CV - Instytut Genetyki Roślin

CV
dr Michał Książkiewicz
E-mail: [email protected]
Telefon: (+48 61) 65 50 245
Zakład Genomiki
Zespół Genetyki Strukturalnej i Funkcjonalnej Roślin Strączkowych
Specjalizacja genetyka molekularna, genomika strukturalna, adnotacja funkcjonalna
Profil badawczy / zakres prowadzonych badań


Analiza genów cech użytkowych (odporność łubinów na patogeny, cecha wczesności
kwitnienia). Celem badań jest poznanie sekwencji nukleotydowej wybranych genów,
ich lokalizacja fizyczna i genetyczna w genomie jądrowym L. angustifolius oraz
porównanie ich struktury z gatunkami pokrewnymi (inne gatunki łubinów, Medicago
truncatula).
Analiza struktury i organizacji regionów bogatych w geny w genomie łubinu
wąskolistnego oraz identyfikacja regionów syntenicznych z genomami innych
gatunków strączkowych (Glycine max, Medicago truncatula, Lotus japonicus, Cajanus
cajan, Phaseoulus vulgaris). Do badań są wykorzystywane: biblioteka klonów BAC
genomu jądrowego L. angustifolius, populacja mapująca 83A:476 (D) x P27255 (W)
oraz utworzona dla niej mapa genetyczna. Stosowane metody badawcze obejmują
hybrydyzację sond (fragmenty EST z bibliotek cDNA łubinów, sekwencje z baz
danych roślin modelowych) z DNA klonów BAC z biblioteki genomowej, fingerprinting
restrykcyjny klonów BAC i konstrukcja kontigów, generowanie markerów
genetycznych na podstawie sekwencji klonów BAC, adnotacja funkcjonalna
sekwencji genomowych.
Projekty badawcze krajowe i międzynarodowe

MNiSW
Projekt nr N N301 391939
Tytuł projektu: „Genom jądrowy Lupinus angustifolius L.: struktura wybranych genów,
ich lokalizacja genetyczna i fizyczna oraz analiza porównawcza wybranych regionów
genomu z innymi gatunkami roślin strączkowych”
Kierownik: Barbara Naganowska
Okres realizacji: 15.09.2010 – 14.09.2013
Projekt badawczy zamawiany. Zadanie nr PBZ-MNiSW-2/3/2006/3
Tytuł zadania: „Identyfikacja markerów molekularnych sprzężonych z genem odporności
na grzyb patogeniczny Diaporthe toxica wywołujący brunatną plamistość łodyg u łubinu
wąskolistnego (Lupinus angustifolius L.)”
Kierownik: Bogdan Wolko
Okres realizacji: 21.08.2007 – 20.02.2011
Projekt nr N301 084 32/3234
Tytuł projektu: „Analiza struktury regionu genomu Lupinus angustifolius zawierającego gen
odporności na antraknozę”
Kierownik: Bogdan Wolko
Okres realizacji: 9.05.2007 – 8.08.2010
Projekt nr N N301 165635
Tytuł projektu: „Struktura i organizacja regionu genomu warunkującego odporność
na antraknozę u łubinu wąskolistnego (Lupinus angustifolius L.)”
Kierownik: Bogdan Wolko
Okres realizacji: 08.09.2008 – 31.05.2010

MRiRW
Zadanie MRiRW nr 79
Tytuł zadania: „Cecha wczesności kwitnienia u łubinu wąskolistnego (Lupinus angustifolius)
– podstawy genetyczne i molekularne"
Kierownik: Bogdan Wolko
Okres realizacji: 1.1.2011 – 31.12.2013
Zadanie MRiRW nr 86
Tytuł zadania: „Markery molekularne sprzężone z cechami użytkowymi w charakterystyce
genotypów łubinu wąskolistnego (Lupinus angustifolius L.)”
Kierownik: Bogdan Wolko
Okres realizacji:29.01.2010 – 31.12.2010

NCN
Projekt nr 2011/03/NZ2/01420
Tytuł projektu: „Cytomolekularny wgląd w genomy Lupinus”
Kierownik: Karolina Leśniewska (Uniwersytet Śląski, Katowice)
Wykonawcy: B. Wolko, B. Naganowska, M. Książkiewicz, K. Wyrwa
Podtyp wniosku: OPUS
Okres realizacji: 14.08.2012 – 13.08.2015

Międzynarodowe
Nr projektu: EU 7FP: 283496
Tytuł projektu: “TRANSPLANT - Trans-national Infrastructure for Plant Genomic Science”
Kierownik projektu: Tom Ratcliff, European Bioinformatics Institute
Okres realizacji: 1.09.2011 – 31.08.2015
Staże zagraniczne



2004, Biological Research Institute (BRC), Szeged, Węgry (1 tydzień)
2008, Department of Agriculture and Food Western Australia, Australia (2 tygodnie)
2011, UMR CNRS 6553 Ecobio, Evolution des Génomes et Spéciation, Université de
Rennes, Francja (2 tygodnie)
Współpraca krajowa

Uniwersytet Śląski w Katowicach, Katedra Anatomii i Cytologii Roślin.
Cytomolekularna analiza genomu rodzaju Lupinus.

Uniwersytet Przyrodniczy w Poznaniu, Katedra Biochemii i Biotechnologii.
Poznanie sekwencji i organizacji wybranych genów kodujących enzymy szlaku
fenylopropanoidów u łubinu wąskolistnego (Lupinus angustifolius L.).

Instytutu Chemii Bioorganicznej PAN w Poznaniu, Pracownia Biologii
Molekularnej Roślin. Poznanie sekwencji i organizacji genów kodujących enzymy
związane z procesem symbiotycznego wiązania azotu i rozwojem brodawki
korzeniowej oraz kodujących podjednostki karboksylazy acetylo–koenzymu A
u łubinu wąskolistnego.

Uniwersytet im. A. Mickiewicza w Poznaniu, Instytut Biologii Molekularnej,
Laboratoriujm Genomiki Obliczeniowej. Funkcjonalna adnotacja sekwencji końców
klonów BAC z biblioteki genomu jądrowego L. angustifolius w celu identyfikacji genów
kandydujących dla ważnych cech użytkowych.
Współpraca zagraniczna
- prowadzona w ramach umów
 Department of Agriculture and Food Western Australia, Perth, State of Western
Australia. Western Australian Agriculture Authority, Perth, State of Western Australia.
International Genetic Material Transfer Agreement. Wymiana materiałów roślinnych
(populacje mapujące) oraz mapowanie genomu łubinu wąskolistnego i białego.
- prowadzona bez umów
 University of Western Australia, Perth, Australia. Genetyczne i cytogenetyczne
mapowanie genomu oraz badania struktury genu FT, odpowiedzialnego za
wczesność kwitnienia u L. angustifolius.
 UMR CNRS Ecobio, Université de Rennes, Francja. Poznanie genów związanych
z procesem nodulacji i symbiozy u łubinów.
Publikacje

Książkiewicz M., Wyrwa K., Szczepaniak A., Rychel S., Majcherkiewicz K.,
Przysiecka Ł., Karlowski W., Wolko B., Naganowska B. (2013). Comparative
genomics of Lupinus angustifolius gene-rich regions: BAC library exploration, genetic
mapping and cytogenetics. BMC Genomics 14: 79.

Zieleziński A., Potarzycki P., Książkiewicz M., Karłowski W. (2012). Annotating a nonmodel plant genome – a study on the narrow-leafed lupin. BioTechnologia 93(3): 318332.

Lesniewska K., Książkiewicz M., Nelson M.N., Mahé F., Aïnouche A., Wolko B.,
Naganowska B. (2011). Assignment of 3 Genetic Linkage Groups to 3 Chromosomes
of Narrow-Leafed Lupin. J. Hered. 102 (2): 228-236.

Nelson M.N., Phan H.T.T., Ellwood S.R., Moolhuijzen P.M., Hane J., Williams A.,
O’Lone C.E., Fosu-Nyarko J., Scobie M., Cakir M., Jones M.G.K., Bellgard M.,
Książkiewicz M., Wolko B., Barker S.J., Oliver R.P., Cowling W.A. (2006). The first
gene-based map of Lupinus angustifolius L. - location of domestication genes and
conserved synteny with Medicago truncatula. Theor. Appl. Genet. 113(2): 225-238.
Nagrody i odznaczenia

Wyróżnienie pracy doktorskiej uchwałą Rady Naukowej Instytutu Genetyki Roślin
PAN z dnia 14.12.2010

Stypendium Prezesa Polskiej Akademii Nauk (2004-2007)