1 Zakres materiału z BIOCHEMII obowiązujący studentów kierunku FARMACJA w roku akademickim 2014/15 Aminokwasy i peptydy. Budowa i podział aminokwasów pod względem charakteru łańcucha bocznego (zawierające łańcuch alifatyczny lub pierścień aromatyczny, obojętne, kwasowe lub zasadowe, hydroksylowe, siarkowe, hydrofilowe i hydrofobowe). Wiązanie peptydowe; peptydy aktywne biologicznie (glutation, hormony, antybiotyki). Białka - struktura i funkcja. Struktura I-, II-, III- i IV- rzędowa. Wiązania i oddziaływania stabilizujące strukturę białka. Powtarzające się motywy struktury II- rzędowej i domeny. Denaturacja białek; zależność między strukturą i funkcją białek. Klasyfikacje białek: globularne i fibrylarne, proste i złożone (glikoproteiny, lipoproteiny, hemoproteiny, metaloproteiny, nukleoproteiny); struktularne (kolagen) i funkcjonalne (enzymy, przeciwciała, białka transportujące). Allosteria białek, budowa hemoglobiny i mioglobiny, ich rola w wymianie gazowej; znaczenie 2,3 bisfosfoglicerynianu; efekt Bohra; hemoglobiny prawidłowe i patologiczne. Białka osocza. Rodzaje i rola biologiczna, zawartość w osoczu, hipo- i hiperproteinemie. Białka osocza o znaczeniu diagnostycznym (albumina, białka ostrej fazy - białko Creaktywne, α 1-antytrypsyna, α 1-kwaśna glikoproteina, haptoglobina, ceruloplazmina, α 2makroglobulina, transferyna, fibrynogen). Immunoglobuliny (IgG, IgA, IgM, IgD, IgE). Szczepionki, immunoterapia. Elektroforeza białek na nośnikach (bibuła, żel agarozowy, octan celulozy, żele poliakrylamidowe), ogniskowanie izoelektryczne, elektroforeza dwukierunkowa. Metody wykrywania frakcji białkowych: wybarwianie i metody immunologiczne. Wykorzystanie przeciwciał poli- i monoklonalnych w diagnostyce, metody radioimmunologiczne (RIA) i immunoenzymatyczne (EIA i ELISA); immunoelektroforeza, Western blot. Krzepnięcie krwi i fibrynoliza. Rola płytek krwi w formowaniu skrzepu. Zewnątrz- i wewnątrzpochodny szlak krzepnięcia: czynniki kontaktu, czynniki osoczowe, kofaktory (cz. VIII, V, XIII, cz. tkankowy, fibrynogen), białka regulatorowe (C, S, trombomodulina). Powstawanie i rola trombiny; przekształcanie fibrynogenu w fibrynę, rola cz. XIII. Inhibitory krzepnięcia ( ATIII, trombomodulina, białko C i białko S); antykoagulacyjne działanie heparyny i pochodnych kumaryny. Fibrynoliza: powstawanie i rola plazminy; aktywatory (tPA, UK, SK) i inhibitory (PAI, TAFI) fibrynolizy. Enzymy. Klasyfikacja; aktywność enzymatyczna, jednostki aktywności (U, katal), aktywność właściwa i molekularna - znaczenie praktyczne. Enzymy proste i złożone; kofaktory (grupa prostetyczna i koenzym), wybrane kofaktory oksydoreduktaz (NAD+, NADP+, FAD, FMN, układ porfirynowy, koenzym Q, kwas liponowy); wybrane kofaktory transferaz (TPP, fosforan pirydoksalu, H4-folian, biotyna, ATP, CTP, UDP,CoA-SH). Centrum aktywne, mechanizm katalizy enzymatycznej. Stała Michaelisa-Menten (Km), równanie Michaelisa-Menten i Lineveavera-Burka. Czynniki wpływające na szybkość reakcji enzymatycznych. Hamowanie odwracalne i nieodwracalne, kompetycyjne i niekompetycyjne, hamowanie przez substrat. Regulacja aktywności enzymów: zymogeny i ograniczona proteoliza. Enzymy i efektory allosteryczne, hamowanie przez sprzężenie zwrotne, enzymy regulatorowe. Kompleksy wieloenzymatyczne. Przykłady regulowania reakcji enzymatycznych przez leki. Znaczenie enzymów w diagnostyce medycznej. Wybrane enzymy wskaźnikowe (AlAT, AspAT, LDH, kinaza kreatynowa, fosfataza alkaliczna); znaczenie diagnostyczne 2 izoenzymów (izoenzymy LDH / CK); genetycznie uwarunkowane dysfunkcje enzymów, bloki metaboliczne, fenyloketonuria (hydroksylaza fenyloalaninowa), galaktozemia (galaktourydylotranferaza). Kwasy nukleinowe i chromatyna. Budowa i rola biologicznie ważnych nukleotydów. Budowa DNA - formy B- i Z-DNA; replikacja i jej miejsce w cyklu komórkowym; rodzaje uszkodzeń DNA i czynniki uszkadzające, procesy naprawcze. Organizacja chromatyny u Eukaryota. Budowa i funkcja informacyjnego, transportującego, rybosomalnego i siRNA; synteza RNA (transkrypcja). Regiony promotorowe i polimerazy RNA. Inicjacja, elongacja i terminacja transkrypcji. Transkrypcja genów mozaikowych u Eucaryota i posyntetyczne modyfikacje transkryptów; regulacja aktywności (ekspresji) genów na poziomie transkrypcji. Biosynteza białka (translacja). Etapy i czynniki biorące udział, aminoacylo t-RNA; modyfikacje potranslacyjne białek (fosforylacja, hydroksylacja, glikozylacja, ograniczona proteoliza); dystrybucja białek, rola sekwencji sygnalnych i glikozylacji. Wpływ antybiotyków na biosyntezę białka. Utlenianie biologiczne (oddychanie komórkowe). Procesy degradacji i utleniania makrocząsteczek, biologiczne układy red-ox, biologiczny potencjał red-ox (Eo΄), energia swobodna reakcji (ΔG). Łańcuch oddechowy: składniki i organizacja, pompy protonowe, jednostki fosforylujące; teoria chemioosmotyczna sprzężenia fosforylacji z łańcuchem oddechowym, związki rozprzęgające, inhibitory łańcucha oddechowego; regulacja łańcucha oddechowego. Mitochondrialne przenośniki metabolitów. Związki makroergiczne. Rola ATP / ADP w przenoszeniu fosforanu bogatoenergetycznego; fosfageny; enzymy przenoszące resztę fosforanową z ATP na nukleozydy. Układy enzymatyczne aktywujące tlen; mikrosomalny układ red-ox; cytochrom P450. Reaktywne formy tlenu. Acetylo-CoA: końcowy produkt degradacji lipidów, cukrów i białek; oksydacyjna dekarboksylacja pirogronianu. Cykl kwasów trikarboksylowych, utlenianie acetylo-CoA, generacja NADH i FADH2, efekt energetyczny, amfiboliczny charakter cyklu, uzupełnianie szczawiooctanu, regulacja cyklu. Metabolizm węglowodanów. Reakcje anaboliczne i katalityczne. Cukry o znaczeniu biologicznym (glukoza, galaktoza, fruktoza, ryboza, rybuloza, laktoza, maltoza, sacharoza, glikogen, heparyna, kwas hialuronowy). Źródła glukozy i szlaki jej zużycia; przemiana galaktozy w glukozę (galaktozemia). Glikoliza: przebieg i lokalizacja, fosforylacja substratowa, wydajność energetyczna, enzymy regulatorowe, losy pirogronianu w warunkach tlenowych i beztlenowych, efekt Pasteura; cykl kwasu mlekowego i alanino-glukozowego. Układy przenoszące równoważniki redukujące z cytozolowych dinukleotydów do mitochondriów. Glukoneogeneza, enzymy regulatorowe, regulacja glikolizy i glikoneogenezy. Szlak pentozowy. Generacja NADPH w szlaku a układ reduktazy glutationu. Metabolizm fruktozy, nietolerancja fruktozy i szlak sorbitolowy. Biosynteza disacharydów; UDP-cukry. Glikogenoliza (fosforoliza) i synteza glikogenu; główne enzymy i regulacja, rola cAMP; zaburzenia metabolizmu glikogenu (glikogenozy).Stężenie glukozy we krwi i jego regulacja metaboliczna (glukokinaza) i hormonalna (insulina, glukagon). Metabolizm lipidów. Podział i budowa lipidów prostych i złożonych; kwasy tłuszczowe nasycone i nienasycone; hydroliza i wchłanianie lipidów, lipazy i fosfolipazy. Aktywacja kwasów tłuszczowych, CoA i jego rola. Β-oksydacja: przebieg i znaczenie biologiczne, 3 utlenianie kwasów tłuszczowych o parzystej i nieparzystej liczbie atomów węgla, zaburzenia β-oksydacji. Biosynteza kwasów tłuszczowych: malonylo-CoA, wieloenzymatyczny układ syntazy kwasów tłuszczowych, rola ACP, regulacja biosyntezy, elongacja kwasów tłuszczowych w siateczce wewnątrzkomórkowej i w mitochondriach. Prostanoidy (prostaglandyny, prostacykliny, tromboksany) i leukotrieny - związek z wielonienasyconymi kwasami tłuszczowymi, charakterystyka i rola biologiczna. Ketogeneza: przebieg i jej związek z zaburzeniami metabolizmu cukrów i lipidów. Główne etapy biosyntezy triacylogliceroli, glicerofosfolipidów (lecytyny), sfingofosfolipidów (sfingomieliny) i sfingoglikolipidów (cerebrozydu). Zaburzenia metabolizmu lipidów; hipo- i hiperlipoproteinemie, choroby demielinizacyjne, lipidozy. Współzależność metabolizmu cukrów i lipidów; główne czynniki regulujące lipolizę i lipogenezę. Lipoproteiny osocza krwi. Podział i charakterystyka, składniki lipidowe i białkowe lipoprotein; transport i magazynowanie lipidów, enzymy metabolizujące lipoproteiny; transport cholesterolu za pośrednictwem lipoprotein (rola frakcji LDL i HDL). Cholesterol a miażdżyca; czynniki wpływające na równowagę cholesterolową na poziomie komórkowym; zarys biosyntezy cholesterolu, wydalanie cholesterolu; kwasy żółciowe. Błony biologiczne jako struktura nadmolekularna: model płynnej mozaiki, składniki lipidowe, białka błon (integralne i peryferyjne). Transport związków przez błony. Przenoszenie makrocząsteczek (endo- i egzocytoza), dyfuzja prosta i za pomocą nośnika (transport bierny), transport aktywny (transport glukozy); kanały jonowe. Struktura i rola receptorów: receptor LDL, cholinergiczny receptor nikotynowy, receptor insulinowy, receptor sprzężony z białkiem G. Transmisja sygnałów przez błony. Rola białek G jako łącznika między receptorem i efektorem; efektory pośrednie (cyklaza adenylanowa i guanylanowa, fosfolipaza C); przekaźniki drugiego, stopnia (cAMP,cGMP, DAG, trifosforan inozytolu). Kalmodulina: aktywator procesów regulowanych przez Ca2+; charakterystyka i udział w metabolizmie cAMP i glikogenu. Mechanizm działania hormonów na komórkę. Hormony wiążące się z receptorami wewnątrzkomórkowymi (sterydowe) i receptorami błonowymi (peptydowe); hormonalna regulacja metabolizmu na poziomie transkrypcji i poprzez aktywację lub hamowanie enzymów. Porfiryny i barwniki żółciowe. Budowa i rola porfiryn, zarys i regulacja biosyntezy hemu; zaburzenia związane z biosyntezą porfiryn (porfirie wrodzone i nabyte). Katabolizm hemu; oksygenaza hemowa, barwniki żółciowe, bilirubina sprzężona i niesprzężona. Diagnostyczne znaczenie bilirubiny. Transport i magazynowanie żelaza; ferrytyna, hemosyderyna, transferyna. Katabolizm białek. Trawienie białek, endopeptydazy (pepsyna, trypsyna, chymotrypsyna specyficzność), egzopeptydazy (karboksy- i aminopeptydazy), katepsyny; katabolizm aminokwasów: deaminacja, deamidacja, transaminacja. Wiązanie i wydalanie jonów NH4+ (biosynteza kwasu glutaminowego, glutaminy, karbamoilofosforanu); wydalanie amoniaku przez nerki, wątrobę i pozostałe tkanki. Cykl mocznikowy. Dekarboksylacja aminokwasów (aminy biogenne); zarys biosyntezy noradrenaliny i adrenaliny.