Wrodzona niewydolność szpiku kostnego
advertisement
Wrodzona niewydolność szpiku kostnego Niewydolność szpiku kostnego to heterogenna grupa chorób, związanych z niezdolnością szpiku do wyprodukowania wystarczającej liczby komórek krwi. Niewydolność może być związana z niedoborami wszystkich lub tylko pojedynczych typów komórek np. płytek krwi. Z uwagi na nieprawidłowości w produkcji białych krwinek, wrodzona niewydolność szpiku kostnego może być przyczyną niedoborów odporności jak np. we wrodzonej neutropenii dotykającej 1 na 200 000 osób. Z kolei w znacznie częstszej limfohistiocytozie hemofagocytarnej obserwuje się nadmierną aktywację komórek odpornościowych limfocytów. Defekty szpiku kostnego są składową wielu zespołów genetycznych związanych ze zwiększonym ryzykiem zachorowania na nowotwory, w tym m.in. anemii Fanconiego czy dziedzicznych nowotworów piersi i jajnika. Wczesna identyfikacja chorych umożliwia objęcie ich odpowiednią prewencją i opieką onkologiczną. Zespół Hermańskiego-Pudlaka jest związany z występowaniem albinizmu skórno-ocznego (obniżonej pigmentacji skóry i tęczówki) oraz zaburzeniami funkcjonowania płytek krwi, co prowadzi do wydłużenia czasu krwawienia. W rzadszych przypadkach występują także neutropenia i włóknienie płuc. Geny i zespoły genetyczne Gen Choroba/objawy Sposób Znane dziedzi- warianty czenia chorobotwórcze ACTB Baraitser-Winter syndrome AD 23 AK2 Reticular dysgenesis AR 14 AP3B1 Hermansky-Pudlak syndrome AR 14 ATM Rak piersi, Ataksja-Telangiektazja AD/AR 260 ATR Cutaneous telangiectasia and cancer syndrome, Seckel syndrome AD/AR 6 BLM Zespół Blooma AR 52 BLOC1S3 Hermansky-Pudlak syndrome AR 1 BLOC1S6 Hermansky-Pudlak syndrome AR 1 BRCA2 Rak piersi, Rak jajnika, Rak trzustki, Guz Wilmsa, Anemia Fanconiego, Medulloblastoma, Glejak AD/AR 1244 BRIP1 Anemia Fanconiego, Rak piersi AD/AR 61 CDKN2A Czerniak, Rak trzustki, Rak płuca, Zespół predyspozycji do nowotworów AD 26 CEBPA Ostra białaczka szpikowa AD 12 CSF2RA Surfactant metabolism dysfunction, pulmonary XL 2 Gen Choroba/objawy Sposób Znane dziedzi- warianty czenia chorobotwórcze CTC1 Cerebroretinal microangiopathy with calcifications and cysts AR 13 CTSC Periodontitis, juvenile, Haim-Munk syndrome, Papillon-Lefevre syndrome AR 15 CXCR4 Warts, hypogammaglobulinemia, infections, and myelokathexis (WHIM) syndrome AD 4 DKC1 Dyskeratoza, Białaczki XL 44 DTNBP1 Hermansky-Pudlak syndrome AR 2 ELANE Neutropenia, Zespół mielodysplastyczny, Białaczki AD 14 ERCC4 Anemia Fanconiego, Xeroderma pigmentosum AR 10 FANCA Anemia Fanconiego AR 27 FANCB Anemia Fanconiego XL 7 FANCC Anemia Fanconiego AR 26 FANCD2 Anemia Fanconiego AR 6 FANCE Anemia Fanconiego AR 3 FANCF Anemia Fanconiego AR 6 FANCG Anemia Fanconiego AR 11 FANCI Anemia Fanconiego AR 7 FANCL Anemia Fanconiego AR 6 FANCM Anemia Fanconiego AR 2 FAS Autoimmune lymphoproliferative syndrome AD/AR 20 G6PC3 Neutropenia, severe congenital, Dursun syndrome AR 11 GATA1 Anemia, without thrombocytopenia, Thrombocytopenia with beta-thalessemia,, Dyserythropoietic anemia with thrombocytopenia XL 16 GATA2 Zespół mielodysplastyczny, Neutropenia z monocytopenią, Ostra białaczka szpikowa, Niedobory odporności AD 18 HAX1 Neutropenia, severe congenital AR 8 HPS1 Hermansky-Pudlak syndrome AR 25 HPS3 Hermansky-Pudlak syndrome AR 8 HPS4 Hermansky-Pudlak syndrome AR 13 HPS5 Hermansky-Pudlak syndrome AR 6 HPS6 Hermansky-Pudlak syndrome AR 9 HRAS Zespół Costello, Miopatia z nadmiarem wrzecionek mięśniowych, Neuroblastoma, Rak pęcherza moczowego AD 29 IFNGR2 Immunodeficiency AR 4 ITK Lymphoproliferative syndrome AR 3 JAGN1 Neutropenia, severe congenital AR 8 KRAS Zespół Noonan, Zespół sercowo-twarzowo-skórny AD 45 LYST Chediak-Higashi syndrome AR 44 MAGT1 Niedobory odporności, Hipomagnezemia XL 4 MLH1 Zespół Lyncha, Rak jelita grubego (Zespół CoLoN) AD/AR 638 Gen Choroba/objawy Sposób Znane dziedzi- warianty czenia chorobotwórcze MPL Thrombocythemia, Amegakaryocytic thrombocytopenia AD/AR 11 MSH2 Zespół Lyncha, Zespół Muir-Torre AD/AR 615 MSH6 Zespół Lyncha AD/AR 271 MYO5A Griscelli syndrome AR 4 NBN Rak piersi, Zespół Nijmegen AD/AR 45 NF1 Neurofibromatoza typ 1 AD 203 NHP2 Dyskeratosis congenita AR 3 NOP10 Dyskeratosis congenita AR 1 NRAS Zespół Noonan AD 16 PALB2 Rak piersi, Rak prostaty, Rak trzustki, Anemia Fanconiego AD/AR 152 PMS2 Zespół Lyncha AD/AR 123 PRF1 Chłoniak nieziarniczy, Anemia aplastyczna, Limfohistiocytoza AR 16 PTPN11 Zespół Noonan, Zespół LEOPARD AD 120 RAB27A Griscelli syndrome, Elejalde syndrome AR 10 RAD51C Anemia Fanconiego, Rak piersi, Rak jajnika AD/AR 36 RECQL4 Zespół Ballera-Gerolda, Zespół RAPADILINO, Zespół Rothmunda-Thomsona AR 29 RPL11 Diamond-Blackfan anemia AD 6 RPL15 Diamond-Blackfan anemia AD 1 RPL35A Diamond-Blackfan anemia AD 3 RPL5 Diamond-Blackfan anemia AD 8 RPS10 Diamond-Blackfan anemia AD 3 RPS17 Diamond-Blackfan anemia AD 4 RPS19 Diamond-Blackfan anemia AD 9 RPS24 Diamond-Blackfan anemia AD 4 RPS26 Diamond-Blackfan anemia AD 8 RPS29 Diamond-Blackfan anemia AD 2 RPS7 Diamond-Blackfan anemia AD 1 RTEL1 Pulmonary fibrosis and/or bone marrow failure, Dyskeratosis congenita AD/AR 26 RUNX1 Ostra białaczka mieloblastyczna AD 12 SBDS Anemia aplastyczna, Zespół Shwachmana-Diamonda AD/AR 12 SH2D1A Lymphoproliferative syndrome XL 14 SLX4 Anemia Fanconiego AR 7 STX11 Hemophagocytic lymphohistiocytosis, familial AR 5 STXBP2 Hemophagocytic lymphohistiocytosis, familial AR 7 TCIRG1 Osteopetrosis AR 9 TERC Anemia aplastyczna, Włóknienie płuc, Dyskeratoza AD 35 TERT Anemia aplastyczna, Włóknienie płuc, Dyskeratoza AD/AR 38 Gen Choroba/objawy Sposób Znane dziedzi- warianty czenia chorobotwórcze TINF2 Dyskeratoza, Zespół Revesz AD 22 TP53 Zespół Li-Fraumeni, Rak piersi, Chłoniak nieziarniczy, Rak nadnerczy, Rak prostaty AD 109 UNC13D Hemophagocytic lymphohistiocytosis, familial AR 8 USB1 Poikiloderma with neutropenia AR 4 WAS Neutropenia, severe congenital, Thrombocytopenia, Wiskott-Aldrich syndrome XL 28 WRAP53 Dyskeratosis congenita AR 5 XIAP Lymphoproliferative syndrome XL 4 XRCC2 Rak piersi AD/AR 4 Metodologia Informacja na temat metody badania: W pierwszej kolejności, z pobranej próbki krwi lub z bloczka parafinowego izolowany jest kwas deoksyrybonukleinowy (DNA), którego jakość i ilość jest określana w analizie spektrofotometrycznej i fluorymetrycznej. Po mechanicznej lub enzymatycznej fragmentacji, DNA jest wykorzystywany do stworzenia biblioteki, umożliwiającej oznaczenie, a następnie zsekwencjonowanie i analizę genów, które zostały wybrane w ramach zleconego panelu. Otrzymana biblioteka jest sekwencjonowana na sekwenatorze nowej generacji. Otrzymane wyniki zostają następnie poddane analizie bioinformatycznej i interpretacji klinicznej. Warianty genetyczne są identyfikowane z wykorzystaniem Burrows-Wheeler Aligner. Test umożliwia wykrycie 100% substytucji i 95% małych insercji i delecji. Informacja na temat klasyfikacji wariantów: W raporcie z badania przedstawiana jest informacja na temat wariantów zaklasyfikowanych jako warianty „potencjalnie patogenne” i „patogenne”, z uwagi na ich potencjalne znaczenie kliniczne. Zidentyfikowane warianty są klasyfikowane do następujących kategorii: Wariant patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu ma bezpośredni związek z powstawaniem choroby. Równocześnie, niektóre zmiany patogenne mogą nie mieć pełnej penetracji, tj. pojedyncza zmiana może być niewystarczająca do wywołania pełnoobjawowej choroby. Wariant potencjalnie patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu jest z dużym prawdopodobieństwem związana z powstawaniem choroby, jednakże udowodnienie tego związku nie jest możliwe w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe. Potwierdzenie patogenności wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma niewielkie lub żadne znaczenie kliniczne. Wariant o nieznanej patogenności: w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma możliwości określenia znaczenia znalezionej zmiany. Wariant potencjalnie łagodny: znaleziona zmiana w sekwencji genu najprawdopodobniej nie ma związku z powstawaniem choroby, jednakże w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma możliwości potwierdzenia łagodności zmiany. Potwierdzenie klinicznego znaczenia wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma znaczenie kliniczne i prowadzi do rozwinięcia choroby Wariant łagodny: znaleziona zmiana nie ma związku z powstawaniem choroby Zidentyfikowane warianty genetyczne klasyfikowane są w oparciu o wytyczne opracowane przez American College of Medical Genetics and Genomics i American Association for Molecular Pathology (S. Richards, Genet Med. 2015 May;17(5):405-24). W klasyfikacji wariantów brane są pod uwagę następujące kryteria: wcześniejsza identyfikacja wariantu u osób obciążonych chorobą wpływ wariantu na powstawanie funkcjonalnego produktu genu: określony w analizach bioinformatycznych potwierdzony w badaniach in vitro/in vivo lokalizacja wariantu (ekson/intron, domena funkcjonalna) zmiana de novo/dziedziczna częstość występowania wariantu w populacji ogólnej (każdy wariant występujący z częstością >5% zgodnie z Exome Sequencing Project, 1000 Genomes Project lub Exome Aggregation Consortium jest klasyfikowany jako zmiana łagodna) częstość występowania wariantu w populacji ogólnej w stosunku do populacji osób chorych Ostateczna klasyfikacja wariantów prowadzona jest w oparciu o sumę wymienionych kryteriów. Przeszukiwane bazy danych obejmują: 1000GP, ClinVar, ConsensusPathDB, Exome Aggregation Consortium, Exome Variant Server, FATHMM, GO (Gene Ontology), GTEx (Genotype-Tissue Expression), GWAS (Genome Wide Association Study), HGMD, KEGG, MetaLR, MetaSVM, MutationAssessor, MutationTaster, OMIM, PolyPhen-2, PROVEAN, SIFT, SnpEff, dbNSFP, UniProt, VEP (Variant Effect Predictor). Ograniczenia badania: Wszystkie technologie sekwencjonowania mają swoje ograniczenia. Zlecane badanie jest wykonywane z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i ma na celu zbadanie regionów kodujących i splicingowych zleconych genów. Chociaż stosowane techniki sekwencjonowania oraz późniejsze analizy bioinformatyczne są ukierunkowane na ograniczenie znaczenia sekwencji pseudogenów, to jednak obecność wysoce homologicznych sekwencji genowych może nadal sporadycznie zakłócać zdolność identyfikacji patogennych alleli, jak i delecji/duplikacji. Sekwencjonowanie Sangera jest metodą wykorzystywaną do potwierdzania wariantów, które uzyskały niższe parametry jakości. Analizy delecji/duplikacji wskazują na zmiany ilościowe DNA obejmujące minimum jeden ekson i zawsze wymagają potwierdzenia innymi metodami (qPCR lub MLPA). Wykonane analizy nie są przeznaczone do wykrywania pewnych typów zmian genomowych, jak translokacje, inwersje, mutacje dynamiczne (np. zwiększenie ilości powtórzeń trzynukleotydowych), zmian w regionach regulatorowych czy intronowych. Jeśli raportowane jest zwiększenie liczby powtórzeń dwu- czy trzynukleotydowych, to trzeba założyć, że dokładna liczba powtórzeń nie jest precyzyjna. Przeprowadzane badanie nie jest przeznaczone do wykrywania mozaikowatości somatycznych, a analizy mutacji somatycznych powinny być prowadzone w kontekście sekwencji DNA germinalnego. Nie ma możliwości wykluczenia obecności mutacji w genach i rejonach innych niż objęte wykonywanym badaniem, a także zmian liczby kopii genu. Raport z badania zawiera informację na temat zmian w sekwencji genów zidentyfikowanych w oparciu o porównanie z aktualnymi sekwencjami referencyjnymi zdeponowanymi w bazach danych NCBI Nucleotide i Ensembl. Testy są opracowywane w Warsaw Genomics do celów klinicznych. Wszystkie otrzymywane wyniki badań są interpretowane i analizowane przez ekspertów naukowych i medycznych Warsaw Genomics. Jak zlecić badanie Informacja na temat metody badania: Badanie można zlecić bezpośrednio na stronie internetowej Warsaw Genomics, poprzez zaznaczenie wybranego testu. Zalecamy jednak, by przed każdym badaniem skonsultować się z lekarzem, który pomoże w wybraniu odpowiedniego testu diagnostycznego, wyjaśni możliwości i ograniczenia testów genetycznych a także przedstawi możliwe wyniki i konsekwencje przeprowadzenia badania. Czas realizacji badania: od 4 do 10 tygodni. Będziemy informować o kolejnych etapach analizy. KONSULTACJA LEKARSKA REJESTRACJA Wybranie właściwego testu genetycznego lub indywidualnego zestawu genów Wypełnienie formularza zlecenia testu. Formularz wypełnia pacjent lub wybrany przez niego lekarz. POBRANIE KRWI Łącznie należy pobrać 4ml krwi do jednej probówki z EDTA (takiej jak na morfologie). Pobraną krew można przechowywać w lodówce (w temp. +4st C) do 7 dni PRZESŁANIE PRÓBKI KRWI NA NASZ ADRES Próbkę można dostarczyć osobiście lub kurierem (w temperaturze pokojowej) w ciągu 48 godzin. Szczegółowa instrukcja pakowania próbki i zamówienia kuriera jest dostępna tutaj. Do próbki dołączamy wydrukowany i podpisany formularz zlecenia testu. OPŁACENIE TESTU Po wykonaniu testu WYNIK BADANIA KONSULTACJA LEKARSKA zostanie przekazany osobie zlecającej test – pacjentowi lub wybranemu przez niego lekarzowi Jak przekazać materiał do badania? Badanie genetyczne z krwi: 1. Krew należy pobrać do jednej probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie musi być na czczo: osoba dorosła - ok. 4 ml krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4°C) dzieci – ok. 4 ml (minimalna ilość 2 ml) krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4°C) niemowlę – ok. 1,5 - 2 ml krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4°C) 2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 3. Zabezpieczoną probówkę wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia badania należy zapakować i wysłać zgodnie z instrukcją dostępną pod adresem: https://badamygeny.pl/BADAMY_GENY/docs/instrukcja-wysylki-probki-krwi.pdf Badanie genetyczne z bloczka parafinowego (profilowanie nowotworu): 1. Należy pobrać łącznie 4 ml krwi do jednej probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep, ani na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie musi być na czczo. Pobraną krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4°C. 2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 3. Uzyskanie tkanki nowotworowej do badania w postaci: bloczka parafinowego zawierającego wycinek nowotworu wraz z uzyskanym z bloczka preparatem histopatologicznym (szkiełkiem) umożliwiającym zlokalizowanie fragmentu tkanki nowotworowej, albo wycinka tkanki nowotworowej z bloczka parafinowego o wymiarach min. 4x4x1mm, zawierającego wyłącznie tkankę nowotworową. 4. Próbkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą klejącą). 5. Zabezpieczony materiał wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia badania należy zapakować i wysłać zgodnie z instrukcją dostępną pod adresem: https://badamygeny.pl/BADAMY_GENY/docs/instrukcja-wysylki-probki-krwi.pdf Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)
