I termin 2015 beta wersja - kolokwia 2015 pytania

I termin 2015 beta wersja.doc
(59 KB) Pobierz
Enzym restrykcyjny używany na ćwiczeniach:
Pfo I – pierwsza litera od nazwy rodzajowej drobnoustroju – Pseudomonas; dwie kolejne od
nazwy gatunkowej drobnoustroju – fluorescens; cyfra rzymska oznaczająca, jako który
enzym został wyizolowany z danego szczepu – I (pierwszy enzym wyizolowany z P.
fluorescens)
Â
Absorbancja a czystość wyizolowanego DNA
OD – gęstość optyczna
JeĹĽeli A=1 to:Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â Â c=50 ÎĽg/ml dsDNA
                          c=36 μg/ml ssDNA
                          c=40 μg/ml RNA
                          c=30 μg/ml oligonukleotydów
260/280 – zanieczyszczenie preparatu białkami (wartość prawidłowa 1,8-2,0)
Jeżeli próbka DNA zanieczyszczona jest RNA to wartość A260/A280 jest bliższa 2,0,
natomiast, jeżeli próbka zanieczyszczona jest białkami to wartość A260/A280 jest
niĹĽsza niĹĽ 1,8.
Absorpcja mierzona przy długości fali 230 odzwierciedla zanieczyszczenia pochodzące od
węglowodorów, białek lub fenolu. W przypadku czystych próbek wartość A260/A230
powinna wynosić 2,2. Absorpcja mierzona przy długości fali 325 nm może być
wyznacznikiem wytrąceń w roztworze lub zanieczyszczeń samej kuwety
Â
A260/A240 – zanieczyszczenie solami x<1,4 [znalezione na anglojęzycznej stronie]
Â
A260/A230 – zanieczyszczenie zw. organicznymi
Â
A320 – drobiny komórkowe (tło?)
Â
Podział enzymów restrykcyjnych
Cztery typy, stosujemy II, IIs i IV
Â
Izoschizomery – enzym x rozpoznaje i tnie sekwencję w tym samym miejscu, co prototyp
Â
Neoschizomery – enzym x rozpoznaje tą samą sekwencję, co prototyp, ale tnie ją
w innym miejscu
Â
Prototyp – enzym restrykcyjny o określonych parametrach cięcia wyizolowany jako
pierwszy
Enzym x pochodzi z innego drobnoustroju niĹĽ prototyp
Â
Odpowiedzi z artykułów:
Â
Różnice pomiędzy strategią antysensowną a antygenową
Strategia antygenowa, polegająca na oddziaływaniu ASO z komplementarnym
fragmentem dwuniciowej czÄ…steczki DNA i zahamowaniu powstawania transkryptu mRNA.
Strategia antysensowa, zazwyczaj stosowana do zahamowania translacji zsyntetyzowanego
juĹĽ mRNA.
Â
Odpowiedzi z wykładów:
Â
Białka biorące udział w replikacji DNA:
Topoizomerazy – powodują relaksację superhelikalnego DNA
Gyrazy DNA – wprowadzają ujemne skręty superhelikalne
Helikazy – rozplatają podwójną helisę
Prymazy – syntetyzują startowy odcinek RNA
SSB – stabilizują rejony jednoniciowe
Polimerazy DNA – syntetyzują DNA, usuwają błędne nukleotydy
Ligazy – łączą końce DNA
Â
Przykłady mutacji dynamicznych i choroby
Nie wiem co ona tu chce więc opis + choroby z konkretnymi sekwencjami jakie się
powtarzajÄ…
Mutacje dynamiczne – zwielokrotnienie sekwencji trójnukleotydowych w obrębie
genów; często w obrębie sekwencji mikrosatelitarnych; prawdopodobna przyczyna to
ślizganie się polimerazy; mutacje w niestabilnych sekwencjach DNA (czyli
powtarzajÄ…cych siÄ™)
Â Â Â Â Â Â Â Â Choroba Huntingtona CAG
        BezĹ‚ad rdzeniowo-móżdĹĽkowy CAG
        Dystrofia miotoniczna CTG
        Zespół kruchego chromosomu X CGG
Â
Enzymy uczestniczące w naprawie bezpośredniej DNA
Ligaza DNA – usuwa pęknięcia jednej nici DNA
Alkilotransferaza – usuwa grupy alkilowe
Fotoliaza DNA – usuwa dimery cyklobutylowe
Â
Naprawa pęknięć dwuniciwych
        HR – rekombinacja homologiczna = naprawa rekombinacyjna – pozwala
na naprawę uszkodzeń występujących na obu niciach, niebezpieczna dla
genomu bo brak matrycy umoĹĽliwiajÄ…cej odtworzenie zmienionego fragmentu
(masĹ‚o maĹ›lane!!  )
        NHEJ =Ĺ•Ä…czenie niehomologicznych koĹ„cĂłw DNA; (uczestniczy
ligaza DNA IV i kompleks białkowy: białko Ku, białko XRCC4, kinaza białkowa
DNA-PKCS); ryzyko połączenia niewłaściwych cząst. DNA;
kilkunukleotydowa delecja
Â
Â
Â
Jakie znasz metody naprawy DNA
Â Â Â Â Â Â Â Â Rekombinacja homologiczna = naprawa rekombinacyjna
Â Â Â Â Â Â Â Â Naprawa typu BER (glikozydaza przecina wiÄ…zanie glikozydowe, usuwa
uszkodzonÄ… zasadÄ™ tworzÄ…c miejsce AP, ktĂłre rozpoznaje endonukleaza i
przecina wiąz. fosfodiestrowe, polimeraza wypełnia lukę a ligaza łączy nić
odtwarzajÄ…c wiÄ…z. fosfodiestrowe) alkilowe i hydroksylowe modyfikacje zasad
        Naprawa typu NER – poprzez wycinanie uszkodzonych nukleotydĂłw
(usuwa duże uszkodzenia; zniekształca strukturę helisy) foto-uszkodzenia, addukty
DNA, wiÄ…zania sieciujÄ…ce
        MMR - naprawa bĹ‚Ä™dnie sparowanych nukleotydĂłw (rozpoznajÄ… je
białka hMLH i hMSH2 u eukariota i Mut-S, Mut-H i Mut-L u prokariota; helikaza,
egzonukleaza, polimeraza, ligaza)
Â
Dekatenacja – rozdielenie cząsteczek nowo powstałego DNA z udziałem
topoizomerazy; zachodzi podczas terminacji replikacji
snRNA – rola w wycinaniu intronów
Â
wymień czynniki transkrypcyjne u prokariota
wymienić klasy enzymów transkrypcyjnych eukariota
Â
Â
Â
Prokariota
Eukariota
Transkrypcja Inicjacja
Czynnik sigma – odpowiada za GTF – ogólne czynniki
specyficzność wiązania
transkypcyjne:
TFII A, B, D, E, F, H
STF – specyficzne czynniki
transkrypcyjne
LXR, SREBP
Elongacja Â
S2
Terminacja Czynnik rho
Â
Translacja
inicjacja
IF1, IF2, IF3
eIF 1-6
Â
Â
Â
Â
Â
Â
Enzymy
transkrypcja Â
Polimeraza RNA
Polimeraza I RNA - rRNA
polimeraza II RNA – mRNA,
snRNA
Polimeraza III RNA – tRNA,
rRNA, małe jąderkowe
RNA
Â
Â
Â
Â
Â
Â
Â
Â
Â
Â
Nić matrycowa, niekodująca, nonsensowna DNA
mRNAÂ komplementarne do nici matrycowej DNA a identyczne z niciÄ… kodujÄ…cÄ…
Â
nić kodująca, sensowna DNA
Â
Â
budowa polimerazy
Â
u prokariota – cztery podjednostki z których dwie są identyczne a, a, b, b`
u eukariota – trzy typy; posiadają co najmniej 10 podjednostek, duży rozmiar
Â
wymień metody hybrydyzacji:
Southern Blotting – służy do lokalizacji konkretnej sekwencji DNA po elektroforezie.
Na drodze dyfuzji DNA przenoszone jest z ĹĽelu na membranÄ™ nitrocelulozowa lub
nylonowÄ…. Inkubuje siÄ™ jÄ… ze znakowanymi izotopowo sondami komplementarnymi z
poszukiwanym fragmentem, który następnie uwidacznia się na zdjęciu
rentgenowskim.Â
Northern Blotting – czyli elektroforetyczno – hybrydyzacyjna detekcja transkryptów.
Służy do poszukiwania sekwencji RNA i badania aktywności pojedynczych genów.
Wykorzystuje siÄ™ w niej sondy DNA wyznakowane radioaktywnie.Â
Western blotting – do białek
DNA fingerprinting, czyli metoda genetycznych odcisków palców – wyizolowane DNA
trawi się odpowiednimi enzymami restrykcyjnymi, a następnie poddaje elektroforezie i
przenosi na filtr nitrocelulozowy, gdzie Ĺ‚Ä…czÄ… siÄ™ z radioaktywnie wyznakowanymi
sondami. W ten sposób otrzymuje się „genetyczne odciski palców”, czyli
charakterystyczny dla danego osobnika ukĹ‚ad paskĂłw DNA.Â
Hybrydyzacja in situ (ang. in situ hybridization ISH)Â
Z łac. in situ - w miejscu naturalnego występowania. Znakowany polipeptyd tworzy
hybrydÄ™ z komplementarnymi sekwencjami znajdujÄ…cego siÄ™ w komĂłrce kwasu
nukleinowego. Metoda ta pozwala wykryć poszukiwaną sekwencję oraz zlokalizować
jej położenie w komórce i na chromosomie. Wykonuje się ją bezpośrednio na
szkiełku podstawowym po uprzedniej denaturacji DNA chromosomowego oraz sondy dla
uzyskania form jednoniciowych (wysoka temperatura, formamid). Preparat oczyszcza siÄ™ z
białek, a w przypadku stosowania sond DNA należy również uprzednio strawić go
RNazą. Niezhybrydyzowane lub słabo zhybrydyzowane fragmenty zostają wypłukane
przed uwidocznieniem.
Â
Â
W jaki sposób może wiązać się czynnik transkrypcyjny z DNA (motywy białkowe)
Klasyfikacja białek wiążących DNA
-         ze względu na domeny wiążące DNA
        HTH (helisa-skrÄ™t-helisa)
Â Â Â Â Â Â Â Â Palce cynkowe
-         Ze względu na domeny dimeryzacji
        HLH (helisa-pÄ™tla-helisa)
Â Â Â Â Â Â Â Â Zamek leucynowy
Â
Farmakogenetyka – badanie wpływu pojedynczego genu na odpowiedź organizmu na lek,
obejmującą skuteczność, bezpieczeństwo oraz interakcje między lekami
Â
Farmakogenomika – badanie genetycznej zmienności odpowiedzi na lek będącej
wynikiem zróżnicowanej ekspresji wielu genów w kom poszczególnych tk
Â
Metabolizm lekĂłw
Enzymy I fazy: członkowie superrodziny ludzkiego chromosomu p450 (CYP); esterazy;
hydrolaza epoksydu
Enzymy II fazy: N-acetylotransferaza NAT1 i NAT2; glukuronylotransferaza UGT; hydrolaza
epoksydu; S-transferaza glutationu GST; sulfotransferaza ST; metylotransferazy COMT
Â
Â
Blokowanie replikacji poprzez tworzenie połączenia pomiędzy dwoma niciami DNA lub
dodanie dużych grup alkilowych uniemożliwiających postęp replikacji. Związki
dołączające grupy alkilowe (najczęściej do guaniny):
Â Â Â Â Â Â Â Â Metanosulfonian metylowy MMS
Â Â Â Â Â Â Â Â Metanosulfonian etylowy EMS
Â Â Â Â Â Â Â Â Dimetylonitrozoamina
Â
Â
Terapeutyczne zastosowania strategii antysensu 102-119
-         leki antysensowne oddziałują z mRNA lub genem kodującym
dane białko
-         hybrydyzacja ASO (antysensowny oligonukleotyd – krótki,
jednoniciowy fragment kwasĂłw nukleinowych) do komplementarnego DNA lub
RNA hamuje replikacjÄ™/transkrypcjÄ™/translacjÄ™
-         Strategia antygenowa, polegająca na oddziaływaniu ASO z
komplementarnym fragmentem dwuniciowej czÄ…steczki DNA i zahamowaniu
powstawania transkryptu mRNA. Dzieje siÄ™ to poprzez stabilizacjÄ™
trypleksu ASO/DNA przez wiązania wodorowe między zasadami trzeciej
nici a zasadami purynowymi dwuniciowej czÄ…steczki DNA, tzw. wiÄ…zania
Hoogstena. Utworzony trypleks może inhibować proces transkrypcji w
zależności od miejsca hybrydyzacji poprzez uniemożliwienie tworzenia
siÄ™ kompleksu inicjujÄ…cego DNA-polimeraza lub przez zablokowanie
odczytu informacji DNA
-Â Â Â Â Â Â Â Â Â Strategia antysensowa, zazwyczaj stosowana do zahamowania
translacji zsyntetyzowanego już mRNA. W tym przypadku ASO przyłącza
siÄ™ do komplementarnego fragmentu mRNA, tworzÄ…c dupleks z mRNA za
pomocą wiązań typu Watsona-Cricka. W ten sposób dochodzi do
zablokowania dostępu rybosomu do informacji zakodowanej w mRNA.
Dupleks DNA/mRNA może również aktywować działanie endogennego
enzymu, RNazy H, ktĂłra przecina mRNA, uniemoĹĽliwiajÄ…c w ten sposĂłb
proces biosyntezy białka przez degradację matrycy.
-Â Â Â Â Â Â Â Â Â Strategia rybozymowa...
Plik z chomika:
krysia.b20
Inne pliki z tego folderu:


 kolos 3 stary.doc (2344 KB)
11169999_1161261293899274_6084208611761011855_n.jpg (79 KB)
11146303_956343151065371_1332326212594702547_n.jpg (80 KB)
 2015 termin 2.doc (19 KB)
 aaa.jpg (90 KB)
Inne foldery tego chomika:

artykuły i ich streszczenia do zal
 I
 II
 III
 ksiÄ…ĹĽki
Zgłoś jeśli naruszono regulamin







Strona główna
Aktualności
Kontakt
Dla MediĂłw
Dział Pomocy
Opinie
Program partnerski




Regulamin serwisu
Polityka prywatności
Ochrona praw autorskich
Platforma wydawcĂłw
Copyright © 2012 Chomikuj.pl