CV - Instytut Genetyki Roślin PAN

CV
Mgr Katarzyna Wyrwa
E-mail: [email protected]
Telefon: (+48 61) 65 50 245
Zakład Genomiki
Zespół Genetyki Strukturalnej i Funkcjonalnej Roślin Strączkowych
Specjalizacja: genomika roślin strączkowych, łubin wąskolistny (Lupinus angustifolius L.),
biologiczne wiązanie azotu atmosferycznego
Profil badawczy
Prowadzone badania podstawowe z zakresu genomiki roślin strączkowych skupiają się na
jednym z gatunków uprawnych łubinów – łubinie wąskolistny (Lupinus angustifolius L.).
Zasadniczym celem prac jest poznanie sekwencji wybranych genów łubinu wąskolistnego
zaangażowanych w proces nodulacji oraz w metabolizm azotu. Ich lokalizacja fizyczna i
genetyczna oraz analiza porównawcza regionów kodujących analizowane geny z genomami
gatunków roślin strączkowych o znanej sekwencji (Glycine max, Medicago truncatula, Lotus
japonicus, Phaseolus vulgaris) umożliwi identyfikację regionów syntenicznych u różnych
gatunków roślin z rodziny Fabaceae. Dodatkowo, opracowanie markerów genetycznych
opartych o sekwencje genowe oraz analiza cytogenetyczna badanych regionów genomu
łubinu wąskolistnego stworzy podstawy do integracji mapy genetycznej i cytogenetycznej
gatunku.
Analizowane geny związane z symbiotycznym wiązaniem azotu atmosferycznego to:
- ENOD40
- nodulina 26 (NOD26)
- aminotransferaza asparaginianowa (AAT)
- syntetaza asparaginy (AS)
- syntetaza glutaminy (GS)
- karboksylaza fosfoenolopirogronianu (PEPC)
- nodulina 45 (NOD45)
Metody







Hybrydyzacja typu Southern blot
Izolacja materiału genetycznego z roślin i bakterii
Restrykcyjny fingerprinting
Mapowanie genetyczne z wykorzystanie techniki PCR oraz trawienia enzymami
restrykcyjnymi
Przygotowywanie preparatów cytologicznych
BAC-FISH (Fluorescencyjna hybrydyzacja in situ)
Analiza bioinformatyczna – adnotacja funkcjonalna sekwencji




Transformacja genetyczna roślin
ELISA
Western blot
Prowadzenie kultur in vitro
Projekty badawcze krajowe i międzynarodowe

MNiSW
Nr projektu: N N301 391939
Tytuł projektu: „Genom jądrowy Lupinus angustifolius L.: struktura wybranych genów,
ich lokalizacja genetyczna i fizyczna oraz analiza porównawcza wybranych regionów
genomu z innymi gatunkami roślin strączkowych”
Kierownik projektu: B. Naganowska
Wykonawca: K. Wyrwa
Okres realizacji: 15.09.2010 – 14.09.2013

NCN
Nr projektu: 2011/03/NZ2/01420
Tytuł projektu: „Cytomolekularny wgląd w genomy Lupinus”
Kierownik projektu: K. Leśniewska
Wykonawca: K. Wyrwa
Okres realizacji: 14.08.2012-13.08.2015

MRiRW
Nr projektu: 79
Tytuł projektu: „Cecha wczesności kwitnienia u łubinu wąskolistnego (Lupinus
angustifolius) - podstawy genetyczne i molekularne”
Kierownik projektu: B. Wolko
Wykonawca: K. Wyrwa
Okres realizacji: 2011 - 2013

Międzynarodowe
Lupin Genome Project CSIRO/University of Western Australia and Centre for Food and
Genomic Medicine (CFGM).
Okres realizacji; 1.01.2011 – 31.12.2013.
Koordynator grupy polskiej zaproszonej do współpracy w projekcie jako partner
zagraniczny - prof. dr hab. B. Wolko.
Wykonawcy: B. Naganowska, M. Książkiewicz, K. Wyrwa, A. Szczepaniak, S. Rychel
Staże zagraniczne

2011, UMR CNRS 6553 Ecobio, Evolution des Génomes et Spéciation, Université de
Rennes, Francja
Współpraca krajowa
 Uniwersytet Śląski, Katowice, współpraca w ramach projektu NCN
 Instytut Chemii Bioorganicznej, współpraca w ramach projektu MNiSW
 Uniwersytet im. Adama Mickiewicza, Poznań, współpraca w ramach projektu MNiSW
Współpraca zagraniczna

University of Western Australia Perth, Australia, dr Matthew Nelson, współpraca w
ramach grantu MRiRW
Publikacje
1) Książkiewicz M, Wyrwa K, Szczepaniak A, Rychel S, Majcherkiewicz K, Przysiecka Ł,
Karłowski W, Wolko B, Naganowska B (2013). Comparative genomics of Lupinus
angustifolius gene-rich regions: BAC library exploration, genetic mapping and
cytogenetics. BMC Genomics 2013, 14:79.
2) Naganowska B, Wyrwa K, Szczepaniak A, Przysiecka Ł, Książkiewicz M, Wolko B
(2011). Cytogenetic mapping – a step towards an integrated genome map of Lupinus
angustifolius. W: “Lupin crops – an opportunity for today, a promise for the future”
(Naganowska B, Wolko B, Kachlicki P, red.). Proc. 13th Int. Lupin Conf., 6-10 June
2011, Poznań, Poland. ISBN 978-83-61607-73-1. Institute of Plant Genetics Polish
Academy of Sciences, Polish Lupin Association, ss. 62-68.
3) Wolko B, Książkiewicz M, Majcherkiewicz K, Wyrwa K (2010). Markery STS
sprzężone z genami odporności na grzyby patogeniczne u łubinu wąskolistnego
(Lupinus angustifolius L.). W: Materiały IV Sympozjum Naukowego „Jakość
środowiska, surowców i żywności” (Dubert F i in. red.) Kraków, 22-23.04.2010. ISBN
978-83-86878-26-0, ss. 169-170.