Niewydolność szpiku kostnego

Niewydolność szpiku kostnego
Niewydolność szpiku kostnego to heterogenna grupa chorób, związanych z niezdolnością
szpiku do wyprodukowania wystarczającej liczby komórek krwi. Niewydolność może być
związana z niedoborami wszystkich lub tylko pojedynczych typów komórek np. płytek krwi. Z
uwagi na nieprawidłowości w produkcji białych krwinek, wrodzona niewydolność szpiku
kostnego może być przyczyną niedoborów odporności jak np. we wrodzonej neutropenii
dotykającej 1 na 200 000 osób. Z kolei w znacznie częstszej limfohistiocytozie
hemofagocytarnej obserwuje się nadmierną aktywację komórek odpornościowych limfocytów.
Defekty szpiku kostnego są składową wielu zespołów genetycznych związanych ze
zwiększonym ryzykiem zachorowania na nowotwory, w tym m.in. anemii Fanconiego czy
dziedzicznych nowotworów piersi i jajnika. Wczesna identyfikacja chorych umożliwia objęcie ich
odpowiednią prewencją i opieką onkologiczną.
Zespół Hermańskiego-Pudlaka jest związany z występowaniem albinizmu skórno-ocznego
(obniżonej pigmentacji skóry i tęczówki) oraz zaburzeniami funkcjonowania płytek krwi, co
prowadzi do wydłużenia czasu krwawienia. W rzadszych przypadkach występują także
neutropenia i włóknienie płuc.
Geny i zespoły genetyczne
Gen
Choroba/objawy
Sposób Znane
dziedzi- warianty
czenia
chorobotwórcze
ACTB
Baraitser-Winter syndrome
AD
23
AK2
Reticular dysgenesis
AR
14
AP3B1
Hermansky-Pudlak syndrome
AR
14
ATM
Rak piersi, Ataksja-Telangiektazja
AD/AR
260
ATR
Cutaneous telangiectasia and cancer syndrome, Seckel syndrome
AD/AR
6
BLM
Zespół Blooma
AR
52
BLOC1S3
Hermansky-Pudlak syndrome
AR
1
BLOC1S6
Hermansky-Pudlak syndrome
AR
1
BRCA2
Rak piersi, Rak jajnika, Rak trzustki, Guz Wilmsa, Anemia Fanconiego, Medulloblastoma,
Glejak
AD/AR
1244
BRIP1
Anemia Fanconiego, Rak piersi
AD/AR
61
CDKN2A
Czerniak, Rak trzustki, Rak płuca, Zespół predyspozycji do nowotworów
AD
26
CEBPA
Ostra białaczka szpikowa
AD
12
CSF2RA
Surfactant metabolism dysfunction, pulmonary
XL
2
Gen
Choroba/objawy
Sposób Znane
dziedzi- warianty
czenia
chorobotwórcze
CTC1
Cerebroretinal microangiopathy with calcifications and cysts
AR
13
CTSC
Periodontitis, juvenile, Haim-Munk syndrome, Papillon-Lefevre syndrome
AR
15
CXCR4
Warts, hypogammaglobulinemia, infections, and myelokathexis (WHIM) syndrome
AD
4
DKC1
Dyskeratoza, Białaczki
XL
44
DTNBP1
Hermansky-Pudlak syndrome
AR
2
ELANE
Neutropenia, Zespół mielodysplastyczny, Białaczki
AD
14
ERCC4
Anemia Fanconiego, Xeroderma pigmentosum
AR
10
FANCA
Anemia Fanconiego
AR
27
FANCB
Anemia Fanconiego
XL
7
FANCC
Anemia Fanconiego
AR
26
FANCD2
Anemia Fanconiego
AR
6
FANCE
Anemia Fanconiego
AR
3
FANCF
Anemia Fanconiego
AR
6
FANCG
Anemia Fanconiego
AR
11
FANCI
Anemia Fanconiego
AR
7
FANCL
Anemia Fanconiego
AR
6
FANCM
Anemia Fanconiego
AR
2
FAS
Autoimmune lymphoproliferative syndrome
AD/AR
20
G6PC3
Neutropenia, severe congenital, Dursun syndrome
AR
11
GATA1
Anemia, without thrombocytopenia, Thrombocytopenia with beta-thalessemia,,
Dyserythropoietic anemia with thrombocytopenia
XL
16
GATA2
Zespół mielodysplastyczny, Neutropenia z monocytopenią, Ostra białaczka szpikowa,
Niedobory odporności
AD
18
HAX1
Neutropenia, severe congenital
AR
8
HPS1
Hermansky-Pudlak syndrome
AR
25
HPS3
Hermansky-Pudlak syndrome
AR
8
HPS4
Hermansky-Pudlak syndrome
AR
13
HPS5
Hermansky-Pudlak syndrome
AR
6
HPS6
Hermansky-Pudlak syndrome
AR
9
HRAS
Zespół Costello, Miopatia z nadmiarem wrzecionek mięśniowych, Neuroblastoma, Rak
pęcherza moczowego
AD
29
IFNGR2
Immunodeficiency
AR
4
ITK
Lymphoproliferative syndrome
AR
3
JAGN1
Neutropenia, severe congenital
AR
8
KRAS
Zespół Noonan, Zespół sercowo-twarzowo-skórny
AD
45
LYST
Chediak-Higashi syndrome
AR
44
MAGT1
Niedobory odporności, Hipomagnezemia
XL
4
MLH1
Zespół Lyncha, Rak jelita grubego (Zespół CoLoN)
AD/AR
638
Gen
Choroba/objawy
Sposób Znane
dziedzi- warianty
czenia
chorobotwórcze
MPL
Thrombocythemia, Amegakaryocytic thrombocytopenia
AD/AR
11
MSH2
Zespół Lyncha, Zespół Muir-Torre
AD/AR
615
MSH6
Zespół Lyncha
AD/AR
271
MYO5A
Griscelli syndrome
AR
4
NBN
Rak piersi, Zespół Nijmegen
AD/AR
45
NF1
Neurofibromatoza typ 1
AD
203
NHP2
Dyskeratosis congenita
AR
3
NOP10
Dyskeratosis congenita
AR
1
NRAS
Zespół Noonan
AD
16
PALB2
Rak piersi, Rak prostaty, Rak trzustki, Anemia Fanconiego
AD/AR
152
PMS2
Zespół Lyncha
AD/AR
123
PRF1
Chłoniak nieziarniczy, Anemia aplastyczna, Limfohistiocytoza
AR
16
PTPN11
Zespół Noonan, Zespół LEOPARD
AD
120
RAB27A
Griscelli syndrome, Elejalde syndrome
AR
10
RAD51C
Anemia Fanconiego, Rak piersi, Rak jajnika
AD/AR
36
RECQL4
Zespół Ballera-Gerolda, Zespół RAPADILINO, Zespół Rothmunda-Thomsona
AR
29
RPL11
Diamond-Blackfan anemia
AD
6
RPL15
Diamond-Blackfan anemia
AD
1
RPL35A
Diamond-Blackfan anemia
AD
3
RPL5
Diamond-Blackfan anemia
AD
8
RPS10
Diamond-Blackfan anemia
AD
3
RPS17
Diamond-Blackfan anemia
AD
4
RPS19
Diamond-Blackfan anemia
AD
9
RPS24
Diamond-Blackfan anemia
AD
4
RPS26
Diamond-Blackfan anemia
AD
8
RPS29
Diamond-Blackfan anemia
AD
2
RPS7
Diamond-Blackfan anemia
AD
1
RTEL1
Pulmonary fibrosis and/or bone marrow failure, Dyskeratosis congenita
AD/AR
26
RUNX1
Ostra białaczka mieloblastyczna
AD
12
SBDS
Anemia aplastyczna, Zespół Shwachmana-Diamonda
AD/AR
12
SH2D1A
Lymphoproliferative syndrome
XL
14
SLX4
Anemia Fanconiego
AR
7
STX11
Hemophagocytic lymphohistiocytosis, familial
AR
5
STXBP2
Hemophagocytic lymphohistiocytosis, familial
AR
7
TCIRG1
Osteopetrosis
AR
9
TERC
Anemia aplastyczna, Włóknienie płuc, Dyskeratoza
AD
35
TERT
Anemia aplastyczna, Włóknienie płuc, Dyskeratoza
AD/AR
38
Gen
Choroba/objawy
Sposób Znane
dziedzi- warianty
czenia
chorobotwórcze
TINF2
Dyskeratoza, Zespół Revesz
AD
22
TP53
Zespół Li-Fraumeni, Rak piersi, Chłoniak nieziarniczy, Rak nadnerczy, Rak prostaty
AD
109
UNC13D
Hemophagocytic lymphohistiocytosis, familial
AR
8
USB1
Poikiloderma with neutropenia
AR
4
WAS
Neutropenia, severe congenital, Thrombocytopenia, Wiskott-Aldrich syndrome
XL
28
WRAP53
Dyskeratosis congenita
AR
5
XIAP
Lymphoproliferative syndrome
XL
4
XRCC2
Rak piersi
AD/AR
4
Metodologia
Informacja na temat metody badania:
W pierwszej kolejności, z pobranej próbki krwi lub z bloczka parafinowego izolowany jest kwas
deoksyrybonukleinowy (DNA), którego jakość i ilość jest określana w analizie
spektrofotometrycznej i fluorymetrycznej. Po mechanicznej lub enzymatycznej fragmentacji,
DNA jest wykorzystywany do stworzenia biblioteki, umożliwiającej oznaczenie, a następnie
zsekwencjonowanie i analizę genów, które zostały wybrane w ramach zleconego panelu.
Otrzymana biblioteka jest sekwencjonowana na sekwenatorze nowej generacji. Otrzymane
wyniki zostają następnie poddane analizie bioinformatycznej i interpretacji klinicznej. Warianty
genetyczne są identyfikowane z wykorzystaniem Burrows-Wheeler Aligner. Test umożliwia
wykrycie 100% substytucji i 95% małych insercji i delecji.
Informacja na temat klasyfikacji wariantów:
W raporcie z badania przedstawiana jest informacja na temat wariantów zaklasyfikowanych
jako warianty „potencjalnie patogenne” i „patogenne”, z uwagi na ich potencjalne znaczenie
kliniczne. Zidentyfikowane warianty są klasyfikowane do następujących kategorii:
Wariant patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu ma bezpośredni związek
z powstawaniem choroby. Równocześnie, niektóre zmiany patogenne mogą nie mieć pełnej
penetracji, tj. pojedyncza zmiana może być niewystarczająca do wywołania pełnoobjawowej
choroby.
Wariant potencjalnie patogenny: znaleziona zmiana w sekwencji genu jest z dużym
prawdopodobieństwem związana z powstawaniem choroby, jednakże udowodnienie tego
związku nie jest możliwe w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe. Potwierdzenie
patogenności wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że
dalsze badania wykażą, że znaleziona zmiana ma niewielkie lub żadne znaczenie kliniczne.
Wariant o nieznanej patogenności: w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe nie ma
możliwości określenia znaczenia znalezionej zmiany.
Wariant potencjalnie łagodny: znaleziona zmiana w sekwencji genu najprawdopodobniej nie
ma związku z powstawaniem choroby, jednakże w oparciu o aktualnie dostępne dane naukowe
nie ma możliwości potwierdzenia łagodności zmiany. Potwierdzenie klinicznego znaczenia
wariantu wymaga dodatkowych badań i dowodów; nie można wykluczyć, że dalsze badania
wykażą, że znaleziona zmiana ma znaczenie kliniczne i prowadzi do rozwinięcia choroby
Wariant łagodny: znaleziona zmiana nie ma związku z powstawaniem choroby
Zidentyfikowane warianty genetyczne klasyfikowane są w oparciu o wytyczne opracowane
przez American College of Medical Genetics and Genomics i American Association for Molecular
Pathology (S. Richards, Genet Med. 2015 May;17(5):405-24). W klasyfikacji wariantów brane są
pod uwagę następujące kryteria:
wcześniejsza identyfikacja wariantu u osób obciążonych chorobą
wpływ wariantu na powstawanie funkcjonalnego produktu genu:
określony w analizach bioinformatycznych
potwierdzony w badaniach in vitro/in vivo
lokalizacja wariantu (ekson/intron, domena funkcjonalna)
zmiana de novo/dziedziczna
częstość występowania wariantu w populacji ogólnej (każdy wariant występujący
z częstością >5% zgodnie z Exome Sequencing Project, 1000 Genomes Project lub
Exome Aggregation Consortium jest klasyfikowany jako zmiana łagodna)
częstość występowania wariantu w populacji ogólnej w stosunku do populacji osób
chorych
Ostateczna klasyfikacja wariantów prowadzona jest w oparciu o sumę wymienionych kryteriów.
Przeszukiwane bazy danych obejmują: 1000GP, ClinVar, ConsensusPathDB, Exome Aggregation
Consortium, Exome Variant Server, FATHMM, GO (Gene Ontology), GTEx (Genotype-Tissue
Expression), GWAS (Genome Wide Association Study), HGMD, KEGG, MetaLR, MetaSVM,
MutationAssessor, MutationTaster, OMIM, PolyPhen-2, PROVEAN, SIFT, SnpEff, dbNSFP, UniProt,
VEP (Variant Effect Predictor).
Ograniczenia badania:
Wszystkie technologie sekwencjonowania mają swoje ograniczenia. Zlecane badanie jest
wykonywane z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji (NGS) i ma na celu
zbadanie regionów kodujących i splicingowych zleconych genów. Chociaż stosowane techniki
sekwencjonowania oraz późniejsze analizy bioinformatyczne są ukierunkowane na ograniczenie
znaczenia sekwencji pseudogenów, to jednak obecność wysoce homologicznych sekwencji
genowych może nadal sporadycznie zakłócać zdolność identyfikacji patogennych alleli, jak
i delecji/duplikacji. Sekwencjonowanie Sangera jest metodą wykorzystywaną do potwierdzania
wariantów, które uzyskały niższe parametry jakości. Analizy delecji/duplikacji wskazują na
zmiany ilościowe DNA obejmujące minimum jeden ekson i zawsze wymagają potwierdzenia
innymi metodami (qPCR lub MLPA). Wykonane analizy nie są przeznaczone do wykrywania
pewnych typów zmian genomowych, jak translokacje, inwersje, mutacje dynamiczne (np.
zwiększenie ilości powtórzeń trzynukleotydowych), zmian w regionach regulatorowych czy
intronowych. Jeśli raportowane jest zwiększenie liczby powtórzeń dwu- czy trzynukleotydowych,
to trzeba założyć, że dokładna liczba powtórzeń nie jest precyzyjna. Przeprowadzane badanie
nie jest przeznaczone do wykrywania mozaikowatości somatycznych, a analizy mutacji
somatycznych powinny być prowadzone w kontekście sekwencji DNA germinalnego.
Nie ma możliwości wykluczenia obecności mutacji w genach i rejonach innych niż objęte
wykonywanym badaniem, a także zmian liczby kopii genu. Raport z badania zawiera informację
na temat zmian w sekwencji genów zidentyfikowanych w oparciu o porównanie z aktualnymi
sekwencjami referencyjnymi zdeponowanymi w bazach danych NCBI Nucleotide i Ensembl.
Testy są opracowywane w Warsaw Genomics do celów klinicznych. Wszystkie otrzymywane
wyniki badań są interpretowane i analizowane przez ekspertów naukowych i medycznych
Warsaw Genomics.
Jak zlecić badanie
Informacja na temat metody badania:
Badanie można zlecić bezpośrednio na stronie internetowej Warsaw Genomics, poprzez
zaznaczenie wybranego testu. Zalecamy jednak, by przed każdym badaniem skonsultować się
z lekarzem, który pomoże w wybraniu odpowiedniego testu diagnostycznego, wyjaśni
możliwości i ograniczenia testów genetycznych a także przedstawi możliwe wyniki
i konsekwencje przeprowadzenia badania.
Czas realizacji badania: od 4 do 10 tygodni. Będziemy informować o kolejnych etapach analizy.
KONSULTACJA LEKARSKA
REJESTRACJA
Wybranie właściwego testu
genetycznego lub
indywidualnego zestawu
genów
Wypełnienie formularza
zlecenia testu.
Formularz wypełnia pacjent
lub wybrany przez niego
lekarz.
POBRANIE KRWI
Łącznie należy pobrać 4ml
krwi do jednej probówki
z EDTA (takiej jak na
morfologie). Pobraną krew
można przechowywać
w lodówce (w temp. +4st C)
do 7 dni
PRZESŁANIE PRÓBKI
KRWI NA NASZ ADRES
Próbkę można dostarczyć
osobiście lub kurierem
(w temperaturze pokojowej)
w ciągu 48 godzin.
Szczegółowa instrukcja
pakowania próbki
i zamówienia kuriera jest
dostępna tutaj. Do próbki
dołączamy wydrukowany
i podpisany formularz
zlecenia testu.
OPŁACENIE TESTU
Po wykonaniu testu
WYNIK BADANIA
KONSULTACJA LEKARSKA
zostanie przekazany osobie
zlecającej test – pacjentowi
lub wybranemu przez niego
lekarzowi
Jak przekazać materiał do badania?
Badanie genetyczne z krwi:
1. Krew należy pobrać do jednej probówki z EDTA (nie pobierać do probówek na skrzep,
ani na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie, pacjent nie
musi być na czczo:
osoba dorosła - ok. 4 ml krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy
dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4°C)
dzieci – ok. 4 ml (minimalna ilość 2 ml) krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną
krew należy dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać
w temperaturze 4°C)
niemowlę – ok. 1,5 - 2 ml krwi żylnej do izolacji DNA (pobraną krew należy
dokładnie wymieszać z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4°C)
2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą
klejącą).
3. Zabezpieczoną probówkę wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia
badania należy zapakować i wysłać zgodnie z instrukcją dostępną pod adresem:
https://badamygeny.pl/BADAMY_GENY/docs/instrukcja-wysylki-probki-krwi.pdf
Badanie genetyczne z bloczka parafinowego (profilowanie
nowotworu):
1. Należy pobrać łącznie 4 ml krwi do jednej probówki z EDTA (nie pobierać do probówek
na skrzep, ani na heparynę litową). Pobranie krwi może nastąpić w dowolnej godzinie,
pacjent nie musi być na czczo. Pobraną krew należy dokładnie wymieszać
z antykoagulantem i przechowywać w temperaturze 4°C.
2. Probówkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą
klejącą).
3. Uzyskanie tkanki nowotworowej do badania w postaci:
bloczka parafinowego zawierającego wycinek nowotworu wraz z uzyskanym
z bloczka preparatem histopatologicznym (szkiełkiem) umożliwiającym
zlokalizowanie fragmentu tkanki nowotworowej,
albo wycinka tkanki nowotworowej z bloczka parafinowego o wymiarach min.
4x4x1mm, zawierającego wyłącznie tkankę nowotworową.
4. Próbkę należy opisać imieniem i nazwiskiem i zabezpieczyć (można zakleić taśmą
klejącą).
5. Zabezpieczony materiał wraz z wypełnionym i podpisanym formularzem zlecenia
badania należy zapakować i wysłać zgodnie z instrukcją dostępną pod adresem:
https://badamygeny.pl/BADAMY_GENY/docs/instrukcja-wysylki-probki-krwi.pdf
Powered by TCPDF (www.tcpdf.org)