sprawozdanie
advertisement
Imię i nazwisko:………………………………………….. Grupa i Sekcja:…………… Wersja:…… Data: ………….. r. ĆWICZENIE XI TEMAT: Elektroforeza dwukierunkowa w proteomice, modyfikacje potranslacyjne białekMetody analizy proteomu. Cel: Zapoznanie studenta z metodami analizy proteomu. Przedstawienie strategii analizy i interpretacji ekspresji genu na potrzeby diagnostyki molekularnej. Zadanie 1.Odczytane numery dostępu: mRNA:……………… Białko:………………. Zadanie 2.Na podstawie informacji o genie …………. znajdujących się na stronie http://www.expasy.org/ zapisz: do ilu białek w bazie badana przez Ciebie sekwencja wykazuje podobieństwo ponad 99,5%? …………………………………………………………………………………………………………… ………………………………………………………………………………………………………….. Zadanie 3. Odpowiedz na pytania: Jaka jest długość sekwencji białka (z ilu aminokwasów się składa?) …………………………………………………………………………………………………………… Jaką reakcję katalizuje badany enzym? …………………………………………………………………………………………………………… Ile miejsc aktywnych oraz miejsc wiązania występuje w tym białku? ………………………………………………………………………………………………………… Co jest substratem dla miejsc aktywnych? …………………………………………………………………………………………………………… Podaj rekomendowaną nazwę białka oraz nazwy alternatywne. …………………………………………………………………………………………………………… Określanie polimorfizmu białka na metabolizm leków w oparciu o bazę PharmGKB. Jeśli analizowane przez Ciebie białko nie posiada aktywności enzymatycznej w metabolizmie leków uwzględnij to w odpowiedziach. przykładowy wariant polimorficzny i określ, czym różni się wariant polimorficzny od sekwencji referencyjnej białka (który jest to aminokwas i jaka jest jego pozycja w sekwencji, na który aminokwas został wymieniony) …………………………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………………………… w pobliżu lub obrębie której domeny w sekwencji białka występuje opisana zmiana polimorficzna …………………………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………………………… Zadanie 4.Wybierz pełną długość białka i podaj: average mass - masa średnia (średnia masa cząsteczkowa) - obliczona na podstawie średnich mas atomowych pierwiastków …………………………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………………………… monoisotopic mass - masa monoizotopowa – masa obliczona na podstawie dokładnych mas atomowych wybranych izotopów pierwiastków. …………………………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………………………… Pytania sprawdzające: 1. Jaką rolę w biotechnologii pełnią badania na poziomie proteomu? …………………………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………………………… 2. Wymień i krótko scharakteryzuj znane Ci metody analizy białek, uwzględniając ich wady i zalety. …………………………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………………………… 3. Określ i krótko opisz relacje proteomiki względem centralnego dogmatu biologii molekularnej. …………………………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………………………… …………………………………………………………………………………………………………… ……………………………………………………………………………………………………………
