Instytut Biochemii i Biofizyki PAN

Krajowa Sieć Informacji o
Bioróżnorodności
spotkanie sprawozdawcze
Warszawa 13.XII.2008
CENTRALNA KOLEKCJA SZCZEPÓW
„ColIBB”
INSTYTUT BIOCHEMII I BIOFIZYKI PAN
Pawińskiego 5A, 02-106 Warszawa
Karolina Makieła
dr hab. Piotr Jonczyk
•2000 r utworzenie
kolekcji IBB
•2003 r włączenie do KSIB
•Zbiór unikalnych
szczepów
skonstruowanych przez
pracowników i studentów
IBB
•Zbiór szczepów
wyizolowanych ze
środowiska
•Zbiór szczepów
referencyjnych do badań
fagów
http://kolekcja.ibb.waw.pl/
KSIB - ColIBB


Zakup materiałów niezbędnych do
deponowania i przechowywania
szczepów bakteryjnych i drożdżowych:
raków, pudełek i fiolek kriogenicznych,
także sprzętu komputerowego,
zasilacza UPS
Informatyk, opiekun kolekcji
CENTRALNA KOLEKCJA SZCZEPÓW
IBB PAN „ColIBB”
8200
8000
7800
7600
7400
7200
7000
6800
6600
6400
6200
6000
liczba
rekordów
2005
2006
2007
2008
CENTRALNA KOLEKCJA SZCZEPÓW
IBB PAN „ColIBB”
KOLEKCJA SZCZEPÓW BAKTERYJNYCH
2891 REKORDY
KOLEKCJA SZCZEPÓW DROŻDŻOWYCH
3479 REKORDY
(117 w przygotowaniu)
KOLEKCJA PLAZMIDÓW
1676 REKORDY
(300 w przygotowaniu)
KOLEKCJA BAKTERIOFAGÓW
IZOLATY ŚRODOWISKOWE
29 REKORDÓW
(271 rekordów w przygotowaniu)
Euroscarf
KOLEKCJA SZCZEPÓW BAKTERYJNYCH

ZBIÓR MUTANTÓW W GENACH ZAANGAŻOWANYCH
W SZEREG PROCESÓW KOMÓRKOWYCH
replikacja DNA
metabolizm komórkowy np. metabolizm siarkowy
segregacja chromosomów w bakteriach G+ Gsegregacja plazmidów

ZBIÓR SZCZEPÓW WYKORZYSTYWANYCH DO
KONSTRUKCJI SZEREGU MUTANTÓW
I MAPOWANIA MUTACJI
kolekcja szczepów niosących transpozony w różnych miejscach
na chromosomie
KOLEKCJA SZCZEPÓW BAKTERYJNYCH
SZCZEPY STOSOWANE W PRODUKCJI PREPARATÓW
FARMACEUTYCZNYCH
Lactobacillus rhamnosus , Streptococcus equisimilis
ZBIÓR SZCZEPÓW BAKTERII MLEKOWYCH
LABORATORYJNE SZCZEPY BAKTERII PATOGENNYCH
Staphylococcus aureus
ZBIÓR SZCZEPÓW – LIZOGENÓW BAKTERIOFAGÓW P1, P7,
Lambda
Bacillus subtilis ok.100
Bifidobacterium longum
Enterococcus faecalis
Escherichia coli ok.1000
Lactobacillus sp.
Lactobacillus casei
Lactobacillus paracasei
Lactobacillus plantarum
Lactobacillus rhamnosus
Lactococcus
Lactococcus
Lactococcus
Lactococcus
Lactococcus
cremoris
garvieae
hordniae
lactis ok.1000
raffinolactis
Salmonella typhimurium
Staphylococcus aureus
Streptococcus agalactiae
Streptococcus bovis
Streptococcus equisimilis
Streptococcus thermophilus
KOLEKCJA SZCZEPÓW DROŻDŻOWYCH

ZBIÓR MUTANTÓW W GENACH ZAANGAŻOWANYCH
W SZEREG PROCESÓW KOMÓRKOWYCH







replikacja DNA
naprawa DNA
segregacja chromosomów w komórkach drożdżowych
transport wewnątrzkomórkowy
regulacja transkrypcji cytoplazmatycznej (POL III RNA)
translacja mitochondrialna
inne
KOLEKCJA PLAZMIDÓW





PLAZMIDY NIOSĄCE SKLONOWANE GENY, SŁUŻĄCE DO
BADANIA RÓŻNYCH PROCESÓW KOMÓRKOWYCH
 replikacja DNA
 naprawa DNA
 segregacja plazmidów
 transport wewnątrzkomórkowy
 segregacja chromosomów (Pseudomonas aeruginosa)
PLAZMIDY NIOSĄCE FRAGMENTY GENOMÓW
BAKTERIOFAGÓW P1 I P7
PLAZMIDY NIOSĄCE FRAGMENTY PLAZMIDÓW KLINICZNYCH
O SZEROKIM SPECTRUM OPORNOŚCI
WEKTORY LINIOWE
WEKTORY EKSPRESYJNE
KOLEKCJA IZOLATÓW
ŚRODOWISKOWYCH




Izolaty z terenów skażonych
z okolic kopalni: Złoty Stok,
Szklary, Olkusz
Grupa bakterii niewrażliwych na wysokie stężenie
Arsenu – izolowane z terenów kopalni (woda,
skały, osady) – tworzą maty i biofilmy
Grzyby – izolowane z nieczynnej kopalni Złoty
Stok
Charakterystyka izolowanych szczepów,
dane geograficzne, dokumentacja fotograficzna
Paracoccus marcusii
Aeromonas sp.
Pseudomonas sp.
Arthrobacter sp.
Rhodococcus sp.
Bacillus sp.
Sinorhizobium sp.
Brevundimonas sp.
Shewanella sp.
Chryseobacterium sp.
Sphingomonas sp.
Microbacterium sp.
Stenotrophomonas sp.
Micrococcus sp.
Streptomyces sp.
Serratia grimesii
KOLEKCJA BAKTERIOFAGÓW



Unikalna kolekcja bakteriofagów
bakterii mlekowych, enterobakterii i
gronkowców
Badania nad genomiką i biologią
fagów umożliwią wykorzystanie ich
potencjału bakteriotoksycznego i
przemysłowego
Wymagająca nowych rozwiązań
deponowania i przechowywania
W PLANACH



Przebudowa bazy danych usprawniająca
wprowadzanie i wyszukiwanie danych
Współtworzenie sieci informacji o
referencyjnych szczepach
bakteriofagowych oraz bakteriofagach
Rozbudowa bazy danych dotyczących
Bakteriofagów (współpraca z Siecią
Biologii i Biotechnologii Bakteriofagów)
oraz Izolatów Środowiskowych
Dziękuję za uwagę