Tytuł kursu Programowanie w języku Perl dla biologów Czas trwania warsztatu Sugerowany czas: 1-2 tygodnie, 15 godzin lekcyjnych Wycena warsztatu Zajęcia będą odbywać się w pracowni komputerowej Wydziału Biotechnologii Cel warsztatu Celem kursu będzie zapoznanie uczestników z możliwościami pisania skryptów w języku Perl na przykładzie danych biologicznych i bioinformatycznych oraz zautomatyzowania pracy na dużych zbiorach danych. Efekty kształcenia: • Wiedza: uczestnik warsztatów: zaznajomi się z możliwościami zastosowań języka Perl w analizie danych biologicznych i bioinformatycznych; pozna powszechnie stosowane formaty plików z bazy GenBank przechowujące informacje o sekwencjach białek i kwasów nukleinowych; • Umiejętności: uczestnik warsztatów będzie potrafił napisać skrypty przetwarzające pliki pochodzące z bazy danych GenBank oraz inne pliki tekstowe zwierające dane biologiczne; przy pisaniu skryptów będzie umiał zastosować pętle, instrukcje warunkowe, podstawowe funkcje oraz operacje na wyrażeniach regularnych; • Kompetencje: uczestnik warsztatów będzie rozumiał idee i potrzebę programowania oraz automatyzację pracy na dużych zbiorach danych bioinformatycznych i biologicznych. Plan warsztatu 1. Charakterystyka i użyteczność języka Perl; instalowanie i konfiguracja edytora do pisania skryptów; podstawowe operacje na zmiennych łańcuchowych i tablicowych oraz wykorzystanie funkcji podstawienia, transliteracji, print i reverse na przykładzie analiz sekwencji nukleotydowych; odczytywanie danych z pliku (uchwyt pliku); 2. Idea i zastosowanie instrukcji warunkowych oraz pętli while na przykładzie poszukiwania motywów w sekwencjach; zastosowanie wyrażeń regularnych i dopasowanie wzorców; 3. Zastosowanie pętla for i funkcji chomp, split i substr oraz przypisania i inkrementacji do liczenia znaków (nukleotydów) w sekwencjach; zapis wyniku do pliku; zastosowanie tablic asocjacyjnych do tłumaczenia sekwencji nukleotydowych na aminokwasowe; 4. Struktura plików fasta i GenBank oraz ich przetwarzanie. pliku w formacie GenBank; ciąg zmiana separatorów wejściowych, zastosowanie modyfikatorów dopasowania i metaznaków ilościowych. Liczba uczestników Sugerowana liczba uczestników: 5-10. Sugerowany termin „druga połowa września”