Zestaw do izolacji DNA z żeli agarozowych

advertisement
Nr kat. EM08
Wersja zestawu: 1.2014
Zestaw do izolacji DNA
z żeli agarozowych
www.dnagdansk.com
2
Nr kat. EM08
I.
PRZEZNACZENIE ZESTAWU
Zestaw EXTRACTME DNA GEL–OUT przeznaczony jest do szybkiej i wydajnej
izolacji fragmentów DNA bezpośrednio z żeli agarozowych (ze standardowej
lub niskotopliwej agarozy w buforze TAE lub TBE). Podczas procesu ekstrakcji
usunięte zostają agaroza, bromek etydyny oraz inne zanieczyszczenia obecne
w próbce. Zestaw umożliwia oczyszczanie fragmentów DNA o wielkościach
od 50 pz do 30 kpz, a także genomowego i plazmidowego DNA. Izolacja cząsteczek
DNA mniejszych od 100 pz oraz większych od 10 kpz zachodzi jednak z obniżoną
wydajnością. Protokół izolacji i składy buforów zostały zoptymalizowane w celu
osiągnięcia zarówno wysokiego odzysku, jak i czystości izolowanego DNA. Produkt
przeznaczony jest wyłącznie do użytku w celach badawczych.
II.
SKŁAD I PRZECHOWYWANIE ZESTAWU
50
IZOLACJI
150
IZOLACJI
250
IZOLACJI
3 IZOLACJE
(DEMO)
EM08–050
EM08–150
EM08–250
EM08–D
GB Buffer (Binding Buffer)
25 ml
75 ml
125 ml
1,5 ml
GW Buffer (conc.) (Wash Buffer)
15 ml
45 ml
75 ml
4,2 ml**
Elution Buffer
10 ml
3 x 10 ml
5 x 10 ml
0,6 ml
DNA Purification Columns
50 szt.
3 x 50 szt.
5 x 50 szt.
3 szt.
Collection Tubes (2 ml)
50 szt.
3 x 50 szt.
5 x 50 szt.
3 szt.
LICZBA IZOLACJI
Nr katalogowy
*
Przed pierwszym użyciem do roztworu GW Buffer należy dodać odpowiednią
ilość 96–100% etanolu (informacja na etykietach oraz w poniższej tabeli).
Po dodaniu etanolu zalecane jest oznaczenie butelki.
*
LICZBA IZOLACJI
50 IZOLACJI
150 IZOLACJI
250 IZOLACJI
Nr katalogowy
EM08–050
EM08–150
EM08–250
GW Buffer
15 ml
45 ml
75 ml
Etanol 96–100%
60 ml
180 ml
300 ml
Całkowita objętość
75 ml
225 ml
375 ml
Wszystkie składniki zestawu należy przechowywać w temp. pokojowej (15–25°C).
GB Buffer należy chronić przed dostępem światła. Wszystkie roztwory z zestawu
należy przechowywać szczelnie zamknięte, aby uniknąć zmiany stężeń w wyniku
parowania. Odpowiednio przechowywany zestaw zachowuje stabilność przez
okres minimum 12 miesięcy.
3
**
Uwaga:
w zestawie
DEMO (EM08–D)
GW Buffer zawiera
już etanol.
III. WYMAGANE MATERIAŁY I SPRZĘT
pp
pp
pp
pp
pp
pp
pp
pp
pp
etanol 96–100% cz.d.a.
czysty skalpel lub żyletka
jałowe probówki wirownicze typu Eppendorf (1,5–2 ml)
pipety automatyczne oraz odpowiednie końcówki do pipet
rękawiczki jednorazowe
transiluminator
mikrowirówka z rotorem na 1,5–2 ml probówki (> 11 tys. x g)
termoblok lub łaźnia wodna (do 70°C)
3 M octan sodu, pH 5,2 (w nielicznych przypadkach)
IV. ZASADA IZOLACJI
Procedura oczyszczania DNA przeprowadzana jest z wykorzystaniem minikolumn
wirowniczych, zawierających odpowiednie złoże wydajnie i selektywnie wiążące
kwasy nukleinowe. W pierwszym etapie wycięty z żelu agarozowego bloczek,
zawierający fragment DNA, inkubowany jest w buforze GB, który ułatwia
rozpuszczanie agarozy oraz powoduje denaturację białek. Dodatkowo bufor ten
zawiera barwnik, który umożliwia kontrolowanie pH roztworu odpowiedniego
dla efektywnego wiązania DNA do złoża w minikolumnie. Dwuetapowe
przemywanie DNA związanego do złoża ma na celu usunięcie pozostałych
zanieczyszczeń i/lub inhibitorów reakcji enzymatycznych. Oczyszczone DNA
eluowane jest ze złoża buforem o niskiej sile jonowej (Elution Buffer) lub wodą
(pH 7,0–9,0) i gotowe jest do bezpośredniego wykorzystania w technikach biologii
molekularnej (takich jak PCR, qPCR, Southern blotting, sekwencjonowanie, ligacja
DNA, trawienie enzymami restrykcyjnymi itp.) lub może być przechowywane
do późniejszego użycia.
V.
KONTROLA JAKOŚCI
Każda partia produkcyjna (LOT) zestawu EXTRACTME DNA GEL–OUT testowana
jest według opracowanych procedur. Wydajność, czystość oraz stabilność
wyizolowanego DNA analizowane są metodami spektrofotometrycznymi oraz
elektroforetycznymi. Dodatkowo funkcjonalna jakość oczyszczonego DNA
sprawdzana jest w reakcji PCR, qPCR oraz reakcji trawienia enzymami restrykcyjnymi.
www.dnagdansk.com
4
Nr kat. EM08
VI. SPECYFIKACJA PRODUKTU
MATERIAŁ WYJŚCIOWY
Bloczek agarozowy o masie do 300 mg
ODZYSK
70–95% w zależności od wielkości fragmentu DNA (w zakresie 100–10.000 pz)
WIELKOŚĆ IZOLOWANYCH FRAGMENTÓW DNA
100–10.000 pz
Możliwa jest również izolacja fragmentów DNA w zakresach 50–100 pz i 10–30 kpz,
a także genomowego i plazmidowego DNA, lecz z obniżoną wydajnością.
POJEMNOŚĆ ZŁOŻA
ok. 25 µg DNA
CZAS IZOLACJI
16–20 minut
CZYSTOŚĆ DNA
A 260/A 280 = 1,7–1,9
VII. ŚRODKI OSTROŻNOŚCI
pp
pp
pp
pp
5
W przypadku, gdy do wizualizacji wyników elektroforezy używany jest bromek
etydyny lub inne związki chemiczne interkalujące w DNA, należy używać
ochronnej odzieży laboratoryjnej oraz jednorazowych rękawiczek nitrylowych.
Podczas operacji wycinania DNA z żelu należy zachować środki ostrożności
w postępowaniu z promieniowaniem UV (odzież ochronna, okulary,
rękawiczki nitrylowe).
Należy unikać dotykania ścianek minikolumn pipetą, aby nie przenosić
śladowych ilości DNA pomiędzy kolejnymi minikolumnami.
Odpady zawierające sole guanidyny mogą tworzyć wysoce reaktywne
związki w połączeniu z substancjami utleniającymi. W przypadku rozlania
buforu, powierzchnię zmyć wodą z detergentem.
VIII. SZCZEGÓLNE ZALECENIA I UWAGI
Elucja DNA ze złoża
Optymalną objętość buforu elucyjnego (Elution Buffer) należy dobrać w zależności
od ilości materiału użytego do izolacji oraz od wymaganego poziomu stężenia
DNA w eluacie. Zaleca się stosowanie 30–100 μl Elution Buffer.
Jeśli pożądane jest otrzymanie DNA o wysokim stężeniu, objętość buforu
elucyjnego można zmniejszyć do 20 μl. Należy mieć jednak na uwadze, że może
to obniżyć wydajność odzysku DNA. Istotne w tym przypadku jest dodanie buforu
elucyjnego centralnie na powierzchnię złoża.
W celu uzyskania maksymalnej wydajności elucji DNA, bufor elucyjny należy
podgrzać do temp. 80°C i wydłużyć czas inkubacji złoża z buforem do 10 minut.
Jeśli istotne jest odzyskanie całkowitego DNA z minikolumny można
przeprowadzić dodatkową elucję (200 μl). W tym przypadku należy powtórzyć
pkt. 11-14 Protokołu izolacji DNA (sekcja XI), umieszczając minikolumnę w nowej
probówce 1,5 ml typu Eppendorf.
Elution Buffer nie zawiera EDTA, którego obecność może niekorzystnie wpływać
na niektóre reakcje enzymatyczne.
Kontrolowanie poziomu pH
GB Buffer zawiera wskaźnik pH, pozwalający na sprawdzenie czy pH mieszaniny
jest mniejsze niż 7,5 (kolor żółty), co gwarantuje wydajną adsorpcję DNA
do złoża minikolumny. Gdy pH jest wyższe niż 7,5, roztwór zmieni barwę
na różową. Może się tak zdarzyć w nielicznych przypadkach, np. gdy stosowany
bufor elektroforetyczny był wielokrotnie używany lub błędnie przygotowany.
Konieczne jest wtedy dodanie 10 µl 3 M octanu sodu (pH 5,2), który obniżając
pH próbki zapewni wydajne wiązanie DNA do złoża. Wzrost pH powyżej wartości
7,5 powoduje diametralny spadek adsorpcji DNA do złoża w minikolumnie.
IX. PRZYGOTOWANIE PRÓBKI
1.
2.
www.dnagdansk.com
Prowadzić elektroforezę w żelu przygotowanym z agarozy niskotopliwej
lub o standardowej temperaturze topnienia, w buforze TAE lub TBE,
do momentu wystarczającego rozdzielenia fragmentów DNA. Nie zaleca się
stosować zbyt wysokiego napięcia podczas rozdziału elektroforetycznego,
gdyż może to spowodować wzrost temperatury buforu elektroforetycznego
i doprowadzić do degradacji DNA. Należy używać świeżo przygotowanego
buforu, zarówno do przeprowadzenia elektroforezy, jak i przygotowania żelu.
Zważyć probówkę 1,5–2 ml typu Eppendorf.
6
Nr kat. EM08
3.
4.
5.
Przy pomocy czystego i ostrego skalpela lub żyletki wyciąć prążek DNA
w taki sposób, aby pozbyć się nadmiaru agarozy (całkowita masa wyciętego
bloczka agarozy nie powinna przekraczać 300 mg). Skalpel oraz powierzchnia
transiluminatora powinny być uprzednio oczyszczone np. przy pomocy
5% roztworu H2O2. Operację wycinania prążka DNA należy wykonać możliwie
szybko, aby zminimalizować oddziaływanie promieniowania UV na izolowane
DNA. Jest to szczególnie istotne, gdy wyizolowane DNA będzie bezpośrednio
wykorzystywane w reakcjach sekwencjonowania i/lub klonowania.
Przenieść wycięty bloczek agarozowy do probówki 1,5–2 ml, a następnie
zważyć. Jeśli masa bloczka agarozowego przekracza 300 mg należy podzielić
bloczek na mniejsze fragmenty i przenieść do kolejnych probówek 1,5–2 ml.
Przed oczyszczaniem fragment agarozy zawierający DNA może być
przechowywany w temp. +4°C lub -20°C nie dłużej niż tydzień, w szczelnie
zamkniętej probówce, w warunkach wolnych od deoksyrybonukleaz (DNaz).
X.
PRZED PRZYSTĄPIENIEM DO IZOLACJI
1.
2.
Każdy z odczynników zestawu należy wymieszać.
Należy upewnić się czy do GW Buffer został dodany etanol. Jeśli nie, należy
dodać odpowiednią ilość 96–100% etanolu (ilości podane są na etykietach
oraz w tabeli w sekcji II).
W przypadku wytrącenia osadu w buforach GB lub GW, butelkę z roztworem
należy ogrzać do temp. 37°C (GW Buffer) lub 50–60°C (pozostałe bufory)
i inkubować, aż do całkowitego rozpuszczenia osadu, mieszając co kilka
minut, a następnie schłodzić do temp. pokojowej.
Nagrzać termoblok lub łaźnię wodną do temp. 50°C.
Ogrzać odpowiednią ilość buforu elucyjnego do temp. 70°C.
Należy pamiętać, aby wszystkie etapy izolacji przeprowadzać w temp.
pokojowej, jeśli nie zalecono inaczej.
Wszystkie etapy wirowania zostały zoptymalizowane z wykorzystaniem
3.
4.
5.
6.
7.
mikrowirówki Eppendorf 5417C. Prędkości wirowania podane w jednostkach
rpm odnoszą się do tej mikrowirówki.
7
XI. PROTOKÓŁ IZOLACJI
1. Wyciąć z żelu bloczek agarozowy zawierający DNA, a następnie
umieścić w probówce 1,5–2 ml typu Eppendorf.
Masa bloczka agarozowego nie powinna przekraczać 300 mg.
Więcej wskazówek znajduje się w sekcji IX. Przygotowanie próbki.
2. Dodać 500 µl GB Buffer i wymieszać poprzez kilkukrotne
odwracanie probówki.
3. Inkubować mieszaninę w temp. 50°C przez 5–10 min lub
do momentu całkowitego rozpuszczenia agarozy. Podczas
inkubacji kilka razy mieszać próbkę poprzez kilkukrotne
odwracanie probówki.
Przed przystąpieniem do dalszych czynności należy upewnić się,
że agaroza została całkowicie rozpuszczona.
Kolor mieszaniny powinien być żółty. Jeżeli po rozpuszczeniu agarozy
roztwór zmienił barwę na różową, należy dodać 10 µl 3 M roztworu octanu
sodu o pH 5,2 i wymieszać (patrz sekcja VIII. Szczególne zalecenia i uwagi).
4. Krótko odwirować próbkę w celu odzyskania resztek roztworu
z wieczka probówki, a następnie przenieść maksymalnie
800 µl mieszaniny na złoże minikolumny umieszczonej
w probówce odbierającej i wirować 1 min przy 10–12 tys. rpm
(11–15 tys. x g).
Jeżeli mieszanina ma większą objętość niż 800 µl, po odwirowaniu wylać
przesącz z probówki odbierającej, umieścić w niej z powrotem minikolumnę
i nanieść pozostałą część mieszaniny na złoże.
5. Przenieść minikolumnę do nowej probówki odbierającej (2 ml).
www.dnagdansk.com
8
Nr kat. EM08
6. Dodać do minikolumny 700 μl GW Buffer i wirować 30 s przy
10–12 tys. rpm (11–15 tys. x g).
7. Wylać przesącz z probówki odbierającej i umieścić w niej
z powrotem minikolumnę.
8. Powtórzyć etapy 6–7.
9. Wirować 1-2 min przy 12–14 tys. rpm (15–21 tys. x g).
Bufor płuczący zawiera alkohol, który może powodować inhibicję niektórych
reakcji enzymatycznych, a także obniżenie wydajności elucji, dlatego istotne
jest jego całkowite usunięcie przed etapem elucji.
10. Ostrożnie wyjąć suchą minikolumnę z probówki odbierającej
i umieścić ją w jałowej probówce 1,5 ml typu Eppendorf.
11. Nanieść 50-100 μl Elution Buffer uprzednio ogrzanego do
temp. 70°C centralnie na złoże w minikolumnie.
Możliwa jest zmiana objętości buforu elucyjnego w zakresie 20–200 µl.
Więcej wskazówek do tego etapu znajduje się w sekcji VIII. Szczególne
zalecenia i uwagi.
12. Inkubować minikolumnę z buforem elucyjnym przez 2 min.
13. Wirować 1 min przy 10–12 tys. rpm (11–15 tys. x g).
14. Minikolumnę usunąć, a wyizolowane DNA przechowywać
w temp. +4°C lub -20°C do czasu dalszych analiz.
9
XII. MOŻLIWE PROBLEMY I ICH ROZWIĄZYWANIE
Problem
Prawdopodobna
przyczyna
Rozwiązanie
Niska wydajność
izolacji DNA.
Niecałkowicie
rozpuszczony
bloczek agarozowy.
Wydłużyć czas inkubacji w temp. 50°C do momentu
rozpuszczenia agarozy. Po rozpuszczeniu agarozy,
dla pewności przedłużyć inkubację o dodatkowe 5 minut.
Nieefektywne wiązanie
DNA do złoża.
Upewnić się, że po rozpuszczeniu agarozy mieszanina
posiada żółte zabarwienie. W przypadku zmiany barwy
na różową, należy dodać 10 µl 3 M octanu sodu o pH 5,2.
Niedodany etanol do
buforu płuczącego.
Upewnić się, że 96–100% etanol został dodany
w odpowiedniej ilości do GW Buffer.
Niecałkowita
elucja DNA.
Przed naniesieniem na złoże podgrzać Elution Buffer
do temp. 80°C. Nanieść Elution Buffer centralnie na
powierzchnię złoża. Wydłużyć czas inkubacji z Elution
Buffer do 10 minut. Przeprowadzić powtórną elucję.
Zwiększyć objętość Elution Buffer do 200 μl.
Niewłaściwe pH
buforu elucyjnego
lub wody (pH <7,0).
Do elucji użyć Elution Buffer.
Zatkane złoże kolumny.
Niecałkowicie
rozpuszczony
bloczek agarozowy.
Wydłużyć czas inkubacji w temp. 50°C do momentu
rozpuszczenia agarozy. Po rozpuszczeniu agarozy, dla
pewności przedłużyć inkubację próbki o dodatkowe 5 minut.
Inhibicja
enzymatycznej obróbki
wyizolowanego DNA.
Obecność soli w próbce.
Wszystkie etapy wirowania przeprowadzać w temp.
pokojowej. Upewnić się, że w GW Buffer nie wytrącił się
osad.
Obecność agarozy
w próbce.
Wydłużyć czas inkubacji w temp. 50°C do momentu
rozpuszczenia agarozy. Dla pewności przedłużyć inkubację
próbki o dodatkowe 5 minut.
Obecność etanolu
w próbce.
Po każdym etapie płukania usuwać przesącz z probówki
odbierającej. Upewnić się, że po etapie wirowania
(pkt. 9 Protokołu izolacji) nie pozostały w minikolumnie
resztki buforu płuczącego, w przeciwnym wypadku należy
powtórzyć wirowanie.
Błędne wyniki
Zbyt długa ekspozycja
sekwencjonowania DNA. próbki na promienie UV.
www.dnagdansk.com
Skrócić czas operacji związanych z wycinaniem DNA z żelu.
Zanieczyszczony bufor
do elektroforezy.
Używać świeżo przygotowanego buforu, zarówno do
prowadzenia elektroforezy, jak i przygotowania żelu.
Zanieczyszczony sprzęt.
Oczyścić skalpel i powierzchnię transiluminatora przed
wycinaniem bloczka agarozowego.
10
Nr kat. EM08
Nieostre prążki
w obrazie
elektroforetycznym.
Obecność nukleaz
w buforze
do elektroforezy.
Używać świeżego, wolnego od DNaz
buforu do prowadzenia elektroforezy oraz
przygotowania żelu agarozowego.
Przechowywać żel agarozowy w temp. +4°C w warunkach
wolnych od DNaz nie dłużej niż kilka dni.
DNA wypływa
ze studzienek
w żelu agarozowym.
Obecność nukleaz
w buforze elucyjnym.
Wymienić zanieczyszczony bufor elucyjny na nowy.
Gdy do elucji zamiast Elution Buffer używa się
wody, upewnić się, że jest ona wolna od DNaz.
Obecność etanolu
w próbce.
Po każdym etapie płukania usuwać przesącz
z probówki odbierającej. Upewnić się, że po etapie
wirowania (pkt. 9 Protokołu izolacji) nie pozostały
w minikolumnie resztki buforu płuczącego,
w przeciwnym wypadku należy powtórzyć wirowanie.
XIII. BEZPIECZEŃSTWO I POSTĘPOWANIE Z PRODUKTEM
GB BUFFER
Niebezpieczeństwo
H302, H312, H315, H319, H331, H335,
P261, P273, P280, P405, P305+P351+P338, P302+P352
H302 Działa szkodliwie po połknięciu. H312 Działa szkodliwie w kontakcie ze skórą. H315 Działa drażniąco
na skórę. H319 Działa drażniąco na oczy. H331 Działa toksycznie w następstwie wdychania. H335 Może
powodować podrażnienie dróg oddechowych. P261 Unikać wdychania pyłu/ dymu/ gazu/ mgły/ par/
rozpylonej cieczy. P273 Unikać uwolnienia do środowiska. P280 Stosować rękawice ochronne/ odzież
ochronną. P405 Przechowywać pod zamknięciem. P305 + P351 + P338 W PRZYPADKU DOSTANIA SIĘ
DO OCZU: Ostrożnie płukać wodą przez kilka minut. Wyjąć soczewki kontaktowe, jeżeli są i można je
łatwo usunąć. Nadal płukać. P302 + P352 W PRZYPADKU DOSTANIA SIĘ NA SKÓRĘ: Umyć dużą ilością
wody z mydłem.
11
www.dnagdansk.com
Download