ZAKŁAD MIKROBIOLOGII FARMACEUTYCZNEJ I DIAGNOSTYKI MIKROBIOLOGICZNEJ Katedra Biologii i Biotechnologii Farmaceutycznej Wydziału Farmaceutycznego ĆWICZENIA Z MIKROBIOLOGII I IMMUNOLOGII DLA STUDENTÓW FARMACJI POD REDAKCJĄ ELIGII M. SZEWCZYK Łódź 2014 1 AUTORZY: Bożena Dudkiewicz Wioletta Kmieciak Anna Kwaszewska Paweł Lisiecki Maria Sobiś-Glinkowska Jadwiga Szarapińska-Kwaszewska Magdalena Szemraj Eligia M. Szewczyk ISBN: 978-83-64344-04-6 Wydanie drugie zmienione i poprawione 2 Spis treści: MIKROBIOLOGIA Rozdział 1 Morfologia drobnoustrojów …………………………………………..……….…5 Rozdział 2 Pożywki, morfologia wzrostu bakterii na podłożach………..….…..19 Rozdział 3 Posiew bakterii na podłoża; otrzymywanie czystej hodowli …...33 Rozdział 4 .. Wymagania wzrostowe bakterii ………………………….…………..……...41 Rozdział 5 Wykorzystanie cech biochemicznych bakterii do ich Identyfikacji……………………………………………………………………………..51 Rozdział 6 Liczenie bakterii…………………………………………………………….………...69 Rozdział 7 Dezynfekcja i antyseptyka………………………………………………..….…..79 Rozdział 8 Wpływ czynników środowiskowych na wzrost i rozwój bakterii. Sterylizacja………………..…………………………………………………..…………91 Rozdział 9 Bakterie bytujące na skórze i błonach śluzowych.……………….….103 Rozdział 10 Bakterie w przewodzie pokarmowym.……….………………..…..…....123 Rozdział 11 Inne bakterie bytujące w środowisku człowieka…………………..…145 Rozdział 12 Bakterie wywołujące choroby o swoistym przebiegu, trudne do hodowli lub identyfikacji…………………………………..……153 Rozdział 13 Wirusologia………………………………………………………………………..……165 3 Rozdział 14 Mikologia…………………………………………………………………………….…..179 Rozdział 15 Bakterie w lekach – kontrola czystości mikrobiologicznej……..…191 Rozdział 16 Schematy identyfikacyjne drobnoustrojów w badaniu leków wg Farmakopei Polskiej IX…………………………………………………….….205 Rozdział 17 Indukcja mutacji, wykrywanie mutagenów, przekazywanie plazmidów………………………………………………………….……………………211 Rozdział 18 Podstawy wiedzy o antybiotykach i antybiotykoterapii…………..217 IMMUNOLOGIA Rozdział 1 Podstawy diagnostyki immunologicznej i immunoprofilaktyki…233 4 Rozdział 1 Morfologia drobnoustrojów Cześć teoretyczna Drobnoustroje prokariotyczne i eukariotyczne Do mikroorganizmów prokariotycznych zaliczamy - bakterie i Archea, a do eukariotycznych - grzyby, glony i pierwotniaki. Te dwie grupy organizmów prezentują dwa odmienne typy budowy komórki. Choroby u ludzi wywołują zarówno drobnoustroje prokariotyczne (bakterie), jak i eukariotyczne (grzyby i pierwotniaki). Organizmy eukariotyczne mogą być zbudowane z jednej lub wielu komórek. Wszystkie drobnoustroje prokariotyczne są organizmami jednokomórkowymi. Podstawowe różnice w budowie komórki i replikacji materiału genetycznego pomiędzy komórkami prokariotycznymi i eukariotycznymi przedstawiono w tabeli 1. Morfologia komórki bakterii Wymiar większości komórek bakteryjnych pozwala na ich obserwację w mikroskopie świetlnym, gdyż mieści się w granicach od 1 do 10 µm. Przeciętna długość komórki bakteryjnej to 1-5 µm, a średnica od 1-2 µm. Jednak rozmiar najmniejszych bakterii wynosi od 0,15 do 0,2 µm i jest na granicy zdolności rozdzielczej mikroskopu świetlnego, ale największych wynosi od 250 do 600 µm. Komórki grzybów chorobotwórczych są znacznie większe od komórek bakteryjnych (do 40 μm). Ich wielkość waha się zależnie od gatunku i warunków hodowli. Bakterie różnią się między sobą kształtem. Wyróżniamy kształty: kulisty, cylindryczny i spiralny. 5 Tabela 1. Podstawowe różnice w strukturze i funkcji komórek prokariotycznych i eukariotycznych Cecha DNA Rozmnażanie Komórka prokariotyczna wolny, zawieszony w cytoplazmie, zwykle – jeden chromosom; plazmidy tylko bezpłciowe przez podział komórki Wymiana materiału poprzez koniugację, genetycznego transdukcję i Ściana komórkowa Błona cytoplazmatyczna Układ błon wewnętrznych transformację zawiera peptydoglikan (u bakterii) lub inne polimery (Archea) brak steroli (poza mikoplazmami); zawiera hopanoidy (poza Archea) brak Mitochondria Rybosomy brak 70 S Rzęski z białka - flagelliny Komórka eukariotyczna zawarty w jądrze, otoczonym błoną jądrową; jąderko podział komórek przez mitozę; rozmnażanie płciowe z wytworzeniem gamet w czasie rozmnażania płciowego może zawierać chitynę, mannany, glukany (grzyby) lub celulozę obecne są sterole; organelle błonowe (lizosomy, peroksysomy). retikulum endoplazmatyczne, aparat Golgiego obecne 80S (cytoplazmatyczne), 70S (mitochondrialne) złożona, tubullarna struktura Bakterie kuliste, nazywane także ziarenkowcami, mogą być ułożone pojedynczo lub tworzyć charakterystyczne układy komórek. Powstawanie układów związane jest z płaszczyzną i liczbą podziałów komórek w trakcie rozmnażania oraz brakiem ich rozdziałów po podziale. Wśród bakterii kulistych wyróżniamy następujące układy popodziałowe: 6 dwoinki – komórki po podziale pozostają po dwie, ziarniaki czworacze (Tetracocus) – komórki dzielą się w dwóch płaszczyznach, pakietowce (Sarcina) – komórki dzielą się w trzech płaszczyznach do siebie prostopadłych tworząc sześcianki, paciorkowce (Sterptococcus) – komórki układają się w krótsze lub dłuższe łańcuszki, gronkowce (Staphylococcus) – komórki mogą się dzielić w dwóch lub trzech płaszczyznach, tworząc skupiska przypominające kiście winogron. Do form cylindrycznych bakterii zaliczamy: pałeczki (Bacterium), laseczki (Bacillus), maczugowce (Corynebacterium), prątki (Mycobacterium), wrzecionowce (Fusobacterium). Niektóre formy bakterii cylindrycznych mogą także tworzyć charakterystyczne przestrzenne układy popodziałowe: dwoinki, krótsze lub dłuższe łańcuszki, palisady, ugrupowania w kształcie liter V, X, Y. Do form spiralnych bakterii zaliczamy: przecinkowce (Vibrio) z sierpowato zagiętą komórką, śrubowce (Spirillum), które tworzą pełną spiralę, krętki (Borrelia, Treponema, Leptospira), różniące się między sobą liczbą skrętów, grubością komórki i wyglądem jej biegunów. Niektóre gatunki bakterii wykazują tendencję do zmienności morfologicznej i wielokształtności komórek. Obok kulistych, mogą one tworzyć formy cylindryczne czy nitkowate. Zjawisko to nazywamy polimorfizmem (pleomorfizmem). Strukturami anatomicznymi występującymi w każdej komórce bakteryjnej są: nukleoid, rybosomy, cytoplazma i błona (membrana) cytoplazmatyczna. Wszystkie bakterie (z wyjątkiem mykoplazm) mają złożoną w swej strukturze ścianę komórkową. Niektóre bakterie wytwarzają warunkujące ruchliwość rzęski czy włókno osiowe, a także ważne dla kolonizacji fimbrie adhezyjne, dla wymiany materiału genetycznego – fimbrie płciowe (pili), albo wpływającą na chorobotwórczość otoczkę. Niektóre rodzaje bakterii (Clostridium, Bacillus) mogą także tworzyć przetrwalniki (endospory) czy też gromadzić w cytoplazmie materiały zapasowe, najczęściej 7 kwas poli-β-hydroksymasłowy, ziarnistości poli-metafosforanowe zwane wolutyną, ale także skrobię, glikogen czy koloidalną siarkę. Wytwarzanie tych struktur może zależeć od warunków środowiska. Cechy te jednak mają duże znaczenie dla taksonomii, a tym samym identyfikacji bakterii. W mikroskopie świetlnym, w „mokrych” preparatach możemy ocenić kształt i wielkość komórek drobnoustrojów, a także ich ruchliwość spowodowaną obecnością rzęsek lub włókna osiowego (preparat w „kropli wiszącej”). Można także obserwować przetrwalniki jako struktury silniej załamujące światło niż reszta komórki bakteryjnej (mikroskop fazowo-kontrastowy). Barwienie trwałych preparatów bakterii metodą Grama wykorzystuje różnice w budowie ściany komórkowej dwóch grup bakterii. Jedne mają ścianę złożoną z grubej warstwy peptydoglikanu oraz kwasów tejchojowych, lipotejchojowych i białek – te nazywamy gramdodatnimi, a ściana drugiej grupy jest złożona z cienkiej, zawieszonej w peryplazmie warstwie peptydoglikanu oraz lipopolisacharydu i białek tworzących tzw. błonę zewnętrzną – te nazywamy gramujemnymi. Różnice w budowie ściany są przyczyną różnego zatrzymywania przez komórki barwników stosowanych w metodzie Grama i w efekcie pozwalają na łatwe przyporządkowanie bakterii do grupy. Ma to ogromne znaczenie dla identyfikacji bakterii. Ściana komórkowa niektórych bakterii zawiera dodatkowe składniki, które sprawiają, że barwienie metodą Grama jest trudne lub niejednoznaczne. Stosowane są wtedy inne metody (np. Mycobacterium spp.). Metodą Grama barwią się komórki, ale barwników nie przyjmują przetrwalniki, stąd metoda ta uwidacznia w komórkach te struktury. Komórka bakteryjna wytwarza tylko jeden przetrwalnik. Może on mieć kształt kulisty lub owalny i być umieszczony centralnie, podbiegunowo lub biegunowo. Przetrwalnik może mieć średnicę mniejszą lub większą od wymiaru poprzecznego komórki. W przypadku, gdy jest większa, powoduje zniekształcenie komórki i nadaje jej charakterystyczny kształt. Wytwarzane przez niektóre bakterie otoczki, także nie zabarwiają się w metodzie Grama, ale są widoczne, jeśli obok komórki zabarwimy tło metodą pozytywno-negatywną. Otoczki te mają budowę wielocukrową, wielocukrowo-peptydową lub, najrzadziej, peptydową. 8 Stosując specjalne metody barwienia można zabarwić niektóre struktury komórkowe: rzęski, nukleoid, przetrwalniki. Dla celów taksonomicznych zastosowanie znajduje barwienie materiałów zapasowych. Funkcje jakie spełniają w komórkach poszczególne ich struktury przedstawiono w tabeli 2. Tabela 2. Podstawowe funkcje pełnione przez struktury komórki bakteryjnej. Struktura komórkowa Pełniona funkcja Nukleoid, plazmidy zapis potencjalnych możliwości komórki; Rybosomy Błona cytoplazmatyczna Ściana komórkowa Otoczka Rzęski Fimbrie Fimbrie płciowe (pili) Przetrwalniki genotyp synteza białek umożliwia transport do wnętrza i na zewnątrz komórki; z nią związany jest metabolizm energetyczny nadaje kształt, chroni przed uszkodzeniami mechanicznymi, jest barierą przepuszczalności dla substancji wielkocząsteczkowych; odgrywa rolę w patogenezie zakażeń chroni przed fagocytozą; warunkuje przeżycie w organizmie gospodarza; bierze udział w adhezji bakterii do powierzchni ruch udział w adhezji bakterii do powierzchni udział w procesie koniugacji – przekazywania materiału genetycznego z komórki do komórki warunkują wyjątkową oporność na działanie czynników fizyko-chemicznych wytwarzających je bakterii 9 Metody Mikroskopowanie Do obserwacji bakterii wykorzystuje się przede wszystkim mikroskop z jasnym polem widzenia, którego zdolność rozdzielcza wynosi 0,2 µm. Zdolność rozdzielcza mikroskopu jest to najmniejsza odległość między dwoma punktami oglądanego obiektu, przy której widziane są one jako dwa oddzielne punkty. Preparaty trwałe barwione należy oglądać przy użyciu obiektywu immersyjnego dającego powiększenie 100 razy i okularów powiększających 5-10 razy przy maksymalnie podniesionym kondensorze. Pozwala to na osiągnięcie największego powiększenia (1000 razy), jakie możemy uzyskać w mikroskopie świetlnym. Powiększenie mikroskopu jest iloczynem powiększenia okularu i powiększenia obiektywu. Obiektyw immersyjny wymaga zastosowania olejku immersyjnego, w którym należy zanurzyć soczewkę obiektywu przed przystąpieniem do oglądania preparatów. Promienie świetlne po przejściu przez szkiełko preparatu, wpadając do warstwy powietrza, ulegają załamaniu i większość z nich omijałaby soczewkę obiektywu immersyjnego. Wykorzystanie olejku immersyjnego niweluje to niekorzystne zjawisko. Po zakończeniu mikroskopowania z obiektywu należy usunąć pozostałości olejku bawełnianą szmatką. W przypadku zaschnięcia olejku na obiektywie, co grozi jego uszkodzeniem, usuwamy go specjalnym zmywaczem. Na jakość obrazu, jaki uzyskujemy w mikroskopie ma także wpływ oświetlenie oglądanego preparatu. Posługując się światłem dziennym, należy zastosować lusterko płaskie, a przy świetle sztucznym - lusterko wklęsłe. Preparaty przyżyciowe (tzw. „mokre”) oglądamy najczęściej przy pomocy obiektywów powiększających 40x lub 60x przy obniżonym kondensorze. Preparat w kropli spłaszczonej jest najłatwiejszy do wykonania. Badany materiał zawiesza się w kropli wody umieszczonej na szkiełku podstawowym i przykrywa się szkiełkiem nakrywkowym, które należy opuścić na szkiełko podstawowe ukośnie tak, aby do kropli nie dostały się 10 pęcherzyki powietrza. Jeśli badany materiał jest płynny, przenosi się kroplę wprost na szkiełko. Niekiedy stosuje się barwienie przyżyciowe, co ułatwia obserwację kształtu drobnoustrojów. Preparat w "kropli wiszącej" umożliwia obserwację ruchu bakterii. Wykonuje się go używając szkiełka podstawowego z wgłębieniem ("łezką") i szkiełka nakrywkowego. Przygotowanie rozmazów do preparatów trwałych Rozmazy wykonuje się na odtłuszczonych w płomieniu palnika szkiełkach podstawowych. Jeśli sporządza się rozmaz z bakterii zebranych z hodowli stałej, na szkiełko należy najpierw nanieść 1 oczko ezy wody, a następnie zawiesić w niej bardzo niewielką ilość masy bakteryjnej. Powstała zawiesina powinna lekko opalizować. Nie może być ona zbyt gęsta, gdyż nie uzyskamy wtedy obrazu pojedynczych komórek, co jest warunkiem prawidłowej oceny ich morfologii. Z hodowli płynnej nanosi się ezą na szkiełko 2-3 krople materiału. Każdą kroplę, przed naniesieniem następnej należy wysuszyć. Trzeba też pamiętać o przepaleniu ezy przed powtórnym zanurzeniem jej w hodowli. Przygotowane rozmazy suszy się w powietrzu lub w strumieniu ciepłego powietrza, trzymając szkiełko w palcach nad palnikiem. Utrwalenie preparatu osiąga się przez trzykrotne przeciągnięcie spodu szkiełka przez płomień palnika. Można też zalać szkiełko np. alkoholem metylowym i pozostawić do jego całkowitego odparowania. W trakcie wykonywania rozmazu wszystkie czynności należy wykonywać w pobliżu palnika, pamiętając o opalaniu ezy i wylotów probówek w trakcie pobierania materiału. Barwienie preparatów trwałych Bakterie najczęściej oglądamy w preparatach barwionych. Możemy w nich zaobserwować cechy morfologiczne komórek bakteryjnych, takie jak wymiar, kształt, sposób układania się komórek i nieliczne struktury anatomiczne. Barwienie pozwala także na różnicowanie bakterii między sobą i odróżnienie ich od składników otoczenia, w którym się znajdują. 11 Barwniki wykorzystywane w pracowni mikrobiologicznej dzielimy na barwniki kwaśne i barwniki zasadowe. Barwniki kwaśne to sole, w których kationem jest metal, a anion jest jonem barwnym. Do najczęściej wykorzystywanych należą: nigrozyna, tusz chiński, kolargol, zieleń malachitowa i eozyna. W barwnikach zasadowych jonem barwnym jest kation. Do najczęściej wykorzystywanych zaliczamy fiolet krystaliczny, fuksynę zasadową, safraninę i błękit metylenowy. Mechanizm barwienia polega na adsorpcji barwnika na powierzchni komórki i na łączeniu się go ze związkami chemicznymi, głównie białkami, wchodzącymi w skład komórki bakteryjnej. W pH hodowli – zwykle obojętnym lub lekko zasadowym – białka bakteryjne mają ładunek ujemny. Kwasy nukleinowe, z którymi też będą łączyć się barwniki, w tych warunkach również wykazują ujemne naładowanie. Dlatego właśnie do barwienia bakterii używa się barwników zasadowych. Barwniki kwaśne stosowane są do barwienia tła – otoczenia, w którym znajdują bakterie. Barwienie komórek bakteryjnych określamy barwieniem pozytywnym. Barwienie tła, otoczenia, w którym znajdują się komórki określamy barwieniem negatywnym. Metoda Grama Barwienie metodą Grama jest podstawowym barwieniem różnicującym stosowanym w mikrobiologii, dzielącym bakterie na dwie grupy: gramdodatnie i gramujemne. W metodzie tej wykorzystuje się kolejno następujące odczynniki: barwnik podstawowy – fenolowy roztwór fioletu krystalicznego (gencjana); zaprawę w postaci roztworu jodu w jodku potasu (płyn Lugola); odbarwiacz - alkohol etylowy; barwnik kontrastowy - alkoholowo-wodny roztwór fuksyny zasadowej (fuksyna 1:10). Wykonanie barwienia - na utrwalony preparat należy nalać świeżo przesączony przez bibułę roztwór gencjany na 2 minuty; - preparat spłukać wodą; 12 - nalać płyn Lugola na 1 minutę; - spłukać wodą; - odbarwiać alkoholem przez 15-20 sekund; - spłukać wodą; - dobarwić przez zalanie na 20 sekund roztworem fuksyny; - spłukać wodą; - osuszyć lekko odciskając w bibule. Wynik barwienia: Bakterie gramdodatnie – fioletowogranatowe, gramujemne - różowe. O wyniku barwienia w metodzie Grama decyduje grubość warstwy peptydoglikanu ściany komórkowej. Warstwa peptydoglikanu bakterii gramdodatnich jest grubsza niż u bakterii gramujemnych. Fiolet krystaliczny przedostaje się do wnętrza komórki i łącząc się z jodem tworzy nierozpuszczalny w wodzie kompleks, który zabarwia ją na kolor fioletowy. Alkohol stosowany jako odbarwiacz, rozpuszcza błonę cytoplazmatyczną bakterii gramdodatnich oraz błonę cytoplazmatyczną i błonę zewnętrzną bakterii gramujemnych. Powoduje on również odwodnienie peptydoglikanu, uszczelniając w ten sposób ścianę komórkową. Gruba warstwa peptydoglikanu bakterii gramdodatnich skutecznie zatrzymuje barwny kompleks jodu z fioletem krystalicznym. W przypadku bakterii gramujemnych kompleks ten wydostaje się na zewnątrz przez cienką warstwę peptydoglikanu. Fuksyna jako barwnik kontrastowy zabarwia komórki bakterii gramujemnych na różowo. Metoda barwienia negatywno-pozytywnego Barwienie metodą negatywno-pozytywną jest jedną z technik wykrywania otoczek u bakterii. Komórka bakteryjna zabarwiana jest barwnikiem zasadowym, a tło kwaśnym. W metodzie tej można używać różnych barwników. Dla zabarwienia komórki - najczęściej stosuje się fuksynę z dodatkiem fuksyny karbolowej, dla zabarwienia tła - nigrozynę lub kolargol. 13 Zadania do wykonania Zadanie 1 Mikroskopowanie pod immersją i ocena preparatów Otrzymujesz gotowy preparat wykonany z hodowli Bacillus subtilis i zabarwiony metodą Grama. - Nastaw i obejrzyj go pod mikroskopem wykorzystując obiektyw immersyjny. - Narysuj obraz preparatu widzianego w mikroskopie. - Określ powiększenie oglądanego preparatu, kształt i sposób układania się komórek bakteryjnych. - Czy obserwowany przez ciebie drobnoustrój należy do bakterii gramdodatnich czy gramujemnych? Powiększenie: To bakterie gram.................. 14 Zadanie 2 Przygotowanie i barwienie preparatów Otrzymujesz hodowlę stałą Pseudomonas aeruginosa lub Staphylococcus aureus w płytce Petriego. Bakterie posiane zostały w sposób pasmowy. - Wykonaj preparat z hodowli jednego z drobnoustrojów i zabarw go metodą Grama. - Nastaw i obejrzyj go pod mikroskopem wykorzystując obiektyw immersyjny. Narysuj obraz mikroskopowy. - Określ powiększenie oglądanego preparatu, kształt i sposób układania się komórek bakteryjnych. - Czy badany przez ciebie drobnoustrój okazał się bakterią gramdodatnią czy gramujemną? Powiększenie: To bakterie gram.......................... 15 Efekty uzyskiwane na poszczególnych etapach barwienia metodą Grama Wypełnienie poniższej tabeli pozwoli ci zapamiętać sposób reagowania bakterii na odczynniki wykorzystywane w metodzie Grama. Napisz, jaką barwę przyjmują komórki lub jakie zachodzą reakcje. Używane odczynniki Bakterie gramdodatnie Bakterie gramujemne Fenolowy roztwór fioletu krystalicznego (Gencjana) Roztwór jodu w jodku potasu (płyn Lugola) Alkohol etylowy Alkoholowo-wodny roztwór fuksyny zasadowej (Fuksyna 1:10) 16 17 18 Rozdział 2 Pożywki, morfologia wzrostu bakterii na podłożach Cześć teoretyczna Czynniki warunkujące wzrost bakterii na podłożach Bakterie mogą się rozwijać tylko w takich środowiskach, które zaspokajają ich wymagania pokarmowe. Pobrane składniki są źródłem substancji budulcowych komórki oraz energii potrzebnej dla rozmnażania i wzrostu. Do elementów pokarmowych, bez których wzrost nie jest możliwy należą: węgiel (C), azot (N), fosfor (P), siarka (S), tlen (O), wodór (H). Pierwiastki te wchodzą w skład większości związków organicznych tworzących komórkę i określane są jako pierwiastki budulcowe lub biogenne. Pewne grupy bakterii nie są zdolne do wzrostu, jeśli nie dostarczymy im gotowych związków, które nazywamy czynnikami wzrostowymi. Należą do nich witaminy szczególnie z grupy B, zasady purynowe i pirymidynowe, a także niekiedy cholesterol, hem, hemina, NAD, NADP i nienasycone kwasy tłuszczowe. Bakterie do wzrostu wymagają znacznych ilości wody. W wodzie rozpuszczone są związki odżywcze dla bakterii. Woda jest także środowiskiem, w którym zachodzą procesy metaboliczne, a także jest istotnym źródłem wodoru i tlenu. Większość bakterii nie wzrasta, jeśli zawartość wody w środowisku jest niższa niż 20%. Zawartość wody w podłożach hodowlanych wynosi 50-90%. Wzrost bakterii zależny jest także od obecności soli mineralnych. Jony Mg2+, Fe 2+, Ca2+, Mn 2+, Zn2+ są aktywatorami niektórych reakcji enzymatycznych lub grupami prostetycznymi enzymów. Sole mineralne są również czynnikami regulującymi ciśnienie osmotyczne komórki. 19 Podłoża do hodowli bakterii Pożywki (podłoża) bakteriologiczne służą do hodowli bakterii w warunkach laboratoryjnych. Odpowiednie dobranie składu podłoża pozwala na przeniesienie bakterii z ich naturalnych środowisk (organizm człowieka, gleba, woda) i namnożenie. Bakterie hodujemy na stałych lub w płynnych pożywkach, które umieszczone zostały w naczyniach hodowlanych (płytki Petriego, kolby Erlenmayera, probówki). Wzrost i rozwój bakterii na pożywkach pozwala na ich wyodrębnienie i zbadanie ich cech morfologicznych, fizjologicznych, biochemicznych i serologicznych. Większość bakterii rośnie na sztucznych podłożach. Nie ma jednak uniwersalnej pożywki umożliwiającej wzrost wszystkim bakteriom. Pożywki stosowane do namnażania bakterii powinny: zawierać odpowiednie składniki pokarmowe, mieć odpowiednią wilgotność, mieć odpowiednie pH, mieć odpowiednie ciśnienie osmotyczne, być jałowe. Biorąc pod uwagę ich skład chemiczny, podłoża bakteriologiczne dzielimy na syntetyczne (ściśle zdefiniowane chemiczne) i złożone (kompleksowe). Skład pożywek syntetycznych jest dokładnie zdefiniowany i oparty na syntetycznych związkach organicznych i nieorganicznych. Jest więc zawsze możliwy do dokładnego odtworzenia. Pożywki te znajdują niekiedy zastosowanie w laboratoriach badawczych. Pożywki złożone to podłoża zawierają dodatkowo surowce pochodzenia naturalnego, których skład nie jest dokładnie określony. Są to ekstrakty mięsne, hydrolizaty kwaśne i enzymatyczne białek i inne składniki. Podłoża złożone mają szerokie zastosowanie w laboratoriach diagnostycznych i naukowych. Pożywki dzielimy na proste (podstawowe), stosowane do hodowli drobnoustrojów o małych wymaganiach pokarmowych i wzbogacone, które służą do hodowli drobnoustrojów o dużych wymaganiach odżywczych. 20 Podstawową pożywką płynną jest bulion odżywczy, a stałą agar odżywczy. Bulion odżywczy zawiera wyciąg mięsny, pepton i NaCl. Poprzez dodanie do bulionu odżywczego agaru w stężeniu 1,5-2% otrzymujemy podłoże stałe. Agar to wielocukier otrzymywany z glonów morskich. Silnie chłonie wodę, upłynnia się w temperaturze 100°C, a zestala w temperaturze 4548°C. W temperaturze 37°C, a więc optymalnej dla wzrostu większości bakterii ma konsystencję stałą. Służy on do zestalenia pożywki. Nie jest wykorzystywany przez bakterie jako składnik odżywczy. Agar odżywczy przygotowywany jest w postaci skosów agarowych, słupków lub płytek agarowych. Podłoża wzbogacone to najczęściej podłoża podstawowe zawierające dodatkowe składniki odżywcze. Elementami wzbogacającymi mogą być: węglowodany (np. glukoza), białka zwierzęce (surowica lub krew), hydrolizaty białek (np. kazeiny). Powszechnie wykorzystywanym w badaniach mikrobiologicznych podłożem wzbogaconym jest agar z krwią. Zawiera on 5-10% odwłóknionej jałowej krwi (najczęściej baraniej), zmieszanej z roztopionym agarem odżywczym. Po wylaniu na płytkę Petriego otrzymujemy tak zwaną „płytkę krwawą”. Innym, często wykorzystywanym podłożem wzbogaconym jest agar czekoladowy. Zawiera on agar odżywczy i zdenaturowaną termicznie krew. Po zestaleniu podłoża ma ono barwę czekoladową, stąd jego nazwa. Pożywki mogą zawierać dodatkowe składniki, które wpływają na rozwój hodowanych na nich bakterii. Ze względu na wynikające z ich składu zastosowanie, podłoża możemy podzielić na: namnażające lub namnażająco-wybiórcze, wybiórcze (selektywne), diagnostyczne (różnicujące), transportowe. Pożywki namnażające lub namnażająco-wybiórcze są to najczęściej podłoża płynne, wykorzystywane do namnażania bakterii występujących w niewielkiej ilości w badanej próbce, często jako pojedyncze komórki, w licznej populacji bakterii towarzyszących. Skład pożywki i warunki hodowli umożliwiają namnożenie się tylko bakterii poszukiwanych. 21 Pożywki wybiórcze (selektywne) oprócz składników odżywczych zawierają składniki wybiórcze, które powodują całkowite zahamowanie wzrostu pewnych gatunków bakterii lub znaczne ograniczenie ich wzrostu. Czynnikiem decydującymi o wybiórczości podłoża może być azydek sodu, sole kwasów żółciowych niektóre barwniki i antybiotyki. Są to najczęściej podłoża stałe. Przykładem podłoża wybiórczego może być podłoże Loewensteina-Jensena do hodowli prątków gruźlicy. Pożywki różnicujące (diagnostyczne) pozwalają na zmierzające do identyfikacji, różnicowanie bakterii. Zawierają one substrat diagnostyczny, który może być rozłożony enzymatycznie tylko przez określone gatunki bakterii. Do podłoża często dodawany jest wskaźniki, który, na przykład zmienia swoje zabarwienie w zależności od pH pożywki. Dlatego właśnie rozkład substratu manifestuje się zmianą zabarwienia pożywki (podłoża stałe lub podłoża płynne) lub odpowiednim zabarwieniem wyrosłych kolonii (podłoża stałe). Stałe podłoża różnicujące mogą być jednocześnie podłożami wybiórczym dla określonej grupy bakterii i są nazywane wybiórczo-różnicującymi. Przykładem takiej pożywki może być podłoże SS (Salmonella-Shigella) służące do izolacji pałeczek z rodzajów Salmonella i Shigella oraz podłoże Chapmana służące do izolacji gronkowców. Pożywki transportowe nie zawierają składników pokarmowych. Zawierają składniki optymalne dla przeżycia bakterii, w tym roztwory buforowe i sole mineralne. Zadaniem tych pożywek jest utrzymanie żywotności bakterii w próbce, zanim trafi ona do laboratorium mikrobiologicznego. Na rynku dostępne są podłoża o wystandaryzowanym składzie, jałowe i gotowe do użycia, w jednorazowych naczyniach, o określonej dacie przydatności. Zastosowanie gotowych podłoży znacznie skraca czas przygotowań do badań mikrobiologicznych. Można też je przygotowywać samodzielnie korzystając z pożywek w proszku o wystandaryzowanym składzie i innych chemicznych składników. Własnoręczne komponowanie pożywek wymaga zastosowania procedur i kontroli zapewniających powtarzalność ich składu pozwalającą na porównywanie wyników hodowli otrzymywanych w różnym czasie i w różnych laboratoriach. Bezpośrednio po przygotowaniu, takie pożywki należy wyjałowić, stanowią bowiem podłoże wzrostu także dla drobnoustrojów licznie obecnych w użytych 22 składnikach i otoczeniu. Sterylizacji tej dokonuje się najczęściej w autoklawie lub w aparacie Kocha. Czas generacji bakterii, optymalny czas hodowli W podłożu zawierającym niezbędne do wzrostu składniki, bakterie podwajają swoją masę i replikują swój materiał genetyczny, co w konsekwencji prowadzi do ich podziału. Wzrost populacji bakterii odbywa się zgodnie z postępem geometrycznym (20 ,21 ,22 , 23…2n). Czas generacji (okres międzypodziałowy) jest to czas potrzebny do podwojenia liczby komórek w populacji. Szybkość wzrostu bakterii jest cechą charakterystyczną rodzaju (gatunku). Zależy ona także od rodzaju podłoża wzrostowego oraz warunków środowiskowych. W optymalnych warunkach wzrostu w laboratorium okres międzypodziałowy większości bakterii wynosi od 20 do 40 minut, ale może też być znacznie dłuższy - od kilku do kilkunastu godzin. Stąd, czas potrzebny na wyhodowanie bakterii na pożywce tak, aby ich wzrost był widoczny gołym okiem jest różny, ale dla większości bakterii chorobotwórczych wynosi 18-24 godziny. Krzywa wzrostu bakterii w hodowli płynnej Bakterie na podłożach płynnych można namnażać w warunkach hodowli okresowej (zwykłej) lub ciągłej. W hodowli okresowej bakterie namnażają się w systemie zamkniętym (probówki, kolbki, butelki, bioreaktory) do momentu wyczerpania substancji odżywczych zawartych w pożywce lub nagromadzenia w niej dużej ilości toksycznych dla bakterii produktów ich metabolizmu. W hodowli ciągłej, którą prowadzi się w bioreaktorach, wzrost bakterii można utrzymywać nieskończenie długo. Możliwe jest to dzięki ciągłemu dostarczaniu do bioreaktora świeżej pożywki z jednoczesnym odprowadzeniem takiej samej objętości pożywki zawierającej wyrosłe bakterie i produkty ich metabolizmu. Objętość płynu hodowlanego w trakcie prowadzenia hodowli utrzymuje się na stałym poziomie. 23 Wzrost bakterii w hodowli okresowej można przedstawić graficznie pod postacią krzywej, którą nazywamy krzywą wzrostu hodowli bakteryjnej. Jest to krzywa w układzie półlogarytmicznym. Opisuje ona zależność logarytmu dziesiętnego liczby żywych komórek bakterii od czasu hodowli i ilustruje wzrost populacji (rycina 1). Obraz krzywej wzrostu dla większości bakterii jest bardzo podobny i można w nim wyróżnić sześć faz. Czas trwania poszczególnych faz wzrostu jest zależny od rodzaju bakterii i warunków hodowli. Poszczególne fazy wzrostu różnią się częstością podziałów komórek i szybkością ich wymierania. Faza pierwsza, nazywana jest fazą zastoju. Bakterie przystosowują swój metabolizm do nowego środowiska. Wzrasta ilość rybosomów i zawartość RNA. Pojedyncze komórki powiększają swój wymiar i przygotowują się do podziału. Faza druga - przyspieszonego wzrostu. Komórki wykazują intensywny metabolizm. Rozpoczynają się podziały komórkowe. Faza trzecia, nazywana fazą wzrostu wykładniczego (logarytmicznego), jest okresem rzeczywistego rozwoju hodowli. Metabolizm komórek jest bardzo intensywny. Liczba żywych komórek przyrasta w postępie geometrycznym. W populacji prawie wszystkie komórki są żywe. W tej fazie wzrostu bakterie są najbardziej wrażliwe na działanie fizycznych i chemicznych czynników środowiskowych. Faza czwarta jest fazą zwolnionego wzrostu. Rozmiar komórek maleje. Zmniejsza się ilość rybosomów i zawartość RNA. Zwiększa się liczba komórek martwych. Częstość podziałów maleje. Faza piąta, nazywana fazą stacjonarną (równowagi), charakteryzuje się stałą liczbą żywych komórek w hodowli. Z powodu braku substancji pokarmowych komórki zużywają własne materiały zapasowe. Sporadyczne podziały komórkowe rekompensują ubytki komórek spowodowane ich wymieraniem. Faza szósta – zamierania. Wzrasta liczba martwych komórek. Zaczynają się procesy autolizy, czyli samorozpuszczania się bakterii pod wpływem własnych enzymów. Zmniejsza się liczba żywych komórek i ogólna biomasa hodowli. Brak podziałów komórkowych. 24 lg liczby żywych komórek 4 5 5 6 3 1 2 czas hodowli Rycina 1. Krzywa wzrostu bakterii w hodowli okresowej: 1- faza zastoju, 2 – faza przyspieszonego wzrostu, 3 – faza wzrostu logarytmicznego, 4 – faza zwolnionego wzrostu, 5 – faza stacjonarna, 6 – faza zamierania Wzrost bakterii na podłożach płynnych i stałych Wygląd wzrostu na podłożach może stanowić ważne kryterium przy identyfikacji bakterii. Na podłożach płynnych bakterie wyrastają w postaci jednolitego zmętnienia, osadu na dnie naczynia, kożuszka lub błonki na powierzchni płynu. Czasami zmętnieniu towarzyszy delikatny osad lub zagęszczenie przy powierzchni, a na granicy faz (pożywka-powietrze) tworzy się przylegająca do ścianek naczynia warstwa biofilmu. Na podłożach stałych możemy oceniać wygląd kolonii bakteryjnych. Istotna może być też ocena obfitości wzrostu lub obserwacja zdolności bakterii do wzrostu mgławicowego. Kolonię bakteryjną definiujemy jako widoczne makroskopowo na powierzchni lub w głębi stałej pożywki skupisko bakterii wyrosłe z jednej jednostki wzrostowej (jtk – jednostka tworząca kolonie; CFU – ang. colony forming unit). Przez jednostkę wzrostową rozumiemy jedną lub kilka 25 komórek bakteryjnych, które nie rozdzieliły się po podziale (układ popodziałowy), a także przetrwalnik. Umiejętność oceny morfologii kolonii jest bardzo ważna, gdyż w przypadku niektórych bakterii może w istotny sposób ważyć na ich identyfikacji, jest też istotna przy określaniu czystości hodowli. W określonych warunkach środowiska kolonie charakteryzują się stałymi cechami. Metody Opis kolonii Dla celów diagnostycznych opisuje się kolonie wyrosłe na podłożach, które nie powodują ich nienaturalnego zabarwienia w wyniku oddziaływania zawartych w nich wskaźników czy barwników. Niekiedy jednak istotny także bywa opis ich wyglądu na podłożach diagnostycznych. Należy opisywać kolonie oddalone od pozostałych tak, aby ich wzrost nie był ograniczony przez zbyt liczne sąsiedztwo. W opisie kolonii należy wziąć pod uwagę następujące jej elementy: wielkość - średnica (mm); kształt - okrągła, owalna, nitkowata, rozgałęziona nieregularna, ..; brzeg - równy, postrzępiony, falisty, ząbkowany, ... ; powierzchnię - gładka, lśniąca, matowa, pomarszczona, grudkowata, ... ; wzniesienie (profil kolonii) - płaska, wypukła, pępkowata, wrastająca w podłoże, ... ; przejrzystość - przezroczysta, opalizująca, mętna, ... ; barwę - biała, kremowa, szara, czerwona, ... ; otoczenie kolonii - zabarwienie, zmiana cech podłoża. 26 Metody sterylizacji pożywek Jednym z podstawowych wymogów, jakie muszą spełniać podłoża bakteriologiczne, jest ich jałowość (sterylność). Sterylizacja to proces prowadzący do całkowitego zniszczenia form wegetatywnych i przetrwalników drobnoustrojów. Do sterylizacji pożywek najczęściej wykorzystuje się wysoką temperaturę – gorąco wilgotne (para wodna). Proces sterylizacji prowadzi się w autoklawie w temperaturze 121°C przy nadciśnieniu 1 atm przez 30 minut, gdy składniki pożywki są względnie termostabilne lub metodą tyndalizacji w aparacie Kocha, gdy pożywka zawiera składniki termolabilne. Tyndalizacja polega na trzykrotnym 60minutowym ogrzewaniu pożywki w temperaturze 100°C w odstępach 24 godzinnych. Szkło laboratoryjne, w którym umieszczamy pożywki wyjaławia się w suszarce wykorzystując działanie gorącego suchego powietrza. Czas sterylizacji zależy od zastosowanej temperatury. Najczęściej stosuje się temperaturę 160°C przez 2 godziny lub 180°C przez 30 minut. Szkło laboratoryjne można także jałowić w autoklawie. Metody kontroli urządzeń sterylizujących Niesterylność pożywek może wynikać z niewłaściwie przeprowadzonego procesu ich sterylizacji, wadliwie działających urządzeń sterylizujących lub być wynikiem późniejszego zakażenia w wyniku nieprzestrzegania zasad aseptyki w trakcie ich przechowywania lub wykonywania posiewów. Urządzenia sterylizujące muszą podlegać okresowej kontroli. Skuteczność procesu sterylizacji bada się za pomocą wskaźników fizycznych, chemicznych i biologicznych. Wskaźniki fizyczne - termometry, manometry, zegary, mierniki wilgotności, mierniki zawartości gazu i inne przyrządy wmontowane do urządzenia sterylizującego informują tylko o jego stanie technicznym. Mierzą punktowo dany parametr. Oprócz obserwacji wskazań tych przyrządów, coraz częściej stosuje się system rejestracji podstawowych parametrów fizycznych w postaci wydruków, wykresów lub raportów. Wskaźniki chemiczne zawierają substancje chemiczną, która trwale zmienia swoje zabarwienie, kiedy zostaną osiągnięte właściwe parametry 27 sterylizacji. Testy te mają postać rurek, pasków czy taśm. Wskaźniki chemiczne informują jedynie, czy w danym cyklu pracy zostały osiągnięte warunki sterylizacji, nie dają one gwarancji, że poddany sterylizacji materiał został wyjałowiony. W tak zwanych wskaźnikach jednoparametrowych zmiana barwy następuje pod wpływem osiągnięcia jednego z parametrów sterylizacji, najczęściej temperatury. Nie wykazują one jednak, jak długo ta temperatura utrzymywała. Chemiczne wskaźniki wieloparametrowe wykazują, że w trakcie sterylizacji zostały osiągnięte wartości wszystkich lub kilku (przynajmniej dwóch) parametrów sterylizacji. Informują one zatem o prawidłowości przebiegu procesu sterylizacji. Wskaźniki biologiczne - zawierają określoną liczbę żywych, zdolnych do przejścia w formy wegetatywne, wysoce opornych na działanie temperatury przetrwalników bakteryjnych. Wykorzystywane są przetrwalniki Geobacillus stearothermophilus lub Bacillus subtilis zawarte, odpowiednio, w zestawach testowych Sporal A (kontrola autoklawów) i Sporal S (kontrola suszarek). Wskaźniki te informują o fakcie zabicia przetrwalników. Wskaźniki biologiczne dają gwarancję jałowości - jeżeli użyte w teście przetrwalniki zostały zabite, oznacza to, iż zostały zabite wszystkie bardziej wrażliwe drobnoustroje zanieczyszczające sterylizowany materiał. Dla uzyskania pełnej informacji o urządzeniu niezbędne jest monitorowanie procesu sterylizacji za pomocą wszystkich trzech metod. Skuteczność urządzeń sterylizujących powinna być kontrolowana przy użyciu wskaźników fizycznych i chemicznych w czasie każdego procesu sterylizacji. Ponadto okresowo należy je kontrolować przy użyciu wskaźników biologicznych. 28 Zadania do wykonania Zadanie 1 Charakterystyka kolonii bakteryjnej - Obejrzyj płytkę z podłożem agarowym, na której wyrosły pojedyncze kolonie. Powstały one w wyniku namnożenia się komórek bakterii i przetrwalników, które opadły na podłoże (sedymentowały) z powietrza. - Wybierz jedną kolonię i opisz ją uwzględniając wszystkie jej cechy. 29 Zadanie 2 Kontrola skuteczności biologicznego Sporal S sterylizacji w suszarce za pomocą testu - Wyjmij z opakowania foliowego torebkę papierową z krążkiem Sporalu S. - Sprawdź temperaturę suszarki (180°C) i umieść w niej torebkę w szklanym otwartym naczyniu. Zanotuj czas. - Po 30 minutach sterylizacji wyjmij Sporal S z suszarki. - Otwórz papierową torebkę, posługując się jałową pęsetą i jałowo (przy palniku) przenieś krążek do probówki zawierającej bulion z glukozą. - Po inkubacji (37°C, 7 dni) oceń, czy w probówce pojawił się wzrost (zmętnienie, kożuch) czy też bulion jest klarowny. - Zinterpretuj wynik wykonanego doświadczenia Zadanie 3 Kontrola skuteczności sterylizacji w autoklawie za pomocą testu biologicznego Sporal A - Wyjmij z opakowania foliowego torebkę papierową z krążkiem Sporalu A. - Włóż torebkę do probówki i umieść ją w autoklawie. Zamknij pokrywę i włącz urządzenie. 30 - Po zakończonym cyklu sterylizacji otwórz autoklaw i wyjmij z niego Sporal A. - Otwórz papierową torebkę, posługując się jałową pęsetą jałowo przenieś krążek do probówki zawierającej bulion z glukozą. - Po inkubacji (55°C, 7 dni) oceń, czy w probówce pojawił się wzrost (zmętnienie, kożuch) czy bulion jest klarowny. Zinterpretuj wynik wykonanego doświadczenia 31 32 Rozdział 3 Posiew bakterii na podłoża; otrzymywanie czystej hodowli Część teoretyczna Populację bakterii rosnącą na podłożu stałym lub płynnym nazywamy hodowlą. Hodowlę składającą się z różnych gatunków bakterii nazywamy hodowlą mieszaną. Czystą hodowlą nazywamy hodowlę bakterii jednego rodzaju. Szczep to populacja drobnoustrojów w obrębie gatunku wyróżniająca się określonymi cechami. Szczepy wyprowadzone z pojedynczej komórki nazywamy klonami. W większości przypadków, przy badaniu bakteriologicznym wody, żywności, wymazów pobranych od pacjentów, zanieczyszczonych leków, spodziewamy się w próbce więcej niż jednego rodzaju drobnoustrojów. Ocena drobnoustrojów występujących w badanym materiale, może nastąpić dopiero po ich wyodrębnieniu i uzyskaniu czystych hodowli. Do tego celu wykorzystuje się metodę posiewu redukcyjnego. Taki typ posiewu pozwala na ocenę morfologii wyrosłych kolonii. Zakłada się, choć jest to pewne uproszczenie, że każda z nich powstaje z jednej komórki bakterii lub jednej jednostki wzrostowej. A zatem, ile typów kolonii, tyle rodzajów bakterii w hodowli. Ponieważ morfologia kolonii różnych gatunków czy nawet rodzajów może być zbliżona, czasem pomocnym w odróżnieniu kolonii jest posiew redukcyjny na płytkę z podłożem diagnostycznym. Izolacja pojedynczej kolonii z takiego posiewu prowadzi zwykle do uzyskania hodowli czystej. Metody Posiew bakterii na podłoża Materiał zawierający bakterie posiewa się na podłoża stałe (skos agarowy, płytka agarowa) lub płynne (bulion) ezą, pipetą lub wacikiem. Posiewając ezą, należy ją wyjałowić wyżarzając w płomieniu palnika przed i po 33 wykonaniu posiewu. Używamy też wyjałowionych, odpowiednio opakowanych pipet szklanych, końcówek do pipet automatycznych lub wacików. W trakcie posiewania bakterii na podłoża płynne należy także pamiętać o opalaniu wylotu naczyń w płomieniu palnika po otwarciu i przed ich zamknięciem. Ma to zapobiec zakażeniu pożywki drobnoustrojami z zewnątrz i zapewnić bezpieczeństwo osobie pracującej. Każda próbka pobierana do posiewu z hodowli lub zawiesiny bakterii, którą zakażamy świeże podłoże stanowi inokulum. Posiew na podłoże płynne ezą polega na uwolnieniu z niej materiału stanowiącego inokulum do pożywki przez pocieranie o ścianki naczynia (probówki lub kolbki). Przy posiewaniu do naczyń zawierających większe objętości pożywki konieczne jest zachowanie odpowiednich proporcji między wielkością inokulum a objętością podłoża. Zwykle stosuje się zasadę, że inokulum stanowi 5% końcowej objętości pożywki. Posiewu możemy dokonywać pipetą wprowadzając np. 5 mL hodowli stanowiącej inokulum do 95 mL pożywki. Posiewu na podłoża stałe na płytkach Petriego dokonuje w różny sposób – zależnie od celu takiego posiewu. Ważnym, często stosowanym przy izolacji bakterii sposobem, prowadzącym do otrzymania pojedynczych kolonii jest posiew redukcyjny. Posiew ten wykonujemy tak, aby w kolejnych sektorach na powierzchni płytki znajdowało się coraz mniej bakterii. Sposób wykonania takiego posiewu przedstawia rycina 1. W poszczególnych etapach raz naniesiony materiał zostaje rozprowadzany na kolejne sektory płytki. Każdorazowe opalanie ezy przed rozsianiem bakterii w kolejnych strefach powoduje redukcję ich liczby do takiej ilości, przy której w ostatniej strefie uzyskany zostanie wzrost w postaci pojedynczych kolonii. Czasem wykonuje się posiew redukcyjny z materiału z wacika. Oznacza to, że pierwsza jego strefa posiana jest wacikiem, którym np. pobrano materiał kliniczny – wymaz, a następne już w klasyczny sposób ezą z zachowaniem zasady jej przepalania w trakcie posiewu. Można wykonać na płytce także posiew pasmowy lub punktowy, który pozwala umieścić na płytce wiele próbek, których cechy chcemy 34 porównywać. Polega on na naniesieniu na płytkę inokulum z ezy w postaci pasma różnej długości. Czasem istnieje potrzeba zasiania całej powierzchni płytki i uzyskania wzrostu w postaci jednolitej murawy. Takiego posiewu można dokonać wacikiem (tzw. wymazówką). Inokulum stanowi zwykle próbka pobrana z podłoża płynnego (nadmiar płynu z wacika należy w trakcie pobierania odcisnąć o ścianki naczynia), którą rozprowadza się równomiernie na powierzchni podłoża w płytce. Czasem zawiesina stanowiąca inokulum w tej metodzie posiewu jest w odpowiedni sposób standaryzowana. Inokulum o określonej objętości, zwykle 0,1 mL można także rozprowadzić głaszczką lub odpowiednio zagiętą ezą. A B C D Rycina 1. Posiew redukcyjny 35 Przy posiewie na podłoże stałe w postaci skosu agarowego w probówce należy wprowadzić ezę z inokulum do dna probówki i rozprowadzić na powierzchni skosu. Prowadzi się w tym celu ezę zygzakowatym ruchem od ścianki do ścianki próbówki, przesuwając ją ku wylotowi naczynia. W zależności od rodzaju posiewanego materiału i wykorzystywanego podłoża spotykamy się z następującymi możliwościami przesiewania bakterii. Na pożywkę płynną (pipeta, eza) Z pożywki płynnej Na skos agarowy (eza) Na płytkę agarową (eza, wacik, pipeta) Na pożywkę płynną (eza) Z pożywki stałej (płytka agarowa, skos agarowy) Na skos (eza) Na płytkę agarową (eza) 36 Otrzymywanie czystych hodowli Postępowanie zmierzające do otrzymania czystych hodowli z nieznanych próbek sprowadza się do następujących kroków. Badany materiał posiewa się redukcyjnie na odpowiednio dobrane podłoże. Po inkubacji (czasem wydłużonej nawet do 5 dni) w temperaturze optymalnej dla oczekiwanych drobnoustrojów ocenia się morfologię wyrosłych kolonii. Obecność różnic w ich wyglądzie wskazuje, że mamy do czynienia z hodowlą mieszaną. Izoluje się wtedy pojedyncze kolonie i posiewa się je redukcyjnie na oddzielne płytki. Otrzymana w wyniku takiego posiewu hodowla może być uznana za czystą, jeśli kolonie posiadają jednakową morfologię. Namnożona (na skosie, w pożywce płynnej lub w inny sposób) pojedyncza kolonia z takiej płytki może być materiałem dla wykonywania prób i posiewów identyfikacyjnych, czy służących do określenia właściwości fizjologicznych, biochemicznych i antygenowych bakterii. Szybką, choć czasem zawodną metodą sprawdzenia czystości hodowli płynnej jest ocena morfologii komórek tworzących ją bakterii w preparatach barwionych metodą Grama. Zadania do wykonania Zadanie 1. Otrzymywanie czystej hodowli - Materiał z otrzymanej hodowli płynnej posiej redukcyjnie na płytkę agarową. - Podpisz płytkę, inkubuj w cieplarce (37°C, 24 godziny). - Obejrzyj posiew zwracając szczególną uwagę na pojedyncze kolonie w trzeciej i czwartej strefie posiewu. - Opisz każdy z widocznych rodzajów kolonii. 37 - Wykonaj z każdej z nich preparat barwiony metodą Grama i uzupełnij opis kolonii o morfologię komórki. Każdą z wybranych kolonii posiej redukcyjnie na nową płytkę. Opisz płytkę, inkubuj w cieplarce (37°C, 24 godziny). Kolonia: Preparat: Kolonia: Preparat: 38 Kolonia: Preparat: Jeśli na każdej z posianych płytek wyrosną kolonie tylko jednego rodzaju, o wyglądzie zgodnym z wcześniej wykonanym opisem, otrzymałeś czyste hodowle tych bakterii – czyli hodowle jednego gatunku pochodzące z pojedynczej kolonii, a zatem – czyste hodowle poszczególnych szczepów bakteryjnych. 39 40 Rozdział 4 Wymagania wzrostowe bakterii Część teoretyczna Wymagania pokarmowe Bakterie, podobnie jak inne organizmy żywe, potrzebują dostępu do odpowiednich składników odżywczych, umożliwiających im prawidłowy wzrost i rozmnażanie. Wymagania pokarmowe bakterii są bardzo różnorodne, od bakterii skrajnie wymagających, które mają najmniejsze zdolności biosyntetyczne i wymagają do wzrostu związków wielkocząsteczkowych, poprzez stanowiące największą grupę bakterie o wymaganiach pośrednich, do których zalicza się większość bakterii chorobotwórczych, aż do skrajnie niewymagających, które wykorzystują jako źródło węgla CO2. Wymagania pokarmowe są w dużej mierze związane ze stopniem pasożytnictwa poszczególnych drobnoustrojów. Źródła węgla i azotu Węgiel jest podstawowym pierwiastkiem budulcowym organizmów żywych. W zależności od źródeł, z jakich bakterie mogą go pozyskiwać podzielono je na: autotrofy czerpiące węgiel tylko z CO2 i przekształcające go do związków organicznych; heterotrofy czerpiące węgiel ze związków organicznych. Heterotrofy do prawidłowego wzrostu potrzebują w środowisku co najmniej jednego związku organicznego. Najwięcej drobnoustrojów ma zdolność do rozkładu glukozy, ale zdarzają się także bakterie mogące korzystać z mleczanu, bursztynianu, metanu, a także bardziej złożonych związków, jak lignina czy węglowodory aromatyczne. Heterotrofy zostały podzielone na: 41 prototrofy – drobnoustroje o małych wymaganiach pokarmowych, którym do wzrostu wystarczy jeden prosty związek organiczny i sole mineralne, co świadczy o ich dużych, gwarantujących szerokie rozprzestrzenienie, możliwościach enzymatycznych; - auksotrofy – drobnoustroje o dużych wymaganiach odżywczych, rosnące jedynie w obecności co najmniej dwóch związków organicznych stanowiących źródło węgla i azotu, których nie są w stanie same syntetyzować, co w znacznym stopniu uzależnia je od środowiska. Zarówno prototrofizm, jak i auksotrofizm, mogą być wykorzystywane dla celów diagnostycznych, na przykład w identyfikacji pałeczek z rodziny Enterobacteriaceae, czy przy ustalaniu gatunku pałeczek z rodzaju Haemophilus. Bakterie auksotroficzne często wymagają do wzrostu specjalnych czynników wzrostowych, którymi mogą być aminokwasy, puryny i pirymidyny lub witaminy. Azot, który jest ważnym pierwiastkiem wchodzącym w skład białek i kwasów nukleinowych, prototrofy mogą pozyskiwać ze związków nieorganicznych (np. soli amonowych, azotanów i azotynów), a auksotrofy wykorzystują organiczne źródła azotu. - Źródła energii oraz donatory elektronów Drobnoustroje mają zdolność wykorzystywania energii słonecznej lub energii chemicznej uwalnianej ze związków wysokoenergetycznych. Pozwala to wyróżnić wśród bakterii: fototrofy – które korzystają z energii słonecznej (bakterie fotosyntetyzujące), chemotrofy – korzystające z energii pochodzącej z rozkładu związków organicznych i nieorganicznych. W zależności od donatorów elektronów dzielimy bakterie na: litotrofy - korzystające z donatorów nieorganicznych, organotrofy - korzystające z donatorów organicznych. 42 Zatem, zależnie od wykorzystywanych przez bakterie źródeł energii i donatorów elektronów, możemy wyróżnić cztery typy pokarmowe: fotolitotrofy, fotoorganotrofy, chemolitotrofy i chemoorganotrofy. Bakterie stanowiące mikrobiota człowieka i te, które są dla niego chorobotwórcze, są chemoorganotrofami pozyskującymi węgiel ze związków organicznych. Wymagania tlenowe bakterii Bakterie różnią się pomiędzy sobą zapotrzebowaniem na tlen. Bezwzględnie tlenowe rosną tylko w jego obecności, bezwzględnie beztlenowe rosną przy jego braku, a względnie beztlenowe rosną zarówno przy dostępie, jak i braku tlenu. Różnice te wynikają ze sposobu pozyskiwania energii przez bakterie w procesie oddychania. Oddychanie tlenowe jest możliwe tylko u organizmów, u których końcowym akceptorem przenoszonych przez łańcuch oddechowy elektronów jest tlen cząsteczkowy. W przypadku oddychania beztlenowego końcowym akceptorem elektronów w łańcuchu oddechowym są związki nieorganiczne: azotany, siarczany. Możliwe jest jeszcze pozyskiwanie energii w procesie fermentacji, gdzie akceptorem elektronów jest związek organiczny. Bakteriom bezwzględnie tlenowym tlen jest niezbędny do prawidłowego wzrostu i rozmnażania. W przypadku braku tlenu giną, gdyż przenoszenie elektronów łańcucha oddechowego zostaje zahamowane i nie jest magazynowana energia. Bakterie te mają enzymy, które chronią je przed toksycznym działaniem tlenu. Dysmutaza nadtlenkowa wiąże wolne rodniki z wodorem, w wyniku czego powstaje nadtlenek wodoru. Jest on rozkładany przez dwa inne enzymy: katalazę i peroksydazę do wody i tlenu. Do bezwzględnie tlenowych, chorobotwórczych bakterii zaliczane są m.in. bakterie z rodzajów Mycobacterium, Bacillus, Nocardia. Bakterie względnie beztlenowe mogą rosnąć zarówno w obecności tlenu, jak i przy jego braku w środowisku o obniżonym potencjale oksydacyjnoredukcyjnym. Do tej grupy należy wiele bakterii, w tym też chorobotwórczych. Jeżeli tlen jest obecny w środowisku, mogą korzystać z energii pozyskiwanej w wyniku oddychania tlenowego. Przy braku tlenu mogą 43 przestawić metabolizm na fermentacyjny, jak np.: Escherichia coli lub na oddychanie beztlenowe, np.: Pseudomonas denitrificans. Bakterie bezwzględnie beztlenowe mogą się rozwijać tylko przy braku dostępu do tlenu. Jest on dla nich toksyczny, ponieważ nie mają żadnych mechanizmów redukujących jego szkodliwe działanie. Niektóre z nich mogą rosnąć w obecności tlenu, jednak pod warunkiem obniżenia potencjału oksydoredukcyjnego poprzez dodanie do hodowli glutationu, cystyny bądź tioglikolanu sodu. Do tej grupy należą liczne bakterie chorobotwórcze dla człowieka m.in. z rodzajów Clostridium, Bacteroides czy Fusobacterium. Wymagania temperaturowe bakterii Temperatura ma istotny wpływ na rozwój bakterii. Każdy ich rodzaj ma optymalną dla siebie temperaturę, w której wszelkie procesy metaboliczne prowadzone są najbardziej wydajnie. Temperatury kardynalne to temperatura minimalna, która wyznacza dolną granicę, poniżej której wzrost danego rodzaju zanika i maksymalna, która jest temperaturą, powyżej której bakterie już się nie dzielą. Preferencje dotyczące temperatury dzielą bakterie na grupy. Termofile (bakterie ciepłolubne) najlepiej rosną w temperaturze 40°C do 70°C. Bakterie takie jak Geobacillus stearothermophilus, czy Thermoactinomyces vulgaris żyją w kompoście, glebie, nawozach organicznych. Znane są także bakterie rosnące w wyższych temperaturach, np. Thermus aquaticus w 65°C. Znane są i takie, które mnożą się w temperaturze 90-110°C. Określane są one jako termofile ekstremalne. Zainteresowanie nimi wynika z możliwości, jakie stwarzają dla biologii molekularnej ciepłoodporne enzymy tych bakterii. Mezofile to największa grupa drobnoustrojów, rosnąca w zakresie temperatur 25-45°C. Wśród nich są bakterie z optimum rozwoju w temperaturze 37°C, blisko związane z człowiekiem jako patogeny i komensale (np. rodzaje Streptococcus, Staphylococcus, Salmonella). Niektóre z mezofili mogą rosnąć w szerokim zakresie temperatur, jak na przykład dobrze mnożąca się w temperaturze lodówki (+4OC) Listeria spp. – o spektrum od 1do 45°C . 44 Psychrofile to bakterie zimnolubne, których metabolizm najefektywniej funkcjonuje w niskich temperaturach. Są wśród nich psychrofile względne o optymalnej temperaturze 20°C, ale mogące też rosnąć w 0°C, występujące w głębi oceanów oraz psychrofile bezwzględne o istotnym znaczeniu dla człowieka. Rosną one dobrze w 0°C, mnożąc się w żywności przechowywanej w chłodniach. Powodują jej psucie i mogą być przyczyną zachorowań. Należą tu m.in. niektóre gatunki Flavobacterium, Aerobacter, a także Bacillus czy Lactobacillus. Metody Badanie zdolności wykorzystywania cytrynianu jako jedynego źródła węgla Określenie przynależności bakterii do prototrofów oraz zbadanie zdolności do metabolizowania określonego związku organicznego jako jedynego źródła węgla może mieć znaczenie diagnostyczne. Cechę tę można zbadać na podłożu Simmonsa. Jest to podłoże stałe, które może zawierać w swoim składzie cytrynian sodowy lub np. malonian jako jedyne źródło węgła i siarczan amonowy jako źródło azotu. Do pożywki dodany jest wskaźnik pH – błękit bromotymolowy, który w środowisku obojętnym, jakie posiada podłoże wyjściowe, ma zabarwienie zielone. Na podłożu wyrastają jedynie bakterie, które mają zdolność wykorzystywania organicznego substratu, a alkaliczne produkty ich metabolizmu – amoniak i aminy zmieniają jego barwę na niebieską. Badanie zdolności korzystania z soli amonowych lub aminokwasów jako źródła azotu Bakterie posiane na stałe podłoże nie zawierające źródła azotu, na które punktowo (na bibułowych krążkach czy do metalowych cylinderków) naniesiono roztwory NH4(SO4)2 i aminokwasów wyrosną tylko w pobliżu tego źródła azotu, który mogą wykorzystywać. 45 Metody hodowli bakterii tlenowych Tlen jest ważnym czynnikiem warunkującym wzrost bakterii tlenowych i względnie beztlenowych. Pobierają one tlen rozpuszczony w pożywce. Dostępność tlenu dla bakterii w hodowlach płynnych możemy zwiększyć przez ich napowietrzanie. Najprościej osiągnąć to przez energiczne wstrząsanie lub mieszanie hodowli na tzw. wytrząsarkach. W hodowlach płynnych prowadzonych na skalę przemysłową stężenie tlenu zwiększa się przepuszczając powietrze lub tlen przez pożywkę. Metody hodowli bakterii beztlenowych Obecność tlenu może uniemożliwić wyhodowanie bakterii bezwzględnie beztlenowych. Jest wiele sposobów usunięcia tlenu z pożywki. W przypadku pożywki płynnej najprostszym sposobem jest jej zagotowanie, szybkie schłodzenie i pokrycie powierzchni podłoża płynną parafiną. Metoda ta jednak może być zawodna. Najczęściej bakterie beztlenowe hoduje się w specjalnych, szczelnych słojach, wewnątrz których atmosferę beztlenową uzyskuje się na drodze reakcji chemicznej zachodzącej w specjalnych saszetkach (nazwa zależy od jej wytwórcy). Saszetka zawiera zestaw substancji, z których po jej otwarciu wydzielany jest wodór. Ten reaguje z tlenem obecnym w słoju tworząc wodę. Reakcja ta zachodzi szybko i gwarantuje uzyskanie warunków beztlenowych. Efektywność tego procesu sprawdza się przy pomocy wskaźnika, błękitu metylenowego, który w warunkach beztlenowych jest bezbarwny. Odczynniki zawarte w niektórych rodzajach saszetek wymagają do swojej aktywności zetknięcia z wodą. Aby zwiększyć szybkość łączenia się wodoru z tlenem, stosuje się wtedy katalizator palladowy umieszczany w specjalnym pojemniku przytwierdzonym do wieka słoja. W powietrzu atmosferycznym tlen stanowi 20%. Do namnażania bakterii mikroaerofilnych stosuje się saszetki, które pozwalają uzyskać środowisko o niewielkim stężeniu tlenu rzędu 7-10%. Niektóre bakterie wymagają do swojego optymalnego wzrostu zwiększonego stężenia CO2. Znajdują wtedy zastosowanie saszetki, które pozwalają na uzyskanie środowiska o podwyższonym stężeniu CO2 (średnio od 3 do 6%). 46 Wiele bakterii beztlenowych można wyhodować na podłożach o obniżonym potencjale oksydoredukcyjnym, co jest osiągane poprzez dodanie odpowiednich związków chemicznych. W powszechnie używanych: podłożu Brewera jest to tioglikolan sodu, a w podłożu Schaedlera – chlorowodorek cysteiny. Zadania do wykonania Zadanie 1 Typy pokarmowe bakterii Uzupełnij poniższą tabelę: Typ pokarmowy Donatory elektronów Źródło energii Źródło węgla związki nieorganiczne CO2 i inne związki nieorganiczne związki nieorganiczne światło związki nieorganiczne związki nieorganiczne chemoorganotrofy fotoorganotrofy związki organiczne 47 Zadanie 2 Wykorzystywanie cytrynianu jako jedynego źródła węgla -Otrzymujesz hodowle stałe Escherichia coli i Klebsiella mobilis w płytce Petriego oraz dwie próbówki zawierające podłoże Simmonsa w formie skosu agarowego. -Probówki z podłożem Simmonsa podpisz nazwami bakterii, które będziesz posiewał. -Każdy z badanych drobnoustrojów posiej na powierzchnię jednego skosu. -Inkubuj posiewy w cieplarce (37°C, 24 godziny). -Na podstawie zmiany zabarwienia podłoża oceń zdolność wykorzystywania cytrynianu jako jedynego źródła węgla przez badane bakterie. - Obserwacje zapisz w tabeli. Escherichia coli Klebsiella mobilis Zabarwienie podłoża po hodowli Zdolność wykorzystywania cytrynianu jako jedynego źródła węgla Zadanie 3 Wpływ warunków gazowych na rozwój bakterii w hodowli płynnej - Otrzymujesz hodowle bulionowe: Clostridium botulinum, Pseudomonas aeruginosa i Escherichia coli. Każdy z badanych rodzajów bakterii był hodowany w warunkach tlenowych i w beztlenowych. Warunki beztlenowe uzyskano poprzez pokrycie hodowli płynną parafiną. - Posiewy inkubowano w cieplarce (37°C, 48 godzin). - Wyniki hodowli (wzrost) zaznacz w tabeli. 48 Clostridium botulinum Pseudomonas aeruginosa Escherichia coli Bulion Bulion pod parafiną Określenie wymagań tlenowych bakterii 49 50 Rozdział 5 Wykorzystanie cech biochemicznych bakterii do ich identyfikacji Część teoretyczna Metabolizm bakterii Podobnie, jak w innych żywych komórkach, metabolizm bakterii obejmuje anabolizm (reakcje syntezy) i katabolizm (reakcje rozkładu). Oba te procesy są ze sobą ściśle powiązane i zachodzą w komórce jednocześnie. Reakcje rozkładu związków wysokocząsteczkowych uwalniają energię, która następnie jest magazynowana w ATP. W pierwszym etapie duże cząsteczki węglowodanów, białek, tłuszczy, kwasów nukleinowych ulegają degradacji do mniejszych cząstek: heksoz i pentoz, aminokwasów, glicerolu i kwasów tłuszczowych, nukleotydów. W dalszych etapach procesów katabolicznych w wyniku licznych przemian powstają proste cząsteczki, które włączane są w cykl Krebsa, będący końcowym etapem rozkładu. Ostatecznymi produktami są woda, dwutlenek węgla i energia. Umożliwia to przebieg procesów anabolicznych wymagających jej nakładu. Energia uzyskiwana jest przez bakterie w procesach katabolicznych polegających na utlenianiu biologicznym substratów oddechowych i przenoszeniu elektronów na odpowiednie akceptory. Najbardziej wydajnym energetycznie procesem jest angażujące cykl Krebsa oddychanie tlenowe, w którym protony i elektrony są przenoszone poprzez łańcuch oddechowy na tlen atmosferyczny. Zdolność bakterii do oddychania tlenowego ma istotne znaczenie z punktu widzenia ich identyfikacji, gdyż liczne próby biochemiczne pozwalają na wykrywanie metabolitów pośrednich cyklu Krebsa oraz obecność enzymów łańcucha oddechowego. 51 Oddychanie beztlenowe ma podobny przebieg z tym, że ostatecznym akceptorem protonów i elektronów w łańcuchu oddechowym są związki nieorganiczne, np.: azotany, azotyny, siarczany. Wykrywanie produktów ich rozkładu, a także enzymów biorących udział w tych procesach także wykorzystywane jest w identyfikacji bakterii. Przykładem jest wykrywanie reduktazy azotanowej przekształcającej azotany do azotynów. Oddychanie azotowe może angażować jeden z dwóch procesów: denitryfikację polegającą na redukcji azotanu do podtlenku azotu (N2O) oraz uwalnianego do środowiska azotu atmosferycznego. Bakterie posiadające takie zdolności to m.in.: Pseudomonas denitrificans, Pseudomonas aeruginosa, Bacillus licheniformis; amonifikację polegająca na redukcji azotanów do azotynów, + a następnie do amoniaku w formie jonu amonowego NH4 . Przeprowadzana jest ona m.in. przez: Escherichia coli, Enterobacter aerogenes. Oddychanie siarkowe polega na redukcji siarczanów bądź siarki do siarczków. Zdolność do redukcji siarczanów mają bakterie z rodzaju Desulfovibrio, natomiast siarkę redukują bakterie z rodzaju Desulfuromonas. Trzeci z energiodajnych procesów – fermentacja pozwala na metabolizowanie substratów bez udziału czynnika utleniającego, w którym utlenienie jednego związku jest równoważone redukcją innego. Ostatecznymi akceptorami protonów i elektronów są związki organiczne powstałe jako produkty pośrednie, np.: etanol, mleczan, maślan, bursztynian, izopropanol. Od tych produktów tworzone są nazwy fermentacji. W identyfikacji bakterii znaczenie diagnostyczne mają: fermentacja mlekowa, propionowa, masłowa i mrówkowa. Fermentacja mlekowa jest prowadzona przez bakterie mlekowe (Lactobacillus spp.), ale także inne bakterie, np. gronkowce. Bakterie mlekowe stanowią mikrobiota przewodu pokarmowego niemowląt, są wykorzystywane jako probiotyki. Stanowią też mikrobiota pochwy u kobiet. Fermentacja propionowa prowadzona jest przez beztlenowe pałeczki z rodzaju Propionibacterium bytujące w przewodzie pokarmowym 52 przeżuwaczy, a także na skórze człowieka. Jako produkt podstawowy tej fermentacji powstaje kwas propionowy. Fermentacja masłowa prowadzona jest przez beztlenowe bakterie przetrwalnikujące z rodzaju Clostridium, w tym laseczki zgorzeli gazowej. Jako produkty końcowe tego procesu powstają kwasy masłowy, octowy, alkohole oraz CO2 i H2. Fermentacja mrówkowa jest charakterystyczna dla bakterii z rodziny Enterobacteriaceae. Produktami końcowymi jest wiele związków, a wśród nich kwasy organiczne, etanol, glicerol, acetoina, 2,3butandiol, a także CO2 i H2. Możliwe są dwa szlaki przemian, a ich cechy wykrywa się dla celów identyfikacyjnych. Pierwszy z nich charakteryzuje się powstawaniem silnych kwasów organicznych, co obniża pH pożywki poniżej 4,5 (próba Metyl-Red). W innym szlaku kwasy organiczne mogą powstawać w mniejszej ilości, a głównymi produktami są acetoina i 2,3-butandiol (próba VogesProskauera). Jako substrat energetyczny bakterie mogą wykorzystywać cukry proste, oligocukry i cukry złożone. Te ostatnie muszą ulec strawieniu zewnątrzkomórkowemu przy udziale odpowiednich, produkowanych przez bakterie enzymów. Dotyczy to m.in. skrobi, glikogenu czy celulozy. Do komórki transportowane są cukry proste, które wykorzystywane są jako główne substraty oddechowe. Jeżeli w podłożu znajduje się wiele substratów, zwykle pierwszym rozkładanym są cukry proste. W przypadku większości bakterii jest to glukoza. Także białka i lipidy są zbyt dużymi cząsteczkami, aby w stanie niezmienionym mogły być przyswajane przez bakterie. Muszą one ulec degradacji w środowisku przy udziale odpowiednich enzymów proteolitycznych czy lipolitycznych. W rozkładzie białek biorą udział endopeptydazy rozkładające je do oligopeptydów i egzopeptydazy odłączające aminokwasy, które podlegają dalszym przemianom. Lipidy są zwykle degradowane przez esterazy, o szerokiej swoistości substratowej. Niektóre bakterie wytwarzają lipazy o wąskiej specyficzności – na przykład lecytynazę. 53 Cechy wykorzystywane do identyfikacji bakterii W identyfikacji bakterii przeprowadzanej metodami fenotypowymi, próby oparte na wykrywaniu cech metabolicznych bakterii odgrywają bardzo ważną rolę. Bada się źródła węgla i azotu wykorzystywane przez bakterie, poszukuje enzymów biorących udział w procesach katabolicznych, oznacza charakterystyczne końcowe produkty metabolizmu. Zwykle diagnostykę prowadzi się w oparciu o wiele, zwykle kilka lub kilkanaście prób dobranych specjalnie pod kątem identyfikacji określonych bakterii. Tworzone są w ten sposób schematy diagnostyczne. Istotne miejsce mogą w nich mieć także takie cechy, jak morfologia mikroskopowa bakterii i morfologia kolonii. Dla wielu rodzajów bakterii określa się także właściwości biologiczne. Wśród nich ważną rolę odgrywa oznaczanie często występujących u bakterii hemolizyn (typ hemolizy na agarze z krwią), wytwarzanie enzymów np. katalazy, oksydazy czy też charakterystyczne dla mniejszej liczby lub wręcz dla pojedynczych gatunków próby takie, jak wytwarzanie koagulazy, toksyn i inne. Istotną pomoc w identyfikacji niektórych bakterii (pałeczki jelitowe, paciorkowce) stanowią cechy antygenowe wykrywane badaniami serologicznymi. Dla bakterii długo rosnących lub niehodowalnych standardowymi metodami mikrobiologicznymi są metody polegające na wykrywaniu ich materiału genetycznego w próbce. Metody Diagnostyka bakteriologiczna Standardowe postępowanie zależy od rodzaju materiału i spodziewanych drobnoustrojów. Zwykle rozpoczyna je charakterystyka mikroskopowa badanej próbki. Barwienie metodą Grama pomaga ocenić materiał i wybrać rodzaj podłoża do pierwszego posiewu. Można posłużyć się metodami fenotypowymi, na które składają się: charakterystyka wzrostu na podłożach, na których dokonano izolacji (pierwszego posiewu materiału); 54 otrzymanie czystej hodowli i charakterystyka morfologii kolonii oraz opis mikroskopowego obrazu komórek bakterii; próby biochemiczne badające właściwości sacharolityczne, proteolityczne, lipolityczne, utleniająco-redukujące; badanie właściwości serologicznych (poszukiwanie charakterystycznych antygenów); lub metodami genotypowymi (badającymi genom), w których stosuje się techniki biologii molekularnej i poszukuje charakterystycznych dla danych bakterii markerów (sekwencji nukleotydów). Próby biochemiczne wykonywane w celu identyfikacji bakterii W praktyce określa się następujące właściwości biochemiczne: związane z metabolizmem azotowym, związane z metabolizmem węglowodanów, związane z metabolizmem lipidów, związane z procesami oddechowymi (enzymy red-ox). Podłoża, na których określa się właściwości biochemiczne należą do grupy pożywek diagnostycznych. Niektóre próby biochemiczne wykrywające obecność tych samych enzymów lub produktów często możemy wykonać w różny sposób. Poniżej przedstawiono kilkanaście podstawowych prób w najczęściej stosowanych wariantach. Metabolizm azotowy Właściwości proteolityczne - rozkład żelatyny (metoda probówkowa) Pożywka z żelatyną w temperaturze pokojowej (ok. 22°C) ma konsystencję stałą, ale w cieplarce (37°C) jest płynna. Posiana bakteriami, które mają enzym – żelatynazę, po długim zazwyczaj okresie inkubacji, ulega stałemu upłynnieniu i nie daje się zestalić przez obniżenie temperatury. Właściwości proteolityczne - rozkład kazeiny mleka Zdolność do wytwarzania kazeinazy sprawdza się posiewając bakterie na podłoże agarowe z dodatkiem 10% odtłuszczonego mleka. Po 55 48 godzinach inkubacji w 37°C można zaobserwować przejaśnienie wokół kolonii produkujących ten enzym. Wytwarzanie H2S – na podłożu Kliglera Podłoże Kliglera wykorzystywane jest głównie w diagnostyce bakterii z rodziny Enterobacteriaceae. Służy ono do oceny wytwarzania przez bakterie H2S, ale także zdolności rozkładu glukozy i laktozy. Ma ono postać półskosu o barwie łososiowej. Bakterie należy posiać do słupka i na skos. Wynik odczytuje się po 24 godzinnej inkubacji w 37°C. Wytwarzany siarkowodór reaguje z jonami żelaza, a powstający siarczek żelaza powoduje zaczernienie podłoża. Wytwarzanie indolu z tryptofanu Badane bakterie posiewa się na wodę peptonową zawierającą DLtryptofan. Po 24 godzinnej inkubacji w 37°C na podłoże należy nawarstwić zmodyfikowany odczynnik Ehrlicha. Zawiera on p-di-metyloaminobenzaldehyd, alkohol amylowy i stężony HCl. Jeżeli bakterie rozłożyły tryptofan, pojawia się ciemnoróżowa obrączka w górnej warstwie pożywki. Rozkład mocznika Zdolność bakterii do wytwarzania ureazy – enzymu rozkładającego mocznik do amoniaku i dwutlenku węgla bada się na podłożu Christensena z mocznikiem. W podłożu zawarty jest wskaźnik pH czerwień krezolowa. Powstający amoniak alkalizuje podłoże, co powoduje zmianę jego zabarwienia z żółtego na różowe. Deaminacja fenyloalaniny Zdolność bakterii do rozkładu fenyloalaniny na drodze deaminacji tego aminokwasu bada się posiewając je na podłoże agarowe z dodatkiem D-α-fenyloalaniny. Po 24 godzinach inkubacji w 37°C nakrapla się na płytkę 10% roztwór chlorku żelazowego. Zielone zabarwienie świadczy o deaminacji fenyloalaniny. 56 Metabolizm węglowodanów Wykrywanie zdolności rozkładu cukrów przez bakterie o małych wymaganiach Bakterie posiewa się do probówek zawierających wodę peptonową z dodatkiem 1% cukru oraz wskaźnik pH: purpurę bromokrezolową (fioletowa w pH obojętnym; żółta w kwaśnym) lub błękit bromotymolowy (zielony w pH obojętnym; żółty w kwaśnym). Dodatkowo do probówek wkładane są dnem do góry tzw. rurki Durhama, w których niekiedy w wyniku rozkładu cukru może zbierać się gaz. Po 24 godzinnej inkubacji w 37°C rozkład cukru prowadzi do zakwaszenia środowiska i zmiany zabarwienia podłoża. Zestaw prób dla kilku cukrów nazywa się zwykłym szeregiem cukrowym. Wykrywanie drogi rozkładu cukru: fermentacja czy utlenianie, na podłożu Hugh-Leifsona Bakterie posiewa się do dwóch probówek ze świeżo przygotowanym, wygotowanym bezpośrednio przed użyciem podłożem. Powierzchnia, jednego z nich pokrywana jest płynną parafiną. Podłoże jako wskaźnik pH zawiera błękit bromotymolowy. W przypadku bakterii nie rozkładających cukru barwa podłoża się nie zmienia. Natomiast, jeśli bakterie rozkładają cukier tylko w warunkach tlenowych, zmienia się barwa pożywki w probówce bez parafiny. Zmiana barwy w obu probówkach świadczy o wykorzystywaniu cukru na drodze fermentacji. Wykorzystanie podłoża stałego dla oceny rozkładu laktozy podłoże MacConkeya Podłoże MacConkeya służy do izolacji pałeczek gramujemnych. Jest to podłoże diagnostyczne, ale zawiera też takie składniki, jak sole żółciowe i fiolet krystaliczny, które decydują o jego słabej wybiórczości i hamują wzrost bakterii gramdodatnich. Zawarta w podłożu laktoza, jeśli jest rozkładana (bakterie laktozododatnie), zakwasza środowisko, co manifestuje się różowym zabarwieniem kolonii zależnym od wskaźnika czerwieni obojętnej. Bakterie laktozoujemne rosną w postaci kolonii w kolorze nieposianej pożywki. 57 Określanie typu fermentacji glukozy - wykrywanie acetoiny – próba Voges-Proskauera Bakterie posiewa się na podłoże Clarka. Zawarta w nim glukoza rozkładana jest do kwasu pirogronowego, a dalej do różnych produktów końcowych m.in. do acetoiny. Acetoinę wykrywamy po 48-72 godzinach inkubacji dodając 0,5 mL roztworu KOH, a po wymieszaniu 0,2 mL alkoholowego roztworu α-naftolu. Hodowlę po ponownym wymieszaniu odstawia się na 15 minut. Pojawiające się karminowe zabarwienie powstaje w wyniku utlenienia acetoiny w obecności tlenu do diacetylu, reagującego następnie w obecności α-naftolu z obecną w peptonie resztą guaninową argininy. Metabolizm lipidowy Wytwarzanie lipaz (esteraz) na podłożu z Tween 80 W celu sprawdzenia zdolności bakterii do wytwarzania lipaz posiewa się je na płytkę z podłożem agarowym z dodatkiem Tween 80 (polietylenosorbitol jednooleinowy) i chlorku wapniowego. Wynik ocenia się po 48 godzinach inkubacji. Wokół kolonii bakterii wytwarzających lipazy pojawia się strefa zmętnienia. Jest ona wynikiem reakcji uwolnionych przez lipazy kwasów tłuszczowych z obecnymi w pożywce jonami wapnia, powodującej powstanie nierozpuszczalnych mydeł wapniowych. Wytwarzanie enzymów utleniająco-redukujących Wytwarzanie katalazy Katalaza rozkłada H2O2 do H2O i O2.. Jej wytwarzanie sprawdza się poprzez zawieszenie badanych bakterii w kropli 3% wody utlenionej umieszczonej na szkiełku podstawowym. Można także dodać wodę utlenioną bezpośrednio do hodowli. Pojawiające się pęcherzyki tlenu świadczą o obecności katalazy. Wytwarzanie reduktazy azotanowej Zdolność bakterii do redukcji azotanów do azotynów można sprawdzić metodą sulfanilową, posiewając je na pożywkę zawierającą azotan potasu. 58 Po inkubacji (24 godziny w 37°C) do hodowli dodaje się kilka kropli odczynnika Griessa. W skład tego odczynnika wchodzą w proporcji 1:1 roztwory kwasu sulfanilowego i α-naftyloaminy w kwasie octowym. W środowisku kwaśnym kwas sulfanilowy ulega diazowaniu jonami azotynowymi, po czym łącząc się z α-naftyloaminą daje barwę. Badanie zdolności hemolitycznych bakterii Hemolizyny bakteryjne są cytolizynami, które niszczą krwinki czerwone ludzi i zwierząt. Zdolność wytwarzania ich przez bakterie można wykazać na podłożu agarowym zawierającym dodatek 5% odwłóknionej krwi baraniej lub ludzkiej. Podłoże takie jest jednocześnie podłożem diagnostycznym, jak i wzbogaconym. Bakterie posiewa się redukcyjnie, inkubuje w optymalnych dla nich warunkach. W pobliżu kolonii wytwarzających hemolizyny pojawiają się charakterystyczne zmiany. Wyróżnia się dwa typy hemolizy: α hemoliza – widoczna jest na płytce krwawej w postaci zielonej strefy wokół kolonii, co jest wynikiem częściowego rozpadu krwinek (przekształcenie hemoglobiny do methemoglobiny); β hemoliza – widoczna na płytce krwawej jako pełne przejaśnienie wokół kolonii, powstałe wskutek całkowitej lizy krwinek i wyługowania barwnika. Wielkość stref hemolizy może być różna dla różnych gatunków czy szczepów. Zestawy prób biochemicznych do identyfikacji bakterii W laboratoriach zajmujących się rutynową diagnostyką mikrobiologiczną do identyfikacji drobnoustrojów stosowane są gotowe, standaryzowane zestawy testów biochemicznych. Najczęściej mają one postać płytek pleksiglasowych z dołkami lub galeryjek z pojemniczkami wypełnionymi substratami dostosowanymi do identyfikacji danej grupy bakterii. Zmiany barwy zawartości studzienek po dodaniu badanego szczepu, inkubacji i jeśli trzeba, odpowiednich odczynników, umożliwiają odczytanie 59 wyników i przy użyciu książki kodowej lub oprogramowania zidentyfikowanie zwykle do gatunku. odpowiedniego Techniki biologii molekularnej w diagnostyce bakteriologicznej Metody genotypowe umożliwiają wykrycie nawet minimalnej ilości kwasu nukleinowego – genomu poszukiwanych w materiale badanym bakterii. Znalazły one swoje miejsce w diagnostyce bakterii odpowiedzialnych za szereg chorób, uzupełniając fenotypowe metody identyfikacyjne, skracając czas badania, a w przypadku drobnoustrojów wolno rosnących na podłożach sztucznych czy też w ogóle nie dających się na nich hodować, stały się niezastąpione. W diagnostyce mikrobiologicznej wykorzystywane są metody genetyczne, w których poszukuje się specyficznych dla danego drobnoustroju sekwencji stanowiących fragment jego genomu. Metody ich wykrywania oparte są na ich bezpośredniej hybrydyzacji z zastosowaniem swoistych sond molekularnych lub na amplifikacji (powielaniu) określonych (poszukiwanych) fragmentów materiału genetycznego. Najczęściej wykorzystywaną metodą identyfikacji drobnoustrojów jest metoda amplifikacji poszukiwanych fragmentów genomu bakterii. Wykorzystywane są tu komplementarne do końców powielanego fragmentu startery (krótkie sekwencje) genów, często chorobotwórczości, które wcześniej uznano za wystarczająco odróżniające poszczególne rodzaje, gatunki lub szczepy. Łańcuchowa reakcja polimerazy (PCR Polymerase Chain Reaction) oraz jej odmiany (Multiplex-PCR, Real-timePCR, RT-PCR, nested-PCR) oprócz badanego materiału genetycznego (matryca) oraz starterów wymaga udziału termostabilnej polimerazy Taq, buforu zawierającego jony magnezu oraz trifosforanów deoksynukleozydów (dATP, dCTP, dGTP, dTTP). Poszczególne etapy amplifikacji DNA wymagają odpowiedniej temperatury, dlatego musi być przeprowadzona przy zastosowaniu termocyklera. Reakcja zachodzi w powtarzających się cyklach (około 30) składających się z etapów: - denaturacja kwasów nukleinowych (temperatura 90-95°C), 60 - przyłączanie starterów (temperatura 40-65°C), - wydłużanie łańcucha DNA (elongacja) katalizowane przez polimerazę DNA (temperatura 72°C). Materiał genetyczny powielany jest wykładniczo, a cały proces pozwala na 106-109 -krotne namnożenie poszukiwanego fragmentu genomu, jeśli tylko matryca (materiał badany) zawiera odpowiednie sekwencje. Ograniczeniem metod genetycznych jest fakt, że wykrywane jest DNA także martwych drobnoustrojów (niezagrażających już pacjentowi) oraz, paradoksalnie, ich wielka czułość. Mogą bowiem wskazać na obecność drobnoustroju nawet wtedy, gdy jego dawka infekcyjna nie jest przekroczona i nie on, zapewne, jest przyczyna choroby. Problemy te rozwiązuje amplifikacja w systemie real-time PCR. Zadania do wykonania Zadanie 1 Badanie niektórych cech biochemicznych bakterii wykorzystywanych do ich identyfikacji - Otrzymujesz hodowlę bakterii na podłożu MacConkey’a. - Obejrzyj płytkę i odpowiedz na pytania w tabeli. Czy hodowla jest czysta czy mieszana? Wygląd kolonii badanych bakterii na podłożu MacConkeya: 61 - Posiej badane bakterie na następujące podłoża: 1. Podłoże do wykrywania redukcji azotanów 2. Podłoże do wykrywania dezaminacji fenyloalaniny 3. Podłoże z mocznikiem 4. Wodę peptonową z tryptofanem 5. Bulion odżywczy (do wykrycia obecności katalazy) - Posiewy inkubuj w cieplarce (37°C , 48 godzin). - Wykonaj preparat barwiony metoda Grama z bulionu odżywczego. Odczytaj wyniki posiewów dodając odpowiednich odczynników. Wyniki zapisz w tabeli. Badanie właściwości bakterii z hodowli na podłożu MacConkeya: Preparat: Kształt: Barwienie metodą Grama: 62 Zdolność redukcji azotanów Dodane odczynniki: Wynik próby: Jaka reakcja chemiczna zaszła: Jaki był jej efekt wizualny: Deaminacja fenyloalaniny Dodane odczynniki: Wynik próby: Jaka reakcja chemiczna zaszła: Jaki był jej efekt wizualny: Wykrywanie ureazy Jaka reakcja zaszła: Wynik próby: Jaki był jej efekt wizualny: 63 Wykrywanie rozkładu tryptofanu Dodane odczynniki: Wynik próby: Jaka reakcja chemiczna zaszła: Jaki był jej efekt wizualny: Wykrywanie katalazy Dodane odczynniki: Wynik próby: Jaka reakcja chemiczna zaszła: Jaki był jej efekt wizualny: Zadanie 2 Próby biochemiczne i biologiczne stosowane do identyfikacji bakterii Opisz i narysuj wszystkie demonstracje prób identyfikacyjnych, jakie zobaczyłeś na ćwiczeniach. 64 65 66 67 68 Rozdział 6 Liczenie bakterii Część teoretyczna Oznaczenie liczby bakterii ma zastosowanie w wielu dziedzinach mikrobiologii. Jest ono przydatne między innymi w ocenie czystości mikrobiologicznej leków, kosmetyków i żywności, w badaniu bakteriologicznym wody, ścieków, powierzchni produkcyjnych i powietrza, przy produkcji szczepionek, w kontroli skuteczności działania środków myjących i dezynfekujących, a w diagnostyce laboratoryjnej – w ocenie liczby bakterii w moczu. Oznaczać można całkowitą liczbę bakterii, to znaczy łącznie komórki żywe i martwe lub tylko liczbę żywych komórek. Obliczanie całkowitej liczby komórek można wykonać mikroskopowo przez bezpośrednią obserwację i liczenie komórek bakteryjnych: w preparacie barwionym, w hemacytometrach, np. kamerze Thoma, na sączku membranowym, przez który uprzednio przesączono badaną próbkę o określonej objętości. Bakterie obecne na sączku barwi się najczęściej błękitem metylenowym lub roztworem erytrozyny. Metoda stosowana jest na przykład przy badaniu wody i ścieków. Można też posłużyć się metodami turbidymetrycznymi - porównując zmętnienie badanych zawiesin z odpowiednimi wzorcami o znanej liczbie komórek - wzrokowo lub za pomocą fotometru. Przy stosowaniu tych metod potrzebne są krzywe wzorcowe, odnoszące liczbę komórek (policzonych innymi metodami) do gęstości optycznej zawiesiny. Całkowitą liczbę bakterii można też określić metodami chemicznymi – przez oznaczenie całkowitego azotu, fosforu, białek lub kwasów nukleinowych. Metoda ma zastosowanie głównie w pracach badawczych. 69 Liczbę żywych, to znaczy zdolnych do podziału, komórek bakteryjnych oznacza się wymienionymi poniżej metodami hodowlanymi. Metoda posiewu na podłoże stałe (metoda płytkowa) – polega na liczeniu kolonii po swobodnym (pod wpływem sił grawitacyjnych - metoda Kocha) lub wymuszonym (metoda aspiracyjna, uderzeniowo-zderzeniowa) osiadaniu bakterii na powierzchni podłoża. Metoda stosowana jest przy badaniu czystości mikrobiologicznej powietrza. Metoda płytek odciskowych – wykorzystuje podłoże agarowe, tworzące w płytce Petriego menisk wypukły, który przykłada się na kilka sekund do badanej powierzchni. Po inkubacji liczy się wyrosłe kolonie, a wynik ocenia w zależności od przyjętych kryteriów. Metoda służy do monitorowania mikrobiologicznego skażenia powierzchni szpitalnych i przemysłowych (ściany, podłogi, sprzęt). Metoda posiewu powierzchniowego lub głębinowego (płytki lane) jest najczęściej stosowana w praktyce laboratoryjnej. Dotyczy przede wszystkim preparatów o spodziewanej dużej liczbie drobnoustrojów, dlatego konieczne jest wstępne wielokrotne rozcieńczenie badanej próbki. Metoda posiewu na podłoże płynne (metoda probówkowa) jest oznaczeniem najbardziej prawdopodobnej liczby drobnoustrojów (NPL). Metoda filtrów membranowych - polega na przesączeniu określonej objętości badanego płynnego preparatu przez odpowiedni filtr. Filtr ten nakłada się następnie na powierzchnię podłoża stałego. Po inkubacji liczy się wyrosłe na sączku kolonie. Żywe bakterie można zliczyć także innymi metodami. Jedna z nich jest metodą mikroskopową (bezpośrednia epifluorescencja), w której barwi się barwnikiem fluorescencyjnym żywe bakterie na sączku membranowym, przez który uprzednio przesączono badaną próbkę o określonej objętości. Metoda ta stosowana jest w przemyśle mleczarskim do oceny bakteriologicznej surowego mleka. 70 Można także zastosować metody pośrednie. Są to metody szybkie, ponieważ skracają zwykle 24-48-godzinny (lub dłuższy) okres inkubacji typowy dla metod hodowlanych, ale wymagają drogiej aparatury i odczynników. Jedną z nich jest luminometria - pomiar chemiluminescencji lub bioluminescencji, będącej efektem hydrolizy adenozynotrójfosforanu ATP, obecnego w każdej żywej komórce. Metoda stosowana jest w kontroli czystości mikrobiologicznej powierzchni produkcyjnych, urządzeń i rękawic na rękach pracowników w przemyśle spożywczym, kosmetycznym, farmaceutycznym, przy badaniu żywności, czystości wody pitnej, a także kontroli skuteczności działania środków myjących i dezynfekujących. Można także zastosować metody manometryczne – dokonując pomiaru zużycia O2 lub wytwarzania CO2 przez rosnące drobnoustroje. Metoda hodowlana z użyciem pożywki o zmienionych parametrach elektrycznych pozwala na szybkie wykrycie drobnoustrojów, które namnażając się wytwarzają silnie zjonizowane metabolity. Znajduje ona zastosowanie między innymi w biodetektorach służących do oceny skażenia mikrobiologicznego środowiska. Każda z tych metod wymaga odpowiedniej standaryzacji, aby pomiar mógł być ilościowy. Metody Standaryzacja zawiesin bakteryjnych Badania mikrobiologiczne wymagają niekiedy zastosowania standaryzacji gęstości zawiesin czy hodowli tak, aby do badań używać próbek o powtarzalnej liczbie bakterii. Najczęściej stosuje się standaryzację według powszechnie przyjętego wzorca zmętnienia - skali opracowanej przez McFarlanda. W skład zestawu tej skali wchodzi kilka probówek zawierających mieszaniny 1% roztworu chlorku baru i 1% roztworu kwasu siarkowego. Zmętnienie powstałe w wyniku wytrącenia się osadu siarczanu baru optycznie przypomina bardzo zmętnienie, jakie tworzy w wodzie zawiesina bakterii. Odpowiednia standaryzacja uzyskana 71 poprzez liczenie bakterii różnymi metodami pozwoliła przypisać odpowiedniemu, określonemu numerem zmętnieniu wzorca, odpowiednią gęstość zawiesiny bakterii. Porównania zmętnienia badanej zawiesiny bakteryjnej ze zmętnieniem w probówkach skali McFarlanda dokonuje się wzrokowo lub przy użyciu prostego, przenośnego nefelometru. Pozwala ono na oszacowanie liczby bakterii w 1 mL zawiesiny. Ważnym czynnikiem decydującym o dokładności odczytu jest przygotowanie badanej zawiesiny w probówce z takiego samego szkła i o takiej samej średnicy, jak probówki ze wzorcem skali McFarlanda. Ta metoda określania całkowitej liczby bakterii martwych i żywych jest wykorzystywana przy standaryzacji zawiesin bakteryjnych przed wykonaniem antybiogramu czy testów identyfikacyjnych. Wzorce zmętnienia wg skali McFarlanda można przygotować w każdym laboratorium mikrobiologicznym przez zmieszanie w odpowiednich proporcjach roztworu chlorku baru i kwasu siarkowego. Można także korzystać z gotowych wzorców skali McFarlanda oferowanych przez różnych producentów. Rozcieńczanie hodowli bakterii dla potrzeb liczenia bakterii żywych Płyny zawierające dużą liczbę bakterii należy przed posiewem rozcieńczyć metodą seryjnych rozcieńczeń tak, aby zawierały zawiesiny komórek policzalnych metodą posiewu. Stopień rozcieńczenia musi być znaczny, gdyż na płytkę o średnicy ok. 9 cm posiewa się 0,1 mL zawiesiny, 2 a jako osobne (policzalne) może się na niej utworzyć najwyżej 300 (3x10 ) kolonii. Tymczasem hodowla płynna większości bakterii zawiera 7 12 przeciętnie 10 -10 komórek bakterii w mililitrze. Najczęściej wykonuje się szereg kolejnych 10- krotnych rozcieńczeń w postępie geometrycznym. Rozcieńczenia wykonuje się następująco: do szeregu, najczęściej 7 do 12 probówek, nalewa się po 9 mL fizjologicznego roztworu NaCl; do pierwszej dodaje się 1 mL rozcieńczanej zawiesiny; następnie przenosi się po 1 mL zawiesiny z probówki do probówki tak jak pokazuje to schemat na poniższej rycinie; 72 z ostatniej probówki, po wymieszaniu 1 mL wylewa się do słoja ze środkiem dezynfekcyjnym. Rozcieńczenia wykonuje się przy użyciu szklanych jałowych pipet lub pipet automatycznych z jałowymi końcówkami. Trzeba pamiętać, aby po wymieszaniu zawartości każdej probówki i przeniesieniu 1 mL do następnej zmienić pipetę lub końcówkę pipety automatycznej. Unika się w ten sposób błędu wynikającego z przylegania bakterii do szkła czy plastiku. W niektórych sytuacjach wykonuje się szereg 100-krotnych rozcieńczeń. Wtedy przenosi się po 0,1 mL hodowli do kolejnych probówek zawierających po 9,9 mL fizjologicznego roztworu NaCl. Ten sposób, choć wymaga użycia mniejszej liczby probówek, obarczony jest jednak większym błędem. Rycina 1. Schemat wykonywania 10-krotnych rozcieńczeń 1 mL hodowli 9 mL roztworu NaCl wielokrotność rozcieńczenia 10 1 10 2 10 3 10 4 10 5 10 6 10 7 10 8 10 9 Liczenie bakterii żywych metodą posiewów na podłoże stałe Liczenie żywych bakterii metodą posiewu na podłoże stałe polega na liczeniu powstających z nich kolonii. Liczba powstających kolonii odpowiada liczbie żywych komórek lub dokładniej - liczbie jednostek tworzących kolonie (jtk; CFU – ang. colony forming units). Liczenia bakterii 73 żywych dokonuje się metodą posiewu powierzchniowego lub głębinowego (płytki lane). Posiew powierzchniowy polega na rozprowadzeniu zagiętą ezą lub głaszczką na powierzchni płytek z podłożem po 0,1 mL wybranych rozcieńczeń badanego materiału. Na płytki o średnicy większej niż 10 cm można nanieść odpowiednio więcej zawiesiny. W wyniku takiego posiewu uzyskuje się wzrost w postaci kolonii na powierzchni agaru. Posiew głębinowy polega na wlaniu do jałowych płytek Petriego po 1 mL zawiesiny z poszczególnych rozcieńczeń, zalaniu roztopionym i przestudzonym agarem i wymieszaniu. W wyniku takiego posiewu uzyskuje się wzrost w postaci kolonii zarówno na powierzchni, jak i w głębi agaru. Kolonie w głębi agaru są znacznie mniejsze i różnią się też kształtem (często są soczewkowate). Najczęściej przygotowuje się płytki z trzech ostatnich rozcieńczeń. Aby zmniejszyć błąd, którym obarczone są obie metody, z każdego rozcieńczenia sporządza się po trzy płytki, z których wylicza się średnią liczbę wyrosłych kolonii. Na płytce łatwo odróżnić jako pojedyncze około 300 kolonii, które można policzyć korzystając z licznika kolonii. Gdy na płytce wyrosło więcej kolonii, należy wyliczyć średnią liczbę kolonii przypadającą na 1 cm2 (zliczając kolonie z 10 cm2). Liczbę kolonii na całej płytce oblicza się uwzględniając pole jej powierzchni (P = Пr2). Liczba kolonii wyrosłych na płytce pomnożona przez rozcieńczenie i przeliczona na 1 mL materiału wyjściowego daje nam liczbę żywych komórek bakteryjnych w badanej zawiesinie. Bakterie w zawiesinie można też policzyć metodą Milesa i Misry’ego. Jest ona modyfikacją posiewu powierzchniowego zalecaną do badania próbek zawierających około 100 CFU/mL. Przy spodziewanej większej liczbie bakterii wymagane jest wstępne rozcieńczenie. Z każdego rozcieńczenia badanego materiału pobiera się małą jego objętość (np. 550 l) i nakrapla w oznaczonym miejscu powierzchni płytki z odpowiednim stałym podłożem. Po inkubacji ocenia się wzrost bakterii w miejscu nakroplenia. W przypadku dużej liczby bakterii będzie to wzrost w postaci „murawy”. Wraz z kolejnymi rozcieńczeniami uzyskuje się wzrost pojedynczych kolonii. Znając liczbę kolonii, objętość kropli i współczynnik 74 rozcieńczenia, można obliczyć liczbę żywych bakterii w badanym materiale. Liczenie bakterii żywych metodą sączenia przez filtry membranowe Metoda ta służy do określania liczby żywych bakterii w płynach zawierających niewielką ich ilość. Znalazła ona zastosowanie w oznaczaniu liczby bakterii w wodzie pitnej, płynnych artykułach spożywczych, kosmetykach czy lekach zawierających substancje przeciwbakteryjne. Metodą sączenia przez filtry membranowe możemy oznaczać całkowitą liczbę bakterii lub, gdy zastosujemy odpowiednie podłoża diagnostycznowybiórcze, określone ich grupy – rodzaje, a nawet gatunki. Przez filtr membranowy sączona jest próbka o określonej objętości. Filtr następnie przenosi się na powierzchnię podłoża w płytce Petriego. Składniki podłoża, dyfundując przez pory sączka, umożliwiają wzrost w postaci kolonii. Po policzeniu wyrosłych kolonii przelicza się otrzymaną wartość na jednostkę objętości (np. mL) próbki lub określa liczbę bakterii w całej objętości sączonego płynu. W celu zatrzymania na sączku wszystkich bakterii obecnych w badanym materiale należy zastosować filtr membranowy o wielkości porów 0,22 µm. Na filtrze o wielkości porów 0,45 µm zatrzyma się tylko część bakterii, ale wszystkie komórki i zarodniki grzybów. Liczenie bakterii żywych metodą posiewów na podłoże płynne W metodzie tej, zwanej probówkową, liczbę bakterii ocenia się na podstawie występowania lub braku wzrostu na pożywkach płynnych, do których uprzednio wprowadzono odpowiednie objętości rozcieńczeń badanej próbki. Jest to badanie określające najbardziej prawdopodobną liczbę (NPL) (ang. most probable number, MPN) bakterii obecnych w preparacie. Odczytywanie wyników oparte jest na statystycznym obliczeniu prawdopodobieństwa występowania wzrostu drobnoustrojów w zależności od ich liczby w próbce. Dokładność metody NPL jest mniejsza 75 niż innych metod hodowlanych. Metoda NPL jest zalecana tylko w sytuacji, gdy nie może być zastosowana inna metoda. Badanie polega na przygotowaniu kolejnych w postępie geometrycznym, 10-krotnych rozcieńczeń badanego preparatu. Następnie próbki każdego z nich posiewa się, w trzech powtórzeniach, na podłoża płynne. Na podstawie wzrostu lub jego braku w próbkach z odpowiednich rozcieńczeń wnioskuje się o ilości bakterii w preparacie. Służą do tego tablice statystyczne, z których oblicza się najbardziej prawdopodobną liczbę bakterii (lub grzybów) występującą w jednostce wagowej lub objętościowej preparatu. Metoda NPL może być zastosowana zarówno do oceny ogólnej zanieczyszczeń mikrobiologicznych badanego materiału, jak i w badaniach ukierunkowanych, zmierzających do oznaczenia wybranych bakterii. Metodę probówkową stosuje się do określenia prawdopodobnej liczby bakterii grupy coli i/lub Escherichia coli w wodzie. Metoda NPL wymieniona jest także w Farmakopei Polskiej IX przy badaniu czystości mikrobiologicznej leków i surowców farmaceutycznych. Stosowana jest także przy badaniu żywności. Zadania do wykonania Zadanie 1 Liczenie bakterii metodą posiewu powierzchniowego 9 Hodowlę płynną Escherichia coli rozcieńczono 10 raza i posiano powierzchniowo (0,1 mL) na płytkę o średnicy 10 cm. Po 24 godzinach inkubacji policzono kolonie na 1/4 płytki. Było ich 125. Podaj liczbę bakterii w 1 mL hodowli wyjściowej. 76 Zadanie 2 Liczenie bakterii metodą sączenia przez filtry membranowe Używając jałowego zestawu przesączono przez filtr membranowy 100 mL wody wodociągowej. Filtr położono na powierzchni płytki z podłożem diagnostycznym Endo w taki sposób, aby górna strona sączka, na której zostały zatrzymane bakterie zwrócona była ku górze i inkubowano (37°C, 24 godz.). Policz kolonie wyrosłe na powierzchni sączka i oceń różnice w ich wyglądzie. Gramujemne pałeczki z grupy coli: Escherichia, Citrobacter, Klebsiella i Enterobacter należące do rodziny Enterobacteriaceae wyrastają w postaci różowych kolonii. Zwróć uwagę na kolonie o barwie różowokarminowej z metalicznym połyskiem - tak wyrasta Escherichia coli. Oblicz liczbę bakterii grupy coli w 100 mL wody (norma dla wody pitnej dopuszczająca jej spożycie to nieobecność bakterii grupy coli i E. coli). 77 78 Rozdział 7 Dezynfekcja i antyseptyka Część teoretyczna Drobnoustroje w otoczeniu człowieka mogą stanowić zagrożenie, które minimalizuje się stosując następujące zabiegi określane wspólnym mianem dekontaminacji. Dezynfekcja to proces usuwania drobnoustrojów ze środowiska i powierzchni przedmiotów. Zakłada się, że w procesie dezynfekcji giną formy wegetatywne bakterii i grzybów chorobotwórczych, a ilość pozostałych drobnoustrojów ulega maksymalnemu zmniejszeniu. Zatem dezynfekcja nie eliminuje wszystkich niepożądanych drobnoustrojów, w tym przetrwalników czy niektórych wirusów. Procesem prowadzącym do usunięcia wszystkich form życia z określonego materiału jest sterylizacja, której dokonuje się specjalnymi metodami (rozdział 8). Dezynfekcję powinna poprzedzać, jeśli to możliwe, sanityzacja. Polega ona na zmniejszeniu liczby drobnoustrojów na przedmiotach i skórze za pomocą środków myjących i czyszczących. Antyseptyka to eliminacja lub hamowanie rozwoju drobnoustrojów na żywych tkankach – skórze i błonach śluzowych. Aseptyka to zgodne z określonymi procedurami postępowanie, które ma na celu zapobieganie zakażeniu. Takie postępowanie obowiązuje w laboratoriach mikrobiologicznych, w medycynie zabiegowej, aptekach, zakładach farmaceutycznych oraz produkujących kosmetyki i żywność, także w gabinetach kosmetycznych. W pracy aseptycznej wykorzystuje się procesy sanityzacji, dezynfekcji i sterylizacji. 79 Konserwacja ma na celu zapobieganie rozwojowi drobnoustrojów i zabezpieczenie produktu przed wtórnym (w czasie użytkowania) skażeniem. Konserwuje się m.in. żywność, leki, preparaty biologiczne, produkty stosowane w kosmetologii. Środki dezynfekcyjne, antyseptyczne i konserwujące to związki chemiczne mające zdolność niszczenia lub hamowania rozwoju drobnoustrojów. Metody Dezynfekcję można przeprowadzać metodami z zastosowaniem czynników fizycznych (temperatury, promieniowania, filtracji) i przy użyciu związków chemicznych. W czasie dekoktacji – gotowania w temperaturze wrzenia wody (100oC) – w ciągu 10 minut ginie większość form wegetatywnych drobnoustrojów, ale przeżywają przetrwalniki i niektóre wirusy. Pasteryzacja – ogrzewanie w temperaturze 62oC przez 30 minut lub gwałtowne podniesienie temperatury na 15 sekund do 72oC powoduje zabicie form wegetatywnych drobnoustrojów chorobotwórczych, maleje także ogólna liczba drobnoustrojów. Dezynfekcja za pomocą promieniowania UV niszczy przede wszystkim formy wegetatywne drobnoustrojów, wirusy i przetrwalniki są bardziej oporne. Ze względu na nieprzenikliwość promieniowania UV skuteczność tej metody jest ograniczona. Działanie ultradźwiękami pozwala na dokładne oczyszczenie sprzętu (sanityzacja), ale usuwane są także drobnoustroje, z których znaczna część ginie w wyniku zniszczenia osłon komórkowych. Ta metoda czasem poprzedza sterylizację w autoklawie. Znaczne ograniczenie liczby drobnoustrojów w płynach lub gazach można osiągnąć przez filtrację. Stopień oczyszczenia zależy od wielkości porów zastosowanego filtra. Większość bakterii zatrzymywana jest przez filtry o średnicy porów 0,45 m. 80 Znanych jest wiele grup związków chemicznych o działaniu przeciwdrobnoustrojowym. Wybierając najbardziej odpowiedni środek dezynfekcyjny należy uwzględnić: - jego właściwości i spektrum działania, - rodzaj spodziewanych zanieczyszczeń mikrobiologicznych, - dodatkowe zanieczyszczenie materią organiczną (np. płynami ustrojowymi, pozostałościami leków, kosmetyków czy żywności), - stopień toksyczności środka dezynfekcyjnego. Niektóre środki dezynfekcyjne mogą być również antyseptykami. Dotyczy to jednak tylko nielicznych, gdyż zastosowane na żywe tkanki, nie mogą działać drażniąco czy uczulająco. Ze względu na rodzaj substancji czynnej środki dezynfekcyjne zaliczane są do różnych grup i mają różne przeznaczenie i skuteczność. Alkohole działają powierzchniowo niszcząc strukturę błon lipidowobiałkowych. Daje to efekt bójczy w stosunku do form wegetatywnych bakterii gramujemnych i gramdodatnich, włącznie z prątkami gruźlicy oraz wirusami mającymi osłonkę. Nie działają na wirusy bezosłonkowe i przetrwalniki. Mechanizm działania alkoholi polega głównie na denaturacji białek, a ta zachodzi lepiej w obecności wody. Najczęściej stosuje się 70% roztwory wodne. Powszechnie stosowane alkohole to etanol i izopropanol. Oba wykorzystywane są zarówno do dezynfekcji, jak i antyseptyki, a także jako środki konserwujące w kosmetologii. Służą również jako rozpuszczalniki innych środków dezynfekcyjnych, wzmagając ich aktywność przeciwdrobnoustrojową. Aldehydy to najskuteczniej działające bójczo związki chemiczne, niszczące także przetrwalniki. Mogą zatem być wykorzystywane do sterylizacji. Ich działanie polega na alkilowaniu białek i kwasów nukleinowych. Powszechnie stosowany do dezynfekcji jest aldehyd glutarowy. Charakteryzuje się on szerokim spektrum działania przeciwdrobnoustrojowego, działa szybko – w ciągu minuty zabija większość form wegetatywnych bakterii, jednak przetrwalniki bakterii giną po znacznie dłuższym czasie ekspozycji. Znacznie silniej działa w pH 8 niż w środowisku kwaśnym, ale jest wtedy mało stabilny. Stosowany jest do 81 dezynfekcji i sterylizacji narzędzi medycznych. Aldehyd ortoftalowy – nowy związek tej grupy, ma podobne spektrum do aldehydu glutarowego. W przeciwieństwie do tego ostatniego, nie wymaga jednak aktywacji, nie działa drażniąco na oczy i śluzówki nosa i jest stabilny w szerokim zakresie pH (od 3 do 9). Stosując go uzyskuje się wysoki poziom dezynfekcji endoskopów i innych narzędzi medycznych. Aldehyd mrówkowy (formaldehyd) działa na bakterie gramujemne, ale słabiej na bakterie gramdodatnie i na przetrwalniki. Ma ograniczone zastosowanie ze względu na przykry zapach, działanie mutagenne i drażniące. Szersze zastosowanie znalazły jego kondensaty z innymi związkami. Zachowują one aktywność formaldehydu przy zredukowanym działaniu drażniącym. Pochodne biguanidyny – chlorheksydyna i aleksydyna to środki, które znalazły zastosowanie głównie jako antyseptyki. Działają bójczo uszkadzając błonę cytoplazmatyczną komórek. Chlorheksydyna działa silniej na bakterie gramdodatnie, słabiej na gramujemne, jest aktywna w stosunku do wirusów posiadających osłonkę, a nieaktywna w stosunku do prątków gruźlicy i przetrwalników. Wykazuje ograniczoną aktywność w stosunku do grzybów. Spektrum aktywności chlorheksydyny poszerza się w roztworach alkoholowych lub w połączeniu z czwartorzędowymi związkami amoniowymi. Aleksydyna znalazła zastosowanie jako składnik preparatów do pielęgnacji jamy ustnej i stosowanych w okulistyce. Chlorowce, głównie chlor, jod i ich związki działają skutecznie przeciwdrobnoustrojowo. Chlor jako gaz lub składnik wielu dostępnych komercyjnie związków jest szeroko stosowany jako środek dezynfekcyjny. W zetknięciu chloru z wodą tworzy się kwas podchlorawy i właśnie on, jako silny utleniacz, inaktywuje enzymy komórki. Chlor i jego połączenia działają na szerokie spektrum drobnoustrojów: bakterie, grzyby i wirusy, chlor w wysokich stężeniach może nawet eliminować przetrwalniki bakterii. Skroplony chlor jest używany do dezynfekcji wody i ścieków, a jego nieorganiczne (np. podchloryn sodu) i organiczne (np. chloraminy, halazon) połączenia są skutecznymi środkami dezynfekcyjnymi. Jod to jeden z najaktywniejszych antyseptyków; w postaci J2 działa utleniająco inaktywując białka i enzymy komórki. Stosowany jest w postaci roztworów 82 alkoholowo-wodnych (jodyna) lub jodoforów. Jodyna ma szerokie spektrum działania. Wrażliwe na nią są bakterie gramujemne, gramdodatnie prątki, grzyby i wirusy, a przy przedłużonej ekspozycji także przetrwalniki bakterii. Działa lepiej od chloru w obecności materii organicznej. Jodofory to połączenia jodu z nośnikami. Mogą nimi być organiczne polimery zdolne do kompleksowania jodu i jego jonów lub związki powierzchniowo czynne. Jod jest powoli uwalniany z tych połączeń. Jodofory zachowują aktywność przeciwdrobnoustrojową, eliminują zaś niekorzystne cechy preparatów jodu: przykry zapach, barwienie skóry, reakcje uczuleniowe czy małą stabilność roztworów. Związki fenolu są stosowane jako środki dezynfekcyjne i konserwujące. Silnie i szybko działają bójczo na drobnoustroje z wyjątkiem przetrwalników. Ich aktywność znacząco maleje po rozcieńczeniu, zmniejsza się również w obecności materii organicznej. Sam fenol nie jest używany, gdyż jest toksyczny, działa silnie drażniąco na oczy, skórę i drogi oddechowe. Dostępnych jest jednak wiele produktów zawierających jego pochodne: krezole i dwufenole. Są one zwykle przeznaczone do dezynfekcji podłóg w placówkach służby zdrowia. Zsyntetyzowano też wiele nowych pochodnych o znacznie korzystniejszych właściwościach. Dwie z nich, najczęściej wykorzystywane to chlorokrezol – używany jako środek konserwujący i chloroksylenol – stosowany jednak coraz rzadziej do dezynfekcji skóry. Trzy inne: 1-benzyl-4-chlorofenol, 2-fenylofenol i para-amylofenol stanowią substancje czynne wielu środków dezynfekcyjnych. Dwufenol – triklosan jest stosowany do dezynfekcji skóry, jest też często składnikiem mydeł i płynów dezynfekcyjnych. Związki utleniające: nadtlenek wodoru i kwas nadoctowy to silnie działające środki dezynfekcyjne, które zawdzięczają swą aktywność tworzeniu wysoce reaktywnych rodników hydroksylowych. Ważną ich zaletą jest nietoksyczność i zdolność ulegania biodegradacji. Nadtlenek wodoru (woda utleniona) w roztworach o niskich stężeniach jest niestabilny. W stężeniu 3% stosowany jest jako słaby antyseptyk. Stabilizowane roztwory w stężeniach od 3% do 6% działają skutecznie jako środki dezynfekcyjne. W wysokich stężeniach (do 35%) i w podwyższonej 83 temperaturze nadtlenek wodoru działa również bójczo na przetrwalniki. Kwas nadoctowy ma szersze spektrum działania. Szybko działa bójczo na bakterie, także prątki oraz grzyby, wirusy i przetrwalniki. Działa w obecności materii organicznej. Jest zaliczany do chemicznych środków sterylizujących. Stosowany jest do sterylizacji np. endoskopów, a w połączeniu z nadtlenkiem wodoru - do zimnej sterylizacji urządzeń do dializ. Niestety powoduje korozję niektórych metali i działa drażniąco. Związki powierzchniowo czynne można podzielić na kilka grup. Aktywność przeciwdrobnoustrojową wykazują związki o charakterze amfoterycznym, działające także jako detergenty. Są bardzo często wykorzystywane w chirurgii do higienicznego i chirurgicznego mycia rąk, do dezynfekcji instrumentów medycznych i odkażania podłóg w szpitalach. Najważniejszą z punktu widzenia aktywności przeciwdrobnoustrojowej grupą są związki kationowe. Działają one silnie bójczo na bakterie gramdodatnie, słabiej na gramujemne. Są również aktywne wobec grzybów i wirusów posiadających osłonkę. Niestety obecność materii organicznej zmniejsza ich aktywność. Do najczęściej stosowanych do dezynfekcji, antyseptyki, a także jako środki konserwujące należą: chlorek i bromek benzalkoniowy i cetrimid (bromek cetylotrimetyloamoniowy). Wśród innych związków o działaniu przeciwdrobnoustrojowym na uwagę zasługują organiczne związki azotu: dichlorowodorek oktenidyny (anilid) i izotiocyjanoguanidyna (poliamina). Dichlorowodorek oktenidyny wchodzi w skład preparatów antyseptycznych o silnym działaniu przeciwdrobnoustrojowym, a izotiocyjanoguanidyna należy do nielicznych związków inaktywujących priony. Na rynku dostępnych jest wiele środków dezynfekcyjnych i antyseptycznych, zwykle są to połączenia kilku substancji czynnych. Antyseptyki najczęściej są różnymi połączeniami alkoholi, chlorheksydyny, bromku lub chlorku benzalkoniowego, w ich skład wchodzą też związki jodu czy chlorowodorek oktenidyny. Środki dezynfekcyjne zawierają często związki chloru, a także aldehydy czy fenole. Wiele produktów 84 zawiera te same substancje czynne, choć składniki towarzyszące mogą wyraźnie podnosić ich skuteczność i nadawać im szczególne cechy. Skuteczność działania środków odkażających (dezynfekcyjnych, antyseptycznych) ocenia się metodami mikrobiologicznymi, uwzględniając różne czynniki wywierające wpływ na działanie tych środków. Ogólne zasady oceny środków odkażających są regulowane normami krajowymi i międzynarodowymi (WHO, UE). Skuteczność dezynfekcji ocenia się pośrednio, przez określenie zmniejszenia zanieczyszczenie mikrobiologicznego powietrza czy powierzchni. Najczęściej stosuje się metodę sedymentacji i metodę odcisków. Zadania do wykonania Zadanie 1 Badanie bakteryjnego zanieczyszczenia powietrza metodą sedymentacji - Ustaw otwartą płytkę agarową w wybranym miejscu i pozostaw przez 30 minut. o - Zamknij płytkę i umieść w cieplarce o temperaturze 37 C na 24 do 48 godzin. - Po inkubacji policz wyrosłe na płytce kolonie i określ liczbę drobnoustrojów w 1 m3 powietrza podstawiając dane do wzoru: Liczba drobnoustrojów w 1 m3 powietrza = x · 100 · 100/ Πr2 · t · 1/5 x – liczba kolonii na płytce (średnia z 3 płytek) Πr2– powierzchnia płytki (gdzie r – promień w cm) t – czas ekspozycji (min) 85 Zadanie 2 Kontrola bakteryjnego zanieczyszczenia powierzchni metodą odcisków - Płytkę odciskową przyłóż agarem do suchej kontrolowanej powierzchni na czas 10 sekund (nacisk 500 g). - Zamkniętą płytkę umieść w cieplarce o temperaturze 30oC lub 25oC i inkubuj 72 godziny, gdy chcesz wyhodować grzyby przedłuż inkubację do 7 dni. - Po inkubacji policz kolonie wyrosłe na płytce (powierzchnia płytki wynosi 25 cm2). Porównaj wyniki z normami dla różnych powierzchni. Zadanie 3 Określanie skuteczności działania środka antyseptycznego w stosunku do bakterii na skórze dłoni Badanie działania środka antyseptycznego i kontrola liczby bakterii na skórze nie odkażanej musi być wykonane przez jedną osobę (ilość bakterii na skórze jest cechą osobniczą zależną od wielu czynników i może wahać się w znacznym stopniu). Zatem jedna osoba bada kolejno lewą i prawą rękę. Ocena liczby bakterii na skórze nie odkażanej: - Wlej 10 mL bulionu do jałowej płytki Petriego, płucz w nim opuszki palców jednej ręki przez 1 minutę. 86 - Policz żywe bakterie uwolnione ze skóry do bulionu metodą posiewu powierzchniowego przenosząc 0,1 mL bulionu na płytkę krwawą i równomiernie rozprowadź zagiętą ezą. Ocena liczby bakterii na skórze dłoni po zastosowaniu środka antyseptycznego (np. 1% Sterinolu, 0,5% Abacilu w etanolu, 2% Chloraminy lub Manusanu). - Wlej 10 mL środka antyseptycznego do jałowej płytki Petriego. - Wlej 10 mL bulionu do drugiej płytki. - Płucz w środku antyseptycznym opuszki palców nie badanej wcześniej ręki przez 1 minutę. - Opłucz palce polewając je jałową wodą i wysusz w jałowym powietrzu (w pobliżu zapalonego palnika). - Zanurz opuszki palców w płytce z bulionem i płucz je przez 1 minutę. - Policz żywe bakterie uwolnione do tego bulionu metodą posiewu powierzchniowego tak jak poprzednio. - Opróżnij płytki z płynów, a pożywki z posiewami umieść w cieplarce (37oC, ok. 20 godzin). - Po inkubacji policz wszystkie kolonie wyrosłe na obu płytkach. - Porównaj liczbę bakterii przed i po działaniu środka antyseptycznego. - Oceń jego skuteczność: 87 Zadanie 4 Wrażliwość różnych form bakterii na działanie środków dezynfekcyjnych Do probówek zawierających przetrwalniki Bacillus subtilis dodaj po 0,5 mL następujących roztworów środków dezynfekcyjnych: 0,5% glukonian chlorheksydyny w 70% etanolu 0,5% glukonian chlorheksydyny w H2O 0,5% fenol 70% etanol 2% aldehyd glutarowy -Inkubuj 60 minut w temperaturze pokojowej. -Odsiej ezą zawartość poszczególnych probówek do bulionów podpisanych nazwą środka dezynfekcyjnego. o -Wstaw buliony do cieplarki 37 C na ok. 20 godzin. -Oceń, w których probówkach pojawił się wzrost zapisz w tabeli. Środek dezynfekcyjny Żywotność przetrwalników po ekspozycji na środki dezynfekcyjne (wzrost) 0,5% chlorheksydyna w 70% etanolu 0,5% chlorheksydyna w H2O 0,5% fenol 70% etanol 2% aldehyd glutarowy 88 Zadanie 5. Wpływ materii organicznej na aktywność przeciwbakteryjną środków dezynfekcyjnych W tym doświadczeniu materię organiczną reprezentować będą inaktywowane komórki drożdży. W zależności od rodzaju badań zadanie to spełniać może także albumina, mleko lub wyciąg drożdżowy. - Dostajesz dwie płytki agarowe, na które odsiejesz zawiesiny po kontakcie ze środkiem dezynfekcyjnym trwającym 1, 5, 10 i 20 minut (dla mieszaniny testowej i dla kontroli) - każdą z nich opisz, dzieląc na 4 sektory. - Dostajesz dwie probówki zawierające po 0,5 mL hodowli bulionowej S. aureus: - do tej, w której będziesz badać same bakterie dodaj 0,5 mL roztworu NaCl - kontrola, - do tej, w której będą one chronione przez materię organiczną dodaj 0,5 mL zawiesiny inaktywowanych drożdży - mieszanina testowa. - Do probówki z mieszaniną testową i do kontroli dodaj po 0,5 mL środka dezynfekcyjnego. Wymieszaj delikatnie zawartość probówek. Po 1, 5, 10 i 20 minutach odsiej materiał na odpowiednie sektory płytek. Używaj ezy o oczku tej samej wielkości i dbaj o pobranie pełnego oczka materiału. o - Płytki wstaw do cieplarki 37 C na ok. 20 godzin. - Oceń wyniki i wpisz je do tabeli używając następujących symboli: 1 - 15 lub mniej kolonii w sektorze, 2 - więcej niż 15 kolonii, ale mniej niż wzrost zlewny, 3 - wzrost zlewny lub niepoliczalna liczba kolonii. 1 minuta 5 minut 10 minut 20 minut Mieszanina testowa Kontrola 89 90 Rozdział 8 Wpływ czynników środowiskowych na wzrost i rozwój bakterii. Sterylizacja. Część teoretyczna Środowisko wywiera bezpośredni wpływ na drobnoustroje. Ważnymi czynnikami abiotycznymi kształtującymi skład ekosystemów są: temperatura, pH, wilgotność, ciśnienie osmotyczne, potencjał oksydacyjno-redukcyjny, a także promieniowanie. Znajomość stopnia indywidualnej wrażliwości poszczególnych gatunków bakterii na te czynniki pozwala je namnażać w warunkach laboratoryjnych, ale także ograniczać ich rozprzestrzenianie. Temperatura jest jednym z czynników najsilniej oddziałujących na drobnoustroje. Temperatury kardynalne: minimalna, która wyznacza dolną granicę, poniżej której wzrost danego rodzaju zanika i maksymalna, temperatura, powyżej której bakterie już się nie dzielą, określają indywidualne warunki życia bakterii, a tym samym ich hodowli. Dla większości bakterii temperatura nieco poniżej 0oC jest bójcza, gdyż tworzące się kryształki lodu niszczą struktury komórki. Nagłe obniżenie temperatury do kilkudziesięciu stopni poniżej zera (–70oC), szczególnie w obecności glicerolu nie uszkadza komórek i pozwala zachować żywotność przez długie okresy czasu. Takie zamrożenie drobnoustrojów z jednoczesnym ich wysuszeniem w próżni (liofilizacja) pozwala na długotrwałe przechowywanie szczepów bakterii dla celów naukowych czy diagnostycznych. Podwyższenie temperatury otoczenia powyżej maksymalnej temperatury kardynalnej powoduje śmierć drobnoustrojów. Jest ona spowodowana denaturacją enzymów i uszkodzeniem ważnych składników komórki. Drobnoustroje różnią się wrażliwością na podwyższoną temperaturę, większość z nich ginie po 30 minutach ogrzewania w temperaturze około 60oC, jednak niektóre z nich, a także zarodniki grzybów czy przetrwalniki bakterii, znoszą nawet bardzo wysokie temperatury. 91 Wyznaczenie czasu śmierci cieplnej i punktu śmierci cieplnej pozwala scharakteryzować ciepłowrażliwość określonych drobnoustrojów. Punkt śmierci cieplnej to najniższa temperatura zabijająca drobnoustroje w ciągu 10 minut. Czas śmierci cieplnej to najkrótszy czas niezbędny dla zabicia określonych drobnoustrojów w danej temperaturze. Inne warunki środowiskowe mogą wpływać na skutek działania wysokiej temperatury na drobnoustroje. W środowisku wodnym są one bardziej wrażliwe na wysoką temperaturę niż w stanie wysuszenia. Obecność węglowodanów, białek i tłuszczów chroni je przed działaniem ciepła, zaś sole obecne w środowisku mogą podwyższać lub obniżać ciepłooporność, zależy to od rodzaju soli i drobnoustroju. Kwasowość środowiska może stymulować lub hamować rozwój drobnoustrojów. Optymalne dla rozwoju większości drobnoustrojów pH mieści się w granicach 6,5-7,5. Bakterie chorobotwórcze rozwijają się najlepiej w pH obojętnym lub lekko alkalicznym, grzyby preferują środowisko lekko kwaśne, a wirusy zachowują zakaźność w pH 5 do 8. Niekorzystny dla bakterii odczyn środowiska jest często czynnikiem wspomagającym procesy dekontaminacji np. pod wpływem temperatury. Woda to podstawowy składnik i warunek rozwoju drobnoustrojów, ale niektóre z nich mogą w stanie wysuszenia przetrwać wiele lat. Oporność komórek wegetatywnych na wysychanie zależy od gatunku drobnoustroju i innych warunków środowiska. Do bardzo wrażliwych na wysychanie należą np. krętki blade czy dwoinki rzeżączki ginące odpowiednio w ciągu kilku minut lub godziny bez dostępu wilgoci. Prątki gruźlicy pozostają żywe miesiącami, zaś najbardziej oporne na wysuszenie są przetrwalniki. Oporność drobnoustrojów na wysychanie zwiększa obecność w środowisku materii organicznej (materiał kliniczny, żywność, kosmetyki).Wilgotne środowisko sprzyja procesom dekontaminacji. 92 Dla ciśnienia osmotycznego drobnoustroje wykazują dużą tolerancję, ale tylko nieliczne bakterie mogą przeżywać i rozwijać się w środowisku hipertonicznym, i fakt ten wykorzystuje się w praktyce do konserwacji produktów spożywczych. Niektóre bakterie mogą żyć i mnożyć się w warunkach zwiększonego stężenia soli – to halotoleranty. Bakterie wymagające do wzrostu zwiększonego stężenia soli – to halofile. Wysokie ciśnienie osmotyczne może stanowić o wybiórczości podłoży np. do hodowli grzybów. Potencjał oksydacyjno-redukcyjny środowiska o swobodnym dostępie tlenu jest wysoki, a środowiska słabo przewietrzanego – niski. W środowisku o wysokim potencjale mogą się rozwijać drobnoustroje tlenowe, względnie beztlenowe, a także mikroaerofile. Drobnoustroje bezwzględnie beztlenowe dobrze rozwijają się w środowiskach o niskim potencjale oksydacyjno-redukcyjnym (np. w przewodzie pokarmowym). Fakt ten wykorzystuje się konstruując odpowiednie dla ich hodowli pożywki. Promieniowanie ultrafioletowe (UV) i jonizujące działa na drobnoustroje w zależności od dawki i czasu ekspozycji mutagennie lub letalnie. Promieniowanie ultrafioletowe (dł. fali 230-270 nm) działa najsilniej przy długości fali 260 nm. Jest ono wybiórczo pochłaniane przez zasady purynowe i pirymidynowe kwasów nukleinowych, pod jego wpływem tworzą się wiązania między sąsiadującymi w tym samym łańcuchu DNA cząsteczkami tyminy. Powstające dimery hamują prawidłową replikację DNA, co może prowadzić do śmierci komórki bakteryjnej. Największą, chociaż zróżnicowaną, wrażliwość na działanie promieniowania UV wykazują formy wegetatywne bakterii, znacznie bardziej oporne są wirusy i przetrwalniki bakterii, a najbardziej oporne są zarodniki pleśni. Promieniowanie jonizujące to promieniowanie elektromagnetyczne o bardzo małej długości fali wywierające bardzo silne działanie biologiczne. Pod wpływem promieni jonizujących dochodzi do pękania nici i wypadania odcinków drobnoustrojowego DNA. Pęknięcie obu nici jest zawsze letalne, jednej może być mutagenne. Dodatkowo 93 promienie jonizujące mogą powodować zmiany w strukturze zasad purynowych i pirymidynowych. Pośrednie działanie promieni jonizujących to radioliza wody w środowisku i w komórce w wyniku, której powstają wolne rodniki i nadtlenki działające toksycznie. Najwrażliwsze na działanie tego promieniowania są bakterie gramujemne, średnio wrażliwe wirusy i grzyby, a najbardziej oporne są przetrwalniki bakterii. Sterylizacja Wyjaławianie (sterylizacja) to proces, którego celem jest uwolnienie wyjaławianego materiału od form życia w każdej postaci. Oznacza zatem dekontaminację obejmującą wszystkie drobnoustroje i ich formy. Wyjaławianie ma podstawowe znaczenie w medycynie, farmacji i kosmetologii. W medycynie sterylizacji podlegają wszystkie przedmioty tzw. wysokiego i średniego ryzyka przeniesienia zakażenia: narzędzia chirurgiczne, cewniki, wszczepy oraz sprzęt diagnostyczny mający kontakt z błonami śluzowymi i uszkodzonymi powłokami. Zabiegi sterylizacji wymagają często odpowiedniego wstępnego przygotowania materiałów. Ważny jest też wybór właściwej metody, stosowanie jej zgodne z procedurami oraz systematyczna kontrola sprawności urządzeń. Sterylizowane przedmioty muszą być odpowiednio zabezpieczone (zapakowane), aby po zakończeniu procesu można je było bezpiecznie przenieść i przechować do chwili użycia. Metody Sterylizację wykonuje się stosując metody z wykorzystaniem wysokiej temperatury (wysokotemperaturowe). Sterylizacja bieżąca parą wodną – tyndalizacja Do sterylizacji płynów zawierających termolabilne składniki stosuje się wyjaławianie parą wodną w ciśnieniu atmosferycznym. Przeprowadza się je w aparacie Kocha, w którym, w bieżącej parze wodnej osiąga się temperaturę 100oC. W tej temperaturze w ciągu 60 minut giną wszystkie formy wegetatywne drobnoustrojów, a przetrwalniki ulegają termicznej aktywacji i następnie, pozostawione w temperaturze pokojowej, kiełkują. 94 Po upływie doby, już jako formy wegetatywne, zostają zabite w kolejnym cyklu sterylizacyjnym. Aby uzyskać pewność, że materiał jest jałowy, ogrzewamy go po raz trzeci. Metoda ta jest stosowana prawie wyłącznie do wyjaławiania pożywek mikrobiologicznych. Sterylizacja parą wodną w nadciśnieniu Jest to najczęściej stosowana metoda sterylizacji przeprowadzanej w specjalnych urządzeniach – autoklawach. Zastosowanie nasyconej pary o wodnej w nadciśnieniu 1 Atm. pozwala osiągnąć temperaturę 121 C. Czas sterylizacji w tych warunkach wynosi 15-20 minut. W ten sposób sterylizuje się wiele pożywek, a także przedmioty z gumy i tworzyw sztucznych. Przy nadciśnieniu 2 Atm. temperatura pary osiąga 134oC, a czas potrzebny na wysterylizowanie materiałów wynosi od 3,5 do 7 minut. W tych warunkach jałowi się narzędzia chirurgiczne, bieliznę operacyjną, szkło i materiały opatrunkowe oraz niektóre pożywki do hodowli drobnoustrojów. W autoklawie można wyjaławiać wszystkie termostabilne materiały, do których ma szansę przeniknąć para wodna. Ma ona właściwości głęboko penetrujące i w krótkim czasie prowadzi do zabicia drobnoustrojów, w tym najbardziej opornych na temperaturę wirusów (HBV) oraz zarodników grzybów i przetrwalników bakterii. Stosowane jeszcze niekiedy (np. w gabinetach stomatologicznych czy kosmetycznych) autoklawy przepływowe (grawitacyjne), w których powietrze wypierane jest przez parę wodną, są zawodne i przestarzałe. Zastępowane są one przez autoklawy próżniowe. Skuteczność sterylizacji zależy w nich od całkowitego usunięcia powietrza z komory i od jakości pary wodnej (wody). Sterylizacja gorącem suchym Wyjaławianie gorącym suchym powietrzem przeprowadza się w suszarkach z wymuszonym obiegiem powietrza. Suche powietrze jest złym przewodnikiem ciepła, sterylizację należy prowadzić w wyższej niż w autoklawie temperaturze i w dłuższym czasie. Zwykle stosuje się o temperaturę w granicach 160-180 C w czasie do dwóch godzin. Najczęściej stosuje się temperaturę 170oC przez 2 godziny. W takich 95 warunkach giną wszystkie drobnoustroje i ich przetrwalniki. Metoda ta służy do wyjaławiania szkła, termostabilnych substancji sypkich oraz olejów i podstaw maściowych. Sterylizacja suchym powietrzem ma ograniczone zastosowanie i jest kosztowna. Uważana jest za przestarzałą i w wielu krajach Unii Europejskiej jest już prawie całkowicie wycofana. Może być z powodzeniem zastąpiona przez inne metody. Skutecznym sposobem sterylizacji jest spalanie w płomieniu, ale ma ono wąskie zastosowanie (np. do wyjaławiania ezy, czy niszczenia materiału zakaźnego). Sterylizacja promieniowaniem podczerwonym Jest to sposób sterylizacji o zastosowaniu przemysłowym, ale konstruowane są nowe urządzenia, które pozwolą na wykorzystanie tego promieniowania w mniejszej skali. Sterylizacja promieniowaniem podczerwonym IR o długości fali 700 nm do 1 mm (ang. infrared sterilization) wykazuje bardzo dużą skuteczność w stosunku do wszystkich drobnoustrojów, w tym wirusów zapalenia wątroby, najbardziej opornych przetrwalników (tężca, jadu kiełbasianego, Geobacillus stearothermophilus), grzybów i ich zarodników oraz prionów. Sterylizowane przedmioty umieszczane są w specjalnych metalowych pojemnikach. Cykl sterylizacyjny nie przekracza kilku minut w temperaturze ok. 190oC. Sterylizowane mogą być praktycznie wszystkie materiały termostabilne. Procesy sterylizacji mogą być przeprowadzane także w niskich temperaturach (metody niskotemperaturowe). Sterylizacja gazowa W przemyśle medycznym sterylizacja gazowa jest stosowana do wyjaławiania różnego sprzętu medycznego, w tym jednorazowego użytku wykonanego z materiałów termolabilnych. Przy zastosowaniu tlenku etylenu w przeszłości stosowano mieszaninę tego gazu z nośnikiem (np. CO2) Obecnie urządzenia wykorzystują czysty (100%) tlenek etylenu, a proces zachodzi w podciśnieniu, co zwiększa jego bezpieczeństwo. Wadą procesu jest bowiem toksyczność gazu i stosunkowo długi czas trwania 96 procesu. Zaletą metody jest dobra penetracja gazu zapewniająca dużą skuteczność oraz trwałość tworzyw sztucznych w warunkach sterylizacji. Sterylizację można także przeprowadzać formaldehydem. Stosuje się jego mieszaninę z parą wodną. Zwykle stosuje się 2-5% formaldehydu oraz parę wodną do wilgotności przekraczającej 70%. W urządzeniach nowej generacji proces zachodzi w temperaturze około 45oC w czasie 2-4 godzin. Metoda ta wykorzystywana jest w warunkach szpitalnych do sterylizacji giętkich endoskopów. Formaldehyd ma jednak słabe właściwości penetrujące i niszczy niektóre materiały, np. gumę. Sterylizacja radiacyjna Źródłem wykorzystywanego w tej metodzie promieniowania gamma są zazwyczaj izotopy promieniotwórcze. Promieniowanie stosowane w dużych dawkach nieodwracalnie niszczy DNA i błony komórkowe drobnoustrojów. Proces zachodzi w temperaturze pokojowej, ale dla preparatów labilnych można temperaturę znacznie obniżyć. Metoda jest kosztowna, ale często stosowana w przemysłowej sterylizacji sprzętu medycznego, materiałów opatrunkowych, materiałów implantacyjnych. Sterylizacja plazmowa Wytwarzana w warunkach próżni w polu magnetycznym plazma jest zjonizowanym gazem, otrzymywanym z nadtlenku wodoru. Proces odbywa się w temperaturze 40-60oC, co pozwala na sterylizację sprzętu medycznego wrażliwego na wysokie temperatury, a więc trudnego do wysterylizowania innymi metodami. Penetracja plazmy do wnętrza urządzeń nie jest jednak najlepsza i na przykład dla sterylizacji endoskopu trzeba wprowadzać porcje plazmy bezpośrednio do światła przewodu. Po około godzinie sprzęt jest gotowy do użycia, co jest ważną zaletą tej metody. Filtracja Filtracja to przepuszczanie płynów lub gazów przez filtry o porach na tyle małych, aby zatrzymać drobnoustroje. Metoda ta jest powszechnie stosowana, a szczególnie przydatna do wyjaławiania ciepłochwiejnych płynów. Jej zaletą jest usuwanie żywych i martwych drobnoustrojów i ich 97 przetrwalników, a także zanieczyszczeń mechanicznych. Najczęściej wykorzystywane są sączki membranowe. Najbardziej popularne filtry o średnicy porów od 0,22 μm i 0,45 μm zatrzymują tylko grzyby i bakterie, ale są i filtry o porach mniejszych (aż do 0,01 μm), które mogą także zatrzymywać wirusy, dając gwarancję sterylności. Filtry membranowe znalazły zastosowanie w aptekach, zakładach farmaceutycznych, szpitalach, także do filtracji powietrza w salach operacyjnych, gabinetach zabiegowych czy boksach do pracy aseptycznej. Zadania do wykonania Zadanie 1 Wpływ promieniowania UV na bakterie W tym doświadczeniu bakterie (Escherichia coli) będą eksponowane na działanie promieniowania UV przez okres 1 minuty i przez 30 minut. - Opisz dwie płytki agarowe (nazwa bakterii, czas naświetlania – 1 min., 30 min.) - Zanurz waciki w hodowli płynnej Escherichia coli, odciśnij nadmiar płynu o ścianki probówki i zasiej nimi gęsto całą powierzchnię płytek agarowych. - Przykryj część posianej powierzchni płytki układając na niej jałową pęsetą papierowy szablon. - Naświetlaj pod lampą UV powierzchnię otwartych płytek: jednej przez 1 minutę, drugiej przez 30 minut. - Po naświetlaniu zdejmij jałową pęsetą szablony i wrzuć je do słoja z chloraminą. o - Umieść płytki w cieplarce (37 C na ok. 20 godzin). - Po inkubacji oceń działanie promieniowania UV na Escherichia coli po różnym czasie ekspozycji. 98 Jaki czas naświetlania jest konieczny do zabicia bakterii? Jakie są jego zalety i wady tego promieniowania? Zadanie 2 Wpływ ciśnienia osmotycznego na bakterie W tym doświadczeniu sprawdzisz czy badane bakterie – Enterococcus faecalis, Staphylococcus aureus i Escherichia coli w jednakowym stopniu są oporne na wysokie stężenie zawartych w podłożu soli. - Podziel płytki: zwykłą agarową i agarową zawierającą 7% NaCl na 3 sektory i opisz je nazwami badanych bakterii - Na obie płytki posiej pasmowo badane bakterie z hodowli płynnych w odpowiednich sektorach - Umieść płytki w cieplarce (37oC na ok. 20 godzin). - Po inkubacji oceń które bakterie wyrosły na poszczególnych płytkach. 99 - Które z badanych bakterii dobrze tolerują wysokie ciśnienie osmotyczne? Zadanie 3. Wpływ pH na wzrost bakterii Zadanie to pozwoli ocenić, które z badanych bakterii – Staphylococcus aureus czy Enterococcus faecalis – mają zdolność wzrostu w szerokim zakresie pH. - Buliony o pH 7,2 i 9,6 opisz nazwami bakterii. - Posiej bakterie na buliony za pomocą ezy i umieść je w cieplarce (37 oC na ok. 20 godzin). - Po inkubacji oceń stopień tolerancji pH obu gatunków. Wzrost w pH 7,2 Wzrost w pH 9,6 Staphylococcus aureus Enterococcus faecalis 100 101 102 Rozdział 9 Bakterie bytujące na skórze i błonach śluzowych Część teoretyczna Skóra, błony śluzowe jamy ustnej, górnych dróg oddechowych (jama nosowa, gardło, krtań) oraz układu moczowo-płciowego (cewka moczowa, pochwa) zasiedlane są naturalnie przez liczne gatunki bakterii stanowiąc o chroniącej przed rozwojem patogenów tzw. odporności kolonizacyjnej. Na powierzchni skóry dominują bakterie gramdodatnie – ziarenkowce (rodzaj Staphylococcus) i pałeczki (rodzaje Corynebacterium i Propionibacterium). Skład mikrobiota skóry ściśle zależy od rozmieszczenia na niej poszczególnych gruczołów. Miejsca suche są zasiedlane głównie przez Staphylococcus spp. W miejscach z licznymi gruczołami potowymi występują przede wszystkim Corynebacterium spp., a także nieliczne bakterie gramujemne, zaś miejsca bogate w gruczoły łojowe zasiedlają Propionibacterium spp. Na błonach śluzowych bytują zarówno bakterie gramdodatnie, jak i gramujemne. Na przykład w drogach oddechowych są to przede wszystkim gramdodatnie ziarenkowce (rodzaje Staphylococcus i Streptococcus) i pałeczki Corynebacterium spp., ale także gramujemne: ziarenkowce (rodzaje Neisseria i Moraxella) i pałeczki (rodzaje Haemophilus i Bordetella). Większość gatunków bytujących na skórze i błonach śluzowych stanowi mikrobiota, lecz mogą tam się znaleźć również gatunki chorobotwórcze. Występowanie ich u osób zdrowych nazywamy nosicielstwem. W przebiegu infekcji powodowanych przez bakterie może dojść do bakteriemii – przedostania się bakterii do krwi. Może to być sytuacja przejściowa i bezobjawowa, ale może również doprowadzić do niebezpiecznej dla życia posocznicy (sepsy). Jest to ogólnoustrojowa reakcja zapalna organizmu na zakażenie, która może prowadzić do 103 wstrząsu septycznego, czyli zespołu niewydolności wielonarządowej MODS (ang. multiple organ dysfunction syndrome) objawiającego się m.in. niewydolnością krążenia, oddychania, czynności wątroby i nerek. Rodzaj Staphylococcus – gronkowce S. aureus (gronkowiec złocisty) – chorobotwórczy, występuje u nosicieli na skórze (głównie przedsionek nosa) i śluzówkach, w środowisku nieożywionym (żywność, kurz). S. epidermidis (gronkowiec naskórkowy) – komensal, składnik mikrobiota skóry i błon śluzowych, patogen oportunistyczny. S. saprophyticus (gronkowiec saprofityczny) - występuje w środowisku nieożywionym i na skórze – patogen oportunistyczny. Liczne inne gatunki gronkowców – komensale i saprofity, mogą być patogenami oportunistycznymi. Komórki gronkowców są formami kulistymi, często tworzącymi nieregularne układy przypominające grona. Są gramdodatnie. Gronkowce namnażają się dobrze na prostych pożywkach (np. bulion, agar odżywczy), w warunkach normalnej atmosfery. Są względnymi beztlenowcami i wytwarzają katalazę. Kolonie S. aureus mają często barwę żółtą do pomarańczowej, kolonie pozostałych gatunków są białe lub szarawe. Na agarze z krwią kolonie S. aureus otoczone są strefą hemolizy typu β, pozostałe gatunki przeważnie nie hemolizują krwinek. Gronkowce tolerują duże stężenia NaCl i innych soli w pożywce (halotoleranty), co wykorzystuje się do ich izolacji z materiałów klinicznych, próbek żywności i preparatów farmaceutycznych. Pożywki stosowane w tym celu to podłoża: Chapmana i Baird Parkera. Gronkowce mogą długo przeżywać w środowisku, są oporne na wysychanie. 104 Gronkowce złociste wytwarzają koagulazę – enzym powodujący krzepnięcie osocza „cytrynianowego”, w którym normalny proces krzepnięcia jest zahamowany związaniem jonów wapnia przez cytrynian. Wykrywanie koagulazy jest najważniejszą cechą odróżniającą S. aureus od innych gatunków tego rodzaju, które nazywane są gronkowcami koagulazoujemnymi CNS (ang. coagulase-negative staphylococci). Staphylococcus aureus może wytwarzać liczne czynniki chorobotwórczości związane ze strukturą komórki (np. białko A) oraz zewnątrzkomórkowe enzymy pełniące rolę inwazyn (np. koagulaza, leukocydyna, hemolizyny) jak też toksyny immunomodulujące. Poszczególne szczepy mogą różnić się zdolnością wytwarzania czynników chorobotwórczości lub stopniem ich ekspresji. S. aureus wywołuje: ropne zapalenia skóry i tkanki podskórnej (liszajec zakaźny, czyraki, ropnie), infekcje głębokie (sepsa, zapalenie płuc, zapalenie szpiku kostnego) oraz choroby o charakterystycznym obrazie wynikającym z działania odpowiednich toksyn immunomodulujących: enterotoksyny, toksyny epidermolitycznej i toksyny zespołu wstrząsu toksycznego TSST-1 (ang. toxic shock syndrome toxin). Enterotoksyny gronkowcowe są przyczyną zatruć pokarmowych objawiających się wymiotami i biegunką (rzadziej), już w kilka godzin po spożyciu pokarmu zawierającego jedną lub kilka tych toksyn. Są one ciepłostabilne i niewrażliwe na działanie enzymów żołądka i jelit. Toksyna epidermolityczna (eksfoliatyna) powoduje zespół skóry oparzonej noworodków SSS (ang. scalded skin syndrome). Są to rozległe zapalne zmiany na skórze pod postacią rumieni i pęcherzy spotykane także u starszych dzieci i osób dorosłych. Toksyna TSST-1 wywołuje zespół wstrząsu toksycznego TSS (ang. toxic shock syndrome), zespół ciężkich objawów, który może prowadzić do śmierci. Gronkowce złociste występujące u nosicieli mogą być przyczyną zakażeń endogennych, a także przenosić się na inne osoby lub przedostawać do żywności, kosmetyków bądź preparatów farmaceutycznych podczas ich produkcji. 105 Staphylococcus epidermidis może być przyczyną, najczęściej szpitalnych, infekcji oportunistycznych (zapalenie wsierdzia i sepsa) szczególnie u osób z implantami z tworzyw sztucznych (np. sztuczne zastawki serca). Staphylococcus saprophyticus bywa przyczyną infekcji układu moczowego przeważnie u młodych kobiet, których źródłem może być kolonizacja tymi bakteriami przewodu pokarmowego. Rodzaj Streptococcus – paciorkowce S. pyogenes (paciorkowiec ropotwórczy) – chorobotwórczy, może występować u nosicieli na błonach śluzowych jamy nosowo-gardłowej. S. agalactiae (paciorkowiec bezmleczności) – chorobotwórczy, występuje jako komensal na śluzówce układu oddechowego i dróg rodnych kobiet. S. pneumoniae (dwoinka zapalenia płuc, pneumokok) – chorobotwórczy, występuje u nosicieli na błonach śluzowych układu oddechowego. Paciorkowce jamy ustnej – szereg gatunków bytujących jako komensale na śluzówce jamy ustnej i układu oddechowego należących do kilku odrębnych genetycznie grup (Mitis, Mutans, Salivarius, Anginosus); patogeny oportunistyczne. Komórki paciorkowców są okrągłe lub owalne, tworzą układy w postaci łańcuszków lub dwoinek. Są gramdodatnie. S. pneumoniae tworzy w organizmie zakażonym wielocukrową otoczkę obejmującą dwie komórki. Paciorkowce wymagają do wzrostu pożywek wzbogaconych (np. agar z krwią). Są względnymi beztlenowcami, nie wytwarzają katalazy, co odróżnia je od gronkowców. Na agarze z krwią kolonie S. pyogenes i S. agalactiae otoczone są strefą hemolizy typu β, natomiast S. pneumoniae i większość paciorkowców jamy ustnej powoduje 106 hemolizę typu α. Te ostatnie popularnie nazywane są z tego względu „paciorkowcami zieleniącymi”. Na podstawie budowy antygenowej składników ściany komórkowej został stworzony podział paciorkowców na oznaczone literami alfabetu grupy serologiczne (schemat wg Lancefield), bardzo pomocny w identyfikacji tych bakterii. Streptococcus pyogenes (grupa A) wytwarza szereg czynników warunkujących chorobotwórczość: główny czynnik zjadliwości – związane z komórką białko M, hialuronową otoczkę, zewnątrzkomórkowe enzymy (streptokinazę, hialuronidazę, deoksyrybonukleazę) i toksyny: hemolizyny (streptolizyna O i streptolizyna S) oraz toksyny pirogenne (erytrogenne) SPE (ang. streptococcal pyrogenic exotoxins). Streptococcus pyogenes powoduje różnorodne choroby. Są to ropne zapalenia skóry i tkanki podskórnej (liszajec zakaźny, róża, martwicze zapalenie powięzi), zapalenie gardła i migdałków (angina), ucha środkowego, płuc, sepsa, gorączka połogowa (zakażenie macicy po porodzie), płonica (szkarlatyna). Jest także przyczyną chorób wtórnych, nieropnych, będących następstwem pierwotnych infekcji paciorkowcowych. Są to gorączka reumatyczna (zapalenie mięśnia i zastawek serca, zapalenie stawów), ostre kłębuszkowe zapalenie nerek oraz rumień guzowaty (guzkowate zmiany podskórne). Następstwem wymienionych chorób wtórnych, które są efektem reakcji immunologicznych organizmu na antygeny paciorkowcowe, mogą być m.in. wady zastawkowe serca i niewydolność nerek. Liszajec zakaźny objawia się jako ropne pęcherzyki przekształcające się w miodowożółte strupy na powierzchni skóry, najczęściej twarzy, karku i rąk. Często jest to infekcja mieszana powodowana jednocześnie przez S. pyogenes i S. aureus. Róża objawia się żywoczerwonym rumieniem i obrzękiem skóry i tkanki podskórnej, umiejscowionym najczęściej na kończynach dolnych lub twarzy. Towarzyszy temu bardzo wysoka gorączka. Martwicze zapalenie powięzi to groźne dla życia ropne zapalenie tkanki łącznej podskórnej obejmujące powięź, ścięgna i czasem mięśnie, 107 powodowane przez szczepy S.pyogenes wytwarzające toksynę erytrogenną B (SPE B). Płonica (szkarlatyna) jest zakaźną chorobą wieku dziecięcego, przenoszącą się podobnie jak angina, drogą kropelkową lub pokarmową. Oprócz objawów zapalenia gardła występuje tu drobnoplamista wysypka, za którą odpowiedzialna jest toksyna erytrogenna A (SPE A). Ta sama toksyna powoduje objawy wstrząsu toksycznego, podobne do objawów TSS wywołanego przez S. aureus. Streptococcus agalactiae (grupa B) – czynniki chorobotwórczości tego paciorkowca to: otoczka, zewnątrzkomórkowe enzymy i hemolizyny. S. agalactiae jest przede wszystkim przyczyną groźnych zakażeń u noworodków i niemowląt – sepsy, zapalenia opon mózgowordzeniowych i płuc, dlatego powinien być eliminowany u kobiet ciężarnych przed porodem. U zwierząt hodowlanych powoduje on ropne zapalenie gruczołu mlekowego, stąd jego nazwa. Streptococcus pneumoniae – głównym czynnikiem chorobotwórczości jest wielocukrowa otoczka. Inne ważne czynniki to: hemolizyna (pneumolizyna) oraz enzymy pełniące funkcje inwazyn. Choroby wywoływane przez pneumokoki to: płatowe zapalenie płuc, zapalenie oskrzeli, zatok, ucha środkowego, bakteryjne (ropne) zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych (jest obok Haemophilus influenzae i Neisseria meningitidis jego najczęstszą przyczyną) i sepsa. Według najnowszych danych infekcje powodowane przez S. pneumoniae są odpowiedzialne za najwięcej zgonów na świecie (spośród chorób infekcyjnych). U dorosłych jest to zapalenie płuc, a u dzieci poniżej drugiego roku życia ropne zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych i sepsa. Paciorkowce jamy ustnej mogą wywoływać oportunistyczne zakażenia, najczęściej sepsę i zapalenie wsierdzia u osób z obniżoną odpornością, zwykle po inwazyjnych zabiegach w obrębie jamy ustnej (usunięcie zęba, migdałków). Paciorkowce z grupy Mutans biorą udział w powstawaniu płytki nazębnej i próchnicy zębów. 108 Rodzaj Corynebacterium – maczugowce C. diphtheriae (maczugowiec błonicy) - chorobotwórczy, występować u nosicieli na skórze, śluzówkach nosa i gardła. może C. pseudodiphtheriticum (maczugowiec rzekomobłoniczy) - komensal bytujący na błonach śluzowych układu oddechowego (mikrobiota), może być oportunistycznym patogenem. C. urealyticum – bytuje na skórze i błonach śluzowych górnych dróg oddechowych, może być przyczyną zakażeń układu moczowego; wielooporne szczepy mogą być przyczyną zakażeń szpitalnych. C. jeikeium – występuje na skórze stanowiąc mikrobiota, ale może też być przyczyną ciężkich infekcji szpitalnych (szczepy wielooporne). Komórki maczugowców mają postać pałeczek czasem zgrubiałych na końcu. Są gramdodatnie. Tworzą układy przypominające litery X, V, Y lub palisady (komórki ułożone równolegle). Charakterystyczna jest obecność w komórkach metachromatycznych ziaren polifosforanowych (wolutyna), które można obserwować, barwiąc preparat metodą Neissera. Maczugowce wymagają do wzrostu pożywek wzbogaconych. Najlepiej namnażają się na podłożu Loefflera. Większość gatunków to względne beztlenowce. Wszystkie wytwarzają katalazę. Corynebacterium diphtheriae wytwarza zewnątrzkomórkową cytotoksynę (toksynę błoniczą) uszkadzającą mięsień, sercowy, nerki i nerwy obwodowe. C. diphtheriae wywołuje błonicę (dyfteryt) układu oddechowego lub skóry. Najczęściej zmiany zapalne (szare naloty – błony rzekome) dotyczą błony śluzowej gardła, migdałków, czasem krtani. Maczugowce namnażają się w miejscu wtargnięcia, a toksyna przenika do krwiobiegu, uszkadzając funkcje narządów wewnętrznych. Do zakażenia dochodzi drogą kropelkową od osób chorych lub nosicieli. W Polsce obecnie błonica występuje rzadko. Zachorowania 109 najczęściej notuje się w krajach słabo nie wprowadzono powszechnie szczepień. rozwiniętych, gdzie Corynebacterium pseudodiphtheriticum jest składnikiem mikrobiota błon śluzowych nosa i gardła, ale może też być przyczyną groźnych zakażeń oportunistycznych (zapalenie wsierdzia po wszczepieniu sztucznych zastawek serca, błoniczopodobne zapalenie gardła, zapalenia układu oddechowego i układu krążenia). Liczne gatunki zasiedlające skórę, układ moczowo-płciowy i układ oddechowy (mikrobiota); mogą być przyczyną różnych zakażeń oportunistycznych, a także zakażeń szpitalnych, gdyż łatwo pozyskują geny oporności. Należą do nich lipofilne gatunki: Corynebacterium urealyticum, który wytwarza bardzo aktywną ureazę, powodującą silną alkalizację moczu i wytrącanie się odkładających się w pęcherzu kryształów fosforanowych. Może on też przyczyniać się do powstawania kamieni nerkowych. Szczepy wielooporne powodować mogą szpitalne zakażenia układu moczowego, wsierdzia, szpiku i kości, ran oraz tkanek miękkich. Corynebacterium jeikeium, którego wielooporne szczepy mogą być przyczyną posocznicy, zapalenia kości i szpiku, zakażeń ran i otrzewnej spotykanych głównie u pacjentów z obniżona odpornością. Rodzaj Propionibacterium P. acnes – komensal, składnik mikrobiota skóry, szczególnie okolic bogatych w gruczoły łojowe. Patogen oportunistyczny. Polimorficzne, pałeczkowate komórki P. acnes tworzą układy przypominające litery X, V, Y, podobne do maczugowców. Są gramdodatnie. 110 Pałeczki Propionibacterium wymagają do wzrostu pożywek wzbogaconych (np. agar z krwią). Są mikroaerofilami, lecz najlepiej namnażają się w warunkach beztlenowych. Większość szczepów wytwarza katalazę. Propionibacterium acnes wytwarza szereg zewnątrzkomórkowych enzymów (np. lipaza) odpowiedzialnych za zmiany chorobowe. P. acnes wywołuje zapalenie mieszków włosowych oraz trądzik pospolity, może też być przyczyną zakażeń oportunistycznych w obrębie układu krążenia (np. zapalenie wsierdzia), spowodowanych wszczepieniem biomateriałów (sztuczne zastawki serca, endoprotezy, cewniki wewnątrznaczyniowe), które łatwo mogą być kolonizowane przez te bakterie pochodzące ze źródeł endogennych. Rodzaj Neisseria N. gonorrhoeae (dwoinka rzeżączki, gonokok) – chorobotwórcza. N. meningitidis (dwoinka nagminnego zapalenia opon mózgowordzeniowych, meningokok) – chorobotwórcza; występuje u nosicieli na śluzówkach gardła. Inne gatunki bytujące na błonach śluzowych dróg oddechowych i układu moczowo-płciowego są w składzie ich mikrobiota. Komórki rodzaju Neisseria są owalne (fasolkowate), ułożone równolegle tworzą pary (dwoinki) lub układy nieregularne. Są gramujemne. Preparaty mikroskopowe z materiałów klinicznych (np. wydzielina ropna z cewki moczowej, płyn mózgowo-rdzeniowy) mają charakterystyczny wygląd - liczne dwoinki wewnątrz granulocytów. Gonokoki i meningokoki mają duże wymagania pokarmowe. Hoduje się je na specjalnych pożywkach bogatych w białko (podłoże Roiron – gonokoki) lub agarze z krwią, agarze czekoladowym – meningokoki 111 w atmosferze tlenowej wzbogaconej dodatkiem CO2. Są tlenowcami, wytwarzają katalazę i oksydazę. Są bardzo wrażliwe na wysychanie. Chorobotwórczość Neisseria gonorrhoeae determinują: fimbrie, białka błonowe, lipooligosacharyd LOS i enzymy (proteaza IgA1). N. gonorrhoeae wywołuje rzeżączkę – chorobę szerzącą się głównie drogą płciową. U noworodków może występować rzeżączkowe zapalenie gałki ocznej (choroba przeniesiona od matki podczas porodu). Rzeżączka ostra jest ropnym zapaleniem błony śluzowej narządów moczowo-płciowych, któremu towarzyszy ropna wydzielina. Rzeżączka u mężczyzn wywołuje znaczne dolegliwości bólowe, u kobiet natomiast przebieg choroby może być bezobjawowy. Rzeżączka nie leczona przechodzi w postać przewlekłą. Zakażenie szerzy się na inne narządy miednicy małej i może doprowadzić do bezpłodności. Bardzo rzadko dochodzi do rzeżączkowego ropnego zapalenia stawów i uogólnionej infekcji organizmu. Chorobotwórczość Neisseria meningitidis warunkują również składniki strukturalne komórki: otoczka, fimbrie, białka błony zewnętrznej, LOS oraz proteaza IgA1, a także ujemny ładunek powierzchni. N. meningitidis przenosi się drogą kropelkową od osób chorych i nosicieli. Jest ona, obok Haemophilus influaenzae i Streptococcus pneumoniae, najczęstszym czynnikiem etiologicznym bakteryjnego (ropnego) zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych, często przebiegającego z uogólnionym zakażeniem organizmu – sepsą meningokokową i wstrząsem septycznym. Choroba ta może szerzyć się epidemicznie i charakteryzuje się bardzo dużą śmiertelnością. Sepsę meningokokową charakteryzuje krwotoczna wysypka (z wybroczynami); mogą również wystąpić zmiany martwicze w skórze. W Polsce w zakażeniach meningokokami dominują serotypy B i C (epidemiczny). 112 Rodzaj Moraxella M. catarrhalis – komensal, składnik mikrobiota śluzówek górnych dróg oddechowych i układu moczowo-płciowego – patogen oportunistyczny. Komórki Moraxella spp. mają postać owalnych ziarenek lub krótkich pałeczek. Są gramujemne. Układają się w pary podobne do Neisseria spp. Mogą się mnożyć na prostych podłożach w warunkach tlenowych. Są bowiem tlenowcami, wytwarzają katalazę i oksydazę. Podobnie jak u Neisseria spp., chorobotwórczość Moraxella spp. determinują elementy struktury komórki (fimbrie, otoczka, białka błonowe, LOS). Poza tym większość szczepów klinicznych wytwarza β-laktamazy. Moraxella catarrhalis może wywoływać zapalenie górnych dróg oddechowych i oskrzeli, najczęściej jako infekcje wtórne po chorobach wirusowych, rzadziej inne oportunistyczne infekcje. Rodzaj Haemophilus H. influenzae (pałeczka grypy) – komensal, składnik mikrobiota śluzówek górnych dróg oddechowych (szczepy bezotoczkowe); chorobotwórczy (szczepy otoczkowe, głównie serotyp b). H. parainfluenzae – komensal składnik mikrobiota śluzówek górnych dróg oddechowych, rzadko oportunistyczny patogen. Haemophilus to polimorficzne pałeczki (od form ziarenkowatych do nitkowatych). Są gramujemne. Niektóre szczepy H. influenzae mają otoczkę polisacharydową; wyróżnia się 6 głównych serotypów otoczkowych (od a do f). 113 Pałeczki Haemophilus wymagają do wzrostu specjalnych pożywek zawierających czynniki wzrostowe: X – hemina lub hematyna i V – nukleotyd difosfopirydynowy (NAD), np. agar czekoladowy. H. influenzae wymaga obu czynników, a H. parainfluenzae tylko czynnika V. Haemophilus spp. są względnymi beztlenowcami. Chorobotwórczość Haemophilus influenzae jest uwarunkowana głównie obecnością otoczki, fimbrii, lipooligosacharydu (LOS) oraz proteaz IgA. Szczepy otoczkowe (przede wszystkim serotyp b) wywołują ciężkie w przebiegu choroby, przeważnie u małych dzieci. Są to: ropne zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych (obok Streptococcus pneumoniae i Neisseria meningitidis) z sepsą, zapalenie nagłośni, zapalenie stawów, kości i szpiku. Zapalenie nagłośni jest szczególnie niebezpieczne dla małych dzieci (poniżej 7. roku życia), ponieważ grozi uduszeniem. Szczepy bezotoczkowe bywają przyczyną zapaleń oskrzeli i płuc oraz ucha i zatok. Na ogół są to powikłania po przebytych wcześniej infekcjach wirusowych, np. po grypie. Rodzaj Bordetella B. pertussis (pałeczka krztuśca) – chorobotwórcza. B. parapertussis (pałeczka rzekomokrztuścowa) - chorobotwórcza. B. bronchiseptica (pałeczka oskrzelowa) - chorobotwórcza. Pałeczki Bordetella są bardzo drobne, prawie ziarenkowate. Są gramujemne. Świeżo wyizolowane od chorego mają otoczkę. Bordetella pertussis wymaga do wzrostu podłoży wzbogaconych dodatkiem krwi (np. podłoże Bordeta-Gengou). Pozostałe gatunki można hodować na podłożach prostych. Są tlenowcami. Są bardzo wrażliwe na wysychanie. Chorobotwórczość Bordetella pertussis jest głównie uwarunkowana białkową toksyną krztuścową (pertussigen). Bakterie te wytwarzają także czynnik warunkujący kolonizację śluzówek oskrzeli - pertaktynę 114 oraz inne toksyny odpowiedzialne za obraz kliniczny choroby w tym: cytotoksynę tchawiczą i LPS. B. pertussis wywołuje krztusiec (koklusz). Pozostałe gatunki są przyczyną krztuścopodobnego zapalenia oskrzeli o łagodniejszym przebiegu. Krztusiec jest zakaźną chorobą wieku dziecięcego. Przenosi się drogą kropelkową. Choroba charakteryzuje się gwałtownymi napadami kaszlu, prowadzącymi często do wymiotów. Metody Podłoża do izolacji gronkowców Podłoże Chapmana - zawiera 7,5% NaCl, co hamuje wzrost licznych bakterii, głównie gramujemnych. Rozkład zawartego w podłożu mannitolu pozwala na różnicowanie gatunków wewnątrz rodzaju Staphylococcus. Gatunki rozkładające mannitol (np. S. aureus) tworzą żółte kolonie i zabarwiają na żółto wyjściowo różowe podłoże. Podłoże stosowane jest do poszukiwania gronkowców w materiałach klinicznych. Podłoże Baird–Parkera - zawiera chlorek litu i telluryn sodu powodujące częściowe zahamowanie wzrostu większości bakterii gramujemnych i gram dodatnich, poza gronkowcami. Redukcja tellurynu sodowego powoduje czarne zabarwienie kolonii S. aureus, w odróżnieniu od innych gatunków tego rodzaju, których kolonie mają barwę szarą. Dodatek zemulgowanego żółtka jaja kurzego pozwala na wykrycie zdolności do wytwarzania przez szczepy gronkowców enzymów takich, jak lipaza i fosfolipaza (zmętnienie pożywki wokół kolonii) oraz proteazy (strefa przejaśnienia wokół kolonii). Podłoże to stosowane jest głównie do wykrywania gronkowców w żywności i w preparatach farmaceutycznych. Próba na koagulazę Identyfikacja gatunków gronkowców sprowadza się najczęściej do ich różnicowania na koagulazododatnie (wytwarzające koagulazę) gronkowce złociste (S. aureus) i gronkowce koagulazoujemne (np. S. epidermidis, S. saprophyticus). Koagulaza to enzym przekształcający fibrynogen osocza krwi w fibrynę. 115 Wykonanie próby Pełne oczko ezy badanych gronkowców należy zawiesić w niewielkiej ilości (np. 0,5 mL) rozcieńczonego 1:5 w roztworze NaCl osocza króliczego znajdującego się w wąskiej probówce. Inkubować w cieplarce 37˚C. Odczytywać wynik (powstanie skrzepu) po 1, 2, 3 i 24 godzinach. Wynik dodatni próby: postępujące w czasie wykrzepianie osocza. Próbę tę można również wykonać przez zmieszanie 0,25mL hodowli płynnej gronkowca z 0,25mL nierozcieńczonego osocza. Próby kontrolne ze znanym szczepem koagulazododatnim i koagulazoujemnym należy wykonać dla każdej nowej partii osocza. Wytwarzanie czynnika skupiania (CF – ang. clumping factor) Staphylococcus aureus wytwarza tzw. czynnik skupiania – związany z powierzchnią komórki receptor dla fibrynogenu osocza. Ten, przekształcając się w fibrynę, tworzy nici zlepiające komórki w widoczne makroskopowo agregaty. Wykonanie próby Na szkiełko podstawowe należy nanieść dwie krople wody lub roztworu NaCl. W obu kroplach należy zawiesić pobrane ezą z hodowli stałej gronkowce (zawiesina powinna wyglądać jak kropla mleka). Do jednej z kropli dodać uszko ezy nierozcieńczonego osocza króliczego i zamieszać ezą. Wynik odczytać po 10–15 sekundach, a następnie po 3 minutach. Wynik: pojawienie się agregatów komórek w zawiesinie z dodatkiem osocza – próba dodatnia (obecność czynnika skupiania); brak zlepiania komórek – próba ujemna. Zawiesina w kropli roztworu NaCl na szkiełku powinna zostać homogenna – jest to kontrola zawieszalności szczepu. Niektóre gronkowce zlepiają się samoistnie w roztworze NaCl lub wodzie (tworzenie agregatów w kropli kontrolnej) i u takich szczepów nie bada się wytwarzania CF. 116 Barwienie preparatów bakteryjnych metodą Neissera Barwienie metodą Neissera umożliwia wykrycie w komórkach bakterii polifosforanowych (wolutynowych) ziarnistości zapasowych. Ziarnistości takie są charakterystyczne dla bakterii z rodzaju Corynebacterium. W metodzie tej wykorzystuje się kolejno następujące odczynniki: barwnik Neissera złożony z dwóch składników łączonych bezpośrednio przed barwieniem: alkoholowo-wodnego roztworu błękitu metylenowego (Neisser I) i alkoholowo-wodnego roztworu fioletu krystalicznego (Neisser II); wodny roztwór chryzoidyny. Wykonanie barwienia W barwieniu tym nie spłukujemy barwników wodą. - Przed przystąpieniem do barwienia należy przygotować barwnik Neissera przez zmieszanie w cylinderku: dwóch części barwnika Neisser I i jednej części barwnika Neisser II; - na utrwalony preparat należy nalać wymieszany barwnik; - po 5 minutach dokładnie zlać barwnik, nie spłukiwać wodą; - nalać na szkiełko roztwór chryzoidyny na 10-15 sekund; - po zlaniu barwnika preparat od razu odcisnąć w bibule. Wynik barwienia: Ziarnistości wolutynowe są granatowoczarne, komórki – żółte. Zadania do wykonania Zadanie 1 Wykonanie próby na katalazę - Nanieś na szkiełko podstawowe kroplę 3% H2O2. - Zawieś w tej kropli pobrane ezą z hodowli stałej gronkowce. Wynik próby: Intensywne wydzielanie się pęcherzyków gazu (O2) świadczy o rozkładzie H2O2 przez enzym katalazę. W taki sam sposób wykonaj tę próbę z koloniami bakterii wyizolowanych z własnych posiewów. 117 Zadanie 2 Wykonanie i badanie wymazu z nosa - Jałowy wacik (wymazówkę) zwilż w jałowym roztworze NaCl. - Wykonaj wymaz pocierając watką o ściany przedsionka nosa. - Posiej pobrany materiał z wacika na agar z krwią metodą redukcyjną. o - Płytkę inkubuj w cieplarce w 37 C przez około 20 godzin. - Opisz kolonie wyrosłe na płytce: - Jaki rodzaj hemolizy wytwarzają (α, β). Które z nich wytwarzają katalazę? Zadanie 3 Wykonanie i badanie wymazu z jamy ustnej (badanie śliny) - Jałową wymazówkę zwilż obficie w ślinie, dokonaj też wymazu z powierzchni języka, dziąseł i błony śluzowej policzków. - Posiej pobrany materiał z wacika na agar z krwią metodą redukcyjną. Płytkę inkubuj w cieplarce w 37oC przez około 20 godzin. 118 - Opisz kolonie wyrosłe na płytce. - Jaki rodzaj hemolizy wytwarzają (α, β). - Które z nich wytwarzają katalazę? Zadanie 4 Morfologia mikroskopowa bakterii izolowanych z nosa i śliny - Wykonaj preparaty barwione metodą Grama z pierwszej strefy posiewu (ślina). - Wykonaj preparaty barwione metodą Grama z wybranych kolonii (wymaz z nosa). - Oceń bogactwo bakterii i ich zróżnicowanie w badanych materiałach. 119 Preparat z bakterii wyhodowanych ze śliny: Preparat z bakterii wyhodowanych z wymazu z przedsionka nosa: 120 121 122 Rozdział 10 Bakterie w przewodzie pokarmowym Część teoretyczna Przewód pokarmowy człowieka w warunkach zdrowia jest zasiedlany przez ponad 300 gatunków bakterii stanowiących mikrobiota. Właściwy jej skład warunkuje prawidłowe funkcjonowanie organizmu, ponieważ bakterie te wydzielają liczne metabolity hamujące rozwój drobnoustrojów chorobotwórczych oraz zapobiegają ich kolonizacji w jelicie, wspomagają też trawienie pokarmów wydzielając różne enzymy, a także mają udział w syntezie niektórych witamin z grupy B (B2, B6, B12), witaminy K, kwasu foliowego oraz niektórych aminokwasów. Przełyk, żołądek i dwunastnica, a także początkowy odcinek jelita cienkiego, nie mają stale zasiedlających je bakterii. W przełyku i żołądku bakterie pojawiają się przejściowo i pochodzą z jamy ustnej, gardła i spożywanych pokarmów, ale nie stanowią one mikrobiota. W dwunastnicy i jelicie czczym występują tylko nieliczne bakterie ze względu na kwaśny odczyn środowiska i szybką perystaltykę. Liczne bakterie pojawiają się w jelicie krętym i przede wszystkim w jelicie grubym. W 1 gramie kału znajduje się 1010-1011 komórek bakterii. Układ pokarmowy noworodka wkrótce po porodzie zasiedlany jest przez gramdodatnie bakterie beztlenowe i mikroaerofilne (Bifidobacterium spp., Lactobacillus spp.) pochodzące z dróg rodnych matki. U dzieci karmionych naturalnie te gatunki dominują przez kilka miesięcy. Skład mikrobiota w jelitach ustala się w wieku 7-10 lat i pozostaje prawie niezmieniony u danej osoby do starości. W jelicie grubym bytują liczne drobnoustroje, z których około 90% to bakterie bezwzględnie beztlenowe: pałeczki gramujemne (dominuje tu rodzaj Bacteroides), ziarenkowce gramdodatnie (Peptococcus spp., Peptostreptococcus spp.), pałeczki gramdodatnie (Bifidobacterium spp.), laseczki (Clostridium spp.). 123 Pozostały odsetek stanowią bakterie względnie beztlenowe: pałeczki Enterobacteriaceae – rodzaje Escherichia (występuje u 100% zdrowych ludzi), Proteus, Enterobacter, Klebsiella i inne; paciorkowce kałowe – enterokoki – rodzaj Enterococcus. Oprócz tych drobnoustrojów, które wchodzą w skład mikrobiota przewodu pokarmowego, mogą znaleźć się tam patogeny takie jak: pałeczki Enterobacteriaceae z rodzajów Salmonella, Shigella, Yersinia, inne bakterie chorobotwórcze z rodzajów Campylobacter, Helicobacter, Vibrio oraz wirusy i pasożyty. Do zakażenia nimi dochodzi drogą fekalnooralną (pokarmową). Mogą one występować u osób chorych, a także u nosicieli po przebytych infekcjach objawowych lub bezobjawowych. Pałeczki jelitowe z rodziny Enterobacteriaceae Jest to licząca wiele rodzajów i ponad 200 gatunków grupa pałeczek gramujemnych, charakteryzujących się szeregiem podobieństw i wspólnych cech dotyczących morfologii komórek i kolonii oraz cech metabolicznych. Komórki ich są dość duże, często urzęsione (liczne rodzaje), niektóre rodzaje mają otoczki. Większość rodzajów (np. Escherichia, Enterobacter, Klebsiella) zasiedla jelita zdrowych ludzi i zwierząt. Inne zaś (Salmonella, Shigella, Yersinia) obejmują gatunki bezwzględnie chorobotwórcze. Pałeczki te mają małe wymagania pokarmowe (prototrofy), są względnymi beztlenowcami. Można je hodować na prostych podłożach, w warunkach normalnej atmosfery. Wszystkie rodzaje tej rodziny fermentują glukozę, nie wytwarzają oksydazy cytochromowej i redukują azotany do azotynów. Identyfikacja opiera się na badaniu właściwości metabolicznych (różnicowanie rodzajów i gatunków) i określaniu cech antygenowych lipopolisacharydu (antygen O), rzęsek (antygen H) i otoczki (antygen K). Różnice w budowie tych antygenów pozwalają identyfikować gatunki, serotypy lub serowary. Najważniejsze cechy metaboliczne bada się posiewając na tzw. szereg izolacyjny – szereg pożywek pozwalających wykryć: fermentację laktozy (laktoza pod parafiną), wytwarzanie indolu z tryptofanu, rozkład mocznika (ureaza), wytwarzanie siarkowodoru i dodatkowo fermentację laktozy i glukozy na podłożu Kliglera 124 (powtórzenie próby na rozkład laktozy na różnych podłożach pozwala ocenić tę cechę w warunkach zróżnicowanego dostępu do tlenu). Do izolacji pałeczek jelitowych wykorzystuje się pożywki stałe zawierające najczęściej laktozę. Zdolność fermentacji tego cukru jest najważniejszą cechą różnicującą między sobą rodzaje należące do rodziny Enterobacteriaceae. Rodzaj Escherichia E. coli (pałeczka okrężnicy) – jest komensalem, czyli stałym, choć nie najliczniejszym składnikiem mikrobiota jelit u ludzi i zwierząt. Z powodu występowania E. coli w każdej próbce kału, pałeczka ta jest uznawana za drobnoustrój wskaźnikowy w mikrobiologii sanitarnej, badaniach żywności i w mikrobiologii farmaceutycznej (badanie czystości mikrobiologicznej leków). E. coli rozkłada laktozę i wytwarza indol, co ułatwia jej wykrywanie i identyfikację. Szczepy zasiedlające jelito mogą wywoływać zakażenia oportunistyczne, gdy znajdą się w organizmie poza naturalnym miejscem bytowania. Najczęściej powodują infekcje w obrębie układu moczowego (szczepy uropatogenne) oraz (rzadziej) zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych u noworodków, zapalenie pęcherzyka żółciowego, ucha środkowego i płuc. Szczepy uropatogenne – UPEC (ang. uropathogenic E. coli) mają szczególną zdolność przylegania do nabłonka dróg moczowych (fimbrie P). Dysponują też cytolizyną (hemolizyna). O zakażeniu układu moczowego świadczy bakteriuria znamienna, tzn. taka liczba żywych bakterii w 1 mL moczu, którą przyjmuje się jako kryterium trwającej infekcji. Dla E. coli, u pacjentów z objawami klinicznymi jest to wartość równa lub większa niż 103 komórek/mL. Po stwierdzeniu bakteriurii znamiennej należy zidentyfikować wyhodowane bakterie i określić ich wrażliwość na antybiotyki. 125 W obrębie gatunku E. coli występują serotypy chorobotwórcze, wywołujące różne postacie biegunek, zależne od wytwarzanych przez poszczególne serotypy toksyn i innych czynników chorobotwórczości. Chorobotwórcze serotypy Escherichia coli to: ETEC (enterotoksynogenne) – wytwarzają ciepłochwiejne (LT-I i LT-II) i ciepłostałe (ST-I i ST-II) enterotoksyny oraz adhezyny (CFA/I, CFA/II i adhezyna „tworząca wiązki”), kolonizują jelito cienkie, wywołują tzw. biegunki podróżnych i biegunki u dzieci (tzw. cholerę dzieci) – wodnista biegunka, wymioty; EIEC (enteroinwazyjne) – nie wytwarzają toksyny, wnikają do komórek nabłonka jelita grubego i mnożąc się w nich, wywołują biegunki czerwonko-podobne – biegunka wodnista z krwią, wymioty, gorączka; EPEC (enteropatogenne) – wnikają do komórek nabłonka jelita cienkiego, uszkadzając ich strukturę; są odpowiedzialne za biegunki niemowląt – biegunka śluzowo-wodnista, gorączka; VTEK/STEK (werotoksynogenne dawniej EHEC enterokrwotoczne) – wytwarzają ciepłostałą cytolizynę - werotoksynę VT podobną do toksyny pałeczki czerwonki; powodują zagrażające życiu: krwotoczne zapalenie jelita grubego, zespół mocznicowo-hemolityczny, niewydolność nerek, zaburzenia neurologiczne, EAEC, EAggEC (enteroagregacyjne) – wytwarzają toksynę, ulegają autoagregacji, kolonizują jelito cienkie i pobudzają je do wytwarzania znacznych ilości śluzu; wywołują przewlekłe biegunki u dzieci i dorosłych w krajach słabo rozwiniętych. 126 Rodzaj Shigella S. dysenteriae, S. flexneri, S. boydii, S. sonnei (pałeczki czerwonki) – chorobotwórcze, mogą występować w jelicie grubym u nosicieli. Nie rozkładają laktozy. Mają zdolność przeżywania przez wiele godzin w pH 2,5. W identyfikacji gatunków wykorzystuje się testy serologiczne oparte o różnice w budowie antygenu somatycznego O. Nie mają rzęsek. Chorobotwórczość pałeczek czerwonki jest związana z ich zdolnością wnikania i niszczenia komórek nabłonka jelita grubego, co prowadzi do powstawania owrzodzeń i biegunki. Kał zawiera krew (stąd nazwa choroby – czerwonka), śluz i ropę. Biegunce towarzyszą silne bóle brzucha i gorączka. S. dysenteriae wytwarza silną toksynę, podobną w działaniu do toksyny E. coli VTEC i toksyny Vibrio cholerae. W Polsce czerwonkę wywołuje najczęściej S. sonnei. Pałeczki Shigella atakują wyłącznie ludzi, przenosząc się drogą fekalno-oralną („choroba brudnych rąk”). Rodzaj Salmonella Spośród dwóch wyodrębnionych na podstawie badań genetycznych gatunków, choroby u ludzi wywołują szczepy należące do S. enterica subsp. enterica, który obejmuje ponad 2500 odmian serologicznych zwanych serowarami. Tradycyjnie serowary te często noszą nazwy dawnych gatunków, lecz inaczej się je zapisuje: Salmonella Typhi (pałeczka duru brzusznego), Salmonella Typhimurium (pałeczka duru mysiego), Salmonella Enteritidis (pałeczka salmonelozy). Pałeczki te są chorobotwórcze, mogą występować też w przewodzie pokarmowym u nosicieli. Nosicielstwo może trwać wiele lat. 127 Pałeczki Salmonella są urzęsione, nie rozkładają laktozy, nie wytwarzają indolu, wytwarzają siarkowodór. Identyfikacja serowarów wymaga zastosowania testów serologicznych. Głównym czynnikiem chorobotwórczości pałeczek Salmonella jest LPS; ważną rolę spełniają cechy metaboliczne umożliwiające przeżycie w kwaśnym środowisku żołądka i w komórkach makrofagów oraz inwazyny warunkujące kolonizację i penetrację nabłonka jelita cienkiego. Do zakażenia dochodzi drogą fekalno-oralną od osoby chorej lub nosiciela, a także poprzez zakażoną fekaliami wodę albo żywność produkowaną w niehigienicznych warunkach. Źródłem pałeczek Salmonella mogą być też skażone produkty spożywcze (mięso, jaja, produkty mleczne) pochodzące od zwierząt hodowlanych, u których bakterie te bytują w przewodzie pokarmowym. S. Typhi wywołuje dur brzuszny – chorobę uogólnioną, o specyficznej patogenezie i przebiegu klinicznym, występującą tylko u ludzi. Pozostałe serowary wywołują salmonelozy: zapalenia błony śluzowej jelita cienkiego i grubego w postaci inwazyjnych zatruć pokarmowych tzw. toksykoinfekcji. Objawiają się one śluzowo-krwawą biegunką, której towarzyszy wysoka gorączka, często znaczne odwodnienie oraz zaburzenia elektrolitowe. Niekiedy może dojść do sepsy (u dzieci), zapalenia płuc, opon mózgowo-rdzeniowych i kości. Pałeczki Salmonella są najczęstszym czynnikiem etiologicznym zatruć pokarmowych w Polsce, dur brzuszny natomiast występuje rzadko. Rodzaj Yersinia Y. pestis (pałeczka dżumy) – chorobotwórcza. Y. enterocolitica subsp. enterocolitica (pałeczka chorobotwórcza. Naturalnym rezerwuarem tych bakterii są zwierzęta. jersiniozy) – 128 Yersinia to najmniejsze pałeczki spośród rodziny Enterobacteriaceae, często mają postać ziarenek. Nie rozkładają laktozy. Czynnikami chorobotwórczości u obu gatunków są adhezyny Yad oraz toksyczne i transportowe białka ściany komórkowej YOP (ang. Yersinia outer proteins). Yersinia pestis wytwarza ponadto pestycynę, aktywator plazminogenu i koagulazę odpowiedzialne za dramatyczny przebieg choroby – dżumy, która jest śmiertelną chorobą („czarna śmierć”). Pałeczka dżumy jest zaliczana do czynników biologicznych największego zagrożenia (kategoria A). Była w przeszłości i może być wykorzystana jako broń biologiczna. Dżuma obecnie nie występuje w Europie. Yersinia enterocolitica wytwarza enterotoksynę ST i inwazyny. Y. enterocolitica wywołuje biegunki, którym towarzyszy gorączka i zapalenie węzłów chłonnych jamy brzusznej. Choroba ta częściej występuje u niemowląt i małych dzieci. Choroby wywoływane przez pałeczki Yersinia są zoonozami. Dżuma jest przenoszona na ludzi przez pchły od gryzoni (głównie szczury), a od osób chorych drogą kropelkową. Y. enterocolitica może występować w produktach spożywczych pochodzenia zwierzęcego (mleko) i zakażenie nią dokonuje się droga pokarmową. Pałeczki te mają zdolność mnożenia się w żywności przechowywanej w lodówce. Rodzaj Klebsiella K. pneumoniae subsp. pneumoniae (pałeczka zapalenia płuc) i K. oxytoca – oba gatunki występują w składzie mikrobiota jelita grubego; bywają przyczyną zakażeń oportunistycznych. Pałeczki Klebsiella charakteryzuje obecność grubej wielocukrowej otoczki (pałeczki otoczkowe), wytwarzanej również w hodowli na pożywkach. Można ją wykryć barwiąc preparat metodą pozytywno-negatywną. Pałeczki Klebsiella rozkładają laktozę. 129 Czynniki chorobotwórczości tych pałeczek to otoczka, LPS, białkowe adhezyny. Bakterie te wywołują zakażenia oportunistyczne: odoskrzelowe zapalenie płuc, infekcje dróg moczowych. Szczególnie groźne są zakażenia szpitalne noworodków przebiegające pod postacią sepsy. Rodzaj Enterobacter Pałeczki te rozkładają laktozę. Bakterie tego rodzaju występują w środowisku nieożywionym, rzadziej w przewodzie pokarmowym u ludzi. Są oportunistycznymi patogenami, będącymi jednym z częstych czynników etiologicznych zakażeń szpitalnych (szczególnie Enterobacter cloacae), takich jak sepsa, zapalenie opon mózgowo-rdzeniowych, zakażenia ran, ponieważ często są oporne na środki dezynfekcyjne. Rodzaj Serratia S. marcescens (pałeczka cudowna) – bytuje głównie w środowisku jako saprofit, lecz może być również składnikiem mikrobiota jelit ludzi i zwierząt (komensal). Wywołuje oportunistyczne zakażenia szpitalne. Serratia marcescens nie rozkłada laktozy. Hodowana w temperaturze pokojowej wytwarza czerwony barwnik – prodigiozynę, zabarwiający kolonie. Pałeczki z rodzaju Serratia są urzęsione. Przyczyną infekcji tymi pałeczkami (sepsa, infekcje dróg moczowych, zapalenie wsierdzia) może być skażenie sprzętu szpitalnego (np. cewniki, rurki tracheostomijne), roztworów środków dezynfekcyjnych i płynów do mycia rąk. 130 Rodzaj Proteus - pałeczki odmieńca P. mirabilis, P.vulgaris – komensale zasiedlające przewód pokarmowy zdrowych ludzi i zwierząt; występują też w środowisku (woda, gleba). Są oportunistycznymi patogenami. Pałeczki te charakteryzują się, dzięki obecności licznych rzęsek, aktywnym ruchem. Na pożywkach stałych wzrost pałeczek odmieńca jest rozpełzliwy (mgławicowy), zasnuwający całą powierzchnię płytki. Pałeczki te nie rozkładają laktozy, wytwarzają siarkowodór i ureazę (hydrolizują mocznik). Ureaza jest jednym z głównych czynników chorobotwórczości pałeczek Proteus. Wytwarzają też hemolizyny, proteazy rozkładające przeciwciała IgA i IgG oraz składniki dopełniacza. Charakteryzują się również bardzo szybkim namnażaniem. Najczęstszą przyczyną zakażeń klinicznych, głównie dróg moczowych, jest P. mirabilis. Pałeczki odmieńca powodują także zakażenia ran pooperacyjnych i pooparzeniowych. Bakterie z innych rodzin związane z przewodem pokarmowym Rodzaj Vibrio – przecinkowce V. cholerae (przecinkowiec cholery) – chorobotwórczy, może występować u nosicieli. V. parahaemolyticus – chorobotwórczy. Oba gatunki bytują naturalnie w zbiornikach wód słodkich i słonych oraz organizmach w nich żyjących (ryby, skorupiaki itp.). Przecinkowce są gramujemnymi, ruchliwymi pałeczkami o małych wymaganiach pokarmowych. Do hodowli stosuje się pożywki proste, 131 o alkalicznym pH, które przecinkowce preferują. Są również halotolerantami (V. cholerae) lub halofilami (V. parahaemolyticus). Wytwarzają oksydazę w odróżnieniu od pałeczek Enterobacteriaceae. Najważniejszym czynnikiem chorobotwórczości Vibrio cholerae jest enterotoksyna (choleragen) odpowiedzialna za obraz choroby – cholery. Choroba ta jest ostrym zapaleniem błony śluzowej jelita cienkiego manifestującym się wodnisto-śluzową biegunką („ryżowe stolce”), bez bólów brzucha, prowadzącą do odwodnienia i zaburzeń elektrolitowych w organizmie. Do zakażenia dochodzi drogą pokarmową (woda, skażona żywność). Cholera charakteryzuje się dużą śmiertelnością. Chorobę tą wywołują szczepy V. cholerae należące do serogrupy O1, wytwarzające enterotoksynę. Cholera występuje tylko u ludzi. Pojawia się endemicznie w niektórych krajach Afryki, południowej Azji i Ameryki. Do czynników chorobotwórczości V. parahaemolyticus zalicza się m.in: hemolizynę (hemolizyna Kanagawy), proteazy i mucynazę. Bakterie te powodują wodnistą biegunkę, której towarzyszą wymioty, bóle brzucha i gorączka. Przecinkowiec ten może być także przyczyną zakażenia ran. Do biegunki dochodzi najczęściej po spożyciu surowych skażonych „owoców morza” (ryby, kraby, ostrygi). Rodzaj Campylobacter C. jejuni subsp. jejuni (pałeczka kampylobakteriozy) – chorobotwórcza dla człowieka. Naturalnym miejscem jej bytowania jest przewód pokarmowy zwierząt hodowlanych (bydło, drób) i dzikich. Zdarza się nosicielstwo u dzieci (epidemie w przedszkolach). Campylobacter spp. są esowato zakrzywionymi, gramujemnymi pałeczkami. Tworzą układy dwóch komórek przypominające wyglądem skrzydło mewy. Pałeczki te hoduje się na pożywkach zawierających krew (np. agar czekoladowy) w warunkach mikroaerofilnych i optymalnej temperaturze 43˚C.Wytwarzają katalazę i oksydazę. 132 Chorobotwórczość Campylobacter jejuni subsp. jejuni jest determinowana znaczną ruchliwością, oraz wytwarzaniem enterotoksyny i cytotoksyny. C. jejuni wywołuje kampylobakteriozę – ostre zapalenie żołądka i jelit, manifestujące się krwawą biegunką, bólami brzucha i gorączką. Rzadziej bywa przyczyną sepsy. Kampylobakterioza jest zoonozą. Źródłem zakażenia jest najczęściej żywność pochodzenia zwierzęcego. Campylobacter spp. może też przenosić się z człowieka (nosiciela lub chorego) na człowieka drogą fekalno-oralną. Rodzaj Helicobacter H. pylori - może występować na błonach śluzowych żołądka i dwunastnicy u zdrowych ludzi; jest odpowiedzialny za chorobę wrzodową żołądka i dwunastnicy. Są to zakrzywione gramujemne pałeczki, trudne do hodowli – wymagają warunków mikroaerofilnych i pożywek wzbogaconych krwią oraz temperatury 43oC. Chorobotwórczość Helicobacter pylori jest związana m.in. z ich ruchliwością, adhezynami, wytwarzaniem ureazy i mucynazy oraz działających cytotoksycznie: antygenem Cag (onkoproteina) i toksyną wakuolizującą VacA. H. pylori jest uznany za czynnik etiologiczny nieżytów i choroby wrzodowej żołądka oraz dwunastnicy, w następstwie których może dojść do powstania nowotworów (np. raka żołądka). Rodzaj Bacteroides B. fragilis - stanowi główny składnik (około 90%) mikrobiota jelita grubego. Jest patogenem oportunistycznym. 133 B. fragilis są drobnymi, gramujemnymi pałeczkami, posiadającymi otoczki. Są beztlenowcami, wymagają do hodowli wzbogaconych pożywek specjalnych (np. podłoże Schaedlera z krwią) i warunków beztlenowych. Chorobotwórczość B. fragilis jest uwarunkowana specyfiką warstw powierzchniowych ich komórek, wytwarzaniem enzymów (np. kolagenaza, hialuronidaza, lecytynaza) i toksyn (hemolizyny, enterotoksyna – fragilizyna). B. fragilis wywołuje ropne i zgorzelinowe stany zapalne, gdy przedostanie się z jelita grubego do innych narządów (zapalenie wyrostka robaczkowego, otrzewnej, ropnie płuc, jajników, wątroby), a także sepsę. Są to zakażenia endogenne. Szczepy wytwarzające enterotoksynę powodują zatrucia pokarmowe. Rodzaje Bifidobacterium i Lactobacillus - pałeczki kwasu mlekowego L. acidophilus, L. casei; Bifidobacterium spp. - komensale, składniki mikrobiota przewodu pokarmowego (głównie u niemowląt) i pochwy dorosłych kobiet. Oba rodzaje to gramdodatnie polimorficzne pałeczki. Bifidobacterium spp. to bakterie beztlenowe, Lactobacillus spp. są względnymi beztlenowcami lub mikroaerofilami. Oba rodzaje preferują środowisko kwaśne. Metabolity tych pałeczek – kwasy organiczne zakwaszają środowisko przewodu pokarmowego oraz pochwy, zapobiegając namnażaniu się bakterii i grzybów chorobotwórczych. Gatunki Lactobacillus i Bifidobacterium bytujące w pochwie tradycyjnie nazywane są pałeczkami Doederleina. U zdrowej kobiety pałeczki te występują wyłącznie lub dominują. Wytwarzany w przewodzie pokarmowym kwas mlekowy sprzyja wchłanianiu wapnia. Pałeczki Bifidobacterium syntetyzują witaminy B1, B2 i K oraz uwalniają kwas mlekowy w wyniku rozkładu glikogenu ze złuszczonego nabłonka pochwy. Pałeczki obu rodzajów wchodzą w skład 134 różnych probiotyków (np. Lakcid) stosowanych w leczeniu i profilaktyce biegunek o różnej etiologii (m.in. po terapii antybiotykami) oraz zakażeń pochwy. Probiotyczne szczepy pałeczek Lactobacillus wykazują działanie antagonistyczne wobec innych (chorobotwórczych) drobnoustrojów. Mają też udział w regulacji mechanizmów odpornościowych, zarówno działających miejscowo w jelicie, jak i ogólnoustrojowych. W leczeniu zakażeń pochwy preparaty probiotyczne przywracają prawidłowy skład mikrobiota. Preparaty Lakcid i Lactovaginal zawierają pałeczki z rodzaju Lactobacillus. Rodzaj Clostridium – laseczki beztlenowe Wśród licznych gatunków laseczek z rodzaju Clostridium są saprofity bytujące w środowisku (gleba, woda, ścieki), komensale – składniki mikrobiota jelit ludzi i zwierząt oraz patogeny człowieka i zwierząt. C. botulinum (laseczka jadu kiełbasianego) C. tetani (laseczka tężca) C. difficile (laseczka rzekomobłoniastego, poantybiotykowego zapalenia jelit) C. perfringens (laseczka zgorzeli gazowej) Są to wytwarzające przetrwalniki pałeczki gramdodatnie. W preparatach mikroskopowych mają często charakterystyczny wygląd powodowany przez obecność okrągłych lub owalnych przetrwalników. W zależności od umiejscowienia nadają one komórkom kształt „rakiety tenisowej”, „pałeczki dobosza” lub „osełki”. Laseczki Clostridium hoduje się na pożywkach prostych w warunkach beztlenowych. Większość gatunków jest urzęsiona a na agarze z krwią daje hemolizę typu β . Clostridium botulinum wytwarza w warunkach beztlenowych (np. w konserwach) białkowe toksyny (jad kiełbasiany), które są 135 neurotoksynami powodującymi wiotkie porażenia mięśni. Toksyna botulinowa jest ciepłochwiejna (ulega inaktywacji w temperaturze 80oC w ciągu 20 minut). Choroba: botulizm jest najczęściej skutkiem zatrucia pokarmowego toksyną obecną w produktach spożywczych, w których mnożyły się laseczki (botulizm klasyczny). Wyróżnia się też botulizm niemowląt, botulizm przyranny i botulizm aerogenny (po inhalacji aerozolu toksyny). Jad kiełbasiany jest jedną z najsilniejszych trucizn, które mogą mieć zastosowanie jako broń biologiczna. Doustna dawka śmiertelna to 1 µg/kg masy ciała. Toksyna ta (w bardzo małych dawkach) jest stosowana również jako pomocniczy środek leczniczy w medycynie oraz w kosmetologii. Podaje się ją m.in. w celu zmniejszenia przykurczy mięśni w porażeniu mózgowym i kręczu karku. W medycynie kosmetycznej toksyna ta ma zastosowanie w likwidacji zmarszczek, a także nadmiernej potliwości. Clostridium tetani wytwarza dwie toksyny: hemolizynę (tetanolizynę) i neurotoksynę (tetanospazminę), która jest głównym czynnikiem chorobotwórczości tych laseczek i powoduje porażenia spastyczne mięśni szkieletowych. Tężec jest chorobą o bardzo dużej śmiertelności. Rozwija się w wyniku namnożenia się laseczek w ranie pourazowej zanieczyszczonej glebą, w której znajdowały się ich przetrwalniki. Toksyna z rany przenika do centralnego układu nerwowego i powoduje niekontrolowane, bolesne skurcze mięśni szkieletowych całego ciała, które mogą prowadzić do uduszenia. Clostridium difficile bytuje w jelicie grubym u zdrowych ludzi jako składnik mikrobiota (w niewielkiej ilości). U chorych poddawanych długotrwałej antybiotykoterapii może dojść do namnożenia toksynotwórczych szczepów C. difficile i choroby – poantybiotykowego rzekomobłoniastego zapalenia jelita grubego. Chorobotwórczość tych laseczek warunkują przede wszystkim toksyny: enterotoksyna – toksyna A i cytotoksyna – toksyna B oraz białkowa toksyna binarna CDT. Nie wszystkie szczepy je produkują. 136 Clostridium perfringens jest gatunkiem najczęściej izolowanym spośród grupy laseczek wywołujących zgorzel gazową. Dochodzi do niej w wyniku przedostania się przetrwalników do rozległych ran urazowych. Zgorzel gazowa polega na rozpływnej martwicy mięśni i/lub tkanki łącznej z tworzeniem gazu i ogólną toksemią. Główną toksyną laseczek C. perfringens jest α-toksyna (lecytynaza – fosfolipaza C), a dla ich inwazyjności duże znaczenie mają bardzo aktywne enzymy: kolagenaza, proteinazy, hialuronidaza, deoksyrybonukleinaza, i neuraminidaza. C. perfringens wytwarza też toksynę immunomodulującą (enterotoksynę) powodującą zatrucia pokarmowe. Wiele innych gatunków Clostridium wchodzi w skład mikrobiota jelita grubego u ludzi i zwierząt. Obecność laseczek Clostridium spp. w wodzie może świadczyć o skażeniu jej ściekami. Rodzaj Enterococcus – paciorkowce kałowe (enterokoki) E. faecalis, E. faecium – najczęściej izolowane od człowieka enterokoki. Są one komensalami bytującymi w jelicie grubym człowieka i zwierząt. Bywają często oportunistycznymi patogenami. Komórki enterokoków to gramdodatnie, duże, owalne ziarenkowce. Mają małe wymagania pokarmowe. Są względnymi beztlenowcami. Nie wytwarzają katalazy (podobnie jak inne paciorkowce). W schemacie wg Lancefield są zaliczane do grupy serologicznej D. Enterokoki hydrolizują eskulinę i wyrastają w obecności 40% żółci, co wykorzystuje się do ich izolacji i identyfikacji. Są halotolerantami. Mogą wyrastać w szerokim zakresie temperatur (10-45˚C) i przeżywają ogrzewanie w temperaturze 60˚C przez 30 minut. Cechują się naturalną opornością na wiele grup antybiotyków. Chorobotwórczość tych ziarenkowców wiąże się z substancjami warunkującymi kolonizację tkanek gospodarza (adhezyny, enzymy) oraz z cytolizyną o aktywności bakteriocyny. 137 Enterokoki mogą być przyczyną infekcji oportunistycznych układu moczowego, układu krążenia (sepsa), dróg żółciowych, wsierdzia, zakażają też rany pooparzeniowe. Są to zwykle zakażenia szpitalne. Obecność enterokoków w wodzie świadczy o jej skażeniu kałem ludzi lub zwierząt. Metody Badanie bakteriologiczne kału Materiałem klinicznym, w którym poszukujemy patogenów jelitowych jest kał. Oglądanie barwionych metodą Grama preparatów mikroskopowych, wykonanych bezpośrednio z badanego materiału ma niewielkie znaczenie w diagnostyce. Ocena bezpośrednich preparatów jest ważna w diagnostyce chorób pasożytniczych. Rutynowe badanie bakteriologiczne kału osób chorych i nosicieli najczęściej polega na serii posiewów zmierzających do wykrycia w nim obecności chorobotwórczych pałeczek z rodziny Enterobacteriaceae, głównie z rodzaju Shigella, Salmonella, Yersinia. Badania w kierunku nosicielstwa Shigella i Salmonella są obowiązkowe przy podejmowaniu i w trakcie pracy w różnych zawodach. W celu eliminacji bakterii stanowiących mikrobiota (dominujących w materiale) próbkę kału posiewa się na pożywki diagnostyczno– wybiórcze i inkubuje w obecności tlenu atmosferycznego (brak wzrostu beztlenowców). Podłoże MacConkeya używane jest, kiedy wystarczy niska selektywność pożywki. Podłoże to umożliwia wzrost wszystkich pałeczek gramujemnych tlenowych i względnie beztlenowych (rodzina Enterobacteriaceae) o małych wymaganiach pokarmowych (prototrofy); obecność w pożywce fioletu krystalicznego i soli żółciowych hamuje całkowicie wzrost bakterii gramdodatnich i tylko tych gramujemnych, które mają duże wymagania odżywcze. Zawarta w pożywce laktoza umożliwia różnicowanie pałeczek na rozkładające laktozę: laktozododatnie (kolonie różowe) i laktozoujemne (kolonie w kolorze podłoża). 138 Podłoże SS (Salmonella–Shigella) jest pożywką o silnej wybiórczości i służy do wykrywania i izolacji pałeczek z rodzajów Salmonella i Shigella. Zawarte w pożywce cytryniany i wysokie stężenie soli kwasów żółciowych hamują wzrost bakterii gramdodatnich i częściowo także wzrost gramujemnych: Escherichia coli oraz innych fizjologicznie występujących w jelicie pałeczek. Pożywka zawiera laktozę; kolonie pałeczek rozkładających laktozę (laktozododatnie) są różowe, nierozkładających laktozy (laktozoujemne) m. in. pałeczek z rodzajów Salmonella, Shigella i Yersinia, są bezbarwne. Podłoże SS zawiera również sole żelaza, które pozwalają na ujawnienie wytwarzania siarkowodoru – kolonie są wtedy czarne lub bezbarwne z czarnym środkiem. Metody badania bakteriologicznego moczu Czynnikiem etiologicznym zakażeń dróg moczowych jest najczęściej Escherichia coli i rzadziej inne pałeczki z rodziny Enterobacteriaceae. W moczu oddawanym w sposób naturalny zawsze znajduje się pewna ilość bakterii wypłukanych z cewki moczowej, dlatego diagnostyka opiera się nie tylko na stwierdzeniu obecności bakterii w moczu, ale także określeniu ich liczby w 1 mL odpowiednio pobranej próbki materiału. Sposób pobrania próbki moczu do badania bakteriologicznego Należy dokładnie umyć wodą z mydłem okolice cewki moczowej. Pierwszą porcję moczu oddać do toalety. Nie przerywając mikcji (oddawania moczu) zebrać kilka mililitrów do jałowego pojemniczka (tzw. mocz ze środkowego strumienia). Pozostałą zawartość pęcherza oddać do toalety. Tak pobrany mocz powinien zostać zbadany w ciągu 2 godzin. Liczbę żywych, zdolnych do tworzenia kolonii komórek bakteryjnych w 1 mL moczu określa się stosując metodę rozcieńczeń i posiew powierzchniowy na płytki z odpowiednią pożywką np. MacConkeya lub agar z krwią. Zliczenie kolonii i uwzględnienie rozcieńczenia próbki pozwala na obliczenie ich liczby (rozdział 9). 139 Metodą oznaczania liczby bakterii w moczu o mniejszej wartości diagnostycznej jest technika zanurzeniowa. Jest dość popularna gdyż, stosuje się w niej dostępne w aptece gotowe zestawy transportowo– wzrostowe typu Uromedium, Uricult lub inne. Zestaw zawiera plastikową płytkę pokrytą z dwóch stron warstwą pożywek: Mac Conkeya i CLED (bezelektrolitowe, nieselektywne podłoże zapobiegające rozpełzliwemu wzrostowi pałeczek Proteus), umocowaną w nakrętce wewnątrz jałowego pojemnika. Płytkę tę zanurza się na kilka sekund w badanym moczu lub zwilża środkowym strumieniem moczu podczas mikcji i ponownie umieszcza w pojemniku. Po inkubacji w cieplarce ocenia się wzrost bakterii ilościowo przez porównanie z dołączonymi do zestawu wzorcami. Metoda ta jest jednak mało dokładna. 3 Interpretacja wyników. Przyjmuje się, że liczba 10 lub więcej komórek/mL wskazuje na znamienną bakteriurię. Dokładna wartość zależy od rodzaju bakterii i objawów klinicznych – np. wartość 103 kom./mL E. coli u kobiety z objawami stanu zapalnego układu moczowego wskazuje na znamienną 3 bakteriurię. Zatem przy liczbie równej lub większej niż 10 kom./mL należy zawsze zidentyfikować wyhodowane bakterie i określić ich wrażliwość na antybiotyki. Badanie bakteriologiczne wody pitnej W wodzie mogą się znaleźć właściwe bakterie wodne i glebowe (psychrofile – niechorobotwórcze dla człowieka) i drobnoustroje ściekowe: bakterie, wirusy, pasożyty (cysty, jaja), które są potencjalnie chorobotwórcze dla człowieka. Sanitarno–epidemiologiczna ocena wody obejmuje oznaczenie: ogólnej liczby żywych bakterii psychrofilnych (nie może być więcej niż 102/mL), ogólnej liczby bakterii mezofilnych (nie może być więcej niż 1 5x 10 /mL), wykluczenie obecności żywych bakterii wskaźnikowych, wykluczenie obecności beztlenowych laseczek Clostridium perfringens (formy wegetatywne i przetrwalniki). 140 Bakterie wskaźnikowe czystości mikrobiologicznej wody to te mikroorganizmy, które stanowią stały składnik mikrobiota człowieka i zwierząt. Do środowiska zewnętrznego dostają się wraz z odchodami, a więc ich obecność w wodzie wskazuje na zanieczyszczenie jej ściekami komunalnymi lub bezpośrednio fekaliami. W wodzie tak zanieczyszczonej mogą potencjalnie znaleźć się drobnoustroje chorobotwórcze (bakterie, wirusy, pierwotniaki) oraz jaja pasożytów, wydalane z organizmu wraz z kałem. Do bakterii wskaźnikowych zaliczamy pałeczkę okrężnicy (E. coli), która występuje w dużych ilościach w jelicie grubym (ok. 108 komórek/g kału) oraz paciorkowce kałowe (enterokoki). Badania prowadzi się też w kierunku obecności w wodzie bakterii tzw. grupy coli (fermentujące laktozę do kwasu i gazu pałeczki z rodziny Enterobacteriaceae – E. coli, Enterobacter spp., Citrobacter spp. i Klebsiella spp.). W 100 mL wody pitnej nie powinno być ani jednej komórki bakterii wskaźnikowych (Escherichia coli, bakterie grupy coli, ziarenkowce z rodzaju Enterococcus). Badanie wody w kierunku obecności bakterii wskaźnikowych wykonuje się najczęściej techniką filtrów membranowych, które po przesączeniu przez nie próbki wody układa się na odpowiedniej pożywce. Dla grupy coli może to być np. podłoże Endo – diagnostyczno-wybiórcza pożywka zawierająca laktozę oraz siarczyn sodu i fuksynę, które hamują wzrost bakterii gramdodatnich. Kolonie bakterii laktozododatnich mają barwę od różowej po intensywnie czerwoną, ale kolor kolonii E. coli jest wyjątkowo intensywny - ciemnoczerwony z charakterystycznym zielonkawym, metalicznym połyskiem. Kolonie jasnoróżowe, dla potwierdzenia fermentacji laktozy, posiewa się np. na płynną pożywkę z tym cukrem, wskaźnikiem barwnym i rurką Durhama (podłoże Andrade) o i inkubuje równolegle w temperaturze 37 C (24-48 godzin) i 44°C (24 godziny). Dla kolonii laktozododatnich należy wykonać próbę na obecność oksydazy cytochromowej oraz zdolność wytwarzania tryptofanazy w temperaturze 44°C (inkubacja 24 godziny). Najważniejszą próbą potwierdzającą obecność E.coli jest test na wytwarzanie β-D-glukuronidazy. 141 Zadania do wykonania Zadanie 1 Ocena mikroskopowa próbki kału - Nanieś na szkiełko podstawowe kroplę wody. - Zawieś w tej kropli niewielką ilość kału pobranego ezą z pojemnika. - Wykonaj rozmaz na szkiełku. - Wysusz preparat i utrwal w płomieniu palnika. - Zabarw preparat metodą Grama. Zadanie 2 Wykonanie posiewu próbki kału - Pobierz jałową ezą próbkę kału z pojemnika transportowego. - Posiej techniką redukcyjną na: - płytkę MacConkeya, - płytkę z podłożem SS - Inkubuj w cieplarce 37oC przez około 20 godzin. - Oceń wygląd wyrosłych kolonii. 142 Zadanie 3 Bakterie w przewodzie pokarmowym - Uzupełnij tabelę wpisując z pamięci nazwy przynajmniej 10 rodzajów bakterii, których gatunki bytując w przewodzie pokarmowym pasują do opisu Bakterie (rodzaje) stanowiące mikrobiota przewodu pokarmowego Bakterie chorobotwórcze (spotykane tylko u chorych lub nosicieli) Bakterie spotykane u nosicieli Bakterie wytwarzające zewnątrzkomórkowe toksyny odpowiedzialne za obraz kliniczny choroby 143 144 Rozdział 11 Inne bakterie bytujące w środowisku człowieka Część teoretyczna Środowisko przyrodnicze jest miejscem bytowania licznych rodzajów bakterii saprofitycznych i chorobotwórczych. Naturalnym siedliskiem bakterii saprofitycznych są woda, gleba i ścieki. Bakterie te mogą unosić się w powietrzu na cząstkach kurzu i w formie aerozoli. Mogą przedostawać się na powierzchnie przedmiotów, do żywności, leków, a przez to do organizmu ludzkiego stając się niekiedy przyczyną różnych infekcji oportunistycznych. Bakterie chorobotwórcze dostają się do środowiska najczęściej wraz z wydzielinami i wydalinami ludzi chorych i nosicieli oraz chorych i zdrowych zwierząt, u których są składnikami mikrobiota. Rodzaj Listeria L. monocytogenes (pałeczka listeriozy) – fakultatywny pasożyt wewnątrzkomórkowy. Głównym siedliskiem pałeczek Listeria jest gleba i gnijące rośliny oraz zbiorniki wodne i ścieki. Stąd bakterie te dostają się do organizmów różnych zwierząt. Wszystkie produkty żywnościowe są potencjalnie zakażone tymi pałeczkami. Komórki Listeria spp. to krótkie, gramdodatnie pałeczki, często układające się w łańcuszki. Są ruchliwe, rosną na prostych podłożach, są względnymi beztlenowcami, wytwarzają katalazę. Hydrolizują eskulinę, co wykorzystuje się w ich identyfikacji. Pałeczki Listeria mogą rosnąć w obecności nawet 10% soli i namnażać się w temperaturze 4˚C, a więc mnożą się w żywności przechowywanej w chłodni. 145 Pałeczki te są oporne na działanie niskiego pH soku żołądkowego, enzymów proteolitycznych i kwasów żółciowych co ułatwia im kolonizacje organizmu. Listeria monocytogenes jest fakultatywnym pasożytem wewnątrzkomórkowym. Wytwarza adhezyny (internaliny), enzymy i toksynę (listeriolizynę O), które pozwalają na przeżycie bakterii w makrofagach i ich rozprzestrzenianie się w organizmie. L. monocytogenes wywołuje listeriozę, która może występować w trzech klinicznych postaciach: jako listerioza noworodków, listerioza starszych dzieci i dorosłych oraz listerioza pracowników laboratoriów i weterynarzy – ta zwykle w postaci infekcji skóry i oczu. Listerioza noworodków jest uogólnioną infekcją o bardzo dużej śmiertelności. Do zakażenia może dojść od matki lub ze środowiska szpitalnego. Listerioza dzieci starszych i osób dorosłych może przebiegać łagodnie, ale także jako groźne dla życia zapalenie mózgu i opon mózgowo-rdzeniowych z sepsą. Do zakażenia dochodzi drogą pokarmową. Rodzaj Bacillus – laseczki tlenowe B. anthracis (laseczka wąglika) – chorobotwórcza. B. cereus (laseczka woskowa) – komensal, patogen oportunistyczny, odpowiedzialna za zatrucia pokarmowe. B. subtilis (laseczka sienna) – saprofit, patogen oportunistyczny (rzadko). Laseczki Bacillus spp. występują powszechnie. Są wśród nich gatunki chorobotwórcze dla ludzi, innych ssaków, owadów i roślin, komensale bytujące w układzie pokarmowym ludzi i zwierząt oraz wolno żyjące saprofity. Powszechność występowania tych laseczek w przyrodzie jest związana m.in. z wytwarzaniem przez nie przetrwalników. Przetrwalniki B. subtilis subsp. subtilis i Geobacillus stearothermophilus (dawniej – Bacillus stearothermophilus) ze względu na wyjątkowo dużą ciepłooporność są stosowane w testach biologicznych do kontroli działania aparatów sterylizujących. Niektóre gatunki tych laseczek 146 (B. brevis, B. licheniformis, B. polymyxa) wytwarzają antybiotyki, co wykorzystuje się w przemyśle farmaceutycznym. Komórki laseczek, o różnej wielkości, są cylindryczne (pałeczkowate), układają się często w łańcuszki. Są gramdodatnie. Przetrwalniki nie wpływają na kształt komórek. Laseczka wąglika w organizmie zakażonym wytwarza polipeptydową otoczkę. Laseczki dobrze namnażają się na prostych pożywkach, tolerują wysokie stężenie NaCl (do 10%), szeroki zakres pH i temperatury (5-75°C). Są tlenowcami lub względnymi beztlenowcami. Na agarze z krwią większość gatunków powoduje hemolizę typu β, zwykle bardzo dużą strefę wokół kolonii. Wytwarzają katalazę. Chorobotwórczość Bacillus anthracis jest związana z działaniem trójskładnikowej białkowej toksyny oraz obecnością otoczki. Wąglik jest śmiertelną chorobą o piorunującym przebiegu, występującą głównie u zwierząt trawożernych. Człowiek zakaża się przetrwalnikami znajdującymi się w produktach pochodzących od padłych zwierząt (skóry, futra, wełna, mączka kostna). Przetrwalniki B. anthracis mogą być użyte (już były) jako broń biologiczna. Laseczka wąglika człowieka mogą wystąpić trzy postacie choroby (zależnie od drogi wtargnięcia przetrwalników): postać skórna (tzw. czarna krosta) – najłagodniejsza, postać płucna („choroba sortowaczy wełny”) i rzadko postać jelitowa. Postać płucna i jelitowa, zbyt późno rozpoznane, przeważnie kończą się śmiercią. Choroba ta występuje głównie w Azji i Afryce, wśród zwierząt hodowlanych i dzikich. B. cereus wytwarza toksyny odpowiedzialne za objawy zatruć pokarmowych: termostabilną toksynę „wymiotną” (cereulid) i wrażliwą na wysoką temperaturę toksynę „biegunkową”- podobną do enterotoksyn LT przecinkowca cholery i pałeczki okrężnicy. Enterotoksyna „biegunkowa” wytwarzana jest w jelicie cienkim przez mnożące się laseczki, które dostały się tam wraz ze spożywanym pokarmem. Objawy zatrucia pojawiają się bardzo szybko. Wymioty występują w czasie od 15 minut do 4 godzin po spożyciu potrawy zawierającej toksynę „wymiotną”, a wodnista biegunka po 8-12 godzinach po zatruciu toksyną „biegunkową”. 147 Przetrwalniki Bacillus cereus bardzo często są spotykane w różnych artykułach spożywczych (np. w ryżu). Laseczka ta może w niewielkich ilościach wchodzić w skład mikrobiota jelita grubego u ludzi. Wśród zakażeń oportunistycznych wywołanych przez laseczkę woskową, szczególnie niebezpieczne są zapalenia gałki ocznej (zwykle pourazowe), grożące nawet utratą wzroku. Rodzaje Pseudomonas, Stenotrophomonas i Acinetobacter P. aeruginosa (pałeczka oportunistyczny. ropy S. maltophilia – patogen w środowisku szpitalnym. błękitnej) – oportunistyczny, komensal, może patogen występować Acinetobacter spp. – powszechne w środowisku (ścieki), kilka gatunków patogenów oportunistycznych, mogą się znaleźć wśród fizjologicznej mikrobiota skóry człowieka. Pałeczki te charakteryzuje naturalna oporność na wiele antybiotyków, a ich wielooporne szczepy są częstą przyczyną zakażeń szpitalnych. Naturalnym siedliskiem tych pałeczek są gleba, woda i ścieki. P. aeruginosa może bytować jako komensal w przewodzie pokarmowym ludzi i zwierząt. Pałeczki wymienionych rodzajów spotyka się często w szpitalach, gdzie zamieszkują w miejscach wilgotnych, jak np. syfony umywalek, natryski, zlewy itp. Te gramujemne pałeczki są podobne morfologicznie, wiele jest obdarzonych ruchem. Ich wymagania pokarmowe są bardzo małe. Mają zdolność wykorzystywania różnorodnych substratów energetycznych, nawet takich (tzw. niekonwencjonalnych), jak leki, środki dezynfekcyjne, środki czystości, produkty naftowe, w których mogą się namnażać. W laboratorium hoduje się te pałeczki na prostych pożywkach. Wszystkie są tlenowcami. Pałeczki Pseudomonas wytwarzają oksydazę cytochromową, pozostałe rodzaje są oksydazoujemne. Pałeczki te mogą 148 namnażać się w szerokim zakresie temperatur (5-45˚C). Ważną cechą identyfikacyjną Pseudomonas aeruginosa jest wytwarzanie rozpuszczalnych w wodzie barwników: np. niebieskiej piocjaniny czy żółtozielonej fluoresceiny, które zabarwiają podłoża hodowlane. P. aeruginosa wytwarza szereg czynników determinujących jej chorobotwórczość – otoczkę, fimbrie i LPS oraz enzymy (proteazy, fosfolipaza C) i cytotoksyny (egzotoksyna A, egzoenzym S). Pałeczki te szczególnie często wywołują infekcje u pacjentów z obniżoną odpornością, u chorych z oparzeniami bądź poddawanych inwazyjnym zabiegom. P. aeruginosa są ważnymi czynnikami etiologicznymi zapalenia oskrzeli i płuc u chorych na mukowiscydozę. Mukowiscydoza jest chorobą genetyczną, w której zaburzone jest wydzielanie gruczołów egzokrynowych (potowych, śluzowych, trzustki). Wydzielina tych gruczołów jest skąpa, gęsta i lepka, co hamuje ruch rzęsek nabłonka i ułatwia inwazję przez drobnoustroje. Skażenie leków ocznych pałeczką ropy błękitnej stanowi duże zagrożenie utratą wzroku wskutek uszkodzenia rogówki przez proteazy. Rodzaj Legionella L. pneumophila subsp. pneumophila – wewnątrzkomórkowe patogeny wywołujące infekcje dróg oddechowych. Są to gramujemne pałeczki, których naturalnym siedliskiem jest gleba i woda otwartych zbiorników oraz domowych urządzeń wodociągowych (rury, natryski) i urządzeń klimatyzacyjnych. Bakterie te długo przeżywają w środowisku wilgotnym, nawet w temperaturze 60˚C. Są oporne na działanie chloru (np. zawartego w wodzie wodociągowej). Większość szczepów charakteryzuje się naturalną opornością na antybiotyki β-laktamowe. 149 Komórki Legionella są polimorficzne. Pałeczki te są trudnymi w hodowli laboratoryjnej auksotrofami. Są tlenowcami wytwarzającymi katalazę. Rosną wolno i są mało aktywne metabolicznie, co utrudnia identyfikację. Pałeczki Legionella mają zdolność przeżywania i mnożenia się wewnątrz makrofagów. Bakterie te hamują odpowiedź komórkową organizmu. Najczęściej przyczyną infekcji u ludzi jest L. pneumophila subsp. pneumophila. Do zakażenia dochodzi poprzez wdychanie aerozoli zawierających te bakterie. Wywołują legionelozę - chorobę legionistów, która jest ciężkim w przebiegu zapaleniem płuc lub gorączkę Pontiac – łagodniejszą, grypopodobną infekcję, nie zajmującą płuc. Zachorowaniom na legionelozy sprzyjają: obniżenie odporności organizmu, palenie tytoniu, przewlekłe choroby płuc, praca w środowisku, gdzie tworzą się aerozole wodno-powietrzne (SPA, myjnie samochodów, gabinety stomatologiczne, klimatyzowane pomieszczenia itp.). Obecnie w szpitalach obowiązuje badanie ciepłej wody w kierunku obecności tych pałeczek. Zadania do wykonania Zadanie 1 Cechy rodzajów Pseudomonas, Bacillus, Listeria, Legionella Uzupełnij tabelę wpisując samodzielnie z pamięci nazwę gatunku lub rodzaju bakterii obdarzonych danymi cechami Cecha bakterii Wytwarza barwniki dyfundujące do podłoża Gatunek lub rodzaj Wywołuje wąglik 150 Może namnażać się w lodówce Obecność w lekach ocznych niebezpieczna dla wzroku Wywołuje zakażenia okołoporodowe u noworodków Wytwarza toksynę „wymiotną” Może namnażać się w środkach dezynfekcyjnych Przetrwalniki stosowane są do kontroli aparatów do sterylizacji Bytuje w urządzeniach klimatyzacyjnych Powoduje infekcje układu oddechowego u osób z mukowiscydozą 151 152 Rozdział 12 Bakterie wywołujące choroby o swoistym przebiegu, trudne do hodowli lub identyfikacji Część teoretyczna Rodzaj Mycobacterium – prątki M .tuberculosis subsp. tuberculosis (prątek gruźlicy ludzki) M. bovis subsp. bovis (prątek gruźlicy bydlęcy) M. bovis BCG (atenuowany/niezjadliwy prątek bydlęcy) M. avium (prątek ptasi) – MOTT M. intracellulare (prątek mikobakteriozy) – MOTT M. kansasii (prątek mikobakteriozy) – MOTT M. leprae (prątek trądu) Prątki to szczególna grupa różniąca się szeregiem cech od innych bakterii. Są wśród nich gatunki chorobotwórcze dla ludzi i zwierząt, ale także saprofity bytujące w glebie i wodzie. Ściana komórkowa prątków zawiera bardzo dużo lipidów (około 60% suchej masy). Są to kwasy mikolowe, woski, glikolipidy. Z obecnością tych związków wiąże się kwaso-alkoholo-oporność, hydrofobowość, oporność na detergenty i barwniki anilinowe, niewrażliwość na wysychanie oraz cechy chorobotwórczości. Prątki dzielą się na dwie grupy: wolno rosnące – wzrost staje się widoczny makroskopowo po czasie dłuższym niż 7 dni (przeważnie po 2–6 tygodniach); do tej grupy należą prątki wywołujące gruźlicę u ludzi (M. tuberculosis i M. bovis), niechorobotwórczy prątek BCG oraz prątek ptasi i wymienione tu gatunki prątków wywołujących mikobakteriozy; szybko rosnące – wzrost pojawia się przed upływem 7 dni (w ciągu 2–3 dni); prątki saprofityczne. 153 Prątki wywołujące mikobakteriozy i prątki saprofityczne nazywane są (ze względów praktycznych) grupą MOTT (ang. Mycobacterium other than tuberculosis – „prątki inne, niż gruźlicze”). Prątki są bakteriami gramdodatnimi, lecz źle się barwią metodą Grama. Do ich barwienia stosuje się metodę Ziehla-Neelsena, w której wykorzystuje się cechę kwaso-alkoholo-oporności prątków. Komórki prątków są cienkimi pałeczkami, czasem układającymi się równolegle. Prątki hoduje się najczęściej na podłożu Loewensteina-Jensena zawierającym, oprócz składników odżywczych (jaja kurze, glicerol, asparagina, mąka ziemniaczana), zieleń malachitową, której zadaniem jest hamowanie wzrostu innych, szybko rosnących bakterii, mogących trafić przypadkowo do podłoża. Kolonie prątków gruźlicy na tym podłożu są suche, kalafiorowate. Prątki MOTT często wytwarzają barwniki karotenoidowe zabarwiające kolonie na żółto lub pomarańczowo. W nowoczesnych, automatycznych metodach hodowli prątków stosuje się płynne pożywki syntetyczne. Prątki są tlenowcami, wytwarzają katalazę. Są oporne na penicylinę. Mycobacterium leprae nie rośnie na pożywkach. Jest obligatoryjnym (bezwzględnym) pasożytem wewnątrzkomórkowym. Można go namnożyć zakażając materiałem od chorego jedyne zwierzę wrażliwe na te prątki pancernika. Chorobotwórczość prątków wynika z ich zdolności do przeżywania i namnażania się w makrofagach oraz wyzwalania w organizmie gospodarza reakcji nadwrażliwości typu opóźnionego. Efektem tego jest tworzenie w zakażonych tkankach (najczęściej w płucach) ziarniniaków gruźliczych (gruzełków). Za przeżywanie prątków w makrofagach i tworzenie zmian patologicznych odpowiedzialne są zewnątrzkomórkowe enzymy (katalaza, peroksydaza) oraz składniki ściany komórkowej – glikolipidy – m.in. 6’, 6’–dimikolan α-trehalozy (tzw. czynnik sznurowy). M. tuberculosis i M. bovis wywołują gruźlicę u ludzi. Najczęściej choroba dotyczy płuc, lecz może atakować także inne narządy (gruźlica pozapłucna). Prątki MOTT wywołują mikobakteriozy, które również przeważnie dotyczą układu oddechowego i są klinicznie podobne do gruźlicy. Mikobakteriozy 154 występują głównie u osób z predyspozycjami (inne przewlekłe choroby płuc, praca w zawodzie rolnika, hodowcy drobiu). Prątki przenoszą się drogą kropelkową od chorego lub pyłową ze środowiska. Niektóre gatunki MOTT mogą być przyczyną infekcji skóry i tkanki podskórnej. Drogą zakażenia są wówczas rany kłute i drobne skaleczenia. Mycobacterium bovis BCG (Bacille Calmette–Guerin) jest atenuowanym, niezjadliwym prątkiem bydlęcym stosowanym powszechnie do szczepień profilaktycznych przeciw gruźlicy u ludzi i bydła. Prątek ten może wywoływać oportunistyczne infekcje u osób z niedoborami immunologicznymi, np. u chorych na AIDS. Stan nadwrażliwości późnej u osób, w których organizmie znajdują się żywe prątki gruźlicy (po szczepieniu, w czasie i po chorobie) można wykryć próbą tuberkulinową Mantoux lub testem IGRA. Prątek trądu dysponuje podobnymi czynnikami chorobotwórczości, jak prątki gruźlicy. Mycobacterium leprae wywołuje trąd – przewlekłą chorobę, występującą głównie w krajach strefy tropikalnej Afryki i Azji. Zmiany chorobowe obejmują przede wszystkim skórę i nerwy czuciowe. Rodzaj Borrelia B. burgdorferi (krętek boreliozy z Lyme) – wywołuje chorobę z Lyme; wektorem przenoszącym są kleszcze z rodzaju Ixodes B. recurrentis (krętek duru powrotnego) – wywołuje dur powrotny epidemiczny; wektorem przenoszącym jest wesz ludzka. Krętki Borrelia są gramujemnymi bakteriami spiralnymi, o nieregularnych skrętach. Hoduje się je na specjalnych pożywkach zawierających m.in. surowicę. Są mikroaerofilami. Rosną bardzo wolno (od 2 do 6 tygodni). Postępowanie diagnostyczne opiera się na testach serologicznych. 155 Czynnikami chorobotwórczości tych krętków są: toksyczny LPS i peptydoglikan, mające działanie immunomodulujące. Borelioza z Lyme (miasto w USA) występuje u ludzi po ukąszeniu przez kleszcza zakażonego krętkiem Borrelia burgdorferi. Naturalnym miejscem bytowania tych krętków są organizmy kleszczy, gryzoni i jeleni. Krętki, mnożąc się w organizmie, powodują uogólnioną infekcję z zapaleniem stawów, zaburzeniami neurologicznymi (zapalenie opon mózgowordzeniowych) oraz kardiologicznymi. Pierwszym objawem choroby często, ale nie zawsze, jest rumień w miejscu ukąszenia - tzw. „rumień wędrujący” (szerzący się koncentrycznie od punktu ukąszenia). Borrelia recurrentis wywołuje przenoszony przez wesz dur powrotny epidemiczny. Rezerwuarem krętków jest człowiek. Choroba charakteryzuje się nawrotami wysokiej gorączki i występującym przy tym odurzeniem. Rodzaj Treponema T. pallidum subsp. pallidum (krętek blady) – występuje tylko w organizmie ludzi chorych na kiłę (syfilis). Komórki mają postać sprężynek o regularnych skrętach. Krętki te są gramujemne, lecz słabo barwią się barwnikami anilinowymi („blady”). Do barwienia preparatów używa się metody negatywnej lub ogląda żywe, poruszające się krętki w mikroskopie z ciemnym polem widzenia albo kontrastowo-fazowym. Krętek blady nie daje się hodować na pożywkach. Do celów doświadczalnych namnaża się krętki wprowadzając badany materiał do jąder królika. Czynniki chorobotwórczości krętka bladego są słabo poznane. Są to białka odpowiedzialne za adhezję do komórek gospodarza (głównie śródbłonka naczyniowego) oraz hialuronidaza warunkująca rozprzestrzenianie w organizmie. 156 Kiła jest przewlekłą chorobą, przenoszoną głównie drogą płciową. Nieleczona przebiega w czterech etapach. Objawy kiły pierwotnej pojawiają się po upływie 3-4 tygodni od zakażenia i mają postać niebolesnego owrzodzenia w miejscu wtargnięcia krętków do organizmu oraz powiększenia okolicznych węzłów chłonnych. Owrzodzenie goi się bez pozostawienia blizny. Kiła II okresu (wtórna) charakteryzuje się uogólnionym powiększeniem węzłów chłonnych, wysypką plamistogrudkową, obejmującą również dłonie i podeszwy stóp. Występują też objawy przypominające grypę. To stadium choroby trwa do około 6 miesięcy od chwili zakażenia. W tym czasie krętki mnożą się i rozsiewają drogą krwi po całym organizmie. W kile III (po 2-5 latach) i IV okresu (po 10-20 latach od zakażenia) są już trwałe zmiany w licznych narządach i leczenie jest nieskuteczne. Wskutek zaatakowania układu nerwowego, pojawiają się liczne objawy neurologiczne (porażenia, zaburzenia czucia) oraz zaburzenia psychiczne. U dzieci urodzonych przez matki chore na kiłę występuje kiła wrodzona. Rodzaj Brucella – pałeczki brucelozy Bakterie te występują w organizmach przewlekle chorych zwierząt hodowlanych (kozy, owce, bydło, świnie). Są to gramujemne, bardzo drobne (ziarenkowate) pałeczki. Hoduje się je na pożywkach wzbogaconych. Są tlenowcami; niektóre gatunki wymagają do hodowli zwiększonej ilości dwutlenku węgla (10%). Wytwarzają oksydazę cytochromową, katalazę i ureazę. Pałeczki Brucella spp. mają zdolność przeżywania i mnożenia się w makrofagach – są fakultatywnymi pasożytami wewnątrzkomórkowymi. U zwierząt hodowlanych powodują zakaźne poronienia. U ludzi wywołują przewlekłą chorobę – brucelozę, atakującą głównie układ kostno-stawowy i narządy wewnętrzne (śledziona, wątroba, węzły chłonne). Bruceloza jest zoonozą. Człowiek zakaża się przez kontakt z chorymi zwierzętami (weterynarze, hodowcy) bądź przez spożywanie surowych produktów spożywczych (mleko, mięso). 157 Rodzaje Mycoplasma i Ureaplasma – mikoplazmy M. pneumoniae – wywołuje „atypowe” zapalenia płuc. M. hominis, U. urealyticum – odpowiedzialne są za oportunistyczne infekcje dróg moczowo-płciowych. Mikoplazmy są bakteriami charakteryzującymi się brakiem ściany komórkowej. Są polimorficzne, od bardzo drobnych ziarenek do długich nitek. Do wzrostu wymagają wzbogaconych pożywek, zawierających cholesterol. Rosną wolno w warunkach tlenowych lub mikroaerofilnych. Kolonie mikoplazm przypominają wyglądem sadzone jaja. Są bardzo drobne, ogląda się je przy użyciu lupy. Największą rolę w chorobotwórczości mikoplazm odgrywa adhezja do komórek błon śluzowych układu oddechowego (M. pneumoniae) układu moczowo-płciowego (M. hominis, U. urealyticum). Pewne znaczenie mają też enzymy: ureaza, proteazy – proteaza IgA1. Mycoplasma pneumoniae wywołuje „atypowe” śródmiąższowe zapalenie płuc, które może być powikłane zapaleniem opon mózgowo-rdzeniowych, zapaleniem mięśnia sercowego, zapaleniem stawów. Po przebytych chorobach może pozostawiać nosicielstwo. Mycoplasma hominis i Ureaplasma urealyticum kolonizują często układ moczowo-płciowy osób aktywnych seksualnie. Mogą wywoływać oportunistyczne infekcje układu moczowo-płciowego: odmiedniczkowe zapalenie nerek, zapalenie jajników i jajowodów, najądrzy i gruczołu krokowego, nierzeżączkowe zapalenie cewki moczowej u mężczyzn. Mogą również być przyczyną gorączki połogowej i poronień. Mikoplazmy te przenoszą się drogą płciową. 158 Rodzaj Chlamydia i Chlamydophila - chlamydie Chlamydia trachomatis - wywołuje jaglicę i choroby przenoszone drogą płciową. Chlamydophila pneumoniae – powoduje zakażenia układu oddechowego. Chlamydie są obligatoryjnymi (bezwzględnymi) pasożytami wewnątrzkomórkowymi. Mogą namnażać się tylko wewnątrz komórek gospodarza. Są nazywane pasożytami „energetycznymi”, ponieważ nie mogą syntetyzować ATP i czerpią ten związek z zakażonej komórki. Ściana komórkowa chlamydii zawiera lipopolisacharyd, lecz brak w niej peptydoglikanu. Chlamydie charakteryzuje specyficzny cykl życiowy, w którym występują w dwóch podstawowych postaciach: ciałko elementarne – zewnątrzkomórkowa forma zakaźna, która wnika do komórki docelowej; ciałko siateczkowate – wewnątrzkomórkowa, niezakaźna forma replikacyjna, która powstaje w komórce po kilku godzinach od wniknięcia ciałka elementarnego. Z ciałek siateczkowatych, przez ich skupienie, tworzy się ciałko pośrednie. Ciałka siateczkowate dzielą się i powstają z nich ciałka elementarne. Wypełniony nimi fagosom nazywany jest ciałkiem wtrętowym, które można zobaczyć pod mikroskopem. Ciałka elementarne opuszczają komórkę, która ulega zniszczeniu (działanie cytotoksyczne) i zakażają kolejne komórki organizmu lub nowego gospodarza. Gatunek Chlamydia trachomatis dzieli się na dwa biotypy. Szczepy należące do biotypu TRACHOMA wywołują ciężką chorobę oczu – jaglicę, wtrętowe zapalenie spojówek, a także zapalenie płuc i spojówek u noworodków (zakażonych podczas porodu). Powodują także choroby przenoszone drogą płciową: nierzeżączkowe i porzeżączkowe zapalenie cewki moczowej oraz inne stany zapalne narządów płciowych wewnętrznych u kobiet i mężczyzn. Szczepy 159 biotypu LGV wywołują również chorobę przenoszoną przez kontakt płciowy – ziarniniak weneryczny. Chlamydophila pneumoniae jest czynnikiem etiologicznym zapalenia oskrzeli i płuc oraz gardła i zatok o atypowym przebiegu. Częste infekcje tymi bakteriami mogą przyczyniać się do rozwoju astmy i nowotworów płuc. Ostatnio przypisuje się temu gatunkowi udział w powstawaniu chorób układu krążenia (miażdżyca, choroba wieńcowa) i układu nerwowego (choroba Alzheimera, stwardnienie rozsiane). C. pneumoniae przenosi się drogą kropelkową. Rodzaj Rickettsia – riketsje Grupa duru wysypkowego: R. prowazekii – wywołuje dur wysypkowy/plamisty epidemiczny, R. typhi – wywołuje dur wysypkowy/plamisty endemiczny (szczurzy). Grupa gorączek plamistych: wiele gatunków Riketsje są obligatoryjnymi pasożytami wewnątrzkomórkowymi. Powodują choroby ludzi i zwierząt (ssaki i stawonogi). Są to bardzo drobne, polimorficzne, gramujemne pałeczki. Źle barwią się metodą Grama, stosuje się do ich barwienia metodę Giemsy lub Gimeneza. Riketsje nie rosną na pożywkach bakteriologicznych. Można je jedynie namnażać w zarodkach kurzych albo w hodowlach komórek (np. kurze fibroblasty). Riketsje działają cytotoksycznie na komórki, szczególnie na śródbłonek naczyń krwionośnych. Riketsje są przenoszone na człowieka od chorych ludzi lub zwierząt przez wszy, pchły, kleszcze i roztocza, które także mogą być rezerwuarem tych bakterii. Do zakażenia dochodzi wskutek ukąszenia lub wtarcia w uszkodzoną skórę wydalin zakażonych stawonogów. Choroby wywoływane przez rodzaj Rickettsia dzielą się na dwie grupy: grupę duru wysypkowego i grupę gorączek plamistych. 160 Dury wysypkowe to: dur plamisty epidemiczny (R. prowazekii) przenoszony przez wszy odzieżowe (rezerwuarem zarazka jest człowiek) i dur plamisty endemiczny/szczurzy (R. typhi), przenoszony przez pchły szczurze (rezerwuarem są szczury i inne gryzonie). Choroby te występują na całym świecie. Gorączki plamiste, przenoszone przez kleszcze lub roztocza, przypisane są zwykle do określonych regionów geograficznych, np. gorączka plamista Gór Skalistych. W Polsce pojawiła się ostatnio przenoszona przez kleszcze gorączka plamista wywoływana przez R. helvetica. Metody Metoda barwienia preparatów bakteryjnych Ziehla-Neelsena Barwienie metodą Ziehla-Neelsena umożliwia wykrycie bakterii kwasoalkoholo-opornych (Mycobacterium, Nocardia). Jedynie one przyjmują i utrzymują w toku barwienia barwnik podstawowy. W metodzie tej wykorzystuje się kolejno następujące odczynniki: barwnik podstawowy - fenolowy roztwór fuksyny zasadowej (fuksyna karbolowa); odbarwiacz - alkohol etylowy z dodatkiem 3% HCl (alkohol zakwaszony); barwnik kontrastowy- alkoholowo-wodny roztwór błękitu metylenowego (błękit metylenowy). 161 Zadania do wykonania Zadanie 1 Cechy bakterii z rodzajów opisanych w tym rozdziale. Uzupełnij tabelę wpisując nazwy gatunków lub rodzajów bakterii Cecha Gatunek lub rodzaj Przenoszone przez wszy Nie hodują się na pożywkach Kwasooporne Przenoszone drogą płciową Namnażają się tylko w komórkach żywego organizmu 162 Wywołują gruźlicę Wywołują kiłę Wywołują zoonozy, w których źródłem zakażenia jest mleko i mięso Charakteryzują się specyficznym cyklem rozwojowym Nie mają ściany komórkowej Przenoszone przez kleszcze 163 164 Rozdział 13 Wirusologia Część teoretyczna Cechy wirusów zwierzęcych Wirusy są bezwzględnymi (obligatoryjnymi) pasożytami wewnątrzkomórkowymi, odtwarzają się wyłącznie wewnątrz żywej komórki gospodarza. Nie wykazują organizacji komórkowej. Nośnikiem informacji genetycznej jest kwas nukleinowy jedno- (ss) lub dwuniciowy (ds) DNA lub RNA. Zdolne do zakażania ich cząstki nazywamy wirionami. Wymiary wirionów zawierają się w granicach od 20 nm do 300 nm. Rdzeń wirusa jest nukleoproteiną, którą tworzy odpowiedni dla określonego wirusa kwas nukleinowy i związany z nim kapsyd. Budują go polipeptydowe jednostki morfologiczne – kapsomery. Architektura kapsydu określa kształt wirusa. Kapsomery mogą być ułożone w symetrii kubicznej (ikosaedralnej) lub spiralnej (helikalnej). Niektóre wirusy mają białkowo-lipidową osłonkę. Pochodzi ona z błony jądrowej lub cytoplazmatycznej komórki gospodarza, ale jest zmodyfikowana przez glikoproteiny kodowane genomem wirusa. Z cząsteczką wirionu (nukleokapsydem bądź osłonką) mogą być związane enzymy (np. odwrotna transkryptaza) i inne białka (np. hemaglutynina) istotne dla replikacji i chorobotwórczości wirusów. W zakażeniu produktywnym komórki zwierzęcej, prowadzącym do powstania wirionów potomnych, wyróżnia się następujące fazy: adsorpcji, penetracji, odpłaszczania, eklipsy czyli utajenia, dojrzewania i elucji (uwalniania). Bakteriofagi Bakteriofagi są grupą wirusów rozwijających się wyłącznie w komórkach bakteryjnych. Charakteryzują się wysoką swoistością do gospodarza. W wielu przypadkach ograniczona jest ona do kilku szczepów w obrębie 165 gatunku bakterii. Cecha ta związana jest z obecnością na powierzchni komórki bakteryjnej specyficznych receptorów i ma ogromne znaczenie praktyczne. Wysoką specyficzność łączenia z receptorami wykorzystuje się w wewnątrzgatunkowej identyfikacji bakterii w dochodzeniach epidemiologicznych - typowania bakteriofagowego. W ostatnich latach powrócono do idei wykorzystywania bakteriofagów w leczeniu chorób infekcyjnych powodowanych przez niektóre bakterie. Bakteriofagi ze względu na typy symetrii i kształty, które wykazują podzielono na grupy. Znane są fagi nitkowe o symetrii spiralnej oraz fagi o symetrii kubicznej. Genom większości bakteriofagów zbudowany jest z dsDNA. Bakteriofagi mogą atakować komórki bakterii według dwóch scenariuszy. Bakteriofagi zjadliwe po wniknięciu i namnożeniu się w komórce wywołują jej lizę. Cykl ten nazywany jest litycznym. Jest to zakażenie produktywne, gdyż tworzone są liczne potomne bakteriofagi. Komórka gospodarza ulega rozpadowi (lizie). Bakteriofagi mogą po zakażeniu komórki bakteryjnej włączać swoje DNA do jej genomu, nie wytwarzać potomnych bakteriofagów i nie uszkadzać w widoczny sposób komórki gospodarza. Wszystkie potomne pokolenia zakażonej komórki bakterii będą zawierać kopie genomu bakteriofaga. Stan ten nazywamy lizogenią, a zintegrowany z genomem komórki gospodarza genom wirusa – profagiem. Pod wpływem różnych bodźców taki cykl może jednak przekształcić się w cykl lityczny. Zakażając komórki i uwalniając się z nich bakteriofagi mogą uczestniczyć w procesie transdukcji – horyzontalnego przenoszenia genów bakteryjnych. Hodowla wirusów Obligatoryjne pasożyty wewnątrzkomórkowe, jakimi są wirusy, nie mogą być hodowane na sztucznych pożywkach. Aby je namnożyć trzeba użyć żywych komórek, uwzględniając powinowactwo wirusów do określonych komórek gospodarzy. 166 Bakteriofagi mnoży się w hodowlach odpowiednich szczepów bakterii na podłożach płynnych lub stałych. W hodowli płynnej wskutek lizy bakterii obserwuje się zanik jej mętności, w przesączu są obecne liczne bakteriofagi. Na podłożu stałym zniszczenie komórek bakteryjnych objawia się powstaniem przejaśnień, tzw. „łysinek” w murawie bakterii rosnących na powierzchni płytki. Wirusy zwierzęce można namnażać wykorzystując zwierzęta doświadczalne, zarodki ptasie lub hodowle komórek eukariotycznych. Metody namnażania wirusów w organizmach zwierząt laboratoryjnych zostały zastąpione przez hodowle komórkowe (tkankowe). Zarodki ptasie najczęściej kurze, czasem kacze, zakażane są poprzez wprowadzenie zawiesiny wirusów do jamy owodniowej, jamy omoczniowej, woreczka żółtkowego lub na błonę kosmówkowoomoczniową. Metoda ta stosowana była do namnażania wirusów świnki, grypy oraz grypy rzekomej. Zakażanie hodowli komórek eukariotycznych stało się najczęściej stosowaną metodą namnażania wirusów. Hodowle tych komórek in vitro prowadzone są na powierzchni ścianek specjalnych naczyń hodowlanych. Komórki przylegają do nich, a dzieląc się, tworzą zwykle jednolitą warstwę (ang. monolayer). Przygotowuje się hodowle tkanek: pierwotne - przygotowywane ze świeżo pobranych tkanek; nie można ich pasażować; półciągłe - przygotowywane z komórek diploidalnych wywodzących się najczęściej z różnych tkanek płodowych; można je pasażować 30-50 razy; ciągłe - sporządzane z ustabilizowanych linii heteroploidalnych pochodzących głównie z tkanek nowotworowych (np. HeLa); mogą być pasażowane nieskończoną ilość razy. Hodowle ciągłe są wykorzystywane w celach diagnostycznych lub naukowych, natomiast hodowle pierwotne i półciągłe także przy produkcji szczepionek. 167 Metody wykrywania i identyfikacji wirusów Dzięki mikroskopii elektronowej można wprawdzie bezpośrednio oglądać wirusy, jednak ta technika nie ma rutynowego zastosowania. Diagnostyka wirusologiczna może się opierać na izolacji i hodowli wirusów, poszukiwaniu antygenów wirusowych metodami serologicznymi, metodach opartych na biologii molekularnej (poszukiwaniu genów wirusowych) lub poszukiwaniu antygenów wirusowych czy oznaczaniu przeciwciał przeciwwirusowych w surowicach pacjentów (metody serologiczne). Obecnie największe znaczenie mają metody oparte na wykrywaniu w próbkach klinicznych materiału genetycznego wirusów oraz ich antygenów lub przeciwciał przeciw nim skierowanych. Te dwie ostatnie metody obejmują wiele wspólnych technik, w których trzeba dysponować wzorcowymi surowicami odpornościowymi lub zawiesinami antygenów wirusowych. Wykrywanie obecności wirusów w hodowlach Jedna z metod wykrywania obecności wirusów w zakażonych hodowlach tkankowych jest ocena obrazu zmian degeneracyjnych komórek zakażonej hodowli obserwowanych w mikroskopie świetlnym. Zmiany te określane są jako efekt cytopatyczny (CPE). Widoczny pod mikroskopem charakter tych zmian może sugerować zakażenie komórek wirusem należącym do określonej rodziny. Zakażone komórki mogą zmieniać swój kształt, ulegać zaokrągleniu, kurczyć się, oddzielać od siebie, tworzyć wielojądrzaste twory, nazywane syncytiami. Wewnątrz komórek mogą pojawiać się ciała wtrętowe, będące agregatami wirusów. Nie wszystkie wirusy powodują takie zmiany mimo zakażenia i mnożenia się w komórkach tkanki. Jeżeli badany wirus nie wywołuje efektu cytopatycznego, jego obecność w hodowli komórkowej możemy ujawnić dzięki zjawisku interferencji wirusowej, która wynika z faktu, że dwa różne wirusy nie mogą rozwijać się w tej samej komórce. Do hodowli komórkowej zakażanej materiałem podejrzanym o obecność poszukiwanego wirusa, o którym wiadomo, że nie wywołuje efektu cytopatycznego (np. wirus różyczki), wprowadzany jest wirus wskaźnikowy, który posiada tę zdolność (np. ECHO). Jeżeli po 168 określonym okresie inkubacji w hodowli komórkowej nie pojawią się efekty cytopatyczne charakterystyczne dla wirusa ECHO, można wnioskować, że wirus obecny w badanym materiale nie dopuścił do zakażenia komórek wirusem wskaźnikowym. Wirusy, których osłonki zawierają hemaglutyniny mogą być pośrednio wykrywane za pomocą techniki hemadsorbcji. W czasie replikacji, przed uwolnieniem, wirusy wbudowują swe hemaglutyniny w błonę zakażonej komórki. Gdy po kilku dniach od momentu zakażenia hodowli komórkowej wirusami dodać do niej zawiesinę erytrocytów, przylegają one do komórek zakażonych wirusami, za pośrednictwem tych hemaglutynin. Zjawisko to można obserwować gołym okiem. Gdy wirusy, które mają w swojej osłonce hemaglutyniny, zostaną uwolnione z zakażonych komórek do podłoża płynnego, po dodaniu do niego zawiesiny erytrocytów nastąpi hemaglutynacja. Metoda ta pozwala nie tylko na wykrycie obecności wirusa w badanym materiale, ale także umożliwia określenie jego ilości przez wyznaczenie miana. Jest to odwrotność największego rozcieńczenia tego płynu, w którym widoczne będzie gołym okiem zlepienie krwinek. W celu identyfikacji namnożonego w hodowli wirusa należy jednak przeprowadzić dodatkowe badania. Identyfikacja antygenów wirusowych metodami serologicznymi Dokładną identyfikację wirusów można osiągnąć metodami serologicznymi, wykrywając w badanej próbce antygeny wirusowe. Stosuje się znane wzorcowe surowice zawierające przeciwciała przeciwko określonym gatunkom wirusów. Przeciwciała te mogą znosić zdolności zakaźne wirionów lub bezpośrednio reagować z antygenami wirusa jeśli jest on obecny w badanym materiale. Odczyny serologiczne polegające na zniesieniu zdolności zakażania. Odczyn neutralizacji polega na połączeniu znanych przeciwciał z zawiesiną wirusów namnożonych w hodowli komórkowej, powodujących w niej określone zmiany. Po inkubacji mieszaniny zakaża się nią nową, wrażliwą hodowlę komórkową. Brak efektu cytopatycznego uznaje się za wynik 169 wskazujący na właściwie wybraną surowicę (swoiste przeciwciała) i pozwala zidentyfikować te wirusy. Odczyn zahamowania hemadsorpcji wykonuje się podobnie jak odczyn neutralizacji. Łączy się odpowiednią surowicę odpornościową z zawiesiną wirusów wykazujących właściwości hemadsorpcyjne. Mieszaniną tą zakaża się hodowlę komórkową. O wyniku dodatnim odczynu świadczy brak przylegania krwinek do komórek w tej hodowli. W odczynie zahamowania hemaglutynacji po dodaniu do zawiesiny wirusów odpowiednich znanych przeciwciał nie obserwuje się zjawiska aglutynacji erytrocytów. Odczyny te stosuje się jednak coraz rzadziej, gdyż obecnie większość odczynów serologicznych opiera się na odpowiednio zwizualizowanych reakcjach bezpośrednich. Odczyny, w których następuje bezpośrednie wiązanie się przeciwciał z antygenami wirusowymi. W odczynie immunofluorescencji bezpośredniej wykorzystywane są surowice zawierające przeciwciała znakowane fluorochromem. Badany materiał, umieszczony na szkiełku podstawowym, inkubuje się ze znaną, znakowaną tak surowicą. Po odpłukaniu nadmiaru surowicy preparat ogląda się w mikroskopie fluorescencyjnym. O obecności wirusów w badanym materiale świadczą punkty emitujące fluorescencję obserwowane w polu widzenia mikroskopu fluorescencyjnego. W odczynach lateksowych swoiste przeciwciała przeciwwirusowe są związane z cząsteczkami lateksu. Dodanie do zawiesiny tych cząsteczek kropli badanego materiału, w którym znajduje się poszukiwany wirus, powoduje związanie wirionów z przeciwciałami, co można ocenić gołym okiem, obserwując aglutynację cząstek lateksu. Odczyny immunoenzymatyczne mogą być wykorzystywane do wykrywania w materiale badanym zarówno antygenów wirusa, jak i swoistych przeciwciał skierowanych przeciwko danemu wirusowi. Identyfikacja wirusów metodami molekularnymi Nowoczesne techniki biologii molekularnej pozwalają na dokładną identyfikację przez wykrywanie i analizę genomów wirusów izolowanych 170 z zakażonych komórek pacjenta. Stosowane są miedzy innymi metody hybrydyzacji wirusowego kwasu nukleinowego z sondami genetycznymi. Sondą jest tu nić DNA lub RNA o znanej sekwencji, komplementarnej do sekwencji poszukiwanych wirusów. Sondę znakuje się np. fluorochromem lub enzymami. Komplementarne nici ulegają spontanicznej hybrydyzacji, co uwidacznia się odpowiednimi technikami. Nawet niewielką ilość kwasu nukleinowego wirusa w materiale klinicznym można wykryć wykorzystując metodę amplifikacji odpowiednich sekwencji z wykorzystaniem łańcuchowej reakcji polimerazy (PCR; ang. polimerase chain reaction) i metod pokrewnych (np. RT-PCR). W poszukiwaniach nieznanego wirusa wywołującego zakażenie w obrębie określonego układu (oddechowego, moczo-płciowego i in.) stosuje się PCR z kilkoma starterami: Multiplex PCR. Metody molekularne pozwalają też na oznaczenia ilościowe w oparciu o Real-time PCR, co pozwala monitorować przebieg chorób: np. cytomegalii czy zapalenia wątroby. Wykonuje się też badania specjalne jak określanie lekooporności wirusów czy ich genotypowanie. Wykrywanie chorych przeciwciał przeciwwirusowych w surowicach W rozpoznawaniu infekcji wirusowej niezwykle istotne znaczenie mają charakterystyczne objawy kliniczne. Diagnostyka laboratoryjna zwykle potwierdza rozpoznanie przez wykrycie specyficznych przeciwciał przeciwwirusowych w surowicy pacjenta. Określane są miana przeciwciał w surowicy otrzymanej z krwi w ostrym okresie choroby oraz po upływie 10-14 dni od czasu pobrania pierwszej próbki. Czterokrotny wzrost miana przeciwciał w drugiej próbce surowicy przyjmuje się jako wynik dodatni. Takie badanie daje jednak dane retrospektywne, przydatne przede wszystkim dla celów epidemiologicznych. Ważną dla postępowania leczniczego informację o świeżym lub dawno przebytym zakażeniu wirusowym można uzyskać poszukując w surowicy specyficznych przeciwciał określonej klasy. Wykrycie wysokiego miana IgM świadczy o nowej infekcji, podczas gdy niskie miano IgM i wysokie IgG świadczy o odporności uzyskanej w wyniku wcześniejszej choroby lub szczepienia. Rozpoznanie świeżego zakażenia może być też dokonane 171 w oparciu o określenie awidności przeciwciał IgG która we wczesnym okresie choroby jest niska. W obu tych przypadkach wystarczy wtedy jedna próbka krwi pacjenta. Do klasycznych metod serologicznych, w których wykrywa się przeciwciała przeciwwirusowe zalicza się odczyn neutralizacji, odczyn zahamowania hemaglutynacji, odczyn zahamowania hemadsorpcji oraz odczyn wiązania dopełniacza. W metodach tych wykorzystywane są znane antygeny wirusowe do poszukiwania skierowanych przeciwko nim przeciwciał w surowicy pacjenta. Obecnie w diagnostyce chorób wirusowych najczęściej wykorzystywane są jednak: odczyn immunofluorescencji pośredniej, enzymatyczny odczyn adsorpcyjny (ELISA), odczyn immunoenzymatyczny (EIA) oraz metoda immunoblottingu (Western blotting). Wrażliwość wirusów na czynniki chemiczne Wrażliwość wirusów na środki dezynfekcyjne zależy od szeregu czynników z których najważniejsze to: struktura wirionu, przede wszystkim obecności lipoproteinowej osłonki, zdolność do tworzenia agregatów, zdolność adsorpcji do powierzchni, obecność w środowisku substancji białkowych. Rozpuszczalniki organiczne (chloroform, czterochlorek węgla, etery) niszczą wirusy osłonkowe. Bezosłonkowe są niewrażliwe, także na alkohol. Ze względu na zależną od struktury wrażliwość wirionów na wpływ warunków środowiska wyróżnia się trzy ich grupy: wirusy silnie hydrofilne, bezosłonkowe: wirus polio, parvowirusy, wirus zapalenia wątroby HAV, wirusy Coxsackie, które są najbardziej oporne na działanie warunków środowiska; wirusy słabo hydrofilne, bardziej wrażliwe od poprzednich na wpływ środowiska: adenowirusy, rotawirusy, kaliciwirusy; 172 wirusy lipofilne, osłonkowe, które ulegają inaktywacji pod wpływem czynników chemicznych: wirusy herpes, wirusy zapalenia wątroby HBV i HCV oraz wirus HIV. Komitet Europejski ds. Standaryzacji ustanowił, że w badaniach skuteczności wirusobójczej preparatów dezynfekcyjnych i antyseptyków wzorcowymi będą wirusy polio oraz adenowirusy. Kryterium decydującym o aktywności wirusobójczej danego preparatu jest jego zdolność do obniżenia miana zakaźnego wirusa o log 4 (10-4), co oznacza utratę zakaźności w 99,99% w czasie nie przekraczającym jednej minuty. Środki dezynfekcyjne aktywne wobec wirusów można podzielić na trzy grupy. Silnie działające w stosunku do wszystkich wirusów – aldehydy : glutarowy, mrówkowy, ortoftalowy oraz kwas nadoctowy; Umiarkowane działające – chlor i jego pochodne, alkohol etylowy w stężeniu 75%, fenol i jego pochodne (chlorokrezol, chloroksylenol, dwufenol – triklosan, 1-benzyl-4-chlorofenol, 2-fenylofenol, paraamylofenol) oraz jodyna; Słabo działające (działające tylko na wirusy osłonkowe) – chlorek i bromek benzalkoniowy i cetrimid, dichlorowodorek oktenidyny, chlorheksydyna i aleksydyna i jodofory. Wrażliwość wirusów na czynniki fizyczne Większość wirusów traci zakaźność po 30 minutach inkubacji w temperaturze 60°C. Obecność w środowisku kationów dwuwartościowych zmniejsza negatywny wpływ wyższych temperatur. Oporny na wysokie temperatury jest wirus zapalenia wątroby typu B (HBV), który nie ginie nawet w temperaturze 100°C. Wirusy dobrze tolerują niskie temperatury. W temperaturze 4°C wirusy mogą zachować swoją aktywność nawet przez wiele miesięcy, a w stanie zamrożenia przez wiele lat. Poza organizmem gospodarza wiriony dłużej zachowują zakaźność w środowisku wilgotnym. Większość wirionów jest stabilna w środowisku o pH w granicach od 5 do 8. 173 Promienie UV o długości fali 260 nm, w zależności od dawki i czasu ekspozycji, mogą działać na genom wirusa letalnie lub mutagennie. Promieniowanie jonizujące powoduje nieodwracalne uszkodzenie genomu wirusa. Szczepionki przeciwwirusowe Przyczynowe leczenie infekcji wirusowych jest często trudne ze względu na niewielką liczbę swoiście działających leków. Skuteczną metodą zapobiegania tym zakażeniom jest stosowanie szczepień ochronnych. Część z nich wchodzi w skład kalendarza szczepień obowiązkowych dzieci i młodzieży. Szczepionki przeciwwirusowe zawierają materiał antygenowy, zdolny wywołać odpowiedź immunologiczną i pozostawić w organizmie komórki pamięci immunologicznej pozwalające na szybką reakcję odpornościową w sytuacji ponownego spotkania z wirusami. Tym samym zapobiegają one chorobom wirusowym, często groźnym dla życia. Szczepionki mogą zawierać żywe atenuowane wirusy, które pozbawione są cech zjadliwości, a mogą mnożyć się w organizmie stymulując odporność. Atenuację uzyskuje się obecnie metodami genetycznymi, wywołując mutacje – wielopunktowe delecje. Szczepionki mogą zawierać także wirusy zabite (szczepionki inaktywowane). Coraz częściej konstruuje się szczepionki podjednostkowe – zawierające tylko fragmenty wirionów lub odpowiednie białka wirusowe mające właściwości protekcyjne. Metody Hemaglutynacja wirusowa Odczyn hemaglutynacji wirusowej pozwala na wykrywanie i ocenę ilościową wirusów, których wiriony zawierają hemaglutyninę, np. wirusa grypy. Nastawiany jest zwykle w mikroskali – na pleksiglasowych płytkach titracyjnych o wgłębieniach o pojemności ok. 100 L. - W dołkach płytki dokonuje się szeregu dwukrotnych rozcieńczeń badanego materiału zawierającego wirusy w roztworze fizjologicznym NaCl. 174 - Następnie do dołków dodaje się zawiesinę krwinek ludzkich grupy 0. - Inkubacja płytki w temperaturze pokojowej już po ok. 2 godzinach ujawnia powstawanie aglutynatów krwinek. Są one widoczne jako ziarnisty osad pokrywający dno zagłębienia. - Brak hemaglutynacji objawia się opadnięciem krwinek na dno dołka. - Znajdując największe rozcieńczenie, w którym hemaglutynacja wystąpiła określa się miano wirusa. Wartość ta we względny sposób określa liczbę cząstek wirusa w badanym płynie. Zadania do wykonania Zadanie 1 Odczytanie odczynu hemaglutynacji wirusowej Należy obliczyć miano hemaglutynacyjne wirusa grypy w płynie pobranym z zakażonego doowodniowo zarodka kurzego. Zadanie 2 Szczepionki przeciwwirusowe Uzupełnij tabelę: Wirus Genom DNA /RNA Szczepionka atenuowana/ inaktywowana/ podjednostkowa Szczepienia obowiązkowe/ zalecane Zapalenie wątroby typu A Zapalenie wątroby typu B Różyczka 175 Odra Brodawczaki narządów płciowych Zapalenie przyusznic Poliomyelitis Grypa Odkleszczowe zapalenie mózgu Wścieklizna Ospa wietrzna i półpasiec Biegunka rotawirusowa 176 Rozdział 14 Mikologia Część teoretyczna Budowa grzybów Grzyby są organizmami eukariotycznymi. Unikatowa ściana komórkowa grzybów zawiera m. in. chitynę, mannany i glukany. W błonie cytoplazmatycznej grzybów obecne są sterole (ergosterol). Substancje zapasowe gromadzone w komórce grzybów to głównie tłuszcze i glikogen. Komórki grzybów są większe od komórek bakteryjnych (2-40 μm). Na podstawie budowy oraz ze względów praktycznych i klinicznych grzyby dzieli się na cztery grupy: drożdże i grzyby drożdżopodobne, pleśniowe (nitkowate), dermatofity oraz grzyby dimorficzne. Grzyby występują w postaci strzępek, pseudostrzępek, lub luźno ułożonych komórek wegetatywnych. Rozgałęzione strzępki tworzą plechę (grzybnię). Jej górną warstwę stanowi grzybnia rozrodcza (reprodukcyjna), na której powstają zarodniki płciowe lub bezpłciowe. Wzrastające w formie mycelialnej grzyby mające udział w patogenezie chorób u człowieka wytwarzające grzybnię, na podłożach sztucznych dają puszyste kolonie. Grzyby rosnące w postaci wolnych pojedynczych komórek wegetatywnych należą głównie do drożdży lub grzybów drożdżopodobnych (drożdżaków). W hodowlach na podłożach stałych dają one płaskie kolonie, podobne do bakteryjnych. Niektóre drożdżaki (np. Candida albicans) w zakażonym organizmie mogą wytwarzać pseudostrzępki, które ułatwiają penetrację zajętych tkanek. Niektóre grzyby mogą wykazywać zróżnicowany wzrost, w zależności od warunków środowiska. Grzyby dimorficzne (dwupostaciowe, dwufazowe) występują często w postaci grzybni w środowisku, a w zakażonych tkankach przyjmują formę drożdżaków. 177 Rozmnażanie grzybów Stadium rozmnażania płciowego u grzybów nazywane jest stadium teleomorficznym (doskonałym). Większość grzybów chorobotwórczych w zakażonym organizmie występuje jedynie w formie anamorficznej (niedoskonałej). Rozmnażanie bezpłciowe grzybów obejmuje tworzenie zarodników lub fragmentację grzybni. Zarodniki mogą mieć charakter endogeniczny, a powstające w workopodobnej zarodni (sporangium) umieszczonej na strzępkach zarodnionośnych (sporangiofory) noszą nazwę zarodników sporangialnych (sporangiospory). Zarodniki egzogenicznie tworzone są na strzępkach (aleurospory), pseudostrzępkach i komórkach wegetatywnych (blastospory) czy specjalnych strukturach - konidioforach (fialospory). Przez fragmentację grzybni uwalniane są artrospory (konidia plechowe). Konidia przetrwalne (chlamydospory) mają grubą ścianę oporną na działanie czynników zewnętrznych i uwalniane są w warunkach niekorzystnych, np. głodu, ale mogą wchodzić również w cykl rozwojowy niektórych rodzajów. Klasyfikacja grzybów i ich znaczenie kliniczne Klasyfikacja grzybów ulega ciągłej zmianie, opiera się ona zarówno na ich rzeczywistym pokrewieństwie genetycznym, jak i na cechach fenotypowych. Tylko niewielka część opisanych gatunków grzybów jest chorobotwórcza dla człowieka. Grzyby wywołujące zakażenia u ludzi należą do następujących, niżej wymienionych klas. Ascomycetes (workowce) stanowią największą grupę grzybów, obejmującą 80% gatunków chorobotwórczych i oportunistycznych. Klasa ta obejmuje pleśnie (Penicillum, Aspergillus), dermatofity (Trichophyton, Epidermophyton i Microsporum), grzyby dimorficzne (Histoplasma, 178 Coccidioides, Sporothrix) oraz Pneumocystis Jirovenci (daw. P. carinii – przez długi czas zaliczane do pierwotniaków). Wśród klasy Basidiomycetes (podstawczaki) najważniejszymi rodzajami są drożdżopodobne grzyby Cryptococcus (oportunistyczny patogen układu oddechowego i ośrodkowego układu nerwowego), Malassezia (Pityrosporum) i Trichosporon (głównie odpowiedzialne za typowe grzybice powierzchniowe). Klasa Zygomycetes obejmuje gatunki występujące w żywności, glebie i powietrzu. Najważniejsze z medycznego punktu widzenia są rodzaje Rhizopus, Mucor i Absidia. Są one typowymi patogenami oportunistycznymi. Wywołują zygomikozę (mukormikozę) nosowomózgową oraz innych narządów i tkanek. Infekcje te występują przede wszystkim u pacjentów chorujących na cukrzycę, a także choroby upośledzające mechanizmy odporności immunologicznej. Deuteromycetes (grzyby niedoskonałe; Fungi imperfecti) są sztuczną jednostką taksonomiczną obejmującą grzyby występujące jedynie w formie anamorficznej. Szeroko zakrojone badania taksonomiczne pozwoliły również na odnalezienie w środowisku teleomorficznych form większości chorobotwórczych gatunków pierwotnie przynależnych do grzybów niedoskonałych. Hodowla grzybów chorobotwórczych Grzyby są organizmami heterotroficznymi i do swojego wzrostu wymagają związków organicznych. Mają niewielkie wymagania pokarmowe i rosną dobrze na podłożach zawierających pepton i węglowodan. Są mezofilami, ale rosną w szerokim zakresie temperatur (10-48°C), co związane jest z miejscem ich naturalnego bytowania. Grzyby izolowane ze skóry osiągną optimum wzrostu w temperaturze 25-35°C, podczas gdy te izolowane z zakażeń narządów wewnętrznych będą lepiej rosły w temperaturze 37°C. Organizmy te są tlenowcami lub względnymi beztlenowcami. Optymalna wartość pH podłoża wynosi 5,0-6,0, jednak wiele gatunków może rosnąć w bardzo szerokim zakresie pH. Ze względu na stosunkowo wolny wzrost grzybów (szczególne nitkowatych) hodowane są one na podłożach wybiórczych hamujących 179 wzrost bakterii, np. zawierających wysokie stężenia sacharozy (nawet 50%) lub antybiotyki przeciwbakteryjne. Klasyczną pożywką do izolacji lub hodowli grzybów jest podłoże Sabouraud (płynne lub stałe), zawierające pepton i 4% glukozy lub maltozy. Chorobotwórczość grzybów Zakażenia grzybicze mogą mieć charakter endogenny bądź egzogenny. Niektóre grzyby, np. Candida, wchodzą w skład mikrobiota organizmu ludzkiego i mogą one stanowić źródło zakażeń endogennych. Infekcje egzogenne mogą być nabywane drogą wziewną (aspergiloza, kryptokokoza), przez kontakt bezpośredni z zakażoną osobą, zwierzęciem, przedmiotem czy glebą (dermatofitozy). Ze względu na drogi wnikania powinowactwo do tkanek oraz na obraz kliniczny grzybice dzieli się na następujące omówione poniżej kategorie. Grzybice powierzchowne Wywołujące je grzyby nie wnikają pod powierzchowne, martwe warstwy naskórka, włosów i paznokci. Zmianom nie towarzyszy też na ogół odpowiedź zapalna lub jest ona niewielka. Grzybicą powierzchowną, występującą często na całym świecie, jest łupież pstry wywoływany przez lipofilny grzyb drożdżopodobny Malassezia furfur. Łupież pstry manifestuje się złuszczającymi wykwitami w kolorze od białego do brązowego, zajmującymi głównie skórę klatki piersiowej, szyi i ramion. Innym przykładem grzybicy powierzchownej jest biała piedra (łupież biały) wywoływana przez Trichosporon beigelli (syn T.cutaneum). Schorzenie cechuje tworzenie białych złogów na włosach, głównie twarzy, pachowych i łonowych. Gatunki te opisywane były również jako czynniki etiologiczne rozsianych zakażeń oportunistycznych u pacjentów z zaburzoną odpowiedzią immunologiczną. Wywoływane przez nie fungemie związane są z wysoką śmiertelnością. 180 Grzybice skóry i błon śluzowych Grzybice skóry i jej przydatków wywoływane są przez dermatofity, ale również grzyby drożdżopodobne oraz pleśnie. Dermatofity są grzybami mającymi zdolność atakowania zrogowaciałych tkanek gospodarza. Grzyby te dysponują zespołem enzymów keratynolitycznych, dzięki czemu penetrują te tkanki. Do dermatofitów należą trzy rodzaje: Trichophyton, Epidermophyton i Microsporum. Wykazują one podobieństwo morfologiczne, fizjologiczne oraz patogenne, a ich różnicowanie często oparte jest na klasyfikacji ekologicznej. Zakażenia wywoływane przez dermatofity (dermatofitozy) dotyczą skóry gładkiej, owłosionej oraz paznokci. Gatunkami najczęściej opisywanymi są T. rubrum i T. mentagrophytes. T. rubrum jest najczęstszym czynnikiem etiologicznym grzybicy stóp i paznokci. Rodzaj Trichophyton może wywoływać grzybice zlokalizowane w dowolnych miejscach skóry i na jej przydatkach. Grzybice stóp i paznokci, a także pachwin i tułowia często wywoływane są przez Epidermophyton floccosum spotykany często w dużych skupiskach ludzi (akademiki, koszary, kąpieliska). Najczęściej opisywany gatunek Microsporum to M. canis. Atakuje on najczęściej skórę owłosioną, a do infekcji tych szczególnie predysponowane są dzieci. Pleśnice skóry są rzadziej opisywane i często towarzyszą one innym zakażeniom grzybiczym. Pleśnice paznokci stóp wywoływane są najczęściej przez Scopulariopsis brevicaulis Grzybice wywoływane przez grzyby drożdżopodobne dotyczą skóry, paznokci, a także błon śluzowych. Głównym czynnikiem etiologicznym tego rodzaju infekcji jest Candida albicans, ale również inne gatunki należące do tego rodzaju (C. tropicalis). Zmiany skórne pojawiają się najczęściej w miejscach wilgotnych, jak pachwiny, pachy, fałdy skórne, krocze. Szczególnie predysponowane są osoby starsze, otyłe, obarczone dodatkowymi chorobami oraz pracujące w wilgoci. Drożdżakowe zakażenia błon śluzowych mogą rozwijać się w obrębie jamy ustnej, dalszych odcinków przewodu pokarmowego, a także narządów płciowych. Czynnikami predysponującym są protezy zębowe, szerokowidmowa antybiotykoterapia, cukrzyca, ciąża. Infekcja pochwy u ciężarnej może doprowadzić do zakażenia wewnątrzmacicznego i kandydozy wrodzonej płodu. Do zakażenia tymi grzybami może dojść również w czasie porodu. 181 Zmiany skórne mogą mieć również charakter wtórny, kiedy powstają na skutek rozsiewu grzybów drogą krwi w przebiegu grzybicy rozsianej (Aspergillus, Fusarium, Penicillium marneffei, Candida). Grzybice tkanki podskórnej Grzybice tkanki podskórnej spotykane są głównie w strefie tropikalnej i subtropikalnej. Grzyby wywołujące te schorzenia bytują w glebie i dostają się do organizmu przez uszkodzoną skórę. Początkowo powstaje niewielki guz, następnie obrzęk oraz przetoki, z których wypływa ropa zawierająca elementy grzyba. Choroba szerzy się na tkanki głębiej położone – powięzi, mięśnie, a nawet kości. Przykładem jest sporotrichoza wywoływana przez Sporothtix schenkii. Grzybice układowe Grzybice układowe obejmują dwa typy schorzeń. Zakażenia patogenami układu oddechowego (histoplazmoza, blastomikoza). Wywoływane są one przez grzyby dimorficzne bytujące w glebie. Do zakażenia dochodzi przez wdychanie kurzu z zarodnikami grzybów. Obraz kliniczny jest wysoce zróżnicowany - od zakażeń bezobjawowych, niewymagających leczenia, przez objawy płucne przypominające gruźlicę, aż do rozsianych zakażeń o wysokiej śmiertelności. Drugi typ to grzybice oportunistyczne (kandydoza, aspergiloza, zygomikoza, kryptokokoza), wywoływane przez grzyby o niewielkim potencjale chorobotwórczości, rozwijające się u pacjentów z upośledzoną odpornością immunologiczną. Najczęściej występują kandydozy (przede wszystkim zakażenia C. albicans). Infekcje te mogą mieć charakter endogenny, a źródłem jest głównie przewód pokarmowy. Stąd często rozpoczyna się zakażenie, które następnie drogą krwi może objąć każdy narząd (nerki, wątrobę, serce, OUN). Aspergiloza najczęściej wywoływana jest przez A. fumigatus i A. flavus poprzez wdychanie ich zarodników. Dostają się one do płuc, ale również zatok, ośrodkowego układu nerwowego. W aspergilozie inwazyjnej może dojść do zajęcia większości narządów wewnętrznych. 182 Zygomikoza (mukormikoza) wywoływana grzyby Mucor, Rhizopus, Absidia. Najczęściej dochodzi do zygomikozy układu oddechowego lub zygomikozy układu pokarmowego. Zygomikoza nosowo-mózgowa występuje najczęściej u pacjentów z cukrzycową kwasicą ketonową. Kryptokokoza wywoływana jest przez Cryptococcus neoformans – drożdże bytujące w odchodach kur i gołębi. Do zakażenia dochodzi drogą inhalacyjną izakażenie najczęściej obejmuje płuca, w dalszej kolejności opony mózgowo-rdzeniowe i mózg, gdyż grzyb ten wykazuje silne powinowactwo do ośrodkowego układu nerwowego. Nadwrażliwość na antygeny grzybów Najczęściej opisywana jest alergia na zarodniki grzybów pleśniowych. Nadwrażliwość organizmu na antygeny grzybów może przybrać obraz kliniczny astmy oskrzelowej czy alergicznego nieżytu nosa i zatok. Również antygeny Candida czy Trichophyton mogą działać uczulająco, zmieniając przebieg toczącej się typowej dla nich infekcji grzybiczej. Mikotoksykozy Są to zatrucia mikotoksynami - wtórnymi metabolitami grzybów pleśniowych (Aspergillus, Penicillium) oraz tzw. czarnych grzybów. Nie towarzyszy im inwazja grzybów do organizmu człowieka. Do najważniejszych mikotoksyn należą aflatoksyny, ochratoksyna A. Mikotoksyny mogą znajdować się w produktach roślinnych (zielony groszek, kukurydza, orzeszki ziemne), a także mleku i mięsie zwierząt żywionych spleśniałą paszą. Ostre zatrucia najczęściej dotyczą zaburzeń funkcji wątroby, nerek oraz szpiku kostnego i mogą prowadzić nawet do śmierci. Mikotoksyny mogą również działać uczulająco, neurotoksycznie oraz karcynogennie i teratogenne. Długotrwałe spożywanie nawet małych dawek mikotoksyn może prowadzić do zmian nowotworowych, głównie wątroby. 183 Znaczenie grzybów dla człowieka Chorobotwórczość grzybów może dotyczyć również zwierząt i roślin. Patogeny te mogą powodować straty w rolnictwie i hodowli. Korzystne cechy grzybów zostały wykorzystane przez człowieka w biotechnologii żywności i medycyny. Zdolność prowadzenia wydajnej fermentacji alkoholowej przez Saccharomyces cerevisiae od wieków jest szeroko wykorzystywana w przemyśle piekarniczym i alkoholowym. Dzięki inżynierii genetycznej gatunek ten wykorzystywany jest również przy produkcji np. szczepionek. Aspergillus niger jest wykorzystywany jako producent kwasów organicznych (kwas cytrynowy). Liczne gatunki Penicillium są ważnymi producentami antybiotyków (np. P. griseofulvus jest producentem gryzeofulwiny; P. chrysogemum penicyliny G). Specjalne tzw. kultury grzybów wykorzystywane są w przemyśle mleczarskim. Identyfikacja grzybów chorobotwórczych W rozpoznawaniu grzybów nitkowatych istotnym elementem jest ocena mikroskopowa. W przypadku materiału klinicznego wykonuje się tzw. preparat rozjaśniony, poddany działaniu KOH lub DMSO (dwumetylosulfotlenek), które rozpuszczają zanieczyszczenia. Ocena mikroskopowa preparatów bezpośrednich bywa niewystarczająca i wtedy pomocne są mikrohodowle zakładane na szkiełkach podstawowych. Istotne znaczenie mają cechy morfologiczne hodowli grzybów nitkowatych takie, jak wygląd grzybni, kształt, barwa, wielkość i wydzielany barwnik do podłoża, stopień puszystości. W przypadku grzybów drożdżopodobnych ocena makroskopowa hodowli i mikroskopowa ma znacznie mniejsze znaczenie. W identyfikacji wykorzystuje się różnicujące grzyby drożdzopodobne cechy metaboliczne: zdolność przyswajania węgla lub azotu z różnych źródeł. Dla zbadania tej cechy wykonuje się auksanogram. Na podłożu minimalnym nie zawierającym źródeł węgla lub azotu, posiewa się badany szczep i umieszcza krążki nasączone związkami węglowodanowymi lub azotowymi. Wzrost wokół krążka świadczy o zdolności asymilacji węgla lub azotu z tego związku. Wykorzystuje się też zdolność grzybów 184 drożdżopodobnych do fermentacji rożnych węglowodanów. Zestaw podłoży zawierających węglowodany i wskaźnik barwny stanowi zymogram pozwalający na ocenę tych zdolności. Zmiana barwy podłoża w wyniku zakwaszenia środowiska świadczy o fermentacji. W różnicowaniu dermatofitów wykorzystuje się preparat rozjaśniony i mikrohodowle. Zakłada się też hodowle na podłożach stałych. Dermatofity rosną wolno (do 6 tygodni), ale wygląd ich kolonii jest bardzo charakterystyczny. W różnicowaniu dermatofitów znaczenie ma również tzw. test perforacji włosa. Test polega na ocenie zdolności uszkadzania powierzchni włosa np. przez Trichophyton mentagrophytes. Różnicowanie grzybów dimorficznych opiera się także na cechach mikroskopowych oraz na hodowli i ocenie wyglądu makroskopowego grzybni. Zadania do wykonania Zadanie 1 Preparat w kropli spłaszczonej z hodowli drożdży - Umieść na szkiełku podstawowym kroplę wody. - Zawieś w tej kropli niewielką ilość drożdży pobranych ezą z hodowli na stałym podłożu Sabouraud. - Przykryj kroplę szkiełkiem nakrywkowym. - Oglądaj preparat pod mikroskopem (powiększenie 200-400x). 185 Zadanie 2 Preparat w kropli spłaszczonej z hodowli grzybów nitkowatych - Z hodowli na podłożu Sabouraud pobierz ezą grzybnię lub jej fragment i umieść w jałowej płytce Petriego. - Posługując się igłami preparacyjnymi delikatnie rozerwij grzybnię na małe fragmenty. - Przenieś kawałek grzybni na szkiełko podstawowe. - Przykryj szkiełkiem nakrywkowym i oglądaj preparat pod mikroskopem (powiększenie 200-400x); staraj się odnaleźć fragmenty grzybni rozrodczej (konidiofory i konidia). Zadanie 3 Odczytanie zymogramu Otrzymujesz zymogramy posiane Candida albicans pseudotropicalis. Odczytaj wyniki i wpisz je do tabeli. Węglowodan C. albicans i Candida C. pseudotropicalis 186 Zadanie 4 Cechy morfologii grzybów Otrzymujesz hodowle na podłożu płynnym i stałym różnych grzybów. Przyporządkuj je do grup i wpisz do tabelki ich cechy. Grzyby Hodowla na podłożu płynnym Hodowla na Obraz podłożu mikroskopowy stałym Wywoływane choroby lub cechy wykorzystywanie przez człowieka Drożdże Nitkowate 187 Dermatofity 188 Rozdział 15 Bakterie w lekach – kontrola czystości mikrobiologicznej Część teoretyczna Przyczyny zanieczyszczenia mikrobiologicznego leków Czystość mikrobiologiczna leków zależy od: zanieczyszczenia surowców, technologii produkcji, zanieczyszczenia urządzeń produkcyjnych i powietrza, higieny personelu, sposobu konfekcjonowania, czystości opakowań i warunków przechowywania gotowych preparatów. Głównym źródłem zanieczyszczenia leków produkowanych zarówno przez przemysł, jak i w aptece są surowce farmaceutyczne, substancje pomocnicze oraz woda destylowana. Stwierdzono na przykład, że podstawowym źródłem obecności Escherichia coli w tabletkach i drażetkach jest skrobia. Drobnoustrój ten znajdowano także w wielu innych surowcach pochodzenia roślinnego. Znaczne ilości bakterii zawierają surowce pochodzenia zwierzęcego, na przykład te, które służą do produkcji organopreparatów. Typowymi są tu bakterie z rodzaju Clostridium, Escherichia coli, Enterococcus faecalis. Na poziom zanieczyszczenia leków drobnoustrojami duży wpływ ma także technologia ich produkcji. Przykładem mogą być leki w postaci granulatów. Temperatura 40°C, w jakiej przebiega proces granulowania i duża wilgotność sprzyjają mnożeniu się drobnoustrojów, które mogą znaleźć się w łączonych składnikach. Niektóre preparaty, na przykład maści, stwarzają szczególnie dogodne warunki dla przetrwania drobnoustrojów, a inne przeszkadzają skutecznej sterylizacji. 189 Zagrożenia ze strony drobnoustrojów obecnych w lekach Obecność drobnoustrojów w leku może być przyczyną zakażenia pierwotnego lub wtórnego. W lekach niebezpieczeństwo stanowią zarówno bakterie chorobotwórcze, jak i oportunistyczne. Do najczęściej spotykanych należą bakterie z rodzaju Escherichia, Pseudomonas, Staphylococcus, Klebsiella, Salmonella i Clostridium. Niebezpieczeństwo, jakie stwarza obecność tych bakterii w lekach, zależy między innymi od sposobu podania leku, a wraz z nim, drogi wprowadzenia bakterii do organizmu. W lekach doustnych szczególnie groźne są pałeczki z rodziny Enterobacteriaceae. W lekach do użytku zewnętrznego szczególne niebezpieczeństwo stanowią bakterie z rodzajów Pseudomonas i Staphylococcus. Drobnoustroje wytwarzają toksyny i enzymy, które są wydzielane do środowiska lub uwalniane w wyniku rozpadu komórki. Nagromadzenie lipopolisacharydu (endotoksyny) w lekach parenteralnych może prowadzić do wystąpienia groźnego dla życia pacjenta wstrząsu endotoksycznego. Pseudomonas aeruginosa namnażając się w lekach do oczu wytwarza enzymy proteolityczne, niszczące kolagen rogówki oka. Możliwość wywołania zakażenia przez lek zawierający drobnoustroje jest tylko jednym z aspektów szkodliwego ich działania. Drobnoustroje mogą również rozkładać substancje lecznicze, inaktywując je lub zmieniając ich działanie farmakologiczne. Wiele bakterii znanych jest ze zdolności przebudowywania cząsteczki sterydów, rozkładu glikozydów, a nawet alkaloidów. Szereg antybiotyków, środków dezynfekujących i konserwujących ulega degradacji w wyniku działania drobnoustrojów, tracąc swą aktywność biologiczną. Obecności bakterii w leku można zatem przypisywać niepowodzenia w terapii. Leki należy zatem wytwarzać w warunkach aseptycznych. Zasada ta musi dotyczyć nie tylko leków, dla których wymagana jest jałowość (np. preparaty parenteralne i do oczu), ale także leków, dla których przepisy nie wymagają jałowości (np. leki doustne lub stosowane zewnętrznie). Postępowanie aseptyczne jest konieczne nawet w przypadku tych leków, które są następnie poddawane wyjaławianiu, 190 z obawy przed produktami metabolizmu drobnoustrojów lub związków uwalnianych w wyniku rozpadu komórek. Normy (wymagania) czystości mikrobiologicznej leków Biorąc pod uwagę zastosowanie oraz drogę podawania leków wymagania dotyczące ich czystości mikrobiologicznej są różne. Pewne leki powinny być jałowe - całkowicie wolne od żywych drobnoustrojów, inne mikrobiologicznie czyste we wskazanym dla kategorii zakresie. Tabela 1. Kryteria akceptacji dla mikrobiologicznej jakości niejałowych produktów farmaceutycznych i substancji do celów farmaceutycznych wg FP IX Grupa preparatów Preparaty doustne nie zawierające wody Preparaty doustne zawierające wodę Wymagania 3 2 Nie więcej niż 10 bakterii i 10 grzybów w 1 g lub 1 mL. Nieobecność Escherichia coli w 1 g lub 1 mL. 2 1 3 2 2 1 2 1 2 1 Nie więcej niż 10 bakterii i 10 grzybów w 1 g lub 1 mL. Nieobecność Escherichia coli w 1 g lub 1 mL. Preparaty doodbytnicze Nie więcej niż 10 bakterii i 10 grzybów w 1 g lub 1 mL. Preparaty: -na skórę i błony śluzowe -do nosa, uszu i gardła Nie więcej niż 10 bakterii i 10 grzybów w 1 g lub 1 mL Nieobecność Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa w 1 g lub 1 mL. Preparaty dopochwowe Systemy transdermalne Nie więcej niż 10 bakterii i 10 grzybów w 1 g lub 1 mL Nieobecność Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa , Candida albicans w 1 g lub 1 mL. Nie więcej niż 10 bakterii i 10 grzybów (na jeden plaster łącznie z warstwą adhezyjną i zewnętrzną warstwą nośną). Nieobecność Staphylococcus aureus i Pseudomonas aeruginosa. 191 Preparaty wziewne (jeżeli nie mają wymagań jałowości) Leki doustne zawierające surowce pochodzenia naturalnego (zwierzęcego, roślinnego lub mineralnego), których nie poddaje się wstępnej obróbce zmniejszającej liczbę drobnoustrojów i dla których dopuszcza się zanieczyszczenie mikrobiologiczne surowców większe 3 niż 10 drobnoustrojów w 1g lub 1mL Roślinne produkty lecznicze, zawierające substancje roślinne, z dodatkiem lub bez substancji pomocniczych, poddawane przed użyciem działaniu wrzącej wody. 2 1 4 2 Nie więcej niż 10 bakterii i 10 grzybów w 1 g lub 1 mL. Nieobecność Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa w 1 g lub 1 mL. Nieobecność bakterii gramujemnych tolerujących żółć w 1 g lub 1 mL Nie więcej niż 10 bakterii i 10 grzybów w 1 g lub 1 mL. 2 Nie więcej niż 10 bakterii gramujemnych tolerujących żółć w 1 g lub 1 mL. Nieobecność Salmonella w 10 g lub 10 mL. Nieobecność Escherichia coli, Staphylococcus aureus w 1 mL. 7 Nie więcej niż 10 bakterii w 1 g. Maksymalna 7 dopuszczalna liczba bakterii 5x10 CFU/g. 3 Nie więcej niż 10 Escherichia coli w 1 g. Nieobecność Salmonella w 25 g. 5 Nie więcej niż 10 grzybów w 1 g. 5 Maksymalna dopuszczalna liczba grzybów 5x10 CFU/g. 192 Roślinne produkty lecznicze, zawierające np. wyciągi i/lub substancje roślinne, z dodatkiem lub bez substancji pomocniczych, dla których metoda wytwarzania (np. ekstrakcja) lub wstępne postępowanie, prowadzi do obniżenia liczby drobnoustrojów Roślinne produkty lecznicze, zawierające np. wyciągi i/lub substancje roślinne, z dodatkiem lub bez substancji pomocniczych, dla których metoda wytwarzania (np. ekstrakcja) lub wstępne postępowanie, nie prowadzi do wystarczającego obniżenia liczby drobnoustrojów Substancje do celów farmaceutycznych 4 Nie więcej niż 10 bakterii w 1 g lub 1 mL. 4 Maksymalna dopuszczalna liczba bakterii 5x10 CFU w 1 g lub 1 mL. 2 Nie więcej niż 10 bakterii gramujemnych tolerujących żółć w 1 g lub 1 mL. Nieobecność Escherichia coli w 1 g lub 1 mL. Nieobecność Salmonella w 25 g lub 25 mL. 2 Nie więcej niż 10 grzybów w 1 g lub 1 mL. 2 Maksymalna dopuszczalna liczba grzybów 5x10 CFU w 1g lub 1 mL. 5 Nie więcej niż 10 bakterii w 1 g lub 1 mL. 5 Maksymalna dopuszczalna liczba bakterii 5x10 CFU w 1 g lub 1 mL. 4 Nie więcej niż 10 bakterii gramujemnych tolerujących żółć w 1 g lub 1 mL. Nieobecność Escherichia coli w 1 g lub 1 mL. Nieobecność Salmonella w 25 g lub 25 mL. 4 Nie więcej niż 10 grzybów w 1 g lub 1 mL. 4 Maksymalna dopuszczalna liczba grzybów 5x10 CFU w 1 g ub 1 mL. 3 Nie więcej niż 10 bakterii w 1 g lub 1 mL. 2 Nie więcej niż 10 grzybów w 1 g lub 1 mL. W mikrobiologicznej ocenie leków jałowych obowiązuje analiza jałowości określana metodami farmakopealnymi (Farmakopea Polska IX). Dla 193 pozostałych leków/produktów stopień skażenia drobnoustrojami określa się ilościowo i przeprowadza ich identyfikację. Metody Badanie jałowości leków Definicja jałowości jest trudna do weryfikacji doświadczalnej, a wyniki kontroli jałowości są względne, gdyż dają odpowiedź tylko w ścisłych granicach zastosowanych metod. Lekami, które muszą być jałowe, są wszystkie leki podawane parenteralnie i leki stosowane w okulistyce. Jałowe muszą być także materiały opatrunkowe, nici chirurgiczne, igły, strzykawki, cewniki, zestawy kroplówkowe, narzędzia chirurgiczne. W badaniu jałowości można wyróżnić kilka podstawowych zasad, od których zależy uzyskanie wiarygodnych danych. Są to: aseptyczne postępowanie w czasie badania, w celu uniknięcia wprowadzenia wtórnych zakażeń do pierwotnie jałowego materiału; ustalenie odpowiedniej wielkości badanej próbki, reprezentatywnej dla całości badanego materiału; właściwy dobór pożywek wzrostowych, warunków inkubacji oraz usunięcie wszystkich czynników hamujących rozwój drobnoustrojów, gdyż podstawą badania jałowości jest obserwacja wzrostu drobnoustrojów. Standardowe badanie jałowości bierze pod uwagę tylko część bakterii tlenowych, beztlenowych i grzybów i nie obejmuje wirusów ze względu na trudną i kosztowną technikę. Tabela 2 pokazuje wielkość próbek, które muszą być pobrane do kontroli jałowości. Zależy ona od objętości pojemnika i liczebności tzw. serii bakteriologicznej. Seria bakteriologiczna jest to partia pojemników określonego leku wyjaławianych podczas jednego procesu sterylizacyjnego lub zawierających lek sterylizowany drogą filtracji bakteriologicznej przez jeden sączek. 194 Tabela 2. Minimalna ilość leku posiewana na każde podłoże wg FP IX Ilość w pojemniku Wielkość próbki do badania Płyny: Mniej niż 1 mL Cała zawartość pojemnika Połowa zawartości każdego 1 mL-40 mL pojemnika, jednak nie mniej niż 1 mL Więcej niż 40 mL, lecz nie więcej 20 mL niż 100 mL 10% zawartości każdego pojemnika, Więcej niż 100 mL jednak nie mniej niż 20 mL Płynne preparaty antybiotyków 1 mL Nierozpuszczalne preparaty, kremy Cała zawartość każdego pojemnika, i maści, które zawiesza się lub nie mniej niż 200 mg emulguje Substancje stałe: Mniej niż 50 mg Cała zawartość każdego pojemnika Połowa zawartości każdego 50 mg lub więcej, lecz mniej niż 300 pojemnika, jednak nie mniej niż mg 50 mg Od 300 mg do 5g 150 mg Więcej niż 5g 500 mg Katgut i inne nici do użytku 3 odcinki zwoju (każdy o długości weterynaryjnego 30 cm) Pożywki stosowane w kontroli jałowości muszą spełniać następujące warunki: zapewniać rozwój możliwie szerokiego zakresu bakterii i grzybów, umożliwiać rozwój bakterii tlenowych i beztlenowych, umożliwiać szybki rozwój drobnoustrojów. Używa się dwóch podstawowych pożywek płynnych: tioglikolanowej (Brewera), zapewniającej wzrost bakterii beztlenowych i tlenowych oraz kazeinowo-sojowej, odpowiedniej zarówno dla grzybów, jak i bakterii tlenowych. 195 Kontrole, które muszą towarzyszyć każdemu badaniu jałowości to: kontrola jałowości pożywek polegająca na inkubacji przez 14 dni nieposianych pożywek: tioglikolanowej w temp. 30-35°C, kazeinowosojowej w temp. 20-25°C; kontrola przydatności pożywek uzyskana przez posianie na pożywki szczepów wzorcowych w zawiesinach zawierających około 100 CFU/mL; na podłoże tioglikolanowe należy posiać: Clostridium sporogenes, Pseudomonas aeruginosa i Staphylococcus aureus, a na podłoże kazeinowo-sojowe: Aspergillus brasiliensis, Bacillus subtilis i Candida albicans, a następnie je inkubować nie dłużej niż 3 dni w przypadku bakterii i nie dłużej niż 5 dni w przypadku grzybów; kontrola wzrostu drobnoustrojów w obecności leku – walidacja badania, polegająca na posianiu wyżej wymienionych szczepów wzorcowych na pożywki zawierające badany lek. Kontrola ma na celu sprawdzenie, czy lek nie hamuje wzrostu bakterii lub grzybów i pozwala na wybór odpowiedniej metody badawczej. Po wykonaniu prób wszystkie pożywki należy inkubować nie dłużej niż 5 dni. Metody badania jałowości: Posiew bezpośredni polega na wprowadzeniu do podłoża hodowlanego produktu badanego tak, aby objętość produktu stanowiła nie więcej niż 10% objętości podłoża, o ile nie ma innych wymagań. Jeżeli badany produkt posiada właściwości przeciwdrobnoustrojowe, należy je najpierw zneutralizować odpowiednią substancją neutralizującą lub rozcieńczyć lek w wystarczająco dużej objętości podłoża. Maści, kremy i płyny olejowe należy przenieść do podłoża emulgującego, np. pożywki z Tweenem 80. Sączeniem przez filtry membranowe bada się preparaty wodne, alkoholowe i olejowe oraz preparaty rozpuszczalne w wodzie lub rozpuszczalnikach olejowych pod warunkiem, że rozpuszczalniki te nie wykazują w warunkach badania działania przeciwdrobnoustrojowego. Metoda ta zalecana jest także w przypadku badania leków, które ze względu na wielkość pojemnika, muszą być zbadane w dużej objętości – powyżej 100 mL. Próbkę leku należy przesączyć przez filtr bakteriologiczny o wielkości porów nie większej niż 0,45 μm. Jeżeli produkt posiada 196 właściwości przeciwdrobnoustrojowe, po przesączeniu leku filtr należy przepłukać co najmniej trzema porcjami (po 100 mL) jałowego rozcieńczalnika (np. obojętny roztwór peptonu). Sączek należy przenieść do jednej z pożywek lub po przecięciu na dwie równe części do dwóch różnych podłoży. Badane leki, których jałowość bada się jedną z wymienionych metod powinny być posiane na pożywki dla bakterii i grzybów. Czas inkubacji wynosi 14 dni. Warunki hodowli próbek przedstawia Tabela 3. Tabela 3.Temperatura i czas inkubacji pożywek Pożywka Temperatura inkubacji Czas inkubacji Tioglikolanowa 30 – 35°C 14 dni (Brewera) Podłoże z hydrolizatem 20 – 25°C 14 dni kazeiny i soi O wyniku badania świadczy obecność lub brak wzrostu drobnoustrojów w pożywce. Wzrost objawia się zmętnieniem, obecnością kożucha na powierzchni pożywki lub osadu na dnie naczynia. Nie zawsze zmętnienie lub osad jest wynikiem wzrostu. Mogą one powstawać wskutek reagowania składników pożywki z lekiem. Aby uniknąć błędnej oceny, należy wykonać preparat barwiony metodą Grama oraz dokonać przesiewu z danego podłoża (przynajmniej 1 mL) na nową pożywkę. Próbka powinna być inkubowana co najmniej 4 dni. Jeżeli w tym czasie nie będzie wzrostu drobnoustrojów, badany produkt spełnia wymagania jałowości. W przypadku obecności drobnoustrojów należy, w miarę możliwości przeprowadzić ich identyfikację. Jeżeli niekorzystny wynik badania budzi wątpliwości, należy przeprowadzić ponowne badanie używając takiej samej liczby pojemników, jak w badaniu pierwotnym. Jeżeli w powtórzonym badaniu brak wzrostu drobnoustrojów, badany produkt jest jałowy. 197 Badanie mikrobiologiczne leków, które muszą spełniać określone kryteria czystości mikrobiologicznej Podobnie, jak w badaniach jałowości, wyniki tych oznaczeń są względne, uzależnione z jednej strony od wybranych warunków hodowli, z drugiej zaś od charakteru zanieczyszczeń mikrobiologicznych znajdujących się w badanym materiale. Celem tych badań jest określenie liczby żywych bakterii i grzybów, tzn. drobnoustrojów zdolnych do wzrostu i rozmnażania w zastosowanych warunkach hodowli w niejałowych produktach farmaceutycznych (Tabela 1). Ukierunkowane badania identyfikacyjne, muszą wykluczyć obecność wskazanych dla danej grupy bakterii oportunistycznych lub wskaźnikowych dla stanu higienicznego (Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Escherichia coli, Salmonella spp., bakterie gramujemne tolerujące żółć) oraz Candida albicans. Licząc żywe drobnoustroje wykorzystuje się fakt, że z jednej jednostki wzrostowej (jtk, CFU) powstaje na pożywce stałej jedna kolonia. Zatem liczba powstających kolonii odpowiada liczbie CFU wprowadzonych z lekiem na płytkę (patrz rozdział 6). Porównanie otrzymanego wyniku z kryterium określonym dla danej grupy leków pozwala na ocenę badanej partii leków. Podobnie, jak przy badaniu jałowości, wszystkie czynności w przebiegu określania czystości mikrobiologicznej leków powinny być wykonane w aseptycznym pomieszczeniu lub boksie z laminarnym przepływem powietrza. Jeżeli badany produkt posiada aktywność przeciwdrobnoustrojową, musi być ona zneutralizowana. W przypadku zastosowania substancji neutralizującej, należy sprawdzić jej skuteczność oraz brak działania toksycznego w stosunku do drobnoustrojów. Sposób pobrania i wielkość próbki są, podobnie jak w badaniu jałowości, określone pewnymi zasadami. W analizie czystości mikrobiologicznej konieczne jest pobranie 10 g lub 10 mL próbki. Próbkę należy pobrać losowo z materiału przed rozporcjowaniem lub spośród dostępnych pojemników z preparatem. 198 Produkty rozpuszczalne w wodzie należy rozpuścić lub rozcieńczyć w jałowym rozcieńczalniku (np. w zbuforowanym roztworze chlorku sodu z peptonem o pH 7,0) przygotowując rozcieńczenie 1:10. Jeżeli to konieczne, można użyć innych rozcieńczeń. Jeżeli wiadomo, że produkt ma aktywność przeciwdrobnoustrojową, do rozcieńczalnika powinna być dodana substancja neutralizująca. W przypadku produktów nierozpuszczalnych w wodzie do rozcieńczalnika można dodać substancję powierzchniowo czynną, np. Tween 80. Produkty zawierające tłuszcze wymagają wstępnego zhomogenizowania np. z Tweenem 80 i dodatkowo ogrzania do temp. 40-45°C. W przypadku płynów lub substancji stałych w postaci aerozoli należy pobrać 10 opakowań. Do badania systemów transdermalnych konieczna jest próbka licząca 10 sztuk. Po usunięciu osłonki chroniącej warstwę adhezyjną systemy transdermalne przenosi się do 500 mL zbuforowanego roztworu NaCl z peptonem o pH 7,0, zawierającego odpowiednią substancję neutralizującą, np. Tween 80 i/lub lecytynę i wytrząsa przez około 30 minut. Podłoża i warunki hodowli badanych próbek muszą być tak dobrane, aby wynik analizy dawał możliwie pełną informację o stopniu zanieczyszczenia leku drobnoustrojami rosnącymi w warunkach tlenowych (bakteriami i grzybami). Dla bakterii stosuje się agar z hydrolizatem kazeiny i soi, umożliwiający wzrost drobnoustrojów o typowych wymaganiach odżywczych. Dla grzybów jest to stałe podłoże Sabouraud z dekstrozą. Inkubację agaru z hydrolizatem kazeiny i soi przeprowadza się w ciągu 3-5 dni, w temperaturze 30-35°C, aby umożliwić wzrost bakterii, a podłoża Sabouraud z dekstrozą 5-7 dni w temperaturze 2025°C. Wybór metody badania zależy od rodzaju produktu i spodziewanej liczby drobnoustrojów. Stosuje się ogólnie przyjęte metody liczenia drobnoustrojów (patrz rozdział 6). W metodzie płytkowej po odpowiednim rozcieńczeniu badanej próbki dokonuje się posiewu powierzchniowego lub głębinowego znanej objętości materiału. Należy przygotować co najmniej po dwie płytki na 199 każde rozcieńczenie i każde podłoże. Po inkubacji zlicza się kolonie, a uwzględniając współczynnik rozcieńczenia, określa się liczbę CFU w 1 mL lub 1 g leku. W metodzie filtracji używa się dwóch sączków membranowych o średnicy porów nie większej niż 0,45μm. Wybór materiału, z którego wykonany jest sączek, zależy od rodzaju sączonej substancji (roztwory wodne, olejowe, etanolowe). Po przesączeniu próbek preparatu każdy z dwóch sączków należy przemyć jałowym rozcieńczalnikiem (np. zbuforowanym roztworem NaCl). Jeśli to potrzebne, dodaje się Tweenu 80 lub związków inaktywujących działanie przeciwdrobnoustrojowe. Każdy z sączków należy następnie przenieść na powierzchnię odpowiedniego podłoża (dla bakterii i grzybów) tak, aby powierzchnia, na której osadziły się drobnoustroje, była zwrócona ku górze. Po inkubacji liczy się wyrosłe na sączku kolonie. Ich liczba odpowiada liczbie CFU w 1 g lub 1 mL leku. Przy badaniu systemów transdermalnych należy przesączyć dwie porcje po 50 mL przygotowanej próbki. Metodę oznaczania najbardziej prawdopodobnej liczby drobnoustrojów (NPL) (patrz rozdział 6) stosuje się tylko wtedy, gdy nie jest możliwe wykonanie badania innymi metodami. Należy przygotować co najmniej trzy kolejne 10-krotne rozcieńczenia produktu, a następnie z każdego z nich pobrać po trzy próbki odpowiadające 0,1 g/1mL, 0,01 g/mL, 0,001 g/mL, wprowadzić do probówek zawierających bulion z hydrolizatem kazeiny i soi. Inkubować w temp. 30-35°C przez 3-5 dni. Na podstawie obliczeń statystycznych uważa się, że wzrost drobnoustrojów w pożywce, przy wprowadzeniu znanej wielkości próby jest miarą określonej liczby drobnoustrojów w jednostce wagowej lub objętościowej preparatu. Badanie czystości mikrobiologicznej obejmuje postępowanie identyfikacyjne. W badaniach identyfikacyjnych bakterii i grzybów izolowanych z leków poszukuje się drobnoustrojów, których obecność nie jest dozwolona: S. aureus, P. aeruginosa, E. coli, Salmonella spp., pałeczki gramujemne tolerujące żółć oraz Candida albicans. Próbki do badania przygotowuje się w taki sam sposób, jak do oznaczania liczby 200 drobnoustrojów. Badanie wykonuje się metodą bezpośredniego posiewu lub metodą filtracji. W pierwszym etapie badania próbkę leku wprowadza się do odpowiedniej płynnej pożywki namnażającej. Jeżeli korzystano z metody filtracji próbki leku, sączek przenosi się do właściwej płynnej pożywki namnażającej. Po uzyskaniu wzrostu bakterii na pożywkach namnażających dokonuje się przesiewu na pożywki diagnostycznowybiórcze. Szczegółową identyfikację przeprowadza się za pomocą testów biochemicznych i serologicznych. Wykonanie każdego badania czystości mikrobiologicznej musi poprzedzić walidacja metody oznaczania. Celem walidacji jest potwierdzenie, że badany produkt nie hamuje wzrostu drobnoustrojów, a wybrana metoda badania nie wpłynie na wynik analizy. Walidacja polega na porównaniu wzrostu szczepów testowych w obecności badanych leków i bez leków. Jako testowe wykorzystuje się trzy wzorcowe szczepy bakterii: Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, Bacillus subtilis, posiewane na podłoże kazeinowo-sojowe i dwa wzorcowe szczepy grzybów: Candida albicans i Aspergillus brasiliensis, posiewane na podłoże Sabouraud z dekstrozą. Po wykonaniu posiewów pożywki dla bakterii inkubuje się w temp. 30-35°C, a pożywki dla grzybów w temp. 20-25°C przez 5 dni. Metodę uznaje się za zwalidowaną, jeżeli liczba drobnoustrojów (CFU) w zawiesinach z próbkami jest najwyżej dwukrotnie większa od liczby każdego z drobnoustrojów testowych w zawiesinach w chwili ich dodania (drobnoustrój się swobodnie mnoży), a jeśli jest mniejsza, to nie mniej niż dwukrotnie (drobnoustrój przeżywa w leku, ale się nie mnoży). 201 202 Rozdział 16 Schematy identyfikacyjne drobnoustrojów w badaniu leków wg Farmakopei Polskiej IX Schemat identyfikacji Staphylococcus aureus 0 18-24 godzinna hodowla w temp. 30-35 C na bulionie kazeinowo-sojowym ↓ Posiew na podłoże agarowe z mannitolem i chlorkiem sodu 0 inkubacja 18-72 godziny w temp. 30-35 C ↓ Wzrost w postaci żółtych lub białych kolonii otoczonych żółtą strefą ↓ Preparat barwiony metodą Grama ↓ Ziarenkowce gramdodatnie ↓ Próba na koagulazę ↓ próba dodatnia ↓ Staphylococcus aureus 203 Schemat identyfikacji tolerujących żółć pałeczek z rodziny Enterobacteriaceae Hodowla 2-5 godzinna w temp. 20-250C na bulionie kazeinowo-sojowym ↓ Posiew na bulion Mossela z żółcią i zieloną brylantową. Inkubacja 24 – 48 godzin w temp. 30 – 350C ↓ Posiew na agar z fioletem krystalicznym, czerwienią obojętną, żółcią i glukozą. Inkubacja 18-24 godziny w temp. 30-350C ↓ Wzrost kolonii czerwonych lub Brak wzrostu bakterii czerwonawych ↓ ↓ Preparat barwiony Brak poszukiwanej rodziny metodą Grama Enterobacteriaceae ↓ Pałeczki gramujemne ↓ Rodzina Enterobacteriaceae Uwaga! W przypadku obecności pałeczek z rodziny Enterobacterioceae należy wykonać oznaczenie ilościowe tych bakterii w leku. 204 Schemat identyfikacji Escherichia coli 0 Hodowla 18-24 godzinna w temp. 30 – 35 C na bulionie kazeinowo-sojowym ↓ Posiew 1 mL na bulion MacConkeya Inkubacja 24 – 48 godzin w temp. 42 – 440C ↓ Posiew na agar MacConkeya 0 Inkubacja 18 – 72 godziny w temp. 30 – 35 C ↓ Wzrost w postaci czerwonych kolonii ↓ Preparat barwiony metodą Grama ↓ Gramujemne pałeczki ↓ Próba na indol (+) ↓ Prawdopodobnie Escherichia coli ↓ Potwierdzenie wyniku badaniami biochemicznymi 205 Schemat identyfikacji Salmonella 0 Hodowla 18-24 godzinna w temp. 30-35 C na bulionie kazeinowosojowym ↓ Posiew objętości 1 mL do 10 mL bulionu wzbogaconego Rappaporta Vassiliadisa z zielenią malachitową Inkubacja 18 – 48 godzin w temp. 30-350C ↓ Posiew na podłoża agarowe: z ksylozą, lizyną i dezoksycholanem Inkubacja 18-48 godzin w temp. 30-350C ↓ Kolonie czerwone z czarnymi środkami lub czerwone ↓ Preparat barwiony metodą Grama ↓ Gramujemne pałeczki ↓ Prawdopodobnie rodzaj Salmonella ↓ Potwierdzenie wyniku badaniami biochemicznymi i serologicznymi 206 Schemat identyfikacji Pseudomonas aeruginosa 18-24 godzinna hodowla w temp. 30-350C na bulionie kazeinowo-sojowym ↓ Posiew na agar z cetrimidem Inkubacja 18-72 godziny w temp. 30-350C ↓ Kolonie dające fluoryzujące zielono zabarwienie podłoża lub bezbarwne ↓ Preparat barwiony metodą Grama z różnych morfologicznie kolonii ↓ Pałeczki gramujemne ↓ Próba na oksydazę cytochromową (+) ↓ Prawdopodobnie Pseudomonas aeruginosa ↓ Potwierdzenie wyniku metodami biochemicznymi 207 Schemat identyfikacji laseczek z rodzaju Clostridium 48 godzinna hodowla w temperaturze 30-350C w warunkach beztlenowych na bulionie wzbogaconym dla beztlenowców po posiewie ogrzanego przez 10 minut w temp. 800C homogenatu leku w buforowanym roztworze NaCl pH 7 ↓ Posiew na agar Columbia z gentamicyną. Inkubacja 48-72 godziny w temp. 30-350C w warunkach beztlenowych ↓ ↓ Wzrost Brak wzrostu ↓ ↓ Posiew na agar Columbia Brak Clostridium spp. Inkubacja 48 godzin w temp. 30-350C ↓ ↓ Warunki Warunki tlenowe beztlenowe ↓ ↓ wzrost wzrost ↓ ↓ Preparat barwiony metodą Grama ↓ Pałeczki gramdodatnie ↓ Próba na katalazę ↓ + ↓ Laseczki Baciilus spp. ↓ ↓ Laseczki Clostridium spp. 208 Rozdział 17 Indukcja mutacji, wykrywanie mutagenów, przekazywanie plazmidów. Część teoretyczna Genom bakterii stanowi jego pojedynczy chromosom – nukleoid, a także elementy poza chromosomalne – plazmidy. Stanowiące wyposażenie genowe sekwencje DNA bakterii stanowią ich genotyp. Jest to zapis informacji o wszystkich potencjalnych możliwościach komórki. Fenotyp to obserwowana, objawiająca się w określonym środowisku forma ekspresji tego genotypu. Genotyp zatem, określa granice fenotypu. Bakterie, w odróżnieniu od organizmów eukariotycznych, mają tylko jedną kopię swego materiału genetycznego, co sprawia, że jest on bardzo podatny na wszelkie zmiany. Źródłem zmian w obrębie genomu i nowej aranżacji genów bakteryjnych jest horyzontalny transfer genów związany z rekombinacją, a także mutacje oraz ruchome elementy genetyczne takie, jak plazmidy, bakteriofagi czy elementy transpozycyjne. Mutacje i ich naprawa Mutant to zmieniona postać bakterii, różna od organizmu wyjściowego – postaci dzikiej. Różnica dotyczy genotypu i może być widoczna także na poziomie fenotypu. Zmiany mutacyjne mogą polegać na drobnych uszkodzeniach pojedynczych nukleotydów (mutacje punktowe), mogą także dotyczyć dłuższych fragmentów łańcucha DNA (mutacje chromosomowe). Mutacje punktowe mogą prowadzić do zmiany sensu kodu genetycznego i powodować wbudowanie innego aminokwasu do białka. Mogą one także być nonsensowne i niespodziewanie kończyć syntezę białka, ale mogą także zmieniać ramki odczytu, powodując duże zmiany w syntetyzowanym białku. Te dwa ostatnie rodzaje mutacji punktowych prawie zawsze objawiają się fenotypowo. 209 Mutacje chromosomalne prowadzą do zmian w obrębie dużych odcinków DNA i zazwyczaj są letalne – prowadzą do śmierci komórek. W czasie replikacji DNA może dojść do mutacji wynikających ze wstawienia błędnych nukleotydów, czy przesunięcia matrycy w stosunku do nowo syntetyzowanej nici. Są to mutacje spontaniczne. Występują one dość rzadko – w jednej na kilka milionów komórek. Częstość mutacji ulega znacznemu zwiększeniu pod wpływem różnych czynników, zarówno fizycznych, jak i chemicznych, nazywanych mutagenami. Ten rodzaj mutacji to mutacje indukowane. Mutacje takie zachodzą ze znacznie większą częstością – zmutować może nawet jedna na tysiąc komórek. Czynnikami mutagennymi mogą być różne związki chemiczne jak też czynniki fizyczne. Mutacja, która utrwaliła się w komórce, może ulec odwróceniu – mamy wtedy do czynienia z mutacją powrotną. Może ona zajść na drodze rewersji, czyli odtworzenia pierwotnego genotypu lub supresji, czyli zmiany prowadzącej do odtworzenia jedynie efektu fenotypowego. Bakterie wykształciły wiele systemów naprawczych i potrafią bardzo skutecznie bronić się przed uszkodzeniami DNA. Jest kilka mechanizmów tej naprawy. Wśród nich jest obarczony największymi błędami system nazywany SOS. System ten kontrolowany jest przez wiele genów. Ich produkty naprawiają DNA generując jednak wiele błędów i prowadząc do nowych zmian mutacyjnych. Często są one letalne, ale mogą też być korzystne, umożliwiając adaptację do nowych warunków. W systemie tym działa polimeraza DNA V zdolna do syntezy krótkich odcinków DNA bez udziału matrycy. Metody Badanie kancerogenności z wykorzystaniem bakterii Ze względu na dużą wrażliwość bakterii na czynniki mutagenne i łatwość manipulacji genami tych organizmów, wykorzystuje się je do wykrywania czy związki, które mają być wprowadzone do użytku człowieka nie mają 210 właściwości rakotwórczych (kancerogennych). Właściwości te bowiem ściśle korelują ze zdolnością do powodowania mutacji (prowokowania mutagenezy). Popularnym testem stosowanym w takich badaniach jest test skonstruowany w latach 70-tych przez Amesa – amerykańskiego genetyka. Pozwala on ocenić czy badany związek jest mutagenem, a nawet określić siłę działania mutagennego. Podstawą testu są odpowiednio skonstruowane szczepy Salmonella Typhimurium (np. TA97a, TA98 i TA102) mające mutacje różnych typów, uniemożliwiające im wytwarzanie w komórkach histydyny (są więc auksotrofami określanymi + jako His ). W formie dzikiej bakterie te są prototrofami (His ) zdolnymi do syntezy tego niezbędnego do życia aminokwasu. Mutacje w szczepach są różnych typów: punktowe, dotyczące pojedynczych nukleotydów albo przesuwające otwartą ramkę odczytu. Mutanty te są ponadto szczególnie wrażliwe na działanie mutagenów ze względu na zwiększoną przepuszczalność ściany i upośledzenie mechanizmów naprawczych. W warunkach doświadczenia hodowle tych szczepów miesza się z badanym związkiem w środowisku, w którym nie ma histydyny. Jeżeli działanie badanej substancji spowoduje mutacje, będą one wielokierunkowe, a wśród nich pojawią się i takie, które zniosą działanie pierwotnej mutacji na drodze rewersji lub supresji i dadzą szansę syntezy histydyny, a tym samym wzrostu kolonii tego szczepu na podłożu bez tego aminokwasu. Im więcej takich kolonii, tym silniejsze działanie mutagenne badanego związku. W teście Amesa do badanych mieszanin dodaje się frakcję mikrosomalną wątroby, zawierającą enzymy zdolne przekształcać badaną substancję tak, jak to się dzieje w organizmie człowieka. Pozwala to wykryć kancerogenność także tych związków, które cechę tę zyskują dopiero po transformacji metabolicznej. W badaniu stosuje się kontrolę pozwalającą każdorazowo obliczyć liczbę rewertantów powstających spontanicznie, bez obecności badanej substancji. Test Amesa można przeprowadzić w sposób klasyczny posiewając zawiesiny bakterii na stałe podłoże minimalne bez histydyny w szalkach 211 Petriego. O mutacji powrotnej świadczy zdolność wyrastania bakterii w postaci kolonii. Inną odmianą jest test Amesa fluktuacyjny, który przeprowadza się w minimalnym podłożu płynnym, nie zawierającym histydyny, w 96 lub 384-dołkowych płytkach titracyjnych. Do podłoża dodany jest wskaźnik barwny wskazujący na zdolność wzrostu szczepu. O rewersji świadczy zmiana barwy podłoża w dołku. Oprócz testu Amesa są także systemy badania mutagenności wykorzystujące inne bakterie, np. Escherichia coli i jej mutanty niezdolne do rozkładania laktozy i tym samym wykorzystywania jej jako jedynego źródła węgla lub mutanty, które utraciły zdolność do syntezy tryptofanu. Zadania do wykonania Zadanie 1. Wykrywanie mutagenów chemicznych. Test Amesa (wersja uproszczona) - Trzy płytki z podłożem minimalnym (bez histydyny) opisano 1, 2 i K. - Do dwóch probówek z roztopionym i ochłodzonym do temperatury ok. 50°C agarem powierzchniowym dodano: - do pierwszej: 0,1 mL badanej substancji I, - do drugiej: 0,1 mL badanej substancji II. Trzecia probówka stanowiła kontrolę (nie dodano żadnej substancji). Do wszystkich trzech probówek dodano po 0,1 mL hodowli bulionowej szczepu testowego Salmonella Typhimurium His-.. - Wylano zawartość probówek na odpowiednie płytki (płytka „K”- kontrola bez badanej substancji). - Po zestaleniu inkubowano przez 48 godzin w temperaturze 37°C. + - Policz wyrosłe kolonie rewertantów His na płytkach 1, 2 i K i oblicz indeks mutagenności (I) dla badanych substancji: I= Mi/ Ms Mi- liczba kolonii rewertantów indukowanych Ms - liczba kolonii rewertantów spontanicznych 212 Wiedząc, że: I < 1,7 – substancja nie działająca mutagennie 1,7 ≤ I ≤ 1,9 – substancja o potencjalnym działaniu mutagennym I > 1,9 – substancja o działaniu mutagennym wydaj opinię o badanych substancjach. Zadanie 4. Wykrywanie mutagenów chemicznych. Test reperacji DNA (wersja uproszczona) - Materiał z hodowli bulionowej Escherichia coli PolA+ (posiadającej polimerazę DNA) i hodowli Escherichia coli PolA- (bez genu polimerazy) posiano wacikiem na całe powierzchnie dwóch płytek agarowych. - Podzielono płytki na trzy sektory i oznaczono je: K+, K- i Bz. - W sektorach na powierzchni zasianego agaru ułożono krążki bibułowe: K+ (kontrola pozytywna) – krążek z mitomycyną C (mutagen hamujący replikację DNA), K- (kontrola negatywna) – krążek z cefalotyną (antybiotyk blokujący syntezę ściany komórkowej, nie jest mutagenem), Bz – badany związek. 213 - Płytki pozostawiono na około 30 minut w temperaturze pokojowej w celu dyfuzji związków do podłoża, a następnie inkubowano w temperaturze 37°C ok. 20 godzin. Podaj i zinterpretuj wynik doświadczenia 214 Rozdział 18 Podstawy wiedzy o antybiotykach i antybiotykoterapii Część teoretyczna Leki przeciwbakteryjne i ich stosowanie Leki przeciwbakteryjne to duża grupa antybiotyków (będących produktem naturalnym drobnoustrojów) i chemioterapeutyków (zsyntetyzowanych chemicznie). Najliczniejsze i najczęściej wykorzystywane w lecznictwie ich grupy to antybiotyki -laktamowe, aminoglikozydy, tetracykliny, makrolidy, fluorochinolony. Te preparaty, których znajomość jest niezbędna dla uczestnictwa w ćwiczeniach pokazano w poniższej tabeli. Tabela 1. Podstawowe antybiotyki i chemioterapeutyki używane w terapii Grupa Wybrane Spektrum (zakres) działania preparaty β-laktamy ANTYBIOTYKI HAMUJĄCE SYNTEZĘ ŚCIANY KOMÓRKOWEJ Penicyliny Penicylina G G(+) i nieliczne G(-) Kloksacylina Amoksycylina Ampicylina Ko-amoksiklav (amoksycylina + kwas klawulanowy) Tikarcylina Piperacylina G(+) G(+) i wiele (G-) G(+) i wiele (G-) oraz bakterie wytwarzające β-laktamazy G(-), słabiej na G(+) G(+) , G(-), tlenowe i beztlenowe 215 I generacja Cefalospooryny II generacja III generacja IV generacja V generacja Monobaktamy Karbapenemy Glikopeptydy Cefradyna Cefaklor Cefazolina Cefuroksym Cefoksytyna silniej G(+), słabiej G(-) Ceftazydym Cefotaksym Ceftriakson Cefepim G(+) i G(-) Ceftarolina Ceftobiprol Aztreonam Imipenem Meropenem Wankomycyna Teikoplanina silniej G(-), słabiej G(+) G(+) i G(-) (najszersze spektrum ) G(+) (rekomendowane dla szczepów MRSA) i G(-) G(-) G(+) i G(-) G(+) ANTYBIOTYKI HAMUJĄCE SYNTEZĘ BIAŁKA Aminoglikozydy Makrolidy Tetracykliny Linkozamidy Oksazolidynony Gentamicyna Amikacyna Netilmycyna Tobramycyna Streptomycyna Erytromycyna Klaritromycyna Azitromycyna Oksytetracyklina Doksycyklina Klindamycyna Linezolid G(-), słabiej na G(+) G(+), słabo G(-), aktywne wobec chlamydii, mikoplazm i bakterii wewnątrzkomórkowych G(+) i G(-), chlamydie, riketsje i krętki G(+) i beztlenowe G(-) G(+), niektóre beztlenowce 216 ANTYBIOTYKI HAMUJĄCE SYNTEZĘ DNA Fluorochinolony Nitroimidazole Rifamycyny Ciprofloksacyna Ofloksacyna Gatifloksacyna Moksifloksacyna Metronidazol Rifampicyna Sulfonamidy Trimetoprim Sulfametoksazol Trimetoprim G(-), aktywne wobec Chlamydia, Mycoplasma, Legionella, Mycobacterium tuberculosis beztlenowce G(+), Mycobacterium tuberculosis G(+) i G(-) G(+) i G(-) ANTYBIOTYKI HAMUJĄCE SYNTEZĘ ENZYMÓW I USZKADZAJĄCE DNA Nitrofurany Furagina G(+) i G(-) Leki przeciwbakteryjne stosowane są w monoterapii (leczenie jednym lekiem) lub w terapii skojarzonej (kilkoma lekami). Zaletami tej drugiej jest poszerzenie zakresu ich działania i wzmocnienie aktywności, jeśli skojarzone leki działają synergistycznie. Synergizm jest wzmożeniem działania leków, większym niż to, jakiego można się spodziewać jako sumy ich działań. Nie należy kojarzyć leków które charakteryzuje antagonizm – gdy ich mechanizm działania wzajemnie się znosi lub wyklucza. Zastosowanie terapii skojarzonej często zmniejsza potrzebne dawki, a tym samym toksyczność leków, a także w dużym stopniu zmniejsza niebezpieczeństwo selekcji szczepów o nabytej oporności. Leki przeciwbakteryjne mogą powstrzymywać mnożenie się bakterii, ale nie powodować ich śmierci (działać bakteriostatycznie). Zwykle pozwala to układowi odpornościowemu skutecznie zwalczyć infekcję. Niektóre z nich działają jednak bakteriobójczo, powodując śmierć bakterii, ale tym samym powodując ich rozpad i uwolnienie toksycznych elementów komórek. Leki przeciwbakteryjne wykazują różny zakres (spektrum) działania. Wynika to z ich zdolności do interferowania z określonymi elementami 217 budowy lub metabolizmu, charakterystycznymi dla wielu lub tylko dla nielicznych bakterii. Stąd każdy gatunek bakterii charakteryzuje oporność naturalna na niektóre z tych leków, która jest genetycznie determinowana genami chromosomowymi. Jej mechanizm jest związany z występowaniem barier w przenikaniu antybiotyku przez osłony bakterii, brakiem systemu aktywnego transportu lub nieobecnością struktur lub/i szlaków metabolicznych, będących celem działania tego antybiotyku. Ta oporność decyduje o tym czy antybiotyk lub chemioterapeutyk nazwiemy szerokowidmowym (działającym na wiele grup bakterii, w tym gramdodatnie i gramujemne) czy wąskowidmowym (działającym na wąską grupę, jak tylko na gramujemne pałeczki albo prątki). Spośród wymienionych tutaj, do ważnych terapeutycznie, szerokowidmowych leków należą niektóre penicyliny półsyntetyczne (amoksycylina i ampicylina), cefalosporyny, tetracykliny i karbapenemy. Nieco węższe spektrum mają aminoglikozydy i makrolidy. Wąskowidmowe są penicyliny naturalne (penicylina G) i kloksacylina, a także monobaktamy. Obok oporności naturalnej, bakterie fenotypowo prezentują też oporność nabytą. Powstaje ona w wyniku pozyskania przez nie genów oporności na antybiotyki – poprzez transfer odpowiednich fragmentów DNA (np. na plazmidach) z komórek innych bakterii. Ponieważ nie sposób przewidzieć tych procesów, konieczne jest wykonywanie badań mikrobiologicznych określających działanie wytypowanych grup leków na szczep izolowany od pacjenta uznany za czynnik etiologiczny jego choroby. Wybierane są leki, które ze względu na naturalną wrażliwość tych bakterii powinny być skuteczne, ale oporność nabyta mogła zmienić ten stan rzeczy. Bada się wrażliwość wyizolowanych od pacjenta bakterii uzyskanych w postaci czystej hodowli. Najczęściej stosowanym sposobem określania zakresu (profilu) wrażliwości bakterii na antybiotyki in vitro jest metoda krążkowodyfuzyjna, zwana popularnie antybiogramem. W metodzie tej antybiotyk dyfunduje z krążka ułożonego na powierzchni posianego badanym szczepem agaru i hamuje jego wzrost. Wielkość strefy zahamowania jest wyznacznikiem wrażliwości. Metoda wymaga bardzo starannej standaryzacji, aby wyniki były porównywalne w obrębie danej pracowni i miedzy ośrodkami. 218 Pełniejsze dane na temat poziomu wrażliwości badanych bakterii uzyskuje się ustalając in vitro stężenie antybiotyku, które zabija lub hamuje wzrost bakterii. Oznacza się najmniejsze stężenie hamujące wzrost bakterii – MIC (ang. minimum inhibitory concentration) i/lub najmniejsze stężenie bakteriobójcze (zabijające 99,9% bakterii) – MBC (ang. minimum bactericidal concentration). Stężenie określa się w µg lub jednostkach leku na mL lub mg/L. Takie badania dają znacznie więcej informacji, które mogą przyczynić się do podjęcia właściwej terapii pacjenta. Oznaczenia te wykonuje się także przy ocenie nowych leków. Zazwyczaj testuje się wtedy wrażliwość wielu rodzajów izolowanych klinicznie drobnoustrojów, a wśród nich dużej grupy szczepów każdego z gatunków, określając wartość MIC90. Wartość ta określa najmniejsze stężenie, na które było wrażliwe 90% badanych szczepów. W badaniach antybiotykowrażliwości bakterii izolowanych z przypadków klinicznych w Polsce stosuje się procedury oparte o wytyczne Krajowego Ośrodka Referencyjnego d/s Lekowrażliwości Drobnoustrojów (KORLD) oparte na danych z terenu Polski (np. dobór antybiotyków) zgodnych z określającą metodologię dla krajów europejskich normą EUCAST (European Committee on Antimicrobial Susceptobility Testing). Poszukiwanie i badanie nowych antybiotyków i chemioterapeutyków Szerokie stosowanie leków przeciwbakteryjnych powoduje powstawanie i narastanie zjawiska oporności. Dlatego też mimo, że w lecznictwie ma obecnie zastosowanie około 100 preparatów, stale poszukuje się nowych, o lepszym spektrum, działających na szczepy wielooporne, czy mających lepsze właściwości farmakologiczne. Nowe leki przeciwbakteryjne są najczęściej modyfikacją chemiczną znanych produktów naturalnych, bowiem poszukiwanie nowych aktywnych substancji z bakterii glebowych i grzybów wymaga ogromnych nakładów finansowych. Prowadzone są również badania substancji wytwarzanych przez glony, porosty, rośliny wyższe (alkaloidy, diterpenoidy), a nawet organizmy zwierzęce (polipeptydy wytwarzane przez bezkręgowce, płazy i ssaki). 219 Procedury badania leków opisane są w bieżących wydaniach Farmakopei. Aktywność nowych leków określa się opisaną wyżej metodą wyznaczania wartości MIC. W tym wypadku jednak badanie przeprowadza się w stosunku do zestawu szczepów wzorcowych o znanej wrażliwości. Szczepy te mają cechy ich oporności naturalnej, ale nie mają genów oporności nabytej. Są one ściśle oznakowane i przechowywane w specjalnych kolekcjach w warunkach gwarantujących zachowanie ich genotypu i fenotypu. Jeśli nowy lek wykaże obiecujące cechy w postaci niskich wartości MIC i/lub MBC wobec jednego (wąskowidmowy) czy wielu (szerokowidmowy) szczepów wzorcowych, w następnym etapie prowadzi się badania ze szczepami klinicznymi tych gatunków wyznaczając wartości MIC50 (częściej) i MIC90 mówiące odpowiednio o stężeniu hamującym wzrost 50% i 90% szczepów. Im wartość MIC niższa, tym lek jest skuteczniejszy. Im większa jest grupa badanych szczepów tym wynik jest bardziej miarodajny. W praktyce oznacza to, że jeśli zbadaliśmy kolekcję 106 szczepów klinicznych i uszeregowaliśmy je od najniższej do najwyższej otrzymanej wartości MIC to wartość MIC50 wyznacza nam (106x0.5=53) pięćdziesiąty trzeci szczep tej kolekcji. Aktywność nowych preparatów określa się zawsze równolegle z oznaczaniem wzorca – zwykle dobrze znanego, najlepszego antybiotyku z tej samej grupy. W tego typu badaniach częściej korzysta się z metody wyznaczania MIC z użyciem rozcieńczeń w podłożu stałym. Preparaty surowe mogą być wstępnie oceniane metodą dyfuzyjną, w której w cylinderkach lub wgłębieniach w agarze na płytce (rzadziej na krążkach) na posianym wzorcowymi bakteriami podłożu umieszcza się badany preparat. Strefę zahamowania wzrostu wokół cylinderka z nowym preparatem ocenia się względem 2-5 rozcieńczeń wzorca zbadanych na tej samej płytce. 220 Metody Antybiogram Oznaczenie wykonuje się w ściśle standaryzowanych warunkach, używając atestowanych krążków bibułowych nasączonych antybiotykami pamiętając, że na wynik antybiogramu, obok wrażliwości bakterii, ma wpływ szereg czynników związanych z jego wykonaniem. Wykonanie: Zebrać 1-3 takich samych kolonii z płytki ze świeżą czystą hodowlą wcześniej zidentyfikowanego szczepu i przygotować zawiesinę w fizjologicznym roztworze NaCl o gęstości odpowiadającej wzorcowi 8 nr 0,5 wg skali McFarlanda (tj. 1,5x 10 CFU/mL); posiać ją wacikiem na powierzchnię płytki z podłożem MuelleraHinton; wybrać odpowiednie krążki z lekami (korzystając z instrukcji Ośrodka Referencyjnego) i ułożyć je na płytce, używając jałowej pęsety lub dyspensera (na płytce 90 mm nie więcej niż 5-6); płytki umieścić w ciągu 15 minut w cieplarce 37°C i inkubować przez 20 godzin; zmierzyć przezroczystą linijką strefy zahamowania wzrostu wokół krążków (mm); mierzy się poprzez krążek od jednej do drugiej krawędzi koła tej strefy; sprawdzić w tabeli stopień wrażliwości korzystając z odpowiednich tabel. Oznaczanie MIC i MBC metodą rozcieńczeniową Oznaczenie to można przeprowadzić na podłożu płynnym lub stałym. Ta pierwsza metoda ma szersze zastosowanie i została tu opisana. Oznaczenie MIC. Przygotowuje się stanowiącą inokulum zawiesinę badanego szczepu bakterii w roztworze fizjologicznym NaCl o gęstości odpowiadającej nr 0,5 wg skali McFarlanda, tj. 1,5x 108 CFU/mL i rozcieńcza się ją w pożywce 10-cio krotnie. Wykonanie: 221 Przygotować szereg kolejnych dwukrotnych rozcieńczeń antybiotyku w pożywce płynnej, ostatnia probówka szeregu stanowi kontrolę wzrostu i nie zawiera antybiotyku. Dodać 50 μl wcześniej przygotowanego inokulum bakterii do probówek z kolejnymi rozcieńczeniami antybiotyku i probówki kontrolnej (bez antybiotyku). Inkubować w cieplarce 37°C, 20 godzin. Po tym czasie ocenić makroskopowo wzrost. Stężenie antybiotyku w ostatniej probówce w szeregu, w której brak jest wzrostu bakterii, określa wartość MIC. Oznaczenie MBC jest kontynuacją oznaczenia MIC. Po jego odczytaniu z probówek, w których brak widocznego wzrostu oraz probówki kontrolnej odsiewa się standaryzowaną ezą próbki punktowo na pożywkę stałą, odpowiednią dla badanych bakterii (np. podłoże MacConkeya dla pałeczek z rodziny Enterobacteriaceae). Po inkubacji ocenia się wzrost na płytkach. Wzrost będzie niewidoczny tylko przy subkulturze z probówki z takim rozcieńczeniem antybiotyku, które jest bójcze dla tych bakterii. Jest ono wartością MBC. Antybiotyki bakteriostatyczne w większym od terapeutycznego stężeniu mogą działać bójczo, wtedy MIC<MBC. Antybiotyki bakteriobójcze mają zwykle wartości MIC i MBC zbliżone do siebie. Oznaczenie MIC metodą E-testu E-test jest paskiem nasączonym antybiotykiem. W pasku tym utworzono gradient stężeń; ich wartości opisane są liczbowo na jego powierzchni (wartości MIC). Paski układa się na odpowiednim podłożu zasianym standaryzowaną zawiesiną badanego szczepu podobnie, jak krążki w antybiogramie. Podczas inkubacji w cieplarce (37°C, 20 godzin) antybiotyk, dyfundując z paska do podłoża, spowoduje zahamowanie wzrostu bakterii. Strefa zahamowania wzrostu maleje wraz ze zmniejszaniem się stężenia antybiotyku. Wartość najmniejszego stężenia hamującego – MIC wskazuje dotykająca paska krawędź strefy zahamowania. 222 Techniki biologii molekularnej stosowane w poszukiwaniu genów oporności na antybiotyki Oporność nabyta na antybiotyki jest wynikiem mutacji w genach lub pojawieniem się nowego genu. Geny oporności mogą zlokalizowane być w chromosomie lub na ruchomych elementach genetycznych (np. na plazmidach, transpozonach) i mogą być przenoszone pomiędzy komórkami bakterii w wyniku horyzontalnego transferu genów. Do bezpośredniego wykrywania obecności w badanym szczepie bakterii (np. izolowanym z materiału klinicznego) genów oporności na substancje przeciwdrobnoustrojowe można wykorzystywać techniki molekularne. Przykładem może być wykrywanie u gronkowców genu mecA kodującego oporność na meticylinę czy genów z grupy erm odpowiedzialnych za mechanizm oporności krzyżowej na makrolidy, linkozamidy i streptograminę B (MLSB). Najczęściej wykorzystywaną metodą w poszukiwaniu genów oporności na antybiotyki i chemioterapeutyki u bakterii jest łańcuchowa reakcja polimerazy (PCR – ang. Polymerase Chain Reaction) oraz jej odmiany (np. Multiplex-PCR). Zadania do wykonania Zadanie 1. Oznaczanie MIC i MBC antybiotyków Odczytaj wynik gotowego oznaczenia MIC, wykonanego wcześniej metodą rozcieńczeń w pożywce płynnej. - Zaznacz w poniższej tabeli, w których probówkach obserwujesz wzrost. - Czy wynik kontroli jest prawidłowy? - Wpisz w tabeli jakie było stężenie antybiotyków w kolejnych probówkach - Oblicz MIC gentamicyny i tetracykliny dla badanego szczepu E. coli. - Z probówek, w których brak widocznego wzrostu i probówki kontrolnej pobierz po 1 oczku ezy i posiej pasmowo na oznaczone sektory płytki z podłożem MacConkeya. - Inkubuj w cieplarce 37°C przez ok. 20 godzin. - Oblicz wartość MBC i zinterpretuj wynik. 223 Nr probówki 1 2 3 4 Wzrost szczepu badanego Stężenie gentamicyny (μg/mL) MIC gentamicyny dla tego szczepu = MBC = Wzrost szczepu badanego Stężenie tetracykliny (μg/mL) MIC tetracykliny dla tego szczepu = MBC = 5 6 7 8 9 kontrola Zadanie 2. Odczytanie i interpretacja antybiogramów demonstracyjnych. Ocena spektrum działania antybiotyków Przygotowano antybiogramy dla szczepów wzorcowych czyli takich które wykazują naturalną wrażliwość i nie zawierają genów oporności nabytej. - Zmierz średnice stref zahamowania wzrostu tych szczepów wokół ułożonych na płytce krążków. - Oceń działanie badanych antybiotyków względem naturalnie wrażliwych/opornych szczepów. Zapisz w tabeli: Antybiotyk S. aureus (strefa mm) E. coli (strefa mm) Wrażliwość wg tabeli 224 Antybiogramy wykonane dla szczepów wzorcowych pozwalają ocenić spektrum antybiotyków. Wąskowidmowe antybiotyki to: Szerokowidmowe antybiotyki to: Do badania wrażliwości gronkowców nie należało używać krążków z: gdyż bakterie te naturalnie są na nie oporne. Leczenie tymi antybiotykami zawsze będzie nieskuteczne. 225 Do badania wrażliwości pałeczki okrężnicy nie należy używać krążków z: gdyż bakterie te naturalnie są na nie oporne. Leczenie tymi antybiotykami zawsze będzie nieskuteczne. Zadanie 3. Wykonanie antybiogramu krążkowego dla bakterii wyhodowanych od chorego - Otrzymujesz czystą hodowlę bakterii na płytce. - Pobierz wacikiem materiał z kilku kolonii i przygotuj zawiesinę o właściwej gęstości. - Posiej bakterie na płytkę. - Ułóż przy pomocy pęsety krążki antybiotykowe odpowiednie dla badanego rodzaju bakterii dobrane wg zaleceń KORLD. - Po inkubacji w cieplarce odczytaj i zapisz wynik antybiogramu. Antybiotyk Strefa zahamowania wzrostu Wrażliwość wg tabeli 226 Zadanie 4. Działanie antybiotyków Wpisz w tabelę antybiotyki zastosowane w zadaniu 2 i 3. Zaklasyfikuj je do grup i podaj mechanizm i spektrum działania. Antybiotyk Grupa Mechanizm działania Spektrum antybiotyku 227 Zadanie 5. Poszukiwanie genu ermX u Corynebacterium jeikeium - Do probówki Eppendorfa dodaj następujące składniki reakcji: 12,5 µL Mastermix (Taq DNA polimeraza, MgCl2, dNTPs) po 0,5 µL starterów (erm1, erm2) specyficznych dla genu ermX 1 µL lizatu komórkowego szczepu C. jeikeium 10,5 µL wody wolnej od nukleaz - Wykonaj kontrolę dodatnią – lizat szczepu ermX+. - Wykonaj kontrolę ujemną – matryce zastąp wodą wolną od nukleaz. - Wstaw probówki do termocyklera ustawionego na 30 cykli o następujących parametrach: denaturacja 94°C przyłączanie starterów 56°C wydłużanie nici DNA 72°C - Po reakcji nanieś próbki na żel agarozowy w celu ich rozdziału elektroforetycznego (1h, 70V). - Po rozdziale oceń obecność odpowiednich prążków produktu reakcji w kamerze UV i zinterpretuj wynik. Wyniki: 228 229 230 231 IMMUNOLOGIA Rozdział 1 Podstawy diagnostyki immunologicznej i immunoprofilaktyki Część teoretyczna Antygeny to substancje stymulujące układ immunologiczny organizmu do odpowiedzi w postaci produkcji swoistych przeciwciał i uczulonych limfocytów (immunogenność) i reagujące z nimi (swoistość). Hapteny to antygeny niepełnowartościowe, bez cechy immunogenności, ale mające podobnie, jak antygeny epitopy (determinanty antygenowe) warunkujące swoistość. Przeciwciała (immunoglobuliny, Ig) to białka produkowane przez aktywowane obecnością antygenu limfocyty B i komórki plazmatyczne. Mają zdolność swoistego łączenia się z antygenem. Występują w płynach ustrojowych, na powierzchni błon śluzowych i komórek. Są elementem swoistej, nabytej odporności, kształtującej się w czasie życia. Ze względu na udział w procesach immunologicznych wyróżniamy: aglutyniny – powodują zlepianie bakterii w ustroju, zmniejszając ich zdolność do mnożenia i rozprzestrzeniania, przy czym bakterie zachowują swoją zjadliwość; lizyny – po przyłączeniu dopełniacza powodują lizę komórki; opsoniny – ułatwiają zajście fagocytozy, opłaszczając wirusy i bakterie, ułatwiają łączenie z makrofagami i dopełniaczem; antytoksyny (neutralizyny) – mają zdolność zobojętniania bakteryjnych toksyn białkowych i lipopolisacharydowych; neutralizyny przeciwwirusowe – zobojętniają wirusy, znosząc ich zakaźność. Przeciwciała często są wielofunkcyjne. 232 Fagocytoza to proces pochłaniania przez komórkę całych obcych cząstek, np. drobnoustrojów lub ich fragmentów. Zdolność taką posiadają głównie makrofagi i granulocyty obojętnochłonne. Stanowi element naturalnej, wrodzonej, nieswoistej odporności człowieka. Efektywność tego procesu ulega zwiększeniu, jeśli cząstki antygenów zostaną opłaszczone swoistymi przeciwciałami – opsoninami, które aktywnie wiążą komórkę i stymulują układ dopełniacza. Dopełniacz (komplement) to grupa około 30 białek surowicy i płynów tkankowych w postaci proenzymów aktywowanych w ściśle określonej kolejności. Dopełniacz pełni ważną funkcję w procesach zapalnych, będąc ważnym elementem nieswoistych mechanizmów obronnych organizmu. Dopełniacz uczestniczy też w reakcjach immunologicznych aktywowanych przez swoiste kompleksy antygen–przeciwciało i dokonuje lizy połączonych z przeciwciałami komórek uznanych przez układ immunologiczny za wrogie. Diagnostyka metodami immunologicznymi. Reakcje antygen–przeciwciało zaaranżowane w warunkach laboratoryjnych in vitro nazywane są odczynami serologicznymi. Odczyny te służą identyfikacji jednego bądź drugiego składnika reakcji, a w medycynie są wykorzystywane w diagnostyce różnych chorób: infekcyjnych, metabolicznych, nowotworowych i innych. Większość odczynów, szczególnie tych służących poszukiwaniu przeciwciał, może być wykonana metodą jakościową lub ilościową, która pozwala na wyznaczenie miana surowicy. Najczęściej stosowane odczyny serologiczne omówiono w części: Metody. Immunoprofilaktyka Szczepionki to preparaty zawierające patogeny lub ich elementy (antygeny protekcyjne) tak zmienione, że są nieszkodliwe, ale wyzwalają swoistą odpowiedź immunologiczną i pozwalają uzyskać po szczepieniu długotrwałą ochronę przed zakażeniem. Powtórny kontakt z antygenem 233 (drobnoustrojem chorobotwórczym) powoduje natychmiastową i znacznie silniejszą odpowiedź układu immunologicznego, niż by to miało miejsce przy pierwszym kontakcie, co chroni przed chorobą, albo znacząco łagodzi jej przebieg. Tabela 1. Podział szczepionek ze względu na ich skład Typ szczepionki Skład szczepionki atenuowane żywe drobnoustroje inaktywowane pełne, zabite drobnoustroje toksoid, pertaktyna, hemaglutynina, antygeny fimbrii toksoidy podjednostkowe, acelularne, wielocukry otoczkowe zawierające elementy patogenów antygeny powierzchniowe wirusa lub rozszczepione wiriony DNA (w fazie doświadczalnej) DNA (nagi) Szczepionka przeciw poliomyelitis (Sabina; doustna), odrze, śwince, różyczce, ospie wietrznej i półpaścowi, biegunce rotawirusowej, gruźlicy poliomyelitis (Salka), zapaleniu wątroby HAV, wściekliźnie, kleszczowemu zapaleniu mózgu krztuścowi, cholerze, dżumie krztuścowi błonicy, tężcowi meningokokom, pneumokokom, Haemophilus influenzae typ b zapaleniu wątroby HBV, grypie malarii, leiszmaniozie, gruźlicy Szczepienia ochronne są dokonywane począwszy od urodzenia dziecka zgodnie z ustalonym kalendarzem tak, aby odpowiedź immunologiczna i jej siła były optymalne i chroniły przed zakażeniami. 234 Tabela 2. Kalendarz szczepień ochronnych obowiązkowych i zalecanych w Polsce (2014) Wiek 1 r.ż. 2 r.ż. Obowiązkowe w ciągu 24 godzin po urodzeniu 2 miesiąc życia (6 tyg. od poprzedniego szczepienia) przełom 3 i 4 miesiąca życia (po 6-8 tyg. od poprzedniego szczepienia) 5-6 miesiąc życia (po 6-8 tyg. od poprzedniego szczepienia) Zalecane HBV, gruźlica HBV, błonica, tężec i krztusiec, rotawirusy Haemophilus influenzae typu b meningokoki błonica, tężec i krztusiec, poliomyelitis (inaktywowana), Haemophilus influenzae typ b rotawirusy pneumokoki błonica, tężec i krztusiec polio (inaktywowana) Haemophilus influenzae typ b 7 miesiąc życia HBV grypa 13-14 miesięcy odra, świnka i różyczka ospa wietrzna 16-18 miesiąc życia błonica, tężec i krztusiec poliomyelitis (inaktywowana) Haemophilus influenzae typ b HAV* (schemat 0,612) 3 rok życia okres przedszkolny 6 rok życia 10 rok życia szkoła podstawowa , gimnazjum 11 rok życia błonica, tężec i krztusiec (acelularna) poliomyelitis (atenuowana) odra, świnka i różyczka HAV* (schemat 0,612) odra, świnka i różyczka (tylko dzieci nie zaszczepione w 10 rż) 235 12 rok życia 14 rok życia 19 rok życia odra, świnka i różyczka (tylko dzieci nie zaszczepione w 10 lub 11 rż) HBV (schemat 0, 1, 6 u dzieci wcześniej nie zaszczepionych) błonica, tężec błonica, tężec * u dzieci dotychczas nieuodpornianych Kalendarz szczepień nie obejmuje wszystkich dostępnych na rynku szczepionek. Wśród nich pozostają szczepionki przeznaczone dla osób narażonych w sposób szczególny na zakażenie oraz zalecane w określonych sytuacjach, jak np. w obszarach endemicznych, podczas epidemii czy wyjazdu za granicę. Należą do nich m.in. szczepienie przeciw wściekliźnie, durowi brzusznemu, grypie, meningokokom, pneumokokom, kleszczowemu zapaleniu mózgu czy żółtej gorączce. Obecnie jest możliwość realizacji szczepień obowiązkowych szczepionkami skojarzonymi nowej generacji. Są one płatne, ale znacznie zmniejszają liczbę wkłuć oraz minimalizują niepożądane odczyny poszczepienne. Immunodiagnostyka onkologiczna Markery nowotworowe są to substancje, których obecność lub zwiększone stężenie można wiązać z rozwojem choroby nowotworowej. Mogą one być wydzielane przez komórki nowotworowe do płynów ustrojowych, pozostawać związane na powierzchni tych komórek lub być uwalniane z komórek prawidłowych w odpowiedzi na proces rozrostowy. Immunodiagnostyka onkologiczna wykorzystuje substancje uwalniane do krwi lub innych płynów ustrojowych przez nowotwór - swoiste antygeny nowotworowe TSA oraz związane z obecnością nowotworu (TAA) w stężeniach niespotykanych u osób zdrowych. Mogą one mieć charakter antygenów, białek, enzymów lub hormonów. Najbardziej użyteczne w diagnostyce są te uwalniane do krwi, charakteryzujące się wysoką czułością (liczba pozytywnych wyników do rzeczywistej choroby) i swoistością (liczba negatywnych wyników, gdy brak choroby). Zastosowanie markerów: 236 wykrywanie nowotworu, badania przesiewowe, wznowy choroby; monitorowanie leczenia; ocena zaawansowania choroby. W diagnostyce markerów nowotworowych szczególne zastosowanie mają techniki immunoenzymatyczne oraz cytometria przepływowa pozwalająca na ocenę subpopulacji komórek krwi obwodowej, co jest szczególnie przydatne w diagnostyce białaczek czy chłoniaków. Tabela 2. Najczęściej oznaczane markery nowotworowe Marker Nowotwór Ca 19-9 wątroby, trzustki i dróg żółciowych Ca 15-3 sutka Ca 125 jajnika SCC szyjki macicy Ca 72-4 żołądka S 100 mózgu 21-1 płaskonabłonkowy nowotwór płuc NSE drobnokomórkowy nowotwór płuc CEA jelita grubego PSA gruczołu krokowego β-2-mikroglobulina chłoniak, białaczki Metody Odczyn aglutynacji Odczyn aglutynacji oparty jest na immunologicznej, specyficznej reakcji między swoistymi przeciwciałami a wielowartościowymi cząsteczkowymi antygenami. W odczynie tym cząstki antygenu – aglutynogenu opłaszczane są przeciwciałami – aglutyninami, co prowadzi do tworzenia agregatów – aglutynatu wypadającego w postaci osadu w obecności roztworu NaCl. 237 Aglutynogen może być w postaci komórek: bakterie, grzyby, krwinki (aglutynacja bezpośrednia) lub być małocząsteczkowymi antygenami (lub haptenami) osadzonymi sztucznie na biernych w tym odczynie nośnikach: cząstkach lateksu, bentonitu czy specjalnie przygotowanych erytrocytach (aglutynacja pośrednia). Odczyny aglutynacyjne, niegdyś bardzo popularne, obecnie straciły na znaczeniu. Aglutynację wykorzystuje się w najszerszym zakresie w mikrobiologii do identyfikacji nieznanych antygenów, np. identyfikacji bakterii lub ich antygenów (aglutynacja pośrednia) lub w określania poziomu przeciwciał (np. odczyn Widala w durze brzusznym, Weila-Felixa w durze plamistym, Wrighta w tularemii). Aglutynacja bezpośrednia może być nastawiona w probówkach lub na szkiełkach podstawowych. Aglutynację probówkową stosuje się do wykrywania w surowicy przeciwciał. Ma ona zastosowanie w diagnostyce serologicznej chorób zakaźnych. Przykładem jest odczyn Widala stosowany w rozpoznawaniu duru brzusznego i durów rzekomych. Ilość przeciwciał w badanej surowicy wyrażana jest jako miano surowicy, czyli odwrotność największego jej rozcieńczenia, w którym wystąpiła aglutynacja. Antygen stanowią odpowiednio spreparowane komórki Salmonella, na których wyeksponowane są odpowiednie antygeny (O, H, Vi). Sporządza się szereg dwukrotnych rozcieńczeń surowicy badanej w 0,85% roztworze NaCl. Do każdej z probówek dodaje się taką samą objętość zawiesiny antygenu. Ostatnia probówka jest kontrolą jego zawieszalności. Po inkubacji odnajduje się probówkę z rozcieńczeniem stanowiącym miano tej surowicy. Aglutynacja obłoczkowa (luźne, łatwo ulegających rozbiciu agregaty) pojawi się jeżeli surowica zawierała swoiste przeciwciała przeciwko, antygenom rzęskowym (H), aglutynacja grudkowa (O), w której bierze udział antygen somatyczny (O), jeśli w surowicy są dla niego przeciwciała (agregaty grudkowate, trudno rozbijalne). Aglutynacja szkiełkowa bezpośrednia wykonywana jest na szkiełkach podstawowych zwykle w celu identyfikacji antygenów zlokalizowanych na powierzchni dużych, nierozpuszczalnych cząstek (np. komórek).Odczyn ma zastosowanie w oznaczaniu grup krwi oraz w identyfikacji bakterii przy 238 użyciu surowic zawierających przeciwciała dla znanych antygenów bakteryjnych. Aglutynacja pośrednia, w której antygen lub hapten osadzony jest na sztucznych nośnikach (lateks, spreparowane krwinki), może być przeprowadzona techniką probówkową lub szkiełkową. Technika probówkowa wykorzystywana jest na przykład do wykrywania w surowicy przeciwciał antytoksycznych dla toksyny tężcowej (toksyna jest absorbowana na powierzchni krwinek). W przypadku zastosowania jako nośnika krwinek mówimy o hemaglutynacji biernej. Technika szkiełkowa jest wykorzystywana w tzw. odczynach lateksowych. Służyć mogą zarówno wykrywaniu antygenów, jak i przeciwciał. Próbę wykonuję się podobnie jak odczyn aglutynacji szkiełkowej. Kropla opłaszczonego antygenami lub przeciwciałami lateksu po wymieszaniu z kroplą, odpowiednio: badanej surowicy lub źródła antygenu ulega aglutynacji jeśli składowe są względem siebie swoiste. Różnego rodzaju testy zawierają zazwyczaj w opakowaniu własne instrukcje wykonania dołączone przez producenta. Lateks jest mlecznym, białym bądź zabarwionym płynem a wynik reakcji jest wyraźnie widoczny. Aglutynacja pośrednia jest też metodą dla wykonania odczynu antyglobulinowego Coombsa. Aglutynacja ze specyficzną surowicą pozwala na wykrywanie przeciwciał niekompletnych opłaszczających komórki np. erytrocyty w nabytej niedokrwistości hemolitycznej noworodków (przeciwciał jednowartościowych). Odczyn precypitacji Odczyn precypitacji wykorzystuje reakcje, jakie zachodzącą pomiędzy swoistymi przeciwciałami a antygenami w formie rozpuszczalnej. W wyniku zetknięcia się tych składników, w obecności roztworu NaCl, powstaje widoczny strąt – precypitat. Jego powstanie i wielkość zależy od składników reakcji, które muszą osiągnąć optymalny stan równowagi. Precypitacja jest bardzo czułym odczynem służącym ocenie czystości różnych preparatów, w tym antygenów i przeciwciał używanych w innych odczynach. 239 Odczyn można wykonać w środowisku płynnym i żelowym. W środowisku płynnym precypitacja może być wykonana za pomocą próby pierścieniowej i próby flokulacyjnej (kłaczkującej). Precypitacja w środowisku płynnym wykonywana jest sporadycznie, natomiast precypitacja w środowisku żelowym jest podstawą szeregu bardzo czułych testów służących ocenie czystości różnych preparatów. Odczyn nosi miano immunodyfuzji. Precypitat powstaje w miejscu zetknięcia się dwóch reagentów, będących w optymalnym stosunku ilościowym i powstaje w postaci linii, łuku lub pierścienia. Odczyn ten, dzięki różnej szybkości dyfundowania w żelu poszczególnych składników reakcji, pozwala stwierdzić czy powstający precypitat jest jednorodny, tzn. czy występuje w nim jeden czy wiele kompleksów antygen–przeciwciało. Odczyn immunodyfuzji można przeprowadzić w probówkach metodą Oudina (immunodyfuzja prosta) lub na płytkach metodą Outcherlon’ego (immunodyfuzja podwójna) Immunodyfuzja radialna wg Manciniego umożliwia ilościowe określenie składników reakcji. Żel zmieszany z surowicą odpornościową wylewa się na płytkę. Po zakrzepnięciu wycinany jest zbiorniczek, do którego nalewa się roztwór antygenu. Ten dyfunduje do żelu i w strefie zrównoważenia stężeń składników reakcji tworzy się pierścieniowa strefa precypitatu. Pomiar jej średnicy i odniesienie do krzywej wzorcowej pozwala wyliczyć stężenie badanego antygenu. Immunodyfuzja podwójna polega na dyfuzji w żelu dwóch składników antygenu i przeciwciała. W obszarze równowagi stężeń powstaje precypitat w postaci linii precypitacyjnej. Jeżeli składniki reakcji są niejednorodne, to powstaje więcej precypitatów, wiele linii precypitacyjnych. Technika, która stanowi połączenie immunodyfuzji i elektroforezy jest immunoelektroforeza. W pierwszym etapie następuje wstępny rozdział antygenów w polu elektrycznym, a następnie immunodyfuzja rozdzielonych elektroforetycznie antygenów i naniesionej później do równoległego do linii rozdziału dołka mieszaniny odpowiednich przeciwciał. Metoda ta stosowana jest do kontroli jednorodności, składu jakościowego oraz swoistości antygenów i przeciwciał lub w badaniu składu białek surowicy i zmian, jakie mogą w nich następować w niedoborach odpornościowych. 240 Połączenie immunodufuzji radialnej i elektroforezy służące ilościowemu oznaczaniu antygenów jest testem rakietkowym wg Laurella. Nazwa pochodzi od kształtu strefy precypitacji powstającej w wyniku reakcji zawartych w żelu przeciwciał z rozdzielonym w polu elektrycznym antygenem. Odczyn neutralizacji Odczyn neutralizacji odwzorowuje zjawiska zachodzące w ustroju. W następstwie połączenia przeciwciał neutralizujących z odpowiednimi antygenami dochodzi do zniesienia ich aktywności biologicznej. Zobojętnione wirusy nie mnożą się w hodowli komórek i nie wywierają efektu cytopatycznego. Cytotoksyny nie niszczą wrażliwych komórek, np. nie hemolizują krwinek. Fakt ten jest wykazywany przez zastosowanie jako wskaźnika układów biologicznych: krwinek, hodowli tkankowych reagujących na działanie niezwiązanego antygenu w widoczny dla oka sposób. Oznaczanie antystreptolizyny O - odczyn ASO Antystreptolizyny O są przeciwciałami powstającymi w organizmie w przebiegu zakażenia paciorkowcem ropotwórczym (Streptococcus pyogenes) neutralizującymi wytwarzaną przez te bakterie toksynę streptolizynę O. Streptolizyna ta jest hemolizyną. Oznaczanie poziomu (miana) antystreptolizyn jest bardzo przydatne diagnostycznie, szczególnie w różnicowaniu chorób reumatycznych. Miano surowicy o wartości mniejszej lub równej 200, zatem odpowiadające ilości przeciwciał potrzebnych do neutralizacji nie więcej niż 200 j.m. (jednostek międzynarodowych) streptolizyny O, uznawane jest za prawidłowe. Dowodem rozwijającego się zakażenia paciorkowcami jest stwierdzenie narastania miana przeciwciał w badaniu powtórzonym w odstępie dwóch tygodni. Dokładny sposób wykonania oznaczenia jest zwykle załączony w postaci instrukcji do handlowego preparatu „Streptolizyny O”, którą należy zakupić w celu jego wykonania. Potrzebne są także erytrocyty królicze. Odczyn wykonuje się zazwyczaj dwuetapowo. Najpierw określa się 241 przybliżone miano w szerokim zakresie. Potem zawęża się zakres badania i ustala dokładnie wartość miana. Dla oznaczenia poziomu przeciwciał dla streptolizyny O (> 200 j.m.) używa się powszechnie odczynu lateksowego, w którym cząstki lateksu opłaszczone są streptolizyną O. Z zawierającą przeciwciała, odpowiednio rozcieńczoną surowicą pacjenta cząstki takie tworzą aglutynaty wykrywane w aglutynacji szkiełkowej. Dokładny przepis wykonania zawierają zestawy oferowane przez producentów. Odczyn wiązania dopełniacza (OWD) Odczyn wiązania dopełniacza służy wykrywaniu tych przeciwciał, które po połączeniu z antygenami dla których są swoiste, wiążą i aktywują system dopełniacza. Reakcja ta jest bardzo czuła i pozwala na wykrycie bardzo małych ilości poszukiwanego składnika. W odczynie mogą brać udział antygeny w postaci cząstek – bakterie, wirusy lub antygeny rozpuszczalne. Wskaźnikiem w OWD są krwinki baranie połączone ze swoistymi przeciwciałami. Przyłączenie do nich niezwiązanego wcześniej dopełniacza manifestuje się ich hemolizą. Odczyn wiązania dopełniacza znalazł zastosowanie w serodiagnostyce kiły, w diagnostyce serologicznej wielu chorób wirusowych: opryszczki, półpaśca i kleszczowego zapalenia mózgu. Odczyn przebiega w dwóch fazach. W pierwszej fazie miesza się w określonych proporcjach antygen z badaną surowicą oraz dopełniaczem. Jeżeli w surowicy znajdują się swoiste dla danego antygenu przeciwciała, wówczas tworzy się kompleks immunologiczny. Wiąże on dodany dopełniacz, gdy brak swoistych przeciwciał dopełniacz pozostanie wolny. W drugiej fazie dodaje się układ wskaźnikowy, jest nim inny kompleks antygen–przeciwciało (uczulone krwinki baranie połączone ze swoistymi przeciwciałami), przyłączenie dopełniacza powoduje hemolizę. Jeżeli hemoliza nie wystąpi, znaczy to, że dopełniacz został związany w pierwszej fazie odczynu. Surowica zawierała, więc poszukiwane przeciwciała – OWD dodatni. Wystąpienie hemolizy oznacza, że w badanej 242 surowicy przeciwciał nie było, a dopełniacz został przyłączony do układu wskaźnikowego – OWD ujemny. Nastawia się szereg kontroli: kontrola antygenu i kontrola surowicy – mają na celu wykluczenie działania antykomplementarnego, czyli zdolność do nieswoistego wiązania dopełniacza; kontrola układu hemolitycznego, czy następuje liza krwinek w układzie hemolitycznym zawierającym dopełniacz; kontrola krwinek uczulonych mająca wykazać, że krwinki bez udziału dopełniacza nie hemolizują. Odczyn immunofluorescencji Odczyn ten wykorzystuje antygeny bądź przeciwciała oznakowane barwnikami fluoryzującymi, tj.: izotiocyjanianem fluoresceiny lub rodaminy. Związki te absorbują UV, w wyniku czego w mikroskopie fluorescencyjnym świecą zielonkawym lub czerwonawym światłem. W odczynie immunofluorescencji bezpośredniej znakuje się fluoryzującym barwnikiem jeden ze składników reakcji i za jego pomocą wykrywa się składnik poszukiwany. Metoda ta pozwala bezpośrednio badać wycinki tkanek, wymazy czy komórki, bez potrzeby ich utrwalania. W immunofluorescencji pośredniej znane antygeny osadzane są na szkiełku, a łączące się z nimi poszukiwane w materiale przeciwciała wykrywa się stosując oznakowane fluorochromem przeciwciała antygammaglobulinowe. Dzięki temu niewidoczny początkowo kompleks można obserwować pod mikroskopem Znacznie doskonalszą technologicznie odmianą odczynu jest zastosowanie w nim cytometrii przepływowej. Detektory optyczne aparatu mierzą emisję światła o określonej długości fali i określają jego intensywność, co pozwala na mierzenie obecności kilku markerów jednocześnie. Mieszanina pochodzących z organizmu pacjenta komórek oznakowana przez przyłączenie do ich antygenów swoistych fluoryzujących przeciwciał może być automatycznie analizowana ilościowo i sortowana. 243 Szybkie testy immunochromatograficzne Coraz częściej wykorzystuje się szybkie testy będące połączeniem chromatografii oraz reakcji antygen-przeciwciało – tak zwane testy kasetkowe. Wynik uzyskiwany jest w prosty i szybki sposób, a koszt takiego badania jest bardzo niski. Badany materiał (krew, surowica, zawiesina kału, mocz, płyn mózgowo- rdzeniowy) nakrapla się do okienka testu na membranę nitrozocelulozową, na której, w postaci pasków, osadzone są przeciwciała specyficzne dla poszukiwanego antygenu (pasek T) oraz przeciwciała antyglobulinowe (pasek kontrolny C). Gdy w próbce znajduje się poszukiwany antygen, wiąże się on ze swoistymi przeciwciałami i tworzy barwną linię w regionie T. Nadmiar przeciwciał swoistych dla poszukiwanego antygenu jest wyłapywany przez przeciwciała antygammaglobulinowe dając drugą barwną linię C. Obecnośc antygenu w próbce jest zatem uwidoczniona jako dwie linie: w regionach T i C, a brak antygenu jako pojedyncza linia C. Testy immunochromatograficzne są często mniej czułe niż inne metody, ale niektóre z nich mogą być wykonywane samodzielnie przez pacjentów, bo dostępne są w aptekach. Takim testem jest test ciążowy, ale także testy wykrywające patogeny: bakterie i wirusy. Odczyn immunoenzymatyczny Odczyny immunoenzymatyczne (ELISA – ang. enzyme linked immunosorbent assay) wykorzystują antygeny lub przeciwciała znakowane znacznikiem w postaci aktywnego enzymu. Najczęściej jest używana peroksydaza chrzanowa lub alkaliczna fosfataza. Enzymy te katalizują reakcje, których produkt, przy odpowiednim doborze substratu (zwanego chromogenem), jest barwny. Pozwala to zauważyć wiązanie przeciwciał z antygenami, a także określać ich ilość, gdyż natężenie barwy jest wprost proporcjonalne do stężenia enzymu. Podobnie, jak w immunofluorescencji, odczyn immunoenzymatyczny może być wykonywany bezpośrednio lub pośrednio, gdy wykrywa się poszukiwane przeciwciała, przyłączone do znanego antygenu, z użyciem znakowanych 244 enzymatycznie przeciwciał antygammaglobulinowych. Odczyn jest bardzo czuły, pozwala na oznaczenia ilościowe, jest w pełni zautomatyzowany. Odczyny immunoenzymatyczne mają szerokie zastosowanie w diagnostyce chorób zakaźnych i pasożytniczych. Można za ich pomocą wykrywać antygeny nowotworowe, hormony, antygeny i przeciwciała w chorobach autoimmunizacyjnych oraz oznaczać stężenie antybiotyków w surowicy. W teście ELISA znane: antygen bądź przeciwciało związane jest z tzw. fazą stałą – nośnikiem np. płytką polistyrenową. Każdy kolejny etap jest przeprowadzony po uprzednim odmyciu niezwiązanych składników poprzedniego. Dzięki temu technika jest bardzo dokładna i czuła. Antygeny oznacza się najczęściej metodą podwójnych przeciwciał. Przeciwciała dla poszukiwanych antygenów adsorbowane są na polistyrenowym nośniku. Z nimi, w kolejnym etapie, wiążą się antygeny zawarte w badanym materiale. Następnie antygeny te łączą się ze swoistymi przeciwciałami połączonymi z markerem w postaci enzymu. Dodanie chromogenu czyni reakcje widoczną. Absorbancję mierzy się spektrofotometrycznie. Przeciwciała w teście ELISA oznacza się stosując technikę pośrednią. Zaadsorbowane na nośniku znane antygeny wychwytują z badanego materiału poszukiwane przeciwciała. Te zaś, w kolejnym etapie łączą się z homologicznymi przeciwciałami surowicy antygammaglobulinowej oznakowanymi enzymem. Efekt reakcji enzymu z chromogenem oceniany jest spektrofotometrycznie. Odczyn radioimmunologiczny Odczyny radioimmunologiczne (RIA, ang. radioimmune assay) do znakowania znanego składnika reakcji wykorzystują izotopy promieniotwórcze (najczęściej 125I). Odczyny te są najczulszymi metodami ilościowego określania składników reakcji immunologicznej. Możliwe jest oznaczenie tymi metodami haptenów oraz poszukiwanie przeciwciał o określonym izotypie. Metodą tą określa się na przykład swoiste dla 245 danego alergenu IgE w odczynie radioalergosorpcji – RAST (ang. radioallergosorbent test). Immunoblotting (Western Blot) jest techniką, w której rozdzielone w żelu w polu elektrycznym (elektroforeza) antygeny lub przeciwciała są przenoszone następnie na specjalną membranę nitrocelulozową, na której wykonuje się odczyn immunologiczny testem ELISA lub RIA. Ta technika znajduje zastosowanie w badaniach wirusologicznych oraz w alergologii. Zadania do wykonania Zadanie 1 Wykonanie aglutynacji szkiełkowej bakterii. Wykonaj aglutynację dla hodowli pałeczek jelitowych. Pamiętaj o zachowaniu zasad obowiązujących w pracy z bakteriami. Pracuj przy palniku. Użyj świeżej hodowli bakterii na podłożu stałym. Na szkiełko podstawowe nanieś dwie osobne krople: - kroplę fizjologicznego roztworu NaCl (kontrola zawieszalności), - kroplę znanej surowicy odpornościowej (właściwy odczyn). Pobierz bakterie ezą i dodaj najpierw do jednej kropli, a potem nową porcję do drugiej kropli. Nie zapomnij opalać ezy. Jeśli bakterie są poszukiwanymi, w kropli surowicy powinny w ciągu 5 minut powstać zlepy – aglutynaty. W kontroli zawiesina powinna być homogenna. 246 Zadanie 2 Wykonanie aglutynacji szkiełkowej krwinek. Wykonaj aglutynację szkiełkową z krwinkami barana. - Umieść kroplę z zawiesiną krwinek na szkiełku; przyjrzyj się, czy samoistnie nie aglutynują. -Dodaj kroplę surowicy odpornościowej i obserwuj powstające aglutynaty. Zadanie 3 Odczytanie miana w odczynie aglutynacji probówkowej W aglutynacji probówkowej wstępnie rozcieńczoną surowicę rozcieńcza się dalej, zazwyczaj metodą kolejnych dwukrotnych rozcieńczeń w roztworze fizjologicznym NaCl. W poniższych tabelkach napisz, jakie rozcieńczenie surowicy uzyskano w kolejnych probówkach. Zaznacz wynik aglutynacji. Zapisz oznaczone w ten sposób miano surowicy. 247 Aglutynacja z antygenem somatycznym (O): Próbówka 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 K 5 6 7 8 9 10 K Uzyskane rozcieńczenie surowicy Aglutynacja Miano tej surowicy wynosi: Aglutynacja z antygenem rzęskowym (H): Próbówka 1 2 3 4 Uzyskane rozcieńczenie surowicy Aglutynacja Miano tej surowicy wynosi: Zadanie 4 Odczyn neutralizacji streptolizyny O przez przeciwciała osób badanych Oblicz miano antystreptolizyny O w badanej surowicy. - W statywie znajduje się 10 probówek tzw. widalowskich, z których trzy ostatnie stanowią kontrole (KI, KII, KIII). - W pierwszych siedmiu probówkach (odczyn główny) dokonuje się szeregu dwukrotnych rozcieńczeń badanej surowicy w roztworze fizjologicznym NaCl. 248 - Do pierwszej kontroli (kontrola surowicy) nalewa się 0.5 mL roztworu NaCl oraz 1 mL surowicy. - Do drugiej (kontrola aktywności hemolitycznej streptolizyny O) i trzeciej kontroli (kontrola krwinek) nalewa się odpowiednio: 1.0 i 1.5 mL roztworu NaCl. - Następnie do wszystkich probówek, z wyjątkiem KI i KIII, dodaje się po 0.5 mL streptolizyny (1 j.m.). -Inkubuje w łaźni wodnej 37°C przez 15 minut. -Następnie do wszystkich probówek dodaje się po 0.5 mL krwinek króliczych. -Na koniec probówki inkubuje się w łaźni wodnej 37oC przez 60 minut Rozpoznaj obecność lub brak hemolizy w kolejnych probówkach - wyniki zapisz w tabeli. Probówka 1 2 3 4 5 6 7 8 KI 9 K II 10 K III Uzyskane rozcieńczenie surowicy Hemoliza Jedna jednostka Streptolizyny O jest całkowicie zobojętniona (przez jedną jednostkę antystreptolizyny O) w probówce nr: 1 mL nierozcieńczonej surowicy zawiera j.m. antystreptolizyny O. 249 Zadanie 5 Szczepionki przeciwbakteryjne i przeciwwirusowe Uzupełnij poniższą tabelę odnoszącą się do szczepionek przeciwbakteryjnych. Choroba Bakterie Typ i/lub skład szczepionki Rodzaj szczepienia (obowiązkowe/ zalecane) Mycobacterium tuberculosis Haemophilus influenzae typ b tężec anatoksyna błonicza (toksoid) Bordetella pertusis krztusiec (acelularna) 250 Uzupełnij poniższą przeciwwirusowych. Wirus tabelę Genom (DNA/ RNA) odnoszącą się Rodzaj szczepionki (atenuowana/ inaktywowana/ podjednostkowa) do szczepionek Rodzaj szczepienia (obowiązkowe/ zalecane) Zapalenie wątroby typu A Zapalenie wątroby typu B Zapalenie wątroby typu C Różyczka 251 Odra Świnka Poliomyelitis Grypa Odkleszczowe zapalenie mózgu Wścieklizna 252 Ospa wietrzna i półpasiec Biegunka rotawirusowa HIV Zadanie 6 Szczepionki przeciwbakteryjne. Rozwiń skróty popularnych szczepionek: DTP – DTPa – Td – BCG – Hib - 253 Zadanie 7 Immunodiagnostyka onkologiczna Rozszyfruj skróty: TSA – TAA – CEA – AFP – CD10, CD13, CD19 - 254