Nr wniosku: 188641, nr raportu: 6866. Kierownik (z rap.): dr

Nr wniosku: 188641, nr raportu: 6866. Kierownik (z rap.): dr Bogusław Aleksander Kluge
RNA uczestniczy w tworzeniu białek z genów (DNA jest transkrybowane na mRNA, na podstawie którego powstaje
białko), tRNA dostarczają aminokwasy (budulec białek) do rybosomu (molekularnej machiny budującej białka), rybosom
składa się m. in. z cząsteczek rRNA. RNA mogą kontrolować ekspresję genów, czy uczestniczyć w przekazywaniu
sygnałów komórkowych.
RNA sa łańcuchami nukleotydów czterech podstawowych rodzajów, podlegających modyfikacjom (znanych jest ponad
sto wariantów) wpływajacym na strukturę, termodynamikę i oddziaływania biochemiczne całej cząsteczki. Porównywanie
wzorców modyfikacji w różnych
cząsteczkach RNA (np. z różnych stanów fizjologicznych) ułatwia zrozumienie funkcjonowania komórki. W dłuższej
perspektywie jest ono niezbędne do rozwoju medycyny.
Do analizy sekwencji RNA może posłuzyć spektrometria mas. Umożliwia ona mierzenie mas cząsteczek. Nakayama et al.
[2011] omawiają metodologię i oprogramowanie przy tym wykorzystywane. Do wstępnego przetwarzania danych można
wykorzystać jedno z wielu dostępnych narzędzi, pózniejsze etapy wymagają jednak metod przeznaczonych specjalnie dla
łańcuchów nukleotydowych, a tych jest niewiele.
Projekt zaowocował stworzeniem nowych metod do analizy modyfikacji RNA za pomoca spektrometrii mas.
Opracowany i zaimplementowany został nowatorski test statystyczny oraz serwis internetowy umożliwiający badaczom
RNA wykonanie analizy. Przeprowadzono doświadczenia spektrometryczne z modyfikowanymi i kontrolnymi
cząsteczkami RNA, których wyniki były wykorzystane przy tworzeniu i testowaniu systemu.
Literatura
H. Nakayama, N. Takahashi, and T. Isobe. Informatics for mass spectrometry-based rna analysis. Mass Spectrometry
Reviews, 30(6):1000–1012, 2011.