PCR – łańcuchowa reakcja polimerazy technika amplifikacji

advertisement
Powodzenie reakcji PCR wymaga
właściwego doboru szeregu parametrów:
•dobór warunków samej reakcji PCR
(temperatury, czas trwania cykli, ilości cykli itp.)
•dobór odpowiednich starterów do reakcji
amplifikacji
•dobór właściwych ilości składników mieszaniny
reakcyjnej tj.: stężenia dNTP, polimerazy,
starterów, magnezu
Warunki temperaturowe reakcji
Denaturacja
•Temperatura i czas trwania etapu denaturacji zależy od
rodzaju matrycowego DNA używanego do reakcji
•wstępna denaturacja - ogrzewanie DNA przez okres 3-5 min
w temp. 94-96C jest wystarczające do denaturacji
genomowego DNA
•opcjonalnie etapy denaturacji w kolejnych cyklach mogą być
krótsze i przebiegać w niższej temperaturze
Temperatura etapu przyłączania - hybrydyzacji
(annealingu) starterów
•jest najważniejszym czynnikiem wpływającym na
skuteczność i specyficzność reakcji PCR
•czas trwania tego etapu jest zależny od wielkości
starterów, ale zwykle nie przekracza 1 min
•temperatura przyłączania starterów powinna być o 5C
niższa niż obliczona temperatura topnienia starterów (Tm).
Zbyt niska temperatura powoduje, że startery przyłączają
się w niespecyficznych miejscach (na zasadzie niepełnej
komplementarności
Istnieje wiele wzorów na obliczenie temperatury topnienia starterów.
Do najprostszych, a zarazem najczęściej używanych należy wzór:
Tm = [4(G + C) + 2(A + T)] (C)
Temperatura przyłączania starterów musi być dobrana
doświadczalnie – gradientowy PCR
W praktyce ilość startera, matrycowego
DNA, stężenie soli i innych związków
obecnych w mieszaninie reakcyjnej
wpływa na temperaturę przyłączania
startera, która bywa czasami wyższa o
kilka stopni od obliczonej temperatury
topnienia.
Dlatego też temperaturę przyłączania
starterów
najlepiej
zoptymalizować
przygotowując szereg reakcji PCR z
różnymi
temperaturami
annealingu
primerów.
Temperatura i czas trwania wydłużania - elongacji
startera
•zależy od używanej polimerazy - zwykle optymalna
temperatura wynosi 72-75C (szybkość przyłączania
nowych nukleotydów 100 nt/s)
•przyjmuje się jednak, że do syntezy fragmentów o
wielkości 1 kpz wymagany czas elongacji wynosi 1 min.
Temperatura elongacji startera c. d.
•obniżenie temperatury elongacji wpływa znacznie na szybkość
syntezy np. już przy 70C ilość wstawianych nukleotydów wynosi ok.
60 nt/s.
•obniżenie temperatury elongacji kosztem wydłużenia czasu jej trwania
jest korzystne np. wtedy, gdy wymagana jest większa dokładność w
syntezie nowej nici np. w reakcji cyklicznego sekwencjonowania lub
wówczas gdy amplifikowany fragment będzie klonowany do wektorów
ekspresyjnych. W takich przypadkach stosowane są temperatury 6068C i wydłużamy czas elongacji.
•Przy wysokiej temperaturze przyłączania starterów możliwe jest ograniczenie
etapów reakcji PCR do denaturacji i wspólnego etapu przyłączania i
wydłużania starterów.
Jest to tzw. dwustopniowy PCR
Ilość cykli w reakcji PCR
•wynosi od 20 do 50 i zależy głównie od początkowej ilości matrycowego DNA.
Dla małej ilości docelowego DNA (ok. 50 cząsteczek) sugeruje się 40- 50 cykli
•teoretyczna wydajność reakcji po “n” cyklach wynosi 2n dwuniciowych,
specyficznych cząsteczek DNA
•rzeczywista wydajność jest niższa (mniejsza wydajność reakcji np. przez spadek
ilości dNTP, zmniejszenie aktywności polimerazy).
Składniki reakcji PCR
•matrycowe DNA
•startery
•termostabilna polimeraza DNA
•odpowiedni bufor reakcyjny
•jony magnezu
•mieszanina czterech
dezoksyrybonukleotydów (dNTP)
Startery
•długość primerów powinna wynosić około 20-30 zasad, a temp. ich
topnienia, która zależy od rodzaju i ilości nukleotydów od 45-65C
•ze względu na wydajność syntezy i stabilność oligonukleotydów,
powinno się unikać starterów o długości powyżej 40 nukleotydów
•startery mogą zawierać zmodyfikowane nukleotydy, najczęstsze
modyfikacje to: znakowanie fluorochromami, biotyną, digoksgeniną czy
wbudowywanie tionukleotydów
•jeśli amplifikowane produkty mają wielkość kilkuset pz startery mogą
być nieco krótsze (16-18 nt), dla fragmentów rzędu kilku kpz startery
powinny być dłuższe (24 i więcej nt)
Parametry dobrego startera
•powinien być wysoko specyficzny dla danej sekwencji
Przy amplifikacji z użyciem całkowitego DNA nietrudno sobie wyobrazić, że
starter przyłączy się tylko do jednego miejsca. Prawdopodobieństwo
wystąpienia dwóch identycznych 20 nt starterów wynosi
420 czyli 1099511627776.
Oznacza to, że sekwencja danego startera występuje raz na 1012
nukleotydów.
Ze względu na wielkość genomów teoretycznie niemożliwe jest
występowanie dwóch takich starterów w genomie.
•obecność na 3’ końcu startera nieunikalnych sekwencji o długości 6-7 nt
objawia się występowaniem niespecyficznych produktów w reakcji PCR.
Pracując z DNA ssaków trzeba zawsze sprawdzać czy projektowany starter
nie wykazuje homologii z sekwencjami powtórzonymi typu Alu lub innymi
sekwencjami repetetywnymi. Należy również unikać homooligomerów (jak –
AAAAAA-) i dwunukleotydowych powtórzeń typu np. –ATATAT-.
Primery c. d.
starter powinien zawierać około 50% par GC. Ilość GC wpływa na
temperaturę topnienia starterów, która nie może być większa niż
optymalna temperatura działania polimerazy
• wymóg co do proporcji GC/AT nie jest bezwarunkowy, gdyż np. dla
genomów o dużej zawartości par GC, czy miejsc bogatych w AT
niemożliwe jest jego spełnienie
• przyjmuje się że startery powinny zawierać ilość GC/AT podobną lub
wyższą niż amplifikowana matryca
•nie powinny tworzyć struktur typu szpilki do włosów
•nie powinny zawierać w części 3’ końcowej sekwencji
komplementarnych do samych siebie oraz do drugiego startera
•odległość między starterami w amplifikowanym DNA
powinna wynosić od 0.1 do kilku kpz, ponieważ...
•Większość „standardowych” polimeraz używanych w reakcji
PCR wydajnie amplifikuje fragmenty do kilku tysięcy
nukleotydów.
•Amplifikacja dłuższych fragmentów wymaga użycia
specjalnie przystosowanych polimeraz lub ich
mieszanin, a także specyficznych warunków amplifikacji.
•robocze stężenie każdego z primerów w mieszaninie reakcyjnej
wynosi od 0,2 - 0,4 M i stanowi
stosunku do ilości moli matrycy!
molowy nadmiar w
•stężenie 1M odpowiada ilości 1pmola startera w 1l roztworu
Bufor reakcyjny
•bufor reakcji PCR jest specyficzny dla danej polimerazy i zwykle jest
dostarczany razem z polimerazą
•stabilizuje pH mieszaniny reakcyjnej
•w buforze obecne są również jednowartościowe jony w postaci KCl,
ich standardowe stężenie wynosi ok. 50mM i umożliwia amplifikację
fragmentów o wielkości powyżej 500pz. Większe stężenie soli (70100mM) poprawia amplifikację fragmentów poniżej 500pz
Jony dwuwartościowe
•wszystkie polimerazy wymagają do działania dwuwartościowych
kationów, zwykle są to jony Mg+2, ale niektóre polimerazy działają
również po dodaniu jonów Mn+2
•ilość cząsteczek Mg+2 musi przewyższać ilość grup
fosforanowych obecnych w mieszaninie reakcyjnej ponieważ
zarówno wolne nukleotydy jak i startery wiążą jony Mg+2
•końcowe stężenie Mg+2 wynosi zwykle od 0,5 do 5 mM
Deoksynukleotydy (dNTP)
•stosowany mix dNTP powinien zawierać
nukleotydów dATP, dTTP, dCTP i dGTP
równe
ilości
czterech
•końcowe stężenie poszczególnych nukleotydów w mieszaninie
reakcyjnej wynosi zwykle od 200 do 250M (w objętości 50l jest to ilość
dNTP wystarczająca do syntezy ok. 6-6,5 g DNA)
•Wysokie stężenie dNTP (>4 mM) hamuje reakcję PCR prawdopodobnie
poprzez wiązanie jonów Mg+2.
•Przy amplifikacji krótkich fragmentów DNA (do 1 kpz) można używać
mniejszych ilości nukleotydów (0,5 pM-20 M)
Czułość reakcji PCR
•ilość matrycowego DNA potrzebna do PCR jest stosunkowo mała
(teoretycznie wystarczy jedna cząsteczka DNA)
•Jeśli to możliwe końcowe stężenie DNA w próbce
powinno być rzędu ng.
•Ilość matrycy potrzebnej do wydajnej amplifikacji zależy od jej złożoności.
Np. w 4kb plazmid niosącym 1 kb wstawkę interesujący nas „target” stanowi
25%. Dla porównania 1 kb „target” w genomie ludzkim (3.3 × 109bp)
stanowi ok. 0.00003%. A zatem dla utrzymania tej samej ilości
docelowego DNA matrycowego na starcie reakcji PCR należy użyć 1,000,000razy więcej ludzkiego genomowego DNA niż plazmidu
1μg of 1kb dsDNA = 9.12 × 1011 molecules
1μg of pGEM® Vector DNA = 2.85 × 1011 molecules
1μg of lambda DNA = 1.9 × 1010 molecules
1μg of E. coli genomic DNA = 2 × 108 molecules
1μg of human genomic DNA = 3.04 × 105 molecules
•Mała ilość matrycy – mała wydajność amplifikacji, zbyt duża ilość
matrycy – niespecyficzna amplifikacja.
Unikanie zanieczyszczeń w reakcji PCR
•Główną zasadą jaka powinna być spełniona to fizyczne
rozdzielenie etapów procedury przygotowania próbki i
reakcji PCR
•Zestaw plastików (końcówki pipet, próbówki) pipety
automatyczne powinny być używane tylko do
określonego przeznaczenia (izolacja lub PCR)
Download