ćwiczenia systemy informatyczne wspomagające hodowlę

METODY STATYSTYCZNE W BIOLOGII
WYKŁADY
1.
Wykład wstępny
2.
Populacje i próby danych
3.
Testowanie hipotez i estymacja parametrów
4.
Planowanie eksperymentów biologicznych
5.
Najczęściej wykorzystywane testy statystyczne
6.
Podsumowanie dotychczasowego materiału, wspólna analiza przykładów, dyskusja
7.
Regresja liniowa
8.
Regresja nieliniowa
9.
Określenie jakości dopasowania równania regresji liniowej i nieliniowej
10.
Korelacja
11.
Elementy statystycznego modelowania danych
12.
Porównywanie modeli
13.
Analiza wariancji
14.
Analiza kowariancji
15.
Podsumowanie dotychczasowego materiału, wspólna analiza przykładów, dyskusja
METODY STATYSTYCZNE W BIOLOGII
ĆWICZENIA
1.
Ćwiczenia wstępne
2.
Populacje i próby danych
3.
Testowanie hipotez i estymacja parametrów
4.
Planowanie eksperymentów biologicznych
5.
Najczęściej wykorzystywane testy statystyczne
6.
Kolokwium 1
7.
Regresja liniowa
8.
Regresja nieliniowa
9.
Praca w grupach roboczych – interpretacja wyników różnych modeli regresji
10.
Korelacja
11.
Kolokwium 2
12.
Porównywanie modeli
13.
Analiza wariancji
14.
Prezentowanie przez grupy robocze wyników analizy danych
15.
Zaliczenie ćwiczeń
BIOINFORMATYKA
WYKŁADY
1.
Wykład wstępny
2.
Struktury danych w badaniach bioinformatycznych
3.
Bazy danych: projektowanie i struktura
4.
Bazy danych: projektowanie i struktura
5.
Zastosowanie przykładowych programów do analizy danych
6.
Zastosowanie przykładowych programów do analizy danych
7.
Powiązania pomiędzy genami: Hardyego-Weinberga, współczynnik rekombinacji
8.
Analiza sprzężeń
9.
Analiza sprzężeń
10. Analiza asocjacyjna
11. Analiza asocjacyjna
12. Symulacje komputerowe, jackknife, bootstrap
13. Monte Carlo Markov Models
14. Metody klasyfikacyjne
15. Wykład podsumowujący
BIOINFORMATYKA
ĆWICZENIA
1.
Ćwiczenia wstępne: generowanie zbiorów danych
2.
Analiza filogenetyczna
3.
Analiza filogenetyczna
4.
Wizualizacja struktury 3D białek
5.
Kolokwium 1
6.
Zastosowanie programów do obliczenia wsp. równowagi Hardyego-Weinberga
7.
Zastosowanie programów do obliczenia współczynnika rekombinacji
8.
Zastosowanie programów do przeprowadzenia analizy sprzężeń
9.
Zastosowanie programów do przeprowadzenia analizy sprzężeń
10. Zastosowanie programów do przeprowadzenia analizy asocjacyjnej
11. Zastosowanie programów do przeprowadzenia analizy asocjacyjnej
12. Kolokwium 2
13. Prezentacje
14. Prezentacje
15. Zaliczenie
SYSTEMY INFORMATYCZNE WSPOMAGAJĄCE HODOWLĘ
WYKŁADY
1.
Wykład wstępny
2.
Bazy danych wartości produkcyjnych i hodowlanych w Polsce i na świecie
3.
Struktura efektywnej bazy danych. Zastosowanie pakietu MS Excel
4.
Zastosowanie pakietu MySql
5.
Detekcja genów głównych w populacjach zwierząt hodowlanych – wprowadzenie
6.
Przykłady programów: SAS
7.
Przykłady programów: QTL-express, QTL-cartographer
8.
Obliczanie współczynnika inbredu – przykłady programów
9.
Ocena wartości hodowlanej bydła mlecznego – wprowadzenie
10.
Model ojcowski – programy SAS i AsREML
11.
Model osobniczy, laktacyjny – programy SAS i AsREML
12.
Model osobniczy z regresjami dla próbnych udojów – wprowadzenie
13.
Model osobniczy z regresjami dla próbnych udojów – program AsREML
14.
Ocena wartości hodowlanej funkcjonalnej długowieczności – wprowadzenie
15.
Ocena wartości hodowlanej funkcjonalnej długowieczności – program SurvivalKit
SYSTEMY INFORMATYCZNE WSPOMAGAJĄCE HODOWLĘ
ĆWICZENIA
1.
Ćwiczenia wstępne
2.
Korzystanie z bazy danych wartości hodowlanych w Polsce i na świecie
3.
Zapoznanie się ze zbiorami danych przeznaczonymi do analizy na ćwiczeniach
4.
Zastosowanie pakietu MySql do tworzenia baz danych
5.
Zastosowanie pakietu MySql do tworzenia baz danych
6.
Kolokwium 1
7.
Detekcja genów głównych, zastosowanie pakietu SAS - wprowadzenie
8.
Detekcja genów głównych, zastosowanie pakietu SAS - wykonanie obliczeń
9.
Detekcja genów głównych, zastosowanie pakietu SAS - interpretacja wyników
10.
Kolokwium 2
11.
Ocena wartości hodowlanej, model ojcowski – wykonanie obliczeń, SAS
12.
Ocena wartości hodowlanej, model osobniczy – wykonanie obliczeń, SAS
13.
Ocena wartości hodowlanej – wizualizacja i analiza wyników
14.
Kolokwium 3 / Projekt
15.
Zaliczenie