Dr hab. Bożena Kolano poszukuje osób zainteresowanych studiami

Dr hab. Bożena Kolano poszukuje osób zainteresowanych studiami doktoranckimi i
realizacją projektu badawczego „Struktura i ewolucja sekwencji powtarzalnych w
genomach poliploidalnych gatunków z rodzaju Chenopodium sensu stricto”
Nazwa jednostki realizującej projekt/miejsce pracy: Uniwersytet Śląski w Katowicach,
Wydział Biologii i Ochrony Środowiska, Katedra Anatomii i Cytologii Roślin
+ Rozpoczęcie rekrutacji: lipiec 2016 r.
+ Zakończenie naboru: 2 września 2016 r.
Warunki zatrudnienia i finansowania: wszystkie standardowe formy wsparcia
stypendialnego, przewidziane dla doktoranta Uniwersytetu Śląskiego. Miejsce do pracy wraz
z komputerem służbowym, stanowiska laboratoryjne w zależności od potrzeb projektu.
Możliwość wyjazdów zagranicznych (Austria) w celach badawczo – szkoleniowych
Początek projektu: październik 2016 r.
+ Uwaga: kandydat, musi również poddać się standardowej procedurze rekrutacyjnej na
studia doktoranckie w języku angielskim ”Advanced methods in biotechnology and
biodiversity”, realizowane na Wydziale Biologii i Ochrony Środowiska Uniwersytetu
Śląskiego w Katowicach. Szczegóły związane z tym zagadnieniem znajdują się pod adresem
mailowym
http://www.wbios.us.edu.pl/studia-w-jezyku-angielskim-advanced-methods-inbiotechnology-and-biodiversity.html
Wymagania stawiane kandydatom:
+ Tytuł zawodowy magistra biologii lub pokrewny ze specjalizacją z zakresu cytogenetyki
roślin, biologii molekularnej roślin lub pokrewnej
+ Zainteresowanie pracą badawczą, motywacja do prowadzenia interesujących, ale
wymagających prac badawczych, gotowość do rozwoju naukowego
+ Umiejętność samodzielnej pracy badawczej w zakresie wykonywania doświadczeń i analizy
ich wyników
+ Weryfikowana w trakcie rozmowy kwalifikacyjnej operacyjna znajomość języka
angielskiego
+ Mobilność - projekt będzie prowadzony w międzynarodowej współpracy naukowej m. in. z
Uniwersytetem Wiedeńskim, w którym wykonywane będą niektóre zadania badawcze
Opis projektu
Rodzaj Chenopodium sensu stricto (s.s.), należy do rodziny Amaranthaceae i obejmuje
głównie jednoroczne rośliny zielne. Wiele gatunków tego rodzaju to kosmopolityczne
uciążliwe chwasty (np. C. album czy C. ficifolium), ale wśród Chenopodium s.s. znajdują się
także cenne rośliny uprawne (np. C. quinoa, Jellen et al., 2011). Genomy gatunków z rodzaju
Chenopodium s.s. są bardzo słabo poznane, a dane dostępne na temat struktury i ewolucji
powtarzalnej frakcji DNA są nieliczne i dotyczą głównie najważniejszej rośliny uprawnej z
tego rodzaju C. quinoa (Kolano et al., 2013; Kolano et al., 2015). Sekwencje powtarzalne są
ważną częścią genomów roślinnych i mogą stanowić nawet do 97% wszystkich sekwencji
DNA. Sekwencje powtarzalne uważane są za jeden z głównych motorów napędowych
ewolucji genomu roślin wyższych, dlatego wiedza na temat tej szybko ewoluującej części
genomu jest niezwykle istotna dla lepszego zrozumienia filogenezy oraz mechanizmów
genetycznych towarzyszących różnicowaniu się i specjacji gatunków. Niezwykle użyteczne w
badaniach powtarzalnej frakcji DNA w genomach różnych gatunków roślin okazały się
techniki NGS (New Generation Sequencing), które umożliwiły szybkie i stosunkowo tanie
uzyskanie ogromnej ilości sekwencji genomowego DNA i zrewolucjonizowały badania nad
filogenezą i ewolucją genomów roślinnych (Soltis et al., 2013). Porównawcze analizy
sekwencji powtarzalnych badanej grupy gatunków pozwalają na poznanie mechanizmów
towarzyszących ich różnicowaniu się i specjacji (Dodsworth et al., 2015; Piednoel et al.,
2012).
W proponowanym projekcie dane otrzymane z NGS wykorzystane zostaną do badań
nad całą frakcją powtarzalnego DNA w genomach Chenopodium s.s.. Dotychczasowe badania
filogenetyczne i cytogenetyczne pozwoliły na wyselekcjonowanie grup gatunków, które
mogły być przodkami badanych allotetraploidów i alloheksaploidów Chenopodium s.s..
Celem projektu będzie określenie trendów w ewolucji różnych grup sekwencji
powtarzalnych, które towarzyszyły diploidyzacji genomów poliploidalnych gatunków
Chenopodium s.s.. Przeprowadzone zostaną porównawcze analizy sekwencji powtarzalnych
DNA, ich genomowej i chromosomowej organizacji oraz liczby kopii w genomach
poliploidów i ich hipotetycznych gatunków ancestralnych. Badania te nie tylko wskażą
jakiego typu reorganizacje sekwencji powtarzalnych towarzyszyły diploidyzacji i stabilizacji
poliploidalnych genomów Chenopodium s.s. (głównie taksony z C. quinoa-C. berlandieri
complex oraz C. album agg.) ale także umożliwią lepsze zrozumienie zależności
filogenetycznych w tej grupie roślin.
Porównawcze analizy powtarzalnego DNA poliploidów i ich diploidalnych gatunków
ancestralnych przeprowadzone zostaną z wykorzystaniem metod bioinformatycznych (np.
RepeatExplorer), molekularnych (np.. Southern blot) i cytogenetycznych (np. fluorescencyjna
hybrydyzacja in situ).
Składanie zgłoszeń: do 2 września 2016 r.
Osoby zainteresowane udziałem w realizacji projektu proszone są o przesłanie CV oraz
wszystkich załączników potwierdzających posiadanie wymaganych kwalifikacji. Dodatkowo,
należy podać dane kontaktowe do co najmniej jednej osoby, mogącej udzielić informacji o
kandydacie/rekomendacji. Komplet dokumentów, w postaci zbiorczego pliku w formacie
PDF, należy przesłać na adres mailowy dr hab. Bożena Kolano ([email protected]).
Literatura
Dodsworth, S., Chase, M.W., Kelly, L.J., Leitch, I.J., Macas, J., Novak, P., Piednoel, M., WeissSchneeweiss, H., and Leitch, A.R. 2015. Genomic repeat abundances contain phylogenetic
signal. Syst Biol 64: 112-126.
Jellen, E.N., Kolano, B., Sederberg, M.C., Bonifacio, A., and Maughan, P.J. 2011. Chenopodium. In
Wild crop relatives: genomic and breeding resources. Edited by C . Kole. Springer Verlag,
Berlin Heidelberg pp. 34-62.
Kolano, B., Bednara, E., and Weiss-Schneeweiss, H. 2013. Isolation and characterization of reverse
transcriptase fragments of LTR retrotransposons from the genome of Chenopodium quinoa
(Amaranthaceae). Plant Cell Rep 32: 1575-1588.
Kolano, B., Siwinska, D., Mccann, J., and Weiss-Schneeweiss, H. 2015. The evolution of genome size
and rDNA in diploid species of Chenopodium s.l. (Amaranthaceae). Bot J Linn Soc 179: 218235.
Piednoel, M., Aberer, A.J., Schneeweiss, G.M., Macas, J., Novak, P., Gundlach, H., Temsch, E.M.,
and Renner, S.S. 2012. Next-generation sequencing reveals the impact of repetitive DNA across
phylogenetically closely related genomes of Orobanchaceae. Mol Biol Evol 29: 3601-3611.
Soltis, D.E., Gitzendanner, M.A., Stull, G., Chester, M., Chanderbali, A., Chamala, S., Jordon-Thaden,
I., Soltis, P.S., Schnable, P.S., and Barbazuk, W.B. 2013. The potential of genomics in plant
systematics. Taxon 62: 886-898.