – Katedra Cytofizjologii
•
Dr hab. Paweł Stączek, prof. nadzw. UŁ – Zakład Genetyki Drobnoustrojów
•
Dr hab. Aneta Sitek, prof. nadzw. UŁ – Katedra Antropologii
•
Dr hab. Michał Grabowski, prof. nadzw. UŁ – Zakład Biogeografii i Ekologii
Bezkręgowców w Katedrze Zoologii Bezkręgowców i Hydrobiologii
Życzę Państwu
ciekawych rozmów z pracownikami
poszczególnych jednostek.
Proszę zapoznać się ze wszystkimi propozycjami,
zdobyć jak najwięcej informacji,
aby decyzja, którą będziecie musieli podjąć
podczas wyboru jednostki była rozważna,
a tematyka pracy magisterskiej
zgodna z Waszymi zainteresowaniami i oczekiwaniami
Limity miejsc w poszczególnych jednostkach
zostaną ustalone na początku semestru letniego
dr hab. Agnieszka Marczak, prof. nadzw. UŁ
Prodziekan Wydziału BiOŚ ds. kierunku Genetyka