Database resources of the National Center for Biotechnology

Database resources of the National
Center for
Biotechnology Information
Magdalena Malczyk
NCBI
●
●
●
NCBI = National Center for Biotechnology
Information
Założone w 1998 r.
Cel: rozwijanie systemów informatycznych
wspierających biologię molekularną
www.ncbi.nlm.nih.gov
ftp.ncbi.nlm.nih.gov
System Entrez - kategorie
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/
●
Literatura
●
Zdrowie
●
Genomy
●
Białka
●
Analiza sekwencji BLAST
●
Związki chemiczne
System Entrez - bazy
E-Utilities
●
EInfo
●
ESearch
●
EFetch
●
ESummary
●
Elink
eutils.ncbi.nlm.nih.gov
Entrez Direkt
●
E-Utilities w linii poleceń UNIXa
●
Użycie potoków
●
Łączenie ze standardowymi poleceniami UNIX
www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK179288/
Literatura
●
PubMed
●
PubMed Commons
●
PubMed Central (PMC)
●
National Library of Medicine Catalog (NLM)
●
Medical Subject Headings (MeSH)
●
NCBI Bookshelf
ClinVar
MedGen
Database of Genotypes and
Phenotypes (dbGaP)
dbMHC, dbLRC, dbRBC
●
DbMHC – przeszczep szpiku kostnego
●
DbLRC – receptory leukocytów
●
DbRBC – antygeny czerownych krwinek
PubMed Health
●
Nie tylko dla profesjonalistów
●
Encyklopedia chorób i ich leczenia
●
Skupienie na efektywności klinicznej
Na przykład:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmedhealth/PM
HT0025769/
Genomy
●
BioProject – metadane na temat projektów
badawczych
●
Assembly – składanie sekwencji
●
Genome – projekty sekwencjonowania genomu
●
RefSeq – niereduntantny zbiór sekwencji
●
RefSeq – pierwszorzędowa sekwencja
nukleotydów
Genomy
●
●
PopSet – sekwencje pochodzące z badań nad
populacjami i filogenetyką
Sequence Read Archive (SRA) – highthoroughput sequencers
●
Trace Archive – dane z elektroforezy
●
Clone database (CloneDb) – klony i biblioteki
●
Probe – sondy genowe
Genomy
●
BioSample – annotacja próbek biologicznych
●
Taxonomy
●
Genome reference consortium (GRC) – genom
złożonych eukariotów
●
DbSNP – polimorfizm pojedynczego nukleotydu
●
DbVar – wariancje DNA na większa skalę
Variation Viewer
www.ncbi.nlm.nih.gov/variation/view
Genomy
●
Virus variation resource – np. West Nile, Ebola
●
Epigenomics
Geny
●
●
●
●
Gene – udokumentowane geny, narzędzie
gene2xml
RefSeqGene – dobrze opisane sekwencje,
kwerenda refseqgene
Conserved CDS database (CCDS) –
konserwowane sekwencje myszy i ludzi
Gene expression omnibus (GEO) – highthoroughput sequencing
Geny
●
●
UniGene – zamiana zbioru sekwencji na zbiór
klastrów genów
HomoloGene – automatyczne wykrywanie
homologów
Białka
●
●
●
●
RefSeq – zawiera także dobrze opisane
sekwencje białek
GenBank – symulowane translacje
Molecular modeling database (MMDB) – szuka
położenia domen w obrębie białka – algorytm
VAST
Białka
●
●
●
Conserved Domain Database (CDD) – na
podstawie algorytmu PSI-BLAST i znanych już
konserwowanych domen
Protein Clusters Database – zbiory niemal
identycznych białek
HIV-1/Human Protein Interaction Database
BLAST software
BLAST na chmurze
●
Eksperymentalny
●
Host: Amazon Web Services
●
Ściąga bazy BLAST w razie potrzeby
●
Można dodać własną bazę
Bazy danych BLAST
●
●
●
Domyślnie: RefSeq RNA + GenBank
Dla białek: niereduntantne translacje z
Genbank, sekwencje z RefSeq, UniProt
Możliwość rozszerzenia lub zawężenia
zasobów
Genomic BLAST
●
●
●
Analogiczny do standardowego BLAST
MegaBLAST – dla niemal identycznych
sekwencji
Discontigous MegaBlast – dla porównywania
międzygatunkowego
Primer-BLAST
●
Narzędzie do projektowania PCR
●
Na podstawie programu Primer3
●
Za pomoca BLAST można wyszukać
odpowiednie primery
Inne
●
●
IgBLAST - Analiza sekwencji domen
immunoglobulin
COBALT – multiple alignment dla białek
Związki chemiczne
●
●
PubChem – właściwości związków w
konktekście diagnostyki i terapeutyki
Biosystems – udział białek w ścieżkach
metabolicznych i chorobach
Ostatnie zmiany
●
●
●
●
PubMed labs – eksperymentalne projekty z
wykorzystaniem społeczeństwa użytkowników
Projekt Pathogen Detection – patogeny
przenoszone droga powietrzną i przez
pożywienie
Trwa rewizja danych z kategorii Genomy, Geny
i Białka
MOLE-BLAST
Dalsze informacje
●
NCBI Help Manual
●
NCBI Handbook
●
NCBI Learn
●
NCBI Youtube
●
NCBI News
Źródła
Artykuł: "Database Resources fo the National
Center for Biotechnology Information"
Strona National Center for Biotechnology
Information