Wizualizacja strukturalna

Wizualizacja strukturalna
1. Zapoznaj się z możliwościami oraz obsługą programu Pymol (http://www.pymol.org/,
http://www.pymolwiki.org/index.php/Main_Page ).
2. Otwórz korzystając z Pymola uzyskane w poprzednim ćwiczeniu struktury teoretyczne
oraz rozwiązaną (pobraną wcześniej z bazy danych PDB) strukturę białka.
3. Przedstaw struktury w różnych formatach, kolejno: kreski (ang. wire frames), kulki i
pręciki (ang. balls and sticks), czasze (ang. space-filling spheres) oraz wstęgi (ang.
ribbons).
4. Zmień kolor tła na biały oraz wyświetl sekwencję białka w oknie programu. Zaznacz
kolorem
zielonym
wszystkie
reszty
Phe,
czerwonym
Trp,
żółtym
Asn.
Przedstaw różne elementy struktury drugorzędowej odmiennymi kolorami (jakie
zauważasz zależności pomiędzy nimi?), ile wstęg występuje w strukturze
analizowanego białka (wstęga musi zawierać więcej niż 1 resztę), podaj pierwszą oraz
ostatnią resztę każdej wstęgi β oraz podaj pierwszą oraz ostatnią resztę każdej helisy
α.
5. Nałóż na siebie struktury parami (teoretyczna oraz rozwiązana), oblicz RMSD.
6. Napisz skrypt, który automatycznie wczytuje wybrane struktury PDB, nakłada je na
siebie i przedstawia w formacie wstęg (elementy struktury drugorzędowej
przedstawione są odmiennymi kolorami).