Analiza sekwencji DNA

Analiza sekwencji DNA
Przygotowywanie danych po
sekwencjonowaniu
Badane fragmenty DNA sekwencjonujemy na obu
niciach – forward oraz reverse.
Ma to na celu sprawdzenie poprawności
sekwencjonowania – eliminacje błędów mogących
pojawid się podczas amplifikacji DNA
Przygotowywanie danych po
sekwencjonowaniu
Tworzenie sekwencji konsensusowej z obu nici
obejmuje następujące etapy:
-otwieramy pliki z chromatogramami z obu nici w
programie Bioedit
- wklejamy nid reverse do okienka z nicią forward
- odwracamy nid reverse
-przyrównujemy obie nici i nanosimy poprawki mające
na celu stworzenie jednej wspólnej sekwencji dla obu
nici
Otwieramy pliki z chromatogramami z obu nici w
programie Bioedit
Otwieramy pliki z chromatogramami z obu nici w
programie Bioedit
Wklejamy nid reverse do okienka z nicią forward
Wklejamy nid reverse do okienka z nicią forward
Odwracamy nid reverse – nici forward oraz reverse są
względem siebie komplementarne i odwrócone –
musimy zmienid jedną z nich aby obie miały tą samą
sekwencję
Przyrównujemy obie nici
Przyrównujemy obie nici
Nanosimy poprawki mające na celu stworzenie jednej
wspólnej sekwencji dla obu nici