SYLABUS Nazwa przedmiotu/modułu Mikrobiologia Wydział

SYLABUS
Nazwa
przedmiotu/modułu
Wydział
Nazwa kierunku studiów
Poziom kształcenia
Forma studiów
Język przedmiotu
Rodzaj przedmiotu
Mikrobiologia
Lekarski z Oddziałem Stomatologii i Oddziałem Nauczania w Języku Angielskim
lekarski
Studia jednolite magisterskie
Stacjonarne, niestacjonarne
polski
obowiązkowy 
fakultatywny 
Rok studiów/semestr
I  II  III IV  V  VI 
Liczba godzin zajęć
dydaktycznych z
podziałem na formy
prowadzenia zajęć
70, w tym 20 – wykłady, 50 - ćwiczenia
Założenia i cele
przedmiotu
Treści kształcenia :
 Klasyfikacja drobnoustrojów.
 Ogólna charakterystyka bakterii, wirusów i grzybów.
 Formy i mechanizmy wzajemnego oddziaływania
w
układzie drobnoustrój- gospodarz.
 Flora fizjologiczna.
 Etiopatogeneza i epidemiologia.
 Diagnostyka mikrobiologiczna.
 Terapia empiryczna i celowana.
 Dezynfekcja, sterylizacja i postępowanie aseptyczne zakażenia szpitalne
Efekty kształcenia – umiejętności i kompetencje :
 opisu właściwości biologicznych i klasyfikacji drobnoustrojów,
 rozpoznawania czynników etiologicznych i mechanizmów patogenezy zakażeń
wywoływanych przez drobnoustroje,
 doboru badań diagnostycznych w zależności od rodzaju schorzenia
i
zasad diagnostyki mikrobiologicznej i serologicznej,
 pobierania, przechowywania i przesyłania materiału do badań,
 interpretacji wyników badań mikrobiologicznych i serologicznych,
 prognozowania racjonalnej antybiotykoterapii,
 przeprowadzania dezynfekcji i sterylizacji w oparciu o znajomość podstaw epidemiologii
chorób zakaźnych – szczególnie w sytuacji zakażeń wewnątrzszpitalnych.
Symbol
efektów
kształcenia
zgodnie ze
standardami
C.W11
C.W12
C.W13
C.W14
C.W15
1  2  3  4  5  6  7  8  9
10  11  12 
opis kierunkowych efektów kształcenia
Wiedza (zgodnie ze szczegółowymi efektami kształcenia)
Zna genetyczne mechanizmy nabywania lekooporności przez
drobnoustroje i komórki nowotworowe
Klasyfikuje drobnoustroje z uwzględnieniem chorobotwórczych
i obecnych we florze fizjologicznej
Zna epidemiologię zarażeń wirusami, bakteriami oraz zakażeń grzybami i
pasożytami z uwzględnieniem geograficznego zasięgu ich występowania
Zna wpływ abiotycznych i biotycznych (wirusy, bakterie) czynników
środowiska na organizm i populację oraz drogi ich wnikania do organizmu
człowieka, potrafi opisać konsekwencje narażenia organizmu człowieka na
różne czynniki chemiczne i biologiczne oraz zasady profilaktyki
Zna inwazyjne dla człowieka formy lub stadia rozwojowe wybranych
pasożytniczych grzybów, pierwotniaków, helmintów i stawonogów, z
uwzględnieniem geograficznego zasięgu ich występowania
Metody weryfikacji
osiągnięcia zamierzonych
efektów kształcenia:
Ćwiczenia - zaliczenie ustne
Kolokwia- zaliczenie
pisemne (opisowe)
Egzamin końcowy
- pisemny (opisowy)
Omawia zasadę funkcjonowania układu pasożyt-żywiciel oraz zna
podstawowe objawy chorobowe wywoływane przez pasożyty
Zna objawy zakażeń jatrogennych, drogi ich rozprzestrzeniania się oraz
patogeny wywołujące zmiany w poszczególnych narządach
Zna i rozumie podstawy diagnostyki mikrobiologicznej i parazytologicznej
Zna podstawy dezynfekcji, sterylizacji i postepowania aseptycznego
Rozumie problem lekooporności, w tym lekooporności wielolekowej
umiejętności (zgodnie ze szczegółowymi efektami kształcenia)
Rozpoznaje najczęściej spotykane pasożyty człowieka na podstawie ich
budowy, cykli życiowych oraz objawów chorobowych
Potrafi przygotować preparat i rozpoznać patogeny pod mikroskopem
Interpretuje wyniki badań mikrobiologicznych
Projektuje schemat racjonalnej chemioterapii zakażeń empirycznej i
celowanej
kompetencje społeczne (zgodnie z ogólnymi efektami kształcenia)
Rozpoznaje własne ograniczenia diagnostyczne i lecznicze, potrzeby
edukacyjne, planuje aktywność edukacyjną
Umie pracować w zespole profesjonalistów, w środowisku
wielokulturowym i wielonarodowościowym
Wdraża zasady koleżeństwa zawodowego i współpracy z
przedstawicielami innych zawodów w zakresie ochrony zdrowia
Przestrzega tajemnicy lekarskiej i prawa pacjenta
C.W16
C.W17
C.W18
C.W19
C.W39
C.U7
C.U9
C.U10
C.U15
K1
K2
K3
K4
Punkty ECTS
Ocenianie ciągłe przez
nauczyciela
6
Obciążenie pracą studenta
1.
2.
3.
4.
1.
2.
3.
Forma aktywności
Liczba godzin na zrealizowanie aktywności
Zajęcia wymagające udziału prowadzącego:
Realizacja przedmiotu: wykłady
20
Realizacja przedmiotu: seminaria
Realizacja przedmiotu: ćwiczenia
50
fakultety
godziny razem:
70
Samokształcenie:
Przygotowanie się do zajęć
Przygotowanie się do zaliczeń/kolokwiów
Przygotowanie się do egzaminu/zaliczenia końcowego
godziny razem
Treści merytoryczne przedmiotu:
tematyka
Wprowadzenie do mikrobiologii lekarskiej. Klasyfikacja i charakterystyka komórkowych (bakterie,
grzyby, protisty) i bezkomórkowych (wirusy, wiroidy, priony) drobnoustrojów. Mikroorganizmy
prokariotyczne i eukariotyczne.
Klasyfikacja bakterii ważnych w medycynie. Budowa i funkcje podstawowych (ściana bakterii Gramdodatnich i Gram-ujemnych, błona cytoplazmatyczna, genom bakteryjny) oraz dodatkowych (otoczki,
rzęski, fimbrie, przetrwalniki, inne) składników i struktur komórek bakteryjnych.
Drożdżaki i grzyby pleśniowe : budowa i właściwości biologiczne, klasyfikacja, chorobotwórczość i
epidemiologia. Mykotoksyny. Chemioterapeutyki przeciwgrzybicze.
Przegląd wirusów DNA i RNA chorobotwórczych dla człowieka : charakterystyka,
immunopatogeneza, epidemiologia, profilaktyka i terapia przeciwwirusowa. Interferony.
HIV i
AIDS. Wirusy onkogenne.
Priony i ich znacznie w medycynie: choroby, patogeneza, epidemiologia, profilaktyka
i kontrola. Drobnoustroje i zagrożenia: bioterroryzm. Zakażenia szpitalne.
Terapia empiryczna i celowana. Przegląd chemioterapeutyków przeciwbakteryjnych. Prognozowanie
racjonalnej chemioterapii w oparciu o znajomość czynników etiologicznych
i ich lekooporności.
Profilaktyka zakażeń i profilaktyka antybiotykowa. Dezynfekcja, sterylizacja, antyseptyka
i
postępowanie aseptyczne.
Formy i mechanizmy wzajemnego oddziaływania w układzie drobnoustrój –gospodarz. Mikrobiota
Forma (wykłady,
ćwiczenia itp…)
Wykład
Wykład
Wykład
Wykład
Wykład
Wykład
Wykład
Wykład
(flora fizjologiczna) i ich znaczenie w zdrowiu i chorobie. Bakterie i biofilm.
Etiopatogeneza i epidemiologia chorób infekcyjnych (bakteryjne, wirusowe, grzybicze), w tym
immunopatogeneza zakażeń oraz czynniki wirulencji związane z inwazją i zapaleniem i/lub działaniem
toksycznym (toksyny : egzotoksyny i endotoksyny : LPS, LOS).
Klasyczne i nowoczesne metody w diagnostyce mikrobiologicznej i serologicznej.
Podstawy immunologii infekcyjnej.
Organizacja zajęć. Zasady BiHP w laboratorium mikrobiologicznym.
Zasady mikroskopowania. Mikroskopy różne.
Ocena morfologii komórek bakteryjnych w preparatach barwionych.
Wprowadzenie do mikrobiologii lekarskiej. Zasady klasyfikacji i krótka charakterystyka
drobnoustrojów. Drobnoustroje prokariotyczne (bakterie): podstawowe i dodatkowe struktury komórki
bakteryjnej i ich funkcje.
Morfologia i fizjologia bakterii : metody badań
1. Techniki sporządzania preparatów
2. Techniki barwienia bakterii
2.1. Barwienie metodą Grama i morfologia komórek w mikroskopie świetlnym
3. Barwienia specjalne: metoda Neissera, Dornera, Manevala,
Ziehl – Neelsena i inne.
Podstawowe i dodatkowe struktury komórki bakteryjnej i ich funkcje. Wzrost i rozmnażanie bakterii
oraz metabolizm bakteryjny. Bakterie tlenowe, mikroaerofilne i beztlenowe: charakterystyka i
klasyfikacja oraz chorobotwórczość.
Morfologia i fizjologia bakterii: metody badań
4. Zasady hodowli bakterii
4.1. Podłoża do hodowli
4.2. Techniki posiewów
5. Zasady identyfikacji bakterii tlenowych
5.1. Właściwości fizjologiczne (biochemiczne)
6. Morfologia kolonii bakteryjnych i typy wzrostu na podłożach
płynnych i półpłynnych
7. Procedury w hodowli i identyfikacji bakterii beztlenowych
i mikroaerofilnych
Drożdżaki i grzyby pleśniowe: budowa i właściwości biologiczne, klasyfikacja, chorobotwórczość i
epidemiologia.
Zasady diagnostyki i chemioterapii grzybic
1. Morfologia i fizjologia drożdżaków z rodzajów : Candida, Cryptococcus,
Saccharomyces i innych
1.1. Barwione i niebarwione komórki i/lub hodowle
1.2. Podłoża i zasady hodowli
1.3. Morfologia kolonii i/lub hodowli
1.4. Identyfikacja w oparciu o właściwości fenotypowe
1.5. Antymykogram : metody i interpretacja wyników
Przegląd grzybic i ich czynników etiologicznych oraz chemioterapia przeciwgrzybicza. Mykotoksyny
i mykotoksykozy.
Zasady diagnostyki i chemioterapii grzybic.
2. Morfologia i fizjologia grzybów pleśniowych z rodzajów: Aspergillus,
Penicillium i innych
2.1. Barwione i niebarwione komórki i/lub hodowle
2.2. Podłoża i zasady hodowli
2.3. Morfologia kolonii i/lub hodowli
2.4. Identyfikacja w oparciu o właściwości fenotypowe
2.5. Antymykogram : metody i interpretacja wyników
Przegląd wirusów DNA i RNA chorobotwórczych dla człowieka: charakterystyka
i
chorobotwórczość oraz immunopatogeneza , epidemiologia, profilaktyka i terapia przeciwwirusowa.
Interferony.
1. Immunodiagnostyka w zakażeniach wirusowych.
▪ Markery serologiczne w wybranych zakażeniach wirusowych (HIV, HAV, HEV, HBV, HCV,
HDV, EBV, CMV, HPV, HSV i inne).
2. Klasyczne i molekularne techniki w diagnostyce wirusologicznej.
Organizacja i zasady badań mikrobiologicznych, konstruowania i przekazywania wyników.
Zasady pobierania i transportu próbek materiałów od chorych i ze środowiska.
Zasady współpracy lekarza i mikrobiologa.
Kontrola (nadzór, regulacja) wzrostu drobnoustrojów: chemioterapia i chemioprofilaktyka. Terapia
empiryczna i celowana.
Przegląd chemioterapeutyków przeciwbakteryjnych.
Wykład
Wykład
Ćwiczenia
Ćwiczenia
Ćwiczenia
Ćwiczenia
Ćwiczenia
Ćwiczenia
Ćwiczenia
Ćwiczenia
Zasady chemioterapii racjonalnej (empirycznej i celowanej) i jej skuteczność terapeutyczna.
1. Metody oznaczania wrażliwości bakterii na chemioterapeutyki
(jakościowe, półilościowe, ilościowe) i interpretacja wyników
1.1. Metoda dyfuzyjno-krążkowa
1.2. Metoda Etest (AB Biodisk, Solna, Szwecja)
1.3. Metody rozcieńczeniowe w podłożu stałym, płynnym i/lub półpłynnym
1.3.1. Określenie MIC (μg/mL; mg/L) (Minimum Inhibitory Concentration)
1.3.2. Określenie MBC (μg/mL; mg/L)
1.3.3. Określenie MIC50 i MIC90 oraz innych wartości
1.4. Automaty i półautomaty do oceny lekowrażliwości
1.5. Metody skriningowe oceny wrażliwości
1.5.1. wykorzystanie stężeń krytycznych (tzw. break-points)
Kontrola (nadzór) wzrostu drobnoustrojów:
1. Aseptyka i antyseptyka
1.1. Zasady postępowania aseptycznego
1.2. Antyseptyki
1.3. Higieniczna i chirurgiczna dezynfekcja rąk oraz ich kontrola
2. Dezynfekcja
2.1. Metody fizyczne i chemiczne
2.2. Stopnie, skuteczność i zastosowanie
2.3. Kontrola dezynfekcji
3. Dekontaminacja wyposażenia i otoczenia
4. Mikrobiologiczna kontrola powierzchni
5. Mikrobiologiczna kontrola powietrza
6. Zasady badania jałowości leków i materiałów medycznych
7. Sterylizacja (wyjaławianie)
7.1. Metody, skuteczność i ich zastosowanie w medycynie
7.2. Kontrola procesów sterylizacji
Chemioterapia i chemioprofilaktyka. Mechanizmy działania, spektrum i skuteczność oraz bakteryjne
mechanizmy oporności na antybiotyki. Charakterystyka i chorobotwórczość ziarniaków Gramdodatnich.
Prognozowanie racjonalnej chemioterapii w oparciu o znajomość czynników etiologicznych i ich
lekooporności
1. Metody badania oporności na antybiotyki
wśród wybranych gatunków lub grup bakterii
oraz interpretacja wyników i praktyczne znaczenie kliniczne
1.1. Oporność na metycylinę wśród gronkowców : MRSA;
(methicillin-resistant Staphylococcus aureus), MRCNS lub MRCoagNS
1.2. Oporność na penicylinę wśród paciorkowców
(Streptococcus pneumoniae – PRSP; PISP; NSSP)
1.3. Oporność na ampicylinę wśród Haemophilus spp.,
Neisseria spp., Moraxella catarrhalis, wybranych pałeczek
jelitowych i innych (np. Enterococcus spp.)
2. β-laktamazy i metody badań
2.1. β-laktamazy i szczepy alarmowe : ESBL, AmpC – IB(+), inne
3. Oporność na wankomycynę wśród gronkowców (VISA, VRSA, inne)
i enterokoków (VRE) i metody badań
4. Oporność typu MLSB (macrolide- lincomycin – streptogramin B)
i inne typy oporności (m.in. indukowana) na makrolidy / linkosamidy
wśród bakterii Gram-dodatnich oraz metody wykrywania
5. Oporność wysokiego poziomu na aminoglikozydy wśród enterokoków (HLAR)
Immunodiagnostyka w chorobach infekcyjnych.
Klasyczne i nowoczesne metody w diagnostyce mikrobiologicznej. Charakterystyka czynników
etiologicznych w ropnych i aseptycznych zapaleniach opon mózgowo-rdzeniowych.
1. Mikrobiologiczna diagnostyka zapaleń opon mózgowo-rdzeniowych:
hodowla i identyfikacja czynników.
2. Immunodiagnostyka w ropnych i aseptycznych zapaleniach
opon mózgowo-rdzeniowych : wykrywanie antygenów i/lub przeciwciał
w płynie mózgowo-rdzeniowym i/lub surowicy.
Charakterystyka i klasyfikacja czynników etiologicznych w typowych i atypowych zapaleniach płuc
(wirusy, bakterie, grzyby).
Czynniki, patogeneza i epidemiologa zakażeń szpitalnych i pozaszpitalnych dróg oddechowych.
1. Mikrobiologiczna diagnostyka zakażeń dróg oddechowych połączona z hodowlą i identyfikacją
czynników etiologicznych („typowych”)
Ćwiczenia
Ćwiczenia
Ćwiczenia
Ćwiczenia
Procedury (podłoża i techniki specjalne) w hodowli/wykrywaniu bakterii atypowych:
mykoplazmy, chlamydie, riketsje, Legionella spp., inne
3. Immunodiagnostyka w atypowych zapaleniach płuc :
zakażenia z udziałem wirusów, Mycoplasma, Chlamydia, Chlamydophila,
Legionella, Rickettsia, Coxiella, innych
1. Charakterystyka i chorobotwórczość pałeczek Gram-ujemnych:
Enterobacteriaceae, Pseudomonas, Campylobacter, Helicobacter pylori
2. Uropatogeny i patogeneza zakażeń oraz diagnostyka mikrobiologiczna
i immunodiagnostyka (wykrywanie przeciwciał i/lub antygenów)
i zasady chemioterapii w zakażeniach dróg moczowych.
3. Etiopatogeneza i epidemiologia zakażeń / zatruć pokarmowych
oraz diagnostyka mikrobiologiczna i immunodiagnostyka (m.in. wykrywanie
antygenów i/lub przeciwciał), m.in. :Escherichia coli, Salmonella, Shigella,
Yersinia, Campylobacter spp., Helicobacter pylori, Clostridium difficile,
Listeria monocytogenes, inne.
Drobnoustroje i zagrożenia : bioterroryzm.
Patogeneza zakażeń bakteryjnych : inwazja i zapalenie oraz toksyczność (egzotoksyny i LPS).
Zakażenia krwi : bakteriemia, posocznica, wstrząs septyczny i toksyczny. Infekcyjne zapalenie
wsierdzia. Zakażenia szpitalne.
Główne czynniki etiologiczne w zakażeniach krwi i w zakażeniach szpitalnych.
- Klasyczne (hodowla) metody wykrywania drobnoustrojów lub antygenów.
- Metody molekularne w diagnostyce zakażeń i w dochodzeniach epidemiologicznych
Powtórzenie podstawowych procedur wykorzystywanych do diagnostyki chorób infekcyjnych.
2.
Ćwiczenia
Ćwiczenia
Ćwiczenia
Literatura podstawowa i uzupełniająca:
Podręczniki obowiązujące
„Mikrobiologia lekarska” . Podręcznik dla studentów medycyny.
Autorzy: Zaremba M.L., Borowski J.
Wydawnictwo Lekarskie PZWL, Warszawa, wyd. II – 1997r., wyd. III – 2001r.;
Dodruk 2004 ; od 2008 roku – druk cyfrowy !
Podręczniki dodatkowe
„Mikrobiologia lekarska” Kayser F.H., Bienz K.A., Eckert J., Zinkernagel R.M.
Wydanie polskie, Wydawnictwo Lekarskie PZWL Warszawa, 2006
„Mikrobiologia: Murray P.R., Rosenthal K.S., Pfaller M.A.
Wydanie polskie, Elsevier Urban & Partner, Wrocław, 2011.
Warunki uzyskania zaliczenia przedmiotu:
Student uzyskuje zaliczenie pojedynczego ćwiczenia przez asystenta po sprawdzeniu bieżących wiadomości i wykonaniu
samodzielnie części praktycznej i/lub odczytaniu wyników i wyciągnięciu wniosków zarejestrowanych opisowo w zeszycie
do ćwiczeń.
Student ma obowiązek uczestnictwa w wykładach , zaliczenia wszystkich zajęć praktycznych (ćwiczeń) oraz zaliczenia
trzech kolokwiów (forma pisemna) przewidzianych w programie nauczania :
- Charakterystyka i klasyfikacja drobnoustrojów
- Chemioterapia, sterylizacja, dezynfekcja
- Etiopatogeneza i epidemiologia oraz diagnostyka mikrobiologiczna i serologiczna chorób infekcyjnych u ludzi
Na ostatnich zajęciach praktycznych (ćwiczeniach) odbywa się egzamin praktyczny - mogą być zwolnienia pod warunkiem
uczęszczania regularnie na wykłady i ćwiczenia oraz zaliczenia kolokwiów w pierwszym terminie (bez poprawek).
Egzamin końcowy pisemny (opisowy) zdają wszyscy studenci dopuszczeni do sesji egzaminacyjnej. Zwolnienia z
egzaminu nie są przewidziane.
Data
opracowania:
11.05.2012r.
Koordynator przedmiotu
lub kierownik jednostki
prowadzącej przedmiot
Prof. dr hab. Maria Lucyna Zaremba