BADANIE GENETYCZNE W KIERUNKU CHOROBY WILSONA

BADANIE GENETYCZNE W KIERUNKU CHOROBY WILSONA (BADANIA DNA
W KIERUNKU OBECNOŚCI MUTACJI W GENIE ATP7B)
___________________________________________
W Pracowni Neuroimmunologii II Kliniki Neurologii prowadzone są obecnie przesiewowe
badania genetyczne, mające na celu wykrycie mutacji najczęściej występujących w populacji
polskiej chorych na chorobę Wilsona (ChW) (są to mutacje wykryte na więcej niż 1%
wszystkich alleli w analizie przeprowadzonej na 143 chorych z ChW).
Są to następujące mutacje:
Mutacja
Mutacja (białko)
Ekson
14
15
20
(DNA)
c.3207C>A
c.3402delC
c.4051C>T
p.H1069Q
p.A1135fs
p.Q1351X
Wykonanie badań pozwala na potwierdzenie rozpoznania choroby Wilsona na poziomie
genetycznym u około 80% chorych z populacji polskiej (na podstawie wyników badań
opublikowanych w Clin Genet. 2005;68:524-32).
W przypadku niewykrycia żadnej, bądź wykrycia tylko jednej mutacji w genie ATP7B, możliwe
jest wykonanie analizy sekwencji genu ATP7B metodą sekwencjonowania.
Materiał niezbędny do wykonania badania:
►
krew obwodowa pobrana „na EDTA”: 2 probówki, po ok. 3-5 ml krwi w każdej
Temperatura/ czas przechowywania materiału przed wysyłką:
►
temperatura pokojowa: do 5 godzin
►
2-8oC / do 5 dni
►
-20oC/ do 5 miesięcy
►
Poniżej -70oC/ dłużej niż 5 miesięcy
Temperatura wysyłki:
►
Materiał schłodzony: 2-8oC
►
Materiał mrożony w temperaturze -20oC: temperatura poniżej -20oC
►
Materiał mrożony w temperaturze poniżej -70oC: w pojemniku z suchym lodem
Etykieta probówki:
►
Nazwisko i imię pacjenta
►
Data urodzenia
►
Data pobrania materiału na badania
Czas oczekiwania na wynik badania – zależny od przebiegu badania:
►
w przypadku wykrycia mutacji c.3207C>A (p.H1069Q) [mutacja najczęściej
występująca w polskiej populacji, obecna na ok. 72% allel;, około 50% chorych z chorobą
Wilsona w Polsce posiada tę mutację w obu allelach genu ATP7B] w obu allelach genu
ATP7B: około tygodnia
►
w przypadku konieczności wykonania badania w kierunku obecności pozostałych
mutacji w genie ATP7B, najczęściej występujących w polskiej populacji: około 3 tygodni
Koszt badań: zależny od przebiegu badania:
►
w przypadku wykrycia mutacji c.3207C>A (p.H1069Q) w obu allelach genu ATP7B –
170,00zł
►
w przypadku konieczności wykonania badania w kierunku obecności 3 najczęściej
występujących mutacji w genie ATP7B
Mutacja
Mutacja (białko)
Ekson
14
15
20
(DNA)
c.3207C>A
c.3402delC
c.4051C>T
p.H1069Q
p.A1135fs
p.Q1351X
całkowity koszt badania w takiej sytuacji wynosi 350,00zł)
►
w przypadku konieczności wykonania badania całego genu ATP7B (21 egzonów) –
całkowity koszt badania wynosi 970,00 zł
Metoda badania: sekwencjonowanie metodą Sangera.
W przypadku wykrycia mutacji stosuje się polimerazowa reakcja łańcuchowa połączona z
analizą długości fragmentów restrykcyjnych (PCR-RFLP; polymerase chain reaction,
restriction fragments length polymorphism) w celu potwierdzenia.
Interpretacja wyników badania:
Odbywa się na podstawie oceny pojedynczych nukleotydów w badanym egzonie w
porównaniu z matrycą kontrolną w metodzie sekwencjonowanie.
W metodzie PCR-RLFP - na podstawie oceny obrazu uzyskanego na żelu agarozowym
barwionym bromkiem etydyny, w którym przeprowadza się rozdział elektroforetyczny
analizowanych fragmentów DNA.
Normy: nie dotyczy (badanie nie jest badaniem ilościowym, lecz jakościowym, ocenianym w
systemie plus/minus).
System kontroli jakości: Stosowana jest wewnątrzlaboratoryjna kontrola jakości, która polega
na równoległym wykonywaniu rozdziału elektroforetycznego fragmentów DNA osób badanych
oraz fragmentów DNA wzorcowych, odpowiednich do rodzaju analizowanej mutacji (wzorce
ustalono w oparciu o wyniki badań DNA metodą sekwencjonowania). Ocena wyników badań
dokonywana jest przez dwukrotną ocenę obrazu na żelu agarozowym dokonywaną niezależnie
w różnym czasie przez dwie osoby.