kwasy nukleinowe
advertisement
KWASY NUKLEINOWE TRIPLEKSY, TERTAPLEKSY (KWADRUPLEKSY TRIPLEKSY - mając w roztworze strukturę helisy DNA czy RNA albo strukturę mieszaną (1 nić DNA druga RNA – struktury istotne z punktu widzenia transkrypcji) mogą tworzyć się struktury tripleksu - w przypadku kiedy mamy do czynienia z jedną nicią homopurynową a drugą nicią homopirymidynową, czyli w sekwencjach nici mamy powtarzalne te same nukleotydy, albo specjalnie zaprojektowana sekwencja, która umożliwia utworzenie typu helisy potrójnej ze względu na odpowiednią komplementarność zasad - helisy potrójne mają szersze znaczenie biologiczne nawet dla DNA o dowolnej sekwencji, są to struktury przejściowo realizowane w przypadku rekombinacji ogólnej, czyli kiedy wymieniaja się fragmenty siąsiadujących chromosomów - taki układ jest stabilizowany przez białka - w strukturze tripleksu jeśli mamy jedną nić poli A, a drugą poli T czy poli U czy jedną RNA czy drugą DNA, mamy strukturę podwójnej helisy - do takiego układu AT może podejść trzecia nić od strony dużej bruzdy i utworzyć strukturę helisy potrójnej gdzie trzecia para jest stabilizowana przez tzw. Wiązania wodorowe typu Hoogsteena z udziałem adenozyny aminowej w 6-tej pozycji i azoty N7 , a w przypadku guanozyny z udziałem grupy ketonowej w 6 pozycji N7 - dwa razy dwie helisy podwójne poliA i poli T mogą utworzyć poliT,poliA,poli T + pojedyncza nić poli A - odbywa się to pod wpływem dodawania jonów magnezu - w helisie potrójnej wszystkie 3 nici mają jednakowe własności konformacyjne W takim ułożeniu, jak na rysunku, że tlen idzie za rysunek, węgiel do dołu, a zasada do góry, taką strukturę nazywamy strukturą β. Po odwróceniu otrzymalibyśmy nukleotyd α, ale takie nie występują w kwasach nukleinowych powstających naturalnie. Również struktura, jeśli chodzi o węgiel C4` jest to forma typu D, a więc cukrem, który stanowi element składowy nukleotydu w DNA to jest β2`deoksyrybopuranoza. STRUKTURA PIERWSZORZĘDOWA W strukturze pierwszorzędowej jest zapisana cała informacja o strukturze, funkcjonowaniu i podziałach kom. Kwas deoksyrybonukleinowy budową bardzo przypomina kwas rybonukleinowy, ale różni się dość istotnie budową cząsteczki i funkcjami.Kiedy nukleotyd zostaje włączony w łańcuch otrzymujemy łańcuch fosfocukrowy złożony z reszt cukrowych połączonych mostkiem w postaci reszt fosforanowych? Grupa fosforanowa zawiera grupę OH z jednym odczepianym protonem. STRUKTURY TRZECIORZĘDOWE DNA - mniejszy polimorfizm struktur - jest to głównie nośnik materiału genetycznego - siedzi w chromosomach - siedzi w strukturze, której budowa 3-rzędowa jest uwarunkowana sąsiedztwem białek histonowych - zasadniczo jest to dla DNA jednen typ struktury - podstawowym problemem jest to ,aby cząstkę o ogromnej długości zwinąć - podwójna helisa musi być tak zwinięta by była mocno zbita i zmieściła się w jądrze komówki Pseudowęzeł – Motyw A- minor - adenina oddziaływuje z komplementarną parą zasad typu GC - w GC mamy parowanie typu Watsona- i Cricka adenozyna paruje z tą parą i powstają wiązania wodorowe w typie i mamy do czynienia między grupą NH2 guaniny a akceptorem jest 3 azot adeniny tlen cytozyny z grupą 2’ OH adeniny STRUKTURA II – RZĘDOWA - o formie II-rzędowej helisy decyduje: > sekwencja zasad (naprzemienne sekwencje umożliwiają utworzenie struktury) > warunki środowiska: temp, pH, siła jonowa zmieniając warunki możemy powodować przechodzenie jednej formy w drugą, rozpad i powrót do formy helikalnej > denaturacja topnienie helis – wąski zakres temp. Topnienia ;50% w formie helikalnej i 50% w formie 2 nici) - stabilizacja przez oddziaływania warstwowe, ze środowiskiem i między sobą hypochromazja – podwyższenie absorbcji. 2 niezależnych nici w stosunku do struktury helisy
