strategie replikacji genomu DNA

advertisement
STRATEGIE REPLIKACJI
GENOMÓW WIRUSOWYCH
„Be warned! One sneeze can generate an aerosol of enough
cold viruses to infect an entire regiment!”
Linda Stannard
Prokaryotae
Archaebacteria
Eukaryotae
Eocyta
Eubacteria
Archaezoa
Photocyta
Chromista
Plantae
Animalia
dsDNA
RNA
ssRNA(+)
ssRNA(-)
Arenaviridae
Bunyaviridae
Orthomyxoviridae
dsRNA
ssRNA(+)
RT
Asfaviridae
Herpesviridae
Iridoviridae
Poxviridae
Adenoviridae
Papillomaviridae
Polyomaviridae
Astroviridae
Caliciviridae
Picornaviridae
Coronaviridae
Arteriviridae
Flaviviridae
Togaviridae
Filoviridae
Paramyxoviridae
Rhabdoviridae
Bornaviridae
Birnaviridae
Reoviridae
Retroviridae
DNA
Wirusy
dsDNA
Rząd:
Mononegavirales
Circoviridae
ssDNA
Parvoviridae
Hepadnaviridae
dsDNA
RT
wirusy
DNA
(ds, ss)
Podział procesu replikacji wirusów kręgowców
na okresy, fazy i stadia
1. Okres adsorbcji
2. Okres penetracji i obnażania genomu
3. Okres wewnątrzkomórkowej biosyntezy
fazy
a. zahamowanie syntezy komórkowego DNA, RNA i białek
- początek fazy eklipsy i początek stadium latencji
b. transkrypcja, translacja i synteza białek wczesnych
c. replikacja kwasu nukleinowego dla wirionów potomnych
d. transkrypcja z rodzicielskiego i/lub potomnego DNA
(względnie RNA) oraz translacja i synteza białek późnych i
ew. późnych enzymów
e. montowanie wirionów potomnych - koniec fazy eklipsy
4. Okres dojrzewania i uwalniania wirionów potomnych koniec stadium latencji
Rodzina: Herpesviridae
Podrodzina: Alphaherpesvirinae
Simplexvirus
Varicellovirus
Podrodzina: Betaherpesvirinae
Cytomegalovirus
Muromegalovirus
Roseolovirus
Podrodzina: Gammaherpesvirinae
Lymphocryptovirus
Rhadinovirus
100-200 nm, dwudziestościenny kapsyd i otoczka
zawierająca amorficzny tegument; otoczka
powstaje podczas wypączkowywania z jądra
dsDNA 124-235 kbp, 4 klasy genomu, zależnie od
aranżacji tzw. sekwencji powtarzających się
70 do ponad 200 ORF, w tym dla DNA-polimerazy,
białek wiążących DNA, proteazy, TK, RRA, kinaz i
innych
3 klasy genów - natychmiastowe wczesne (alfa,
indukowane przez α-TIF), wczesne i późne
1
2
3
EHV-1
BoHV-1
SuHV-1
4
HHV-1
TRL
UL
IRL
IRS
TRS
US
ekspresja genów kaskadowa - geny α ulegają
ekspresji jako pierwsze i aktywują ekspresję
pozostałych genów
α zwierają docelowy element TAATGArATT i
indukowane są przez α-TIF obecny w tegumencie
β - RRA, TK, DNA-polimeraza, białko wiążące
DNA i in. odpowiedzialne za replikację DNA
γ - strukturalne
nukleokapsydy transportowane do jądra przy
udziale mikrotubul cytoszkieletu
genom zawiera 3 miejsca ori w których rozpoczyna
się replikacja:
2oriS - umożliwia syntezę
dwukierunkową
oriL - jednokierunkową
L i jedno S mogą być usunięte bez utraty zdolności
do replikacji
Replikacja kwasu nukleinowego dla wirionów potomnych
rozpoczyna się w jednym (lub więcej) miejscu ori, zgodnie
z mechanizmem „toczącego się koła” (rolling circle) i
przebiega z wytworzeniem tzw, konkatameru - formy
pośredniej złożonej z więcej niż jednego genomu
Szczegóły znajdziesz TU
Rodzina: Poxviridae
Podrodzina: Chordopoxvirinae
Podrodzina: Entomopoxvirinae
Podrodzina: Chordopoxvirinae
Orthopoxvirus (ospy i krowianki)
Parapoxvirus (orf i inne)
Avipoxvirus (ospy ptaków)
Capripoxvirus (ospy kóz)
Leporipoxvirus (myksomatozy i fibromatozy)
Suipoxvirus (ospy świń)
Molluscipoxvirus (mięczaka zakaźnego)
Yatapoxvirus (wirusy Tana i Yaba)
dsDNA 130-375 kbp, 150-300 białek, w tym
DNA-zależna DNA-transkryptaza, (Ortho - HA);
ok. 100 białek obecnych w wirionie
wczesne transkrypty poli-A powstają wewnątrz
rdzenia, przed obnażeniem DNA
kodują liczne enzymy, w tym DNA-zależną DNApolimerazę, enzymy modyfikujące DNA i RNA,
białka wyłączające syntezy komórkowe, czynniki
transkrypcyjne genów pośrednich
pośrednie - ekspresja podczas replikacji DNA,
prawdopodobnie kodują czynniki
transkrypcyjne genów późnych
Replikacja DNA w cytoplazmie (przy pomocy
enzymów kodowanych przez wirus), z wytworzeniem
pośredniej formy konkatamerycznej; nie wymaga
miejsca ori
Rodzina: Adenoviridae
Mastadenovirus
Aviadenovirus
dsDNA 20-25x106 (Mast), 30x106 (Avi), ludzki a. 2
ok. 36 kbp z 1 sekwencja odwróconą
Ok. 40 polipeptydów, wczesne wpływają modulująco
na aparat transkrypcyjny komórki
E1A - bierze udział w unieśmiertelnianiu komórek
E1B - bierze udział w transformacji komórek,
podobny do c-myc i c-fos
E2A - białko wiążące ssDNA
E2B - niezbędne do replikacji DNA
replikacja semikoserwatywna - elongacja nici
potomnej w kierunku 5’
3’
2 typy replikacji:
I - „liniowa”
II - z wytworzeniem pośredniej
formy kolistej
Rodzina: Iridoviridae
Liniowy dsDNA 140-303 kbp; u IIV-1, wirusa bezkręgowców
występuje w rdzeniu dodatkowy składnik 10.8 kbp
2 fazy replikacji - wczesna - w jądrze, produkt o
wielkości genomu lub mniejszy może służyć jako
dodatkowa matryca lub transportowany jest do
cytoplazmy gdzie występuje w formie dużego,
rozgałęzionego konkatameru
późna - konkatamer jest rozdzielany na
pojedyńcze genomy potomne przy udziale
kodowanej przez wirus integrazy-rekombinazy
Najpierw tworzy się dupleks z jednoniciowymi końcami 3’, zdolnymi
do rekombinacji w obrębie tej samej cząsteczki DNA (A) lub innych
(B), przy udziale kodowanej przez wirus integrazy-rekombinazy;
tworzą się duże, rozgałęzione konkatamery „replikacyjne”
konkatamer „replikacyjny” rozdzielany jest na pojedyńcze
genomy potomne przy udziale kodowanej przez wirus
integrazy-rekombinazy
Schemat replikacji i tworzenia konkatamerów znajdziesz na
TEJ stronie
Rodzina: Asfarviridae
Asfivirus
dsDNA 170-190 kbp
70-100 nm rdzeń otoczony warstwą lipidową i
dwudziestościennym kapsydem, średnica wraz z
otoczką - 170-190 nm
Warstwa lipidowa pochodzi z błon retikulum
endoplazmatycznego, otoczka - z błony
cytoplazmatycznej
Replikacja DNA w przestrzeni okołojadrowej, z
wytworzeniem pośredniej formy konkatamerycznej,
konkatamer „head-to-head”
Rodzina: Polyomaviridae
Rodzaj: Polyomavirus
Nagie, 40 nm., kolisty dsDNA ok. 5 kbp
genom podzielony na region wczesny i poźny, 1 ori
E mRNA (T) i L mRNA (VP-1 do VP-3) transkrybowane
z różnych nici
zakażenie produktywne dwuetapowe:
- etap wczesny - przed replikacją DNA
- etap późny - po jej rozpoczęciu
za adsorbcję wirionu do komórki odpowiada VP-1 aktywujący
jednocześnie komórkowe geny c-myc i c-fos; wnikanie przez
endocytozę, transport DNA do jądra wakuoli która ulega fuzji
z błoną jądrową
w etapie wczesnym ekspresji ulegają antygeny T co prowadzi
do aktywacji ekspresji genów komórkowych i aktywacji
syntezy komórkowego DNA
replikację inicjuje duży antygen T - tworzy kompleks z
czynnikami komórkowymi i przylącza się do wirusowego DNA
w pobliżu ori
replikacja rozpoczyna się przyłączeniem dużego antygenu T
(aktywność helikazy) do miejsca ori i jego oddziaływaniem z
DNA-polimerazą gospodarza; przebiega w sposób
„półnieciągły” -
- dwukierunkowo; po osiągnięciu ok. 1800 od miejsca ori
przechodzi w fazę późną - „rolling circle”
Rodzina: Papillomaviridae
Rodzaj: Papillomavirus
Nagie, 55 nm., kolisty dsDNA ok. 8 kbp
9-10 ORFs, E1-E8, L1 i L2, transkrybowane z tej
samej nici (w odróżnieniu od Polyoma)
E - odpowiedzialne za transkrypcję i replikację
L - strukturalne
9-10 ORFs, E1-E8, L1 i L2, transkrybowane z tej
samej nici (w odróżnieniu od Polyoma)
E2 - transaktywator stymulujący transkrypcję genów
wirusowych przez współdziałanie z enhancerami
obecnymi w LCR; ma zdolność przyłączania do
określonych sekwencji DNA
niektóre wczesne - np. E5, E7 - określane jako
onkoproteiny działają tumorogennie
2 typy replikacji, zależnie od stopnia zróżnicowania
komórek:
- „plazmidowa” - raz na cykl podziału komórki
- wegetatywna – w komórkach zróżnicowanycvh
w komórkach mało niezróznicowanych „wstępnie”
zreplikowany genom szybko przechodzi w formę
plazmidową pod wpływem działającego modulująco
E1-M który „znakuje” nowopowstały DNA i wyłącza
go z replikacji
replikacja wegetatywna inicjowana jest w komórkach
kolczystych przez wiązanie E1 (E1-R) i E2 do ori i
interakcję z DNA-polimerazą komórkową
białka E mają zdolność do derepresji niektórych genów
komórkowych i stymulacji syntezy komórkowego DNA
genom papillomawirusa może zintegrować się z
genomem gospodarza, niekiedy w okolicy c-onc
2 typy replikacji:
- „plazmidowa” – w mniej zróżnicowanych komórkach
naskórka - bezpośrednio po wniknięciu do komórki
dochodzi do replikacji ograniczonej liczby genomów,
które przechodzą w formę plazmidową – replikacja raz
na cykl podziału komórki
-wegetatywna – w zróżnicowanych, łuskowatych
komórkach naskórka, gdzie nie ma syntezy
komórkowego DNA
Schemat znajdziesz TU
„Wstępnie” zreplikowany genom szybko przechodzi w
formę plazmidową pod wpływem działającego
modulująco E1-M (mod), który „znakuje”
nowopowstały DNA i wyłącza go z replikacji
replikacja wegetatywna inicjowana jest przez wiązanie
E1-R (rep) i E2 do ori i interakcję z DNA-polimerazą
komórkową
genom papillomawirusa może zintegrować się z
genomem gospodarza, niekiedy w okolicy c-onc
Rodzina: Parvoviridae
Parvovirinae
Rodzaj: Parvovirus
Erythrovirus
Dependovirus
Densovirinae
Rodzaj: Densovirus
Iteravirus
Contravirus
Nagie, dwudziestościenne, 18-26 nm.
ssDNA, 4-6 kb, 2 główne geny - REP (kodujący funkcje
niezbędne do transkrypcji i replikacji DNA) i CAP
(kodujący niałka strukturalne); u niektórych członków
rodziny występują dodatkowe ORFs
Enkapsydacji ulegają zarówno nici ssDNA „+” jak i „-”, z
różną efektywnością
Densovirus kodują REP i CAP na komplementarnych
niciach
Wirusy autonomiczne mają ssDNA „-” - komplementarny
do mRNA
dependowirusy - AAV - ssDNA”+” lub”-”, do replikacji
wymagają zakażenia helperem - adeno lub herpes
dependowirusy - AAV - pod nieobecność helpera DNA
dostaje się do jądra ale ekspresja genów jest
niewystarczająca dla uruchomienia transkrypcji z
pośredniej formy dwuniciowej i DNA ulega integracji
Wirusy autonomiczne replikują DNA z wytworzeniem
pośredniej formy „dimer-duplex”
http://www.mcb.uct.ac.za/tutorial/parvrep2.gif
Download