Genetyka roślin

advertisement
Promotory genu
• Promotor bliski – leży w odległości do
40 pz od miejsca startu transkrypcji,
zawiera kasetę TATA.
Kaseta TATA to silnie konserwowana
sekwencja TATAAAA, występująca w
większości promotorów
eukariotycznych. Leży w odległości 20
do 30 pz od miejsca startu transkrypcji.
Promotory genu
• Promotor dalszy – obejmuje sekwencje
od 40 do 300 pz od miejsca startu
transkrypcji. Nie jest to sekwencja DNA
silnie konserwowana, lecz
charakterystyczna dla poszczególnych
genów.
Można w nich wyróżnić pewne motywy,
np. CAAT lub GGGcGG (kaseta GC).
Enhancery
Różnej długości sekwencje regulatorowe
położone na ogół w odległości od kilku do
kilkunastu tysięcy pz od genu. Dla ich
funkcjonowania nie ma znaczenia czy
znajdują się po stronie 5` czy 3`.
TATA box
Enhancery
5`
3`
CGCG
intron
ekson
intron
CZĘŚĆ KODUJĄCA GENU
Elementy regulatorowe
ekson
TERMINATOR
PROMOTORY
ekson
Część kodująca genu składa się z na
przemian leżących eksonów i intronów
• Eksony – odcinki genu kodujące
aminokwasy.
• Introny – odcinki genu nie kodujące.
Geny eukariotyczne mają charakter
mozaikowy, czyli są nieciągłe.
Znaczenie intronów
• Większa plastyczność ewolucyjna systemu
genów podzielonych u Eucaryota w
porównaniu z genami ciągłymi u Procaryota.
• Taka budowa ułatwia mieszanie eksonów na
drodze rekombinacji odcinków DNA.
• Dają możliwość alternatywnego składania,
czyli składania na różne sposoby eksonów
tworzących gen, dzięki czemu jeden gen
może kodować kilka różnych produktów
białkowych (60% genów ludzkich ulega
alternatywnemu składaniu).
Ekspresja genów
Centralny dogmat Crick`a
TRANSKRYPCJA
- I etap ekspresji genów
Przepisywanie informacji
genetycznej z makrocząsteczki DNA
na mniejsze i bardziej funkcjonalne
cząsteczki pre-mRNA
Polimeraza
RNA
ETAP I
Inicjacja
transkrypcji
Dodatkowe białka
ETAP II
Elongacja -synteza
pierwotnego transkryptu
RNA
ETAP III
Terminacja – zakończenie
procesu
Zasadniczą role w procesie transkrypcji pełnią:
1. Polimerazy RNA
2. Czynniki transkrypcyjne
Polimeraza RNA i czynniki transkrypcyjne
współdziałają z sekwencjami DNA
o charakterze regulatorowym.
Klasyfikacja eukariotycznych
polimeraz RNA
Klasa
Lokalizacja w
komórce
Główny produkt
transkrypcji
I (inaczej A)
Jąderko
pre-rRNA
II (inaczej B)
Nukleoplazma
pre-mRNA
III (inaczej C)
Nukleoplazma
pre-tRNA
Mitochondrialna
Mitochondria
mt RNA
Chloroplastowa
Chloroplasty
ct RNA
Czynniki transkrypcyjne
Białka zróżnicowane pod względem
struktury i funkcji, nie będące
składnikiem polimerazy RNA, lecz
potrzebne do rozpoczęcia przez ten
enzym transkrypcji i decydujące o tym,
które geny i w jakim momencie życia
komórki będą transkrybowane.
Białka uczestniczące w inicjacji transkrypcji:
1.
2.
3.
Ogólne czynniki transkrypcyjne (takie same dla
wszystkich genów transkrybowanych przez daną
polimerazę). Wraz z polimerazą RNA tworzą
Podstawowy Aparat Transkrypcyjny i wiążą się do
sekwencji w obrębie bliskiego promotora i miejsca
startu transkrypcji.
Aktywatory, czyli czynniki transkrypcyjne
oddziałujące bezpośrednio z DNA. Wiążą się do
sekwencji dalszego promotora i sekwencji w
enhancerach.
Koaktywatory i korepresory – białka nie
oddziałujące bezpośrednio z DNA. Umożliwiają
oddziaływanie między aktywatorami związanymi z
dalszym promotorem i enhancerami a
Podstawowym Aparatem Transkrypcyjnym.
Etapy transkrypcji
Inicjacja transkrypcji polega na
umożliwieniu związania do
odpowiednich sekwencji w promotorze
polimerazy RNA i towarzyszących jej
białek, aby zapewnić wydajną
transkrypcję tego genu.
Etapy transkrypcji
1. Inicjacja – złożony proces syntezy pierwszego
wiązania fosfodiestrowego przyszłego
łańcucha polirybonukleotydowego
Kompleks preinicjacyjny
Polimeraza RNA + matryca
+
Rybonukleozydo-5`-trójfosforan
Kompleks inicjacyjny
Polimeraza RNA + matryca + dwunukleotyd
• Dopiero obecność aktywatorów i koaktywatorów
powoduje, że transkrypcja zachodzi z potrzebną
wydajnością.
• Część z nich stanowią czynniki ogólnego działania
(uczestniczą w transkrypcji wielu genów), część zaś to
czynniki specyficzne, od których zależy wybiórcza
aktywacja genów w konkretnych sytuacjach.
Ogólny czynnik
transkrypcyjny
Funkcja
TFIID – bialko TBP Rozpoznaje sekwencje TATA i prawdopodobnie
sekwencję Inr; umożliwia związanie TFIIB
TFIID – białka TAF Rozpoznają promotor podstawowy; regulują
wiązanie TBP z DNA
TFIIA
Stabilizuje związany z DNA kompleks TBP/białka
TAF
TFIIB
Pośredniczy w przyłączeniu polimerazy RNA II;
wpływa na wybór miejsca startu transkrypcji
TFIIF
Umożliwia przyłączenie do kompleksu polimerazy
RNA II
TFIIE
Pośredniczy w przyłączeniu TFIIH; wpływa na różne
aktywności TFIIH
Ma aktywność helikazy, odpowiedzialną za przejście
TFIIH
kompleksu promotorowego zamkniętego w kompleks
otwarty; prawdopodobnie wpływa też na opuszczenie
promotora przez polimerazę
TATA
Inr
DNA
Białka TAF
TBP
?
TFIID rozpoznaje sekwencję TATA i
prawdopodobnie sekwencję Inr
Składnikiem tego czynnika jest
białko TBP i białka TAF
TFIIA
Tworzenie
kompleksu
preinicjacyjnego
TFIIB
TFIIF/ polimeraza RNA II
TFIIE
TFIIH
Składanie kompleksu preinicjacyjnego polimerazy RNA II
Etapy transkrypcji
2. Elongacja – uporządkowana dobudowa reszt
nukleotydowych do zapoczątkowanego już
łańcucha polirybonukleotydowego
Wydłużanie łańcucha w kierunku od 5` do 3` z
prędkością 1000-1500 nukleotydów na
minutę
Przyłączanie kolejnych nukleotydów katalizuje
polimeraza RNA
Etapy transkrypcji
3. Terminacja – kontrolowane przerwanie
transkrypcji połączone z uwolnienie
produktu syntezy, czyli pre-mRNA i enzymu
– polimerazy RNA.
Dojrzewanie mRNA
I etap - składanie
• Składanie RNA (splicing) – wycinanie intronów i łączenie
eksonów w jedną funkcjonalną całość;
• Proces cięcia i składania katalizują małe cząstki
jądrowe – snRNP (small nuclear
ribonucleoprotein), czyli krótkie jądrowe
kompleksy RNA-białko.
• Rolą snRNP jest rozpoznanie i przyłączanie się do
charakterystycznych krótkich sekwencji
nukleotydowych występujących wewnątrz
wszystkich intronów i na obu ich końcach. Po
przyłączeniu na styku intron – ekson rozszczepiają
RNA i łączą odpowiednie odcięte końce w ciągłą
nic RNA.
Składanie
• W wyniku cięcia i składania zostają wycięte
wszystkie introny, a jednocześnie zachowane
zostają wszystkie eksony w wyjściowej kolejności,
dając ciągłą sekwencję pojedynczego mRNA.
Dojrzewanie mRNA
II etap - redagowanie
• Redagowanie polega na usuwaniu
błędnie włączonych nukleotydów,
wstawianiu brakujących nukleotydów i
ostatecznym przygotowaniu dojrzałego
mRNA do translacji.
TRANSLACJA
– II etap ekspresji genów
Tłumaczenie informacji genetycznej
zawartej w mRNA (po transkrypcji z
DNA) na aminokwasy budujące
konkretne białko.
tRNA
Translacja zachodzi na terenie
cytoplazmy w rybosomach.
Download