Abstract.
advertisement
Patryk Janus Centrum Badań Translacyjnych i Biologii Molekularnej Nowotworów - Instytut Onkologii Identyfikacja miejsc wiążących czynnika NFκB Powinowactwo czynników transkrypcyjnych do krótkich sekwencji DNA odgrywa ważną rolę w regulacji genów, i specyficzności działania czynników transkrypcyjnych, a zrozumienie tych mechanizmów stało się możliwe, dzięki rozwojowi nowych technik takich jak np. macierze ChIP-Chip czy sekwencjonowania ChIP-seq. Umożliwia to tworzenie nowych map miejsc wiążących dla setek czynników transkrypcyjnych, wzbogacając tym samym wiedzę na temat regulacji ekspresji genów i ich ewolucji. Naszym celem jest identyfikacja funkcjonalnych i niefunkcjonalnych miejsc wiązania dimerów NFκB, charakterystyka tych miejsc oraz na ich podstawie budowa modelu termodynamicznego, wyjaśniającego mechanizmy wiązania do DNA czynnika transkrypcyjnego, w zależności od jego budowy i sekwencji motywu wiążącego. Model będą stanowić komórki linii U2OS (osteosarcoma), stymulowane cytokiną TNFα, w celu aktywacji ścieżki sygnałowej zależnej od NFκB. Identyfikacja miejsc wiążących zostanie przeprowadzona techniką imunnoprecypitacji chromatyny z przeciwciałami skierowanymi przeciw różnym podjednostkom dimeru NFκB, powiązaną z głębokim sekwencjonowaniem (ChIP-seq). Charakterystyka miejsc funkcjonalnych i niefunkcjonalnych zostanie wykonana w oparciu o globalne profile ekspresji, uzyskane metodą mikromacierzy.
