CV - Instytut Genetyki Roślin

CV
dr Mateusz de Mezer
E-mail: [email protected]
Telefon: (+48 61) 65 50 283
Zakład Badania Stresów Środowiskowych
Zespół Regulacji Ekspresji Genów
Specjalizacja: czynniki transkrypcyjne, susza, jęczmień, struktura RNA, RNAi
Profil badawczy
 Molekularne podstawy adaptacji roślin do stresu niedoboru wody.

Identyfikacja i charakterystyka czynników transkrypcyjnych odpowiedzialnych za
ekspresję genów warunkujących odporność jęczmienia (Hordeum vulgare L.) na
suszę.
Metody

PCR,


transkrypcja in vitro
określanie struktury RNA metodami biochemicznymi (z wykorzystaniem
endoRNaz i nukleaz wykazujących specyficzność strukturalną i sekwencyjną)
hodowla linii komórkowych
wyciszanie ekspresji genów poprzez wprowadzenie do komórek (na drodze
transfekcji) reagentów RNAi
projektowanie reagentów RNAi
analiza poziomu ekspresji genów (na poziomie RNA – RT PCR i białka – Western
blot)
5’ RACE
3’ RACE
Northern blot
metoda gel shift (analiza tworzenia kompleksów RNA – białko, DNA - białko)
wykrywanie mutacji i SNP metodą SSCP i HD (analiza konformacji pojedynczej
nici DNA i dupleksów DNA)
analiza właściwości termodynamicznych oligonukleotydów
analizy fizjologiczne roślin (RWC, WUE, fluorescencja chlorofilu)











Projekty badawcze krajowe i międzynarodowe

MNiSW;
1) Nr projektu: POIG.01.03.01-30-098/08
Tytuł projektu: Nowe reagenty technologii interferencji RNA o dużym znaczeniu dla
medycyny.
Okres realizacji: 1.04.2009-31.12.2013
wykonawca
2) Nr projektu: N N401 097536
Tytuł projektu: Analiza sekwencji DNA i struktury RNA regionu powtórzeń
mikrosatelitarnych CTA/CTG w genie /ATXNOS/ i próba wyjaśnienia zjawiska
niepełnej penteracji mutacji dynamicznej powodującej ataksję rdzeniowo-móżdżkową
typu 8 (SCA 8).
Kierownik projektu / wykonawca: Włodzimierz J. Krzyżosiak
Okres realizacji: 1.04.2010-28.04 2012.
3) Nr projektu: PBZ-KBN-124/P05/2004
Tytuł projektu: Poszukiwanie polimorfizmu genów związanych z chorobami
neurozwyrodnieniowymi człowieka i ich wykorzystanie do wyciszenia ekspresji genów
sprawczych.
Okres realizacji: 30.11.2006-20.11.2009
wykonawca

Międzynarodowe
1)Program Operacyjny Innowacyjna Gospodarka 2007-2013, Priorytet 1., Działanie
1.3, Poddziałanie 1.3.1, POLAPGEN-BD „Narzędzia biotechnologiczne służące do
otrzymywania zbóż o zwiększonej odporności na suszę”
nr UDA-POIG.01.03.01-101/08-00.
Tytuł zadania badawczego: Zadanie 21: Identyfikacja czynników transkrypcyjnych
regulujących procesy prowadzące do adaptacji jęczmienia do warunków suszy.
Czas realizacji: 1.06.2008-31.12.2014.
wykonawca
2) Nowe reagenty technologii interferencji RNA o dużym znaczeniu dla medycyny.
nr POIG.01.03.01-30-098/08,
Czas realizacji: 1.04.2009-31.12.2013
wykonawca
3) RNA Interference Technology as Human Therapeutic Tool; (Akronim: RIGHT;
Projekt w ramach 6 PR UE)
nr: LSHB-CT-2004-005276
Czas realizacji: 1.01.2005-31.12.2008
wykonawca
Publikacje:
de Mezer M., Wojciechowska M., Napierala M., Sobczak K., Krzyzosiak W.J. (2011) Mutant
CAG repeats of Huntingtin transcript fold into hairpins, form nuclear foci and are targets for
RNA interference. Nucleic Acids Res. 39: 3852-63
Sobczak K., Michlewski G., de Mezer M., Krol J., Krzyzosiak W.J. (2010) Trinucleotide repeat
system for sequence specificity analysis of RNA structure probing reagents. Anal. Biochem.
402: 40-46
Kozlowski P., de Mezer M., Krzyzosiak W.J. (2010) Trinucleotide repeats in human genome
and exome. Nucleic Acids Res. 38: 4027-39.
Sobczak K., Michlewski G., de Mezer M., Kierzek E., Krol J., Olejniczak M., Kierzek R.,
Krzyzosiak W.J. (2010) Structural diversity of triplet repeat RNAs. J. Biol. Chem. 285: 1275512764
Krol J., Fiszer A., Mykowska A., Sobczak K., de Mezer M., Krzyzosiak W.J. (2007)
Ribonuclease dicer cleaves triplet repeat hairpins into shorter repeats that silence specific
targets. Mol. Cell. 25: 575-586
Napierala M., Michalowski D., de Mezer M., Krzyzosiak W.J. (2005) Facile FMR1 mRNA
structure regulation by interruptions in CGG repeats. Nucleic. Acids. Res. 33: 451-463
Sobczak K., de Mezer M., Michlewski G., Krol J., Krzyzosiak W.J. (2003) RNA structure of
trinucleotide repeats associated with human neurological diseases. Nucleic. Acids. Res. 31:
5469-5482
Jasinska A., Michlewski G., de Mezer M., Sobczak K., Kozlowski P., Napierala M.,
Krzyzosiak W.J. (2003) Structures of trinucleotide repeats in human transcripts and their
functional implications. Nucleic. Acids. Res. 31: 5463-5468
Zielonka D., de Mezer M., Niezgoda A., Reperowicz K., Krzyzosiak W., Kozubski W. (2002)
Clinical picture of patients with Huntington's disease in relation to the number of trinucleotide
CAG repeats in IT-15 gene. Neurol. Neurochir. Pol. 36: 903-909
Nagrody i odznaczenia
- Nagroda Polskiego Towarzystwa Biochemicznego im J.K. Parnasa w roku 2008 za pracę:
Krol J., Fiszer A., Mykowska A., Sobczak K., de Mezer M., Krzyzosiak W.J. „Ribonuclease
dicer cleaves triplet repeat hairpins into shorter repeats that silence specific targets.” Mol
Cell. 2007
- Nagroda Polskiego Towarzystwa Genetycznego za osiągnięcia badawcze w latach 20042006 dla zespołu Pracowni Genetyki Nowotworów IChB PAN kierowanego przez Profesora
W.J. Krzyżosiaka
- Nagroda Dyrektora Instytutu Chemii Bioorganicznej PAN za najlepszą pracę doktorską
wykonaną w ramach Środowiskowego Studium Doktoranckiego przy IChB PAN w roku 2006
Zainteresowania / Hobby
Żeglarstwo, fotografia