Laboratorium Genetyczne Test BRCA 1/2 Profilaktyka i wczesne wykrywanie raka piersi Innovators in Reproductive Genetics Test BRCA 1/2 Badanie BRCA 1/2 umożliwia przeprowadzenie analizy całej sekwencji kodującej obu genów w celu wykrycia mutacji mających wpływ na podwyższone ryzyko wystąpienia choroby nowotworowej. Jednym z najistotniejszych wskazań do wykonania tego rodzaju diagnostyki jest obciążony wywiad rodzinny. Nowotwory złośliwe piersi i jajnika nadal są jedną z najczęstszych przyczyn śmierci kobiet na świecie. W 2013 roku w Polsce zajmowały one, wśród innych nowotworów złośliwych powodujących zgony w populacji żeńskiej, odpowiednio drugą i czwartą pozycję. Pod względem częstości zachorowania rak piersi zajmuje pierwsze miejsce i powoduje ponad 20% wszystkich zachorowań na nowotwory złośliwe u kobiet w Polsce. W analizie epidemiologicznej wśród czynników zaangażowanych w etiologię raka piersi i jajnika, obok aspektów środowiskowych jako jedne z najistotniejszych wymienia się uwarunkowania genetyczne. Za istotną część dziedzicznych predyspozycji do rozwoju raka piersi i jajnika odpowiadają mutacje w genach BRCA. Zmiany tego rodzaju związane są także z podwyższonym ryzykiem wystąpienia raka sutka u mężczyzn. Jednocześnie zarówno kobiety, jak i mężczyźni będący nosicielami mutacji, są bardziej narażeni na zachorowanie na inne rodzaje nowotworów jak rak trzustki, jelita grubego czy prostaty. Przeprowadzenie testu pozwala, w przypadku pozytywnego wyniku, podjąć odpowiednie działania profilaktyczne. To z kolei umożliwia wczesne wykrycie choroby, szybkie wdrożenie spersonalizowanej terapii i zwiększenie szans na powrót pacjenta do zdrowia. BRCA1 i BRCA2 to geny związane ze zwiększoną predyspozycją do zachorowania na nowotwory złośliwe w szczególności raka piersi i jajnika. Należą one do grupy tak zwanych genów opiekuńczych (ang. caretakers), których białkowe produkty zaangażowane są w utrzymywanie stabilności genomowej. Białka BRCA uruchamiają mechanizmy naprawcze w odpowiedzi na uszkodzenie DNA. Mutacje w tych genach powodują, że proces naprawy nie przebiega prawidłowo powodując akumulacje błędów w kolejnych genach, co zwiększa ryzyko nowotworu. Wykazano silny związek nosicielstwa mutacji w genie BRCA1 ze zwiększonym ryzykiem rozwoju raka piersi i jajnika. Sięga ono odpowiednio 60% - 85% w przypadku raka piersi i 40% - 60% w odniesieniu do raka jajnika. 60% 85% Ryzyko rozwoju raka piersi - nosicielstwo mutacji w genie BRCA1 40% Wykazano silny związek nosicielstwa mutacji w genie BRCA2 ze zwiększonym ryzykiem rozwoju raka piersi ii/lub jajnika. Sięga ono odpowiednio 40% - 80% w przypadku raka piersi i 11% - 27% w odniesieniu do raka jajnika. 40% 80% Ryzyko rozwoju raka piersi - nosicielstwo mutacji w genie BRCA2 60% 11% 27% Ryzyko rozwoju raka jajnika - nosicielstwo mutacji w genie BRCA1 Ryzyko rozwoju raka jajnika - nosicielstwo mutacji w genie BRCA2 Obecność mutacji w genie BRCA1 związana jest ze wczesnym zachorowaniem tzn. przed 40 r.ż., zwiększonym ryzykiem wystąpienia obustronnego raka piersi oraz podwyższonym ryzykiem rozwoju nowotworów w innej lokalizacji np. trzustce czy jelicie grubym. Ponadto obecność mutacji w genie BRCA2 wiąże się z podwyższonym ryzykiem rozwoju innych nowotworów jak rak prostaty oraz sutka u mężczyzn. Szacuje się, że mutacje w genach BRCA1 i BRCA2 mają związek z ok. 5 - 10% diagnozowanych nowotworów złośliwych piersi (co stanowi około 25% wszystkich dziedzicznych raków piersi). Zmiany w genach BRCA powiązane są również z ok. 10 - 15% przypadków wszystkich nowotworów jajnika. Do tej pory w bazie HGMD Profesional opisano: > 1900 > 1600 mutacji w genie BRCA1 mutacji w genie BRCA2 Mutacje te rozproszone są wzdłuż całej sekwencji kodującej genów, a większość z nich to mutacje powodujące powstanie skróconego, niefunkcjonalnego białka. Co to jest Test BRCA 1/2? Test BRCA1 i BRCA2 to genetyczne badanie przesiewowe wykonywane z wykorzystaniem techniki sekwencjonowania następnej generacji (NGS). Jego celem jest wykrycie mutacji w sekwencji kodującej obu genów BRCA. Test pozwala na określenie, czy u danej osoby występuje podwyższone ryzyko zachorowania na raka piersi i/lub raka jajnika związane z nosicielstwem określonych mutacji w genach BRCA. Test prowadzi się w dwóch etapach: Sekwencjonowanie techniką NGS umożliwia kompletną analizę obu genów w celu stwierdzenia, czy w danej próbce występują zmiany punktowe w ich sekwencji. Określony zostaje efekt molekularny i biologiczny stwierdzonych u pacjenta wariantów. Pacjent otrzymuje również dane na temat znaczenia klinicznego wykrytych zmian. Dla ustalenia tych informacji wykorzystywane są dostępne dane literaturowe oraz informacje zebrane w bazach danych takich jak: HGMD Professional, NCBI ClinVar, dbSNP, Exome Variant Server, 1000 Genomes Project , BIC. W przypadku nie opisanych zmian ich patogenność określana jest z wykorzystaniem algorytmów do predykcji bioinformatycznej m.in. Mutation Taster, SIFT, PolyPhen-2, Mutation Assesor i innych. W wyniku badania pacjent otrzymuje kompletną informacje na temat wykrytych u niego wariantów wraz z kompleksową interpretacją obejmującą zarówno analizę znaczenia molekularnego, jak i związku wykrytych zmian z ryzykiem wystąpienia choroby nowotworowej. Dlaczego warto wykonać Test BRCA 1/2? Wykrycie mutacji u jednego członka rodziny może sugerować wystąpienie zwiększonego ryzyka u innych krewnych. Informacja zawarta w wyniku może mieć duże znaczenie dla zdrowia przyszłych pokoleń. Osoby, które dziedziczą mutacje w genie BRCA 1/2 mogą przekazać zmiany swoim synom i córkom. Każde dziecko ma 50% szans na odziedziczenie mutacji od rodzica, który jest jej nosicielem. Jeżeli dana osoba wie, że odziedziczyła szkodliwą mutację w genie BRCA1 lub BRCA2 oznacza to, że u każdego z jej braci i sióstr istnieje 50% prawdopodobieństwo nosicielstwa tej samej zmiany. Kto powinien wykonać Test BRCA 1/2? Wskazaniem do wykonania badania jest każde obciążenie w rodzinie, które sugeruje obecność mutacji w genie BRCA1 lub BRCA2 np.: Rak piersi zdiagnozowany przed 50 rokiem życia Rak jajnika Obustronny rak piersi Zachorowania synchroniczne (np. w tym samym czasie w gruczole piersiowym stwierdzono dwa niezależne ogniska raka) lub metachroniczne (np. ta sama osoba zachorowała na raka błony śluzowej trzonu macicy, a następnie na raka piersi), Przypadki raka piersi u mężczyzn Co dalej? W przypadku stwierdzenia zmiany genetycznej, zalecane są następujące działania: Konsultacja genetyczna Dalsze kroki diagnostyczne i terapeutyczne Zabezpieczenie (zamrożenie) komórek rozrodczych Diagnostyka preimplantacyjna w przypadku chęci posiadania potomstwa Laboratorium Genetyczne INVICTA zapewnia: Specjalistyczny Zestaw Pobraniowy – materiałem do analizy jest ślina Bezpłatny transport Dostęp do wyników online Pierwszy w Polsce Test BRCA 1/2 z wykorzystaniem NGS (Next Generation Seqiencing). Laboratorium Genetyczne INVICTA, listopad 2015 r. Wyszczególnienie BRCA 1 BRCA 2 Metoda NGS NGS Odczyt 200x 200x Materiał biologiczny Ślina Ślina Czas oczekiwania na wynik 8 tygodni 8 tygodni Lokalizacja na chromosomie 17 13 CCDS11456.2 CCDS9344.1 5632 10231 Liczba rejonów kodujących (eksonów) 23 26 Liczba rejonów kodujących > 300 pz 2 5 CCDS_ID Całkowity rozmiar rejonu kodującego [pz] NGS Next Generation Sequencing To obecnie najnowocześniejsza dostępna na świecie metoda diagnostyczna, która zapewnia wyjątkowo dokładny, wiarygodny i kompleksowy wynik. Jej zastosowanie umożliwia identyfikację najdrobniejszych zmian w genomie ludzkim. test tube funnel lid funnel funnel test tube funnel lid test tube test tubewith screw cap funnel test tube tubewith screw cap test tube tubewith screw cap test tube with screw cap test tube with screw cap Important notes on sample collection Important notes on sample collection Do NOT eat, drink,onsmoke, chew gum for 30 Important notes sampleorcollection Badanie minutes before collecting your saliva sample. Do NOT eat, drink, smoke, or chew gum for 30 Important notes on sample collection Pobranie materiału Do NOT eat, drink, smoke, or chew gum for lid.30 Do NOT remove the film from the funnel minutes before collecting your saliva sample. Important notes onplastic sample collection minutes before collecting your sample. NOT eat, drink, smoke, orsaliva chew gum for lid. 30 Be careful not to exceed the upper line while collecDo NOT remove the plastic film from the funnel Do NOT smoke, orsaliva chew gum for 30 NOT remove the plastic film from the funnel lid. minutes before your sample. ting salivaeat, Be careful not drink, tocollecting exceed the upper line while collecminutes before collecting your saliva sample. Be careful exceed thefilm upper line collecDo NOT remove plastic from thewhile funnel lid. (see Fig.1) Wypełnienie skierowania ting saliva not tothe Do NOT remove plastic fromline thewhile funnel lid. ting saliva Be exceed thefilm upper collec(seecareful Fig.1) not tothe Be careful not to exceed the upper line while collec(see saliva Fig.1) ting Podpisanie świadomej ting Intended (see saliva Fig.1)use zgody na badanie (see Fig.1)use Intended Saliva sample DNA diagnostics. genetyczne przez Intended usecollection kit for human Saliva sample collection kit for human DNA diagnostics. Pacjenta Intended use Saliva sample Intended usecollection kit for human DNA diagnostics. Contents Saliva sample collection kit for human DNA diagnostics. Saliva sample collection kit for human DNA diagnostics. Contents The kit contains preservative fluid. Contents The kit contains preservative fluid. Contents The kit contains preservative fluid. Contents Przygotowanie WARNING The kit contains preservative fluid. Transport do transportu WARNING The kit contains preservative fluid. IfWARNING accidental skin or eye contact with the preservative fluid occurs wash immediately thethe exposed area If accidental skin or eye contact with preservatiWARNING Przygotowanie listu If skin or eye contact with preservatiwith water. veaccidental fluid occurs wash immediately thethe exposed area WARNING przewozowego ve fluid occurs wash immediately the exposed area If accidental skin or eye contact with the preservatiDon't swallow. Contains small part which can cause with water. If accidental skin or eye contact with the preservatiwith water. ve fluid occurs wash immediately the exposed area choking. Don't swallow. Contains small part which can cause ve fluid occurs wash immediately the exposed area Don't swallow. Contains small part which can cause with water. choking. Wysyłka do Laboratorium with water. choking. Don't swallow. Contains small part which can cause Genetycznego INVICTA Storage Don't swallow. Contains small part which can cause choking. Storage choking. Storage Storage Storage Kit description Dostęp do wyników Wynik 8 tygodni Kit description PREDISPOSITIONS Kit description Collection Kit is a kit containing materials and instructions and PREDISPOSITIONS CollectionforKitself-collection is a kit containing Kit description PREDISPOSITIONS Collection Kit is a kit containing stabilisation of saliva samples. materials and instructions for self-collection and Kit description materials and instructions and PREDISPOSITIONS Collection Kit self-collection is a kit containing stabilisation of saliva samples.for PREDISPOSITIONS Collection Kit self-collection is a kit containing stabilisation of saliva samples.for materials and instructions and Adres wysyłki: Made in Canada materials and instructions stabilisation of saliva samples.for self-collection and Laboratorium Genetyczne INVICTA DNA Genotek Inc. Canada stabilisation of saliva samples. Gdański Made Park inNaukowo-Technologiczny saliva saliva saliva saliva saliva Proces współpracy 1 2 3 Ottawa. Canada Made inON, Canada DNA Genotek Inc.K2K 1L1 ul. Trzy Lipy 3, 80-172 Gdańsk DNA Genotek Inc.K2K 1L1 Ottawa. ON, Canada Made in Canada M: [email protected] • T: +48 Ottawa. ON, Canada K2K 1L1784 373 593 DNA Genotek Inc. Made in Canada Ottawa. Canada DNA ON, Genotek Inc.K2K 1L1 Ottawa. ON, Canada K2K 1L1 Read the complete instructions carefully before starting material co Material collection FOR MATERIAL COLLECTION Procedure: INSTRUCTIONS Read the complete instructions carefully before starting material co Material collection Procedure: the complete instructions carefully before1starting material co InRead most cases collecting saliva as described in points to 5 takes 2 to 5 min Material collection Procedure: In most cases collecting saliva as described in points 1 to 5 takes 2 to 5 mi Material collection Procedure: In most cases collecting saliva as described points 1 of to saliva 5 takesinto 2 tothe 5 mif Spit in a portion Material collection Procedure: 1. 1. 1. 1. 1. the tube1base on ainto flat surf In most cases collecting saliva as described ina points to takes 2 to the 5 mif Spittest portion of5saliva pobrania Spit a points portion of5saliva into InInstrukcja most cases collecting saliva as described in 1the to takes 2flat to the 5the mif flow down to bottom of the test tube base on a surf Przed pobraniem zapoznaj sie z cała instrukcja. the test tube base on ainto flat surf Spit adown portion of saliva sure that the of your saliva flow totop the bottom ofthe the(f Spit athat portion of saliva flowtest down to top the bottom ofthe the the tube base on ainto flat surf bubbles) is between the lines asf sure the of your saliva 1. the test tube base on a flat surf sure that your saliva flow down to top the of bottom of the bubbles) isthe between the lines as Oddaj porcje ślinyflow do lejka. Delikatnie down to top the of bottom of the bubbles) isthe between the lines as sure that your saliva postukaj podstawą probówki w płaską thatis the salivaas bubbles) between the lines powierzchnię abysure ślina spłynęła do dnatop of your Keep the test tube in the vertical probówki. Potwierdź, że poziom ślinybetween bubbles) is linespo as (płynna, nie piana) znajduje się pomiędzy hand. on andpo p Keep the1 the testfunnel tube inlidvertical liniami jak zaznaczono na Put Rys. Keep the tube inlid vertical the second hand until you ap hand. Puttest the funnel onhear andpo hand. Put the funnel lid on and Keep the tube influid vertical popa sound. Thetest coloured ishear relea the second hand until you 2. Keep the test tube influid vertical popa the second hand until you hand. Put the funnel lid onishear and and mixed with the collected sal sound. The coloured rele hand. Put the funnel lid on and Przytrzymaj pionowo probówkę w jednej sound. The coloured fluid is rele the second hand until you hear that lid with is closed well. and the mixed the collected sapa dłoni. Drugą ręką zamknij i dociśnij the second hand until you hear and mixed with the collected saa sound. The coloured fluid is rele pokrywkę lejka, ażthat usłyszysz thewyraźne lid is closed well. kliknięcie. Zabarwiony płyn zostanie sound. The coloured fluid is rele that the lid is closed well. and mixed with the collected sa uwolniony z pokrywki i zmiesza się Keep the test tube vertical po and theincollected sa z zebraną śliną. Upewnij się, że pokrywka thatmixed the lidwith is closed well. jest dobrze zamknięta. Unscrew from the tes Keep thethe test tube in vertical po that the lid isfunnel closed well. Keep the the testfunnel tube infrom vertical po Unscrew the te 3. Unscrew the te Keep the the testfunnel tube infrom vertical po Keep the the testfunnel tube infrom vertical po Unscrew the te Przytrzymaj pionowo probówke. Odkręć lejek od probówki.Unscrew the funnel from the te 2. 2. 2. 2. 2. 3. 3. 3. 3. 3. 4. 4. 4. 4. 4. Close the test tube with the scre attached thetube kit. Make th Close theintest with sure the scr 4. Close the test with the properly tightened. attached in thetube kit. Make surescr th attached in thetube kit. Make surescr th the test with the properly Zamknij probówkęClose załączoną wtightened. zestawie nakrętką. UpewnijClose się, że nakretka jest thetightened. test tube with the scr properly attached in the kit. Make sure th dobrze dokręcona. attached in the kit. Make sure th properly tightened. properly tightened. 5. 5. 5. 5. 5. Shake the test tube for 5 second Shake the test tube for 5 secon Shake test tube for 5 secon Wstrząsaj probówką przez 5the sekund. Shake the test tube for 5 secon Shake the test tube for 5 secon 5. Zebranie śliny opisane w punktach 1 do 5 zabiera w większości przypadków od 2 do 5 minut. Legend Legend Legend Check in the Instructions Legend Check Date in the Instructions Expiry Gotowy do użycia Legend Check in the Instructions Expiry In vitro diagnostic medical device uniwersalny Zestaw Date Check in the Instructions Expiry Date In vitro diagnostic medical device Catalogue No. Pobraniowy INVICTA! Check in the Instructions Expiry Date In vitro diagnostic medical device Catalogue No. CE Certificate Expiry Date In vitro diagnostic medical device Catalogue No. CE Certificate In diagnostic medical device Catalogue No. CEvitro Certificate Industrial design p Industrial design p Important: check in Industrial design Important: check pi Storage conditions Industrial design Important: check pi Storage condition Manufacturer Industrial design Important: check pi Storage condition Manufacturer Important: check i Storage condition Manufacturer Catalogue No. CE Certificate This leaflet is for information purposes only. Information contained in this leaflet is not a basis for the formulation of an opinion or making decisions concerning health, diag CE Certificate and therapeutic methods and the foreseeable theira application omission, treatment outcomes and decisions prognosis.concerning Prior to taking anydia ste Thispossible leaflet isdiagnostic, for information purposes only. Information containedconsequences in this leaflet of is not basis for theorformulation of an opinion or making health, starting or continuing a specific treatment should be consulted with a doctor in each case. Information contained this leaflet does notand constitute anPrior offerto in taking view ofany thestC and possible therapeutic methods and the foreseeable their application omission,intreatment outcomes prognosis. This leaflet isdiagnostic, for information purposes only. Information containedconsequences in this leaflet isofnot a basis for theorformulation of an opinion or making decisions concerning health, dia starting or continuing a specific treatment should with a doctor in each case.application Information contained in this leaflet does not constitute offertointaking view of the and therapeutic methods and be theconsulted foreseeable their omission, treatment outcomes and prognosis.an Prior any st Thispossible leaflet isdiagnostic, for information purposes only. Information containedconsequences in this leaflet isofnot a basis for theorformulation of an opinion or making decisions concerning health, dia starting or continuing a specific treatment should be consulted with a doctor in each case.application Information contained in this leaflet does not constitute anPrior offertointaking view of the and possible diagnostic, therapeutic methods and the foreseeable consequences of their or omission, treatment outcomes and prognosis. any st This leaflet is for information purposes only. Information contained in this leaflet is not a basis for the formulation of an opinion or making decisions concerning health, dia starting or continuing a specific treatment should with a doctor in each case.application Information in this leaflet does not constitute offertointaking view of the and possible diagnostic, therapeutic methods and be theconsulted foreseeable consequences of their orcontained omission, treatment outcomes and prognosis.anPrior any st starting or continuing a specific treatment should be consulted with a doctor in each case. Information contained in this leaflet does not constitute an offer in view of the Metodyka NGS Ekstrakcja próbki Storage condition Manufacturer Manufacturer Tworzenie biblioteki Clinics and Przygotowanie Analiza Medical LaboratoriesOdczyt INVICTA | T: +48 58 58 58 804 z barkodem molekularnym sekwencji informacji danych Clinics and Medical Laboratories INVICTA | T: +48 58 58 58 804 Clinics and Medical Laboratories INVICTA | T: +48 58 58 58 804 Ograniczenia Clinics and Medical Laboratories INVICTA | T: +48 58 58 58 804 Clinics Medical INVICTA | T:intronowymi, +48 58 58 58 804 Badanie pozwala na analizę całej sekwencji kodującej genówand BRCA1 i BRCA2, Laboratories wraz z przylegającymi sekwencjami nie mniej niż pięć nukleotydów. Jakość dostarczonej próbki może mieć wpływ na skuteczność sekwencjonowania poszczególnych rejonów. W przypadku nie uzyskania pokrycia wskazanego obszaru z użyciem sekwencjonowania NGS, laboratorium podejmie próbę uzupełnienia brakujących fragmentów metodą Sangera. Zakres badanej sekwencji podany zostanie na wyniku badania. Gwarantowana w badaniu głębokość sekwencjonowania pozwala ma wykrycie wariantów germinalnych. Badanie nie zostało zwalidowane w kierunku wykrywania wariantów somatycznych. Sekwencjonowanie nie jest skuteczne lub wynik sekwencjonowania może być obarczony niską wiarygodnością w przypadku następujących sytuacji (lista nie wyczerpuje wszystkich możliwych sytuacji): mutacje dynamiczne, duże rearanżacje, zmienna liczba kopii (CNV), disomia jednorodzicielska, zmiany epigenetyczne, mozaicyzm. Rada naukowa INVICTA prof. dr hab. n. med. Krzysztof Łukaszuk, Kierownik Klinik Leczenia Niepłodności INVICTA mgr Bożena Maj, Kierownik Laboratoriów Medycznych INVICTA dr Sebastian Pukszta, Z-ca Kierownika Laboratoriów Medycznych ds. Biologii Molekularnej INVICTA dr n. med. Karolina Ochman, Genetyk Kliniczny Literatura Arindam Paul, Soumen Paul. The breast cancer susceptibility genes (BRCA) in breast and ovarian cancers. Front Biosci (Landmark Ed) 2014 Jan, 1(19): 605–618. Karami F, Mehdipour P. A comprehensive focus on global spectrum of BRCA1 and BRCA2 mutations in breast cancer. Biomed Res Int. 2013 Nov, (7): 1-21. Trainer AH, Lewis CR, Tucker K, Meiser B, Friedlander M, Ward RL. The role of BRCA mutation testing in determining breast cancer therapy. Nat Rev Clin Oncol. 2010 Dec, 7(12):708-17. Murphy CG, Moynahan ME. BRCA gene structure and function in tumor suppression: a repair-centric perspective. Cancer J. 2010, JanFeb;16(1):39-47. D’Argenio V, Esposito MV, Telese A, Precone V, Starnone F, Nunziato M, Cantiello P, Iorio M, Evangelista E, D’Aiuto M, Calabrese A, Frisso G, D’Aiuto G, Salvatore F. The molecular analysis of BRCA1 and BRCA2: Next-generation sequencing supersedes conventional approaches. Clin Chim Acta. 2015, Jun 15(446):221-5. Engel C, Fischer C. Breast cancer risks and risk prediction models. Breast Care (Basel). 2015 Feb, 10(1):7-12. Lynch HT, Snyder C, Casey MJ. Hereditary ovarian and breast cancer: what have we learned? Ann Oncol. 2013 Nov, 24(8):83-95. Bogdanova N, Dörk T. Molecular genetics of breast and ovarian cancer: recent advances and clinical implications. Balkan J Med Genet. 2012 Dec, 15(1):75-80. INV.10.MAR.PRO.108.01 Laboratorium Genetyczne INVICTA Biuro Obsługi Klienta Gdański Park Naukowo-Technologiczny ul. Trzy Lipy 3 • 80-172 Gdańsk T: +48 58 58 58 804 www.invictagenetics.pl M:[email protected] T: +48 784 373 593 F: +48 58 746 30 02