Metody analizy genomów - BIOL

Metody analizy genomów
SYLABUS
A. Informacje ogólne
Elementy sylabusu
Opis
Nazwa jednostki
prowadzącej kierunek
Nazwa kierunku studiów
Poziom kształcenia
Profil studiów
Forma studiów
Kod przedmiotu
Język przedmiotu
Uniwersytet w Białymstoku, Wydział Biologiczno-Chemiczny, Instytut Biologii
Rodzaj przedmiotu
Rok studiów /semestr
Wymagania wstępne
Liczba godzin zajęć
dydaktycznych z podziałem
na formy prowadzenia zajęć
Wykład monograficzny (biologia, specjalność mikrobiologia)
II rok / II semestr (semestr letni)
Student powinien posiadać zakres wiadomości z genetyki
Założenia i cele przedmiotu
Metody dydaktyczne oraz
ogólna forma zaliczenia
przedmiotu
Biologia, specjalność Mikrobiologia
studia drugiego stopnia
ogólnoakademicki
stacjonarne
0200-BS2-2WM08
polski
wykład – 15 godz.
Celem przedmiotu jest zapoznanie studenta z podstawowymi faktami dotyczącymi
genomów różnych organizmów oraz przedstawienie metod ich analizy począwszy od
technik i narzędzi powielania DNA poprzez sekwencjonawanie całych genomów do metod
ich składania i analizy. W trakcie wykładu student poznaje metody identyfikacji i analizy
polimorfizmów w genomach, ustalania funkcji oraz sposobów identyfikacji i mapowania
genów w genomach. Student poznaje właściwości genomów cytoplazmatycznych:
(mitochondrialny i chloroplastowy DNA) oraz metody ich analiz. Student dowiaduje się,
jakimi metodami odczytano genom człowieka i poznaje podstawowe fakty na temat
genomu naszego gatunku oraz genomów innych, wybranych organizmów. Wykład ma
również na celu zapoznanie studenta z wybranymi bazami danych nt. genomów i analiz
genomowych. Ponadto, student uzyska podstawowe informacje nt. metod analiz
transktyptomów, proteomów, metabolomów oraz metylomów. W dalszej kolejności
zaprezentowane zostaną ważne informacje dotyczące ewolucji genomów, genomiki
porównawczej oraz genomiki funkcjonalnej.
Metody dydaktyczne: wykład, konsultacje, demonstracja (podczas wykładu) działania
wybranych aplikacji/programów do analizy genomowych sekwencji DNA.
Formy zaliczenia przedmiotu: egzamin pisemny w celu zaliczenie wykładów.
Efekty kształceniai
1. Student wyjaśnia cechy i rodzaje genomów oraz zna metody ich analizy.
2. Student identyfikuje geny w genomach, zna sposoby poznania genomu człowieka
i innych organizmów
3. Posługując się odpowiednim oprogramowaniem oraz zestawami sekwencji DNA
genomu mitochondrialnego student analizuje polimorfizmy w genomach i
identyfikuje miejsca poddane działaniu selekcji
4. Student jest świadomy możliwości badawczych i aplikacyjnych, jakie dają
narzędzia do analizy genomów.
5. Student jest zdolny do zespołowej i samodzielnej pracy podczas wykonywania
analiz komputerowych z zakresu analiz genomów.
Punkty ECTS
Bilans nakładu pracy
studentaii
Wskaźniki ilościowe
Odniesienie do kierunkowych
efektów kształcenia
K_W11, K_W8
K_W10, K_W11
K_W11, K_W10
K_K01, K_U3, K_U11, K_U12,
K_K05, K_K08
K_U05, K_K02, K_K06
1
Ogólny nakład pracy studenta: 25 godz. w tym: udział w wykładach: 15 godz.;
przygotowanie się do zaliczenia, egzaminu: 8,1 godz.; udział w konsultacjach, zaliczeniach,
egzaminie: 1,9 godz.
Nakład pracy studenta związany z zajęciami iii:
Liczba godzin
Punkty ECTS
16,9
0,7
wymagającymi bezpośredniego udziału nauczyciela
10
0,4
o charakterze praktycznym
Data opracowania:
10. 11. 2015
Koordynator
przedmiotu:
Prof. dr hab. Mirosław Ratkiewicz
SYLABUS
B. Informacje szczegółowe
Elementy składowe sylabusu
Nazwa przedmiotu
Opis
Metody analizy genomów
Kod przedmiotu
Nazwa kierunku
Nazwa jednostki prowadzącej kierunek
Język przedmiotu
Rok studiów/ semestr
Liczba godzin zajęć dydaktycznych oraz
forma prowadzenia zajęć
Prowadzący
Treści merytoryczne przedmiotu:
0200-BS2-2WM08
Biologia, specjalność Mikrobiologia, studia drugiego stopnia
Wydział Biologiczno-Chemiczny UwB, Instytut Biologii
polski
II rok / II semestr (semestr letni)
15 godz., wykład
Efekty kształcenia wraz ze sposobem ich
weryfikacji
Prof. dr hab. Mirosław Ratkiewicz
1. Genomy – definicje, rodzaje i podstawowe fakty.
2. Współczesne metody i narzędzia powielania, analizy i
znakowania DNA.
3. Metody i aparatura do sekwencjonowania genomów.
4. Metody składania i analizy sekwencji całych genomów.
5. Identyfikacja i analiza polimorfizmów w genomach.
6. Metody identyfikacji, ustalania funkcji, lokalizacji i
mapowania genów w genomach. Mapy genetyczne i
fizyczne.
7. Genomy cytoplazmatyczne (mitochondrialny i
chloroplastowy) oraz metody ich analiz.
8. Projekt poznania genomu człowieka (HGP).
9. Wybrane projekty poznania genomów różnych
organizmów.
10. Internetowe bazy danych do analiz genomowych.
11. Podstawowe informacje nt. badań transktyptomów,
proteomów, metabolomów oraz metylomów.
12. Ewolucja genomów.
13. Genomika porównawcza oraz genomika funkcjonalna.
Efekty kształcenia:
1. Student wymienia definicje i rodzaje genomów oraz dokonuje
ich podstawowej charakterystyki.
2. Student zna i charakteryzuje współczesne metody i narzędzia
powielania i analizy DNA oraz sekwencjonowania genomów, w
tym metod NGS (ang. Next Generation Sequencing).
3. Student wymienia i charakteryzuje metody składania i analizy
genomów.
4. Student wyjaśnia, w jaki sposób możliwa jest identyfikacja oraz
ustalanie funkcji i lokalizacji genów w genomach.
5. Student pobiera z baz danych w Internecie (NCBI, inne)
genomy mitochondrialne oraz posługując się odpowiednim
oprogramowaniem (m.in. DNASp) dokonuje analizy
polimorfizmów w tych genomach.
6. Student zna główne fakty wynikające z poznania genomu
człowieka (HGP) oraz genomów innych (wybranych)
organizmów.
7. Student zna, wymienia oraz przegląda podstawowe bazy
danych sekwencji genomowych w Internecie.
8. Student definiuje pojęcia transkryptomów, proteomów,
metabolomów oraz metylomów, zna podstawowe metody ich
analiz oraz znaczenie w nauce i praktyce.
9. Student zna podstawowe fakty dotyczące ewolucji genomów,
genomiki porównawczej i funkcjonalnej.
10. Student jest świadomy ograniczeń i możliwości, jakie stwarzają
narzędzia analizy genomów.
Sposoby weryfikacji:
1. Egzamin pisemny podsumowujące przedmiot (test zamknięty i
pytania otwarte).
Forma i warunki zaliczenia
przedmiotu
Wykaz literatury podstawowej
i uzupełniającej
1. Obecność na zajęciach (wykładach).
2. Pozytywna ocena zaliczenia wykładów (egzamin).
Literatura podstawowa:
1. Brown TA. Genomy. Nowe wydanie.
Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa.
2013.
Literatura uzupełniająca:
1. Bal J. Biologia molekularna w medycynie. Elementy
genetyki klinicznej. 2013. Wydawnictwo Naukowe PWN.
Warszawa. (rozdział VI.: Metody analizy genomu, s. 89136).
2. Higgs PG, Attwood TK. 2008. Bioinformatyka i ewolucja
molekularna. Wydawnictwo Naukowe PWN, Warszawa.
(rozdział 12.: Ewolucja genomu, s. 414-450).
……………………………….
podpis osoby składającej sylabus
i
Opis zakładanych efektów kształcenia w zakresie wiedzy, umiejętności i kompetencji społecznych, z uwzględnieniem form zajęć.
Uwzględnia się tylko efekty możliwe do sprawdzenia (mierzalne / weryfikowalne).
ii Przykładowe rodzaje aktywności: udział w wykładach, ćwiczeniach, przygotowanie do zajęć, udział w konsultacjach,
realizacja zadań projektowych, pisanie eseju, przygotowanie do egzaminu. Liczba godzin nakładu pracy studenta powinna
być zgodna z przypisanymi do tego przedmiotu punktami ECTS wg przelicznika : 1 ECTS – 25÷30 h.
iii Zajęcia wymagające bezpośredniego udziału nauczyciela są to tzw. godziny kontaktowe (również te nieujęte w rozkładzie
zajęć, np. konsultacje lub zaliczenia/egzaminy). Suma punktów ECTS obu nakładów może być większa od ogólnej liczby
punktów ECTS przypisanej temu przedmiotowi.