bez nazwy 3

advertisement
Tytuł kursu: Wykorzystanie narzędzi bioinformatycznych do
określania ekspresji genów/transkryptów przy użyciu technologii
NGS (Next Generation Sequencing – sekwencjonowanie DNA
technologiami następnych generacji).
DR INŻ. PAWEŁ ŁABAJ
Zagadnienia:
− Next Generation Sequencing (NGS) - teoria i zastosowanie
− NGS dla określania ekspresji genów/transkryptów - protokoły RNA-Seq (sekwencjonowanie
mRNA przy użyciu NGS) i sposoby analizy danych
− zalety i wady RNA-Seq w kontekście komplementarnej wysokoprzepustowej technologii
mikromacierzowej
− charakterystyka ogólna technologii NGS i szczegółowa wybranych realizacji – konsekwencje
odnośnie wybory sposobu analizy i interpretacji wyników
− metod analizy danych RNA-Seq: przegląd wybranych dostępnych rozwiązań, charakterystyka
wyzwań i dalsze kierunki rozwoju
− praktyczna analiza danych RNA-Seq wraz z interpretacją wyników z wykorzystaniem
najnowszych rozwiązań akademickich
Opis kursu:
Kurs będzie się składał z części teoretycznej i praktycznej. Ze względu na fakt, że analiza danych
RNA-Seq jest czasochłonna obie części będą się odbywały w naprzemiennych blokach.
Mile widziana będzie podstawowa znajomości systemów komputerowych i języków programowania /
komputerowej analizy danych. Praktyczna część kursu prawie w całości będzie się odbywała z
wykorzystanie środowiska R.
Nabyte umiejętności:
Uczestnik kursu będzie w stanie omówić proces określania ekspresji genów/transkryptów przy użyciu
technologii NGS, ewolucję technologii sekwencjonowanie i dziedziny zastosowania. Uczestnik będzie
znał popularne realizacje technologii NGS i sposoby analizy otrzymywanych danych RNA-Seq
(sekwencjonowanie mRNA przy użyciu NGS). Uczestnik będzie w stanie porównać
wysokoprzepustowe technologie do określania ekspresji genów/transkryptów (RNA-Seq z
mikromacierzami) z wyszczególnieniem wad i zalet każdej z nich. Wiedza ta da podstawy do
samodzielnej oceny, w jakich typach eksperymentów dana technologia powinna być technologią
pierwszego wyboru.
Uczestnik kursu będzie umiał samodzielnie przeprowadzić podstawową analizę danych RNA-Seq z
wykorzystaniem rozwiązań akademickich typu open-source (w środowisku R). Uczestnik kursu będzie
umiał przeprowadzić krytyczna ocenę dostępnych rozwiązań do analizy danych wraz z określeniem
pozostających wyzwań bazując na wiedzy o sposobie działania poszczególnych realizacji technologii
NGS. Będzie również umiał wyjaśnić uzyskane wyniki analizy danych w kontekście charakterystyki
technologii NGS. Uczestnik kursu będzie umiał przeprowadzić analizę zarówno na poziomie genów
jak i transkryptów oraz wyciągnąć wnioski z porównania wyników. analizy przeprowadzonej na tych
dwóch poziomach.
Download
Random flashcards
123

2 Cards oauth2_google_0a87d737-559d-4799-9194-d76e8d2e5390

ALICJA

4 Cards oauth2_google_3d22cb2e-d639-45de-a1f9-1584cfd7eea2

bvbzbx

2 Cards oauth2_google_e1804830-50f6-410f-8885-745c7a100970

Create flashcards