SPIS TREŚCI - Instytut Genetyki Roślin

SPIS TREŚCI
Informacje ogólne ..................................................................................................................... 1
Samodzielni pracownicy naukowi .............................................................................................. 1
Rada Naukowa ............................................................................................................................ 2
Jednostki organizacyjne .............................................................................................................. 3
Struktura zatrudnienia ................................................................................................................. 3
Informacja finansowa ................................................................................................................. 4
Informacje o działalności i dorobku naukowym .................................................................... 5
Podsumowanie dorobku publikacyjnego .................................................................................... 5
Podsumowanie zleconych projektów badawczych ..................................................................... 5
Podsumowanie udziału w konferencjach naukowych ................................................................ 5
Podsumowanie współpracy z zagranicą ..................................................................................... 6
Konsorcja i sieci.......................................................................................................................... 6
Ochrona własności intelektualnej ............................................................................................... 8
Nagrody i wyróżnienia................................................................................................................ 8
Rozwój kadry naukowej ............................................................................................................. 9
Uczestnictwo w komitetach redakcyjnych czasopism naukowych .......................................... 11
Uczestnictwo z wyboru w działalności eksperckiej, stowarzyszeniach naukowych, itp. ......... 12
Działalność dydaktyczna, popularyzatorska i doradcza ........................................................... 13
Działalność wydawnicza........................................................................................................... 15
Informacje o działalności naukowej ...................................................................................... 16
Ważniejsze osiągnięcia ............................................................................................................. 16
Sprawozdanie z realizacji badań ........................................................................................... 17
Zakład Biologii Stresów Środowiskowych............................................................................... 17
Zakład Biometrii i Bioinformatyki........................ ................................................................... 25
Zakład Biotechnologii............................................................................................................... 30
Zakład Genetyki Patogenów i Odporności Roślin .................................................................... 38
Zakład Genomiki................................................................................................. ..................... 46
Współpraca krajowa............................................................................................................... 54
Współpraca z zagranicą ......................................................................................................... 60
Konferencje naukowe – organizacja i udział ....................................................................... 63
Spis publikacji ......................................................................................................................... 67
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
INFORMACJE OGÓLNE
INSTYTUT GENETYKI ROŚLIN PAN
dyrektor
z-ca dyrektora ds. naukowych
z-ca dyrektora ds. ogólnych
- prof. dr hab. Bogdan Wolko
- prof. dr hab. Piotr Kachlicki
- prof. dr hab. Zbigniew Zwierzykowski
e-mail: [email protected]
web: www.igr.poznan.pl
tel.: (61) 655 02 00
fax: (61) 655 03 01
SAMODZIELNI PRACOWNICY NAUKOWI
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
14.
15.
16.
17.
18.
19.
20.
21.
prof. dr hab. Tadeusz Adamski
prof. dr hab. Jerzy Chełkowski (1/4 etatu)
prof. dr hab. Stanisław Jeżowski
prof. dr hab. Małgorzata Jędryczka
prof. dr hab. Piotr Kachlicki
prof. dr hab. Zygmunt Kaczmarek (1/2 etatu)
prof. dr hab. Paweł Krajewski
prof. dr hab. Barbara Naganowska
prof. dr hab. Tadeusz Rorat
prof. dr hab. Wojciech Rybiński
prof. dr hab. Bolesław Salmanowicz
prof. dr hab. Maria Surma
prof. dr hab. Wojciech Święcicki, czł. koresp. PAN
prof. dr hab. Halina Wiśniewska
prof. dr hab. Bogdan Wolko
prof. dr hab. Zbigniew Zwierzykowski
dr hab. Andrzej Górny, prof. IGR PAN
dr hab. Arkadiusz Kosmala
dr hab. Jan Olejniczak, prof. IGR PAN
dr hab. Tomasz Pniewski
dr hab. Łukasz Stępień
1
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
RADA NAUKOWA
Członkowie PAN:
1.
czł. koresp. Ryszard Górecki
2.
czł. koresp. Andrzej Jerzmanowski
3.
czł. rzecz. Jerzy J. Lipa
4.
czł. koresp. Stefan Malepszy
5.
czł. rzecz. Marian Saniewski
6.
czł. koresp. Marek Świtoński
7.
czł. koresp. Erwin Wąsowicz
Samodzielni pracownicy naukowi zatrudnieni w IGR PAN:
8.
prof. dr hab. Tadeusz Adamski
9.
dr hab. Barbara Apolinarska, prof. IGR PAN
10.
prof. dr hab. Jerzy Chełkowski
11.
dr hab. Andrzej Górny, prof. IGR PAN
12.
prof. dr hab. Stanisław Jeżowski
13.
prof. dr hab. Małgorzata Jędryczka
14.
prof. dr hab. Piotr Kachlicki
15.
prof. dr hab. Zygmunt Kaczmarek
16.
prof. dr hab. Paweł Krajewski
17.
prof. dr hab. Barbara Naganowska
18.
dr hab. Jan Olejniczak, prof. IGR PAN
19.
prof. dr hab. Tadeusz Rorat
20.
prof. dr hab. Wojciech Rybiński
21.
prof. dr hab. Bolesław Salmanowicz
22.
prof. dr hab. Maria Surma
23.
prof. dr hab. Wojciech Święcicki, czł. koresp. PAN
24.
prof. dr hab. Halina Wiśniewska
25.
prof. dr hab. Bogdan Wolko
26.
prof. dr hab. Zbigniew Zwierzykowski
Pracownicy naukowi niezatrudnieni w Instytucie
27.
prof. dr hab. Andrzej Anioł
28.
prof. dr hab. Iwona Bartkowiak-Broda
29.
prof. dr hab. Tadeusz Caliński
30.
prof. dr hab. Franciszek Dubert
31.
prof. dr hab. Edward Gacek
32.
prof. dr hab. Daniela Gruszecka
33.
prof. dr hab. Jan Kaczmarek
34.
prof. dr hab. Tadeusz Łuczkiewicz
35.
prof. dr hab. Jolanta Małuszyńska
36.
prof. dr hab. Wiesław Prus–Głowacki
37.
prof. dr hab. Marcin Rapacz
38.
prof. dr hab. Stanisława Rogalska
39.
prof. dr hab. Jan Sadowski
40.
prof. dr hab. Zbigniew Weber
41.
prof. dr hab. Maciej Zenkteler
- IHAR w Radzikowie
- IHAR oddz. w Poznaniu
- UP w Poznaniu
- IFR PAN w Krakowie
- COBORU w Słupi Wielkiej
- UP w Lublinie
- UP we Wrocławiu
- UP w Poznaniu
- UŚ w Katowicach
- UAM w Poznaniu
- UR w Krakowie
- USz w Szczecinie
- UAM w Poznaniu
- UP w Poznaniu
- UAM w Poznaniu
Przedstawiciele asystentów i adiunktów IGR PAN:
42.
dr Agnieszka Kiełbowicz-Matuk
43.
dr hab. Tomasz Pniewski
44.
dr Aurelia Ślusarkiewicz-Jarzina
2
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
JEDNOSTKI ORGANIZACYJNE
1. Zakład Biologii Stresów Środowiskowych
kierownik: prof. dr hab. Tadeusz Rorat
2. Zakład Biometrii i Bioinformatyki
kierownik: prof. dr hab. Paweł Krajewski
3. Zakład Biotechnologii
kierownik: prof. dr hab. Tadeusz Adamski
4. Zakład Genetyki Patogenów i Odproności Roślin
kierownik: prof. dr hab. Małgorzata Jędryczka
5. Zakład Genomiki
kierownik: prof. dr hab. W.K. Święcicki, czł. koresp. PAN
6. Biblioteka
kierownik: mgr B. Sadowska
7. Dział Księgowości
główna księgowa: mgr B. Szymańska
8. Dział Administracyjny i Obsługi Technicznej
kierownik: A. Giełda
9. Dział Doświadczalnictwa Polowo-Szklarniowego
STRUKTURA ZATRUDNIENIA
(stan na 31 grudnia 2014 r.)
Grupy pracowników
Liczba osób
Samodzielni pracownicy naukowi
Adiunkci
Asystenci
Inżynieryjno-techniczni z
wyższym wykształceniem
Inżynieryjno-techniczni ze
średnim wykształceniem
Administracja
Biblioteka
Robotnicy + obsługa
Razem:
Liczba
etatów
W tym zatrudnionych
w projektach
Liczba
Liczba
osób
etatów
17
21
8
19
15,63
21,0
8,0
16,7
4
8
5
4,0
8,0
4,0
12
11,25
1
0,5
16
2
14
109
14,06
2,0
13,25
101,89
3
21
1,78
18,28
Osoby pobierające stypendia doktoranckie: 19
Liczba doktorantów: 21
3
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
UPRAWNIENIA
Instytut posiada uprawnienia do nadawania stopnia doktora i doktora habilitowanego nauk
rolniczych w dyscyplinie agronomia.
INFORMACJA FINANSOWA
(zł)
7 467 290
37 750
Przychody
Dotacja na działalność statutową
Dotacje na badania młodych naukowców
Dochody z innych źródeł
Projekty badawcze
264 234
Projekty zagraniczne
MniSW (projekty i dopłaty do projektów UE)
Projekty NCN i NCBiR
Projekt strukturalny POIG
Projekty finansowane przez MRiRW
Prace naukowo-wdrożeniowe finansowane przez inne podmioty
Razem projekty badawcze
3 073 800
137 772
2 602 397
1 199 824
3 372 524
83 939
10 470 256
Restrukturyzacja
49 500
Dotacja Funduszu Nauki i Technologii Polskiej na zakup aparatury
Przychody ogółem
3 825 024
22 114 055
Przychody z projektów w % dotacji na działalność statutową
140,2
Osobowy fundusz płac w działalności statutowej (zł)
4 687 770
- w % dotacji na działalność statutową
62,8
- w % przychodów ogółem
21,2
Koszty ogrzewania i energii elektrycznej (% dotacji na działalność statutową)
8,5
4
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
INFORMACJE O DZIAŁALNOŚCI INSTYTUTU I DOROBKU
NAUKOWYM
PUBLIKACJE
(Spis – strony 67-76)
Prace opublikowane w 2014 roku, w tym:
w czasopismach wyróżnionych przez Journal Citation Reports
w czasopismach recenzowanych wymienionych w wykazie Ministra NiSW
w innych czasopismach naukowych (w tym branżowych i pop. naukowych)
autorstwo rozdziału w monografii w j. angielskim
autorstwo rozdziału w monografii w j. polskim
Ogółem
doniesienia konferencyjne
38
8
13
7
2
68
186
PROJEKTY BADAWCZE
Finansowane przez:
 źródła zagraniczne
 Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego/NCN/NCBiR
 Ministerstwo Rozwoju Regionalnego – Program Operacyjny Innowacyjna
Gospodarka
 Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi
 Program Wieloletni („Polskie białko”)
 inne podmioty
UDZIAŁ W KONFERENCJACH NAUKOWYCH
(Szczegóły – strony 63-66)
Konferencje, warsztaty i seminaria zorganizowane przez Instytut:
krajowe – 10
Udział pracowników w konferencjach:
w 12 konferencjach krajowych uczestniczyło ogółem 85 osób
w 24 konferencjach międzynarodowych uczestniczyło ogółem 60 osób
5
7
18
1
12
1
6
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
WSPÓŁPRACA Z ZAGRANICĄ
(Szczegóły – strony 60-63)
Realizowano:
4 tematy w ramach umów międzynarodowych,
18 tematy w ramach współpracy bezumownej.
Przyjęto 6 gości zagranicznych, 16 pracowników IGR PAN wyjeżdżało na krótkoterminowe
pobyty zagraniczne, 2 osoby przebywały na stażu długoterminowym.
KONSORCJA I SIECI
Konsorcjum BIOTRIGEN
Konsorcjum zostało powołane w celu opracowania i wdrożenia modelu przyspieszania
hodowli pszenicy (Triticum aestivum L.) z wykorzystaniem metod biotechnologicznych.
W skład konsorcjum wchodzą: Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu, Danko, Hodowla
Roślin Sp. z o.o., Hodowla Roślin Rolniczych „Nasiona Kobierzyc” Sp. z o.o. oraz IGR PAN.
Konsorcjum EPITRAITS
Celem konsorcjum jest koordynacja i współpraca w zakresie wykonania projektu
„Epigenetic regulation of economically important plant traits”. Jednostki tworzące: University
of Amsterdam, PRI Wageningen, Max Planck Gesellschaft, INIA, Dusseldorf University,
Biomol, Nottingham University, INRA, Diagenode, KeyGene, Phytowelt, IGR PAN.
Konsorcjum FLOWPLAST
Celem konsorcjum jest koordynacja i współpraca w zakresie wykonania projektu
ERA-CAPS FLOWPLAST "Plasticity of flowering time in response to environmental signals
in Arabidopsis thaliana". Jednostki tworzące: Max Planck Institute for Developmental
Biology, Tübingen, Max Planck Institute for Plant Breeding Research, Cologne, Leeds
University, Wageningen University, IGR PAN.
Konsorcjum Genetyki i Genomiki Stosowanej POLAPGEN
Członkami konsorcjum POLAPGEN są: DANKO Hodowla Roślin sp. z o.o.,
Poznańska Hodowla Roślin sp. z o.o., Instytut Chemii Bioorganicznej PAN, Uniwersytet
Rolniczy w Krakowie, Instytut Fizjologii Roślin PAN, Uniwersytet Śląski, Uniwersytet im.
Adama Mickiewicza, Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu, Instytut Środowiska Rolniczego
i Leśnego PAN, Instytut Agrofizyki PAN, Instytut Uprawy Nawożenia i Gleboznawstwa PIB
oraz IGR PAN – koordynator konsorcjum. W ramach konsorcjum realizowany jest projekt
badawczy „Narzędzia biotechnologiczne służące do otrzymywania zbóż o zwiększonej
odporności na suszę”.
Konsorcjum GENSEK
Ogólnopolskie Konsorcjum Naukowo-Przemysłowe Genomiki i Biotechnologii Żyta
zostało powołane w celu inicjowania, koordynowania i prowadzenia badań nad żytem
w obszarach genomiki i biotechnologii. Konsorcjum tworzą: SGGW, IHAR-PIB, IUNG-PIB,
DANKO Hodowla Roślin sp. z o.o. oraz IGR PAN.
Konsorcjum „GrassMargins”
Konsorcjum GrassMargins “Enhancing biomass production from marginal lands with
perennial grasses” powstało w 2010 r. i tworzą je: Teagasc Carlow; The College of The Holly
7 Undivided Trinity of Queen Elizabeth, Dublin; Sveriges Lantbruksuniversitet, Uppsala;
Aarhus University, Aarhus; Tinplant Biotechnik und Pflanzenvermehrung Gmbh, Wanzleben
6
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
Boerde; Shanghai Institutes for Biological Sciences, Shanghai; The Establishment of The
Russian Academy of Sciences Institute of Cytology and Genetics, Novosibirsk; Knowledge
Now Limited, Sheffield; Dlf-Trifolium A/S, Roskilde; The University of Sheffield; The Circa
Group Europe Limited, Dublin; IGR PAN.
Konsorcjum PLANTOVAC
Konsorcjum zostało powołane w celu otrzymania szczepionki pochodzenia roślinnego
przeciwko wirusowemu zapaleniu wątroby typu B i ochrony własności intelektualnej.
Uczestnikami konsorcjum są: Instytut Biotechnologii i Antybiotyków (IBA) w Warszawie,
Medana S.A. Sieradz, Instytut Włókien Naturalnych i Roślin Zielarskich w Poznaniu,
Centrum Badań DNA w Poznaniu oraz IGR PAN.
Konsorcjum SEGENMAS
Konsorcjum zostało powołane w ramach Programu Badań Stosowanych:
„Sekwencjonowanie nowej generacji i mapowanie asocjacyjne jako metody generowania
markerów molekularnych cech użytkowych łubinu wąskolistnego”, nr wniosku 244227;
2014-2017. W skład konsorcjum wchodzą: UP w Poznaniu, UMCS w Lublinie, UR w
Krakowie, Instytut Fizjologii Roślin PAN w Krakowie, HR Smolice, Poznańską Hodowlę
Roślin oddział Wiatrowo oraz IGR PAN.
Konsorcjum SORMISOL
W skład konsorcjum wchodzą: Instytut Chemii Bioorganicznej PAN w Poznaniu,
Instytut Włókien Naturalnych i Roślin Zielarskich w Poznaniu, Uniwersytet Przyrodniczy
w Poznaniu, IGR PAN. Celem jest opracowanie innowacyjnej technologii produkcji
bioetanolu II generacji z biomasy sorgo (Sorghum sp.) i miskanta (Miscanthus sp.).
Konsorcjum SYSFLO
Konsorcjum SYSFLO tworzą: University of Leeds, Plant Research International,
Wageningen, MPG-MPIPB Köln, John Innes Centre, BIOBASE Gmbh, VIB Gent i IGR
PAN. Celem konsorcjum jest koordynacja i współpraca w zakresie wykonania projektu
„Training in systems biology applied to flowering”. Jednostki tworzące konsorcjum:
University of Leeds, PRI Wageningen, Universita degli Studi di Milano, Max Planck
Gesellschaft, John Innes Centre, Biobase GMBH, VIB, IGR PAN.
Konsorcjum transPLANT
Celem konsorcjum jest koordynacja i współpraca w zakresie wykonania projektu
„Trans-national infrastructure for plant genomic science”. Jednostkami tworzącymi
konsorcjum są: EMBL, Helmholtz Centre, Gregor Mendel Institute, IPK, INRA, Biogemma,
Barcelona Supercomputing Centre, KeyGene oraz IGR PAN.
Konsorcjum LEGATO
Konsorcjum LEGATO “LEGumes for the Agriculture of TOmorrow” (Consortium
Agreement no: 613551 LEGATO - umowa konsorcjum w ramach projektu FP7
KBBE.2013.1.2-02), w skład którego wchodzi 29 jednostek z 12 krajów Europy powstało w
celu promocji roślin strączkowych w Europie poprzez określenie głównych czynników
ograniczających ich uprawę oraz opracowanie rozwiązań dla wytwarzania nowych odmian,
praktyk rolniczych i zastosowań w żywieniu. Wynikiem LEGATO będzie dostarczenie
narzędzi i zasobów, które będą podstawą nowoczesnej metodyki hodowli oraz pełnego
wykorzystania dostępnych źródeł zmienności genetycznej.
7
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
Wielkopolskie Centrum Zaawansowanych Technologii
Konsorcjum Wielkopolskie Centrum Zaawansowanych Technologii (WCZT) w Poznaniu
zostało utworzone w 2006 r przez Uniwersytet im. Adama Mickiewicza, Uniwersytet
Przyrodniczy, Politechnikę Poznańską, Uniwersytet Medyczny im. K. Marcinkowskiego,
Uniwersytet Ekonomiczny, Instytut Chemii Bioorganicznej PAN, Instytut Fizyki
Molekularnej PAN, Instytut Genetyki Roślin PAN, Instytut Genetyki Człowieka PAN,
Instytut Włokien Naturalnych i Roślin Zielarskich, oraz Poznański Park NaukowoTechnologiczny Fundacji UAM. Koordynatorem Centrum jest prof. dr hab. Bogdan
Marciniec (UAM). Budowa WCZT, w tym budynku „A” (Biotechnologia), szklarni oraz
zwierzętarni, została ukończona. W 2013 r. prowadzono przetargi dotyczące zakupu aparatury
badawczej i wyposażenia laboratoriów. Projekt budowy i wyposażenia WCZT finansowany
jest z funduszy UE.
Sieć naukowa GENOMIS
Sieć GENOMIS, powołana w 2008 r., tworzą: Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu,
Uniwersytet Przyrodniczy we Wrocławiu, Politechnika Wrocławska, Uniwersytet
Wrocławski, Uniwersytet Śląski, Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego oraz IGR PAN.
Specjalnością sieci jest genetyka ilościowa i bioinformatyka.
NAGRODY I WYRÓŻNIENIA
prof. dr hab. W. Święcicki, Krzyż Oficerski Orderu Odrodzenia Polski nadany przez
Prezydenta RP postanowieniem z dnia 26 września 2014.
prof. dr hab. P. Krajewski, Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski nadany przez
Prezydenta RP postanowieniem z dnia 26 września 2014.
prof. dr hab. B. Wolko, Krzyż Kawalerski Orderu Odrodzenia Polski nadany przez
Prezydenta RP postanowieniem z dnia 26 września 2014.
prof. dr hab. St. Jeżowski, Złoty Krzyż Zasługi nadany przez Prezydenta RP postanowieniem
z dnia 3 września 2014.
prof. dr hab. M. Jędryczka, Złoty Krzyż Zasługi nadany przez Prezydenta RP postanowieniem
z dnia 3 września 2014.
prof. dr hab. B. Naganowska, Złoty Krzyż Zasługi nadany przez Prezydenta RP
postanowieniem z dnia 3 września 2014.
prof. dr hab. B.P. Salmanowicz, Złoty Krzyż Zasługi nadany przez Prezydenta RP
postanowieniem z dnia 3 września 2014.
prof. dr hab. H. Wiśniewska, Złoty Krzyż Zasługi nadany przez Prezydenta RP
postanowieniem z dnia 3 września 2014.
prof. dr hab. W. Rybiński, Srebrny Krzyż Zasługi nadany przez Prezydenta RP
postanowieniem z dnia 3 września 2014.
dr hab. A. Kosmala, Brązowy Krzyż Zasługi nadany przez Prezydenta RP postanowieniem z
dnia 3 września 2014.
dr hab. T. Pniewski, Brązowy Krzyż Zasługi nadany przez Prezydenta RP postanowieniem z
dnia 3 września 2014.
8
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
dr hab. Ł. Stępień, Brązowy Krzyż Zasługi nadany przez Prezydenta RP postanowieniem z
dnia 3 września 2014.
dr K. Susek, Stypendium Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego dla młodych wybitnych
naukowców.
mgr inż. A. Szczepaniak – nagroda w konkursie na „Debiut naukowy 2013”.
mgr P. Serbiak, mgr W. Irzykowski, dr J. Kaczmarek, prof. dr hab. M. Jędryczka, nagroda za
najlepszą prezentację plakatową, 11 EFPP Conference, 8-13 września 2014, Kraków.
mgr M. Urbaniak, dr hab. Ł. Stępień, nagroda za najlepszą prezentację plakatową, 11 EFPP
Conference, 8-13 września 2014, Kraków.
Nagrody Indywidualne Dyrektora IGR PAN za dorobek publikacyjny w roku 2014 uzyskali:
mgr J. Chojnicka, mgr M. Czyż, mgr S. Franaszek, mgr K. Górna (Wilman), prof. dr hab. M.
Jędryczka, dr J. Kaczmarek, dr G. Koczyk, dr hab. A. Kosmala, prof. dr hab. P. Krajewski,
mgr M. Majka, dr M. Langer, mgr D. Perlikowski, prof. dr hab T. Rorat, mgr S. Rychel, prof
dr hab. B. Salmanowicz, dr hab. Ł. Stępień, mgr A. Szczepaniak, prof. dr hab. H.
Wiśniewska, mgr K. Wyrwa.
ROZWÓJ KADRY NAUKOWEJ
Tytuł naukowy profesora
dr hab. Barbara Naganowska, prof. IGR PAN uzyskała tytuł profesora nauk rolniczych,
nadany decyzją Prezydenta RP z dnia 2 kwietnia 2014.
dr hab. Wojciech Rybiński, prof. IGR PAN uzyskał tytuł profesora nauk rolniczych,
nadany decyzją Prezydenta RP z dnia 3 kwietnia 2014.
dr hab. Piotr Kachlicki, prof. IGR PAN uzyskał tytuł profesora nauk rolniczych, nadany
decyzją Prezydenta RP z dnia 26 czerwca 2014.
dr hab. Halina Wiśniewska, prof. IGR PAN uzyskała tytuł profesora nauk rolniczych,
nadany decyzją Prezydenta RP z dnia 28 lipca 2014.
Stopień naukowy doktora habilitowanego
dr Łukasz Stępień uzyskał stopień naukowy doktora habilitowanego w dziedzinie nauk
rolniczych w dyscyplinie agronomia nadany przez Radę Naukową IGR PAN w dniu 26
lutego 2014.
Stopień naukowy doktora
mgr Agata Cieśla uzyskała stopień doktora nauk rolniczych nadany przez Radę Naukową
IGR PAN w dniu 30 września 2014 r. na podstawie pracy „Charakterystyka funkcjonalna
kompleksów białkowych fosfataz ABI1 i ABI2 u Arabidopsis thaliana”, wykonanej pod
kierunkiem prof. dr hab. Jana Sadowskiego.
Doktoranci
mgr Adam Augustyniak, opiekun naukowy: dr hab. A. Kosmala, od 1 listopada 2014 r.
mgr Aneta Basińska, opiekun naukowy: dr L. Błaszczyk, od 1 listopada 2014 r.
mgr Wojciech Bielski, opiekun naukowy: prof. dr hab. B. Naganowska, od 1 kwietnia 2014 r.
9
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
mgr Joanna Cerazy, opiekun naukowy: prof. dr hab. S. Jeżowski, od 1 listopada 2012 r.
mgr Joanna Chojnicka, opiekun naukowy: dr T. Książczyk, prof. dr hab. Z. Zwierzykowski,
od 1 października 2013 r.
mgr Jagoda Czarnecka, opiekun naukowy: prof. dr hab. T. Rorat, od 1 października 2012 r.
mgr Marcin Czyż, opiekun naukowy prof. dr hab. B. Wolko, od 1 października 2009 r.
mgr Mariusz Czyżniejewski, opiekun naukowy prof. dr hab. P. Kachlicki, od 1 października
2010 r.
mgr Sławomir Franaszek, opiekun naukowy prof. dr hab. B. Salmanowicz, od 1 września
2010 r.
mgr Maciej Majka, opiekun naukowy: prof. dr hab. H. Wiśniewska, od 1 października 2013 r.
mgr Karolina Malec, opiekun naukowy: dr hab. T. Pniewski, od 1 listopada 2012 r.
mgr Dawid Perlikowski opiekun naukowy: dr hab. A. Kosmala od 1 października 2011 r.
mgr inż. Marcin Pyrski, opiekun naukowy: dr hab. T. Pniewski, od 1 listopada 2013 r.
mgr Sandra Rychel, opiekun naukowy: prof. dr hab. B. Wolko, od 1 października 2011 r.
mgr Paweł Serbiak, opiekun naukowy: prof. dr hab. M. Jędryczka od 1 listopada 2012 r.
mgr Judyta Strakowska, opiekun naukowy prof. dr hab. J. Chełkowski, od 1 października
2010 r.
mgr inż. Anna Szczepaniak, opiekun naukowy: prof. dr hab. B. Naganowska, od 1
października 2010 r.
mgr M. Urbaniak, opiekun naukowy: dr hab. Ł. Stępień, od 1 października 2013 r.
mgr Katarzyna Wyrwa, opiekun naukowy: prof. dr hab. B. Naganowska, od 1 października
2009 r.
Magistranci
2 osoby z Uniwersytetu Przyrodniczego oraz 2 osoby z Uniwersytetu im. A. Mickiewicza
w Poznaniu wykonywało w IGR PAN prace doświadczalne w celu uzyskania stopnia
magistra, a także 1 osoba z Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu wykonywała prace
doświadczalne w celu uzyskania stopnia inżyniera, a pracownicy IGR PAN byli promotorami
lub opiekunami tych prac.
Praktykanci i stażyści
23 osoby będący studentami 9 uczelni, instytutów oraz uczniami liceów (Uniwersytet im.
A. Mickiewicza w Poznaniu, Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu, Politechnika Poznańska,
Uniwersytet Śląski w Katowicach, Uniwersytet im. Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie,
Państwowa Wyższa Szkoła Zawodowa w Sulechowie, Powiatowy Urząd Pracy w Kielcach,
IX Liceum Ogólnokształcące im. Karola Libelta w Poznaniu) odbywało 1-6 miesięczne staże
w Zakładach IGR PAN.
10
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
UCZESTNICTWO W KOMITETACH REDAKCYJNYCH
CZASOPISM NAUKOWYCH
Acta Agrobotanica – prof. dr hab. M. Jędryczka – członek komitetu redakcyjnego
Acta Societatis Botanicorum Poloniae – prof. dr hab. Z. Kaczmarek, prof. dr hab. B. Wolko –
członkowie komitetu redakcyjnego
Biodiversity Research and Conservation – prof. dr hab. Z. Kaczmarek – członek komitetu
redakcyjnego
Biohelikon – dr A. Kuczyńska – członek komitetu redakcyjnego
Biometrical Letters – dr A. Kuczyńska – członek komitetu redakcyjnego
Frontiers in Plant Proteomics – dr hab. A. Kosmala – członek komitetu redakcyjnego (Review
Editor)
Genetic Resources and Crop Evolution – prof. dr hab. W.K. Święcicki – członek komitetu
redakcyjnego
Journal of Applied Biotechnology – dr A. Kuczyńska – członek komitetu redakcyjnego
Journal of Applied Genetics – dr hab. A. Górny, prof. IGR PAN – redaktor działu „Plant
Genetics”, prof. dr hab. Z. Kaczmarek, prof. dr hab. P. Krajewski, prof. dr hab. M.
Surma – członkowie komitetu redakcyjnego
Journal of Genetic Study – dr hab. A. Górny, prof. IGR PAN – członek komitetu
redakcyjnego
Journal of Integrated OMICS – dr hab. A. Kosmala – członek komitetu redakcyjnego
Legume Perspectives – prof. dr hab. W.K. Święcicki – członek komitetu redakcyjnego
Polish Botanical Journal – prof. dr hab. Z. Kaczmarek – członek komitetu redakcyjnego
Polish Journal of Microbiology– prof. dr hab. M. Jędryczka – członek komitetu redakcyjnego
Rośliny Oleiste – prof. dr hab. M. Jędryczka – członek rady programowej
„Rozprawy i Monografie” Instytutu Genetyki Roślin PAN – prof. dr hab. T. Adamski, prof. dr
hab. P. Krajewski, prof. dr hab. B. Salmanowicz, prof. dr hab. Z. Zwierzykowski –
członkowie komitetu redakcyjnego
11
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
UCZESTNICTWO Z WYBORU W DZIAŁALNOŚCI EKSPERCKIEJ,
STOWARZYSZENIACH NAUKOWYCH, ITP.
dr L. Błaszczyk
przewodnicząca Komisji Rewizyjnej Oddziału Poznańskiego Polskiego Towarzystwa
Genetycznego w latach 2010-2013 oraz w latach 2013-2016,
mgr J. Czarnecka
członek Samorządu Doktorantów przy Środowiskowym Studium Doktoranckim
Instytutu Chemii Bioorganicznej PAN w latach 2013-2016,
prof. dr hab. M. Jędryczka
członek Zarządu Oddziału Poznańskiego Polskiego Towarzystwa Fitopatologicznego,
członek Zarządu Oddziału Poznańskiego Polskiego Towarzystwa Genetycznego w
latach 2013-2016,
sekretarz Zarzadu Głównego Polskiego Towarzystwa Genetycznego w latach 20132016,
Convenor of the Working Group on Integrated Control in Oilseed Crops, International
Organisation for Biological Control/West Palaearcitic Regional Section,
członek Rady Programowej ds. Studium Doktoranckiego na Wydziale Rolniczym
Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu
prof. dr hab. Piotr Kachlicki
członek Zarządu Polskiego Towarzystwa Spektrometrii Mas w latach 2014-2018
dr J. Kaczmarek
członek Komisji Rewizyjnej Poznańskiego Oddziału Polskiego Towarzystwa
Genetycznego w latach 2013-2016,
prof. dr hab. Z. Kaczmarek
członek Rady Naukowej Instytutu Fizjologii Roślin PAN w Krakowie,
dr A. Kiełbowicz-Matuk
członek Zarządu Oddziału Poznańskiego Polskiego Towarzystwa Genetycznego w
latach 2009-2013,
skarbnik Zarządu Oddziału Poznańskiego Polskiego Towarzystwa Genetycznego w
latach 2009-2013,
dr hab. A. Kosmala
sekretarz Zarządu Oddziału Poznańskiego Polskiego Towarzystwa Genetycznego w
latach 2013-2016,
prof. dr hab. P. Krajewski
członek Rady Konsorcjum Naukowo-Przemysłowego Genetyki i Genomiki Stosowanej
POLAPGEN,
dr T. Książczyk
skarbnik Zarządu Głównego Polskiego Towarzystwa Genetycznego w latach 20132016,
prof. dr hab. B. Naganowska
prezes Zarządu Polskiego Towarzystwa Genetycznego w latach 2013-2016,
członek Zarządu Poznańskiego Polskiego Towarzystwa Genetycznego w latach 20092013,
sekretarz Zarządu Głównego Polskiego Towarzystwa Łubinowego,
dr I. Pawłowicz
skarbnik Zarządu Oddziału Poznańskiego Polskiego Towarzystwa Genetycznego w
latach 2009-2013,
prof. dr hab. T. Rorat
członek panelu recenzentów NCBiR,
12
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
przewodniczący Oddziału Poznańskiego Polskiego Towarzystwa Genetycznego w
latach 2009-2013,
członek Komitetu Fizjologii, Genetyki i Hodowli Roślin Wydziału II PAN,
prof. dr hab. W. Rybiński
członek Zarządu Oddziału Poznańskiego Polskiego Towarzystwa Agrofizycznego,
dr hab. Ł. Stępień
członek Komisji Rewizyjnej Poznańskiego Oddziału Polskiego Towarzystwa
Genetycznego w latach 2013-2016
prof. dr hab. W.K. Święcicki
członek Korespondent Polskiej Akademii Nauk i Rady Kuratorów II Wydziału,
wiceprzewodniczący Rady Naukowej IŚRiL PAN w Poznaniu,
członek Rady Naukowej IFR PAN w Krakowie, OB PAN w Powsinie i IHAR w
Radzikowie,
członek prezydium Komitetu Fizjologii, Genetyki i Hodowli Roślin PAN
członek Rady Konsultacyjnej COBORU w Słupi Wielkiej,
członek Zarządu Pisum Genetics Association i Komitetu dla Genomu Pisum,
członek założyciel „Legume Society”,
przewodniczący Rady ds. Ochrony Zasobów Genowych Roślin Uprawnych,
prof. dr hab. B. Wolko
członek Komitetu Fizjologii, Genetyki i Hodowli Roślin PAN,
członek Rady Naukowej Międzynarodowego Towarzystwa Łubinowego
prof. dr hab. Z. Zwierzykowski
członek Zarządu Grupy Roboczej Festulolium w ramach Sekcji Roślin Pastewnych
i Traw Gazonowych EUCARPIA (Festulolium Working Group under the Fodder Crops
and Amenity Grasses Section of EUCARPIA),
członek Komitetu Koordynacyjnego Wielkopolskiego Centrum Zaawansowanych
Technologii,
członek Komisji Nagród Polskiego Towarzystwa Genetycznego w latach 2013-2016
DZIAŁALNOŚĆ DYDAKTYCZNA, POPULARYZATORSKA
I DORADCZA
„Noc Biologów” – ogólnopolskie warsztaty dla młodzieży gimnazjalnej i licealnej, Poznań,
10 stycznia 2014
Warsztaty dla studentów kierunku Biologia roślin użytkowych, Wydział Biologii, Uniwersytet
im Adama Mickiewicza, Poznań, 6 i 13 maja 2014
Warsztaty dla studentów kierunku Biologia roślin użytkowych, Wydział Biologii, Uniwersytet
im. Adama Mickiewicza, pole doświadczalne IGR PAN w Cerekwicy, 27 maja 2014
Zastosowanie spektrometrii mas w metabolomice roślin” – wykład w ramach przedmiotu
„Omika” dla studentów IV roku Wydziału Nauk o Żywności i Żywieniu, Uniwersytet
Przyrodniczy w Poznaniu 9 stycznia i 22 października 2014 (P. Kachlicki)
„Analizy roślinnych metabolitów wtórnych techniką HPLC-MS” – wykład i ćwiczenia dla
studentów Studium Podyplomowego „Analityka chemiczna” na Wydziale Chemii
Uniwersytetu im. A. Mickiewicza, Poznań, 12 stycznia i 13 grudnia 2014 (M. Czyżniejewski,
P. Kachlicki, A. Piasecka)
13
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
„Współczesne kierunki w żywieniu i ochronie roślin” – wykład i ćwiczenia dla studentów
kierunku: Ogrodnictwo, Specjalność: Ochrona Roślin Ogrodniczych, Uniwersytet
Przyrodniczy w Poznaniu, 13, 14 i 17 stycznia 2014 (M. Jędryczka, J. Kaczmarek)
„Technika HPLC-MS – podstawy i zastosowania w chemii związków naturalnych” – wykład
dla studentów IV roku Chemii na Wydziale Chemii Uniwersytetu im. A. Mickiewicza,
Poznań, 28 stycznia 2014 (P. Kachlicki)
„Współczesne trendy w ochronie roślin” – wykład i ćwiczenia dla studentów kierunku:
Ogrodnictwo, Specjalność: Ochrona Roślin Ogrodniczych, Uniwersytet Przyrodniczy w
Poznaniu, 3 marca 2014 (M. Jędryczka, J. Kaczmarek)
"Introduction to statistics" – wykład i ćwiczenia na warsztatach dla młodych naukowców i
doktorantów organizowanych przez projekt EpiTraits, Amsterdam University, 2-3 kwietnia
2014 (P. Krajewski)
„Związki fenolowe roślin” – wykład dla studentów III roku Biologii Molekularnej w ramach
przedmiotu Biochemia II wygłoszony na Wydziale Biologii Uniwersytetu im. A.
Mickiewicza, Poznań, 12 kwietnia 2014 (P. Kachlicki)
„Główne gatunki roślin strączkowych (Leguminosae) uprawiane w Polsce – groch i łubiny”
wykład dla studentów Uniwersytetu im. A. Mickiewicza w ramach przedmiotu Biologia roślin
użytkowych, Poznań, 6 maja 2014 i 13 maja 2014 (M. Gawłowska, K. Kamel, M. Kroc, K.
Kamel)
„Pathotypes of common osier willow rust (Melampsora larici-epitea L.) in Poland, Polskie
Towarzystwo Fitopatologiczne, 9 maja 2014 (X. Du, M. Jędryczka)
„Zastosowanie aerobiologii klasycznej i molekularnej w ochronie roślin” – Uniwersytet
Gdański, 12 maja 2014 (M. Jędryczka)
„On Standardization of Plant Phenotypic Data” – seminarium naukowe IPK, Gatersleben,
Niemcy, 14 maja 2014 (A. Kuczyńska)
„Struktura i funkcja genów awirulencji u grzybów” – wykład na spotkaniu naukowym
Lubelskiego Oddziału Polskiego Towarzystwa Fitopatologicznego i Polskiego Towarzystwa
Mikrobiologicznego, Lublin, 29 maja 2014 (M. Jędryczka)
Dni Pola DuPont Poland, Pawłowice k/Leszna, 6 czerwca 2014 (M. Jędryczka, J. Kaczmarek)
"On standardization of experimental information" – wykład i ćwiczenia na warsztatach dla
młodych naukowców i doktorantów organizowanych przez projekt EpiTraits, Amsterdam
University, 16-17 września 2014 (P. Krajewski)
AGRO SHOW – konsultacje praktyczne i dystrybucja materiałów dydaktycznych i
reklamowych systemu SPEC, Bednary k/Poznania, 19-22 września 2014 (M. Jędryczka, J.
Kaczmarek)
Ważne gospodarczo gatunki sprawców chorób grzybowych rzepaku. Biologia, rozpoznawanie
i zwalczanie. Ocena stopnia porażenia i progi ekonomicznej szkodliwości. Sygnalizacja i
prognozowanie występowania chorób grzybowych rzepaku. Ocena stopnia porażenia roślin
rzepaku przez choroby grzybowe i progi ekonomicznej szkodliwości wybranych sprawców –
szkolenie na studium podyplomowym z zakresu integrowanych metod ochrony roślin, 10
października 2014 (M. Jędryczka)
„Współczesne kierunki w żywieniu i ochronie roślin” – wykład i ćwiczenia dla studentów
kierunku: Ogrodnictwo, Specjalność: Ochrona Roślin Ogrodniczych, Uniwersytet
Przyrodniczy w Poznaniu, 24 i 26 listopada 2014 (M. Jędryczka, J. Kaczmarek)
14
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
Genetyka roślin (45 godzin), Biotechnologia roślin (30 godzin), Mikrorozmnażanie roślin (45
godzin) – wykłady i ćwiczenia w Państwowej Wyższej Szkole Zawodowej w Sulechowie (T.
Adamski)
„Mapy genetyczne i lokalizacja QTL związanych z kształtowaniem się cech plonotwórczych
u zbóż” (6 godzin) – wykłady i ćwiczenia w Państwowej Wyższej Szkole Zawodowej w
Sulechowie (A. Kuczyńska)
„Markery molekularne w hodowli roślin. Podstawy teoretyczne i praktyczne zastosowanie” (6
godzin) – wykłady i ćwiczenia w Państwowej Wyższej Szkole Zawodowej w Sulechowie (K.
Krystkowiak)
DZIAŁALNOŚĆ WYDAWNICZA
Journal of Applied Genetics – kwartalnik w języku angielskim, od 2006 roku na liście
czasopism wyróżnionych przez Journal Citation Reports. Od 2011 r. wydawcą jest
Springer Verlag. Aktualny IF = 1,902
15
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
INFORMACJE O DZIAŁALNOŚCI NAUKOWEJ
WAŻNIEJSZE OSIĄGNIĘCIA

W genomie jęczmienia wyróżniono kilkanaście regionów szczególnie bogatych w loci
cech ilościowych dla cech plonotwórczych, przy czym niemal połowa z nich została
zlokalizowana na chromosomie 2H wokół genu MLOC_60529 adnotowanego jako
gen kodujący enzym aktywujący ubikwitynę. Zastosowana analiza stabilności
badanych 3 populacji linii RIL jęczmienia jarego w powiązaniu z danymi dotyczącymi
fenomu i genomu umożliwiła wyselekcjonowanie linii łączących korzystne
cechy/allele form rodzicielskich, to jest wczesność odmian syryjskich z
półkarłowatością i dobrym plonowaniem wnoszonymi przez odm. Maresi. (M. Surma
z zespołem)

W wyniku analiz bioinformatycznych, molekularnych i cytogenetycznych
zidentyfikowano duplikacje genów Lupinus angustifolius, zaangażowanych w
wiązanie azotu atmosferycznego, syntezę kwasów tłuszczowych, syntezę
fenylopropanoidów oraz regulację kwitnienia. Obserwacja ta potwierdza hipotezę o
paleopoliploidalnym pochodzeniu łubinów. Z kolei mapowanie porównawcze
regionów bogatych w geny, występujących u łubinu w jednej kopii, dostarczyło
dowodów na zajście duplikacji dużych fragmentów genomu w toku ewolucji pięciu
referencyjnych gatunków z rodziny Fabaceae. Regiony te wykazują wysoki stopień
syntenii międzyrodzajowej, wyrażonej w postaci zachowanej kolejności i orientacji
genów. (B. Naganowska z zespołem) [Książkiewicz M., i in. (2014)].

Opracowano, zarejestrowano i upubliczniono rekomendacje na temat opisu i
formatowania danych fenotypowych wykorzystujące zasadę minimalnej informacji i
system ISA-TAB. (http://cropnet.pl/phenotypes/). Stworzono zasób informacyjny o
charakterze „mapy drogowej” pokazujący pochodzenie i źródła zmienności
(duplikacja, specjacja, transfer horyzontalny) grzybowych nieredukujących syntaz
poliketydów (http://cropnet.pl/metasites/sekmet/nrpks_2014). (G. Koczyk z zespołem)

Dla nowego w Polsce patogena jęczmienia Ramularia collo-cygni przeprowadzono
analizę filogenomiczną nieredukujących syntaz poliketydowych i zaproponowano
możliwą przynależność genu głównego biosyntezy rubelin do monofiletycznego kladu
związanego z cyklizacją typu C6-C11 w biosyntezie poliketydów aromatycznych.
Metodą Real Time PCR wykryto DNA pochodzący z zarodników tego patogena,
obecnych w próbach powietrza zebranego z ośmiu lokalizacji w Polsce i stwierdzono
czasowe i przestrzenne zróżnicowanie terminów pierwszej i maksymalnej detekcji oraz
sumy stężeń DNA. (M. Jędryczka z zespołem)
16
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
SPRAWOZDANIE Z REALIZACJI BADAŃ
ZAKŁAD BIOLOGII STRESÓW ŚRODOWISKOWYCH
Kierownictwo Zakładu
Zespół Cytogenetyki i Fizjologii
Molekularnej Traw
Zespół Sygnalizacji Stresowej
Zespół Regulacji Ekspresji Genów
Zespół Genetyki Odżywiania się Roślin
i Fizjologii Plonu
Liczba publikacji ogółem
w tym
z „listy A MNiSW”
w innych czasopismach
monografii i rozdziałów
Liczba projektów Zakładu ogółem
w tym
Unii Europejskiej
NCN/NCBiR/POIG
MRiRW
inne
prof. dr hab. T. Rorat – kierownik
dr hab. A. Kosmala – zastępca kierownika
dr hab. A. Kosmala
prof. dr hab. Z. Zwierzykowski
dr T. Książczyk
dr I. Pawłowicz
mgr inż. W. Zwierzykowski
mgr J. Chojnicka (doktorantka)
mgr D. Perlikowski (doktorant)
dr D. Babula-Skowrońska
dr O. Fedorowicz-Strońska
dr M. Kaczmarek
mgr A. Augustyniak (od 1.02.2014 r.)
dr A. Kiełbowicz-Matuk
prof. dr hab. T. Rorat
mgr inż. M. Biegańska
mgr inż. J. Czarnecka (doktorantka)
dr hab. A. Górny, prof. IGR PAN
mgr. M. Tomaszewska (od 1.07.2014 r.
mgr. D. Ratajczak (od 1.10.2014 r.)
M. Dziubałka (do 30.09.2014 r.)
K. Beczek (do 30.06.2014 r.)
9
5
1
3
4
3
1
-
Zespół Regulacji Ekspresji Genów
Jednym z głównych kierunków badań prowadzonych obecnie w Zespole są prace związane z
poznaniem biologicznej funkcji białka SsBBX24, zawierającego palce cynkowe typu B-box,
w procesach regulowanych przez zegar biologiczny, jak również mechanizmów regulacji
ekspresji genu SsBBX24 w cyklu okołodobowym w rozwoju oraz w warunkach stresowych u
gatunków Solanum. Prace te mają charakter wieloletni i są realizowane w ramach zadania
statutowego.
17
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
Pierwszym celem jest poznanie funkcji białka SsBBX24 w rozwoju oraz w warunkach
stresowych. Zostanie on zrealizowany poprzez: (i) identyfikację białek oddziałujących z
SsBBX24 w fazie świetlnej i ciemnej cyklu okołodobowego, jak również poprzez (ii) analizę
roślin transgenicznych S. tuberosum, odm. Desiree z wyłączoną ekspresją genu SsBBX24. W
badaniach nad zidentyfikowaniem potencjalnych partnerów białkowych, z którymi białko
SsBBX24 wchodzi w interakcje w warunkach normalnych oraz stresowych, została
zastosowana ekspresja przejściowa białek fuzyjnych SsBBX24-GFP w liściach Nicotiana
benthamiana metodą agroinfiltracji. Liście N. benthamiana, u których zaszła ekspresja białka
fuzyjnego, zostały użyte do przygotowania ekstraktów białek cytozolowych i jądrowych,
które następnie zostały wykorzystane do identyfikacji białka SsBBX24 w kompleksie z jego
potencjalnymi partnerami białkowymi metodą koimmunoprecypitacji. W chwili obecnej trwa
identyfikacja białek oddziałujących z SsBBX24 przy zastosowaniu spektrometrii mas w
sprzężeniu z chromatografią cieczową. Badania dotyczące szczegółowej analizy roślin
transgenicznych S. tuberosum, odm. Desiree z wyłączoną ekspresją genu SsBBX24 zostaną
przeprowadzone w oparciu o porównanie cech anatomicznych, morfologicznych i
fizjologicznych transformantów i roślin typu dzikiego w warunkach normalnego wzrostu oraz
pod wpływem działania różnych czynników stresowych. W dalszej kolejności planuje się
wykonać analizę transkryptomu uzyskanych roślin transgenicznych, celem wyodrębnienia
genów, których ekspresja jest zależna od genu SsBBX24. W roku sprawozdawczym została
przeprowadzona molekularna charakterystyka różnych linii ziemniaka z wyłączoną ekspresją
genu SsBBX24 pod względem wydajności wyciszenia ekspresji genu SsBBX24 na poziomie
transkryptu metodą qRT-PCR i kodowanego białka metodą Western blot przy użyciu
specyficznego przeciwciała skierowanego na białko SsBBX24.
Drugim celem jest poznanie mechanizmów okołodobowej regulacji ekspresji genu
SsBBX24. Zostanie on zrealizowany w oparciu o analizę funkcji czynnika transkrypcyjnego
StZPR1 należącego do rodziny palca cynkowego typu C4 w regulacji ekspresji genów
zależnych od cyklu okołodobowego podczas rozwoju i w warunkach stresowych. Gen StZPR1
został wyizolowany w naszym Zespole z uprawnego gatunku S. tuberosum za pomocą
drożdżowego systemu jednohybrydowego, ponieważ jego produkt białkowy wiązał się do
rejonu promotorowego genu SsBBX24, którego ekspresja jest zależna od fazy świetlnej cyklu
okołodobowego. Dla potwierdzenia oddziaływania białka StZPR1 z sekwencją cisregulatorową związaną z okołodobową regulacją ekspresji genu SsBBX24 w warunkach in
vitro została zastosowana technika EMSA (test przesunięcia ruchliwości elektroforetycznej).
Analiza zmian profilu ekspresji genu StZPR1 na poziomie transkryptu w cyklu
okołodobowym technikami RT-PCR i qRT-PCR podczas wzrostu i rozwoju oraz w
warunkach stresowych prowadzących do dehydratacji komórek u gatunków Solanum nie
wykazała istotnych zmian w poziomie akumulacji mRNA genu StZPR1. W chwili obecnej
trwają badania nad określeniem biologicznej funkcji czynnika StZPR1 w rozwoju oraz w
warunkach stresowych u gatunków Solanum. W tym celu zamierzamy zidentyfikować białka
oddziałujące z białkiem StZPR1, jak również przeprowadzić analizę roślin transgenicznych S.
tuberosum, odm. Desiree z wyłączoną ekspresją genu StZPR1. W celu wyłączenia ekspresji
genu StZPR1 została przeprowadzona transformacja S. tuberosum, odm. Desiree konstruktami
zawierającymi prekursorowe amiRNA.
Drugi z kierunków badań prowadzonych w Zespole koncentruje się na pracach
związanych z poznaniem molekularnych mechanizmów adaptacji jęczmienia do warunków
suszy. Prace te są realizowane w ramach projektu POLAPGEN-BD. W roku 2014
przeprowadzono analizę ekspresji genu HvZIP1, kodującego czynnik transkrypcyjny typu
bZIP i genu HvHsdr4 na poziomie transkryptu i kodowanego białka w warunkach deficytu
wodnego u form jęczmienia różniących się odpornością na suszę. Badania wykazały silną
18
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
akumulację transkryptu i białka w przypadku obu analizowanych genów w warunkach
deficytu wody w porównaniu do roślin kontrolnych. Najwyższy poziom akumulacji
transkryptu i białka odnotowano przy SWC (ang. soil water content) wynoszącym 10%.
Ponadto, celem określenia funkcji białka HvHsdr4 przeprowadzono analizę oddziaływania
rekombinowanego białka HvHsdr4 z różnymi jednostkami tłuszczowym.
Lista publikacji Zespołu wydanych w 2014 r.
De Mezer M., Turska-Taraska A., Kaczmarek Z., Glowacka K., Swarcewicz B., Rorat T.
(2014). Differential physiological and molecular response of barley genotypes to water
deficit. Plant Physiology and Biochemistry 80: 234-248.
Kiełbowicz-Matuk A., Czarnecka J. (2014). Interplays of plant circadian clock and abiotic
stress response networks. W: P. Ahmad and S. Rasool (eds) Emerging Technologies and
Management of Crop Stress Tolerance, Biological Techniques, 1: 487-506. Elsevier
Press, San Diego, London, Waltham, ISBN 978-0-12-800876-8.
Kiełbowicz-Matuk A., Rey P., Rorat T. (2014). Interplay between circadian rhythm, day time
and osmotic stress constraints in the regulation of the expression of a Solanum Double
B-box gene. Annals of Botany 113: 831-842.
Rorat T., Turska-Taraska A., Kiełbowicz-Matuk A., De Mezer M. (2014). The application of
functional genomics to identify genes associated with adaptation of barley plants to
water deficit. W: M. Surma and P. Krajewski (eds) Methodology of system approach to
study drought tolerance in barley, 141-150. Rozprawy i Monografie Instytutu Genetyki
Roślin PAN w Poznaniu, nr 19. ISBN 978-83-64246-24-1.
Szabała B., Fudali S., Rorat T. (2014). Accumulation of acidic SK3 dehydrins in phloem cells
of cold- and drought-stressed plants of Solanaceae. Planta 239: 847-863.
Lista projektów badawczych Zespołu
Ministerstwo Rozwoju Regionalnego Program Operacyjny Innowacyjna Gospodarka (POIG)
Narzędzia biotechnologiczne służące do otrzymywania zbóż o zwiększonej odporności na
suszę (POLAPGEN-BD), nr UDA-POIG.01.03.01-00-101/08, 1 stycznia 2010 - 31 grudnia
2014, Zadanie 21. Identyfikacja czynników transkrypcyjnych regulujących procesy
prowadzące do adaptacji jęczmienia do warunków suszy, T. Rorat, M. Biegańska, A.
Kiełbowicz-Matuk
Zespół Genetyki Odżywiania się Roślin i Fizjologii Plonu
Zaburzenia w dostępności wody i składników pokarmowych na przeważających w kraju
lekkich glebach istotnie ograniczają poziom i stabilność plonowania zbóż i roślin
strączkowych. Celem badań Zespołu nad pszenicą i grochem jest poszerzanie wiedzy o
zakresie zmienności genetycznej i podłożu genetycznym tych cech morfologicznofizjologicznych, które decydują o efektywności wykorzystania zasobów glebowych i
poziomie adaptacji do sub-optymalnych warunków środowiska.
Dzika pszenica (Triticum dicoccoides) jest potencjalnym donorem atrakcyjnych cech
(jakość i odporność na choroby), ale niewiele wiadomo o jej sprawności fizjologicznej i
reakcjach na stresy abiotyczne. W czynnikowych doświadczeniach kontynuowano,
zapoczątkowane w 2013 r., badania polowe nad zestawem disomicznych linii substytucyjnych
19
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
pszenicy twardej z podstawionymi chromosomami genomu A i B z T. dicoccoides. Celem
badań prowadzonych przy zmiennym poziomie nawożenia była identyfikacja chromosomów
(dic), w których mogą być położone geny związane z tolerancją stresu oraz efektywnością
wykorzystania składników pokarmowych w formowaniu masy plonu. Wyniki wskazują, że
fizjologiczne komponenty efektywności i adaptacja do obniżonego nawożenia są cechami
słabo skorelowanymi, kontrolowanymi w dużej mierze przez odrębne czynniki genetyczne,
rozlokowane na różnych chromosomach z genomów A i B. Stwierdzono, że czynniki
genetyczne zlokalizowane w dic-chromosomach 3-, 4-, 5-, 6- i 7-ej grupy homeologicznej
szczególnie pozytywnie wpływają na efektywność azotową i dystrybucję N do ziarna. Geny z
chromosomów dic 3A, 6A i 6B zwiększają zawartość białka w ziarnie, a te z chromosomów
4A, 4B i 5B – zwiększają poziom plonowania. Czynniki genetyczne z dic-chromosomów 1B,
3B, 5A i 7A wyraźnie poprawiają zdolności adaptacyjne roślin do obniżonego nawożenia.
Uzyskane dane potwierdzają możliwość wykorzystania czynników genetycznych z dzikiej T.
dicoccoides do doskonalenia pszenic uprawnych.
Kontynuowano również cykl czynnikowych doświadczeń wazonowo-polowych nad
krajową kolekcją pastewnych i jadalnych odmian grochu siewnego. Celem tych, jeszcze nie
zakończonych badań (trwają analizy chemiczne materiałów roślinnych), jest identyfikacja
fizjologicznie sprawnych/efektywnych form grochu o zwiększonej odporności na suszę i
lepiej przystosowanych do gorszych warunków siedliska uprawowego. Zidentyfikowano
pastewne i ogólnoużytkowe formy grochu, które wyróżniają się efektywnością wykorzystania
wody i składników pokarmowych, budową korzeni, aktywnością fotosyntetyczną liści,
wykorzystaniem energii fotosyntetycznie czynnej oraz/lub lepiej znoszą warunki stresowe.
Część z nich skrzyżowano ze sobą, a pozyskane populacje mieszańcowe są wsobnie
rozmnażane i będą stanowiły materiał do przyszłych badań nad lokalizacją loci
kontrolujących te cechy. Niektóre ze wspomnianych form mogą być źródłem atrakcyjnych
cech dla praktyki hodowlanej.
Pracownicy Zespołu uczestniczyli także w realizacji kilku doświadczeń wchodzących
w zakres aktywności badawczej Zakładu Genomiki (np. MRiRW nr 40; Cornet 15. ProLegu).
Głównym celem tych prac nad roślinami strączkowymi jest identyfikacja regionów
genomowych związanych z ich sprawnością fizjologiczną, cechami jakościowymi,
efektywnością w gospodarce azotowej i reakcją na stres.
Lista publikacji Zespołu wydanych w 2014 r.
Wnuk A., Górny A.G., Bocianowski J., Kozak M. (2013). Visualizing harvest index in crops.
Communications in Biometry and Crop Science 8: 48-59 (ukazała się w 2014 r.).
Zespół Cytogenetyki i Fizjologii Molekularnej Traw
Główne kierunki badań Zespołu są związane z poznaniem molekularnych podstaw tolerancji
stresów abiotycznych u traw pastewnych kompleksu Lolium-Festuca. Prace prowadzone są w
dwóch obszarach – pierwszym, mającym na celu poznanie reakcji traw na stres niskiej
temperatury i drugim, związanym z poznaniem ich reakcji na stres deficytu wody. L.
multiflorum Lam. (życica wielokwiatowa) to gatunek trawy o wysokiej jakości paszowej, lecz
niskiej tolerancji stresów abiotycznych i biotycznych. Z kolei F. pratensis Huds. (kostrzewa
łąkowa) i F. arundinacea Schreb. (kostrzewa trzcinowa) – charakteryzują się wysokim
stopniem odporności na patogeny oraz tolerancji mrozu, suszy i wysokiego zasolenia. Formy
allopoliploidalne i introgresywne traw kompleksu Lolium-Festuca są unikalnym materiałem
roślinnym do prowadzenia badań nad mechanizmami tolerancji suszy i niskiej temperatury u
20
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
traw. Stanowią one także interesujący materiał do badań cytogenetycznych związanych m.in.
z organizacją i ewolucją chromosomów roślinnych oraz mapowaniem segmentów
chromosomowych z genami dla pożądanych cech użytkowych.
Badania realizowane w latach wcześniejszych wykazały odmienną dynamikę
hartowania na mróz pomiędzy F. pratensis i L. perenne oraz różnice w profilach akumulacji
białek w trakcie hartowania u form różniących się poziomem mrozoodporności u obu
gatunków. Dla dwóch białek wykazano zróżnicowany poziom akumulacji zarówno u F.
pratensis, jak i u L. perenne. Były to kinaza fosfoglicerynianowa i β-aktywaza RuBisCo.
Enzymy te są zaangażowane w cykl Calvina i proces asymilacji CO 2 w trakcie fotosyntezy.
Badania nad tolerancją niskiej temperatury obejmują: (i) analizę akumulacji białek w trakcie
hartowania na mróz form introgresywnych L. perenne z genami F. pratensis o
zróżnicowanym poziomie tolerancji mrozu oraz (ii) analizę ekspresji genu chloroplastowej
kinazy fosfoglicerynianowej w trakcie hartowania na mróz form F. pratensis i L. perenne o
zróżnicowanym poziomie tolerancji mrozu. Dotychczas, w wyniku realizacji założonych prac
uzyskano 550 profili akumulacji białek. Osiemnaście białek pokazało statystycznie istotne
różnice w poziomie akumulacji pomiędzy badanymi formami. Pośród białek o wyższym
poziomie akumulacji w warunkach hartowania na mróz u formy o wyższym poziomie
tolerancji mrozu były m.in. enzymy cyklu Calvina, w tym chloroplastowa aldolaza fruktozo1,6-bisfosforanu i chloroplastowa kinaza fosfoglicerynianowa. Inny aspekt badań związany z
tolerancją niskiej temperatury u F. pratensis realizowany jest w ramach projektu MNiSW.
Formy tego gatunku o zróżnicowanym poziomie mrozoodporności analizowane są pod kątem
ekspresji wybranych genów akwaporyn w liściach, na poziomie transkryptu i kodowanego
białka, w warunkach hartowania na mróz. W badaniach uwzględniono dwa geny akwaporyn
błony komórkowej (PIP1;2 i PIP1;8) i dwa geny akwaporyn tonoplastowych (TIP1;1 i
TIP2;1).
Tematyka badawcza w zakresie tolerancji stresu deficytu wodnego u traw jest
realizowana w oparciu o formy F. arundinacea i formy introgresywne L. multiflorum/F.
arundinacea zróżnicowane pod kątem tolerancji deficytu wody. Badania uwzględniają: (i)
analizę ekspresji genu chloroplastowej aldolazy fruktozo-1,6-bisfosforanu na poziomie
transkryptu i białka oraz analizę aktywności enzymu w warunkach suszy, w odniesieniu do
intensywności fotosyntezy obserwowanej u badanych roślin w trakcie stresu, (ii) analizę
ilościową i jakościową fosfolipidów błonowych w kontekście zróżnicowanej zdolności do
regeneracji błony komórkowej u roślin o różnym stopniu tolerancji stresu suszy oraz (iii)
analizę ekspresji wybranych genów akwaporyn w liściach, na poziomie transkryptu i
kodowanego białka, w warunkach suszy. W badaniach uwzględniono dwa geny akwaporyn
błony komórkowej (PIP1;2 i PIP1;8) i dwa geny akwaporyn tonoplastowych (TIP1;1 i
TIP2;1).
Badania cytogenetyczne prowadzone w Zespole dotyczą m.in. (i) identyfikacji i
organizacji rejonów chromosomowych z genami tolerancji suszy i mrozu oraz (ii) weryfikacji
hipotezy, która zakłada dynamiczne przemiany chromosomów genomów rodzicielskich
Festuca i Lolium oraz ich progresywną zmienność w kolejnych pokoleniach
allotetraploidalnego mieszańca F. pratensis (4x) × L. perenne (4x) oraz poznania
mechanizmu związanego z powstawaniem i przebiegiem zmienności chromosomów
gatunków rodzicielskich u mieszańców F. pratensis (4x) × L. perenne (4x) i L. perenne (4x) ×
F. pratensis (4x).
21
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
Lista publikacji Zespołu wydanych w 2014 r.
Perlikowski D., Kosmala A., Rapacz M., Kościelniak J., Pawłowicz I., Zwierzykowski Z.
(2014). Influence of short-term drought conditions and subsequent re-watering on the
physiology and proteome of Lolium multiflorum/Festuca arundinacea introgression
forms with contrasting levels of tolerance to long-term drought. Plant Biology 16: 385394.
Perlikowski D., Pawłowicz. I., Zwierzykowski Z., Zwierzykowski W., Paszkowski E.,
Kosmala A. (2014). Drought tolerance of the Lolium multiflorum-Festuca arundinacea
introgression forms. In: A. Hopkins et al. (eds) Grassland Science in Europe, 19: 151153. Gomer Press Ltd., Llandysul, Ceredigion, Wales, ISBN 978-0-9926940-1-2.
Perlikowski D., Wiśniewska H., Góral T., Kwiatek M., Majka M., Kosmala A. (2014).
Identification of kernel proteins associated with the resistance to Fusarium head blight
in winter wheat (Triticum aestivum L.). Plos One 9 (10): e110822.
doi:10.1371/journal.pone.0110822.
Lista projektów badawczych Zespołu
MNiSW
Analiza zmian w ekspresji genów akwaporyn pod wpływem stresu dehydratacyjnego
u wybranych gatunków z rodzaju Festuca, nr N N303 807640, 13 maja 2011 – 12 maja 2014,
I. Pawłowicz, A. Kosmala
MRiRW
Identyfikacja genów związanych z ekspresją zimotrwałości i tolerancji suszy u form
introgresywnych Lolium multiflorum/Festuca arundinacea”, nr HOR hn-801-8/14, poz. 35, 1
stycznia 2014 – 31 grudnia 2014, A. Kosmala, D. Perlikowski, I. Pawłowicz, W.
Zwierzykowski, Z. Zwierzykowski, A. Płażek (UR w Krakowie)
Zespół Sygnalizacji Stresowej
Głównym kierunkiem badań jest poznanie procesów zachodzących podczas adaptacji roślin
do stresów środowiskowych. Zespół prowadzi prace w dwóch grupach tematycznych: (i)
poznanie plastyczności odpowiedzi gatunków z rodzaju Brassica na warunki stresowe oraz
(ii) analiza ekspresji wybranych jęczmiennych genów z rodziny kinaz białkowych zależnych
od wapnia w warunkach stresowych.
Głównym celem pierwszego kierunku jest poznanie plastyczności odpowiedzi roślin
na warunki stresowe wynikającej z obecności większej liczby homologów genowych
(będących paralogami – zduplikowanymi kopiami genu powstałymi na drodze
całogenomowej duplikacji) u gatunków z rodzaju Brassica. Zakłada się, że paralogi danego
genu charakteryzują się zmodyfikowanymi funkcjami (subfunkcjonalizacja) wynikającymi
z różnic we wzorach ekspresji, w sekwencjach oraz strukturze białek i tworzą znacznie
bardziej rozbudowaną sieć odpowiedzi na czynniki stresowe. W badaniach skoncentrowano
się na poznaniu odpowiedzi roślin na różne stresy ze szczególnym uwzględnieniem
sygnalizacji kwasu abscysynowego (ABA) i roli fosfataz białkowych 2C. Fosfatazy białkowe
są negatywnym regulatorem sygnalizacji ABA, regulującym wiele ścieżek przekazywania
sygnału przez defosforylację białek. W badaniach wykazaliśmy, że fosfatazy białkowe PP2C
22
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
występują w większej liczbie kopii u gatunków z rodzaju Brassica. W amfidiploidalnym
genomie rzepaku (Brassica napus var. oleifera L.) zidentyfikowano i scharakteryzowano 6
homologów genu ABI1 (ABA Intensitive 1). Aby poznać funkcję genów ABI1 w regulacji
odpowiedzi na stres suszy, wyprowadzono linie transgeniczne rzepaku z nadekspresją AtABI1.
Następnie przeprowadzono szczegółową analizę profilu ekspresji 6 genów kodujących
BnaABI1 w oparciu o metodę qPCR. Uzyskane wyniki wskazują na złożony wzór ekspresji na
poziomie transkrypcji po traktowaniu roślin egzogennym ABA i w warunkach stresu suszy.
Wyniki te potwierdzono poprzez analizę aktywności promotorów dla 2 paralogów
genu BnaABI1, wykazujących największe różnice ekspresji na poziomie transkrypcji.
Potwierdzono zróżnicowany wzór indukcji obu homologów genu BnaABI1 w warunkach
stresu suszy w ścieżce sygnalizacyjnej zależnej od ABA. Obecnie poszukiwane są kolejne
elementy sygnalizacji poprzez analizę ekspresji dwóch wcześniej wybranych fosfataz
białkowych BnaABI1 i oddziałujących z nimi białek w różnych warunkach stresowych. W
tym celu przeprowadzono ekspresję przejściową dwóch wariantów białka BnaABI1
zaopatrzonych w znacznik Strep w protoplastach uzyskanych z dojrzałych liści rzepaku.
Wykonane dotychczas eksperymenty wskazują na różnice w składowych elementach
kompleksów obu fosfataz w warunkach normalnych i po traktowaniu ABA. Uzyskane wyniki
badań pozwoliły po raz pierwszy zademonstrować rolę zduplikowanych wariantów fosfatazy
białkowej ABI1 w plastyczności i dynamice indukcji sygnalizacji ABA oraz w warunkach
stresu suszy u rzepaku. Identyfikacja elementów składowych kompleksów powinna w
przyszłości pozwolić na pełniejsze zrozumienie mechanizmu zmian fosforylacji/defosforylacji
białek komórkowych podczas procesów adaptacji do stresów.
W ramach badań nad kinazami białkowymi u jęczmienia przeprowadzono przy użyciu
metody QRT-PCR analizę ekspresji genów dwóch enzymów (CDPK7 i 8), w dwóch
warunkach natężenia stresu solnego, w stresie chłodu i pod wpływem traktowania
egzogennym ABA. Oba geny wykazywały istotną indukcję ekspresji w stresie suszy, co nie
zostało potwierdzone w odniesieniu do pozostałych badanych stresów. Uzyskane wyniki
wymagają ostatecznej weryfikacji statystycznej. Kolejnym etapem była ocena ekspresji na
poziomie białka, wyżej wymienionych CDPK7, 8 i dodatkowo CDPK2. Synteza 16merowych peptydów reprezentujących specyficzną sekwencje w N-końcowym regionie
białka jak i produkcja przeciwciał została zlecona firmie EUROGENTEC. Przeciwciała
skierowane przeciwko CPK7 i 8 rozpoznają zrekombinowane białka uzyskane z nadekspresji
w bakteriach z użyciem systemu Gateway (Invitrogen). Przeciwciało skierowane przeciwko
CPK2 rozpoznaje w ekstraktach białkowych Hordeum vulgare białko o wielkości zgodnej z
przewidywaną na podstawie sekwencji – ok. 60 kDa. Analizy ilościowe techniką Western blot
poziomu białka w ekstraktach białkowych H. vulgare są w trakcie realizacji.
Kontynuowano również prace dotyczące charakterystyki wpływu CaCl2 na adaptację
jęczmienia do stresu suszy. Przeprowadzone analizy fizjologiczne wskazują, że
kondycjonowanie nasion przy użyciu CaCl2 może prowadzić do korzystnych zmian w
homeostazie jonów dwuwartościowych (Mg2+, Zn2+) zaangażowanych w wapniowo zależne
procesy adaptacyjne. Działanie CaCl2 na wczesnym etapie rozwojowym polega na
przyspieszeniu kiełkowania i zwiększeniu jego efektywności oraz podwyższeniu żywotności
siewek, co może się przełożyć na szybsze ukorzenienie w warunkach polowych.
Zaobserwowano również optymalizację poboru CO2 na drodze wymiany szparkowej przy
jednoczesnej efektywnej transpiracji. Analizy funkcjonalne grup genów wyłonionych w toku
prac dotyczących charakterystyki transkryptomu jęczmienia wykazały, że CaCl2 niweluje
negatywny wpływ suszy na ekspresję genów należących do kategorii enzymów cyklu Calvina
oraz genów fazy fotosyntezy zależnej od światła, u genotypu wrażliwego na stres suszy.
23
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
Lista projektów badawczych Zespołu
Ministerstwo Rozwoju Regionalnego Program Operacyjny Innowacyjna Gospodarka (POIG)
Narzędzia biotechnologiczne służące do otrzymywania zbóż o zwiększonej odporności na
suszę (POLAPGEN-BD), nr UDA-POIG.01.03.01-00-101/08, 1 stycznia 2010 - 31 grudnia
2014, Zadanie 17. Charakterystyka ekspresji wybranych genów CDPK związanych z lepszym
adaptowaniem się zbóż do stresu suszy, J. Sadowski, D. Babula-Skowrońska, A. Cieśla,
O. Fedorowicz-Strońska, M. Kaczmarek
24
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
ZAKŁAD BIOMETRII I BIOINFORMATYKI
Kierownictwo Zakładu
Zespół Biometrii i Bioinfromatyki
Zespół Ewolucji Funkcji Systemów
Biologicznych
Liczba publikacji ogółem
w tym z „listy A MNiSW”
w innych czasopismach
monografii i rozdziałów
Liczba projektów Zakładu ogółem
w tym Unii Europejskiej
NCN/NCBiR/POIG
MRiRW
inne
prof. dr hab. P. Krajewski – kierownik zakładu
dr G. Koczyk - zastępca kierownika
prof. dr hab. P. Krajewski – kierownik zespołu
prof. dr hab. Z. Kaczmarek (1/2 etatu)
prof. dr hab. A. Markiewicz (1/2 etatu)
dr A. Sawikowska
D. Zisis, MSc
mgr inż. H. Ćwiek
mgr inż. W. Frohmberg (1/2 etatu)
mgr J. Stasiak
B. Borucka (2/3 etatu)
mgr M. Kozak
dr G. Koczyk - kierownik zespołu
7
6
0
1
10
3
5
1
1 (MNiSW)
Zespół Biometrii i Bioinformatyki
W ramach badań statutowych rozpoczęto opracowywanie metod analizy wyników
doświadczeń typu 4C (Circular Chromatin Conformation Capture followed by Sequencing)
służących identyfikacji fragmentów DNA kontaktujących się ze sobą, co najprawdopodobniej
ma znaczenie dla regulacji ekspresji genów. Danymi wejściowymi do analiz są profile
pokrycia genomu otrzymane w wyniku wstępnego przetwarzania wyników NGS. Studia
literaturowe wykazały brak metod właściwych do porównywania takich profili otrzymanych
dla wielu prób (np. w doświadczeniach czynnikowych). Wykonano próbne opracowania z
użyciem metody funkcjonalnej analizy składowych głównych.
W ramach projektu ITN EPITRAITS prowadzono prace polegające na konstrukcji
systemu wymiany informacji o doświadczeniach pomiędzy partnerami. Rozpoczęto
opracowywanie algorytmów konstrukcji biblioteki fragmentów restrykcyjnych i mapowania
odczytów DNA z doświadczeń 4C. Analizowano problemy związane z występowaniem w
genomie sekwencji powtórzonych i wpływu tego na analizę kontaktów w regionach bliskich
centromerom. Wyniki były wykorzystywane jako dane wejściowe do analiz statystycznych
prowadzonych w ramach badań statutowych.
W ramach projektu TRANSPLANT kontynuowano prace dotyczące standaryzacji
informacji biologicznej i opracowania deskryptorów danych fenotypowych. Rozwiązania
zaproponowane w latach poprzednich uzgadniano z partnerami projektu oraz innymi
zainteresowanymi grupami (EPPN, DPPN, Phenome). Opracowany standard formatu danych
25
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
został zatwierdzony przez koordynatora projetu ISA-TAB (Oxford University), opublikowany
na stronie internetowej (http://cropnet.pl/phenotypes/) i zarejestrowany na platformie
Biosharing. Prowadzono także implementację standardów w systemie informacji o
doświadczeniach LIMS (IPK), bazie danych fenotypowych Ephesis (URGI INRA) oraz
systemie analiz asocjacyjnych dla Arabidopsis (Gregor Mendel Institute). Rozpoczęto
konstrukcję własnej bazy danych opartej na standardzie ISA-TAB wykorzystując system Bii
(Oxford University). Wyniki prac zostały przedstawione na dorocznej sesji sprawozdawczej
w DG Connect w Brukseli.
W ramach projektu POIG POLAPGEN-BD poświęconego badaniom reakcji
jęczmienia na niedobór wody kontynuowano analizę wyników doświadczeń szklarniowych i
polowych prowadzonych w latach 2011-2013 w celu oceny reakcji populacji linii RIL na
warunki środowiskowe. Przeprowadzono lokalizację QTL dla cech związanych z plonem.
Opracowano metodę analizy współzależności cech bazującą na sieciach korelacyjnych.
Opracowano algorytm identyfikacji wspólnych białek w doświadczeniach prowadzonych
metodą
elektroforezy
dwuwymiarowej.
Kontynuowano
również
koordynację
(sprawozdawczość finansową i merytoryczną) projektu. Zorganizowano warsztaty projektu
przeprowadzone w połączeniu z konferencją "Genetyka i genomika w doskonaleniu roślin
uprawnych - od rośliny modelowej do nowej odmiany" (5-7 listopada 2014, Poznań).
Rozpoczęto realizację projektu ERA-CAPS FLOWPLAST. Jego celem jest zbadanie
podstaw molekularnych plastyczności kontroli czasu kwitnienia u Arabidopsis thaliana w
reakcji na czynniki środowiskowe (temperaturę i długość dnia). Przeanalizowano dane
uzyskane przez partnerów w celu optymalizacji protokołów doświadczalnych służących do
badania modyfikacji chromatyny i ekspresji genów. Opracowano metodykę analizy danych
wykorzystującą oprogramowanie dotępne publicznie (Bowtie, Tophat, CuffDif) oraz własne
skrypty.
W badaniach realizowanych w projekcie MRiRW opracowano pod względem
metodycznym i aplikacyjnym statystyczne metody jednej i wielu zmiennych przydatne w
analizie pojedynczych doświadczeń jednopowtórzeniowych z wzorcami i serii tych
doświadczeń. Umożliwiają one dokonanie obiektywnej oceny genotypów rzepaku ozimego i
ich form rodzicielskich (linii męsko sterylnych i restorerów) na podstawie obserwacji ich
potomstwa.
W ramach projektu PBS GENSEC, którego celem jest opracowanie markerów
molekularnych przeznaczonych do efektywnej selekcji form żyta o podwyższonej odporności
na choroby, przeprowadzono analizę wyników doświadczeń prowadzonych w roku 2013 oraz
analizę struktury badanej populacji linii wsobnych żyta na podstawie wyników
genotypowania przez sekwencjonowanie.
Lista publikacji Zespołu wydanych w 2014 r.
de Mezer M., Turska-Taraska A., Kaczmarek Z., Głowacka K., Swarcewicz B., Rorat T.
(2014). Differential physiological and molecular response of barley genotypes to water
deficyt. Plant Physiology and Biochemistry 80: 234-248.
Frohmberg W., Sawikowska A., Ćwiek H., Kaczmarek Z., Krajewski P. (2014).
POLAPGEN-BD data collection, retrieval and processing infrastructure: a solution for
systems biology research in plants. W: Methodology of system approach to study
drought tolerance in barley (M. Surma and P. Krajewski, Ed.), IGR PAN, Poznań, str.
167-179.
26
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
Gawłowska, M., Lahuta, L., Święcicki, W., Krajewski, P. (2014). Variability in the
Oligosaccharide Concentration in Seeds of the Mapping Population of Pea (Pisum
sativum L.). Czech Journal of Genetics and Plant Breeding 50: 157-162.
Kuczyńska A., Mikołajczyk K., Ćwiek H. (2014). Pleiotropic effects of the sdw1 locus in
barley populations representing different rounds of recombination. Electronic Journal of
Biotechnology, Volume 17, Issue 5: 217–223.
Pajoro A., Madrigal P., Muino J.M., Matus J.T., Jin J., Mecchia M.A., Debernardi J.M.,
Palatnik J.F., Balazadeh S., Arif M., O'Maoileidigh D.S., Wellmer F., Krajewski P.,
Riechmann J.L., Angenent G.C., Kaufmann K. (2014). Dynamics of chromatin
accessibility and gene regulation by MADS-domain transcription factors in flower
development. Genome Biology 15: R41.
Lista projektów badawczych Zespołu
Zagraniczne
EU FP7 Capacities-Infrastructures-2011-2 transPLANT „Trans-national infrastructure for
plant genomic science”, projekt nr 283496, 1 września 2011 – 31 sierpnia 2015,
P. Krajewski, A. Markiewicz, M. Książkiewicz, H. Ćwiek, W. Frohmberg
EU FP7, Marie Curie Action Initial Training Network EpiTraits “Epigenetic regulation
of economically important plant traits”, projekt nr 316965, 1 października 2012 – 31 września
2016, P. Krajewski, D. Zisis
EU FP7, ERA-CAPS FLOWPLAST “Plasticity of flowering time in response to
environmental signals in Arabidopsis thaliana”, project koordynowany przez Max Planck
Institute for Developmental Biology, 1 września 2014 – 31 sierpnia 2017, P. Krajewski
Ministerstwo Rozwoju Regionalnego Program Operacyjny Innowacyjna Gospodarka (POIG)
Narzędzia biotechnologiczne służące do otrzymywania zbóż o zwiększonej odporności na
suszę (POLAPGEN-BD), nr UDA-POIG.01.03.01-00-101/08, 1 stycznia 2010 – 31 grudnia
2014:
Zadanie 23. Analiza i integracja danych, P. Krajewski, Z. Kaczmarek, A. Sawikowska
Zadanie 24. Koordynacja i zarządzanie, P. Krajewski, J. Stasiak, B. Borucka
NCBiR
Opracowanie markerów molekularnych przeznaczonych do efektywnej selekcji form żyta
zwyczajnego (Secale cereale L.) o podwyższonej odporności na choroby oraz porastanie
przedżniwne". Projekt PBS1/A8/0/2012 koordynowany przez Katedrę Genetyki, Hodowli i
Biotechnologii Roślin SGGW, 1 października 2012 – 30 września 2015, P. Krajewski.
MNiSW
Dofinansowanie kosztów uczestnictwa w projekcie międzynarodowym „Międzynarodowa
infrastruktura informatyczna dla genomiki roślin” w latach 2011 – 2015, nr 2157/7.PR
UE/2011/2, 15 grudnia 2011 – 31 sierpnia 2015, P. Krajewski, A. Markiewicz,
M. Książkiewicz, H. Ćwiek, W. Frohmberg
27
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
MRiRW
Jedno i wielo-zmienne modele analizy wariancji i kowariancji dla doświadczeń
populacyjnych i mieszańcowych z rzepakiem ozimym, nr HOR hn-801-8/14, poz. 47, 1
stycznia 2014 – 31 grudnia 2014, Z. Kaczmarek, E. Adamska, T. Adamski, T. Caliński, R.
Trzeciak, T. Cegielska-Taras, L. Szała
Zespół Ewolucji Funkcji Systemów Biologicznych
Badania Zespołu dotyczą wyjaśniania obserwowanej zmienności metabolitów wtórnych oraz
mechanizmów oporności na substancje toksyczne grzybów patogenicznych dla roślin.
Badania statutowe dostarczają narzędzi (baz danych i skryptów do analiz filogenomicznych
oraz starterów o szerokiej specyficzności gatunkowej) niezbędnych do prowadzenia
szczegółowych prac w ramach projektów badawczych i badawczo-rozwojowych. W
szczególności, wyniki świeżo opublikowanych prac (analizy filogenetyczne i modelowanie
laktonazy zearalenonowej) znalazły niezależne potwierdzenie w uzyskanych przez chińską
grupę modelach strukturalnych laktonazy z Clonostachys rosea (potwierdzona tożsamość
postulowanej triady katalitycznej Ser/Glu/His).
W projekcie NCN SONATA 2011/03/D/NZ2/01435 charakteryzowane są genetyczne
i ewolucyjne podstawy zróżnicowanej zdolności grzybów do biosyntezy poliketydów i
seskwiterpenów. W ramach prowadzonych prac przetestowano protokół preamplifikacji
nieredukujących syntaz poliketydowych oparty na danych sekwencyjnych zawartych w bazie
MetaSites. Mimo znacznego pokrycia zmienności tej grupy genów (>50% kladów), ze
względu na znaczną obecność zanieczyszczeń bakteryjnych w typowych próbkach
środowiskowych i obecność sygnałów bakteryjnych po preamplifikacji, protokół ten jest
aktualnie modyfikowany. Wyjaśnienia należy dopatrywać się głównie w ancestralnym
charakterze zmienności genów biosyntezy – poprzedzającym rozdzielenie się głównych linii
grzybów nitkowatych (Sordariomycetes, Leotiomycetes, Dothideomycetes, Eurotiomycetes).
Obserwowana zmienność była ukształtowana przez ostrą selekcję eliminującą nadmiarowe
kopie genów, co skutkuje stosunkowo niewielką liczbą motywów konserwatywnych
charakterystycznych dla szerokiego zbioru genów grzybowych i jednocześnie nieobecnych
w genach bakteryjnych. Aktualnie testowane są rozwiązania ukierunkowane na główne klady
genów o jednolitym pochodzeniu (np. homologi genów biosyntezy melanin, ewoluujące
głównie na drodze specjacji, geny biosyntezy fuzarubin w grzybach rodzaju Fusarium sp.
pochodzące z transferu horyzontalnego). Główne elementy wynikowe zebrano w formie
publicznie
dostępnego
zasobu
WWW
na
stronie
http://cropnet.pl/metasites/sekmet/nrpks_2014.
Planowane
są
podobne
zasoby
charakteryzujące inne rodziny genów metabolizmu wtórnego (m.in. nierybosomalne syntazy
peptydowe, syntazy kwasów tłuszczowych) w ramach kolejnych projektów i grantów
obliczeniowych.
W projekcie badawczym SONATA UMO-2011/03/D/NZ9/02061 analizowane są
mechanizmy oporności i wzorce ekspresji genów w reakcji na naturalne i sztuczne substancje
toksyczne. Prowadzone analizy ewolucyjne (analiza skupień, rekonstrukcje filogenetyczne i
rekoncyliacja uzyskanych dendrogramów genowych i gatunkowych) pozwoliły
wyselekcjonować i scharakteryzować pochodzenie genów (transfer, duplikacja, specjacja)
przypuszczalnie powiązanych z opornością na wiele substancji toksycznych (m.in. z
podrodzin MDR, PDR i ABCG). Jednocześnie testy szalkowe pozwoliły wnioskować o
28
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
możliwej autotoksyczności toksyn z grupy trichotecenów (deoksyniwalenol) oraz ich
potencjalnej roli sygnałowej.
W projekcie LIDER/27/204/L-3/11/NCBR/2012 opracowano szereg markerów
molekularnych (ponad 70) umożliwiających specyficzną detekcję i charakteryzację wzorców
ekspresji różnych wariantów transporterów ABC i MFS. Przebadano ponad 200 różnych
szczepów grzybów fitopatogenicznych (m.in. Stagonospora sp., Pseudocercosporella sp.,
Leptosphaeria sp., Fusarium sp., Alternaria sp.) uzyskanych z prób polowych w roku 2014.
Sekwencjonowane i charakteryzowane były również polimorfizmy genów docelowych
działania fungicydów (m.in. b-tubulina, cytochrom 51A). Wyniki prowadzonych przez Zespół
prac były prezentowane na czterech konferencjach międzynarodowych, a oferta
wykorzystania wyników praktycznych (diagnostyka molekularna) została zgłoszona do
Wielkopolskiej Platformy Innowacyjnej.
Lista publikacji Zespołu wydanych w 2014 r.
Dawidziuk A., Koczyk G., Popiel D., Kaczmarek J., Buśko M. (2014). Molecular diagnostics
on the toxigenic potential of Fusarium spp. plant pathogens. Journal of Applied
Microbiology 116(6): 1607-20.
Kroc M., Koczyk G., Święcicki W., Kilian A., Nelson M.N. (2014). New evidence of
ancestral polyploidy in the Genistoid legume Lupinus angustifolius L. (narrow-leafed
lupin). Theoretical and Applied Genetics 127(5): 1237-49.
Popiel D., Koczyk G., Dawidziuk A., Gromadzka K., Blaszczyk L., Chelkowski J. (2014).
Zearalenone lactonohydrolase activity in Hypocreales and its evolutionary relationships
within the epoxide hydrolase subset of a/b-hydrolases. BMC Microbiology 14:8.
Lista projektów badawczych Zespołu
NCN
Stworzenie hybrydowej, bazującej na metagenomie metodyki oceny różnorodności
biologicznej i potencjału toksykogenicznego grzybów środowisk antropogenicznych,
nr 2011/03/D/NZ2/01435, 14 lipca 2012 – 13 lipca 2015, G. Koczyk, A. Dawidziuk,
D. Popiel
Molekularne mechanizmy powstawania oporności wielolekowej na syntetyczne substancje
fungicydowe u grzybów rodzaju Fusarium, nr 2011/03/D/NZ9/02061, 14 sierpnia 2012 – 13
sierpnia 2015, D. Popiel, A. Dawidziuk, J. Kaczmarek, G. Koczyk
NCBiR
Diagnostyka molekularna odporności grzybów patogenicznych na substancje fungicydowe, nr
LIDER/27/204/L-3/11/NCBR/2012, 1 stycznia 2013 – 31 grudnia 2016, D. Popiel,
A. Dawidziuk, G. Koczyk, J. Kaczmarek
29
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
ZAKŁAD BIOTECHNOLOGII
Kierownictwo Zakładu
prof. dr hab. T. Adamski – kierownik
dr hab. T. Pniewski – zastępca kierownika
Zespół Fenotypowania i Genotypowania prof. dr hab. M. Surma
Zbóż
prof. dr hab. T. Adamski
dr K. Krystkowiak
dr A. Kuczyńska,
mgr K. Mikołajczak,
mgr P. Ogrodowicz,
mgr R. Trzeciak,
A. Anioła,
R. Holewińska
Zespół Bioinżynierii
dr hab. T. Pniewski prof. IGR PAN
dr A. Ślusarkiewicz-Jarzina
mgr M. Czyż
mgr inż. M. Pyrski
mgr K. Malec
mgr H. Pudelska
T. Szcześniak
Zespół Roślin Energetycznych
prof. dr hab. A. Jeżowski
mgr J. Cerazy
mgr Sz. Ornatowski
Zespół Biochemii i Technologii Zbóż
prof. dr hab. B.P. Salmanowicz
dr M. Langner
mgr S. Franaszek (doktorant)
Liczba publikacji ogółem
w tym
z „listy A MNiSW”
w innych czasopismach
monografii i rozdziałów
Liczba projektów Zakładu ogółem
w tym
Unii Europejskiej
NCN/NCBiR/POIG
MRiRW
inne
12
9
0
3
9
1
3
3
2
30
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
Zespół Roślin Energetycznych
Rozpoczęto badania nad procesem jesiennego starzenia się wieloletnich traw energetycznych
z rodzaju Miscanthus ssp. Celem badań było określenie zróżnicowania wybranych gatunków
miskanta pod względem cech fizjologicznych i biochemicznych warunkujących ten proces u
roślin w pierwszym roku ich wzrostu i rozwoju. Materiał do badań stanowiły trzy gatunki:
Miscanthus × giganteus (klony MG-3 i MG-4), M. sinensis (klony Ms-1 i MS-16) oraz M.
sacchariflorus (klony MSch-2 i MSch-4). W okresie wegetacji w odstępach 10 dniowych
dokonywano oceny zmian zabarwienia roślin. Po zakończeniu intensywnej wegetacji roślin
badano tempo naturalnej utraty wody z biomasy. Wykazano występowanie istotnych różnic
między gatunkami w szybkości starzenia się roślin jak i w szybkości utraty wody w
warunkach naturalnych. Proces starzenia się roślin najszybciej przebiegał u gatunku M.
saccariflorus, najwolniej natomiast u M. sinensis. Różnica między badanymi gatunkami
wynosiła około 30 dni. W tej samej też kolejności poszczególne gatunki osiągały dojrzałość
technologiczną biomasy. Analizowano biomasę pod względem zawartości makroelementów,
mikroelementów i metali ciężkich. Wykazano istnienie istotnych różnic między gatunkami
miskanta w kumulacji tych pierwiastków.
Badano tempo utraty wody przez biomasę pięciu gatunków traw: Festuca
arundinacea, Dactylis glomerata, Lolium perenne, Festulolium pabulare, Phalaris
arundinacea przechowywanych w różnych środowiskach. Stwierdzono, że szybkość
naturalnej utraty wilgoci w ściętej biomasie traw zależy od fazy rozwojowej roślin, w której
dokonuje się ścięcia, gatunku trawy oraz warunków środowiska występujących w czasie
zbioru i przechowywania biomasy (Projekt GrassMargins).
Przeprowadzono doświadczenie polowe mające na celu porównanie wysokości plonu
biomasy i jej jakości u trzech gatunków miskanta: Miscanthus × giganteus, M. sinensis i M.
sacchariflorus. Najwyżej plonującym w pierwszym roku uprawy okazał się gatunek M.
×giganteus. Analizy chemiczne biomasy pod względem zawartości celulozy, ligniny,
holocelulozy nie wykazały istotnych różnic między gatunkami w zawartości tych składników.
Badano wpływ stresu wywołanego działaniem chłodu (00C) i niskich temperatur (-4o)
przez 24 godziny na zmiany w intensywności fluorescencji chlorofilu u miskanta. Stres
powodował uszkodzenie funkcji PSII, a tym samym negatywnie wpływał na intensywność
procesu fotosyntezy i stan fizjologiczny roślin.
Lista publikacji Zespołu wydanych w 2014 r.
Clark L.V., Brummer J.E., Głowacka K., Hall M., Heo K., Long S.P., Peng J., Yamada T.,
Yoo J.H., Yeon C., Zhao Y.H., Sacks E.J. (2014). A footprint of past climate change on
the population structure of Miscanthus sinensis. Annals Botany 114: 97-107.
de Mezer M., Turska-Taraska A., Kaczmarek Z., Głowacka K., Swarcewicz B., Rorat T.
(2014). Differential physiological and molecular response of barley genotypes to water
deficit. Plant Physiology and Biochemistry 80: 234-248.
Głowacka K., Adhikari S., Peng J., Gifford J., Juvik J.A., Long S.P., Sacks E.J. (2014).
Variation in chilling tolerance for photosynthesis and leaf extension growth among
genotypes related to the C4 grass Miscanthus ×giganteus. Journal of Experimental
Botany 65: 5267-5278.
31
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
Lista projektów badawczych Zespołu
Zagraniczne
EU FP7 Enhancing biomass production from marginal lands with perennial grasses, projekt nr
289461, 1 października 2011 – 30 września 2015, S. Jeżowski, Sz. Ornatowski
NCBiR
Opracowanie innowacyjnej technologii produkcji bioetanolu II generacji z biomasy sorgo
(Sorghum sp.) i miskanta (Miscanthus sp.) SORMISOL Koordynator projektu R. Słomski, nr
PBS1/A8/9/2012, 1 października 2012 – 30 września 2015, część projektu realizowana w IGR
PAN: St. Jeżowski, T. Pniewski, A. Ślusarkiewicz-Jarzina, A. Ponitka, H. Pudelska,
K. Głowacka J. Cerazy, K. Malec
Zespół Fenotypowania i Genotypowania Zbóż
Zespół prowadzi badania z zakresu genetyki i genomiki pszenicy i jęczmienia. Celem badań
jest poszukiwanie związku między zmiennością fenotypową roślin a ich zróżnicowaniem na
poziomie molekularnym. Prace Zespołu związane są także z wykorzystaniem metod
biotechnologicznych do skrócenia czasu potrzebnego do wytworzenia z mieszańców
wczesnych pokoleń linii o wysokim stopniu homozygotyczności, które mogą mieć
zastosowanie w badaniach genetycznych oraz w pracach hodowlanych.
W ramach badań statutowych realizowano zadania dotyczące efektów plejotropowych
genu półkarłowatości u jęczmienia oraz genetycznych uwarunkowań jakości ziarna u
pszenicy. Prace dotyczące jęczmienia obejmowały genotypowanie linii BC6 za pomocą
markerów SNP (BOPA1) na platformie Illumina GoldenGate BeadArray. Spośród 1536 SNP
368 było polimorficznych dla form wyjściowych. Dla 26 alleli SNP wprowadzonych z
genomu linii wypieranej do linii wypierającej przeprowadzono adnotację w oparciu o
Ensembl Plants. Linie BC6 były także fenotypowane w doświadczeniu polowym, którego
celem było określenie reakcji linii na traktowanie egzogenną gibereliną (GA3).
Kontynuowano badania nad pszenicą mające na celu określenie zmienności wybranych cech
plonotwórczych i technologicznych w subpopulacjach linii RIL zróżnicowanych pod
względem wysoko- i niskocząsteczkowych białek gluteninowych. Uzyskane wyniki
dotyczące cech związanych z plonowaniem oraz parametrami miksograficznymi jak i
farinograficznym (analizowanymi we współpracy z Zespołem Biotechnologii i Technologii
Zbóż) opracowano statystycznie z wykorzystaniem metod jedno- i wielowymiarowych.
Przeprowadzono analizy z wykorzystaniem 115 markerów mikrosatelitarnych związanych z
twardością ziarna, cechami miksograficznymi, masą ziarna i zawartością białka.
Badania realizowane w ramach projektu POLAPGEN_BD związane były z analizą
biometryczną i bioinformatyczną wyników doświadczeń przeprowadzonych w latach
poprzednich, których obiektami były populacje RIL otrzymane z mieszańców odmian
europejskich z syryjskimi. Dane uzyskane z fenotypowania roślin w warunkach polowych i
szklarniowych o okresowym niedoborze wody analizowane były w kontekście
skonstruowanej (we współpracy z Katedrą Genetyki UŚ w Katowicach) zintegrowanej mapy
genetycznej dla trzech populacji RIL. We współpracy z Zakładem Biometrii i Bioinformatyki
przeprowadzono mapowanie loci dla cech ilościowych analizowanych w 3-letnich
doświadczeniach, a następnie dokonano ich adnotacji funkcjonalnej.
32
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
Reakcję linii RIL jęczmienia na niedobór wody badano także z wykorzystaniem
wysoko-przepustowego fenotypowania na platformie European Plant Phenotyping Network w
ramach projektu “Developmental aspects of barley drought tolerance” we współpracy z IPK
(Gatersleben). Zastosowana metoda obrazowania za pomocą hyperspektralnego systemu
kamer pozwoliła na nieinwazyjne śledzenie zmian w architekturze roślin podczas stresu
suszy. Wyniki eksperymentów są w trakcie analizy.
Kontynuowano prace nad zastosowaniem metod biotechnologicznych do skrócenia
czasu trwania kolejnych generacji roślin mieszańcowych grochu siewnego, łubinu
wąskolistnego i łubinu żółtego. Stosując w poprzednich 2 latach technikę pojedynczych
nasion w połączeniu z kulturą in vitro zarodków uzyskano linie pokolenia F9 grochu oraz F6
obu gatunków łubinów. Linie te analizowano za pomocą wybranych wcześniej markerów
molekularnych dla określenia stopnia ich homozygotyczności oraz rozmnażano w
doświadczeniach polowych, gdzie obserwowano ich wyrównanie wewnątrzliniowe pod
względem cech morfologicznych.
W ramach projektu BIOTRIGEN rozpoczęto realizację dwóch zadań dotyczących
wykorzystania metod biotechnologicznych do selekcji pszenicy o podwyższonej odporności
na fuzariozę kłosów oraz opracowania metodyki hodowli pszenicy o skróconym źdźble z
wykorzystaniem markerów molekularnych dla genów Rht1, Rht2 i Rht8, stosowanych na
poziomie haploidalnym w systemie DH.
Zespół prowadzi także badania dotyczące wpływu translokacji 1B/1R u pszenicy na
efektywność uzyskiwania linii podwojonych haploidów oraz cechy technologiczne linii DH
(projekt finansowany przez MRiRW w ramach postępu biologicznego).
Wyniki w formie informacji oraz materiału roślinnego uzyskane w ramach zadania
statutowego dotyczącego efektów genu półkarłowarości oraz genotypowania linii z
krzyżowań wstecznych wykorzystane zostaną do przygotowania projektu naukowego (NCN).
Lista publikacji Zespołu wydanych w 2014 r.
Adamski T., Krystkowiak K., Kuczyńska A., Mikołajczak K., Ogrodowicz P., Ponitka A.,
Surma M., Ślusarkiewicz-Jarzina A. (2014). Segregation distortion in homozygous lines
obtained via anther culture and maize doubled haploid methods in comparison to single
seed descent in wheat (Triticum aestivum L.). Electronical Journal of Biotechnology 17:
6-13.
Kuczyńska A., Mikołajczak K., Ćwiek H. (2014). Pleiotropic effects of the sdw1 locus in
barley populations representing different rounds of recombination. Electronical Journal
of Biotechnology 17: 217-223.
Ogrodowicz P., Mikołajczak K., Kuczyńska A., Krystkowiak K., Surma M., Adamski T.
(2014). Plant materials and analysed traits in the greenhouse and field experiments. W:
Surma M., Krajewski P. (red.), Methodology of system approach to study drought
tolerance in barley. Institute of Plant Genetics PAS, Poznań: 19-28.
Siedler-Łożykowska K., Kuczyńska A., Mikołajczyk K., Nowakowska J., Bocianowski J.
(2014). Estimation of genetic distance among genotypes of caraway (Carum carvi L.)
using RAPD-PCR. Acta Scientarum Agronomy 36(2):183-188
Surma M., Krajewski P. (red.) (2014). Methodology of system approach to study drought
tolerance in barley. Institute of Plant Genetics PAS, Poznań. ISBN 978-83-64246-24-1,
ISSN 1230-0721, 181 str.
33
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
Lista projektów badawczych Zespołu
Zagraniczne
EU, European Plant Phenottyping Network (EPPN) “Developmental aspects of barley
drought tolerance”, Transnational access experiments 2014, A. Kuczyńska, K. Krystkowiak,
K. Mikołajczak, P. Ogrodowicz
NCBiR
Opracowanie i wdrożenie modelu przyspieszania hodowli pszenicy (Triticum aestivum L.)
z wykorzystaniem metod biotechnologicznych BIOTRIGEN nr PBS2/B8/0/2013,
1 października 2013 – 30 września 2016, T. Adamski, A. Anioła, S. Franaszek,
R. Holewińska, Z. Kaczmarek, K. Krystkowiak, A. Kuczyńska, M. Langner K. Mikołajczak,
P. Ogrodowicz, R. Trzeciak, B.P. Salmanowicz, M. Surma, H. Wiśniewska
MRiRW
Badania nad wpływem translokacji 1B/1R na efektywność uzyskiwania linii DH pszenicy
oraz ich wartość technologiczną, nr HOR hn-801-8/14, poz. 3, 1 stycznia 2014 – 31 grudnia
2014, T. Adamski, M. Surma, K. Krystkowiak, A. Kuczyńska, K. Mikołajczak, P.
Ogrodowicz, A. Anioła, R. Holewińska, R. Trzeciak
Ministerstwo Rozwoju Regionalnego Program Operacyjny Innowacyjna Gospodarka (POIG)
Narzędzia biotechnologiczne służące do otrzymywania zbóż o zwiększonej odporności na
suszę (POLAPGEN-BD), nr UDA-POIG.01.03.01-00-101/08, 1 stycznia 2010 - 31 grudnia
2014, Zadanie 2. Mapy genetyczne i lokalizacja QTL związanych z odpornością jęczmienia
na deficyt wody, A. Kuczyńska, T. Adamski, A. Anioła, R. Holewińska, K. Krystkowiak,
K. Mikołajczak, P. Ogrodowicz, M. Surma, R. Trzeciak
Finansowane przez inne podmioty
Program Wieloletni na lata 2011-2015: Ulepszanie krajowych źródeł białka roślinnego, ich
produkcji, systemu obrotu i wykorzystania w paszach, Uchwała RM nr 149/2011 z 9 sierpnia
2011 r., obszar badawczy 2 „Zwiększenie stabilności i jakości plonu wysokobiałkowych
roślin strączkowych”, Zadanie 2.10 Opracowanie metody skracania cyklu hodowlanego
wybranych gatunków roślin strączkowych z zastosowaniem techniki pojedynczych nasion i
kultury in vitro, M. Surma, T. Adamski, A. Anioła, R. Holewińska, K. Krystkowiak, A.
Kuczyńska, K. Mikołajczak, P. Ogrodowicz, R. Trzeciak
Zespół Biochemii i Technologii Zbóż
Kontynuowano prace badawcze mające na celu przeprowadzenie oceny efektywności
białkowych markerów funkcjonalnych determinujących zmienność cech jakościowych
pszenicy zwyczajnej, heksaploidalnego pszenżyta oraz żyta. Przeprowadzono analizę
zmienności wybranych cech technologicznych u czterech subpopulacji (60 linii) pszenicy
zwyczajnej różniących się składem alleli w loci Glu–1, kodujących wysokocząsteczkowe
podjednostki gluteninowe. Na podstawie allelo-specyficznych markerów molekularnych w
34
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
badanych liniach stwierdzono obecność 8 wariantów allelicznych w obrębie loci Glu-A3, GluB3 i Glu-D3, kodujących niskocząsteczkowe podjednostki gluteninowe (LMW-GS). Przy
zastosowaniu metod elektroforetycznych (SDS-PAGE i elektroforezy kapilarnej)
scharakteryzowano poszczególne izoformy LMW-GS; największa liczba izoform kodowana
jest przez allele locus Glu-B3. Stwierdzono zależność pomiędzy wariantowością genów
kodujących HMW- oraz LMW-GS, a zmiennością fenotypową parametrów reologicznych
ciasta oznaczonych w mikroskali. Wykazano, że szczególnie korzystny wpływ na cechy
jakościowe pszenicy obserwowany jest w przypadkach wystepowania alleli Glu-A3b, GluB3a i Glu-D3c. Równolegle prowadzono pogłębioną ocenę wybranych cech jakościowych u
odmian pszenicy zwyczajnej. Opracowano szybką metodę identyfikacji poszczególnych
isoform LMW-GS pszenicy na podstawie czasów migracji wyznaczonych metodą
wolnostrefowej elektroforezy kapilarnej (CZE) na postawie 21 zagranicznych odmian
pszenicy o określonym wariantach allelicznych genów w loci Glu-3. Dopracowano metody
identyfikacji żytniej translokacji 1BL.1RS i 1AL.RS na podstawie CZE analiz oraz w
markerów molekularnych. Stwierdzono zależność pomiędzy obecnością w genomie badanych
odmian określonych wariantów allelicznych genów kodujących LMW-GS, a własnościami
reologicznymi ciasta oraz wartością wypiekową. Uzyskane wyniki wykorzystane zostaną w
hodowli pszenicy o korzystnych cechach jakościowych.
Kontynuowano również badania mające na celu określenie zakresu zmienności białek
zapasowych w obrębie pierwotnych gatunków pszenic T. monococcum ssp. monococcum, T.
dicoccum oraz T. aestivum ssp. spelta (pszenice samopsza, płaskurka i orkisz)
wykorzystywanych dla podtrzymania bioróżnorodności środowiska w rolnictwie oraz
typowania nowych genów kodujących białka mające korzystny wpływ na wartość wypiekową
pszenicy i pszenżyta. Oznaczono skład jakościowo-ilościowy białek gluteninowych u 16
odmian należacych do w/w gatunków pszenicy. Oznaczono właściwości reologiczne glutenu
witalnego przy użyciu metod reologii oscylacyjnej. Uzyskane dane wykorzystane zostaną w
opracowaniu związków przyczynowo-skutkowych pomiędzy właściwościami reologicznymi,
a składem biochemicznym oraz wartością wypiekową badanych pszenic.
Rozpoczęto analizy białek sekalinowych ziarniaków żyta nowymi metodami
elektroforetycznymi (wolnostrefowej i żelowej elektroforezy kapilarnej) oraz
chromatograficznymi (RP-HPLC i SE-HPLC). Scharakteryzowano HMW podjednostki
sekalinowe (HMW-SS) u 68 linii wsobnych żyta, wyróżniając 9 nowych wariantów
białkowych nie opisanych dotychczas w literaturze w obrębie tej klasy białek. Wykazano, że
znacząca większość krajowych i zagranicznych odmian żyta jest heterogeniczna pod
względem składu jakościowego HMW-SS.
W ramach projektu BIOTRIGEN przystąpiono do opracowywania metodyki
efektywnej selekcji na poziomie haploidalnym pszenicy ozimej o pożądanej wartości
wypiekowej na podstawie białkowych markerów funkcjonalnych. W ramach dotychczas
realizowanych prac dokonano doboru form rodzicielskich o zróżnicowanym składzie
jakościowym białek gluteninowych w wyjściowym materiale pszenicy ozimej przy
zastosowaniu metod elektroforetycznych (SDS-PAGE i CZE) oraz allelo-specyficznych
markerów molekularnych.
Lista publikacji Zespołu wydanych w 2014 r.
Salmanowicz B.P., Langner M., Franaszek S. (2014). Charge-based characterisation of highmolecular-weight glutenin subunits from common wheat by capillary isoelectric
focusing. Talanta 129: 9-14.
35
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
Salmanowicz B.P., Langner M., Kubicka-Matusiewicz H. (2014). Variation of high molecular
weight secalin subunit composition in rye (Secale cereale L.) inbred lines. Journal of
Agricultural and Food Chemistry 62: 10535-10541
Lista projektów badawczych Zespołu
MRiRW
Badania nad efektywnością markerów funkcjonalnych w powiązaniu z analizą reologiczną w
mikroskali dla oceny cech jakościowych pszenicy zwyczajnej, nr HOR hn-801-8/14, poz. 1, 1
stycznia 2014 – 31 grudnia 2014, B. Salmanowicz, M. Langner, S. Franaszek
Zespół Bioinżynierii
Celem prac Zespołu jest zwiększanie potencjału użytkowego roślin. Badania prowadzone są
w kilku kierunkach. 1) Wytwarzanie w roślinach cząstek subwiralnych HBV jako nośników
dla poliepitopu HIV dla potrzeb szczepionki biwalentnej; 2) Optymalizacja regeneracji
miskanta dla potrzeb transformacji; 3) Opracowanie metody transformacji miskanta; 4)
Modyfikacja składu i struktury ściany komórkowej dla potrzeb produkcji bioetanolu II
generacji; 5) Otrzymywanie linii dihaploidalnych pszenżyta ozimego i jarego.
ad 1. Analizowano zawartość 1PE-SHBsAg w liofilizacie podczas rocznego
przechowywania. Za pomocą testów ELISA i Western blot oznaczano komponenty i formy
antygenu hybrydowego. Zawartość 1PE-SHBsAg wyniosła maksymalnie 77 µg antygenu
całkowitego i do 5 µg VLPs/g liofilizatu. Preparat jest wystarczająco trwały do prób
immunizacyjnych.
ad 2. Badania nad regeneracją miskanta są prowadzone w ramach projektu
SORMISOL. Optymalizowane były pożywki do indukcji kalusa i morfogenezy. Zastosowanie
nowych zestawów makro- i mikroelementów w pożywce C17 zamiast MS wraz z kombinacją
fitohormonów, NAA i BAP, umożliwiło ok. 1,5-krotny wzrost wydajności regeneracji.
Wykazano wyraźnie mniejszą zdolność do regeneracji M. sacchariflorus w porównaniu do M.
sinensis i M. ×gigantheus, jakkolwiek po raz pierwszy udało się uzyskać pełną regenerację
tego gatunku. We współpracy z dr Katarzyną Wojciechowicz (UAM) wykazano za pomocą
technik mikroskopowych, że regeneracja zachodzi na drodze embriogenezy somatycznej.
ad 3. Kontynuowano badania nad transformacją miskanta w ramach projektu
SORMISOL we współpracy z Zespołem Roślin Energetycznych. W tegorocznym
doświadczeniu użyto 3 genotypów miskanta: MS-17 (M. sinensis), MG (M. ×gigantheus) oraz
Robustus (M. sacchariflorus). Do transformacji użyto 4 szczepów A. tumefaciens: AgL0,
AgL1, EHA150 i C58C1 oraz nowo przygotowany wektor pCAHGA, pochodny
pCAMBIA1201, w którym kasety genu markerowego hpt i reporterowego uid
zmodyfikowano pod kątem ekspresji w roślinach jednoliściennych. Pierwotną sekwencję hpt
zoptymalizowano pod kątem użycia kodonów w trawach i umieszczono ją pod kontrolą
promotora ubikwityny z kukurydzy, a sekwencję uid pod kontrolą promotora aktyny z ryżu.
Osiągnięto etap regeneracji roślin na pożywce sekcyjnej i zregenerowano 12 roślin z 3
genotypów miskanta, z których po adaptacji do warunków ex vitro pobrano próbki do analiz
molekularnych.
ad 4. Celem badań, prowadzonych w ramach projektu SORMISOL we współpracy z
dr. Janem Podkowińskim z IChB PAN, jest ocena aktywności w tytoniu jako roślinie
modelowej konstrukcji genetycznych do modyfikacji syntezy i struktury ligniny. Do badań
36
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
wybrano geny: arabinofuranozydazy (abfB), rozkładającej wiązania pomiędzy ligniną i
hemicelulozami w ścianach komórkowych roślin jednoliściennych oraz metylotransferazy
kwasu kawowego (COMT) i metylotransferazy kawoilo-koenzymu A (CCoAOMT),
uczestniczących w biosyntezie podjednostek ligniny, zsyntetyzowanych w orientacji antysens
w celu zablokowania odpowiednich szlaków metabolicznych oraz pochodzące z roślin
jednoliściennych promotory konstytutywne genów ubikwityny. Wstępne wyniki wskazują na
niską aktywność ww. promotorów konstytutywnych w tytoniu. Na tej podstawie, sekwencje
abfB, COMT i CCoAOMT umieszczono pod kontrolą konstytutywnego promotora 35S.
ad 5. W projekcie MRiRW badano efektywność uzyskiwania roślin o podwojonej
liczbie chromosomów pszenżyta ozimego i jarego w wyniku zastosowania kolchicyny w
pożywce indukującej androgenezę w kulturach pylnikowych. Podwyższono procent
podwojonych haploidów w wyniku zastosowania kolchicyny w pożywce płynnej C17 w
porównaniu ze spontanicznymi podwojeniami w kontrolnych kulturach pylnikowych.
Lista publikacji Zespołu wydanych w 2014 r.
Czyż M., Dembczyński R., Marecik R., Wojas-Turek J., Milczarek M., Pajtasz-Piasecka E.,
Wietrzyk J., Pniewski T. (2014) Freeze-drying of plant tissue containing HBV surface
antigen for the oral vaccine against hepatitis B. BioMed Research International 2014:
485689
Pniewski T. (2014). Plant-based vaccines against hepatitis B. In: Genetically Engineered
Plants as a Source of Vaccines Against Wide Spread Diseases. An Integrated View. Ed.
Rosales-Mendoza S. Springer , ISBN 978-1-4939-0849-3, ch. 10, pp. 175-215.
Lista projektów badawczych Zespołu
MRiRW
Badania nad zwiększeniem efektywności uzyskiwania haploidów w procesie androgenezy
oraz optymalizacja parametrów otrzymywania podwojonych haploidów pszenżyta ozimego i
jarego, nr HOR hn-801-8/14, poz. 18, 1 stycznia 2014 – 31 grudnia 2014, A. ŚlusarkiewiczJarzina, A. Ponitka, H. Pudelska, J. Woźna
37
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
ZAKŁAD GENETYKI PATOGENÓW I ODPORNOŚCI ROŚLIN
Kierownictwo Zakładu
prof. dr hab. M. Jędryczka – kierownik
dr hab. Ł. Stępień – zastępca kierownika
Zespół Interakcji Roślina-Mikroorganizm
prof. dr hab. J. Chełkowski (1/4 etatu)
dr hab. Ł. Stępień
dr L. Błaszczyk
mgr K. Górna (Wilman)
mgr inż. M. Urbaniak (doktorant)
mgr inż. J. Strakowska (doktorant)
mgr A. Basińska (doktorant) od 11.2014
Zespół Metabolomiki
prof. dr hab. P. Kachlicki
dr A. Piasecka
mgr inż. M. Biegańska (1/2 etatu)
B. Kalemba
mgr M. Czyżniejewski (doktorant)
Zespół Fitopatologii Molekularnej
prof. dr hab. M. Jędryczka
dr J. Kaczmarek
mgr inż. W. Irzykowski
M. Wlaszczyk
R. Wawrzyniak
mgr inż. P. Serbiak (doktorant)
dr A. Dawidziuk
dr D. Popiel
Zespół Ewolucji Funkcji Systemów
Biologicznych
Liczba publikacji ogółem
w tym
z „listy A MNiSW”
w innych czasopismach
monografii i rozdziałów
Liczba projektów Zakładu ogółem
w tym
Unii Europejskiej
NCN/NCBiR/POIG
MRiRW
inne
32
17
15
0
16
1
8
1
6
Zespół Interakcji Roślina-Mikroorganizm
Zespół Interakcji Roślina-Mikroorganizm koncentruje swoje zainteresowania naukowe na
grupie grzybów związanych z środowiskiem rolniczym i leśnym. Są to z jednej strony
organizmy saprotroficzne, o zdolnościach do antybiozy i nadpasożytnictwa (Trichoderma
sp.), z drugiej zaś oportunistyczne patogeny roślin i zwierząt (entomopatogenne grzyby
Beauveria sp. i ogromna grupa gatunków Fusarium). Badane jest naturalne zróżnicowanie
genetyczne populacji, zmiany w częstościach poszczególnych gatunków, a także wydajność i
profile akumulowanych w tkankach roślinnych metabolitów wtórnych (mykotoksyn).
Szczegółowo analizowane są rozmaite szlaki biochemiczne, w wyniku aktywności
38
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
których syntetyzowane są metabolity i enzymy, związane ściśle z trybem życia, bądź
środowiskiem bytowania. Wśród roślin uprawnych objętych badaniami są najważniejsze z
ekonomicznego punktu widzenia pszenica zwyczajna, kukurydza i rośliny bobowate, a także
liczne gatunki o mniejszym znaczeniu w naszych warunkach klimatycznych, jak pszenica
twarda, szparag, ananas, czy czosnek).
W ramach jednego z dwóch realizowanych zadań statutowych, jak również projektów
NCN, MNiSW oraz Rady Ministrów, z materiału roślinnego i siewnego izolowane są
patogeniczne grzyby, a także syntetyzowane przez nie mykotoksyny. Wyselekcjonowano 119
izolatów 12 gatunków Trichoderma, o zdolnościach do nadpasożytnictwa i antybiozy
względem grzybów z rodzaju Fusarium, a także do biotransformacji mykotoksyn
fuzaryjnych. W ramach prowadzonych badań scharakteryzowano pod kątem ich zdolności do
produkcji enzymów glukanolitycznych, bezpośrednio zaangażowanych w procesy
nadpasożytnictwa tych grzybów. Podjęto również prace zmierzające do identyfikacji
sekwencji homologicznych do sekwencji genów kodujących wybrane enzymy lityczne w
badanych izolatach Trichoderma.
Dotychczasowe badania pozwoliły na: (i) wytypowanie sześciu izolatów Trichoderma
o zdolnościach antagonistycznych względem gatunków grzybów patogenicznych z rodzaju
Fusarium, (ii) określenie ich potencjału do produkcji enzymów litycznych (celulaz, ksylanaz,
glukanaz) zaangażowanych w procesy nadpasożytnictwa i interakcje z roślinami, (iii)
potwierdzenie zdolności do metabolizowania mykotoksyn fuzaryjnych (ZEA i FB1), oraz (iv)
identyfikację regionów genomu homologicznych do sekwencji genu zhd101, kodującego
laktonazę zearalenonu, a więc mogących brać udział w procesie biotransformacji zearalenonu.
Jako rozwinięcie tego wątku badawczego, zbadano także aktywność enzymów
celulolitycznych wytwarzanych przez gatunki Fusarium jako jeden z czynników
infekcyjnych, które w grzybach z rodzaju Trichoderma są induktorem odporności roślin.
Najniższą aktywnością celulolityczną wykazywały się izolaty F. nygamai oraz F.
sporotrichioides. Z kolei najwyższą aktywność przejawiały izolaty z gatunków
F. acuminatum i F. culmorum. Aktywność ta była wyższa od aktywności wykazywanej przez
izolat T. reesei QM 9414, będący mutantem wydajnie produkującym enzymy celulolityczne.
Analiza filogenetyczna wykazała znaczną zmienność sekwencji genu kodującego
endoglukanazę V pomiędzy badanymi taksonami, co może świadczyć o mniejszej presji
selekcyjnej niż w przypadku genów konstytutywnych. Może być to związane ze znacznym
zróżnicowaniem w agresywności badanych gatunków, a także zajmowaniem różnych nisz
ekologicznych.
Zaprojektowanie zdegenerowanych starterów pozwoliło wyizolować sekwencje
homologiczne do genu demetylazy pisatyny, odkrytego w genomie typowego patogena
grochu F. oxysporum f.sp. pisi, a także u Haematonectria haematococca w izolatach innych
gatunków Fusarium (F. avenaceum, F. proliferatum i F. verticillioides), pochodzących z
roślin i nasion grochu. Niezależnie, w doświadczeniu szklarniowym, porównano przebieg
infekcji podtanej i odpornej odmiany grochu siewnego przez te trzy gatunki grzybów.
Zebrany materiał roślinny pozwoli na identyfikację białek zaangażowanych w interakcje
między rośliną i patogenem. Podobne podejście zastosowano do analizy wpływu dodatku
ekstraktów roślin gospodarzy do płynnych hodowli F. proliferatum.
39
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
Lista publikacji Zespołu wydanych w 2014 r.
Błaszczyk L., Siwulski M., Sobieralski K., Lisiecka J., Jędryczka. (2014). Trichoderma spp. –
application and prospects for use in organic farming and industry. Journal of Plant
Protection Research 54 (4): 309-317.
Czembor E., Stępień Ł., Waśkiewicz A. (2014). Fusarium temperatum as a new species
causing ear rot on maize in Poland. Plant Disease 98: 1001.
Gutarowska B., Skóra J., Stępień Ł., Twarużek M., Błajet-Kosicka A., Otlewska A.,
Grajewski J. (2014). Estimation of mould contamination and mycotoxin production at
workplaces in composting plants, tanneries, archives and libraries. World Mycotoxin
Journal 7: 345-355.
Jeleń H., Błaszczyk L., Chełkowski J., Rogowicz K., Strakowska J. (2014). Formation of 6-npentyl-2H-pyran-2-one (6-PAP) and other volatiles by different Trichoderma species.
Mycological Progress 13: 589-600.
Popiel D., Koczyk G., Dawidziuk A., Gromadzka K., Błaszczyk L., Chełkowski J. (2014).
Zearalenone lactonohydrolase activity in Hypocreales and its evolutionary relationships
within the epoxide hydrolase subset of a/b-hydrolases. BMC Microbiology 14: 82.
doi:10.1186/1471-2180-14-82
Skóra J., Gutarowska B., Stępień Ł., Otlewska A., Pielech-Przybylska K. (2014). The
evaluation of microbial contamination in the working environment of tanneries.
Medycyna Pracy 65: 15-32.
Stępień Ł. (2014). The use of Fusarium secondary metabolite biosynthetic genes in
chemotypic and phylogenetic studies. Critical Reviews in Microbiology 40: 176-185.
Strakowska J., Błaszczyk L., Chełkowski J. (2014). The significance of cellulolytic enzymes
produced by Trichoderma in opportunistic lifestyle of this fungus. Journal of Basic
Microbiology 54: S2–S13.
Wilman K., Stępień Ł, Fabiańska I., Kachlicki P. (2014). Plant-pathogenic fungi present on
seeds of different pea cultivars in Poland. Arhiv za higijenu rada i toksikologiju 65:
329-337.
Wiśniewska H., Stępień Ł., Waśkiewicz A., Beszterda M., Góral T., Belter J. (2014).
Toxigenic Fusarium species infecting wheat heads in Poland. Central European Journal
of Biology 9: 163-172.
Lista projektów badawczych Zespołu
NCN
Wpływ ekstraktu z roślin gospodarzy na syntezę mykotoksyn oraz aktywność transkrypcyjną
i metaboliczną patogenicznych izolatów Fusarium proliferatum, nr 2011/01/B/NZ8/00162, 9
grudnia 2011 – 8 grudnia 2014, Ł. Stępień, A. Kosmala, I. Pawłowicz, K. Górna, A.
Waśkiewicz, D. Perlikowski
Charakterystyka genetyczna i biochemiczna grzybów z rodzaju Trichoderma pod względem
aktywności wybranych enzymów litycznych, typ Etiuda, nr 2014/12/T/NZ9/00535, 1
października 2014 – 30 września 2015, J. Strakowska
40
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
MNiSW
Zróżnicowanie genów FUM u różnych gatunków Fusarium i jego związek z efektywnością
wytwarzania fumonizyn, nr N N310 732440, 19 maja 2011 – 18 maja 2014, Ł. Stępień, L.
Błaszczyk, G. Koczyk
Finansowane przez inne podmioty
Wojewódzki Urząd Pracy w Poznaniu, projekt w programie wsparcia stypendialnego dla
doktorantów na kierunkach uznanych za strategiczne z punktu widzenia rozwoju
Wielkopolski „Charakterystyka genetyczna i biochemiczna grzybów z rodzaju Trichoderma
pod względem aktywności wybranych enzymów litycznych”. 1 grudnia 2013 – 30 listopada
2014. J. Strakowska
Zespół Fitopatologii Molekularnej
Badania prowadzone w Zespole mają na celu charakterystykę mikrobiologiczną, genetyczną i
molekularną populacji grzybów i pierwotniaków chorobotwórczych wobec roślin uprawnych
oraz poznanie ich cykli rozwojowych, dla opracowania modeli epidemiologicznych, które
następnie można wykorzystać w integrowanej ochronie roślin. Ważnym elementem tego
podejścia jest wczesna detekcja patogenów, w tym inokulum znajdującego się w powietrzu,
glebie i wodzie oraz rozpoznanie śladów obecności mikroorganizmów chorobotwórczych w
roślinach na tyle wcześnie, by zastosowane środki ochronne mogły w pełni wykazać swą
skuteczność. Drugim obszarem badań jest ocena materiału roślinnego w celu rozpoznania
źródeł odporności na choroby. Obecnie wykorzystywanym materiałem badawczym są rośliny
rodzaju Brassica, Hordeum oraz Salix.
W bieżącym roku sprawozdawczym Zespół realizował jedno zadanie statutowe,
zadania badawcze w dwóch projektach zleconych przez Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju
Wsi, brał udział w pracach badawczych dwóch projektów finansowanych przez NCN,
badaniach zleconych z projektu finansowanego przez Fundację Uniwersytetu im. Adama
Mickiewicza w Poznaniu, a także pięciu projektach na zlecenie firm komercyjnych.
W ramach zadania statutowego wykonano objazd pól z jęczmieniem, pobrano liście z
objawami porażenia przez grzyby i wykonano analizę mykologiczną. W pięciu przypadkach
(12,5% plantacji) stwierdzono występowanie grzyba Ramularia collo-cygni, wywołującego
chorobę zwaną ramulariozą. Jest to patogen obserwowany w Polsce od 2003 roku. W 2011
roku nasz zespól jako pierwszy uzyskał czyste kultury tego patogena. Posłużyło one w tym
roku do opracowania metody inokulacji roślin zbożowych w komorach fitotronowych. Przy
zastosowaniu metod UPLC i HPLC-MS wykonano analizę metabolitów wtórnych
tworzonych na pożywkach płynnych. Stwierdzono znaczne ilości związków z grupy rubelin,
w ilościach porównywalnych do tworzonych przez izolaty R. collo-cygni z Czech, Szwajcarii,
Niemiec, Danii, Austrii i Szkocji, badanych w poprzednim roku sprawozdawczym. W ramach
poszukiwania kandydata na gen główny biosyntezy rubelin przez analizy filogenomiczne
wykonano analizę nieredukujących syntaz poliketydowych. Stwierdzono, że poszukiwany gen
prawdopodobnie należy do monofiletycznego kladu związanego z cyklizacją typu C6-C11
w biosyntezie poliketydów aromatycznych. Metodą Real Time PCR oznaczono stężenia DNA
pochodzącego z zarodników tego patogena, obecnych w próbach powietrza zebranego w
ośmiu lokalizacjach w Polsce. Stwierdzono czasowe i przestrzenne zróżnicowanie terminów
pierwszej i maksymalnej detekcji oraz sumy stężeń DNA.
41
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
W ramach projektów finansowanych przez MRiRW oceniono 300 genotypów
Brassica i wskazano na niektóre z nich jako potencjalne źródła odporności na kiłę kapusty
powodowaną przez pierwotniaka Plasmodiophora brassicae. Do detekcji zarodników
P. brassicae opracowano także metodę amplifikacji DNA w warunkach izotermicznych
z wykorzystaniem starterów zapętlających (LAMP). Opracowana metoda może zostać
wykorzystana do wykrywania znacznych ilości patogena w próbach gleby i wody. W celu
detekcji dziesięciokrotnie niższych stężeń patogena opanowaliśmy metodę Real Time PCR
z wykorzystaniem sond TaqMan. Ponadto w 2014 roku wykorzystaliśmy metodę LAMP
w badaniach przesiewowych roślin rzepaku z objawami suchej zgnilizny kapustnych. Dzięki
tej metodzie w krótkim czasie i przy stosunkowo niskich kosztach, bez potrzeby izolacji
czystych kultur i ich oceny przy zastosowaniu trakcyjnych metod mykologicznych,
zidentyfikowano gatunki Leptosphaeria spp. porażające liście i łodygi rzepaku (600 prób).
W ramach projektu NCN pod kierunkiem dr hab. M. Frąc z IA PAN metodami
molekularnymi zidentyfikowano gatunki grzybów termoopornych rodzaju Neosartorya. Na
modelu Salix viminalis-Melampsora larici-epitea oceniono aktywność biologiczną pochodnej
benzothiadiazolu.
Lista publikacji Zespołu wydanych w 2014 r.
Błaszczyk L., Siwulski M., Sobieralski K., Lisiecka J., Jędryczka. (2014). Trichoderma spp. –
application and prospects for use in organic farming and industry. Journal of Plant
Protection Research 54: 309-317.
Dawidziuk A., Koczyk G., Popiel D., Kaczmarek J., Buśko M. (2014). Molecular diagnostics
on the toxigenic potential of Fusarium spp. plant pathogens. Journal of Applied
Microbiology 116: 1607-1620.
Jędryczka M., Burzyński A., Brachaczek A., Langwiński W., Song P., Kaczmarek J. (2013).
Loop-mediated isothermal amplification as a good tool to study changing Leptosphaeria
populations in oilseed rape plants and air samples. Acta Agrobotanica 67: 93-100.
Jędryczka M., Kasprzyk I., Korbas M., Jajor E., Kaczmarek J. (2014). Infestation of Polish
agricultural soils by Plasmodiophora brassicae along the Polish-Ukrainian border.
Journal of Plant Protection Research 54(3): 238-241.
Kaczmarek J., Brachaczek J., Jedryczka M. (2014). The effect of fungicide spray time on the
incidence of stem canker of brassicas and seed yield of winter oilseed rape in
Pomerania. Journal of Plant Diseases and Protection 121: 58-63.
Kaczmarek J., Irzykowski W., Burzyński A., Jędryczka M. (2014). The detection of
Plasmodiophora brassicae using loop-mediated isothermal DNA amplification. Acta
Agrobotanica 67(4): 59-66.
Kaczmarek J., Latunde-Dada A.O., Irzykowski W., Cools H.J., Stonard J.F., Jedryczka M.
(2014). Molecular screening for avirulence alleles AvrLm1 and AvrLm6 in airborne
inoculum of Leptosphaeria maculans and winter oilseed rape (Brassica napus) plants
from Poland and the UK. Journal of Applied Genetics 55: 529-539.
Kalembasa D., Kalembasa S., Jedryczka M. 2013. Wpływ porażenia roślin rzepaku ozimego
grzybem Sclerotinia sclerotiorum na rozmieszczenie fosforu, potasu i wapnia w słomie.
Rośliny Oleiste-Oilseed Crops 34 (2): 205-213.
Piliponyte-Dzikiene A., Kaczmarek J., Petraitiene E., Kasprzyk I., Brazauskiene I.,
Brazauskas G., Jedryczka M. (2014). Microscopic and molecular detection of airborne
42
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
ascospores of Leptosphaeria maculans and L. biglobosa in Lithuania and Poland.
Zemdirbyste-Agriculture 101: 303-312.
Lista projektów badawczych Zespołu
Zagraniczne
EU FP7, ERA Chairs-Pilot Call-2013 “The creation of the Department of Integrative Plant
Biology” projekt nr 611321, 1 września 2014 – 31 sierpnia 2019, M. Jędryczka, A.
Stachowiak-Szrejbrowska
MRiRW
Zastosowanie
konwencjonalnych
i
molekularnych
narzędzi
fitopatologicznych
w poszukiwaniu źródeł odporności na kiłę kapusty oraz charakterystyka aktualnej populacji
patogenu w Polsce”, nr HOR hn-801-8/14, poz. 50, 1 stycznia 2014 – 31 grudnia 2014,
M. Jędryczka, J. Kaczmarek, W. Irzykowski
Finansowane przez inne podmioty
Optymalizacja terminu ochrony chemicznej rzepaku przed suchą zgnilizną kapustnych
w Polsce, 14 lutego – 30 listopada 2014, M. Jędryczka, J. Kaczmarek, finansowany przez
DuPont Poland
Ocena żywotności i zdrowotności prób nasion pszenicy, owsa i łubinu wąskolistnego, 3 marca
– 3 czerwca 2014, M. Jędryczka, J. Kaczmarek, finansowany przez Agromor Sp. jawna
Ocena skuteczności ochrony biologicznej rzepaku przed zgnilizną twardzikową za
pośrednictwem nadpasożytniczego grzyba Coniotchyrium minitans, 10 kwietnia – 10
października 2014, M. Jędryczka, J. Kaczmarek, finansowany przez Dalgety Agra Polska
Sp. z o.o.
Ocena skuteczności wybranych fungicydów wobec grzybów chorobotwórczych dla rzepaku,
nr BCS F/R/01/2013, 2 lipca – 30 listopada 2014, M. Jędryczka, J. Kaczmarek, finansowany
przez Bayer Crop Science
Ocena czystości mikrobiologicznej drewna przed i po zastosowaniu urządzenia SAURUS
oraz identyfikacja gatunkowa grzybów rodzaju Trichoderma i ocena ich przydatności do
zwalczania patogenów roślin uprawnych, 16 sierpnia – 15 grudnia 2014, M. Jędryczka, L.
Błaszczyk, J. Kaczmarek, W. Irzykowski, J. Strakowska finansowany przez
CARSEKT Sp. z o.o.
Zespół Metabolomiki
Prace Zespołu mają na celu identyfikację biologicznie aktywnych metabolitów wtórnych
wytwarzanych przez rośliny i grzyby chorobotwórcze, poznanie ich właściwości oraz roli
pełnionej przez te związki w interakcji roślina-patogen oraz w odpowiedzi roślin na stresy
biotyczne i abiotyczne.
Prace doświadczalne prowadzono na szerokim materiale roślinnym w ramach różnych
projektów oraz we współpracy z licznymi zespołami badawczymi. Podstawowymi metodami
prac była analiza chromatograficzna w połączeniu z systemami wysoko- i niskorozdzielczej
43
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
spektrometrii mas. Identyfikowano metabolity wtórne występujące w roślinach zbóż
(jęczmień, pszenica), traw pastewnych z kompleksu gatunków Lolium-Festuca, bakłażana,
buraka oraz roślin zielarskich z rodzajów Melissa i Passiflora.
U jęczmienia stwierdzono znaczne różnice profili metabolitów wtórnych w liściach
roślin 100 linii wsobnych populacji Maresi×CamB1 wzrastających w szklarni i w
doświadczeniu polowym. W materiale tym zidentyfikowano łącznie 159 różnych związków
należących do czterech kategorii strukturalnych: flawonoidy, kwasy fenylopropenowe,
poliaminy i terpenoidy (głównie pochodne blumenolu). Spośród tych związków jedynie 37
pochodnych występowało u wszystkich roślin zarówno w warunkach szklarniowych jak i
polowych. Znaczna grupa związków (72) była obserwowana wyłącznie u roślin rosnących w
polu, natomiast 50 zidentyfikowano tylko w liściach roślin uzyskanych w warunkach
szklarniowych. Porównano ilościową zawartość fenolowych metabolitów wtórnych u traw
pastewnych poddanych procesom aklimatyzacji do chłodu, poddanych stresowi niskiej
temperatury, a następnie odrastających w szklarni do obserwowanej u roślin rosnących w
szklarniowych warunkach kontrolnych. U gatunku Festuca arundinacea zaobserwowano u
traktowanych roślin wysoce istotny wzrost zawartości glikokoniugatów kwercetyny,
chryzoeriolu i trycyny a także kwasu kumarowego w stosunku do roślin kontrolnych.
W liściach bakłażana zidentyfikowano 63 metabolity wtórne. W największych
ilościach występowały połączenia kwasów kawowego i ferulowego z poliaminami, kwasem
chinowym oraz glukozą. Ponadto występowały pochodne flawonoli kempferolu, kwercetyny i
izoramnetyny a także steroidowe alkaloidy solamaryna i solasodyna. Zawartość niektórych
spośród tych związków istotnie wzrastała w wyniku porażenia roślin przez wciornastki i
mszyce. Dotyczyło to zwłaszcza malonylowanego glukozydu kwasu synapinowego oraz
koniugatu kwasu kawowego z putrescyną. W roślinach z rodzaju Melissa stwierdzono po raz
pierwszy teucrol oraz sagekumarynę, a także obecność kwasu hydroksy-jasmonowego i jego
pochodnych. Także u roślin trzech gatunków Passiflora znaleziono nowe dla tego rodzaju
związki. Wśród nich znalazły się glikokoniugaty flawonoidów, w tym 8 pochodnych flawonu
chryzyny.
Wyniki zostały przedstawione na krajowych i międzynarodowych konferencjach
naukowych oraz stanowią podstawę kilku artykułów naukowych znajdujących się na różnych
etapach prac redakcyjno-wydawniczych. Zostaną one także wykorzystane do interpretacji
różnych właściwości roślin takich jak stworzenie ideotypu genotypów jęczmienia odpornych
na stres suszy czy też określenie czynników aktywnych roślinnych produktów
farmaceutycznych bądź suplementów diety.
Lista publikacji Zespołu wydanych w 2014 r.
Ogrodowczyk M., Marciniec B., Kachlicki P. (2014). Spectroscopic analysis of pindolol
irradiated in solid state. Central European Journal of Chemistry 12: 60-66.
Siger A. Kachlicki P., Czubiński J., Polcyn D., Dwiecki K., Nogala-Kalucka M. (2014).
Isolation and purification of plastochromanol-8 for HPLC quantitative determination.
European Journal of Lipid Science and Technology 116: 413-422.
Uribe-Gómez J.J., Zamora-Natera J.F., Bañuelos-Pineda J., Kachlicki P., Stobiecki M.,
García-López P.M. (2014) Flavonoid profile of Lupinus mexicanus germinated seed
extract and evaluation of its neuroprotective effect. Histology and Histopathology 29:
1415-1421.
44
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
Wilman K., Stępień Ł., Fabiańska I., Kachlicki P. (2014). Plant-pathogenic fungi in seeds of
different pea cultivars in Poland. Arhiv za Higijenu Rada i Toksikologiju (Archives of
Industrial Hygiene and Toxicology) 65(3): 329-337.
Lista projektów badawczych Zespołu
NCN
Flawonoidy i inne metabolity w liściach traw oraz rola zmian ich zawartości w aklimatyzacji
roślin do stresów abiotycznych, typ Preludium, nr 2013/09/N/NZ9/01944, 6 luty 2014 – 5
listopada 2015, M. Czyżniejewski
Ministerstwo Rozwoju Regionalnego Program Operacyjny Innowacyjna Gospodarka (POIG)
Narzędzia biotechnologiczne służące do otrzymywania zbóż o zwiększonej odporności na
suszę (POLAPGEN-BD), nr UDA-POIG.01.03.01-00-101/08, 1 stycznia 2010 - 31 grudnia
2014, Zadanie 15. Jakościowe oraz ilościowe zmiany zawartości metabolitów wtórnych
w korzeniach i liściach jęczmienia pod wpływem niedoboru wody, P. Kachlicki,
M. Biegańska, A. Piasecka
Finansowane przez inne podmioty
Program Wieloletni na lata 2011-2015: Ulepszanie krajowych źródeł białka roślinnego, ich
produkcji, systemu obrotu i wykorzystania w paszach, Uchwała RM nr 149/2011 z 9 sierpnia
2011 r., obszar badawczy 2 „Zwiększenie stabilności i jakości plonu wysokobiałkowych
roślin strączkowych”, Zadanie 2.7 Identyfikacja grzybów chorobotwórczych występujących
na nasionach roślin strączkowych oraz oznaczanie ich metabolitów o właściwościach
toksycznych i antyżywieniowych, P. Kachlicki, K. Górna (Wilman), Ł. Stępień
45
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
ZAKŁAD GENOMIKI
Kierownictwo Zakładu
Zespół Genomiki Porównawczej Roślin
Strączkowych
Zespół Struktury i Funkcji Genów
Zespół Genomiki Zbóż
Liczba publikacji ogółem
w tym
z „listy A MNiSW”
w innych czasopismach
monografii i rozdziałów
Liczba projektów Zakładu ogółem
w tym
Unii Europejskiej
NCN/NCBiR/POIG
MRiRW
inne
prof. dr hab. W. Święcicki - kierownik
prof. dr hab. B. Naganowska - zastępca
kierownika,
dr M. Gawłowska - kierownik
dr hab. J. Olejniczak prof. IGR PAN (do
08.2014)
prof. dr hab. W. Rybiński
dr M. Kroc
mgr M. Wilczura (do 31.08.14)
P. Kiziak (od 1.09.2014)
inż. Cz. Nawrot
mgr B. Górynowicz, mgr K. Kamel
mgr M. Knopkiewicz
prof. dr hab. B. Naganowska - kierownik
prof. dr hab. B. Wolko
dr M. Książkiewicz
dr K. Susek
mgr K. Wyrwa (doktorantka)
mgr inż. A. Szczepaniak (doktorantka)
mgr S. Rychel (doktorantka)
mgr W. Bielski (doktorant)
prof. dr hab. H. Wiśniewska - kierownik
dr M. Kwiatek
mgr inż. J. Belter
G. Cicha (3/4 etetu, zatrudnienie do
31.12.2014)
J. Maszner
mgr M. Majka (doktorant)
15
10
2
3
18
2
6
6
4
Zespół Genomiki Porównawczej Roślin Strączkowych
Analizowano konserwatywność genomów grochu i łubinu wąskolistnego. Syntenie dla LG 9 i
LG 16 łubinu wąskolistnego i Medicago truncatula pokrywają się z rezultatami Kroc i in.
(2014), natomiast są odmienne dla grupy 20 łubinu. Celem badań było również
zlokalizowanie genu crw względem innych markerów w regionie I chromosomu I Pisum.
Przyjęto następującą kolejność loci:
crw - i - af - aero - am1
46
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
Badano także efektywność wykorzystania azotu u grochu (NUtE), uzupełnioną o
aktywność nitrogenazy, jako wskaźnika aktywności bakterii Rhizobium. Poznano
zróżnicowanie NUtE w warunkach optymalnego i nieoptymalnego zaopatrzenia w azot, w
warunkach polowych i kontrolowanych. Zależności pomiędzy plonem nasion, efektywnością
wykorzystania wody i azotu były znacznie silniejsze w warunkach niedoboru azotu. Odkrycie
genetycznych podstaw NUtE może być pomocne w wyjaśnianiu genetycznego
determinowania cech nasion i plonu.
Porównanie loci warunkujących cechę odporności na askochytozę i wyleganie na
mapach różnych populacji mapujących pozwoliło zidentyfikować 4 markery wspólne dla
populacji [P665×Messire] i [Carneval×MP1401]. W populacji [P665×Messire]
zidentyfikowano 2 QTL odporności na askochytozę, z których jeden znajduje się ok. 7 cM od
markera AA170, sprzężonego z QTL dla średnicy łodygi.
Badano zależność elementów struktury plonu od przebiegu warunków
meteorologicznych i fluorescencji chlorofilu u różnych gatunków strączkowych
w poszczególnych stadiach wzrostu i rozwoju roślin. Określono wpływ warunków
hydrotermicznych na długość analizowanych faz, co jest podstawą do znalezienia genotypów
stabilnych, wykazujących małą zależność od niekorzystnych warunków środowiska.
Celem kolejnego projektu jest sekwencjonowanie RNA linii łubinu żółtego, znacznie
różniących się odpornością na fuzariozę oraz połączenie genów warunkujących trwałą
odporność na antraknozę i obniżoną zawartość alkaloidów z wartościowymi cechami odmian
łubinu żółtego i wąskolistnego. Wyniki zostaną wykorzystane do identyfikacji genów
zaangażowanych w odporność na fuzariozę.
Dąży się także do wytypowania genów zaangażowanych w syntezę alkaloidów u
łubinu wąskolistnego na podstawie analizy różnicowej poziomu ekspresji w liniach gorzkich i
słodkich (RNA-seq) oraz określenie ich lokalizacji na mapie genetycznej. Wytypowano kilka
interesujących genów o znanym udziale w biosyntezie alkaloidów. Nie stwierdzono znaczącej
różnicy w poziomie ekspresji dla genu 0-tigloylotransferazy hydroksymultifloryny/hydroksylupaniny (HLT/HMT) w genotypach słodkich vs. gorzkich. Zlokalizowano gen LDC oraz gen
HLT/HMTna mapie genetycznej. Wstępem do prac nad piramidyzacją genów kontrolujących
najważniejsze cechy użytkowe łubinu białego był przegląd światowych zasobów genowych
pod kątem zawartości alkaloidów, tłuszczu oraz wczesności dojrzewania i odporności na
antraknozę.
Projekt ProLegu zakłada opracowanie technologii otrzymywania z nasion roślin
strączkowych produktów białkowych o wysokiej jakości i poprawionej wartości pokarmowej.
Jego częścią jest porównanie tradycyjnych metod selekcji odmian i selekcji z wykorzystaniem
markerów. Badania obejmują najważniejsze cechy grochu i łubinu wąskolistnego.
Przetestowane markery u grochu wykazały od 29% do 71% dokładności we wskazaniu
pożądanych alleli. Ta precyzja u łubinu wąskolistnego wynosiła od 87,5% do 100%.
Analizy genomu gatunków z rodzaju Lathyrus na poziomie fenotypowym,
biochemicznym i molekularnym wykazały, że polskie ekotypy są najbardziej zbliżone do
form wschodnio-europejskich i azjatyckich, a nie południowo-europejskich. Wspiera to
hipotezę o wschodnim rodowodzie rodzimych ekotypów. W badaniach na poziomie
biochemicznym wykazano znaczną odrębność międzygatunkową. Wykorzystanie markerów
ISSR dla oceny podobieństwa genetycznego gatunków wykazało, że gatunkiem o
największym podobieństwie genetycznym do L. sativus jest L. ochrus, a nie cytowany w
literaturze L. cicera.
47
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
Lista publikacji Zespołu wydanych w 2014 r.
Dziamba Sz., Dziamba J., Rybiński W. (2013). Charakterystyka oraz możliwości
wykorzystania współcześnie niedocenianych roślin strączkowych: lędźwian siewny i
afrykański, soczewica jadalna i ciecierzyca pospolita. W: Biologiczna różnorodność
ekosystemów rolnych oraz możliwości jej ochrony w gospodarstwach ekologicznych.
Edytor: J. Tyburski i M.K Kostrzewska. Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w
Olsztynie. Str.: 53-74 (ISBN 978-83-62863-42-6). (praca ukazała się w roku 2014)
Gawłowska M., Lahuta L., Święcicki W., Krajewski P. (2014). Variability in the
oligosaccharide concentration in seeds of the mapping population of pea (Pisum sativum
L). Czech Journal of Genetics and Plant Breeding 50(2): 157-162.
Górynowicz B., Święcicki W., Pilarczyk W., Mikulski W. (2014). The dependence of seed
yield and its components on environmental factors in selected legumes. Colloquium
Biometricum 44: 127-138.
Knopkiewicz M., Gawłowska M., Święcicki W. (2014). The application of the HRM method
in the analysis of SSR and SNP markers in the pea (Pisum sativum L.) population.
Czech Journal of Genetics and Plant Breeding 50(2): 151-156.
Kroc M., Koczyk G., Święcicki W., Kilian A., Nelson M. (2014). New evidence of ancestral
polyploidy in the Genistoid legume Lupinus angustifolius L. (narrow-leafed lupin).
Theoretical and Applied Genetics 127(5): 1237-1249
Piwowarczyk B., Kamińska I., Rybiński W. (2014). Influence of PEG generated osmotic
stress on shoot regeneration and some biochemical parameters in Lathyrus culture.
Czech Journal of Genetics and Plant Breeding 50(2): 77-83.
Redkiewicz P., Sirko A., Kamel K.A., Góra-Sochacka A. (2014) Plant expression systems for
production of hemagglutinin as a vaccine against influenza virus. Acta Biochimica
Polonica 61(3): 551-60.
Rybiński W. 2013. Lathyrus in Poland – origin, breeding research status and consumption.
CCDN – Cassawa Cyanide Diseases & Neurolathyrism 22: 3-7. ISSN 1838-8825
(Online), (praca ukazała się po złożeniu sprawozdań w roku 2013).
Rybiński W., Rusinek R., Szot B., Bocianowski J., Starzcyki M. 2014. Analysis of
interspecies physicochemical variation on grain legume seeds. International
Agrophysics 28: 491-500.
Lista projektów badawczych Zespołu
NCBiR
Innowacyjne produkty białkowe z nasion roślin strączkowych, uprawianych w warunkach
rolnictwa zrównoważonego do żywienia drobiu Cornet 15, ProLegu, 1 stycznia 2014 – 31
grudnia 2015, W. Święcicki, A. Górny, M. Dziubałka, L. Lahuta (UWM Olsztyn),
Knopkiewicz M., Górynowicz B., L. Boros, Wawer A., M. Gawłowska, D. Ratajczak, M.
Kroc, K. Kamel, M. Wilczura, K. Beczek, K. Spychała (HR Smolice)
MRiRW
Analiza zmienności genetycznej i piramidyzacja genów warunkujących cechy użytkowe
łubinu białego, nr HOR hn- 801-8/14 poz. 42, 1 stycznia 2014 – 31 grudnia 2014, W.
Rybiński, Święcicki W., Barzyk P.
48
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
Identyfikacja rejonów w genomie grochu, warunkujących wybrane parametry sprawności
fizjologicznej, jako istotnego elementu odporności na stresy abiotyczne, nr HOR hn-801-8/14,
poz. 40, 1 stycznia 2014 – 31 grudnia 2014, W. Święcicki, A. Górny, M. Dziubałka, Cz.
Nawrot, M. Tomaszewska, A. Niewiadomska (UP Poznań), M. Knopkiewicz, B. Górynowicz,
L. Boros, A. Wawer, M. Gawłowska, D. Ratajczak
Identyfikacja i sposób dziedziczenia genów warunkujących odporność na choroby grzybowe i
niską zawartość alkaloidów w doskonaleniu wartości użytkowej łubinów, ze szczególnym
uwzględnieniem łubinu żółtego, nr HOR hn-801-8/14, poz. 41, 1 stycznia 2014 – 31 grudnia
2014, W. Święcicki, M. Kroc, P. Barzyk, K. Kamel, M. Wilczura, P. Kiziak
Finansowane przez inne podmioty
Program Wieloletni na lata 2011-2015: Ulepszanie krajowych źródeł białka roślinnego,
ich produkcji, systemu obrotu i wykorzystania w paszach, Uchwała RM nr 149/2011 z 9
sierpnia 2011 r.
Obszar badawczy 2 „Zwiększenie stabilności i jakości plonu wysokobiałkowych roślin
strączkowych” – prof. dr hab. W.K. Święcicki jest koordynatorem obszaru, a w IGR PAN
realizowane jest 6 indywidualnych zadań badawczych realizowanych w okresie 9 sierpnia
2011 – 31 grudnia 2015:
Zadanie 2.5 Badanie stabilności plonowania roślin strączkowych w celu wyodrębnienia form
zmniejszających ryzyko uprawy, W. Święcicki, B. Górynowicz, W. Mikulski, W. Pilarczyk.
Zadanie 2.8 Identyfikacja wybranych genów warunkujących ważne cechy użytkowe i ich
charakterystyka funkcjonalna u łubinu wąskolistnego (Lupinus angustifolius L.), M. Kroc,
W.K. Święcicki, K. Kamel
Zadanie 2.9 Porównanie położenia loci warunkujących sztywność łodygi i odporność na
Ascochyta u grochu, M. Gawłowska, W.K. Święcicki, M. Knopkiewicz
Zespół Struktury i Funkcji Genów
Analizowano dynamikę i kierunki zmian ewolucyjnych genomu w obrębie rodzaju Lupinus
na podstawie analizy wybranych genów łubinu wąskolistnego (L. angustifolius) oraz
porównawczych analiz genomów łubinów i innych roślin strączkowych, w tym modelowych.
Prace były prowadzone na poziomie sekwencji DNA i całych chromosomów, z użyciem
narzędzi bioinformatyki oraz biologii i cytogenetyki molekularnej.
Badano geny zaangażowane w biologiczne wiązanie azotu atmosferycznego (syntetaza
glutaminy GS), syntezę kwasów tłuszczowych (α-karboksylotransferaza CT-α) oraz syntezę
fenylopropanoidów (izomeraza chalkonowa CHI). Materiałem badawczym były klony BAC
zawierające sekwencje analizowanych genów, wyselekcjonowane wcześniej z biblioteki
genomu jądrowego L. angustifolius, o znanej sekwencji i adnotacji funkcjonalnej.
Bioinformatyczna analiza porównawcza scaffoldów, zdeponowanych w bazach danych, z
sekwencjami całych insertów klonów BAC, umożliwiła określenie liczby kopii badanych
genów. Podejście to pozwoliło też na zidentyfikowanie dłuższych fragmentów sekwencji w
sąsiedztwie badanych genów L. angustifolius. Dla potwierdzenia wyniku analiz
bioinformatycznych wykonano reakcje Real-Time PCR oraz Droplet-Digital PCR ze
starterami oskrzydlającymi najbardziej konserwatywny region badanych genów w obrębie
modelowych roślin strączkowych. Wykorzystując klony BAC jako sondy molekularne do
fluorescencyjnej hybrydyzacji in situ (BAC-FISH), zlokalizowano badane geny/regiony w
49
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
chromosomach. Biorąc pod uwagę wyniki analiz bioinformatycznych, molekularnych i
cytogenetycznych stwierdzono, iż syntetaza glutaminy, α-karboksylotransferaza oraz
izomeraza chalkonowa występują w genomie łubinu wąskolistnego odpowiednio w siedmiu,
trzech i dwóch kopiach. Wyniki analizy sekwencji kopii badanych genów oraz analizy
porównawczej z sekwencjami tych genów u innych gatunków strączkowych (w tym
modelowych), wskazują na duplikacje badanych regionów genomu łubinu wąskolistnego.
Markery molekularne związane z badanymi genami wprowadzono do 9 grup sprzężeń
najnowszej mapy genetycznej łubinu wąskolistnego. Pozwoliło to na wzbogacenie mapy o
markery kotwiczące duże fragmenty genomowego DNA.
Badania cytogenetyczne miały na celu identyfikację rearanżacji chromosomowych,
które zaszły w trakcie ewolucji. Pula markerów chromosomowych (klonów BAC) dla L.
angustifolius, gatunku referencyjnego, została wykorzystana do prześledzenia zróżnicowania
cytogenetycznego kilku innych gatunków łubinów. Są to gatunki dzikie: L. digitatus, L.
pilosus, L. anatolicus, L. cosentini, L. atlanticus, oraz uprawne: L. albus i L. luteus. Klony
BAC były mapowane metodą BAC-FISH w chromosomach metafazowych. Dotychczasowe
obserwacje zróżnicowania pomiędzy badanymi gatunkami wskazują, że w toku ewolucji
rodzaju Lupinus nastąpiły złożone przemiany struktury chromosomów roślin z tej grupy.
W ramach prac dotyczących genu kwitnienia u L. angustifolius kontynuowano badania
markera DNA związanego z genem Flowering locus T (FT), warunkującym cechę wczesności
kwitnienia u łubinu wąskolistnego. Przetestowano marker w liniach kolekcyjnych odmian
uprawnych i form dzikich. Opisano linię Palestyna o pośrednim fenotypie i określono
sekwencję dodatkowej formy genu. Wyniki sugerują występowanie szerszej zmienności genu
FT u łubinu wąskolistnego. Badania dotyczyły także poszukiwania innych genów
zaangażowanych w szlak indukcji kwitnienia u łubinu wąskolistnego. Rozpoczęto również
mapowanie genetyczne genów tego szlaku u łubinu białego.
Osiągnięciem Zespołu jest identyfikacja duplikacji badanych regionów genomu
Lupinus angustifolius, których występowanie jest zgodne z hipotezą o paleopoliploidalnym
pochodzeniu łubinów.
Lista publikacji Zespołu wydanych w 2014 r.
Książkiewicz M., Zielezinski A., Wyrwa K., Szczepaniak A., Rychel S., Karlowski W.,
Wolko B., Naganowska B. (2014). Remnants of the legume ancestral genome preserved
in gene-rich regions: insights from Lupinus angustifolius physical, genetic, and
comparative mapping. Plant Molecular Biology Reporter DOI 10.1007/s11105-0140730-4.
Szczepaniak A. (2014). Badania naukowe realizujące założenia zrównoważonego rozwoju w
agronomii. W: Zrównoważony rozwój – Debiut naukowy 2014, Wydawnictwo
Państwowej Wyższej Szkoły w Raciborzu 2014, 45-51.
Lista projektów badawczych Zespołu
Zagraniczne
EU FP7, LEGATO Consortium “LEGumes for the Agriculture of TOmorrow”, project nr
613551, 1 stycznia 2014 – 31 grudnia 2017, B. Wolko, M. Książkiewicz, B. Naganowska,
S. Rychel
50
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
NCN
Cytomolekularny wgląd w genomy Lupinus, typ Opus, nr 2011/03/B/NZ2/01420, 14 sierpnia
2012 – 13 sierpnia 2015, K. Susek, B. Wolko, B. Naganowska, M. Książkiewicz, K. Wyrwa,
A. Budzińska
Analiza genetyczno-molekularna wybranych genów uczestniczących w wiązaniu azotu
atmosferycznego u łubinu wąskolistnego (Lupinus angustifolius L.), typ Etiuda,
nr 2013/08/T/NZ2/00796, 1 października 2013 – 30 września 2014, K. Wyrwa
NCBiR
Sekwencjonowanie nowej generacji i mapowanie asocjacyjne jako metody generowania
markerów molekularnych cech użytkowych łubinu wąskolistnego SEGENMAS, nr 244227, 1
stycznia 2014 – 31 grudnia 2017, B. Wolko, B. Naganowska, M. Książkiewicz, A.
Szczepaniak, S. Rychel, W. Święcicki, M. Kroc, P. Kiziak, P. Barzyk
MRiRW
Cecha wczesności kwitnienia u łubinu białego i łubinu żółtego – podstawy genetyczne i
molekularne, nr HOR hn-801-8/14, poz. 39, 1 stycznia 2014 – 31 grudnia 2014, B. Wolko, B.
Naganowska, M. Książkiewicz, A. Szczepaniak, S. Rychel
Zespół Genomiki Zbóż
Analizowano strukturę genomów mieszańców międzyrodzajowych żyta (Secale cereale L.)
oraz pszenżyta (X Triticosecale Witt.) z introgresją nieuprawnych form z rodzaju Aegilops.
Celami prowadzonych prac są: określenie struktury genomów tych form oraz poszerzenie
zmienności genetycznej zbóż poprzez wprowadzenie obcej chromatyny warunkującej
pożądane cechy jakościowe.
Zespół prowadzi także badania w ramach projektu NCN-Sonata, które mają na celu
porównanie struktury chromosomów wchodzących w skład pszenicy (Triticum aestivum L.),
żyta i pszenżyta, oraz gatunków z rodzaju Aegilops; lokalizację miejsc translokacji
chromosomowych oraz analizę procesu koniugacji chromosomów reprezentujących odrębne
genomy w początkowych fazach mejozy.
Podjęto także próby wprowadzenia do genomu pszenicy genów determinujących
odporność na łamliwość źdźbła oraz uzyskania genotypów pszenicy i pszenżyta ozimego o
odporności na fuzariozę i niskiej akumulacji mikotoksyn fuzaryjnych w ziarnie.
Badano rośliny mieszańcowe (Aegilops × Secale cereale) × pszenżyto. Analizy
markerów molekularnych roślin mieszańcowych kombinacji BC4F1 (Ae. tauschii × S. cereale)
× Bogo wykazały obecność markerów Lr22a (na chromosomie 2D), Lr39 (2D) i Lr32 (3D)
powiązanych z genami odporności na rdzę brunatną. Na podstawie analiz FISH stwierdzono,
iż 3 rośliny charakteryzowały się addycją jednego chromosomu 2D (2n=43), jedna roślina
posiadała dodatkową parę chromosomów 2D (2n=44) a w jednej roślinie (2n=43)
zidentyfikowano dodatkowy chromosom genomu D o zrekombinowanej strukturze (2D/3D).
51
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
Wykonano także analizy cytogenetyczne linii podwojonych haploidów roślin
mieszańcowych (Aegilops spp. × S. cereale) × pszenżyto, w których stwierdzono obecność
40-42 chromosomów.
Badano 75 translokacyjnych roślin pokoleń F1-F3 roślin mieszańcowych (Aegilops
spp. × S. cereale) × pszenżyto przy użyciu: FISH/GISH, markerów genów odporności na
mączniaka prawdziwego oraz rdzę brunatną a także markerów strukturalnych SSR.
Badania dotyczące poszukiwania źródeł odporności na fuzariozę, przeprowadzono na
genotypach pszenicy ozimej i pszenżyta ozimego. W doświadczeniach polowych w dwóch
lokalizacjach dokonano inokulacji zarodnikami Fusarium culmorum. Aktualnie prowadzone
są prace nad określeniem zawartości mikotoksyn w ziarnie z w/w genotypów.
Krzyżowania wsteczne roślin mieszańcowych (Ae. tauschii × S. cereale) × pszenżyto
Bogo umożliwiły dokonanie manipulacji w strukturze chromosomów Ae. tauschii, w wyniku
których uzyskano zrekombinowany chromosom składający się z segmentów chromosomów
2D i 3D. Analiza sygnałów sekwencji pAs1 (FISH) oraz analiza występowania markerów
SSR specyficznych dla tych chromosomów pozwoliły stwierdzić translokację długiego
ramienia chromosomu 3D w miejsce dystalnej części krótkiego ramienia chromosomu 2D.
Analiza molekularna wykazała również obecność markera Lr22a.
Połączenie metod genetyki molekularnej, pozwalającej na identyfikację markerów
genów odporności z metodami cytogenetyki molekularnej pozwoliło na identyfikację
genotypów pszenżyta z chromatyną Aegilops, niosącej geny odporności na rdzę brunatną.
Piramidyzacja genów odporności ma na celu wykorzystanie różnych źródeł. Proces ten
warunkuje poszerzenie zakresu odporności na większą liczbę ras danego patogena.
Badania nad wprowadzeniem genu Pch1 (warunkującego odporność na łamliwość
podstawy źdźbła) z wykorzystaniem izoenzymów endopeptydaz i markera STS Xust
SSR2001-7DL pozwoliły wyselekcjonować genotypy pszenicy które są źródłem genów
odporności.
Lista publikacji Zespołu wydanych w 2014 r.
Perlikowski D., Wiśniewska H., Góral T., Kwiatek M., Majka M., Kosmala A. (2014).
Identification of kernel proteins associated with the resistance to Fusarium head blight
in winter wheat (Triticum aestivum L.). PlosOne 9: 1-11.
Waśkiewicz A., Morkunas I., Bednarski W., Mai V.C., Formela M., Beszterda M.,
Wiśniewska H., Goliński P. (2014). Deoxynivalenol and Oxidative Stress Indicators in
Winter Wheat Inoculated with Fusarium graminearum. TOXINS: 6: 575-591.
Wiśniewska H., Stępień Ł., Waśkiewicz A., Beszterda M., Góral T., Belter J. (2014).
Toxigenic Fusarium species infecting wheat heads in Poland Central European Journal
of Biology 9: 163-172.
Wiśniewska H., Góral T., Ochodzki P., Walentyn-Góral D., Kwiatek M., Majka M.,
Grzeszczak I., Belter J., Banaszak Z., Pojmaj M., Kurleto D., Konieczny M.,
Budzianowski G., Cicha A., Paizert K., Woś H. (2014). Odporność rodów hodowlanych
pszenżyta ozimego na fuzariozę kłosów. Biuletyn IHAR 271: 29-43.
52
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
Lista projektów badawczych Zespołu
NCN
Identyfikacja chromosomów w gatunkach diploidalnych i tetraploidalnych kozieńców
(Aegilops spp.) oraz formach mieszańcowych w obrębie plemienia Triticeae przy użyciu
markerów cytogenetycznych, typ Preludium, nr 2012/05/N/NZ9/01563, 21 stycznia 2013 – 20
stycznia 2014, M. Kwiatek
Charakterystyka struktury oraz procesów odpowiedzialnych za dziedziczenie chromosomów
mieszańców międzyrodzajowych uzyskanych w wyniku krzyżowań pomiędzy wybranymi
gatunkami kozieńców (Aegilops spp.), a żytem (Secale cereale.) i pszenżytem (×
Triticosecale Wittm.)", typ Sonata, nr 2013/11/D/NZ9/02719, 6 lipca 2014 – 5 lipca 2017, M.
Kwiatek, H. Wiśniewska, M. Majka
MRiRW
„Wykorzystanie markerów molekularnych i fenotypowych do identyfikacji genów odporności
pszenicy na łamliwość źdźbła powodowaną przez Oculimacula yallundae
i Oculimacula acuformis, nr HOR hn-801-8/14, poz. 2, 1 stycznia 2014 – 31 grudnia 2014, H.
Wiśniewska, M. Gawłowska, M. Kwiatek, M. Majka
Badanie typów odporności pszenżyta ozimego na fuzariozę kłosów za pomocą markerów
fenotypowych i metabolicznych, nr HOR hn-801-8/14, poz. 4, 1 stycznia 2014 – 31 grudnia
2014, H. Wiśniewska, M. Kwiatek, M. Majka
53
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
WSPÓŁPRACA KRAJOWA
Uniwersytet im. Adama Mickiewicza w Poznaniu
 Współpraca w ramach realizacji zadań projektu POLAPGEN-BD
 Molekularne podstawy tolerancji rzepaku na stres solny (projekt badawczy)
 Funkcjonowanie mitochondriów w osiach zarodkowych łubinu żółtego w warunkach
stresu solnego (publikacja)
 Rola tlenku azotu (NO) w metabolizmie roślinnym (projekt badawczy, publikacje)
 Analiza roślin wytwarzających białka HBV dla potrzeb szczepionki (publikacje)
 Analiza mechanizmów dywergencji strukturalnej i funkcjonalnej homeologów wybranych
genów należących do rodziny PP2C (kodujących fosfatazy białkowej) u gatunków z
rodzaju Brassica (publikacja, projekt badawczy)
 Funkcjonalna adnotacja sekwencji końców klonów BAC z biblioteki genomu
L. angustifolius w celu identyfikacji genów kandydujących dla ważnych cech użytkowych
(projekt badawczy, publikacje)
Uniwersytet Jagielloński w Krakowie
 Analiza fizycznego rozmieszczenia wybranych sekwencji powtarzalnych (FISH)
w chromosomach agamicznych, poliploidalnych przedstawicieli sekcji Palustria (projekt
badawczy)
Uniwersytet Łódzki
 Analiza potencjalnych toksycznych właściwości produktów biodegradacji
biotransformacji zearalenonu (złożone wnioski o finansowanie projektów badawczych)
i
Uniwersytet Śląski w Katowicach
 Współpraca w ramach realizacji zadań projektu POLAPGEN-BD
 Analizy genomu Lupinus w kontekście rearanżacji chromosomowych i zmian
epigenetycznych (projekty badawcze)
 Współpraca w tworzeniu map genetycznych jęczmienia (projekt MRiRW)
Uniwersytet Rzeszowski
 Zastosowanie metod aerobiologicznych w systemach wspierania decyzji w ochronie roślin
(projekt badawczy, publikacje)
Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu
 Fizjologiczna i genetyczna kontrola rozwoju kwiatów i owoców u roślin strączkowych
(projekt badawczy - Program Wieloletni)
Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie
 Poszukiwanie źródeł genetycznej odporności wierzby (Salix sp.) na rdze (Melampsora
sp.) (projekt badawczy, publikacja)
 Identyfikacja gatunków i oznaczenie polimorfizmu genetycznego grzybów
drożdżoidalnych uzyskanych z ziarniaków pszenicy (projekt badawczy, publikacje)
 Badania nad zawartością oligosacharydów w nasionach roślin strączkowych (projekt
MRiRW)
 Ocena geograficznie zróżnicowanych obiektów (gatunków) z rodzaju Lathyrus pod
względem zwartości w nasionach oligocukrów (przygotowywanie publikacji)?
54
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu
Wydział Nauki o Żywności i Żywieniu
 Otrzymanie szczepionki doustnej przeciwko HBV (projekt badawczy, publikacja)
 Opracowanie innowacyjnej technologii produkcji bioetanolu z biomasy sorgo i miskanta
(projekt badawczo-rozwojowy)
 Badania nad metabolitami wtórnymi w produktach żywnościowych pochodzenia
roślinnego (publikacje)
 Metabolity lotne produkowane w kulturach grzybów z rodzaju Trichoderma (publikacja)
Wydział Ogrodnictwa i Architektury Krajobrazu
 Zastosowanie metod aerobiologicznych w systemach wspierania decyzji w ochronie roślin
(projekt badawczy, publikacje)
 Współpraca w ramach realizacji zadań projektu POLAPGEN-BD
 Identyfikacja gatunkowa izolatów grzybów z rodzaju Trichoderma infekujących Agaricus
bisporus i Pleurotus (publikacje)
Wydział Rolnictwa i Bioinżynierii
 Analiza statystyczna doświadczeń jednopowtórzeniowych (projekty badawcze)
 Poznanie sekwencji i organizacji wybranych genów kodujących enzymy szlaku
fenylopropanoidów oraz ich lokalizacja genetyczna i fizyczna w genomie jądrowym
łubinu wąskolistnego (Lupinus angustifolius L.) (projekt badawczy)
 Opracowanie innowacyjnej technologii produkcji bioetanolu z biomasy sorgo i miskanta
(projekt badawczo-rozwojowy)
 Współpraca w ramach realizacji zadań projektu NCBiR BIOTRIGEN
 Identyfikacja źródeł odporności genetycznej na kiłę kapusty i suchą zgniliznę kapustnych
u mieszańców międzygatunkowych w obrębie rodzaju Brassica (projekt badawczy,
doniesienia konferencyjne, publikacja)
 Analiza serii doświadczeń pod kątem badania interakcji genotypowo-środowiskowej
(publikacje)
Wydział Technologii Drewna
 Analiza zawartości mykotoksyn w próbach ziarna zbóż i kulturach grzybów oraz ocena
zdolności do rozkładu mykotoksyn fuzaryjnych przez gatunki Trichoderma i
Clonostachys (projekt badawczy, publikacje, złożone wnioski o finansowanie projektów
badawczy)
 Badania nad metabolitami wtórnymi w produktach żywnościowych pochodzenia
roślinnego (publikacje, projekty badawcze)
 Ocena podatności nowych, chlebowych odmian pszenicy ozimej na fuzariozę kłosa i
akumulację mykotoksyn w ziarnie, w aspekcie przydatności w określonych gałęziach
przemysłu zbożowego (młynarstwo, piekarstwo) jak i ochrony zdrowia konsumentów
(projekt badawczy, publikacja)
 Metody wyboru najlepszych genotypów rzepaku ozimego na podstawie analizy
genetycznej ich potomstwa porównywanegow serii doświadczeń populacyjnych i
mieszańcowych (projekt MRiRW)
 Uprawy odmian wierzby na nieużytkach oraz na terenach zdegradowanych chemicznie
zanieczyszczonych, celem efektywnego pozyskania biomasy, surowca budowlanego i
energetycznego oraz fitoremediacji środowiska (projekt badawczy)
 Modelowanie statystyczne cech jęczmienia (projekt MRiRW)
55
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
 Ocena uprawy odmian wierzby na nieużytkach oraz na terenach zdegradowanych
chemicznie zanieczyszczonych (publikacje)
Uniwersytet Przyrodniczy w Lublinie
 Zastosowanie metod aerobiologicznych w systemach wspierania decyzji w ochronie roślin
(projekt badawczy, publikacje)
 Opracowanie jednolitej metodyki oznaczania substancji antyżywieniowych w rodzaju
Lathyrus, ze szczególnym uwzględnieniem zawartości neurotoksyn (ODAP) oraz ocena
zmienność składu chemicznego nasion materiałów kolekcyjnych lędźwianu siewnego oraz
Lathyrus cicera (publikacja)
Uniwersytet Przyrodniczo-Humanistyczny w Siedlcach
 Wpływ porażenia grzybem Sclerotinia sclerotiorum na skład chemiczny, plon oraz
wartość opałową słomy rzepaku i ślazowca pensylwańskiego (projekt badawczy)
Uniwersytet im. Marii Curie-Skłodowskiej w Lublinie
 Molekularne podstawy męskiej sterylności u zosnku (Allium sativum) (publikacje)
 Identyfikacja molekularna i analiza filogenetyczna wybranych gatunków roślin
(publikacja)
Uniwersytet Rolniczy w Krakowie
 Współpraca w ramach realizacji zadań projektu POLAPGEN-BD
 Tolerancja stresów abiotycznych u traw kompleksu Lolium-Festuca (publikacje, projekt
badawczy, projekt MRiRW)
Uniwersytet Technologiczno-Przyrodniczy w Bydgoszczy
 Identyfikacja i analiza ilościowa mykotoksyn fuzaryjnych w ziarniakach pszenicy (publikacja)
Szkoła Główna Gospodarstwa Wiejskiego w Warszawie
 Złożony projekt badawczy w ramach konkursu Fundacji na rzecz Nauki Polskiej
“POMOST 8/2013”
 Badanie zależności pomiędzy profilem fenolowych metabolitów wtórnych oraz poziomem
ekspresji genów szlaku fenylopropanoidów w siewkach łubinu wąskolistnego podczas
oceny odporności na infekcję patogenem grzybowym (projekt badawczy)
 Ocena odmian pszenicy ozimej pod względem tolerancji na suszę (publikacje)
Zachodniopomorski Uniwersytet Technologiczny w Szczecinie
 Molekularne podstawy porastania u żyta (Secale cereale) (publikacje)
Politechnika Łódzka
 Molekularna identyfikacja grzybów mikroskopowych izolowanych z bibliotek, archiwów i
muzeów (doniesienia konferencyjne)
Politechnika Poznańska
 Porównanie właściwości mechanicznych kompozytów polimerowych ze słomy
rzepakowej oraz słomy ze ślazowca pensylwańskiego porażonego grzybem Sclerotinia
sclerotiorum (projekt badawczy, publikacja)
 Stworzenie hybrydowej, bazującej na metagenomie metodyki oceny różnorodności
biologicznej i potencjału toksykogenicznego grzybów środowisk antropogenicznych
56
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
Instytut Chemii Bioorganicznej PAN w Poznaniu
 Wykorzystanie spektrometrii mas do identyfikacji białek uczestniczących w ekspresji
odporności na mróz u Lolium perenne (projekt badawczy, publikacja)
 Analizy HPLC/MS bioaktywnych metabolitów wtórnych roślin uprawnych (publikacje,
doniesienia konferencyjne, projekty badawcze)
 Poznanie sekwencji i organizacji wybranych genów oraz ich lokalizacja genetyczna i
fizyczna w genomie jądrowym łubinu wąskolistnego (Lupinus angustifolius L.) (projekt
badawczy)
 Analizy zmierzające do określenia liczby kopii genów zaangażowanych w proces
biologicznego wiązania azotu atmosferycznego u łubinu wąskolistnego (projekt
badawczy)
 Opracowanie innowacyjnej technologii produkcji bioetanolu z biomasy sorgo i miskanta
(projekt badawczo-rozwojowy)
 Analizy bioinformatyczne sekwencji genów COMT i CCoAOMT pod kątem ich
skuteczności w trakcie wyciszania genów biorących udział w szlaku syntezy ligniny
(projekt SORMISOL)
 Współpraca w ramach realizacji zadań projektu POLAPGEN-BD
 Badanie zależności pomiędzy profilem fenolowych metabolitów wtórnych oraz poziomem
ekspresji genów szlaku fenylopropanoidów w siewkach łubinu wąskolistnego podczas
oceny odporności na infekcję patogenem grzybowym (projekt badawczy)
 Współpraca w ramach Programu Wieloletniego
Instytut Agrofizyki PAN w Lublinie
 Opracowanie parametrów geometrycznych i właściwości mechanicznych ziarniaków
i nasion pod względem ich odporności na obciążenia mechaniczne (publikacje)
 Współpraca w ramach realizacji zadań projektu POLAPGEN-BD
Instytut Fizjologii Roślin PAN w Krakowie
 Określenie fizjologicznych wskaźników odporności na suszę odmian i materiałów
hodowlanych roślin strączkowych (projekt badawczy w ramach Programu Wieloletniego)
 Współpraca w ramach realizacji zadań projektu POLAPGEN-BD
Instytut Immunologii i Terapii Doświadczalnej PAN we Wrocławiu
 Opracowanie metodyki immunizacji doustnej przeciwko HBV z użyciem szczepionki
pochodzenia roślinnego (projekt badawczy, publikacja)
Instytut Środowiska Rolniczego i Leśnego PAN w Poznaniu
 Współpraca przy realizowaniu projektu badawczego POLAPGEN-BD
Instytut Ochrony Roślin – PIB w Poznaniu
 Oznaczenie ras Plasmodiophora brassicae w Polsce (projekt badawczy, doniesienia
konferencyjne, publikacje)
 Choroby grzybowe soi (projekt badawczo-rozwojowy)
Instytut Uprawy, Nawożenia i Gleboznawstwa – PIB w Puławach
 Współpraca w ramach realizacji zadań projektu POLAPGEN-BD
Instytut Biotechnologii i Antybiotyków w Warszawie
57
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
 Otrzymanie szczepionki doustnej i iniekcyjnej przeciwko HBV (projekt badawczy,
publikacje, 4 patenty krajowe, 1 zgłoszenie patentowe międzynarodowe, konsorcjum
naukowo-przemysłowe)
Instytut Włókien Naturalnych i Roślin Zielarskich w Poznaniu
 Otrzymanie prototypu szczepionki doustnej przeciwko HBV (publikacje, patent krajowy,
1 zgłoszenie patentowe międzynarodowe, konsorcjum naukowo-przemysłowe)
 Opracowanie innowacyjnej technologii produkcji bioetanolu z biomasy sorgo i miskanta
(projekt badawczo-rozwojowy)
 Analizy HPLC/MS aktywnych biologicznie komponentów roślin zielarskich (publikacja)
Centrum Badań DNA w Poznaniu
 Otrzymanie prototypu szczepionki doustnej przeciwko HBV (publikacje, patent krajowy,
1 zgłoszenie patentowe międzynarodowe, konsorcjum naukowo-przemysłowe)
Instytut Hodowli i Aklimatyzacji Roślin – PIB w Radzikowie (oraz oddziały w Poznaniu
i Krakowie)
 Koordynacja bazy danych zasobów genowych Lupinus i Pisum (projekt badawczy –








Program Wieloletni i MRiRW)
Badanie odporności genotypów pszenżyta na fuzariozę kłosów i akumulację mykotoksyn
fuzaryjnych w ziarnie (projekt MRiRW, publikacja)
Poszukiwanie, tworzenie, ocena i gromadzenie źródeł odporności na fuzariozę kłosów
u pszenicy (projekt MRiRW, publikacja)
Molekularna identyfikacja gatunków i chemotypów Fusarium w próbach pszenicy
(publikacja)
Identyfikacja gatunkowa patogenów Fusarium izolowanych z ziarna kukurydzy
(doniesienia konferencyjne, złożony wniosek o finansowanie projektu badawczego)
Opracowanie i optymalizacja metody otrzymywania transgenicznych homozygot rzepaku
ozimego (rozdział w monografii)
Oznaczanie zawartości kwasów tłuszczowych, steroli, tokoferoli (publikacje)
Statystyczne opracowanie doświadczeń z rzepakiem ozimym
Ocena odmian pszenicy ozimej pod względem tolerancji na suszę (publikacje)
Centralny Ośrodek Badania Odmian Roslin Uprawnych w Słupi Wielkiej
 Ocena odmian pszenicy ozimej pod względem tolerancji na suszę (publikacje)
Poznańska Hodowla Roślin Spółka z o.o.
 Koordynacja krajowej kolekcji rodzaju Pisum i Lupinus (projekty MRiRW)
 Opracowanie metod skracania cyklu hodowlanego roślin strączkowych (projekt badawczy
- Program Wieloletni, publikacje)
 Uzyskiwanie linii podwojonych haploidów pszenicy z wykorzystaniem kultur in vitro
(projekty MRiRW)
 Współpraca w ramach realizacji zadań projektu POLAPGEN-BD
Hodowla Roślin DANKO Choryń Spółka z o.o.
 Uzyskiwanie linii podwojonych haploidów pszenicy, pszenżyta ozimego i jarego
z wykorzystaniem kultur in vitro (projekty MRiRW)
 Współpraca w ramach realizacji zadań projektu NCBiR BIOTRIGEN
 Współpraca w ramach realizacji zadań projektu POLAPGEN-BD
58
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
 Przeprowadzenie oceny zmienności cech jakościowych pszenicy na podstawie analizy
składu jakościowo-ilościowego wybranych klas białek oraz badań reologicznych (projekt
MRiRW)
 Badanie wpływu środowiska na kształtowanie się cech technologicznych ziarna pszenicy
(projekt MRiRW)
 Badania nad wpływem poziomu nawożenia na schemat działania genów warunkujących
komponenty efektywności azotowej u pszenicy ozimej (publikacja)
 Tolerancja stresów abiotycznych u traw kompleksu Lolium-Festuca (projekt MRiRW,
złożony wniosek o finansowanie projektu MRiRW)
Hodowla Roślin Smolice Spółka z o.o.
 Poszukiwanie i ocena różnych form łubinów i grochów tolerancyjnych na przymrozki
i przystosowanych do wczesnych wysiewów (projekt badawczy – Program Wieloletni)
 Uzyskiwanie linii podwojonych haploidów pszenicy, pszenżyta ozimego i jarego
z wykorzystaniem kultur in vitro (projekty MRiRW)
 Przeprowadzenie oceny zmienności cech jakościowych pszenicy na podstawie analizy
składu jakościowo-ilościowego wybranych klas białek oraz badań reologicznych (projekt
MRiRW)
 Statystyczne opracowanie doświadczeń z rzepakiem ozimym (publikacje)
Hodowla Roślin Strzelce Sp. z o.o
 Zbadanie sposobu dziedziczenia i opracowanie skuteczne metody selekcji dla pękania
okrywy nasiennej u bobiku niskotaninowego, samokończącego (projekt badawczy –
Program Wieloletni)
 Uzyskiwanie linii podwojonych haploidów pszenicy, pszenżyta ozimego i jarego
z wykorzystaniem kultur in vitro (projekty MRiRW)
 Przeprowadzenie oceny zmienności cech jakościowych pszenicy na podstawie analizy
składu jakościowo-ilościowego wybranych klas białek oraz badań reologicznych (projekt
MRiRW)
Małopolska Hodowla Roślin HBP Sp. z o.o.
 Uzyskiwanie linii podwojonych haploidów pszenicy, pszenżyta ozimego i jarego z
wykorzystaniem kultur in vitro (projekty MRiRW)
 Współpraca w ramach realizacji zadań projektu NCBiR BIOTRIGEN
 Współpraca w realizacji tematyki związanej z wpływem środowiska na skład białek
własności reologicznej pszenicy (projekt MRiRW)
 Przeprowadzenie oceny zmienności cech jakościowych pszenicy na podstawie analizy
składu jakościowo-ilościowego wybranych klas białek oraz badań reologicznych (projekt
MRiRW)
 Ocena odmian pszenicy ozimej pod względem tolerancji na suszę (publikacje)
Medana Pharma SA, Sieradz
 Otrzymanie szczepionki doustnej przeciwko HBV (4 patenty krajowe, 1 zgłoszenie
patentowe międzynarodowe, konsorcjum naukowo-przemysłowe)
59
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
WSPÓŁPRACA Z ZAGRANICĄ
Współpraca bezpośrednia IGR PAN z partnerami zagranicznymi
Prowadzona w ramach umów
Australia, Western Australian Agriculture Authority, South Perth, Genetic Material Transfer
Agreement, 30 marca 2010 – 30 marca 2015. Współpraca dotyczy wspólnej analizy
genetycznej materiałów roślinnych (populacja mapująca Lupinus angustifolius) (B. Wolko).
Australia, Western Australian Agriculture Authority, South Perth, Genetic Material Transfer
Agreement, 20 grudnia 2012 – 19 grudnia 2015. Współpraca dotyczy wspólnej analizy
genetycznej materiałów roślinnych (populacja mapująca Lupinus albus) (B. Naganowska).
Wielka Brytania, Aberystwyth University, Material Transfer Agreement, 5 maja 2014 – 4
maja 2019. Współpraca w ramach programu ,,Plonowanie, zmienność genetyczna i interakcja
G x E najnowszych klonów Miscanthus ssp. w rożnych lokalizacjach Europy”.
Wielka Brytania, Aberystwyth University, porozumienie o współpracy naukowej
(Memorandum of Understanding), 1 listopada 2014 – 31 października 2017.
Prowadzona bez umów
Mapowanie genetyczne genomu łubinu wąskolistnego i badanie syntenii z pokrewnymi
gatunkami Fabaceae (G. Koczyk, M. Kroc, W. Święcicki). Współpraca z University
of Western Australia, Australia (M. Nelson) – publikacja
Analiza ilościowa i jakościowa lipidów błonowych u traw kompleksu Lolium-Festuca w
warunkach stresu deficytu wody (D. Perlikowski), Max Planck Institute, Poczdam, Niemcy –
wymiana osobowa
Ocena zmienności fenotypowej i genetycznej materiałów kolekcyjnych gatunków z rodzaju
Lathyrus i pozyskanie nowych obiektów kolekcyjnych marginalnych roślin strączkowych
(W. Rybiński). Współpraca z Leibniz-Institute of Plant Genetics and Cultivated Plants
Research (IPK), Genebank Department, Gatersleben, Niemcy – publikacja
Genetyczne i cytogenetyczne mapowanie genomu oraz badania struktury genu FT,
odpowiedzialnego za wczesność kwitnienia u L. angustifolius (M. Książkiewicz,
B. Naganowska, S. Rychel, B. Wolko, K. Wyrwa). Współpraca z University of Western
Australia, Perth, Australia, (M. Nelson) – doniesienie plakatowe
Poznanie genów związanych z procesem nodulacji i symbiozy u łubinów (M. Książkiewicz,
B. Naganowska, B. Wolko). Wspólpraca z Université de Rennes, Francja (A. Aïnouche) –
publikacje
Analiza funkcjonalna białek SsBBX24 i StZPR1 u gatunków Solanum w cyklu
okołodobowym podczas wzrostu i rozwoju oraz w odpowiedzi na działanie czynników
stresowych (A. Kiełbowicz-Matuk, T. Rorat), CEA, DSV, IBEB, Lab Ecophysiol Molecul
Plantem; CNRS, UMR 7265 Biol Veget & Microbiol Environ; Aix-Marseille Universite,
Saint-Paul-lez-Durance, Francja (R. Pascal) – publikacja
60
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
The advanced methods of collection and structured storage of high-throughput data and barley
data integration (A. Sawikowska). Współpraca z The James Hutton Institute, Wielka Brytania
– wymiana osobowa
Identyfikacja genów odpowiedzialnych za zabarwienie okrywy nasiennej grochu
(M. Knopkiewicz). Współpraca z Montana State University, Bozeman, USA (N. Weeden) –
wymiana osobowa
Ocena potencjału izolatów Trichoderma w biologicznej kontroli roślin (J. Strakowska).
Współpraca z Università di Napoli “Federico II”, Department of Arboriculture, Botany and
Plant Pathology,Section of Plant Pathology, Biocontrol Laboratory Faculty of Agriculture,
Neapol, Włochy (M. Lorito) – wymiana osobowa
Identyfikacja morfologiczna izolatów grzybów z rodzaju Trichoderma (L. Błaszczyk).
Współpraca z United States Dept. of Agriculture, Agriculture Research Service, Systematic
Mycology and Microbiology Lab., Beltsville, USA (G.J. Samuels) – publikacja
Identyfikacja molekularna i analiza proteomiczna roślin z gatunku Allium sativum L.
(L. Błaszczyk, A. Kosmala). Współpraca z Robert H. Smith Institute of Plant Science and
Genetics in Agriculture, Robert H. Smith Faculty of Agriculture, Food, and Environment,
Hebrew University of Jerusalem, Rehovot, Izrael (E.S. Mayer, H.D. Rabinowitch) oraz
Institute of Plant Science, Agricultural Research Organization, the Volcani Center, Bet Dagan
50250 (R. Kamenetsky) – publikacja
Badania ekspresji genów związanych z tolerancją na niską temperaturę u F. pratensis
i F. arundinacea przy zastosowaniu metod real time PCR, 2-D elektroforezy i spektrometrii
mas (A. Kosmala). Współpraca z Norwegian University of Life Sciences, Department of
Plant and Environmental Sciences, Ås, Norwegia (O.A. Rognli, H. Rudi, S.R. Sandve) –
publikacja
Badania nad stabilnością cytogenetyczną u tetraploidalnych mieszańców Festulolium.
(A. Kosmala, T. Książczyk, Z. Zwierzykowski). Współpraca z Aberystwyth University,
Institute of Biological Environmental and Rural Sciences (IBERS), Aberystwyth, Wielka
Brytania (N. Jones, M. Humphreys) – publikacje, wymiana osobowa
Poprawianie tolerancji traw pastewnych na stresy abiotyczne oraz badanie fizjologicznych
i molekularnych podstaw tej tolerancji. (A. Kosmala, Z. Zwierzykowski, D. Perlikowski).
Współpraca z Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Unité de Recherche
Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères, Lusignan, Francja (M. Ghesquière) –
wymiana osobowa
Zastosowanie najnowszych technik immunobarwienia oraz FISH w zastosowaniu do analiz
sekwencji centromerowych (M. Kwiatek, H. Wśniewska). Współpraca z Leibniz Institute of
Plant Genetics and Crop Plant Research (IPK), Department of Cytogenetics and Genome
Analysis, Gatersleben, Niemcy (A. Houben) – wymiana osobowa
The Biodiversity, Rzym, Włochy – realizacja europejskiego programu ochrony zasobów
genowych (ECP/GR) (W. Święcicki)
Institute for Molecular Bioscience, The University of Queensland, Brisbane, Australia;
Department of Statistics, Beadle Center, University of Nebraska-Lincoln, Lincoln, Nebraska,
USA; Inserm U981, Cancer Institute Gustave Roussy, Villejuif, France; Department
of Statistics, Penn State University, University Park, Pennsylvania, USA; Department
of Biochemistry, University at Buffalo, Buffalo, New York, USA; Department of Biomedical
Informatics, The Ohio State University, Columbus, Ohio, USA – publikacja (P. Krajewski)
61
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
Institut für Biochemie und Biologie, Universität Potsdam, Niemcy, publikacja, złożenie do
NCN wniosku projektowego „Badania w zakresie biologii systemów i chemii analitycznej dla
wyjaśnienia współdziałania hormonów i zmienności architektury roślin jęczmienia (Hordeum
vulgare L.)" (P. Krajewski)
Uczestnictwo w międzynarodowych organizacjach naukowych
IGR PAN jest członkiem zbiorowym European Association for Research on Plant Breeding
(EUCARPIA).
Wymiana osobowa
wizyty gości zagranicznych
R. Ferreira, University of Lisbon, Lisbon, Portugalia – przyjazd na zaproszenie
A. Houben, Leibniz-Institute of Plant Genetics and Cultivated Plants Research (IPK),
Gatersleben, Niemcy – przyjazd na zaproszenie
N. Jones, Aberystwyth University, Institute of Biological Environmental and Rural Sciences,
Aberystwyth, Wielka Brytania – przyjazd na zaproszenie
A. Łukaszewski, University of California, Riverside, USA – przyjazd na zaproszenie
O.A. Rognli, Norwegian University of Life Sciences, Department of Plant and Environmental
Sciences, Ås, Norwegia – przyjazd na zaproszenie
D. Rubiales, Spanish National Research Council, Institute for Sustainable Agriculture (IAS) ,
Madrid, Hiszpania – przyjazd na zaproszenie
wyjazdy krótkoterminowe
J. Chojnicka, Leibniz-Institute of Plant Genetics and Cultivated Plants Research (IPK),
Gatersleben, Niemcy
J. Kaczmarek, M. Jędryczka, Department of Horticulture and Crop Sciences, Agricultural
University of Norway, Ås Norwegia
J. Kaczmarek, M. Jędryczka, Swedish University of Agricultural Sciences, Szwecja
J. Kaczmarek, G. Koczyk, Scotland's Rural College, Edinburgh, Wielka Brytania
P. Krajewski, DG CONNECT, Bruksela
P. Krajewski, Keygene, Wageningen, Holandia
P. Krajewski, H. Ćwiek, EMBL-EBI, Hinxton, Wielka Brytania
A. Kuczyńska, K. Krystkowiak, K. Mikołajczak, P. Ogrodowicz, Leibniz-Institute of Plant
Genetics and Cultivated Plants Research (IPK), Gatersleben, Niemcy
D. Perlikowski, Max Planck Institute, Poczdam, Niemcy
W. Rybiński, Leibniz-Institute of Plant Genetics and Cultivated Plants Research (IPK),
Genebank Depatrment, Gatersleben, Niemcy
Ł. Stępień, Technical University of Denmark, Department of Systems Biology, Lyngby,
Dania
62
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
M. Urbaniak, Norwegian Veterinary Institute, Oslo, Norwegia
D. Zisis, University of Amsterdam, Amsterdam, Holandia
wyjazdy długoterminowe
K. Głowacka, University of Illinois, Energy Bioscences Institute, Urbana-Champign, USA –
od 16 lipca 2011 do grudnia 2014
K. Wyrwa – University of Western Australia, Perth, wyjazd naukowy w ramach projektu
NCN ETIUDA
długoterminowe pobyty w IGR PAN
D. Zisis, stypendysta programu M. Curie
KONFERENCJE NAUKOWE – ORGANIZACJA I UDZIAŁ
Konferencje, warsztaty i seminaria zorganizowane przez IGR PAN
„Noc Biologów” – ogólnopolskie warsztaty dla młodzieży gimnazjalnej i licealnej, Poznań,
10 stycznia 2014
Popularno-naukowe warsztaty szkoleniowe „Deficyt białka paszowego w Polsce – uprawa
roślin strączkowych jako sposób jego rozwiązania”: Płońsk – 28 stycznia 2014, Rawicz – 4
lutego 2014, Starogard Gdański – 11 lutego 2014, Kalsk – 12 marca 2014, Barzkowice – 13
marca 2014, Proszowice – 31 marca 2014, Sulejowo – 20 czerwca 2014, Barzkowice – 23
października 2014, Borzechowo – 05 listopada 2014, Kleczew – 07 listopada 2014,
Sitno/Puławy – 25 listopada 2014, Grabanów – 26 listopada 2014, Końskowola – 27 listopada
2014
Warsztaty Mykologiczne „Grzyby rdzawnikowe Pucciniales”, Warszawa, 20 lutego 2014
XVII Poznański Festiwal Nauki i Sztuki, Poznań, 8 kwietnia 2014
Warsztaty dla studentów kierunku Biologia roślin użytkowych, Wydział Biologii, Uniwersytet
im Adama Mickiewicza, Poznań, 6 i 13 maja 2014
Warsztaty dla studentów kierunku Biologia roślin użytkowych, Wydział Biologii, Uniwersytet
im. Adama Mickiewicza, pole doświadczalne IGR PAN w Cerekwicy, 27 maja 2014
XX Konferencja Krajowa „Grzyby mikroskopowe i ich metabolity”, Poznań, 21-22 maja
2014
Kurs z zakresu mykologii, fitopatologii i wykorzystania metod molekularnych do wczesnej
detekcji i diagnostyki chorób roślin dla pracowników Lasów Państwowych, Poznań, 22-23
maja 2014
11 European Fundation of Plant Pathology Conference, Kraków, 8-13 września 2014
III Ogólnopolska Konferencja Naukowa "Od rośliny modelowej do nowej odmiany", Poznań
5-7 listopada 2014
63
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
Udział w konferencjach krajowych
54 Sesja Naukowa Instytutu Ochrony Roślin Państwowego Instytutu Badawczego, Poznań, 67 lutego 2014 (M. Jędryczka, J. Kaczmarek, P. Serbiak)
Regionalna Konferencja Metodyczna COBORU, Dadaj, 10-12 lutego 2014 (W. Święcicki)
Regionalna Konferencja Metodyczna COBORU, Jastrzębia Góra, 24-26 lutego 2014 (W.
Rybiński, W. Święcicki)
Konferencja „Rola odmiany i ochrony roślin w intensyfikacji produkcji roślinnej”,
Dymaczewo, 7-9 maja 2014 (M. Jędryczka, J. Kaczmarek)
XXXII Konferencja Naukowa „Rośliny Oleiste”, Poznań, 19-20 maja 2014 (D. BabulaSkowrońska, M. Jędryczka, J. Kaczmarek)
XX Konferencja Krajowa „Grzyby mikroskopowe i ich metabolity”, Poznań, 21-22 maja
2014 (L. Błaszczyk, J. Chełkowski, K. Górna (Wilman), M. Jędryczka, J. Kaczmarek, M.
Majka, Ł. Stępień, M. Urbaniak)
Kurs „Praktyczne aspekty spektrometrii mas”, Trzebnica, 25-26 maja 2014 (M.
Czyżniejewski, P. Kachlicki, M. Kaczmarek, A. Piasecka, K. Wilman)
4th Conference of Polish Mass Spectrometry Society, Trzebnica 26-29 May 2014: (M.
Czyżniejewski, P. Kachlicki, A. Piasecka)
Konferencja Naukowa „Pyłek roślin i alergia pyłkowa”, Lublin, 30-31 maja 2014 (M.
Jędryczka, J. Kaczmarek)
Warsztaty Polskiego Towarzystwa Mykologicznego “Grzyby – organizmy kluczowe dla
życia na Ziemi”, Łódź – Spała, 24-26 września 2014 (J. Chełkowski, M. Jędryczka, M.
Urbaniak)
III Ogólnopolska Konferencja Naukowa "Od rośliny modelowej do nowej odmiany", Poznań,
5-7 listopada 2014 (D. Babula-Skowrońska, W. Bielski, L. Błaszczyk, J. Chojnicka, J.
Chełkowski, J. Czarnecka, M. Czyż, M. Czyżniejewski, H. Ćwiek, S. Franaszek, M.
Gawłowska, K. Górna (Wilman), B. Górynowicz, M. Langner, M. Jędryczka, P. Kachlicki, J.
Kaczmarek, M. Kaczmarek, Z. Kaczmarek, K. Kamel, A. Kiełbowicz-Matuk, M.
Knopkiewicz, A. Kosmala, P. Krajewski, M. Kroc, K. Krystkowiak, T. Książczyk, M.
Książkiewicz, A. Kuczyńska, M. Kwiatek, M. Majka, K. Mikołajczak, B. Naganowska, P.
Ogrodowicz, I. Pawłowicz, D. Perlikowski, A. Piasecka, T. Pniewski, T. Rorat, W. Rybiński,
S. Rychel, B.P. Salmanowicz, A. Sawikowska, P. Serbiak, Ł. Stępień, J. Strakowska, K.
Susek, A. Szczepaniak, W. Święcicki, M. Urbaniak, B. Wolko, D. Zisis, Z. Zwierzykowski)
Ogólnopolska Konferencja Naukowa „Mikroorganizmy w uprawie roślin i zagospodarowaniu
odpadów organicznych”, Nieborów, 27-28 listopada 2014 (A. Basińska, L. Błaszczyk, K.
Górna (Wilman), Ł. Stępień, J. Strakowska)
Udział w konferencjach międzynarodowych
XXII Plant and Animal Genome Conference, San Diego, USA, 11-15 stycznia 2014 (H.
Ćwiek)
12th European Conference on Fungal Genetics, Seville, Hiszpania, 23-27 marca 2014 (A.
Dawidziuk, G. Koczyk, D. Popiel)
The 2rd Plant Genomics Congress, Londyn, Wielka Brytania, 11-12 maja 2014 (M. Kroc)
64
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
X Międzynarodowe Sympozjum „Genetyka ilościowa roślin uprawnych”, Jugowice 3-6
czerwca 2014 (T. Adamski, S. Franaszek, S. Jeżowski, M. Langner, W. Rybiński, M. Surma)
Plant Biology Europe FESPB/ EPSO 2014 Congress, Dublin, Irlandia, 22-26 czerwca 2014
(M. Kaczmarek, M. Knopkiewicz)
Cereals for Food, Feed and Fuel – Challenge for Global Improvement, Wernigerode, Niemcy,
29 czerwca – 4 lipca 2014 (K. Krystkowiak, A. Kuczyńska, K. Mikołajczak, H. Wiśniewska)
International Biometric Conference, Florence, Włochy, 6-7 lipca 2014 (W. Frohmberg, P.
Krajewski, A. Sawikowska)
6th International Food Legumes Research Conference & 7th International Conference on
Legume Genetics and Genomics, Saskatoon, Kanada, 7-11 lipca 2014 (K. Susek, B. Wolko)
36th Mycotoxin Workshop, Göttingen, Niemcy, 16-18 lipca 2014 (A. Dawidziuk, D. Popiel)
20th International Symposium on Separation Sciences. Praha, Republika Czeska, 30 sierpnia 2 września 2014 (M. Langner)
XVI International Biodeterioration and Biodegradation Symposium, Łódź, 3-5 września 2014
(Ł. Stępień)
The 4th Workshop of EUCARPIA Fodder Crops and Amenity Grasses Section – Festulolium
Working Group, Aberystwyth, Wielka Brytania, 7 września 2014 (A. Kosmala, D.
Perlikowski, Z. Zwierzykowski)
The 25th General Meeting of the European Grassland Federation “The Future of European
Grasslands”, Aberystwyth, Wielka Brytania, 7-11 września 2014 (A. Kosmala, D.
Perlikowski, Z. Zwierzykowski)
European Conference on Computational Biology’14, Strasburg, Francja, 7-10 września 2014
(H. Ćwiek, D. Zisis)
Międzynarodowa konferencja „Łubin we współczesnym rolnictwie”, Kudowa Zdrój, 8-10
września 2014 (B. Górynowicz, K. Kamel, M. Kroc, M. Książkiewicz, B. Naganowska, W.
Rybiński, S. Rychel, W. Święcicki, B. Wolko)
11th Conference of the European Foundation for Plant Pathology “Healthy plants – healthy
people”, Kraków, 8-13 września 2014 (A. Dawidziuk, M. Jędryczka, J. Kaczmarek, G.
Koczyk, D. Popiel, P. Serbiak, Ł. Stępień, J. Strakowska, M. Urbaniak).
30th International Symposium on Chromatography, Salzburg, Austria 14-18 września 2014
(B.P. Salmanowicz)
International Conference “Plant Molecular Cytogenetics in Genomic and Postgenomic Era”,
Katowice, 23-24 września 2014 (W. Bielski, J. Chojnicka, T. Książczyk, M. Książkiewicz, M.
Kwiatek, M. Majka, B. Naganowska, K. Susek, A. Szczepaniak, Z. Zwierzykowski)
Genetic variation in plant breeding, Kiel, Niemcy, 23-25 września 2014 (T. Adamski, M.
Surma)
2nd Annual Conference of the SUSTAIN Action COST 2014, Zakopane, 15-17 października
2014 (G. Koczyk)
Legumes - Components of a More Sustainable Agriculture, Bonn, Niemcy, 28-29
października 2014 (W. Święcicki)
PhenoDays 2014, Beaune/Dijon, Francja 29-31 października 2014 (M. Gawłowska)
65
Sprawozdanie IGR PAN z działalności naukowo-badawczej w 2014 roku
The 8th Conference of The World Mycotoxin Forum, Wiedeń, Austria, 10-12 listopada 2014
(Ł. Stępień, H. Wiśniewska)
Modern Phylogenetic Comparative Methods and their Application in Evolutionary Biology,
Sewilla, Hiszpania, 11-15 listopada 2014 (K. Susek)
The First International Bioengineering Conference (BIOENG ’14) Istanbul, Turcja, 27-29
listopada 2014 (M. Kwiatek)
66
SPIS PUBLIKACJI
A. Publikacje w czasopismach z „Listy A Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego”
Lp.
Nazwa czasopisma
1.
Acta Biochimica
Polonica
2.
Acta Scientarum
Agronomy
3.
Annals of Botany
4.
Annals of Botany
5.
Arhiv za higijenu
rada i toksikologiju
BioMed Research
International
(dawn. Journal of
Biomedicine and
Biotechnology)
6.
Autor/autorzy
Redkiewicz P., Sirko A., Kamel K.A., GóraSochacka A.
Tytuł/rok/tom/strony
Plant expression systems for production of
hemagglutinin as a vaccine against influenza virus.
(2014). 61(3): 551-60.
Siedler-Łożykowska K., Kuczyńska A.,
Estimation of genetic distance among genotypes of
Mikołajczyk K., Nowakowska J.,
caraway (Carum carvi L.) using RAPD-PCR. (2014).
Bocianowski J.
36(2): 183-188.
Clark L.V., Brummer J.E., Głowacka K., Hall A footprint of past climate change on the population
M., Heo K., Long S.P., Peng J., Yamada T.,
structure of Miscanthus sinensis. (2014). 114(1): 97Yoo J.H., Yu C.Y., Zhao H., Sacks E.J.
107.
Kiełbowicz-Matuk A., Rey P., Rorat T.
Interplay between circadian rhythm, day time and
osmotic stress constraints in the regulation of the
expression of a Solanum Double B-box gene. (2014).
113: 831-842.
Wilman K., Stępień Ł., Fabiańska I.,
Plant-pathogenic fungi present on seeds of different pea
cultivars in Poland. (2014). 65: 329-337.
Kachlicki P.
Czyż M., Dembczyński R., Marecik R.,
Freeze-drying of plant tissue containing HBV surface
Wojas-Turek J., Milczarek M., Pajtaszantigen for the oral vaccine against hepatitis B. (2014).
Piasecka E., Wietrzyk J., Pniewski T.
2014: 485689.
IF/
Pkt
MNiSW
1,389
15 pkt
0,631
20 pkt
3,295
40 pkt
3,295
40 pkt
0,727
15 pkt
2,706
30 pkt
7.
BMC Microbiology
Popiel D., Koczyk G., Dawidziuk A.,
Gromadzka K., Blaszczyk L., Chelkowski J.
8.
Central European
Journal of Biology
Central European
Journal of
Chemistry
Critical Reviews in
Microbiology
Wiśniewska H., Stępień Ł., Waśkiewicz A.,
Beszterda M., Góral T., Belter J.
Ogrodowczyk M., Marciniec B., Kachlicki P.
Czech Journal of
Genetics and Plant
Breeding
Czech Journal of
Genetics and Plant
Breeding
Czech Journal of
Genetics and Plant
Breeding
Electronical Journal
of Biotechnology
Gawłowska M., Lahuta L., Święcicki W.,
Krajewski P.
9.
10.
11.
12.
13.
14.
15.
Electronical Journal
of Biotechnology
Stępień Ł.
Knopkiewicz M., Gawłowska M., Święcicki
W.
Piwowarczyk B., Kamińska I., Rybiński W.
Adamski T., Krystkowiak K., Kuczyńska
A., Mikołajczak K., Ogrodowicz P.,
Ponitka A., Surma M., ŚlusarkiewiczJarzina A.
Kuczyńska A.,
Mikołajczak K., Ćwiek H.
Zearalenone lactonohydrolase activity in Hypocreales
and its evolutionary relationships within the epoxide
hydrolase subset of a/b-hydrolases. (2014). 14: 8.
Toxigenic Fusarium species infecting wheat heads in
Poland. (2014). 9(2): 163-172.
Spectroscopic analysis of pindolol irradiated in solid
state. (2014). 12: 60-66.
2,976
30 pkt
The use of Fusarium secondary metabolite biosynthetic
genes in chemotypic and phylogenetic studies. (2014).
40: 176-185.
Variability in the oligosaccharide concentration in
seeds of the mapping population of pea (Pisum sativum
L). (2014). 50(2): 157-162.
The application of the HRM method in the analysis of
SSR and SNP markers in the pea (Pisum sativum L.)
population. (2014). 50(2): 151-156.
Influence of PEG generated osmotic stress on shoot
regeneration and some biochemical parameters in
Lathyrus culture. (2014). 50(2): 77-83.
Segregation distortion in homozygous lines obtained
via anther culture and maize doubled haploid methods
in comparison to single seed descent in wheat (Triticum
aestivum L.). (2014). 17: 6-13.
Pleiotropic effects of the sdw1 locus in barley
populations representing different rounds of
recombination. (2014). 17: 217-223.
6,087
40 pkt
0,633
15 pkt
1,329
25 pkt
0,486
15 pkt
0,486
15 pkt
0,486
15 pkt
0,647
15 pkt
0,647
15 pkt
16.
17.
European Journal of
Lipid Science and
Technology
Genome Biology
18.
Histology and
Histopathology
19.
International
Agrophysics
Journal of
Agricultural and
Food Chemistry
Journal of Applied
Genetics
20.
21.
22.
23.
Journal of Applied
Microbiology
Journal of Basic
Microbiology
Siger A. Kachlicki P., Czubiński J., Polcyn
D., Dwiecki K., Nogala-Kalucka M.
Pajoro A., Madrigal P., Muino J.M., Matus
J.T., Jin J., Mecchia M.A., Debernardi J.M.,
Palatnik J.F., Balazadeh S., Arif M.,
O'Maoileidigh D.S., Wellmer F., Krajewski
P., Riechmann J.L., Angenent G.C.,
Kaufmann K.
Uribe-Gómez J.J., Zamora-Natera J.F.,
Bañuelos-Pineda J., Kachlicki P., Stobiecki
M., García-López P.M.
Rybiński W., Rusinek R., Szot B.,
Bocianowski J., Starzycki M.
Salmanowicz B.P., Langner M., KubickaMatusiewicz H.
Kaczmarek J., Latunde-Dada A.O.,
Irzykowski W., Cools H.J., Stonard J.F.,
Jedryczka M.
Dawidziuk A., Koczyk G., Popiel D.,
Kaczmarek J., Buśko M.
Strakowska J., Błaszczyk L., Chełkowski J.
Isolation and purification of plastochromanol-8 for
HPLC quantitative determination. (2014). 116: 413422.
Dynamics of chromatin accessibility and gene
regulation by MADS-domain transcription factors in
flower development. (2014). 15: R41.
2,033
25 pkt
Flavonoid profile of Lupinus mexicanus germinated
seed extract and evaluation of its neuroprotective effect.
(2014). 29: 1415-1421.
Analysis of interspecies physicochemical variation on
grain legume seeds. (2014). 28: 491-500.
Variation of high molecular weight secalin subunit
composition in rye (Secale cereale L.) inbred lines.
(2014). 62: 10535-10541
Molecular screening for avirulence alleles AvrLm1 and
AvrLm6 in airborne inoculum of Leptosphaeria
maculans and winter oilseed rape (Brassica napus)
plants from Poland and the UK. (2014). 55(4): 529-39.
Molecular diagnostics on the toxigenic potential of
Fusarium spp. plant pathogens. (2014). 116: 1607-20.
The significance of cellulolytic enzymes produced by
Trichoderma in opportunistic lifestyle of this fungus.
(2014). 54: S2–S13.
2,236
25 pkt
10,465
45 pkt
1,142
25 pkt
3,107
45 pkt
1,902
20 pkt
2,386
30 pkt
1,822
20 pkt
24.
Journal of
Experimental
Botany
Głowacka K., Adhikari S., Peng J., Gifford
J., Juvik J.A., Long S.P., Sacks E.J.
25.
Journal of Plant
Diseases and
Protection
Medycyna Pracy
Kaczmarek J., Brachaczek J., Jedryczka M.
26.
Skóra J., Gutarowska B., Stępień Ł.,
Otlewska A., Pielech-Przybylska K.
Jeleń H., Błaszczyk L., Chełkowski J.,
Rogowicz K., Strakowska J.
27.
Mycological
Progress
28.
Plant Biology
Perlikowski D., Kosmala A., Rapacz M.,
Kościelniak J., Pawłowicz I.,
Zwierzykowski Z.
29.
Plant Disease
Czembor E., Stępień Ł., Waśkiewicz A.
30.
Plant Molecular
Biology Reporter
Książkiewicz M., Zielezinski A., Wyrwa K.,
Szczepaniak A., Rychel S., Karlowski W.,
Wolko B., Naganowska B.
31.
Plant Physiology
and Biochemistry
Planta
De Mezer M., Turska-Tarska A., Kaczmarek
Z., Głowacka K., Swarcewicz B., Rorat T.
Szabała B., Fudali S., Rorat T.
32.
Variation in chilling tolerance for photosynthesis and
leaf extension growth among genotypes related to the
C4 grass Miscanthus ×giganteus. (2014). 65(18):
5267–5278.
The effect of fungicide spray time on the incidence of
stem canker of brassicas and seed yield of winter
oilseed rape in Pomerania. (2014). 121(2): 58-63.
The evaluation of microbial contamination in the
working environment of tanneries. (2014). 65: 15-32.
Formation of 6-n-pentyl-2H-pyran-2-one (6-PAP) and
other volatiles by different Trichoderma species.
(2014). 13: 589-600
Influence of short-term drought conditions and
subsequent re-watering on the physiology and proteome
of Lolium multiflorum/Festuca arundinacea
introgression forms with contrasting levels of tolerance
to long-term drought. (2014). 16: 385-394.
Fusarium temperatum as a new species causing ear rot
on maize in Poland. (2014). 98: 1001.
Remnants of the legume ancestral genome preserved in
gene-rich regions: insights from Lupinus angustifolius
physical, genetic, and comparative mapping. (2014).
doi: 10.1007/s11105-014-0730-4.
Differential physiological and molecular response of
barley genotypes to water deficit. (2014). 80: 234-248.
Accumulation of acidic SK3 dehydrins in phloem cells
of cold- and drought-stressed plants of Solanaceae.
(2014). 239: 847-863.
5,794
45 pkt
0,611
20 pkt
0,318
15 pkt
1,543
20 pkt
2,405
30 pkt
2,742
35 pkt
2,374
25 pkt
2,352
35 pkt
3,376
40 pkt
33.
Plos One
Perlikowski D., Wiśniewska H., Góral T.,
Kwiatek M., Majka M., Kosmala A.
34.
Talanta
Salmanowicz B.P., Langner M., Franaszek
S.
35.
Theoretical and
Applied Genetics
Kroc M., Koczyk G., Święcicki W., Kilian
A., Nelson M.
36.
Toxins
37.
World Mycotoxin
Journal
38.
ZemdirbysteAgriculture
Waśkiewicz A., Morkunas I., Bednarski W.,
Mai V.C., Formela M., Beszterda M.,
Wiśniewska H., Goliński P.
Gutarowska B., Skóra J., Stępień Ł.,
Twarużek M., Błajet-Kosicka A., Otlewska
A., Grajewski J.
Piliponyte-Dzikiene A., Kaczmarek J.,
Petraitiene E., Kasprzyk I., Brazauskiene I.,
Brazauskas G., Jedryczka M.
(2014). Identification of kernel proteins associated
with the resistance to Fusarium head blight in winter
wheat (Triticum aestivum L.). (2014). 9(10): e110822.
Charge-based characterisation of high-molecularweight glutenin subunits from common wheat by
capillary isoelectric focusing. (2014). 129: 9-14.
New evidence of ancestral polyploidy in the Genistoid
legume Lupinus angustifolius L. (narrow-leafed lupin).
(2014). 127: 1237-1249.
Deoxynivalenol and Oxidative Stress Indicators in
Winter Wheat Inoculated with Fusarium graminearum.
(2014). 6(2): 575-591.
Estimation of mould contamination and mycotoxin
production at workplaces in composting plants,
tanneries, archives and libraries. (2014). 7: 345-355.
Microscopic and molecular detection of airborne
ascospores of Leptosphaeria maculans and L.
biglobosa in Lithuania and Poland. (2014). 101(3):
303-312.
3,534
40 pkt
3,511
40 pkt
3,507
40 pkt
2,480
30 pkt
2,380
25 pkt
0,523
20 pkt
B. Publikacje w czasopismach z „Listy B Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego”
Lp.
Nazwa czasopisma
Autor/autorzy
1.
Acta Agrobotanica
Jędryczka M., Burzyński A., Brachaczek A.,
Langwiński W., Song P., Kaczmarek J.
2.
Acta Agrobotanica
Kaczmarek J., Irzykowski W., Burzyński A.,
Jędryczka M.
3.
Biuletyn Instytutu
Hodowli i
Aklimatyzacji Roślin
4.
Colloquium
Biometricum
Wiśniewska H., Góral T., Ochodzki P., WalentynGóral D., Kwiatek M., Majka M., Grzeszczak I.,
Belter J., Banaszak Z., Pojmaj M., Kurleto D.,
Konieczny M., Budzianowski G., Cicha A., Paizert
K., Woś H.
Górynowicz B., Święcicki W., Pilarczyk W.,
Mikulski W.
5.
Communications in
Biometry and Crop
Science
Journal of Plant
Protection Research
6.
Wnuk A., Górny A.G., Bocianowski J., Kozak M.
Błaszczyk L., Siwulski M., Sobieralski K.,
Lisiecka J., Jędryczka M.
Tytuł/rok/tom/strony
Pkt
MNiSW
Loop-mediated isothermal amplification as a
good tool to study changing Leptosphaeria
populations in oilseed rape plants and air
samples. (2013). 67(4): 93-100.
The detection of Plasmodiophora brassicae
using loop-mediated isothermal DNA
amplification. (2014). 67(4): 59-66.
Odporność rodów hodowlanych pszenżyta
ozimego na fuzariozę kłosów. (2014). 271: 2943.
8 pkt
The dependence of seed yield and its
components on environmental factors in
selected legumes. (2014). 44: 127-138.
Visualizing harvest index in crops. (2013). 8:
48-59.
4 pkt
Trichoderma spp. – application and prospects
for use in organic farming and industry. (2014).
54(4): 309-317.
10 pkt
8 pkt
4 pkt
10 pkt
7.
Journal of Plant
Protection Research
Jędryczka M., Kasprzyk I., Korbas M., Jajor E.,
Kaczmarek J.
8.
Rośliny OleisteOilseed Crops
Kalembasa D., Kalembasa S., Jedryczka M.
Infestation of Polish agricultural soils by
Plasmodiophora brassicae along the PolishUkrainian border. (2014). 54(3): 238-241.
Wpływ porażenia roślin rzepaku ozimego
grzybem Sclerotinia sclerotiorum na
rozmieszczenie fosforu, potasu i wapnia w
słomie. (2013). 34(2): 205-213.
10 pkt
4 pkt
C. Publikacje w innych czasopismach (w tym branżowych i popularno-naukowych)
Lp.
1.
2.
3.
4.
5.
6.
Nazwa czasopisma
Academia
Communications in
Agricultural and Applied
Biological Sciences
Farmer – czasopismo i portal
internetowy dla rolników
Folia Biologica et
Oecologica
Gomer Press Ltd., Llandysul,
Ceredigion, Wales
IOBC/WPRS Bulletin
Autor/autorzy
Kosmala A.
Wachowska U., Jedryczka M.,
Irzykowski W., Glowacka K.
Jędryczka M., Kaczmarek J.
Jędryczka M.
Perlikowski D., Pawłowicz. I.,
Zwierzykowski Z., Zwierzykowski
W., Paszkowski E., Kosmala A.
Kaczmarek J., Stachowiak A.,
Irzykowski W., Langwiński W.,
Burzyński A., Jedryczka M.
Tytuł/rok/tom/strony
Trawa bardzo pożyteczna. (2014). 2(38): 19-21.
Use of Aureobasidium pullulans to control fusarium head blight
on winter wheat ears caused by Fusarium culmorum. (2013).
78(3): 545-549.
SPEC ostrzega.(2014). wrzesień 2014.
Aeromycology: studies of fungi in aeroplankton. (2014). 10: 1826.
Drought tolerance of the Lolium multiflorum-Festuca arundinacea
introgression forms. In: A. Hopkins et al. (eds) Grassland Science
in Europe, 19: 151-153. (2014). ISBN 978-0-9926940-1-2.
Molecular detection of pycnidiospores of Leptosphaeria maculans
from tapes in spore samplers. (2014). 104: 133-138.
7.
IOBC/WPRS Bulletin
Korbas M., Jajor E., Kaczmarek J.,
Perek A., Jedryczka M.
8.
Rolnik Dzierżawca
9.
Rolnicze Wieści
Jędryczka M., Kaczmarek J.,
Korbas M., Jajor E.
Kaczmarek J., Jędryczka M.
10.
11.
12.
Top Agrar
Top Agrar
Top Arar
13.
Wiedza i Życie
Jędryczka M., Kaczmarek J.
Kaczmarek J., Jędryczka M.
Korbas M., Jajor E., Jędryczka M.,
Kaczmarek J.
Stępień Ł.
Infestation of Polish agricultural soils by Plasmodiophora
brassicae on the Polish-Belarussian border in Podlasie province.
(2014). 104: 167-171.
Kiła na rzepaku: rośnie zagrożenie. (2014). 9: 80–81
Sucha zgnilizna kapustnych zagrożeniem dla rzepaku. (2014). 1:
6.
Sucha zgnilizna nie próżnuje! (2014). 11: 58–61.
Zachód zagrożony suchą zgnilizną. (2014). 3: 142–145.
Kiła kapusty nie odpuszcza. (2014). 7: 92–96.
Pleśnie wszędzie. (2014). 02/2014.
D. Autorstwo/redakcja monografii; autorstwo rozdziału w monografii
Lp.
Autor/autorzy
Tytuł/rok/tom/strony
1.
Dziamba SZ., Dziamba J.,
Rybiński W.
Charakterystyka oraz możliwości wykorzystania współcześnie niedocenianych roślin strączkowych:
lędźwian siewny i afrykański, soczewica jadalna i ciecierzyca pospolita. (2013). W: Biologiczna
różnorodność ekosystemów rolnych oraz możliwości jej ochrony w gospodarstwach ekologicznych.
Edytor: J. Tyburski i M.K Kostrzewska. Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie. Str.: 53-74.
ISBN 978-83-62863-42-6.
2.
Frohmberg W., Sawikowska A.,
Ćwiek H., Kaczmarek Z.,
Krajewski P.
POLAPGEN-BD data collection, retrieval and processing infrastructure: a solution for systems
biology research in plants. W: Surma M., Krajewski P. (red.), Methodology of system approach to
study drought tolerance in barley. (2014). Institute of Plant Genetics PAS, Poznań: 167-179.
3.
Kiełbowicz-Matuk A.,
Czarnecka J.
4.
Ogrodowicz P., Mikołajczak K.,
Kuczyńska A., Krystkowiak K.,
Surma M., Adamski T.
Pniewski T.
5.
6.
Interplays of plant circadian clock and abiotic stress response networks. (2014). W: P. Ahmad and S.
Rasool (eds) Emerging Technologies and Management of Crop Stress Tolerance, Biological
Techniques, 1: 487-506. Elsevier Press, San Diego, London, Waltham, ISBN 978-0-12-800876-8.
Plant materials and analysed traits in the greenhouse and field experiments. W: Surma M., Krajewski
P. (red.), Methodology of system approach to study drought tolerance in barley. (2014). Institute of
Plant Genetics PAS, Poznań: 19-28.
Plant-based vaccines against hepatitis B. In: Genetically Engineered Plants as a Source of Vaccines
Against Wide Spread Diseases. (2014). An Integrated View. Ed. Rosales-Mendoza S. Springer, ISBN
978-1-4939-0849-3, ch. 10, pp. 175-215.
The application of functional genomics to identify genes associated with adaptation of barley plants
to water deficit. W: Surma M., Krajewski P. (red.), Methodology of system approach to study
drought tolerance in barley. (2014). Institute of Plant Genetics PAS, Poznań: 141-150.
Lathyrus in Poland – origin, breeding research status and consumption. (2013). CCDN – Cassawa
Cyanide Diseases & Neurolathyrism 22: 3-7. ISSN 1838-8825.
7.
Rorat T., Turska-Taraska A.,
Kiełbowicz-Matuk A., De Mezer
M.
Rybiński W.
8.
Szczepaniak A.
Badania naukowe realizujące założenia zrównoważonego rozwoju w agronomii. W: Zrównoważony
rozwój - Debiut naukowy 2014, Wydawnictwo Państwowej Wyższej Szkoły w Raciborzu 45-51.
9.
Surma M., Krajewski P.
Methodology of system approach to study drought tolerance in barley. (2014). Institute of Plant
Genetics PAS, Poznań. ISBN 978-83-64246-24-1, ISSN 1230-0721, 181 str.