Biologiczne bazy danych

Biologiczne bazy danych
Tablica PAM250
Tablica BLOSUM62
Podstawowe bazy sekwencji
• European Bioinformatics Institute
(http://www.ebi.ac.uk/) -- sekwencje
nukleotydowe i białkowe.
• Protein Data Bank (PDB)
(http://www.rcsb.org/pdb/) -- sekwencje białkowe
oraz ich struktury.
• National Center for Biotechnology Information
(NCBI) (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/) -- ogólne
źródło informacji dotyczącej biologii
molekularnej. Wiele baz danych, np. genom
człowieka.
Podstawowe bazy sekwencji, c.d.
• SWISS-PROT
(http://www.expasy.ch/sprot/) -- baza białek
wraz z opisami.
• DNA Data Bank of Japan
(http://www.ddbj.nig.ac.jp) -- analiza
genomów, baza białek wraz z ich strukturą.
Jest dużo innych baz w
internecie ...
• Clusters of Ortologous Groups of Proteins
(COGs)
(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/) -klastry białek będących ortologami
(podobne, ale z różnych gatunków).
• Baza kompletnych genomów (http://www.
genome.ad.jp/kegg/catalog/org_list.html)
Jak wyglądają rekordy w bazach
danych?
• Hemoglobina:
– w PDB (1HGA);
– w EBI (P01922);
– SWISSPROT (P01922).
Eksperyment: hemoglobina
(P01922) – poszukujemy
podobnych w:
•
•
•
•
Wirusy;
Archea;
Bakterie;
Eukarioty. (kilka organizmów)
Wielokrotne uliniowienia
• Uliniowienie kilku białek z rodziny proteaz.
• Uliniowienie kilku białek hemoglobiny.
• Uliniowienie globin (według bazy Pfam).
Porównanie hemoglobiny
człowieka i ...
•
•
•
•
•
Szympansa ;
Goryla ;
Myszy ;
Szczura ;
Muszki owocowej.