Znakowanie sond DNA i RNA

Hybrydyzacja kwasów
nukleinowych metodą Southerna
ENZYMY SŁUŻĄCE DO MANIPULACJI DNA
KATEGORIA
FUNKCJA
CHARAKTERYSTYKA
PRZYKŁADY
POLIMERAZY
synteza nowych
polinukleotydów
komplementarnych do istniejącej
matrycy DNA lub RNA
Posiadane aktywności:
5’→3’polimerazy
3’→5’ egzonukleazy (korektorska)
5’→3’ egzonukleazy
DNA polimeraza I E.coli
Fragment Klenowa
Sekwenaza
Taq polimeraza
Odwrotna transkryptaza
NUKLEAZY
degradacja cząsteczki DNA
przez rozrywanie wiązań
fosfodiestrowych łączących
jeden nukleotyd z drugim
- egzonukleazy
- endonukleazy (przykład: endonukleazy
restrykcyjne)
Enzymy restrykcyjne zostawiają:
- końce tępe
- końce lepkie – jednoniciowe
fragm. na końcu 5’ (np. Sau3AI,
HinfI) lub 3’ (np. PstI)
LIGAZY
łączenie ze sobą cząsteczek DNA
przez syntezę wiązań
fosfodiestrowych między
nukleotydami na końcach dwóch
różnych cząsteczek lub na dwóch
końcach pojedynczej cząsteczki
Ligacja wymaga energii, której dostarcza się
dodając ATP lub NAD do mieszaniny
reakcyjnej, zależnie od typu używanej ligazy.
ligaza DNA E.coli
ligaza DNA z faga T4
ENYZMY
MODYFIKUJĄC
E KOŃCE
zmienianie końców cząsteczek
DNA lub RNA
Fosfataza alkaliczna - usuwa gr. fosforanowe z końca 5’ DNA (zapobieganie
ligacji cząst. ze sobą) i RNA, nt-ów
Kinaza polinukleotydowa T4 (z E.coli infekowanych T4):
-5' kinaza, przenosząca g-fosforan z ATP na koniec 5'-OH cząsteczek ssDNA,
dsDNA, ssRNA lub dsRNA
-3' fosfataza, usuwająca grupy fosforanowe z końców 3' cząsteczek ssDNA,
dsDNA, ssRNA lub dsRNA
Deoksynukleotydylotransferaza terminalna (TdT) - matryco-niezależna
polimeraza DNA, dosyntetyzująca deoksynukleotydy do końców 3'-OH na ssDNA
lub dsDNA
Enzymy modyfikujące końce fragmentów kwasów nukleinowych
Fosfataza alkaliczna
Źródło: jelito cielęce (fosfataza CIP, ang. Calf Intestine Phosphatase), E. coli (fosfataza BAP, ang. Bacterial
Alkaline Phosphatase) lub krewetek.
Budowa: dimeryczny glikoproteid, złożony z dwóch identycznych podjednostek o masie cząsteczkowej 69
kDa. Zawiera cztery atomy cynku na cząsteczkę.
CIP może być inaktywowany termicznie przez inkubację w 68°C, fosfatazę z krewetek w 65°C, natomiast
BAP jest w tych warunkach stabilny. BAP jest również oporny na ekstrakcję fenolową.
Właściwości:
5' fosfataza, usuwająca 5' grupę fosforanową z ssDNA i dsDNA, ssRNA i dsRNA oraz trifosforanów
deoksy-/rybonukleotydów
Zastosowanie:
1)defosforylacja końców dsDNA przy przygotowywaniu wektorów do klonowania
(fragmenty pozbawione grup fosforanowych na końcach nie mogą zamykać się
w kółko w reakcji ligacji; zapobieganie autoligacji)
2) defosforylacja DNA lub RNA przed znakowaniem końców 5‘ za pomocą kinazy
polinukleotydowej T4
3) defosforylacja białek
4) Jako składnik w systemie immunodetekcji
Enzymy modyfikujące końce fragmentów kwasów
nukleinowych
Kinaza Polinukleotydowa T4 (PNK)
Źródło: bakterie E. coli zakażone fagiem T4 lub rekombinant E. coli.
Budowa: tetramer, złożony z identycznych podjednostek o masie cząsteczkowej 33 kDa.
Właściwości:
1) 5' kinaza - przenosi g-fosforan z ATP na koniec 5'-OH cząsteczek ssDNA, dsDNA, ssRNA lub
dsRNA
2) 3' fosfataza - usuwa gr. fosforanowe z końców 3' cząsteczek ssDNA, dsDNA, ssRNA lub
dsRNA
Zastosowanie:
1) Znakowanie końców 5' DNA lub RNA, szczególnie przed reakcjami sekwencjonowania
metodą Maxama-Gilberta, enzymatycznym sekwencjonowaniem RNA, mapowaniem
restrykcyjnym i " footprintingem"
2) Fosforylowanie syntetycznych oligonukleotydów
3) Usuwanie grup fosforanowych z końców 3'.
Kinaza Polinukleotydowa T4 (PNK)
Kinaza polinukleotydowa katalizuje dwa typy reakcji:
1) Transfer fosforanu z ATP na koniec 5‘ cząsteczki DNA (lub RNA), która nie
posiada reszty fosforanowej, ponieważ powstała w procesie chemicznej syntezy
lub uległa defosforylacji (ang. "forward reaction").
2) Wymiana fosforanu polega na przeniesieniu reszty fosforanowej z 5‘ końca
cząsteczki DNA (lub RNA) na ADP przez enzym kinazę polinukleotydową. W
kolejnym etapie PNK katalizuje przeniesienie fosforanu na inną cząsteczkę DNA
(lub RNA), która nie posiada na 5‘ końcu reszty fosforanowej. (ang."exchange
reaction")
Częstotliwość katalizowania reakcji "forward" jest znacznie większa niż
reakcji "exchange".
Kinaza polinukleotydowa (PNK) –
efektywność znakowania
Enzymy modyfikujące końce fragmentów kwasów
nukleinowych
Deoksynukleotydylotransferaza terminalna (TdT)
Źródło enzymu: trzustka cielęca.
Budowa: białkiem dimeryczne, złożone z dwóch niejednakowych podjednostek o masach
cząsteczkowych 80 i 26 kDa.
Właściwości:
1) Matryco-niezależna polimeraza DNA, dosyntetyzująca deoksynukleotydy do końców 3'-OH na
ssDNA lub dsDNA z uwolnieniem nieorganicznego fosforanu
2) Polimeryzacja rybonukleotydów (mała wydajność).
Zastosowanie:
1) Tworzenie homopolimerowych ogonów na końcach fragmentów
2) Znakowanie końców 3' znakowanym 3'-dNTP, 3'-NTP lub dideoksy-NTP
Hybrydyzacja kwasów nukleinowych:
łączenie się na zasadzie komplementarności zasad
nici DNA lub RNA pochodzących z dwóch różnych
źródeł
Zastosowanie hybrydyzacji

wyszukiwanie specyficznej sekwencji DNA - przeszukiwanie bibliotek
(np. hybrydyzacja różnicowa, subtrakcja, SSH),

wykrywanie i identyfikacja czynnika chorobotwórczego (dot blot),
analiza porównawcza różnych szczepów bakteryjnych, w diagnostyce
chorób genetycznych,

oszacowania poziomu ekspresji genów poprzez specyficzną detekcję
mRNA (Nothern),

globalnej analizy różnic w ekspresji genów pomiędzy dwiema próbkami
(mikromacierze),

wizualizacji
regionów
(hybrydyzacja in situ),

ustalenie
wzoru
polimorfizmu
np. ustalenie ojcostwa (Southern, RFLP).
ekspresji
genów
miejsc
w
organizmie
restrykcyjnych,
Southern-blot
Northern-blot
Western-blot
1. Izolacja DNA
1. Izolacja RNA
1. Izolacja białka
2. Cięcie enzymem restrykcyjnym
2. Denaturacja (podgrzanie próbki
65ºC, formaldehyd, glioksal )
2. Denaturacja w roztworze z SDS
3. Rozdzielanie na żelu (najczęściej
agarozowym)
3. Rozdzielanie na żelu (najczęściej
agarozowym z formaldehydem)
3. Rozdział na żelu (zwykle
poliakrylamidowym tzw. SDSPAGE)
3.1. Denaturacja DNA w środowisku
alkalicznym
-
-
4. Transfer na membranę nylonową
lub nitrocelulozową (zwykle
kapilarny)
4. Transfer na membranę nylonową
lub nitrocelulozową (zwykle
kapilarny)
4. Transfer na membranę nylonową
lub nitrocelulozową (zwykle
elektroforetyczny)
5. Blokowanie niespecyficznie
wiążących miejsc używając
nadmiaru losowych fragm. DNA
5. Blokowanie niespecyficznie
wiążących miejsc używając
nadmiaru losowych fragm. DNA lub
tRNA oraz poli(T)
5. Blokowanie niespecyficznie
wiążących miejsc używając
nadmiaru niespecyficznego białka
(np. BSA)
6. Hybrydyzacja z wyznakowaną
sondą DNA-ową lub RNA-ową
6. Hybrydyzacja z wyznakowaną
sondą DNA-ową lub RNA-ową
6. Hybrydyzacja z przeciwciałem
7. Odpłukanie niespecyficznie
związanej sondy (przy dobranej
ostrości płukania)
7. Odpłukanie niespecyficznie
związanej sondy (przy dobranej
ostrości płukania)
7. Odpłukanie niespecyficznie
związanego przeciwciała
8. Autoradiografia lub
phosphoimager
8. Autoradiografia lub
phosphoimager
8. Autoradiografia lub
enzymatyczna reakcja barwna
TRANSFER
Southern-blot
Neutralny
Northern-blot
Alkaliczny
Neutralny
-
-
Denaturacja:
1.5M NaCl 0.5N NaOH
Depurynacja:
0.25N HCl
Depurynacja:
0.25N HCl
-
Neutralizacja:
1.0M Tris HCl 1.5M NaCl
Denaturacja:
0.4N NaOH
-
Transfer:
10xSSC lub 10xSSPE
Transfer:
0.4N NaOH
Transfer:
10xSSC lub 10xSSPE
Płukanie membr.:
(resztki agarozy)
2xSSC lub 2xSSPE
Płukanie membr.: (resztki
agarozy, zobojętnienie)
0.5M TrisHClpH 7.2, 1.0M NaCl
Płukanie membr.:
(resztki agarozy)
2xSSC lub 2xSSPE
zapiekanie
zapiekanie (nawet nie
konieczne)
zapiekanie
(lepszy UV-crosslinking)
Oznaczenie orientacji żelu przed
transferem
Różne rodzaje transferów
• Kapilarny do góry
• Kapilarny do dołu
• Kapilarny w obie strony
• Próżniowy
• Elektroforetyczny
Transfer kapilarny do góry
1kg
glass plate
tissue
Whatman 3MM
membrane
inverted gel
Whatman 3MM saturated
glass plate
solution
Transfer kapilarny do dołu
cover
bridge (wet blotting paper)
blotting papers (3 wet)
gel
membrane
blotting papers
(4 dry and 1 wet on top)
paper towels
(2-3 cm)
tray with
transfer solution
Rodzaje membran
Nitroceluloza
Nylonowa
Nylonowa +
Pojemność
μg/cm2
80-120
100
400-500
Wielkość
fragmentów
>400bp
>50bp
>50bp
Bufor do
transferu
Neutralny,
wysoka siła
jonowa
Niska siła
jonowa, różne
pH
Niska siła
jonowa, różne
pH
Wiązanie DNA
do membrany
Zapiekanie 2
godz. 80C,
próżnia,
Zapiekanie, UV,
kuchenka
mikrofalowa,
zbędne przy
transferze
alkalicznym
Zapiekanie, UV,
kuchenka
mikrofalowa,
zbędne przy
transferze
alkalicznym
Izotopy stosowane do znakowania DNA
32P
(włączany w pozycji α lub γ):
• emituje promieniowanie β o energii 1,709 MeV (najwyższa energia
spośród
izotopów wykorzystywanych w doświadczeniach
biologicznych),
• stosunkowo krótki okres półtrwania (14,3 dnia),
• sonda o wysokiej aktywności specyficznej - wysoka czułość i szybka
detekcja,
• wykorzystywany w hybrydyzacjach, badaniach aktywności transkrypcji.
ŚRODKI OSTROŻNOŚCI: ekrany ochronne z pleksiglasu, rękawiczki, fartuch,
dozymetr osobisty, próbki w ołowiankach, pojemnikach z pleksi
Izotopy stosowane do znakowania DNA
35S
• energia promieniowania β 0,167 MeV,
• powstają związki organiczne o wysokiej lotności, łatwo wchłanialne i
akumulowane (praca pod wyciągiem),
• okres półtrwania 87,4 dnia,
• ekrany ani osłony ołowiane nie wymagane,
• używany do sekwencjonowania DNA, w postaci siarczanu – do badania
metabolizmu białek, a w postaci metioniny do badań translacji.
Izotopy stosowane do znakowania DNA
33P
• energia promieniowania β 0,0248 MeV,
• okres półtrwania 25,5 dnia,
• bardzo drogi.
Znakowanie sond DNA i RNA
• znakowanie końców 5’ i 3’
• przemieszczanie pęknięć (nick translation)
• znakowanie metodą wydłużania startera
(random primed labeling)
• za pośrednictwem PCR
• fotoznakowanie
• znakowanie RNA w systemie transkrypcji in vitro
METODY ZNAKOWANIA KWASÓW NUKLEINOWYCH IN VITRO
METODA
TYP SONDY
POZYCJA
ZNACZNIKA
WIELKOŚĆ
SONDY
GŁÓWNE ZASTOSOWANIA
Random priming
na matrycy DNA
dsDNA
wewnętrzna
400-600 nt
Southern blot, Northern blot, przeglądanie
bibliotek
Random priming na
matrycy RNA
ssDNA lub
hybrydy DNARNA
wewnętrzna
400-600 nt
Przeglądanie różnicowe bibliotek cDNA;
sondy odejmujące, DD - RT PCR
(differential display), mapowanie mRNA za
pomocą nukleaz
Oligo(dT) primining
syntezy cDNA na
matrycy RNA
ss cDNA lub
hybrydy cDNARNA
wewnętrzna
400-600 nt
sondy odejmujące, DD - RT PCR
(differential display)
PCR
ssDNA lub
dsDNA
wewnętrzna
zależna od wielkości
produktu PCR
Southern blot, Northern blot, przeglądanie
bibliotek za pomocą hybrydyzacji; sonda
reprezentuje specyficzną część genu
docelowego
Nick translation
dsDNA
wewnętrzna
400 nt
Southern blot, Northern blot, przeglądanie
bibliotek
Primer extension
Startery uniwersalne
(su) lub specyficzne (sp)
Matryca ssDNA
dsDNA
wewnętrzna
określona długość,
kiedy matrycą DNA bφ
M13 lub fagemidu (su);
Długość zależna od
wielkości produktu PCR
(sp; 150bp-2kb)
mapowanie mRNA za pomocą nukleaz,
Southern blot, Northern blot, przeglądanie
bibliotek za pomocą hybrydyzacji; sonda
reprezentuje specyficzną część genu
docelowego
Primer extension
2 pary starterów
Matryca ssDNA
dsDNA
wewnętrzna
Zróżnicowana (zwykle
200-300 nt)
Southern blot, Northern blot, przeglądanie
bibliotek
Transkrypcja in vitro na
matrycy dsDNA
ssRNA
wewnętrzna
Znakowane RNA
określonej długości
Southern blot, Northern blot, przeglądanie
bibliotek, hybrydyzacja in situ, mapowanie
mRNA za pomocą RNaz
Sposoby znakowania sond
Znakowanie końców 5’
Przeniesienie grupy fosforanowej z pozycji γ ATP na
zdefosforylowany (przy użyciu alkalicznej fosfatazy) koniec 5’
fragmentu RNA lub DNA za pomocą kinazy polinukleotydowej z faga
T4.
Jeżeli ATP jest wyznakowany w pozycji γ, to można w ten sposób
znakować oligonukleotydy i fragmenty DNA.
Metoda używana
oligonukleotydów.
głównie
do
znakowania
syntetycznych
Sposoby znakowania sond
Znakowanie końców 3’
• Przy użyciu fragmentu Klenowa polimerazy DNA I
uzupełnianie lepkich końców we fragmentach DNA, które
powstały w wyniku cięcia endonukleazami restrykcyjnymi,
pozostawiającymi wystające jednoniciowe końce 5’.
• Przy użyciu enzymu terminalnej transferazy, która dołącza
deoksyrybonukleotydy na końcu 3’ jedno- lub
dwuniciowych cząsteczek DNA.
Sposoby znakowania sond
Znakowanie końców 3’
Sposoby znakowania sond
Reakcja przemieszczania pęknięć (nick translation)
•
Nacięcie DNA z wytworzeniem
3’końcowej grupy OH przy użyciu
DNazy I.
•
DNA polimerazy I E. coli dodaje
nukleotydy do wolnego końca 3' OH.
•
W tym samym czasie, polimeraza I
usuwa nukleotydy od końca 5'
pęknięcia. Równoczesna eliminacja
nukleotydów z końca 5' i dodatek
nukleotydów do końca 3' powoduje
przesuwanie się przerwy wzdłuż
DNA, w kierunku 5' -> 3'.
Sposoby znakowania sond
Znakowanie z wykorzystaniem starterów losowych
(random priming)
Sposoby znakowania sond
Transkrypcja in vitro
Wykorzystuje się polimerazy RNA z
bakteriofagów SP6, T3, T7, które
wymagają
obecności
specyficznego
fagowego promotora w wektorze, w
którym znajduje się fragment DNA
będący matrycą do produkcji sondy.
Sondy tak wyprodukowane są niciowospecyficzne – może być orientacja sens i
antysens. Wektor do transkrypcji musi
być zlinearyzowany za fragmentem aby
zapobiec syntezie sondy z sekwencji
wektora.
Związek
32P
·
radioizotop fosforu
w postaci
znakowanych w pozycji α i γ trójfosforanów
nukleozydów: np. najczęściej stosowany [γ]
32P -dCTP
·
digoksygenina (DIG) w postaci
DIG-11-dUTP
biotyna w postaci Biotin-11-dUTP
fluoresceina w postaci Fluorescein-12-dUTP
tetrametylorodamina w postaci
Tetramethyl-rhodamine-6-dUTP
Detekcja
· 1. zaczernienie filmu
2. akumulacja promieniowania  na ekranie
fosforowym - ekspozycja, uwolnienie
nagrom.energii przez naświetlenie czerw.
światłem i odczyt niebieskiej emisji
· 1. przeciwciało specyficzne do digoksygeniny
z:
- alkaliczną fosfatazą, która min.rozkłada
CSPD wyzwalając chemiluminescencję
dającą zaczernienie filmu
- czymś innym np. fluoresceiną
1. streptavidyna z alkaliczną fosfatazą
czymś innym np. fluoresceiną
·
1. wyznakowany kwas nukleinowy daje
żółą
fluorescencję (in situ hybrydyzacja)
·
2. przeciwciało specyficzne do fluoresceiny
z alkaliczną fosfatazą
·
1. wyznakowany kwas nukleinowy daje
czerwoną fluorescencję, stosowana w in situ
hybrydyzacji
·
2. przeciwciało specyficzne do
tetrametylorhodaminy z alkaliczną fosfatazą
Czynniki wpływające na stopień hybrydyzacji
• temperatura – optymalna dla hybrydyzacji hybrydów DNA-DNA w temp.
20-25°C niższej niż Tm, dla DNA-RNA 10-15°C poniżej Tm;
• siła jonowa – optymalna przy 1,5 M Na+;
• skład zasad – w wodnych roztworach AT są mniej stabilne niż GC;
• czynniki destabilizujące – zwiększenie stężenia formamidu o 1% obniża
Tm o 0,6°C; 6M mocznik obniża Tm o 30°C;
• niesparowane zasady – każdy 1% niesparowania to 10°C spadek Tm,
• długość dupleksów – efekt niekorzystny w przypadku sond dłuższych niż
500 pz.
Tm - temperatura topnienia, która wyraża termiczną
stabilność hybrydów kwasów nukleinowych
Warunki hybrydyzacji

temp. 65ºC, około 1M NaCl

temp.42ºC, około 1M NaCl i 50% formamid

formamid destabilizuje wiązania wodorowe między łańcuchami kwasów
nukleinowych stąd możliwe jest prowadzenie hybrydyzacji w niższej
temperaturze
Takie warunki pozwalają na uzyskanie stabilnych hybryd pomiędzy
cząsteczkami kwasów nukleinowych o przeciętnej zawartości par G-C, o
100% komplementarności i na długich, kilkusetnukleotydowych odcinkach.

Hybrydyzację krótkich fragmentów lub nie w pełni komplementarnych (od 100
do 65% zasad identycznych) prowadzi się w warunkach łagodniejszych tzn. w
niższej temperaturze lub w wyższym stężeniu soli. Podobne zasady rządzą
etapem odpłukiwania sondy.
Zastosowanie hybrydyzacji Southern blot





sprawdzanie ilości kopii genu, transgenu, jego architektury,
sprawdzanie liczby miejsc integracji transgenu,
sprawdzanie czy do genomu roślinnego trafiły inne niż TDNA
obszary
plazmidu
binarnego,
sprawdzanie
poprawności integracji transgenu,
ocena polimorfizmu (RFLP),
ocena poziomu metylacji genu, transgenu.
Transgen i miejsce jego integracji
ptDNA
ycf15
orf92
orf115
EcoRI
587pz
orf79
ndhB
trnL
240pz
689pz
EcoRI
MroI
TOPO
ptDNA
aadA
1300pz
P. Brągoszewski, 2003
- sonda z pBluescript z aadA (odp. na Spec) z prom. rRNA i term. psbA
- DNA z roślin transgenicznych i nietrangenicznych strawione EcoRI daje
prążek 2200bp (podwójny) od prom. rRNA i term. psbA (prażek mocny wszystkie plastydy dają taki obraz)
- DNA z roślin transgenicznych daje dodatkowy prażek 3500 bp – siła zależy
od stopnia homoplazmiczności
Przykładowy wynik:
Analiza polimorfizmu długości fragmentów
restrykcyjnych (RFLP) – locus D7S21 (MS31)
1
2
3
DNA wyizolowany z próbek krwi został
hydrolizowany enzymem restrykcyjnym
Hinf1, rozdzielony w żelu agarozowym i
poddany
hybrydyzacji
z
sondą
molekularną MS31. Wszystkie osoby
poddane badaniu są heterozygotami.
ścieżki 1-3, rodzina I (matka, dziecko,
domniemany ojciec)
Analiza polimorfizmu długości fragmentów
restrykcyjnych (RFLP)
1 2 3
4 5 6
ścieżki 1-3, rodzina I
(matka, dziecko, domniemany ojciec)
Ścieżka 4-6, rodzina II
(matka, dziecko, domniemany ojciec)
Fluorescencyjna hybrydyzacja in situ (FISH) to metoda,
która pozwala na wykrycie specyficznej sekwencji DNA
w chromosomach, tkankach oraz pojedynczych
komórkach.
Mikromacierze
Zastosowania mikromacierzy





Mierzenie ilości transkryptu
Genotypowanie
Mierzenie liczby kopii DNA
Identyfikowanie miejsc wiążących białka
Etc.
Podstawowe rodzaje
mikromacierzy
• Mikromacierze oligonukleotydowe (ang. oligo array) - na
płytce naniesione są krótkie, na ogół 25-70 nukleotydowe
sekwencje sond.
• Mikromacierze cDNA (ang. cDNA array) - sondy znacznie
dłuższe, zazwyczaj odpowiadające pełnym sekwencjom
mRNA.
• Mikromacierze o układzie dachówkowym (ang. tiled
microarrays).
• ChIP on Chip
• Etc.
Tiled microarrays
So-called tiled microarrays cover a genomic region (or
the whole genome!) at high coverage. Probes are
designed to cover virtually every basepair of the
sequence, usually excluding only simple sequence
repeats. In this way, there is no bias toward known
transcribed regions.
genomic sequence
probes on array
probe size and spacing determines the resolution
Printing Arrays on 50 slides
NSF Soybean Functional Genomics
Steve Clough / Vodkin Lab
®
GeneChip Probe Arrays
Hybridized
eneChip Probe Array Single stranded,
*
*
Probe* Cell
*
*
labeled RNA target
Oligonucleotide probe
24µm
1.28cm
Millions of copies of a specific
oligonucleotide probe
>200,000 different
complementary probes
Image of Hybridized Probe Array
Hybridization chamber
3XSSC
HYB CHAMBER
ARRAY
LIFTERSLIP
SLIDE
LABEL
SLIDE LABEL
Humidity
●Temperature
●Formamide
(Lowers the Tm)
●
Szczegóły doświadczenia
Cy5
Cy3
Cy5
Cy3
Analiza danych
Przykład arkuszu z wynikami
Roślinne bazy danych
mikromacierzy
•
•
•
•
•
•
•
The Nottingham Arabidopsis Stock Centre's
http://arabidopsis.info
Stress Genomics Consortium
http://www.stress-genomics.org
The Arabidopsis Functional Genomics Consortium
http://www.arabidopsis.org
Soybean genomics and microarray database http://psi081.ba.ars.usda.gov
Complete Arabidopsis Transcriptome MicroArray
database
http://www.catma.org
Tomato Expression Database
http://ted.bti.cornell.edu
Genevestigator
https://www.genevestigator.com