AmpliTest Streptococcus pneumoniae (Real Time PCR)

AmpliTest Streptococcus pneumoniae
(Real Time PCR)
Zestaw do wykrywania sekwencji DNA specyficznych
dla bakterii Streptococcus pneumoniae
techniką Real Time PCR
Nr kat.: BAC17-100
Wielkość zestawu: 100 oznaczeń
Objętość pojedynczej reakcji: 20 µL
Przed użyciem zestawu należy uważnie zapoznać się z niniejszą instrukcją.
Amplicon sp. z o. o. ul. Duńska 9 54-427 Wrocław Polska, NIP: 8943052339, KRS: 0000501830
www.amplicon.pl email: [email protected], tel. +48 71 733 67 06, fax +48 71 733 67 24
ZASTOSOWANIE
Zestaw AmpliTest Streptococcus pneumoniae (Real Time PCR) jest przeznaczony
do wykrywania sekwencji specyficznych dla bakterii Streptococcus pneumoniae
w próbkach DNA uzyskanych z tkanek, linii komórkowych i wymazów. W celu
uniknięcia problemów z wydajnością reakcji Real Time PCR próbki DNA powinny
być przygotowane przy użyciu metod pozwalających otrzymać wysokiej jakości
DNA pozbawiony inhibitorów reakcji PCR. Zalecane są zestawy do izolacji DNA
oparte o złoża krzemionkowe (tzw. zestawy kolumienkowe).
ZAKRES STOSOWANIA
• Badania i rozwój (B+R)
SKŁADNIKI ZESTAWU
Nazwa
Opis
Ilość
Kolor wieczka
RM
Mieszanina reakcyjna 4 × 300 µL Zielony
PC
Kontrola pozytywna
4 × 50 µL
Czerwony
NC
Kontrola negatywna
4 × 50 µL
Niebieski
Woda
Woda
4 × 300 µL Biały
TRANSPORT i PRZECHOWYWANIE
• Transport odbywa się w suchym lodzie. Po otrzymaniu przesyłki należy ją
natychmiast rozpakować.
• Składniki testu przechowywać w -20°C.
• UNIKAĆ EKSPOZYCJI SKŁADNIKA RM NA ŚWIATŁO;
• Unikać
wielokrotnego
zamrażania
i
rozmrażania
składników
testu
w szczególności składnika RM. Trzy cykle zamrożenia i rozmrożenia składnika
RM nie wpływają znacząco na jakość wyników. WSKAZÓWKA: na etykietach
probówek zawierających składnik RM znajdują się pola, w których można
zaznaczać ilość rozmrożeń danej porcji.
• Nie używać składników testu po upływie daty przydatności do użycia.
2
ZASADA DZIAŁANIA
Zestaw AmpliTest Streptococcus pneumoniae (Real Time PCR) zawiera startery
namnażające fragment genomu bakterii Streptococcus pneumoniae. Detekcja
obecności bakteryjnego DNA następuje dzięki specyficznej sondzie typu
TaqMan®, która przyłączając się do powstającego amplikonu (powielanego
fragmentu bakteryjnego DNA) ulega hydrolizie. Podczas hydrolizy z sondy jest
uwalniany barwnik fluorescencyjny FAM, który jest następnie wykrywany przez
układ optyczny aparatu do Real Time PCR. Odpowiednio dobrane sekwencje
starterów i sondy zapewniają wysoką specyficzność reakcji.
W celu zwiększenia wiarygodności wyników składnik RM w zestawie AmpliTest
Streptococcus pneumoniae (Real Time PCR) zawiera kontrolę wewnętrzną
(egzogenny fragment DNA) oraz układ starterów i sondy do jej namnożenia i
detekcji. Detekcja kontroli wewnętrznej odbywa się dzięki uwalnianiu przez
sondę barwnika fluorescencyjnego HEX. Obecność kontroli wewnętrznej pozwala
na monitorowanie prawidłowego przebiegu reakcji Real Time PCR. Amplifikacja
kontroli wewnętrznej nie wpływa na wydajność wykrywania sekwencji
specyficznej
dla
Streptococcus
pneumoniae.
Pozytywny
wynik
kontroli
wewnętrznej stanowi potwierdzenie prawidłowego przebiegu reakcji Real Time
PCR.
3
POTRZEBNY SPRZĘT I DODATKOWE MATERIAŁY
• Aparat do Real Time PCR:
LightCycler 480 (Roche)
LightCycler 96 (Roche)
LightCycler 2.0 (Roche)
RotorGene 3000/6000 (Qiagen)
Inne aparaty umożliwiające detekcję barwników fluorescencyjnych FAM i
HEX.
Zestaw AmpliTest Streptococcus pneumoniae (Real Time PCR) nie zawiera
barwnika normalizacyjnego ROX. W przypadku urządzeń wymagających takiej
normalizacji należy do mieszaniny reakcyjnej dodać barwnik ROX do
odpowiedniego stężenia. Barwnik ROX nie jest dołączony do zestawu.
• Probówki reakcyjne (probówki PCR, płytki PCR, kapilary w zależności od
posiadanego aparatu do Real Time PCR)
• Wirówka do probówek reakcyjnych
• Wirówka stołowa (mikrowirówka)
• Pipety automatyczne w zakresie 1-1000 µL
• Sterylne końcówki z filtrami do pipet automatycznych
• Zestaw do izolacji DNA
W zależności od użytego zestawu do izolacji DNA może być potrzeby
dodatkowy sprzęt i materiały.
IZOLACJA DNA
Z poszczególnych osobników pobrać fragmenty tkanek, a następnie wyizolować
DNA. Ilość potrzebnego materiału zależy od użytej metody izolacji DNA. Do
izolacji DNA zaleca się stosowanie zestawów opartych o złoża krzemionkowe
(tzw. zestawów kolumienkowych), gdyż zapewniają one uzyskanie próbek DNA
o odpowiedniej jakości pozbawionych inhibitorów reakcji PCR. W przypadku
innych metod izolacji preparat DNA może zawierać związki, które istotnie
zmniejszają wydajność reakcji PCR. Prowadzi to do obniżenia czułości testu,
a w skrajnych przypadkach do braku amplifikacji DNA. Próbki DNA należy
przechowywać w +4°C (krótki okres przechowywania) lub w -20°C (długi okres
przechowywania).
4
REAKCJA REAL TIME PCR
1. Określić liczbę próbek DNA poddawanych analizie (n).
2. Rozmrozić składniki testu. Po rozmrożeniu składników dokładnie wymieszać
zawartość probówek i krótko je zwirować. Składniki po rozmrożeniu
przechowywać w +4°C lub na lodzie. UNIKAĆ EKSPOZYCJI SKŁADNIKA RM
NA ŚWIATŁO.
3. Określić ilość DNA dodawanego do reakcji (x µL).
Optymalna ilość DNA w reakcji wynosi 100-200 ng. Ilość DNA dodawanego do
reakcji nie powinna przekroczyć 400 ng. Duże ilości DNA dodanego do reakcji PCR
hamują aktywność polimerazy DNA i obniżają czułość testu. Typowo 100-200 ng
DNA jest zawarte w 1-5 µL próbki DNA uzyskanej przy użyciu zestawu
kolumienkowego.
4. Dokładnie wymieszać ze sobą (n + 3) × 12 µL mieszaniny reakcyjnej RM oraz
(n + 3) × (8 - x) µL wody.
5. Do n + 2 probówek reakcyjnych (probówek PCR, kapilar, studzienek na płytce
itp.) nanieść po (20 – x) µL przygotowanej mieszaniny.
6. Do n probówek reakcyjnych dodać po x µL przygotowanych próbek DNA. Do
jednej z pozostałych dwóch próbówek reakcyjnych dodać kontrolę negatywną
NC, a do drugiej kontrolę pozytywną PC. UWAGA: Kontrolę pozytywną należy
dodać jako ostatnią.
7. Zamknąć probówki reakcyjne, a następnie krótko je zwirować.
8. Probówki reakcyjne umieścić w aparacie do Real Time PCR i wykonać reakcję
według następującego protokołu:
Denaturacja wstępna
Amplifikacja (45 cykli)
Schłodzenie aparatu
95°C 5 min
95°C 10 s
58°C 25 s*
30-40°C 30s (zależnie od typu aparatu)
*Na końcu tego etapu ustawić odczyt fluorescencji w kanałach dla FAM i HEX.
Kanał dla FAM służy do wykrywania sekwencji specyficznej dla bakterii
Streptococcus pneumoniae. Kanał dla HEX służy do wykrywania kontroli
wewnętrznej.
5
INTERPRETACJA WYNIKÓW
L.p. Rodzaj próbki
FAM
HEX
Wynik
1
Kontrola pozytywna
+
+
Prawidłowy
2
Kontrola negatywna
-
+
Prawidłowy
3
Oznaczenie 1
+
+
Dodatni
4
Oznaczenie 2
-
+
Ujemny
Brak odczytu w kanale dla HEX* oznacza, że reakcja Real Time PCR nie
przebiegła w sposób prawidłowy. Jednoczesny brak pozytywnego odczytu
fluorescencji w kanale dla HEX w przypadku kontroli pozytywnej i negatywnej
wskazuje na złą jakość Zestawu AmpliTest Streptococcus pneumoniae (Real Time
PCR)
(niewłaściwe
przechowywanie,
transport,
wygaśnięcie
terminu
przydatności do użycia itp.) Pozytywny odczyt fluorescencji w kanale dla HEX w
przypadku kontroli pozytywnej i negatywnej oraz brak pozytywnego odczytu w
kanale dla HEX w przypadku badanych próbek DNA oznacza ich złą jakość
(obecność związków hamujących reakcję PCR) lub zbyt dużą ilość DNA użytego
w reakcji. W tym przypadku należy do reakcji dodać mniejszą objętość próbki
DNA, jednocześnie dodając taką objętość wody, aby końcowa objętość reakcji
wynosiła 20 µL.
*Przy bardzo wysokim mianie bakterii może wystąpić brak odczytu w kanale HEX przy
jednoczesnym odczycie w kanale FAM. Zaleca się wtedy powtórzenie reakcji ze zmniejszoną
(10-100-krotnie) ilością DNA dodanego do reakcji.
UWAGI DODATKOWE
• Zastosowane sondy TaqMan® posiadają wygaszacze (Quenchers) typu BHQ
(Black
Hole
Quencher™),
które
nie
generują
dodatkowych
sygnałów
fluorescencyjnych. W aparatach, które tego wymagają (np. RotorGene 6000),
jako typ wygaszacza należy wybrać opcję „none”.
• Próbki DNA uzyskane z pojedynczych izolacji można ze sobą pulować
i wykorzystywać w pojedynczym oznaczeniu. W tym celu równe objętości
próbek DNA (np. 10 µL) przeznaczonych do pulowania należy ze sobą
dokładnie wymieszać i użyć jako matrycy w reakcji Real Time PCR. Należy
jednak pamiętać, że pulowanie próbek DNA zmniejsza możliwość uzyskania
6
pozytywnego wyniku w przypadku próbek zawierających niewielką ilość
bakterii.
• Nie stosować objętości reakcji mniejszych niż 20 µL. Zmniejszenie objętości
reakcji powoduje znaczące zmniejszenie czułości testu.
• Należy zachować szczególną ostrożność podczas izolacji DNA, a materiał
biologiczny uzyskany od chorych zwierząt traktować jako potencjalnie
zakażony.
• Izolację DNA oraz detekcję obecności bakterii Streptococcus pneumoniae
powinien wykonać odpowiednio przeszkolony personel w laboratorium
spełniającym odpowiednie wymogi i dopuszczonym do pracy z zakażonym
materiałem biologicznym. Należy zwrócić szczególną uwagę, aby podczas
izolacji DNA nie doszło do krzyżowego zanieczyszczenia próbek DNA
izolowanych równolegle.
• W celu maksymalnego wyeliminowania fałszywych wyników powinno się
przestrzegać następujących zasad:
- w miarę możliwości wyznaczyć osobne stanowiska do izolacji DNA,
przygotowania reakcji Real Time PCR oraz jej wykonania/analizy.
- pomiędzy etapami izolacji DNA, przygotowania reakcji Real Time PCR
należy dokonać zmiany odzieży laboratoryjnej (fartucha) oraz zmiany
rękawiczek jednorazowych.
- powierzchnię stanowisk do izolacji DNA i przygotowania reakcji Real Time
PCR należy przemywać środkami usuwającymi/niszczącymi DNA.
- do pipet automatycznych należy stosować wyłącznie sterylne końcówki
z filtrem.
- podczas przygotowywania reakcji Real Time PCR kontrolę pozytywną PC
należy dodać jako ostatnią. Przed jej dodaniem, w miarę możliwości, należy
zamknąć probówki z dodanymi próbkami DNA i kontrolą negatywną NC.
TaqMan® jest znakiem towarowym zastrzeżonym dla Applied Biosystems, Inc.
LightCycler® jest znakiem towarowym zastrzeżonym dla Roche Diagnostics GmbH.
Black Hole Quencher™ jest znakiem towarowym zastrzeżonym dla Biosearch Technologies, Inc.
7