Diapositiva 1
advertisement
ENDOG Monitorowanie zmienności genetycznej w małych populacjach na postawie danych rodowodowych Wstęp • ENDOG – Autorzy: • Juan Pablo Gutierrez • Filip Goyache • Inne programy – – – – – – CFC - Contribution, Inbreeding, Coancestry EVA Software PyPedal Pedig PMx (Population management) … Etap I Przygotowanie bazy danych • Rola programu – sprawdzenie poprawności danych: – – – – powtórzone ID osobnika ten sam osobnik pojawia się jako ojciec i matka rodzice młodsi od potomstwa brak informacji o osobniku, który pojawia się jako rodzic • Wszystkie osobniki muszą być uwzględnione w bazie!!! Etap II Kompletność informacji rodowodowej • liczba pełnych generacji (number of fully traced generations) liczba generacji (g) oddzielających osobnika od najdalszej generacji gdzie 2g przodków jest znana • maksymalna liczba generacji (maximum number of generations traced) liczba generacji oddzielających osobnika od najdalszego przodka • ekwiwalent kompletnych generacji (equivalent complete generations) ∑ (½)n dla wszystkich znanych przodków osobnika, gdzie n jest liczbą generacji oddzielających osobnika od przodka • Kompletność rodowodów dla określonej liczby pokoleń rodzicielskich Etap III Analiza zmienności genetycznej • F - Współczynnik inbredu – F - przyrost inbredu na pokolenie Ft – średni współczynnik inbredu pokoleniu t • Ne - efektywna wielkość populacji – liczba osobników, która doprowadziłaby do określonego przyrostu współczynnika inbredu przy jednakowym wkładzie genetycznym każdego z nich dla populacji M – Liczba samców przystępujących do rozrodu F – Liczba samic przystępujących do rozrodu Etap III Analiza zmienności genetycznej • AR - Współczynnik średniego podobieństwa (average relatedness coefficient) • prawdopodobieństwo, że allel losowo wybrany z populacji należy do wybranego osobnika • c - Współczynnik wspólnego pochodzenia (coancestry coefficient, kinship) • informuje w jakim stopniu osobniki X i Y są do siebie podobne – prawdopodobieństwo, że ich gamety będą zawierały identyczne allele dzięki pochodzeniu od wspólnych przodków • jest równy współczynnikowi inbredu potomstwa podobieństwo zz F, AR, c różnorodność Etap IV Przodkowie i założyciele • Wkład genetyczny (genetic contribution) • udział genów danego osobnika w puli genów populacji badanej - prawdopodobieństwo, że losowo wybrane z populacji geny pochodzą od danego osobnika • Założyciel - osobnik o nieznanych rodzicach • Przodek - osobnik o dużym wkładzie genetycznym dla populacji, niekoniecznie założyciel • fe - efektywna liczba założycieli (effective number of founders) • fa - efektywna liczba przodków (effective number of ancestors) minimalna liczba założycieli/przodków niezbędna do wyjaśnienia całej zmienności genetycznej w obrębie populacji Wartość genetyczna osobnika dla populacji • GCI (genetic conservation index) • Indeks zachowania zmienności genetycznej (genetic conservation index - GCI) jest rozumiany jako wkład genetyczny znanych założycieli populacji do zmienności genetycznej danego osobnika. Gdzie: pi – udział genów założyciela w rodowodzie osobnika • Cel: zachowanie jak najpełniejszego zestawu genów populacji bazowej – wybieramy osobniki o jak najwyższym GCI
