Miopatie i dystrofie mięśniowe

Miopatie i dystrofie mięśniowe
Miopatie to grupa chorób, w których osłabienie mięśni wynika ze złego funkcjonowania włókien
mięśniowych. Dla odróżnienia, w dystrofiach dochodzi do uszkodzenia i zaniku mięśni. Są to
szerokie i złożone grupy schorzeń, dotykających pacjentów w różnym wieku i przebiegających
z różnym nasileniem.
W niniejszym teście, dzięki nowoczesnej technologii sekwencjonowania genomowego,
badamy pełne sekwencje 51 genów, odpowiedzialnych za miopatie i dystrofie mięśniowe.
Miopatia nemalinowa (nitkowata) dzieli się na choroby ujawniające się w wieku niemowlęcym,
dzieciństwie oraz w wieku dorosłym. U dzieci dominuje osłabienie mięśni twarzy
i oddechowych, u dorosłych osłabienie mięśni tułowia i kończyn.
Miopatia miotubularna (wewnątrzjądrowa) ujawnia się tuż po urodzeniu poważnym osłabieniem
siły mięśni - opadaniem powiek, osłabionym ssaniem i połykaniem oraz niewydolnością
oddechową. Choroba jest często dziedziczona w sposób związany z chromosomem X, więc
matki mogą być bezobjawowymi nosicielkami choroby.
Dystrofie obręczowo-kończynowe dotykają 1 na 50 000 osób i zazwyczaj ujawniają się w drugiej
dekadzie życia. Charakterystycznym objawem jest osłabienie mięśni obręczy biodrowej,
czasem z towarzyszącym zajęciem obręczy barkowej oraz zniesienie odruchów kolanowych. U
niektórych pacjentów rozwija się kardiomiopatia (zwykle rozstrzeniowa), zaburzenia połykania
i niewydolność oddechowa.
Dystrofia Duchenne'a zazwyczaj objawia się we wczesnym dzieciństwie; dotknięte nią dzieci
mają trudności w osiąganiu kolejnych kamieni milowych, szczególnie w zakresie samodzielnego
siedzenia i stania. Choroba przebiega niezwykle szybko, prowadząc do utraty zdolności
chodzenia oraz rozwoju kardiomiopatii we wczesnym wieku nastoletnim.
Dystrofia Beckera rozpoczyna się w późniejszym okresie, ale również prowadzi do rozwinięcia
chorób serca we wczesnej młodości.
Choroby związane z zaburzeniami kolagenu typu VI, w tym dystrofia Ullricha czy miopatia
Bethlema zazwyczaj ujawniają się we wczesnym dzieciństwie osłabieniem mięśni,
niezdolnością samodzielnego chodzenia. Z czasem mogą doprowadzić do niewydolności
oddechowej.
Geny i zespoły genetyczne
Gen
Choroba/objawy
ACTA1
Miopatia nemalinowa (nitkowata) typ 3
ANO5
Sposób Znane
dziedzi- warianty
czenia
chorobotwórcze
AD/AR
27
Gnathodiaphyseal dysplasia
AR
22
CAPN3
Dystrofia mięśniowa obręczowo-kończynowa typ 2A, dystrofia Leydena-Moebiusa
AR
47
CAV3
Dystrofia mięśniowa obręczowo-kończynowa typ IC, zaburzenia rytmu serca
AD/Digenic
22
CFL2
Nemaline myopathy
AR
2
COL12A1
Bethlem myopathy, Ullrich congenital muscular dystrophy
AD/AR
4
COL4A1
Schizencephaly, Anterior segment dysgenesis with cerebral involvement, Retinal artery
tortuosity, Porencephaly, Angiopathy, hereditary, with nephropathy, aneurysms, and
muscle cramps, Brain small vessel disease
AD
25
COL4A2
Hemorrhage, intracerebral
AD
4
COL6A1
Bethlem myopathy, Ullrich congenital muscular dystrophy
AD/AR
23
COL6A2
Epilepsy, progressive myoclonic, Bethlem myopathy, Myosclerosis, congenital, Ullrich
congenital muscular dystrophy
AD/AR
40
COL6A3
Bethlem myopathy, Dystonia, Ullrich congenital muscular dystrophy
AD/AR
24
DES
Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Miopatia miofibrylarna
AD/AR
51
DMD
Dystrofia mięśniowa Beckera
XL
401
DNAJB6
Dystrofia mięśniowa obręczowo-kończynowa typ 1E
AD
5
DYSF
Dystrofia mięśniowa obręczowo-kończynowa typ 2B
AD/AR
81
EMD
Dystrofia Emery'ego-Dreiffusa
XL
22
FHL1
Myopathy with postural muscle atrophy, Emery-Dreifuss muscular dystrophy, Reducing
bod myopathy
XL
18
FKRP
Dystrofia mięśniowa - dystroglikanopatia (obręczowo-kończynowa) typ C,5
AR
19
FKTN
Muscular dystrophy-dystroglycanopathy, Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Muscular
dystrophy-dystroglycanopathy (limb-girdle)
AD/AR
23
GMPPB
Muscular dystrophy-dystroglycanopathy (congenital with brain and eye anomalies), Limbgirdle muscular dystrophy-dystroglycanopathy
AR
8
ISPD
Dystrofia mięśniowa - dystroglikanopatia typ A,7
AR
18
KBTBD13
Nemaline myopathy
AD
3
KLHL40
Nemaline myopathy
AR
5
KLHL41
Nemaline myopathy
AR
5
LAMA2
Wrodzona dystrofia mięśniowa z niedoborem merozyny, schizofrenia
AD/AR
54
LARGE
Muscular dystrophy-dystroglycanopathy
AR
15
LIMS2
Muscular dystrophy, limb-girdle
AR
2
Gen
Choroba/objawy
LMNA
Zespół serce-ręka, Dystrofia kończynowo-obręczowa, Lipodystrofia, Dystrofia Emery'egoDreiffusa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Progeria Hutchinsona-Gilforda
LMOD3
Sposób Znane
dziedzi- warianty
czenia
chorobotwórcze
AD/AR
170
Severe congenital nemaline myopathy, Typical nemaline myopathy
AR
5
MTM1
Myopathy, centronuclear
XL
144
MYOT
Dystrofia mięśniowa obręczowo-kończynowa typ 1A
AD
8
NEB
Miopatia nemalinowa (nitkowata) typ 2
AR
20
PNPLA2
Spichrzanie lipidów z miopatią
AR
11
POMGNT1
Muscular dystrophy-dystroglycanopathy
AR
53
POMT1
Dystrofia mięśniowa - dystroglikanopatia typ A,1
AR
29
POMT2
Dystrofia mięśniowa - dystroglikanopatia typ A,1
AR
23
SGCA
Dystrofia mięśniowa obręczowo-kończynowa typ 2D
AR
13
SGCB
Dystrofia mięśniowa obręczowo-kończynowa typ 2E
AR
12
SGCD
Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Dystrofia kończynowo-obręczowa
AR
10
SGCG
Muscular dystrophy, limb-girdle
AR
9
SMCHD1
Facioscapulohumeral muscular dystrophy
DG (razem
z SMCHD1
w kontekśc
ie D4Z4)
6
TCAP
Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa, Dystrofia kończynowoobręczowa
AD/AR
9
TMEM43
Arytmogenna kardiomiopatia prawej komory
AD
5
TNNT1
Nemaline myopathy
AR
2
TNPO3
Muscular dystrophy, limb-girdle
AD
2
TOR1AIP1
Muscular dystrophy with progressive weakness, distal contractures and rigid spine
TPM2
CAP myopathy, Nemaline myopathy, Arthrogryposis, distal
AD
9
TPM3
Miopatia nemalinowa (nitkowata) typ 1
AD
16
TRAPPC11
Limb-girdle muscular dystrophy
AR
2
TRIM32
Zespół Bardeta-Biedla, Dystrofia kończynowo-obręczowa
AR
4
TTN
Kardiomiopatia przerostowa, Kardiomiopatia rozstrzeniowa
AD
385
AD/AR
Metodologia
Informacja na temat metody badania:
W pierwszej kolejności, z pobranej próbki krwi lub z bloczka parafinowego izolowany jest kwas
deoksyrybonukleinowy (DNA), którego jakość i ilość jest określana w analizie
spektrofotometrycznej i fluorymetrycznej. Po mechanicznej lub enzymatycznej fragmentacji,
DNA jest wykorzystywany do stworzenia biblioteki, umożliwiającej oznaczenie, a następnie
zsekwencjonowanie i analizę genów, które zostały wybrane w ramach zleconego panelu.
Otrzymana biblioteka jest sekwencjonowana na sekwenatorze nowej generacji. Otrzymane
wyniki zostają następnie poddane analizie bioinformatycznej i interpretacji klinicznej. Warianty
genetyczne są identyfikowane z wykorzystaniem Burrows-Wheeler Aligner. Test umożliwia
wykrycie 100% substytucji i 95% małych insercji i delecji.
Informacja na temat klasyfikacji wariantów:
W raporcie z badania przedstawiana jest informacja na temat wariantów zaklasyfikowanych
jako warianty „potencjalnie patogenne” i „patogenne”, z uwagi na ich potencjalne znaczenie
kliniczne. Zidentyfikowane warianty są klasyfikowane do następujących kategorii:
Wariant patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu ma bezpośredni związek
z powstawaniem choroby. Równocześnie, niektóre zmiany patogenne mogą nie mieć pełnej
penetracji, tj. pojedyncza zmiana może być niewystarczająca do wywołania pełnoobjawowej
choroby.
Wariant potencjalnie patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu jest z dużym
prawdopodobieństwem związana z powstawaniem choroby, jednakże udowodnienie tego
związku nie jest możliwe w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe. Potwierdzenie
patogenności wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że
dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma niewielkie lub żadne znaczenie kliniczne.
Wariant o nieznanej patogenności: w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma
możliwości określenia znaczenia znalezionej zmiany.
Wariant potencjalnie łagodny: znaleziona zmiana w sekwencji genu najprawdopodobniej nie
ma związku z powstawaniem choroby, jednakże w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe
nie ma możliwości potwierdzenia łagodności zmiany. Potwierdzenie klinicznego znaczenia
wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania
wykażą, że znaleziona zmiana ma znaczenie kliniczne i prowadzi do rozwinięcia choroby
Wariant łagodny: znaleziona zmiana nie ma związku z powstawaniem choroby
Zidentyfikowane warianty genetyczne klasyfikowane są w oparciu o wytyczne opracowane
przez American College of Medical Genetics and Genomics i American Association for Molecular
Pathology (S. Richards, Genet Med. 2015 May;17(5):405-24). W klasyfikacji wariantów brane są
pod uwagę następujące kryteria:
wcześniejsza identyfikacja wariantu u osób obciążonych chorobą
wpływ wariantu na powstawanie funkcjonalnego produktu genu:
określony w analizach bioinformatycznych
potwierdzony w badaniach in vitro/in vivo
lokalizacja wariantu (ekson/intron, domena funkcjonalna)
zmiana de novo/dziedziczna
częstość występowania wariantu w populacji ogólnej (każdy wariant występujący
z częstością >5% zgodnie z Exome Sequencing Project, 1000 Genomes Project lub
Exome Aggregation Consortium jest klasyfikowany jako zmiana łagodna)
częstość występowania wariantu w populacji ogólnej w stosunku do populacji osób
chorych
Ostateczna klasyfikacja wariantów prowadzona jest w oparciu o sumę wymienionych kryteriów.
Przeszukiwane bazy danych obejmują: 1000GP, ClinVar, ConsensusPathDB, Exome Aggregation
Consortium, Exome Variant Server, FATHMM, GO (Gene Ontology), GTEx (Genotype-Tissue
Expression), GWAS (Genome Wide Association Study), HGMD, KEGG, MetaLR, MetaSVM,
MutationAssessor, MutationTaster, OMIM, PolyPhen-2, PROVEAN, SIFT, SnpEff, dbNSFP, UniProt,
VEP (Variant Effect Predictor).
Ograniczenia badania:
Wszystkie technologie sekwencjonowania mają swoje ograniczenia. Zlecane badanie jest
wykonywane z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i ma na celu
zbadanie regionów kodujących i splicingowych zleconych genów. Chociaż stosowane techniki
sekwencjonowania oraz późniejsze analizy bioinformatyczne są ukierunkowane na ograniczenie
znaczenia sekwencji pseudogenów, to jednak obecność wysoce homologicznych sekwencji
genowych może nadal sporadycznie zakłócać zdolność identyfikacji patogennych alleli, jak
i delecji/duplikacji. Sekwencjonowanie Sangera jest metodą wykorzystywaną do potwierdzania
wariantów, które uzyskały niższe parametry jakości. Analizy delecji/duplikacji wskazują na
zmiany ilościowe DNA obejmujące minimum jeden ekson i zawsze wymagają potwierdzenia
innymi metodami (qPCR lub MLPA). Wykonane analizy nie są przeznaczone do wykrywania
pewnych typów zmian genomowych, jak translokacje, inwersje, mutacje dynamiczne (np.
zwiększenie ilości powtórzeń trzynukleotydowych), zmian w regionach regulatorowych czy
intronowych. Jeśli raportowane jest zwiększenie liczby powtórzeń dwu- czy trzynukleotydowych,
to trzeba założyć, że dokładna liczba powtórzeń nie jest precyzyjna. Przeprowadzane badanie
nie jest przeznaczone do wykrywania mozaikowatości somatycznych, a analizy mutacji
somatycznych powinny być prowadzone w kontekście sekwencji DNA germinalnego.
Nie ma możliwości wykluczenia obecności mutacji w genach i rejonach innych niż objęte
wykonywanym badaniem, a także zmian liczby kopii genu. Raport z badania zawiera informację
na temat zmian w sekwencji genów zidentyfikowanych w oparciu o porównanie z aktualnymi
sekwencjami referencyjnymi zdeponowanymi w bazach danych NCBI Nucleotide i Ensembl.
Testy są opracowywane w Warsaw Genomics do celów klinicznych. Wszystkie otrzymywane
wyniki badań są interpretowane i analizowane przez ekspertów naukowych i medycznych
Warsaw Genomics.
Jak zlecić badanie
Informacja na temat metody badania:
Badanie można zlecić bezpośrednio na stronie internetowej Warsaw Genomics, poprzez
zaznaczenie wybranego testu. Zalecamy jednak, by przed każdym badaniem skonsultować się
z lekarzem, który pomoże w wybraniu odpowiedniego testu diagnostycznego, wyjaśni
możliwości i ograniczenia testów genetycznych a także przedstawi możliwe wyniki
i konsekwencje przeprowadzenia badania.
Czas realizacji badania: od 4 do 10 tygodni. Będziemy informować o kolejnych etapach analizy.
KONSULTACJA LEKARSKA
REJESTRACJA
Wybranie właściwego testu
genetycznego lub
indywidualnego zestawu
genów
Wypełnienie formularza
zlecenia testu.
Formularz wypełnia pacjent
lub wybrany przez niego
lekarz.
OPŁACENIE TESTU
Po wykonaniu testu
POBRANIE KRWI
Łącznie należy pobrać 4ml
krwi do jednej probówki
z EDTA (takiej jak na
morfologie). Pobraną krew
można przechowywać
w lodówce (w temp. +4st C)
do 7 dni
WYNIK BADANIA
PRZESŁANIE PRÓBKI
KRWI NA NASZ ADRES
Próbkę można dostarczyć
osobiście lub kurierem
(w temperaturze pokojowej)
w ciągu 48 godzin.
Szczegółowa instrukcja
pakowania próbki
i zamówienia kuriera jest
dostępna tutaj. Do próbki
dołączamy wydrukowany
i podpisany formularz
zlecenia testu.
KONSULTACJA LEKARSKA
zostanie przekazany osobie
zlecającej test – pacjentowi
lub wybranemu przez niego
lekarzowi
Jak przekazać materiał do badania?
Badanie genetyczne z krwi:
1. Krew należy pobrać do jednej probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep,
ani na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie
musi być na czczo:
osoba dorosła - ok. 4 ml krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy
dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4°C)
dzieci – ok. 4 ml (minimalna ilość 2 ml) krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną
krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać
w temperaturze 4°C)
niemowlę – ok. 1,5 - 2 ml krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy
dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4°C)
2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą
klejącą).
3. Zabezpieczoną probówkę wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia
badania należy zapakować i wysłać zgodnie z instrukcją dostępną pod adresem:
https://badamygeny.pl/BADAMY_GENY/docs/instrukcja-wysylki-probki-krwi.pdf
Badanie genetyczne z bloczka parafinowego (profilowanie
nowotworu):
1. Należy pobrać łącznie 4 ml krwi do jednej probówki z EDTA (nie pobierać do probówek
na skrzep, ani na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie,
pacjent nie musi być na czczo. Pobraną krew należy dokładnie wymieszać
z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4°C.
2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą
klejącą).
3. Uzyskanie tkanki nowotworowej do badania w postaci:
bloczka parafinowego zawierającego wycinek nowotworu wraz z uzyskanym
z bloczka preparatem histopatologicznym (szkiełkiem) umożliwiającym
zlokalizowanie fragmentu tkanki nowotworowej,
albo wycinka tkanki nowotworowej z bloczka parafinowego o wymiarach min.
4x4x1mm, zawierającego wyłącznie tkankę nowotworową.
4. Próbkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą
klejącą).
5. Zabezpieczony materiał wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia
badania należy zapakować i wysłać zgodnie z instrukcją dostępną pod adresem:
https://badamygeny.pl/BADAMY_GENY/docs/instrukcja-wysylki-probki-krwi.pdf
Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)