Analiza funkcjonalna sekwencji DNA

Analiza funkcjonalna sekwencji DNA (znajdowanie sekwencji kodujących;
potencjalnych miejsc splicingu, miRNA)
29 sierpnia 2014
BIT Polska, ul. Ostrobramska 101A, Warszawa
Uzyskanie sekwencji genomu jest dopiero początkiem zrozumienia podstaw funkcjonowania
organizmu na poziomie molekularnym. Kolejnym etapem w rozszyfrowywaniu genomu jest
odnalezienie w nim sekwencji kodujących i przypisanie kodowanym przez nie produktom
funkcji pełnionych w organizmie. Można to zrobić poprzez porównanie sekwencji DNA i/lub
białek lub metodami ab initio poprzez wyszukiwanie charakterystycznych elementów
strukturalnych i sygnałów molekularnych. Funkcja genów jest często ewolucyjnie
konserwatywna. Porównanie annotacji ortologicznych genów u różnych organizmów jest
dobrym podejściem do przewidzenia funkcji genu. Oprócz sekwencji genów kodujących
białka występują również liczne geny, które nie kodują białek (miRNA, ncRNA, lcnRNA i
inne) oraz sekwencje regulatorowe i repetytywne.
09:00 – 09:10
09:10 – 10:30
10:30 – 11:30
11:30 – 11:45
11:45 – 12:45
12:45 – 13:45
13:45 – 14:00
14:00 – 16:00
16:00
Otwarcie warsztatów
Annotacja sekwencji DNA - wykład
Programy do annotacji sekwencji - wykład
Przerwa
Annotacja sekwencji DNA eukaryota, znajdowanie sekwencji kodujących
(programy AUGUSTUS, GeneID, GeneFinder) - ćwiczenie
Znajdowanie sekwencji miRNA oraz genów, których ekspresja może być
regulowana przez miRNA (FindMiRNA, ComiR, TargetScan, miRmap) ćwiczenie
Przerwa
Znajdowanie promotorów RNA polimerazy II i III typu, wysp CpG, miejsc
poliadenylacji - ćwiczenie
Zakończenie warsztatów