AmpliTest Borrelia spp. (PCR)

AmpliTest Borrelia spp.
(PCR)
Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych
dla bakterii z rodzaju Borrelia
techniką PCR
Nr kat.: BAC14-100
Wielkość zestawu: 100 oznaczeń
Objętość pojedynczej reakcji: 20 µL
Przed użyciem zestawu należy uważnie zapoznać się z niniejszą instrukcją.
Amplicon sp. z o. o. ul. Duńska 9 54-427 Wrocław Polska, NIP: 8943052339, KRS: 0000501830
www.amplicon.pl email: [email protected], tel. +48 71 733 67 06, fax +48 71 733 67 24
ZASTOSOWANIE
Zestaw AmpliTest Borrelia spp. (PCR) jest przeznaczony do wykrywania sekwencji
specyficznych dla bakterii z rodzaju Borrelia w próbkach DNA uzyskanych z tkanek
zwierzęcia (kleszcza, ssaka). W celu uniknięcia problemów z wydajnością reakcji
PCR próbki DNA powinny być przygotowane przy użyciu metod pozwalających
otrzymać wysokiej jakości DNA pozbawiony inhibitorów reakcji PCR. Zalecane są
zestawy do izolacji DNA oparte o złoża krzemionkowe (tzw. zestawy
kolumienkowe).
ZAKRES STOSOWANIA
• Diagnostyka weterynaryjna in vitro
• Badania i rozwój (B+R)
SKŁADNIKI ZESTAWU
Nazwa
Opis
Ilość
Kolor wieczka
MIX
Mix do reakcji PCR
4 × 500 µL Zielony
RMZ
Mieszanina reakcyjna Z
2 x 50 µL
Fioletowy
RMW
Mieszanina reakcyjna W
4 x 50 µL
Żółty
PC
Kontrola pozytywna
4 × 200 µL Czerwony
NC
Kontrola negatywna
4 × 200 µL Niebieski
Woda
Woda
4 × 500 µL Biały
TRANSPORT i PRZECHOWYWANIE
• Transport odbywa się w suchym lodzie. Po otrzymaniu przesyłki należy ją
natychmiast rozpakować.
• Składniki testu przechowywać w -20°C.
• Unikać wielokrotnego zamrażania i rozmrażania składników testu.
• Nie używać składników testu po upływie daty przydatności do użycia.
2
ZASADA DZIAŁANIA
Zestaw AmpliTest Borrelia spp. (PCR) zawiera startery namnażające fragment
genomu bakterii z grupy Borrelia burgdorferi. Produkty reakcji PCR są rozdzielane
w żelu agrozowym i wykrywane dzięki zastosowaniu barwnika interkalującego
(bromek etydyny, Midori Green® lub inny), który przyłączając się do powstającego
amplikonu
(powielanego
fragmentu
bakteryjnego
DNA)
powoduje
jego
uwidocznienie w świetle UV.
W celu zapewnienia wysokiej specyficzności i czułości reakcji zestaw oparty jest
na technice Nested PCR. Polega ona na przeprowadzeniu kolejno dwóch reakcji
PCR. Produkt powstały w wyniku pierwszej reakcji PCR (nie zawsze jest widoczny
na żelu agarozowym) służy jako matryca do drugiej reakcji PCR. Produkty tej
reakcji po rozdzieleniu w żelu agarozowym definiują ostateczny wynik testu.
W celu zwiększenia wiarygodności wyników składnik MIX w zestawie AmpliTest
Borrelia spp. (PCR) zawiera kontrolę wewnętrzną (egzogenny fragment DNA) oraz
układ starterów do jej namnożenia. Produkt PCR dla kontroli wewnętrznej jest
dłuższy dzięki czemu można go łatwo odróżnić od produktu PCR dla bakterii
Borrelia. Obecność kontroli wewnętrznej pozwala na monitorowanie prawidłowego
przebiegu reakcji PCR. Amplifikacja kontroli wewnętrznej nie wpływa na
wydajność wykrywania sekwencji specyficznej dla bakterii z rodzaju Borrelia.
3
POTRZEBNY SPRZĘT I DODATKOWE MATERIAŁY
• Aparat do PCR:
• Probówki reakcyjne (probówki PCR, płytki PCR, w zależności od posiadanego
aparatu do PCR)
• Wirówka do probówek reakcyjnych
• Wirówka stołowa (mikrowirówka)
• Pipety automatyczne w zakresie 1-1000 µL
• Sterylne końcówki z filtrami do pipet automatycznych
• Zestaw do izolacji DNA
W zależności od użytego zestawu do izolacji DNA może być potrzeby dodatkowy
sprzęt i materiały.
IZOLACJA DNA
Z poszczególnych osobników pobrać fragmenty tkanek, a następnie wyizolować
DNA. Ilość potrzebnego materiału zależy od użytej metody izolacji DNA. Do izolacji
DNA zaleca się stosowanie zestawów opartych o złoża krzemionkowe (tzw.
zestawów kolumienkowych), gdyż zapewniają one uzyskanie próbek DNA o
odpowiedniej jakości pozbawionych inhibitorów reakcji PCR. W przypadku innych
metod izolacji preparat DNA może zawierać związki, które istotnie zmniejszają
wydajność reakcji PCR. Prowadzi to do obniżenia czułości testu, a w skrajnych
przypadkach do braku amplifikacji DNA. Próbki DNA należy przechowywać w +4°C
(krótki okres przechowywania) lub w -20°C (długi okres przechowywania).
REAKCJA PCR
1.
Określić liczbę próbek DNA poddawanych analizie (n).
2.
Rozmrozić
składniki
testu.
Po
rozmrożeniu
składników
dokładnie
wymieszać zawartość probówek i krótko je zwirować. Składniki po
rozmrożeniu przechowywać w +4°C lub na lodzie.
3.
Określić ilość DNA dodawanego do reakcji (x µL).
Optymalna ilość DNA w reakcji wynosi 100-200 ng. Ilość DNA dodawanego do
reakcji nie powinna przekroczyć 400 ng. Duże ilości DNA dodanego do reakcji PCR
hamują aktywność polimerazy DNA i obniżają czułość testu. Typowo 100-200 ng
4
DNA jest zawarte w 1-5 µL próbki DNA uzyskanej przy użyciu zestawu
kolumienkowego.
4.
Dokładnie wymieszać ze sobą (n + 3) × 10 µL składnika MIX, (n+3) x 1 µL
składnika RMZ oraz (n + 3) × (9 - x) µL wody.
5.
Do n + 2 probówek reakcyjnych (probówek PCR, studzienek na płytce itp.)
nanieść po (20 – x) µL przygotowanej mieszaniny.
6.
Do n probówek reakcyjnych dodać po x µL przygotowanych próbek DNA. Do
jednej z pozostałych dwóch próbówek reakcyjnych dodać kontrolę
negatywną NC, a do drugiej kontrolę pozytywną PC. UWAGA: Kontrolę
pozytywną należy dodać jako ostatnią.
7.
Zamknąć probówki reakcyjne, a następnie krótko je zwirować.
8.
Probówki reakcyjne umieścić w aparacie do PCR i wykonać reakcję według
następującego protokołu:
Denaturacja wstępna
95°C 5 min
95°C 30 s
Amplifikacja (30 cykli)
55°C 30 s
72°C 30 s
9.
Wydłużanie końcowe
72°C 2 min
Schłodzenie aparatu
4°C
Uzyskane mieszaniny rozcieńczyć 10-krotnie wodą – posłużą jako matryce
w drugiej reakcji PCR.
10.
Dokładnie wymieszać ze sobą (n + 3) × 10 µL składnika MIX, (n+3) x 1 µL
składnika RMW oraz (n + 3) × 7 µL wody.
11.
Do n + 2 probówek reakcyjnych (probówek PCR, studzienek na płytce itp.)
nanieść po 19 µL przygotowanej mieszaniny.
12.
Do probówek reakcyjnych dodać po 1 µL rozcieńczonych reakcji PCR w p. 9.
UWAGA: Kontrolę pozytywną należy dodać jako ostatnią.
13.
Zamknąć probówki reakcyjne, a następnie krótko je zwirować.
5
14.
Probówki reakcyjne umieścić w aparacie do PCR i wykonać reakcję według
następującego protokołu:
Denaturacja wstępna
95°C 5 min
95°C 30 s
Amplifikacja (25 cykli)
53°C 30 s
72°C 20 s
15.
Wydłużanie końcowe
72°C 2 min
Schłodzenie aparatu
4°C
Wykonać elektroforezę w 2% żelu agarozowym z użyciem uzyskanych
próbek.
16.
Ocenić wielkość otrzymanych produktów PCR dla każdej z próbek.
6
INTERPRETACJA WYNIKÓW
Powielony fragment genomu Borrelia burgdorferi ma wielkość 200 pz. Produkt PCR
służący jako kontrola wewnętrzna – 330 pz. Wynik testu należy odczytać zgodnie
z poniższą tabelą.
PRODUKT
WYNIK
198 pz
331 pz
+
+
pozytywny
+
-
pozytywny
-
+
negatywny
-
-
nieprawidłowy
Dla kontroli pozytywnej wynik prawidłowy to obecność produktu o wielkości
198 pz (obecność produktu 331 pz nie ma znaczenia). Dla kontroli negatywnej
poprawny wynik to powstanie produktu PCR o wielkości 331 pz i brak produktu
198 pz.
Brak produktów PCR o wielkości 198 pz i/lub 331 pz w przypadku kontroli
pozytywnej i negatywnej oraz badanych próbek DNA wskazuje na złą jakość
zestawu AmpliTest Borrelia spp. (PCR) (niewłaściwe przechowywanie, transport,
wygaśnięcie terminu przydatności do użycia itp.) lub niewłaściwe jego
użytkowanie. Obecność produktów PCR o wielkości 198 pz i/lub 331 pz w
przypadku kontroli pozytywnej i negatywnej oraz brak przynajmniej jednego
produktu PCR w przypadku badanych próbek DNA oznacza ich złą jakość
(obecność związków hamujących reakcję PCR) lub zbyt dużą ilość DNA użytego
w reakcji. W tym przypadku należy do reakcji dodać mniejszą objętość próbki DNA,
jednocześnie dodając taką objętość wody, aby końcowa objętość reakcji wynosiła
20 µL.
UWAGI DODATKOWE
• Przygotowany test wykrywa powyżej 3 genomów bakteryjnego DNA obecnych
w dodawanej próbce. Próbki DNA uzyskane z pojedynczych osobników można
ze sobą pulować i wykorzystywać w pojedynczym oznaczeniu. W tym celu
7
równe objętości próbek DNA (np. 10 µL) przeznaczonych do pulowania należy
ze sobą dokładnie wymieszać i użyć jako matrycy w reakcji PCR. Pulowaniu
można również poddawać kleszcze, tj. izolować DNA z kilku osobników
jednocześnie. Należy jednak pamiętać, że pulowanie próbek DNA zmniejsza
możliwość uzyskania pozytywnego wyniku w przypadku próbek zawierających
niewielką ilość bakterii.
• Nie stosować objętości reakcji mniejszych niż 20 µL. Zmniejszenie objętości
reakcji powoduje znaczące zmniejszenie czułości testu.
• Należy zachować szczególną ostrożność podczas izolacji DNA, a materiał
biologiczny uzyskany od chorych zwierząt traktować jako potencjalnie
zakażony.
• Izolację DNA oraz detekcję obecności bakterii z rodzaju Borrelia powinien
wykonać odpowiednio przeszkolony personel w laboratorium spełniającym
odpowiednie wymogi i dopuszczonym do pracy z zakażonym materiałem
biologicznym. Należy zwrócić szczególną uwagę, aby podczas izolacji DNA nie
doszło do krzyżowego zanieczyszczenia próbek DNA izolowanych równolegle.
• W celu maksymalnego wyeliminowania fałszywych wyników powinno się
przestrzegać następujących zasad:
- w miarę możliwości wyznaczyć osobne stanowiska do izolacji DNA,
przygotowania reakcji PCR oraz jej wykonania/analizy.
- pomiędzy etapami izolacji DNA, przygotowania reakcji PCR należy dokonać
zmiany
odzieży
laboratoryjnej
(fartucha)
oraz
zmiany
rękawiczek
jednorazowych.
- powierzchnię stanowisk do izolacji DNA i przygotowania reakcji PCR należy
przemywać środkami usuwającymi/niszczącymi DNA.
- do pipet automatycznych należy stosować wyłącznie sterylne końcówki z
filtrem.
- podczas przygotowywania reakcji PCR kontrolę pozytywną PC należy dodać
jako ostatnią. Przed jej dodaniem, w miarę możliwości, należy zamknąć
probówki z dodanymi próbkami DNA i kontrolą negatywną NC.
8