Starzenie się liści i analizy DNA z posuszu
advertisement
Starzenie się liści i analizy DNA z posuszu dr Artur Dzialuk Katedra Genetyki Instytut Biologii Eksperymentalnej buk zwyczajny • w badaniach wykorzystano 179 liści buka zbieranych w lesie z siedmiu oznaczonych drzew • Liście zbierano przez rok, średnio raz na miesiąc, aby do badań przygotować próby reprezentujące wszystkie etapy starzenia liści. • Za każdym razem, w danym zbiorze pobierano dwie próby materiału z każdego drzewa (liście rosnące na drzewie oraz liście, które opadły) marzec/maj czerwiec/sierpień wrzesień/grudzień styczeń/luty dąb szypułkowy • Liście zbierane z siedmiu drzew w parku miejskim, od stycznia do października • Łącznie w czternastu zbiorach zebrano 95 liści Styczeń/marzec Kwiecień/maj czerwiec - wrzesień październik Cel badań zbadano wpływ czasu (starzenia) na: • możliwość amplifikacji nSSRów w układzie multipleks PCR. Wyniki • amplifikacja jądrowych sekwencji mikrosatelitarnych w układzie multipleks PCR możliwa jest jedynie na matrycy DNA izolowanego z liści zebranych od maja do października Wyniki • Amplifikacja nSSRów na DNA z liści starych t.j. zebranych od listopada do kwietnia, (żółte, czerwone i brązowe – tj. fizjologicznie stare a na końcu opadłe) są obarczone wysokim ryzykiem niepowodzenia • Korelacja z pojawianiem się nocą przymrozków i wysokich temperatur (częste wahania temperatury w szerokim spektrum) oraz sekwencja zawilgoceń i przesuszeń) • Korelacja z pojawianiem się śladów porażeń grzybami Wnioski • Liście zielone – gwarantują sukces analiz DNA • Liście stare (żółte, czerwone, brązowe) oraz zeszłoroczne stanowią bardzo trudne do analiz w układzie multipleks PCR • Nie wykluczone, że istnieje możliwość analiz DNA ze starych liści w układzie pojedynczych reakcji PCR – ale to podniesie koszty analiz. • Problemy z amplifikacją nie dotyczą sytuacji, gdy liść zerwany zostanie w stanie zielonym i będzie przechowywany w kopercie (zachowa +/- barwę zieloną). Posusz (martwe drzewa) Cel badań: Czy drewno pochodzące z drzew martwych (posusz) jest źródłem DNA, na matrycy którego możliwa jest amplifikacja jądrowych sekwencji mikrosatelitarnych? Materiał i metody • „zdrowe” drewno pobrane z 5 drzew (buk zwyczajny) • badano 9 loci mikrosatelitarnych Buk zwyczajny Buk zwyczajny Buk zwyczajny Buk zwyczajny Buk zwyczajny Wniosek • analizy DNA posuszu buka zwyczajnego są możliwe pod warunkiem dostarczenia „zdrowego” drewna
